1577(天正5)年开始，光秀再次进行丹波攻略，不过，如前章所述，紧接着松永久秀讨伐战后，光秀一边进攻丹波，一边又要前往播磨去救援秀吉，又要镇压荒木村重的叛乱。可说是分身乏术、东奔西走。
长冈(细川)忠兴的奋战
1577(天正5)年10月16日，光秀与长冈藤孝、忠兴父子一起，开始进攻内藤的居城丹波龟山城。前几年是渗入了敌人的背后，在丹波国深处进行作战，此次采取了稳健的正攻策略，从京都方面直接攻了进去。
根据<细川家记>记载，其实这时候，持续顽强抵抗的内藤定政已经病死，其幼子继承家业。因为幼子尚不能指挥大局，家老安村次郎右卫门代行政务。光秀起初劝告其开城投降，次郎右卫门对信长呈敌视状态，没能接受劝降。结果，光秀从大手口，长冈忠兴从搦手口，强行攻打，展开决战。
齐藤利三：“馆样，敌人已经丧失斗志，向我们提出投降了。”
明智光秀：“很好。告诉安村次郎右卫门，我们接受他的投降。同时，命令全军中断攻击。”
齐藤利三：“是!!”
战斗持续了三天三夜，最后，城兵实在支撑不住，请求投降，光秀接受他们的投降后，松开了大手口的包围。可就在这时......
齐藤利三：“攻击搦手口的长冈忠兴殿要求见您。”
明智光秀：“是吗？请他进来。”
<细川家记>里记载着光秀和长冈藤孝之子长冈忠兴在此处发生的详细情形。
长冈忠兴：“光秀殿!”
明智光秀：“怎么了？有什么事吗？”
长冈忠兴：“听说接受了敌人的投降，这是真的吗？”
明智光秀：“确实如此。有何不妥吗？”
长冈忠兴：“我反对!!城池陷落咫尺之前，此时投降，根本不必理会。”
明智光秀：“无论如何，事情已经决定了。”
长冈忠兴：“光秀殿若是胆小怕事，我自带部队，从搦手口攻进去，殿就在此看着落城吧。”
明智光秀：“忠兴!!不许擅自行动!!如果现在全歼咫尺之内的敌人，丹波国其他的国人众将会更团结，反抗更激烈的。在此采取怀柔政策的话，支持我们的或是隔岸观火的都会跑我们这来的。”
血气方刚的忠兴，无视光秀的决定，打算一口气击灭敌军。这时，光秀拦住了他的轻举妄动。因为如果此时强行攻灭内藤氏，那今后丹波诸势力的反抗一定会越来越激烈的。现今应该采取温和的解决方法。信长也赞同光秀的方针，全权委托对内藤氏的处分。最后，光秀把内藤氏全部赦免，并把内藤一族及家臣团全都归到自己旗下。看到光秀的温和政策，四王天政孝、并川扫部、荻野彦兵卫等也都臣从光秀了，光秀属下将领逐渐增加。
从内藤手上接收了龟山城后，光秀便把这里做为攻略丹波的据点，开始改建城池。有好几封有关光秀修缮龟山城的的书信残留着，书信上都有着‘惣堀普请’、‘龟山普请奉行’等字面，同时，附近的农民也都被征召，可以看出，这次的改建，乃是大规模的工程，一时之间并不可能马上完工，应该是与平定丹波同时进行的。平定后，龟山城与志贺郡的坂本城并列，成为光秀丹波国的居城。
波多野的居城八上城
攻占了龟山城的光秀，下一步就开始平定多纪郡了。多纪郡是前几年打败光秀的人物波多野秀治的据点。光秀首先在本明谷川打败了波多野家臣、被称为‘丹波的青鬼’的猛将稻井教业，攻占教业的居城稻井城。之后陆续攻占了笹山城等几处多纪郡的据点。并在翌年（1578/天正6）3月3日，光秀的军势终于逼近了波多野秀治的居城八上城。此次八上攻城战，因为信长的命令而拖延了一阵子，原因是为了一战必胜，信长决定代替原本由滝川一益、丹羽长秀、长冈藤孝等组成的援军，亲自率军攻打八上城。
在这里有必要先描述一下波多野的居城八上城的地形。八上城建在了被筱山川隔开的的筱山盆地南侧的山地上，除了本城以外，还有在山麓的奥谷城和盆地对面山顶上的法光寺城这两座支城，三座呈倚角状，互相呼应。在盆地中间是城下町，旁边的奥谷川直接通往城内，所以在守城时不怕没有水源。所以这座八上城同黑井城一样，是处易守难攻的天然要塞。光秀攻略八上城，前后总共耗时一年三个月。
