这本不足为奇。把奴隶制赞美了几十年的信念是很难在几个月内去掉的。一些种植园主在重新组织劳力时总想尽可能回到奴隶制上去——甚至发展到雇佣监工的地步。这些监工用鞭子惩罚反抗的工人。当自由民拒绝在这种条件下干活，或是离开种植园到别处寻找条件更好的工作时，种植园主们就抱怨劳力短缺，并且用“我说什么来着”的口气说，这些举动证明了黑人只有在强迫之下才能干活。
自由民管理局过问了这种不安定的局面。身为自由民管理局局长的奥利弗将军把总部设在华盛顿。一些将领被任命为副局长，负责各前蓄奴州的工作，总部设在这些州的首府或是最大的城市。该局550名地方官员中大多数是出身北方中产阶级家庭的低级军官。其中一些人因关心自由民而在该局工作，另一些人还没有打算今后长期从事文职事业，只是在那里混日子。虽然他们大多对自由民有某种程度的同情，但态度却是从激进到保守不尽相同。该局还任命了一批文职官员，其中有几位黑人。虽然由于人手太少而不能顾及南部各地，但是这些官员在占领军的支持下还是有相当的潜力去改造战后南部的劳工关系。
一旦事态表明，不可能进行大规模的土地重新分配，自由民局便着手使种植园主和自由民维持一种新的关系。官员们鼓励或是要求种植园主同雇工签定书面合同，规定好工作、工资和其他雇佣条件。工资每月8到15美元，管食宿，有时还管穿衣和看病。报酬采用付现金或作物分成的方式。种植园主逐渐愿意采用后一种形式，一是因为货币较少，二是因为分成式工资只能在收获后付给，从而使雇工对种庄稼产生兴趣，并可防止他们毁约。
自由民管理局力图保护自由民不受剥削，其官员裁决了几千起争端，涉及对契约的解释、违约行为、自由民犯罪及针对自由民的犯罪等等。在南方诸州通过允许自由民在民事法庭上作证的法律之后，该局允许民事法庭在其官员的密切注视之下审理这类案件。一些官员对他们所看到的并不喜欢。一位官员写道：“当自由民的证词被听证的法官和陪审团认为无用时，在这个州的法庭上，允许黑人作证就永远不会确保自由民受到公正的对待。如果大多数人不想让法律得到执行，那么无论是什么法律都是没有意义的。”在1865年-1866年间，没有一届重建政府允许黑人进入陪审团。该局负责密西西比州的副局长对该州法庭的职能作了两个月的观察之后报告说，这些法庭对“有关自由民的判决是可耻的”。
凭这些及类似的报告，霍华德将军敦促国会创立“合众国自由民法庭”来代替南方各州的民事法庭。修改过的自由民管理局法案于1866年在约翰逊否决的情况下被通过了，授权自由民管理局建立特别法庭，在国会宣布叛乱各州归属联邦之前作为军事法庭行使职能。 [ 注：最高法院在“米利根单诉案”(1866年4月)中作出的决定规定，军事法庭不能在远离战区的地区审判公民。约翰逊总统认为，该决定使自由民管理局的法庭失去作用。但是国会中的共和党人坚决主张只有国会宣布战争结束时，战争才算结束；此时南部是战区，在那里军事法庭是可以进行审判的。 ] 这些在大多数情况下只有一名自由民管理局官员的“法庭”一直存在到1868年。但是州法院继续审理许多有关自由民的案子，这是因为有些自由民管理局的官员和军官受制于约翰逊对该局的一向敌视，不愿过问民事法庭。
难怪南部白人大骂自由民管理局是“祸根”，“蠢得很”，是“邪恶的机关”，韦德·汉普顿在1866年写道：“这场战争带来诸多的怪事，诸多有关共和政府的新理论和对宪法的种种解释，但是却没有产生一件能和这场‘可怕的、令人生畏的改革所带来’的丑恶和腐败相比的事。”种植园主坚决主张，只要那些爱管闲事的官员不管他们，他们就能“让黑鬼干活”。一位南方人抱怨说：“自由民局似乎不懂得，在白人和黑人发生争论和不和时，白人也可能是对的。”另一位南方人接着说：“[该局]官员中最公正的人似乎都不能理解‘黑鬼’自由民和北方白人劳工之间的差异。”
