麦克莱伦强烈抗议这一决定。他对这一决定的反对和他对政府的蔑视， [ 注：此时，麦克莱伦在私人信札中写道，林肯“是老顽固，而且又很缺少才华”，斯坦顿是个“十足的恶棍”，整个来说，政府拥有“一班残忍的家伙。……我无法向你表达我对这些人的蔑视。” ] 在他将迅速而有效地执行对自己所鄙视的将领给予增援的任务时，并没有显示出来。既然他部下的许多官兵都持这种态度，那么当他们到达波普那里时，怎么会在他指挥下奋力作战，便成为一个严重问题。
甚至在麦克莱伦接到从半岛撤军的命令以前，李就已派遣杰克逊率军24,000人去反击波普的南进了。杰克逊希望重演河谷战术，决定在其它联邦部队开到之前，就向他的老对手班克斯指挥的两个先头师发动突然袭击。可是这一次，班克斯竟于8月9日在锡达山首先发动了进攻。战斗初起，在数量上占优势的北军便把南军打退，甚至击溃了杰克逊最老的部队，著名的“石墙将军”旅。但是，杰克逊把援军调了上来，狠狠地打击了蓝衣军。
这次战斗之后，李以赌注断定，麦克莱伦肯定将永久撤离半岛。他率领另外30,000人的部队北上，在波托马克军增援波普之前，与之决战。在十天的军事调遣期间，李迫使联邦军后退渡过拉帕汉诺克河，但未能创造有利的进攻时机。由于麦克莱伦大军的先头师这时已与波普会师，李决定将部队作一次特别大胆而冒险的调遣。他把部队分为两部分，先派遣杰克逊军进行大迂回的侧翼进军，绕过波普的右翼，切断他的供应线。在两天内(8月25-26日)，杰克逊的步骑兵疾走50余英里，袭击了马纳萨斯的联邦军巨大的补给品仓库。那是内战期间极了不起的一次进军。杰克逊迅速撤返。他那些饥肠辘辘、双脚疼痛的士兵尽可能地夺取了全部的联邦供应品，不是吃掉便是带走，并把残余的东西付之一炬。
波普希望，在李和朗斯特里特军与杰克逊会师之前，要把这场灾难转而成为击溃杰克逊的良机。可是，首先他必须找到杰克逊。诡计多端的“石墙将军”，使所属的3个师从马纳萨斯到布尔伦河旧战场正西的树木繁茂的山脊地带，沿各自的路线行军。8月28日，当一系列有关南军行踪的相互矛盾的报告不断送到波普司令部时，他竟发出了混乱而且相互矛盾的命令，枉费心机地想查明杰克逊的行踪。似乎毫无目标的行军和逆向行军，引起官兵们尤其是波托马克军的菲茨·约翰·波特部队官兵的诅骂，说波普是犯大错误的人。波特像麦克莱伦一样，是亲蓄奴制的民主党人。他感到甚至比自己的上司对波普及支持他的反蓄奴制的共和党人还怀有敌意。早在两星期前，波特曾给一个民主党人编辑写信说，政府对弗吉尼亚战役指挥无方，活该败北。他以令人震惊的声明作为结束语，“要是这支军队留在华盛顿去铲除那些断送我们国家的政府当政者就好了。”
8月28日薄暮，波普的一个师发现了杰克逊。当这个师不知不觉地走近隐蔽在树林中的邦联军时，杰克逊就忍不住向他们发动了攻击。在沿着沃伦顿公路展开的这场激烈而持久的战斗中，蓝衣军直到夜幕低垂一直顶住了人数两倍的敌人。一份份突然发出的命令再一次到达在8月29日拂晓开始集结在杰克逊正面的联邦部队。南军已沿着一条未竣工铁路的路基和沟渠摆好了阵势。当波普各师在当天进抵杰克逊正面时，这个联邦将领便命令各师向南军防御工事猛攻。波特军开到联邦的左翼，处于向杰克逊侧翼进攻的位置，但由于没有明确命令，而且又因斯图尔特骑兵队扬起的尘雾竟使他误信他的前面有一队实力强大的步兵，因此波特没有采取行动。虽然步兵支援部队正在途中，尚未到达杰克逊那里，但由于波普忘记派遣一支劲旅去封锁索罗费尔隘口，朗斯特里特军已经在前晚夺路通过该隘口。8月29日正午，朗斯特里特(与李结伴)已经抵达波特的正面。由于未发现这些敌军已经开到，波普为时过晚地命令波特在下午晚些时候攻击杰克逊侧翼。由于朗斯特里特的出现，波特感到不可能服从命令，于是就按兵不动。因此他后来受到军法审判，并被撤职。 [ 注：波特继续指挥波托马克军第五军，一直到11月。1862年12月和1863年1月，军事法庭举行审讯。