攻略八上城演变的如此长期化，主要也因为光秀在这期间必须分兵去支援其他战线，石山本愿寺受了毛利的援助后，使织田军大吃苦头，光秀时不时的就要分兵援救。还有进攻毛利家的秀吉，也陷入苦战，就在左近的光秀也得派遣援军。
救援各地的光秀
同年4月，丹波织田军为了支援攻占石山本愿寺，转战摄津。可是，军队被调去摄津后，那又如何包围八上城呢？ 光秀与滝川一益、丹羽长秀、长冈藤孝等诸将商量后，决定在八上城周围筑起双重城壕，加强包围，由明智家家臣明智治右卫门光忠率部留守，主力则潜往摄津。此后，光秀等人在4月5日和6日，在织田信忠的率领下，在摄津国内的农田里展开作战，使石山本愿寺的农产收获大大受损，在粮食方面打击了正被包围中的石山本愿寺。
在摄津方面的战况获利之后，再次回到了丹波。光秀和滝川一益、丹羽长秀等回到丹波战线后，一边持续八上城的包围，一边开始攻占周边的小城。4月10日，开始攻打荒木氏纲守备的船井郡的园部城。明智军围城后切断了城内的水源，同月26日，氏纲开城投降了。如果按原计划，应该一鼓作气前去攻打八上城，不过，光秀又接到了作为援军的命令，这次是去援助在播磨陷入苦战中的秀吉......
在播磨战场，敌我双方纠缠在毛利最前线的上月城。秀吉先在1577(天正5)年底攻陷了这里，第二年年初就被毛利方的宇喜多直家攻下了。1578(天正6)年3月，秀吉再次派遣军势，收复了上月城。并把以前被毛利家消灭的尼子家一族的后人尼子胜久和尼子的旧臣山中鹿介幸盛配置在城里。可是在同年4月，这次除了宇喜多直家以外，还有毛利家的两川?吉川元春和?小早川隆景，总共三万大军再次包围了上月城，胜久、鹿介陷入危机。秀吉虽然与荒木村重一起前往救援，但由于毛利军气势过于强盛，秀吉不可能独自救出胜久他们。就这样，光秀和丹羽长秀、滝川一益他们又离开了丹波，前往播磨。
光秀他们在4月29日出征播磨，之后两个月内都转战在播磨国内。光秀与织田信忠、羽柴秀吉、荒木村重等一起攻打了毛利方的神吉民部少辅守备的神吉城。6月26日，攻城战开始，城兵的抵抗非常激烈，激战持续到7月16日，城终于被攻下了，城兵大半被烧死，民部少辅也战死了。神吉城虽然攻下了，不过，孤立无援的上月城也陷落了，尼子胜久自杀，山中鹿介投降后也被杀死了。在播磨的战局告一段落后，光秀返回了坂本城。正准备再次进入丹波时，情况又有变化了，这次却是荒木村重树起叛旗，残酷的战况丝毫不给光秀歇气的机会，光秀又再次出发了。
前章已经叙述过了，在讨伐荒木村重之前，光秀几次劝导村重。同时，有关八上城的进攻，光秀也给予家臣们详细指示。根据<小畠文书>记载，在11月1日进攻八上城的最前线，家臣小畠越前守收到到光秀的亲笔信。信的内容大概是说摄津三田的村重一族的荒木重坚正与波多野秀治联手，很有可能夹击包围八上城的明智军，所以要加强各处的守备。
之后光秀参加了讨伐村重的有冈城攻城战。这时，八上城的波多野军开始活动。11月15日，波多野秀治乘这时机，反守为攻。<水谷家所藏文书>所收的光秀书信写着，“我々留守をねらい候事、笑敷候”。句子中显露出光秀早已预料到波多野军会有此一招。果然，龟山城的机动部队立即调往八上城，加强了围城部队的作战能力。
4日后，光秀从摄津阵地中，再次发了一封信给小畠越前守，命令他修复在多纪郡和冰上郡边界上的金山城，此举应该是为了防止波多野秀治和赤井氏相互联系。同时，荒木村重帐下大将高山右近回到了织田家，村重已被孤立。可以看出，光秀在讨伐荒木村重期间，还是能冷静应付丹波的战局的。
波多野秀治、秀尚兄弟的末期