这些抱怨反映出人们对自由民管理局所象征的——占领和解放黑奴——事物的不满甚于对它所做所为的不满。事实上，自由民局常常做有利于种植园主的事——让无事可做的自由民回去干活，迫使他们签定内容往往有利于雇主的合同。南方白人在公开场合咒骂自由民管理局，但私下不少人都承认，要是没有这个局，战后的劳工状况会更加混乱。1865年下半年黑人因有望很快得到40英亩土地和一头骡子而拒绝签定来年的合同，此事在一些白人中引起了一场为时不长但很强烈的“圣诞节暴乱”恐慌。使自由民放弃重新分配土地的想法并强迫他们签定合同这个令人不快的任务落在了自由民管理局的头上。1867年，一位自由民管理局官员总结了他在合同制度方面的经验：“合同在使自由民干活和使劳力可靠稳定方面是成功的，但它没有保证使自由民得到应得的报酬或补偿。”
由于自由民局的各位分局长及官员的个人侧重和信念很不相同，所以该局各项政策实施起来也有很大差异。1865年，负责南卡罗来纳州、路易斯安那州、密西西比州和田纳西州的各副局长就比负责亚拉巴马州和佐治亚州的副局长更同情自由民。1866年，约翰逊总统免去了一些最开明的副局长，任命保守分子代替他们。[某些自由民管理局]官员和当地白人搞在一起，不久也就听信了后者的观点。然而，尽管有诸如此类的事情，官员们在判决他们审理的争执时，多数偏袒自由民。一位历史学家研究了8个州15个自由民管理局法庭审理的286个案例后发现，有194个案子(占68%)的判决有利于自由民。
黑人法典
自由民管理局还废止了南方各州在1865年-1866年间通过的“黑人法典”中最有压迫性的条款。在约翰逊的重建计划之下选举出来的各州议会所面临的首要任务之一，就是通过确定黑人社会地位的立法。这一立法的大部分内容是无可指责的：自由民拥有财产、订立契约、在法院起诉和辩护并合法结婚的权利。在约翰逊政府和自由民管理局的压力下，南方诸州还允许黑人在法庭上为有黑人当事人的案子作证。但是法典拒绝黑人参加陪审团并禁止种族通婚。有的州的法典还要求在公共设施中实行种族隔离。有些州的法典还规定，某些罪行对黑人的处罚要比对白人的严厉。这些条款引起废奴主义者的强烈抗议。但是整个北方却没有资格对这些条款加以谴责，因为大多数北方州也将黑人排斥在陪审团之外，禁止种族通婚，允许执法时有种族歧视，并且允许或要求在公共设施和学校中实行种族隔离；北部有几个州直到不久前还剥夺黑人在法庭作不利于白人的证词的权利。
不过黑人法典中涉及流浪、学徒、劳工和土地的条款遭到了共和党的谴责，说它们旨在建立新的奴隶制。密西西比州和南卡罗来纳州的法典最先通过，它们在上述方面最为苛刻。这两个法典对流浪的定义过于广泛，允许法官逮捕他们认为是失业的每一个黑人，以流浪罪课以罚款，并强迫其受雇于种植园主以支付罚款。这两个州还要求黑人在得到特别许可证后方能从事农业以外的任何职业。密西西比州禁止黑人租赁城市以外的土地。南卡罗来纳州规定白人雇主是“主人”而黑人雇工为“仆人”。有几个州还规定，对得不到父母足够供养(由法庭确定是否“足够”)的未满十八岁的自由民，可强制其做学徒，其以前的雇主有当师傅的优先权。有的州禁止雇主以更高工资“引诱”劳工离开自己原先的工作地点。
军队和自由民管理局阻止了“黑人法典”中有关种族歧视的条款的实施。“黑人法典”最重要的影响并不在于它的实施，而在于它给北部造成的印象。无论北方人自己在种族问题上有多少不足之处，他们都为南部企图毁掉这场战争的一个重要成果的赤裸裸行为而愤怒。“我们正告密西西比州的白人，”《芝加哥论坛报》抨击道，“在你们用这些法律玷污我们战士的安息之地、我们自由的旗帜飘扬之地之前，北方人就会把密西西比州变成蛙塘。”“黑人法典”更加坚定了共和党议员们的决心：保持对南部的缓刑，直到他们采取措施保护自由民和胜利的果实。第三十九届国会的议员们就是怀着这种心情，于1865年12月聚集在华盛顿的。
