大约在战争的第一年，伤员的战地治疗程序是混乱的。团队的乐师(其中许多人小于18岁)、炊事员、大车把式以及其他非战斗人员都被派去抬担架；平民经常被雇来驾驭救护车。战斗激烈时，这些平民和青年人往往惊慌地逃走，留下无人照顾的伤员躺上几小时或几天。结果战士们常常离开前线，把受伤的战友抬到后方，这样就减少了部队的战斗力。为了改变这种状况，1862年8月，麦克莱伦将军下令波托马克军团成立一支野战卫生队。这个卫生队工作十分有效，并被其他联邦部队采纳，最后在1864年3月，得到美国国会的委派令。野战卫生队的成员在战斗期间和战斗之后活跃在战场上，急救受伤的士兵，把他们抬到旅或师的后方战地医院，并且驾驭马拉的救护车把伤员从战场疏散到后方医院。邦联成立了类似的“医疗队”。这些医疗单位一直传到第一次世界大战，并成为世界上大多数军队的样板。
美国卫生委员会力主建立野战卫生队，并进行其他方面的改革。卫生委员会这个组织被亚历克西斯·德·托克维尔说成是美国创造能力的典范，它创建了志愿社团，去完成在欧洲通常由国家或教会所完成的任务。战争初期成立的卫生委员会作为一个民间团体，谋求政府的批准，以帮助军队卫生局解决某些卫生问题，这些卫生问题曾使克里米亚战争中的英国和法国军队死去许多人。卫生委员会在解决了军队敌视“参与工作”的平民问题之后，在1861年6月得到了陆军部的正式承认。
卫生委员会变成北部妇女为战争效力的主要机构。虽然它的国家官员及其公职人员都是男人，但是管理7,000个地方性机构的志愿人员，大部分都是妇女，她们收集生活用品，举办大型“卫生展览会”进行筹款并干护士工作。委员会建立补给站，为部队分发衣服、食品和药物。它给往返前线的康复士兵和休假士兵提供食宿。它向团的宿营地派卫生检查员，就诸如公共厕所、下水道、供应水及炊事这类问题对官兵们进行指导。它给士兵们提供蔬菜，这是按部队标准定量经常短缺的品种。它搜集急需的药品和绷带，迅速送往战地医院。它派出自己的医生和护士到军队医院里工作。1862年它租船从夏洛和弗吉尼亚半岛撤退伤员，当半岛上的部队缺少救护车时，它为他们提供了救护车。
1861年卫生委员会的官员们批评军医总监及其手下的工作人员像“老朽的饭桶，可恶的绊脚石”。这个旧的军医机构愤怒地反唇相讥，说他们是“蛊惑人心的说教者、乡下医生和好胜的女人。”但卫生委员会是受到士兵们的如此欢迎，它的工作效率如此显著，它在国会中的影响如此巨大，因此它能在1862年推动通过一项改组卫生局的议案，并稳妥地保证哈蒙德被任命为军医总监。这开创了卫生局与委员会之间合作的时代，从而产生了像野战卫生队这样的创新事物。 [ 注：这个委员会及哈蒙德将军与陆军部长埃德温·M·斯坦顿在1863年发生冲突的原因还不完全清楚。有时斯坦顿阻挠该委员会的活动。他不喜欢哈蒙德，并在1864年解除了他的职务。然而那时哈蒙德实行的改革已经成为军队规范化的工作程序了。 ]
其他志愿社团也协助卫生委员会做了工作。有几个国家团体为士兵们提供帮助并赡养他们的家属。西部卫生委员会是一个独立的组织，它为密苏里和阿肯色的联邦军队开展救护与医疗工作。罗马天主教仁爱修女会向军队医院提供国内训练有素的护士。1861年11月，一群新教徒的牧师和基督教青年会的官员组织了基督教委员会，向前线宣传基督教青年会的教义。一年之内，这个委员会就变成了一个大型组织，并给军队以比精神安慰更多的东西。基督教委员会的志愿人员给伤员们提供食物和护理，给医院图书馆提供大部分的图书和刊物，并给康复期的士兵们分发毛毯、棉衣，甚至药品。这些活动有时导致了他们与卫生委员会的对立，卫生委员会比较世俗化的领导人对基督教委员会的那种传道热情总是皱眉蹩额，表示不满。
这些志愿团体对联邦军队的健康状况作出了很大贡献。它们在医疗史上也具有长久的影响。卫生委员会逐渐形成了一种着重科学调查、讲究实效和严谨的博爱主义的哲学思想，从而成为战后慈善事业的一个特点。它给美国公共卫生联合会提供了样板，该组织是曾在卫生委员会内积极工作的人于1872年创建的。美国公共卫生联合会在以后美国医学和公共卫生的现代化中发挥了重要的作用。