讨伐荒木村重结束后。光秀依旧回到了坂本城。根据「津田宗及的茶会记」记载，1579(天正7)年1月7日和8日，光秀在坂本城中召开茶会。同时根据『兼见卿记』的记载，同月17日，吉田兼见前往坂本拜访了光秀。所以光秀应该是在2月过后再次出征的，长时间的东征西战后，光秀和其军队也应该休息调整一下了。
但是，在光秀的修养期间，八上城还是持续着攻防战。特别是1月26日，波多野阵营攻击了八上城北侧笼山上的明智军本阵，小畠越前守战死。<小畠文书>记有此事。同年2月16日，光秀写了书信给明智伊势千代丸和小畠一族的其他人。内容大致是称赞战死的越前守忠节，并写明因为(明智)伊势千代丸年幼，在他成年之前由森村左卫门代管家务，而且，为了能让伊势千代丸之后确定能当上继承人，还命小畠一族和左卫门写下了誓书。明智伊势千代丸就是小畠越前守的儿子，光秀赞赏越前守的功绩，赐予伊势千代丸明智姓。
到2月下旬，光秀又开始行动了。1579(天正7)年2月28日，光秀再次攻略丹波，进入龟山城。此后进入多纪郡，一边进行对八上城的劝降，一边缩短包围网，紧逼波多野军。同时，在5月上旬攻打了由波多野秀治一族的波多野宗长、宗贞父子俩守护的冰上山城。光秀与杀出城来的宗长、宗贞父子在近郊的八幡山进行决战，打败了他们。如此，明智大军慢慢的逼近了八上城。
虽然八上城最终被完全孤立了，可是，波多野秀治、秀尚兄弟还是持续着顽强抵抗。光秀也还是继续进行着包围，继续切断城中的粮草供应。逐渐，城内军粮吃尽，饿死者开始出现。同年6月2日，光秀的谋略成功，城内爆发了内部纠纷，捕获波多野兄弟，八上城终于陷落。6月6日，波多野兄弟被护送到了京都，在游街示众后，在安土被处磔刑。光秀也返回坂本。
当时，光秀向城兵保证了波多野兄弟的安全，并把自己的母亲送到了八上城作为人质，光秀请求信长饶了秀治和秀尚，可是信长不允，并将其二人处以磔刑。得知消息后的的城兵，在暴怒后磔杀了光秀的母亲。光秀与信长，就此有了心结。
丹波的平定
波多野的灭亡后，丹波的攻略一口气展开。
光秀7月再次出征丹波。首先，攻打宇津赖重固守的宇津城。赖重经常在归朝廷所有的小野庄、山国庄作乱，而且无视朝廷的要求其退去的命令。7月19日，在明智军的猛烈攻击下，赖重弃城逃走，宇津城陷落。<御汤殿上日记>记载，7月20日，光秀因为此功，被朝廷赐予马、铠甲、香袋等。
同时，<细川家记>记载着，在同月，光秀与长冈藤孝一起，闪电攻击了邻国丹后国。在丹后，一色氏还在抵抗着织田家。长冈藤孝在该年1月先行进入丹波，与一色家当主一色义道交战，攻下了义道的居城八田城。义道此后病死，其子一色义定担任继承人。光秀和藤孝接着攻打义定的居城弓木城，但是义定凭借着坚城作垂死抵抗。光秀和藤孝商量后，觉得在此地耗时间并不是上策，所以藤孝写信给他，要求人质并娶藤孝的女儿为条件，劝告其投降，义定放弃了抵抗，接收了劝降。
终于，在1579(天正7)年8月，光秀再次逼近了之前因为波多野秀治的叛变而进攻失败的赤井氏居城黑井城。其实这时，丹波的赤鬼赤井直正早已不在人世了，现在是由直正的幼子赤井直守护着城。赤井已经没有以前的势力了。光秀也曾感叹过，‘这......不是以前的黑井城’。光秀开始讨伐周边的敌对势力。明智军先攻打了赤井直义的堂兄弟赤井忠家守卫的鬼ケ城。该城是赤井家仅次于黑井城的第二据点。结果忠家弃城逃到了黑井城，与直义一起进行最后的反抗。8月9日，黑井城终于陷落，直义和忠家逃走了。就这样，在丹波以拥有强大势力而自豪的赤井氏灭亡了。
<富永文书>记载着，在光秀攻下黑井城二周后，丹波国内因战乱离散的僧人、商人、农民们逐渐返回自己的家乡，已经开始在复兴丹波国的繁荣了。在扫荡了丹波国内剩余的小规模敌对势力后，在10月12日，光秀在加伊原，接受吉田兼见的阵地慰问。在同月24日凯旋，并前往安土向信长报告平定丹波、丹后的情况。