波普指控波特蓄意违抗进攻命令。波特争辩说，他不能服从命令，因为朗斯特里特的部队位于他的正面，并与杰克逊的侧翼相衔接。尽管军事法庭陪审团当时并不晓得这一点，其实这是千真万确的。根据缴获的邦联军记录资料以及战后南部军官的作证，才真相大白。经过大量的辩论以后，波特终于在1886年推翻了军事法庭的判决，争论持续了一个世纪之久。在某种程度上，波特是共和党敌视麦克莱伦式将领的牺牲者。但是，除了拥兵11,000人在附近发生激战时拒不采取行动外，波特还对波普、对共和党人以及对解放奴隶，怀有不加掩饰的敌意，使他受到充分怀疑，即在与波普协作方面比他本来可能做到的要少。 ]
在8月29日傍晚以前，联邦大军右翼那一半兵力，在对杰克逊军发动的6次伤亡很重的攻击中，已连连受到重创；而双方的另一半兵力却依然闲散无事。当天夜间，邦联军撤回一些连队以加强他们的战线，并准备第二天再搞一次侧翼行动。波普仍未觉察到朗斯特里特的30,000部队就在战地，竟错将这些行动当作撤退的准备。大约在8月30日中午，他派出自己的前卫各师去切断臆测中的退路，但是，他们迅即发觉杰克逊部队已摆好阵势，严阵以待。一场恶战再一次沿着未竣工的铁路线展开了。有一些邦联军的团队因弹药耗尽，便向北军猛掷石块。穿蓝军服的进攻者，在数处突破了南军防线，迫使杰克逊求援。此刻，李命令朗斯特里特倾全军兵力进行反击，直扑联邦军左翼。朗斯特里特的士兵发出南方那种震耳的狂嘶嚎叫，迅猛冲锋，几乎未遭抵抗，因为波普为加强对杰克逊的攻击，已撤走联邦军左翼防务。朗斯特里特的反击，迫使整个联邦战线后退了一英里多，在那里部队在黄昏时拼命死守亨利豪斯山，才终于顶住邦联军的推进。夜间，这支士气沮丧、吃了败仗的联邦部队，困乏地朝森特维尔撤退。李并不径直跟踪，而是派遣杰克逊那些疲惫的、饥饿的士兵进行另一次大迂回侧翼进军，冒着滂沱暴雨，绕过波普的右翼。9月1日，这些部队与两个联邦师遭遇。在一场倾盆大雨中，两军在尚蒂利短兵相接，邦联军受到了阻遏。与此同时，波普把其余部队撤回华盛顿，充实首都防务。
联邦军再一次在马纳萨斯附近遭到耻辱的挫败。李的50,000余众，反以伤亡9,200人为代价，使波普的60,000大军遭到16,000人的伤亡。败绩对北部来说更加令人惊愕，因为在波普发出杰克逊不日即将“就擒”的自夸函电之后，消息便接踵而至。这次战斗之后，互相尖刻指责。波普指责麦克莱伦和波特不予协作。麦克莱伦本人已在亚历山德里亚，他在那里曾抵制了哈勒克关于火速派出他的一个军支援波普的命令。8月29日，当战斗蔓延到南部时，麦克莱伦向林肯建议，最好的做法也许是调动一切可调用的部队集中保卫华盛顿，“让波普自己去摆脱窘境”。战斗结束后，林肯对私人秘书说，麦克莱伦的行为是“不可宽恕的”，他“希望波普吃败仗”。7名阁员中有4名在信上签名，要求林肯撤销麦克莱伦的职务。斯坦顿认为麦克莱伦应受军法审判，而蔡斯则说应该把他枪毙。
可是，麦克莱伦既未被枪毙，也未被解职。林肯让他留任指挥波托马克军，该军已收编了弗吉尼亚军。而倒霉的波普则被流放到中西部担任无关紧要的指挥。共和党人感到这是不得不忍受的屈辱。但在此情况下，林肯觉得没有选择的余地。军队士气低落，几乎就要爆发反对波普的哗变，许多士兵认为他应负战败之责。尽管林肯已失去对麦克莱伦的信任，甚至试图把最高指挥权授予安布罗斯·E·伯恩赛德(他谢绝了)，但他了解麦克莱伦是能够重整军队和重振部队士气的唯一人选。总统承认麦克莱伦“不顾给国家造成的后果，搞垮了波普”，“表现恶劣”，但却对密友们说：“没有别的办法。麦克莱伦已掌握了这支大军。”没有别的人能够“把我们这些军队整顿得有他的一半那么好。……即使他不能亲自战斗，却擅长使别人乐于战斗。”而在一场对国家和蓄奴制的前途具有决定性影响的战役中，这是格外急需的，因为李正在带领他那支衣衫褴褛的、可畏的、骨瘦如柴的灰胡桃人渡过波托马克河进犯马里兰州了。
