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五院制国民政府组织，大体上分为三个层次，即：国民政府本身，即主席、国务会议、辅助和直属机构；五院，即行政院、立法院、司法院、考试院、监察院；五院各部会。五院制国民政府概括起来，就是国民政府总揽“治权”，五院分别执行“治权”。以后，也有多次大的变化，政制始终没有理顺，在五院与国民政府本身，五院院长与政府主席（后为总统）之间的职权划分，变来变去，没有定制，当然万变不离其宗，一切变动都服从于蒋介石独裁。
在机构设置上，照顾利益关系，因人而变，叠床架屋，人浮于事。除了上述三层次，定编设员外，还设置了很多辅助于机构，尤其是蒋介石的即兴之作不少，这样的运动那样的中心，层出不穷，随之而来的临时机构增设，由蒋介石“钦定”即可，到了抗战后期，尤其是解放战争时期，机构膨胀，人浮于事，不仅效率低下，而且庞大的行政费用开支，不堪重负，这是当时通货膨胀的重要诱因之一。
在权力运作方式上，特务政治介入，把权力的使用异化为暴政。以党治国，一党专制，人民没有民主可言；而且低效无能的政府不仅不能给人民带来福祉，反而搜刮民脂民膏，人民群众不堪重负，常用各种形式表示不满与反抗。蒋介石独裁，也在国民党内树敌众多，常有分庭抗礼之举。为了维护国民党的统治和自己的独裁，蒋介石建立了庞大的特务机构，分两大系统，即“中统”和“军统”。这两个特务机构在活动范围、行动方式和机构设置上有所不同，但都听命于蒋介石。军统特务的头子是戴笠，军统特务要员沈醉后来说：“戴笠是佩在身边的一把犀利的匕首，也是最善于窥伺主子意图，最博得蒋介石欢心的一条忠实、凶恶的走狗。”
受蒋介石指使的特务组织，为了达到他的政治目的，绑架，暗杀其政敌，屡见不鲜；肆意逮捕、杀害共产党员和其他革命者、革命群众，杀人如麻；压制民主，镇压民众的集会结社、游行示威，制造一个又一个的流血惨案，罪恶屡屡，罄竹难书。高压政治，压而难服，国民党置政权于与人民为敌的地位。
评 析：
以党治国开始于国民党“训政”之初。这是与民主政治完全背离的治国方略，弊端种种，从国民党执政地位自身考察，最大的弊端就是以党治国，导致政体不顺，在权力配置上，高度垄断，个人独裁，所谓民主集中制只是闪烁其词的空话、假话，这是导致国民党政坛纷争不断，没有多大内聚力的体制性的原因；在政制组织机构的职能上，难以理顺，朝定夕改，规制失范；在权力运作方式上，特务政治介入，把权力的使用异化为暴政。
而紊乱的政制，使蒋介石的权术有了用武之地，他的确获得了很多很多。然而，１９４９年，在国民党腐朽政权即将倾覆之际，他玩弄“下台”的把戏，以愚弄“天下”，挽救失败的命运时，却再也不灵了。覆巢之下无完丸，蒋介石在大陆的一切政治权力与其“党国”一起被砸得粉碎。
阉割“主义”，党魂不存
蒋介石提出，要唤醒党魂。他自诩为孙中山三民主义的忠实信徒，要把国民党建设成真正的三民主义的党。国民党二届四中全会的《宣言》提出“从组织与理论上建设真正的三民主义的中国国民党”的党建目标。不过他所说的三民主义与孙中山的三民主义，尤其是与他的新三民主义风马牛不相及。阉割孙中山的“三民主义”，党魂荡然无存。
事 例：
孙中山的三民主义是与进俱增的革命理论。１９０５年，在创建同盟会期间，他第一次把自己的政治主张概括为三民主义，说：“余维欧美之进化，凡以三大主义：曰民族，曰民权，曰民主。”资本主义社会发展经历了争民族独立、争民权解放、争民生幸福的三个阶段，“是三大主义皆基本于民。”此后，他和他的战友们对三民主义进行阐发、宣传，并指导革命实践。在这一革命思想指导下的辛亥革命，推翻了满清王朝，建立了共和国。辛亥革命后，他的思想曾出现过迷茫，他认为前面两个“主义”的目标已经实现，因此，提出“一民主义”，宋教仁血案发生后，他再度打起民权主义的旗帜，主张“二民主义”。到了１９１９年，再次重申“三民主义”，《中国国民党规约》总纲规定：“本党以巩固共和、实行三民主义为宗旨。”此后，他潜心研究总结革命的经验教训，研究与进一步阐发三民主义，增加一些新内容，即中国革命迫切需要解决的问题的内容。
以酝酿国共合作，改组国民党为起点，在他逝世前的两年里，把三民主义提高到一个新的水平。国民党第一次全国代表大会通过的《宣言》，对三民主义作了合乎时代潮流的新解释，在民族主义中突出了反对帝国主义的内容；民权主义中强调了民主权利应为“一般平民所共有”；民生主义则以“平均地权”、“节制资本”为两大原则。孙中山在大会讲话时特别强调：“现在是拿出鲜明反帝国主义的革命纲领，来唤起民众为中国的自由独立而奋斗的时代！不如此是一个无目的无意义的革命，将永久不会成功！”国民党“一大”在事实上确立了联俄、联共、扶助农工的三大政策。反帝反封建的纲领和联俄、联共、扶助农工的三大政策，回答与明确了国民党在新民主主义革命中的革命目标和团结和依靠的力量，是新三民主义的灵魂。
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