在<信长公记>中，太田牛一记着光秀被信长赐予战功奖状，‘长年に渡り丹波の国に在国し、粉骨砕身の活跃をし、度々の高名?名誉、诚に比类のないものである’。 同时，太田牛一自己也写下了对光秀对丹波攻略的点评，‘この世の名誉として、これ以上のものはない」’
光秀在开始丹波攻略之后，经历了前后四年的日月流逝，最终平定了丹波。
事变的伏笔
大家都知道，信长是个无神论者，这个可以从进攻本愿寺、火攻延历寺等不敬畏神的残酷行为完全体现出来。可是根据史学资料来看不一定那样，实际上，信长一直保护着基督教，在初期，甚至还保护过佛教。在安土城内还修建寺院，甚至亲自动手复兴许多神社佛阁。他只是不能默视当时很多寺院的腐败(当时很多的寺院都不做修业，只致力于武艺的练习，而且持有武器，争夺政治权力)。信长所做的，只是希望将宗教与政治分开而已。
在《武士与将军》一书中记载着这样的一段文字：‘织田信长不是宗教信徒，但来自葡萄牙的耶稣会传教士发现这位残酷军人还算友善。他公开赞赏教士的聪明与勇气，而他们也感谢他对传教工作的支持。在他的领地下，15万日本人信奉基督教，建起了200所教堂’。有一天，在京都的路易?弗罗易斯神父看到正在观察一所建筑的织田信长。他身穿粗布衣服，披着一件虎皮斗篷。“他作风强悍，蔑视日本所有其他王公贵族，对他们说话好象命令自己的部下。”弗罗易斯写道，“他公开宣称没有创世主，没有不灭的灵魂，没有死后的生命。”
近代，京都市在进行地铁乌丸线工程的时候，发掘很多倒着的石佛和被翻过来的墓石、供养塔、五轮塔、基石等，并发现二条第(现在的二条城)的石垣。(现在展示在京都文化博物馆的里院。) 二条城是文禄12年(1569年)信长为将军义昭营造的城。在路易斯的《日本史》上，记载着关于营造时的情况：“因为缺乏建筑用的石头，他弄倒了多数的石像，在脖子上加上绳后便拉到工事场了。都城的居民因为敬畏着这些的石像，看着信长的举动，他们顿感惊叹和恐怖。”
安土城在建造时也是如此，石佛和五轮塔被用来建造石阶的踏脚石和筑城用的基石。为此信长的宗教观被世人大为议论。而使用石佛来建造的城池的有大和郡山城、和歌山城、姬路城、熊本城，连光秀的福知山城也被确认是利用石佛和墓石来建筑的，此举固然不是为了冒渎神，而是因为在筑城时，为了弥补石头不足，能用到什么算什么的做法。现在看来，这应该是正确和实际的行为。但是，现代和当时的人们对宗教的看法差异甚大，信长的做法在当时可算是闻所未闻了。
让信长一生苦恼的石山本愿寺合战，应该是从上洛时候就开始了，永禄11年为了增加京都的收入，对本愿寺提出了贡献军费五千贯的要求以及从石山退去。本愿寺当然不接受这个要求，拒绝了信长后，随即与信长呈对持状态，另一方面，本愿寺11世主持显如，在元龟元年(1570年)命令各地的门徒一起举兵打倒信长。以及与武田、朝仓、浅井等战国诸侯结盟，结成反信长同盟(信长包围网)，最后，在天正8年(1580年)3月正亲町天皇敕命本愿寺投降。在这长达11年里，双方展开激烈的战斗，为了摆脱窘迫的生活环境的农民和捍卫一向宗的门徒为主体的本愿寺军团，在来世就是极乐净土的保证和以强烈的宗教使命感召下，本愿寺军团无比的团结，在“进则往生极乐，退则无间地狱”的指导下，高念“南无阿弥陀佛”，此无惧的宗教军团令信长陷入长期的苦战。
信长在元龟2年9月12日， 把圣地比叡山延历寺一把火给烧了。
