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军校到底由谁主办，这当然是孙中山特别重视的问题。在１９２３年孙中山重回广州，组织革命政府时，建立军校的问题，便马上提到日程上。同年秋冬间，在宣布改组国民党的同时，孙中山立即派廖仲恺负责实际筹备工作。虽然廖仲恺十分可靠，但毕竟不太懂军事，于是他把办军校的任务交给蒋介石，因蒋介石是军事方面的人才，又在自己广州蒙难时表现了对领袖的忠心，不仅可信而且在办军校方面有为。革命形势的发展给了蒋介石展示自己的平台，而这对于奉行掌握军队为第一要义的他来说，对于肩扛耀眼的将星，却无一兵一卒急于改变这种尴尬处境的将领来说，是天赐良机。蒋介石自接受这一重任之日起，就要把办军校的大权掌握在自己的手中，并千方百计地按照自己的意愿把军校办成他培植军事骨干，以保证掌握军权的基地。
首先，竭力争黄埔军校的领导权。在黄埔军校筹备过程中，蒋被任命为筹备委员会的委员长。但孙中山明确表示党务之事由廖仲恺负责。蒋接任后，曾参与制订军事机关计划、预算，召开校务筹备会议，但他感到财源不济，权力不大，因而闹起情绪来。特别是刚刚闭幕的国民党一大选出的领导机构中，没有他的位置。２月蒋被任命为中央执行委员会下设的军事委员会委员。他感到这个职务，权限甚微，很不惬意，加上孙中山还特意指示他不必过问党务和军政大事，更使他灰心丧气。于是放出不办黄埔军校的风声。随后他又以“环境恶劣，办事多遭掣肘”为由，于２月下旬提出辞呈，弃职回老家。孙中山迅即委派廖仲恺代替他的职务，肩负起筹建军校的重任。同时，孙中山对蒋进行耐心的劝导。廖仲恺先后给蒋发出十多次函电，通报情况，批评他的错误，促其早日返回参加军校工作。
他分别给孙中山、廖仲恺等写信，在发泄对联俄、联共政策的不满的同时，要求赋予他更大的权力，他在给孙中山的信中直截了当地说，自己“如果回粤，焉能专心办学而不过问军事政治”。他在给廖仲恺的信中指责孙中山对人对事有“赏罚不明，邪正倒置”的毛病。在黄埔军校筹备工作基本就绪之际，戴季陶等人提醒蒋介石，要他先掌握实力，暂不表示不同政见，等羽毛丰满后再说，经他们的点拨，他决定返回军校，抢抓实权。
为了掌握对军校的领导权，他刻意在校内树立自己的权威。他以进步和革命的姿态出现，发表大量训话和演说，长篇大论，口若悬河，在开学后的８个月的时间里，他先后发表长篇讲话达４６次，充满革命的词藻，通过大量的训话和演说，吸引学员，激起学员对他的崇拜。在治军理念上，他以封建军队的陈腐观念和军阀作风来训练军校学生，尤其强调对他的绝对服从。他经常说：“党员一定要服从上面命令，绝对没有平等的余地。”“现在本校就是以校长为领袖，大家就应该服从校长的命令。”为了树立自己的威信，他改变了早先花天酒地的恶习，不抽烟，不喝酒，每天早起。以树立自己在学生中的良好形象，身体力行地增强自己的影响力和凝聚力。
其次，培植亲信，排除异己。他在军校各重要部门安插亲信。军校初创时，蒋介石就安排由戴季陶、邵元冲等控制政治教育，由顺从自己的王柏龄、何应钦等控制军事教育，由他早年的老师、上海交易所伙伴周骏彦掌握军校的物资供应。同时派陈果夫等在上海、浙江招生，以封建的乡土观念建立自己的军事派系。对各队长都要用自己信得过的人，对带兵的军官抓得特别紧，不容共产党人和国民党左派人士染指。
以黄埔教导团的骨干为核心，形成黄埔系。蒋介石向孙中山提议，安排黄埔军校学生参加前线的军事行动。孙中山采纳了这一建议，并责成蒋负责实施。黄埔教导团于１９２４年底东征前夕组建。蒋介石为了掌握这支新军，的确煞费苦心，他的着眼点放在对带兵军官的掌握上，所有连长以上的带兵军官，都安置上自己的亲信。如：何应钦、王柏龄分任第一、二团团长；钱大钧、沈应时、刘峙、顾祝同、蒋鼎文、王俊等任营长；陈诚、郭俊等做副营长、连长等。黄埔第一期毕业生胡宗南、黄杰、桂永清等任副连长以下的军事骨干。这些人不断得到提拔，成了蒋介石的嫡系，为他后来在国民党军队中建立黄埔系打下了基础。
在孙中山逝世后，蒋介石假弘扬孙中山的三民主义之名，指使军校内部的右翼分子组织“孙文主义学会”，专门与军校的进步组织“青年军人联合会”对立，不断挑起事端，造成左、右两派学生间的冲突。１９２６年３月“中山舰事件”后，他借故解散上述两个组织，一手操纵，建立了“黄埔同学会”，自任会长，实际上使孙文主义学会得以借尸还魂，成为他的嫡系组织。
评 析：
孙中山创办黄埔军校的目的，是要建立一支革命的军队，用武装夺取全国政权，完成反帝反封建的资产阶级革命。而蒋介石从接受黄埔军校校长的委任之日起，就偏离了孙中山办校的革命宗旨，把办黄埔军校当作培植自己的势力，建立自己掌握的军队的平台。
黄埔军校并不等同于黄埔系。作为蒋介石御用军的黄埔系是他假办军校之名，采取各种手段和途径，在军校内培植亲信，收罗打手，集聚反共势力，网罗军事人才，在巩固广东革命根据地和北伐战争中，逐步形成的一支以他们为核心力量的嫡系部队，蒋介石得意地将自己的这支御用军称为“黄埔系”。黄埔系自形成的时候起，就背离了接受孙中山革命精神的熏陶，经受北伐战争洗礼的黄埔精神。
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