抗战后进行的国民党军整编，使得大批国民党军军官退为预备役，非嫡系的黄埔生军官在退役和解职后进入中训团学习之列，最终酿成震惊国内的哭陵事件，参加的黄埔生主要有黄鹤、李模、祝光谦、谢清灏等。虽然蒋介石在事件后给一些军官安排了军职，但许多人最终还是退役回家，这些黄埔生为自己站错队付出了代价。
1946年国共和谈后不久，蒋介石下令国民党军转向内战，拥有40余万精锐部队的“西北王”胡宗南，第一个又是惟一一个军事集团的黄埔生首领，第一个也是惟一一个在离开大陆以前加上将军衔的黄埔生，曾经风光一时，光焰万丈。但是，随着全国解放步伐的加快，他的数十万大军兵败如山倒，迅速瓦解，在成都战役中老本尽失，1950年由西昌只身逃到台湾后即遭弹劾，不久就从人生峰巅迅速跌落，只能化名秦东昌任浙江省主席兼浙江反共救国军总指挥。死后蒋介石惜其忠，特追赠一级上将。
俞济时在集团军副司令任内因指挥失误被调任军长，度过一段低谷后，于1942年11月升任军事委员会委员长侍从室侍卫长，任期长达15年，他于1948年1月晋上将缺（享受上将军衔待遇），使其重回黄埔生“拜将”集团的第一梯队。
除了桂永清、胡宗南、俞济时以外，还有几个离上将军衔距离最近的黄埔生。关麟徵曾被委任东北保安司令长官、陆军总司令等上将级官职，但因与陈诚矛盾的公开化，最终与上将之衔擦肩而过，心灰意冷的关氏迁居香港，过起了隐居生活。杜聿明身兼华北“剿总”副总司令与徐州“剿总”副总司令的要职，却最终在淮海战役中兵败被俘，也与上将之衔无缘。
范汉杰在胡宗南推荐下，长期担任其副手。1942年接任胡氏之第34集团军总司令，1944年底任第1战区副司令长官兼参谋长，1946年9月任陆军副总司令，1948年任东北“剿总”副司令，10月被俘，这位黄埔一期生更是与上将之衔的缘分太浅。
国民党军中强调辈分，在黄埔生中大一期就压死人的情况下，第3期毕业生王耀武凭借着抗日的赫赫军功，有老长官俞济时提携，1944年升任第24集团军总司令，1945年任第4方面军总司令，并打造出国民党军王牌军第74军，进入黄埔生“拜将”集团的第二梯队，实属传奇。济南战役时，王氏丢下仍在战斗的部队，化装逃亡青岛，最终仍不免在战场附近被俘。
陆军副总司令罗奇（第1期，广西容县人）的提升，在很大程度上是靠广西老乡关系。他在早期的仕途平平，1943年才任第37军军长，一年后即因战败被撤职，后又出任京沪杭警备副司令。1949年9月被时任代总统的老乡李宗仁委任为陆军副总司令，1950年去台湾，蒋介石重新整军时因为是黄埔生，仍然留任，但因为是李宗仁提拔的“广西乡亲”，也就再没有晋升的机会，所以他在陆军副总司令的任职上一干就是16年。
黄埔六期生、新六军军长廖耀湘这一时期的国民党军统系统，基本上也被黄埔生所掌控，这些人以专横霸道而著称于黄埔同学之间。“军统”源于复兴社特务处，戴笠任处长，副处长是郑介民（第2期），郑氏心存不平，一直耻于在后辈戴笠手下当副手，长期不安于事，虽然于1943年2月10日比戴笠早两年正式授少将衔，却有职无权。1946年戴笠死于飞机失事后，郑氏继任军统局长，毛人凤、唐纵任副局长（时人称“军统三巨头”），却发现实权掌握在毛人凤手上，终无大的建树，一年后调任国防部次长，毛人凤接任局长。毛氏是潮州分校第1期毕业生，相当于黄埔第3期，因为与戴笠同是浙江江山人，受到戴的宠信和重用，任内暗杀杨杰，炸毁“泽生号”轮船和“喀什米尔公主号”专机，1957年死于台湾，追赠陆军上将。而唐纵后离开军统，调任警察总署署长兼国防部保安事务局局长，组建起全国统一的警察系统，并对警察部队进行训练整编，去台湾后改任文职。