有关记载，光秀在火攻比叡山时忠实地实行信长的命令，明智军在行动中起了决定性的作用。然而《天台座主记》记载着光秀曾经上谏反对。一般认为，光秀初时对信长的火攻比叡山计划是承反对意见的，可是在谏言无效后，因为虚荣心而取得了攻击的总指挥。比叡山延历寺是在长冈京迁都后的延日历7年(788年)在比叡山寺的基础上创建的。比叡山在京都的西北、戌亥的方向，是保佑皇宫的神圣地带，为了请求保佑国家安宁、天皇家安泰等祈祷都是在此举行的。因此，比叡山不仅可以说是朝廷的心脏地区，也是旧佛法的代表寺院。
在信长的天下布武政策中，正亲町天皇始终偏向信长一方，在跟浅井?朝仓的战役呈泥沼化时，便敕命双方和解，信长跟石山本愿寺的战役最后也是由天皇敕命议和的，朝廷还祈祷信长能在战役中得胜等，可以看出两者互相配合的事实。另一方面，信长在发展天下统一时，还是使用旧次序的官位体系，由一开始的‘上总介’，到上洛前‘尾张守’、‘弹正忠’等官职名。虽然在上洛后有一段时间没改换新的官职，不过，在天正3年(1575)11月，担任了从三位权大纳言兼右近卫大将，随后，任正三位内大臣，到天正6年任正二位右大臣右近卫大将，至此，信长已担任了最高层的朝廷官职。
兵变的前一天
按一般的说法，在本能寺兵变的前一天，也就是6月1日，信长在本能寺召开了茶会，并展示了他收集的50多件名物茶器。在这些茶具中，大概约六成是由于战斗胜利后，敌将把茶具作为服从、和睦的证明交给信长的。所以说，信长是为了显示他的权势而召开的茶会。信长在绍鸥学习了茶道，此后，与津田宗久和千宗易等召开了好几次为了展现权力的茶会。茶道，对武士们来说，是与生命和金钱有相等价值的重要嗜好。
以本能寺的来客记录来看，当天参加茶会的都是高官贵人，详细名单如下：
関白 藤原内基
太政大臣 近卫前久
左大臣 藤原内基（兼）
右大臣 近卫信基
内大臣 近卫信基（兼）
前関白 九条兼孝
前内大臣 二条昭実
鹰司信房、圣护院道澄、今出川晴季、徳大寺公维、飞鸟井雅教、庭田重保、四辻公远、甘露寺経元、西园寺実益、三条西公国、久我季通、高仓永相、水无瀬兼成、持明院基孝、予（言経）、庭田黄门、勧修寺晴豊、正亲町季秀、中山亲纲、乌丸光宣、広桥兼胜、东坊城盛长、五辻为仲、竹内长治、花山院家雅、万里小路充房、冷泉为満、西洞院时通、四条隆昌、中山庆亲、土御门久脩、六条有亲、飞鸟井雅継、中御门宣光、唐桥在通、岛井宗室
也就是说，朝廷的高官，除了皇族以外，自关白以下，连同前职全部到场了。其他还有五摄家(关白担任的门第，乃近卫、九条、二条、一条、鹰司五家)。大体上全部人员都为堂上公卿(四位以上的公卿)。如此，好似整个宫廷都移向了本能寺。以这个阵势，如果说光光是为了喝茶的话，是难以令人置信的。唯一可以解释的，就是为了某项协议而进行团体交涉。顺带一提的是，编写了《晴丰日记》的劝修寺晴丰也在其中。而任命岛井宗室来招呼众人，想必信长的目光已经朝向了九州。当时，担任信长的茶头津田宗及和千利休政正在界为接待德川家康而举行茶会，所以并没有在这个茶会中出现。
在此之前，天正10年5月，信长还做了一件让耶稣教会的宣教师们大吃一惊的事情。信长在安土城内设置了‘盆山间’，把各国神社里的神位全都移至其内，并把放置这些神位的石头命名为盆石，作为自己的神位使人们前来祭祀，还把自己的生日改为圣日同一天。在兵变前一晚，众公家齐聚本能寺，肯定是为了要与信长协议此事。
信长与朝臣们之间的关系恶化，是从天正9年时开始的。上文已经提过，就是围绕着让位问题和插手日历的制定这两件事。对于一边利用朝廷一边凭着武力显耀权势的信长，朝臣们有着严重的危机感，与信长的关系最终达到了互相敌视的境地。介于信长的例子，其后的天下人都吸取了经验，对朝廷始终表现出敬意，虽说还是在利用朝廷，甚至还自认是朝臣的私生子，可并没有侵犯天皇和朝廷的权威。