南部组织起来的救护和医疗工作比起北方来不那么集中。尽管当地到处都成立了帮助士兵和医院救护的团体，但是，邦联并不存在卫生委员会或基督教委员会这类对应团体。虽然这些团体做了有益的工作，但是邦联的士兵们在医疗护理上比起联邦士兵还是差些。每六个受伤的邦联士兵中有一人死于创伤，而联邦军是七个伤员中有一个死于创伤。邦联士兵的患病死亡率是联邦军的两倍(这里应特别指出战斗中的死亡率也是两倍之多)。这并不是邦联卫生队的过失，而主要是食物短缺、经济崩溃和资源遭到破坏，以致影响了邦联各方面进行的战争努力。生病或受伤的战士不能得到充足的食物或适当种类的食物。虽然大部分原因也是由于联邦封锁造成药品短缺，但是有关邦联医疗工作的最详尽的研究资料认为，在家庭手工制作和与北部的违法贸易大大弥补了药品短缺。但是南部铁路的逐渐崩溃，以致某些地方在最需要药品的时候也得不到供应。
妇女与医疗工作
无论是在南方还是在北方，妇女在内战医疗中起着重要的作用。她们不仅在民间志愿团体中做了大量的艰苦工作，而且数以千计的人还作为专业护士和志愿护士在军队医院里服务。1864年，一位名叫玛丽·沃克的妇女在联邦军队中当医生。她在佐治亚被邦联军俘获，当他们“看到这是只有在腐化堕落的北方佬国家才能出现的事情时”，都显得惊异。
沃克在任职之前必须克服男人的敌视，那些自愿去做护士的妇女多少都会遇到这种敌视。然而，弗洛伦斯·南丁格尔在克里米亚战争中树立的光辉榜样开始使护理职业有了尊严，而以前这种职业一直被蔑视为一种低下卑贱的职业。人们认为，妇女比男人具有更好更温柔的性格，因此最适合做护士。然而在1861年多少还存在着相反的看法，特别是在南部，军队医院那种粗鲁、男性和令人难堪的人体环境不是有身分的妇女去的地方，特别是如果她年轻、漂亮又未婚，就更不应该去这个地方。1861年6月，联邦政府任命著名的疯人院改革者多萝西娅·迪克斯为女护士的总管。迪克斯规定所有护理职业的申请者“外表”必须朴素，而且至少要30岁。有位失望的申请者抱怨说：“恶魔迪克斯……不愿接受任何漂亮的护士去工作。怎么想到起用这样一个老家伙去管理别人呢。……是哪个蠢汉决定的事？”某些妇女设法通过了迪克斯的仔细检查后，还必须克服军医的偏见，譬如有这样的军医，他抱怨北部的个个传教士都“愿意把其教区内最烦人的老处女作为有经验的护士介绍进来”。这位军医说，他已经被其中的几位妇女弄得烦死了，“每个人的鼻梁上都架着眼镜，眼睛里流露出一种真诚的目光，注视着她准备占有的男人”。这位医生补充说，她们到来之后，医院的死亡率增加了，“或许是这些眼镜造成的”。
北部妇女逐步克服了这些偏见。1862年7月，军医总监哈蒙德下令军队的综合性医院的护士至少有三分之一必须是妇女(其余大部分或是选派的，或是康复期的士兵)，这项命令帮助了她们。在北部，大约有3,200名妇女在军队中当护士，占护士总数的四分之一。在南部，虽然许多做奴隶的妇女一开始就在军队医院里服务，但是让有“身份的”白人妇女做军队护士还是较晚一些。直到1862年9月，邦联国会才正式承认女护士。尽管白人妇女在邦联军队护士中所占的比例比联邦要小，但从那之后南部军队开始欢迎妇女了。然而在南北双方，另外有数千名妇女作为医院的志愿者或是卫生委员会、基督教委员会以及类似组织的雇员在工作。有些志愿者是“慷慨的女慈善家”式的人物，士兵们不喜欢她们，但是大多数都是忘我地努力工作的妇女，并赢得了官兵们的尊敬和赞扬。
女护士主要在远离战斗前线的综合性军队医院内工作。但有些也具有战地医院的危险和艰苦。克拉拉·巴顿，后来成为美国红十字会的创立者，曾经为许多联邦战地医院尽过力。1862年夏天，有几位妇女继在夏洛战役之后，又在里士满附近的战斗时于后方医院里工作。1863年，许多北部妇女来到葛底斯堡；在那里她们既帮助照顾联邦伤员，也帮助照顾邦联的数千名伤员。玛丽·安·比克尔戴克是最著名的前线女护士。她是伊利诺伊州的一名寡妇，以热爱士兵而被称为“比克尔戴克妈妈”，她特别关心田纳西军士兵的保健工作。由于格兰特和谢尔曼将军的支持，她战胜了来自医生和高级官员们的反对。她是谢尔曼允许与他的部队在一起的几个平民之一。她赢得了这位顽固将军毕生的尊敬。
内战时期，妇女从事护士工作提高了护理职业在美国的地位，正如弗洛伦斯·南丁格尔在克里米亚战争中从事护士工作对英国的影响一样。1861年，妇女中央救助联合会在纽约市提出一项训练护士的计划。在战争期间或战后不久在北部一些城市建立了另外几所护士学校。在这方面，内战对医学的现代化和专业化也起了重要的推动作用。
