这个“第三党”组织在军事上虽然有相当的力量，然而没有政治理论，没有领袖核心，还处于地下状态，注定自保时连自保都不可能的结局。这样一个乌合之众的小圈子，后因举事不当，于1931年夏被蒋介石很快一网打尽，所有参加活动的黄埔生，全部押往南京。不过，在蒋介石的眼里，黄埔军校的学生在政治和主义上只要无所求，还是可以为自己所用。于是，他大度地宽恕了所有学生，不仅不惩处他们，反而笑着说：“你们是学生，过去的错误不在你们，而在我校长。你们回来了很好，一切重新来。”临走时又送衣物又送钱，竟是“宽厚有加”。走到这一步，这些黄埔生也只好听天由命了。
在邓演达倡导下建立的黄埔军校中间派“黄埔革命同学会”，其成员被蒋介石全部逮捕后，原来的联盟纷纷瓦解。蒋介石的“宽宏大量”，使得那些试图走出第三条道路的黄埔学生只能表示“惭愧”自新。看来黄埔军校的学生互相之间只能成为朋友或者对手，没有第三条道路可走，这些人后来形成了一个黄埔同学中新的小圈子，名曰“自新派”。从此，其中几十名共产党员，便和中共情断义绝，在蒋系黄埔势力中，形成了一个小小的“自新派”。这些人中有宋希濂、覃异之等。
当年黄埔岛上的师生不曾想到，他们的“党争”会演变成为旷日持久的内战，或敌或友，时分时合。黄埔师生自决裂分成敌对势力后，常有交手机会。黄埔生同窗之间毕竟彼此太熟悉了，对阵时甚至连对方的乳名都叫得出来：“二娃子，有种的，你就站出来!”“三狗子，你替老蒋卖命，你可坏了良心啊!”接着就是枪对枪地一阵子对射。
10年内战开始时，共产党方面总是处于弱势。1934年末，黄埔一期生刘畴西率红10军团在浙赣边遭到黄埔同期同学俞济时的“围剿”。两个月余，1935年1月刘畴西、方志敏被捕。俞济时在校时与桂永清交往甚好，桂是刘的老乡，所以俞和刘也很熟。俞济时想都没想要给老同学开点后门，当衣衫褴褛、冻得发抖的刘畴西被带到身穿将军大氅、烤着炭火的俞济时面前时，俞济时优越感顿生，连寒暄都没有，挥挥手，就让人把刘畴西押走了。同学黄维后来听说此事，对俞济时大为不满，当面损他：“那么冷，你也该叫老同学吃顿好饭，穿件棉袄嘛!大家同学一场，你也太狠心了。况且畴西在东征中已截去了左臂。”后来蒋介石多次派黄埔同学做刘畴西的策反软化工作，但最终无果。1935年8月，刘畴西在南昌百花洲英勇就义。
解放战争开始后不久，国共两军的强弱势力颠倒了过来。1946年，胡宗南对晋南大规模进攻，其对手就是老同学陈赓。陈赓是太岳纵队司令员。胡宗南用11个师与陈赓4个旅交战，却一次次栽了大跟斗。陈赓每捉住敌高级将领，就说：“我是陈赓，和你们胡长官黄埔同期!”陈赓虽不开后门私放俘虏，但黄维说的那个“一顿好饭，一件棉袄”的同学待遇还是能落实的。
1948年9月，辽沈战役开始。敌对双方战地主帅都是黄埔师生。国民党东北“剿总”总司令卫立煌是黄埔教官，副总司令杜聿明、郑洞国、范汉杰皆为黄埔一期生；共产党主帅林彪是黄埔四期生。双方主帅都是抗日名将：平型关之战与昆仑关之战早使林彪和杜聿明威名远播。而在昆仑关击毙日本旅团长中村正雄，就是荣誉第1师师长郑洞国部下所为。昔日的校长蒋介石在美国的帮助下，在抗日战争刚结束时，陆续将7个军运到东北，其中包括国民党的王牌军，五大主力中的两个。蒋介石拉开架势，准备在东北“教训”一下林彪这个敢于冒犯校长的黄埔弟子。
还在国民党军刚进东北之初，当时的东北保安司令长官杜聿明曾一鼓作气攻占山海关，夺取沈阳，向四平、本溪进击。而林彪得到命令“化四平为马德里”。四平保卫战正式打响，国共两军不断增兵，战斗日趋激烈。国民党军兵力增加到10个师，林彪渐感不支，因为形势于己不利，他指挥部队悄然撤出四平。林彪撤退到松花江以北，养精蓄锐。几个月后，林彪元气恢复，又与他的黄埔师兄杜聿明大打出手，逐鹿东北。而占领了长春的杜聿明，没想到他的小师弟会再起波澜。结果林彪三下江南、四保临江，使杜聿明损兵折将4万人，两个人的优势地位逐渐逆转。而林彪也趁机发起夏季、秋季和冬季三大攻势，共歼灭杜聿明40万兵力，收复城市77座，迫使蒋介石不得不调换风云一时的杜聿明。
