尽管叶捷和张森水在理性上有着比较清醒的认识，然而出于对“北京人”的感情与尊重，还是认为仰木道之提供的线索不应错过，且事关重大，在尚未被事实所证实之前，不好轻率地予以否定。何况，张森水是裴文中的学生，若真能找回“北京人”，对先生的在天之灵也是一种莫大的告慰。因此，叶捷和张森水将情况如实向中国科学院副院长陈宜瑜和中国科学院自然与社会协调发展局作了书面报告。
陈宜瑜副院长接到报告后，出于和叶捷、张森水同样的心情与考虑，迅即作了两点指示：一、中国科学院古脊椎动物与古人类研究所对此事要保守秘密；二、由中国科学院协调发展局张金东处长起草协调调查的具体方案。
1996年5月3日，在张金东的安排下，叶捷和中国科学院地球物理研究所所长徐文耀等有关专家经过商议，很快制订了一个对北京日坛公园“埋藏”地点进行“地表探测”的方案。5月8日，中国科学院地球物理研究所的电震探测组来到日坛公园现场，对事先圈定好的“埋藏”区域进行了探测，认为在11线9点附近下方存在电法、电震探测有异常体，异常体深度约1.5米到2.5米，厚度、宽度均为1米，长度方向占6个测点，约3米。
根据中国科学院地球物理研究所提交的探测报告，中国科学院协调发展局正式向路甬祥常务副院长和陈宜瑜副院长呈送了《有关发掘工作的设想报告》。路、陈两位副院长当即明确指示：“抓紧时间，严密组织，保证安全，快速解决问题!”
叶捷副所长受领任务后，迅速赶赴日坛公园和该园负责人商谈发掘事宜。意想不到的是，日坛公园的负责人拒绝发掘。其理由是，一旦发掘，将破坏神道和古松，而日坛公园里的神道和古松是万万破坏不得的。面对此情，叶捷只好再三说明发掘、寻找“北京人”的重大价值和意义。后又几经协商，公园负责人终于同意借助给古树复壮的机会搞点小规模的发掘。
双方协议总算达成，并定于1996年6月3日上午正式发掘。
经过一番紧锣密鼓的筹备，6月3日上午8时整，原拟定参加发掘的各路人马聚集在古脊椎动物与古人类研究所一楼标本室的会议室，其人员有中国科学院古脊椎动物与古人类研究所的负责人、古人类专家、高级技师、技工、摄影师、司机等18人；中国科学院地球物理研究所所长徐文耀和两位地球探测专家以及科学出版社的一名摄影师。同时，还有仰木道之、嘉藤刚清和北京共同保安服务有限公司副总经理皈木进三位日本人以及该公司的魏建平。出发前，古脊椎动物与古人类研究所所长丘占祥主持召开了一个简短的动员大会，并由中国科学院协调发展局局长秦大河作了动员讲话。秦大河对此次发掘充满了期待，他情绪激动地说：“‘北京人’化石自1941年神秘失踪到现在已经是五十五个年头了，自从这珍贵的化石失踪之后，中国政府以及国际友人曾为寻找一事作了大量的工作，中科院也为此尽了最大努力，但一直没有可靠的线索。这次根据日本朋友仰木道之先生提供的最新线索，前几天我们对埋藏地点作了物理探查，发现情况确有异常。也许，失踪了半个多世纪的‘北京人’，真的要回来了，而最早迎接他的就是我们。可见，就我们而言，这是一件非常幸运的事情!当然，我们在迎接这位历史老人时，要注意保守秘密，不要节外生枝，让他再次溜走了。现在领导就在电话机旁守候着，等着我们的好消息……”
秦大河说完，中科院科技安全局副局长张青吉介绍了发掘点的保安措施和应注意的事项，随后众人以极其亢奋的心情走出会议室，登车向日坛公园驶去。
此前，中国科学院保卫处处长已带领三名警卫人员率先进驻了日坛公园，并将发掘区域用彩色编织带围了起来，同时三令五申，一律禁止外人接近。当这一切安排妥当之后，1996年6月3日上午10时，发掘工作正式开始了。