关于光秀袭击信长的动机，有很多种见解，其中最有名是“野望说”。在高柳光寿写光秀的传记中，记述着‘信长想要天下，秀吉想要天下，光秀也想要天下。’ 相信‘野望说’的人都是以光秀在爱宕神社所作的诗句为根据的。光秀在本能寺袭击信长之前，在爱宕山进行祈祷，当时举行了连歌会，连歌会中各人所作的连歌就是有名的爱宕百韵。光秀吟作的第一句是：‘时は今 天が下しる 五月哉’。‘时’通指‘土岐’，而明智光秀就是出身于土岐氏，整句话的意思是：‘现在，土岐家出身的明智光秀会在五月统治天下’。总而言之，就是暗指光秀在眺望着天下。然后关于这个爱宕百韵，各种资料记载的虽各有不同，但是意思都是一样的，语句中都包藏着光秀的野心。
《総见记》
时ハ今天（アメ）ガ下（シタ）シル五月（サツキ）カナ 光秀
水上（アゲ）マイル庭（ニハ）ノナツヤマ 西ノ坊
花落（ヲツ）ル池ノ流（ナガレ）ヲセキトメテ 绍巴
《明智军记》
トキハ今天ガ下（シタ）知（シル）五月哉 光秀
水上マサル庭（ニハ）ノ夏山 行佑
花落ル池ノ流ヲ堰留（セキトメ）テ 绍巴
《川角太閤记》 《甫庵信长记》
时はいま天（あめ）が下しる五月（さつき）かな 光秀
水上（みなかみ）まさる庭のまつ山 西坊
花おつる流れの末をせき畄めて 绍巴
《常山纪谈》
ときは今あめが下しる五月かな 光秀
水上まさる庭のなつ山 西坊
花おつるながれの末をせきとめて 绍巴
兵变的疑点
历史小说《信长燃烧》的作者安部龙太郎，认为本能寺兵变的背后黑手其实是近卫前久。《信长燃烧》是以战国三部曲的模式编写的，贯彻这三部曲的完全是按安部个人的历史观，不过与史实比较也无较大的矛盾。安部认为‘兵变’是由‘朝廷方面干预’的，安部的历史观是这样认为的，‘尊皇的近卫前久与细川幽斋联合，为了讨伐无视朝廷、想作为人神而君临天下的织田信长，挑唆明智光秀，使之引起兵变，信长死后。唤回足利义昭，策划复兴幕府。’
1990年后半年，对于‘兵变’进行了再一次的仔细研究，很像以下的‘怨恨’说都被否定了。
1、因为在安土接待家康时的屈辱......《川角太阁记》、《甫庵信长记》
2、在进攻丹波八上城时，因为人质的交换，光秀母亲被杀......《总见记》、《原本信长记》、《柏崎物语》
3、因为齐藤利三的问题和信长的暴力......《明智军记》、《续武者物语》
4、因为庚申接待酒席上信长的暴力......《义残后觉》《柏崎物语》
5、因为在甲州征伐时，信长在诹访阵中的暴力......《祖父故事》
6、光秀妻子对信长的无礼......《落穗杂谈一言集》
7、与武田胜赖私通......《甲阳军鉴》
8、森兰丸将会拥有光秀的领土......《石山退去录》
最近，‘朝廷干预说’被作为主要的研究对象。并且，许多人和安部一样，认为朝廷方面代表者(黑幕)就是前久。当然，只靠前久的话，这样的计划是不可能实施的，在其同夥中，有吉田兼见、劝修寺晴丰、山科言继等。兵变后，织田信孝在京中发出布告，到处找寻前久的去向。信孝追捕前久的理由是，在光秀军攻击二条城时，在前久屋子旁的屋顶上，有人用铁炮向二条城开枪。所以信孝认为，前久与‘兵变’是以某种形式相关联的。前久之所以能在信孝和秀吉搜捕下逃出，完全是依靠家康的帮助，前久先逃到家康的领地滨松，过后，因为家康的关系，与秀吉和睦。天正13年，秀吉自称公卿养子，担任关白之位，作为信长继任者的秀吉，其实是很期待得到征夷大将军的官职，本来想通过前将军足利义昭来到达当上将军的目的，因此花费了很多金钱和贵重物品，一再请求义昭收他为养子，不过义昭始终不肯答应。最后，秀吉就是靠了前久，才当上了关白。所以，秀吉和前久之间也必定藏有某种交易。
也有反驳‘前久黑幕说’的，谷口研语在所写的《流浪的战国贵族近卫前久》中，‘前久和信长的关系非常良好，因为信长之死而出家，也因为与信长的关系而受到其他朝臣的嫉妒，在被他人谗言后出奔。’。
天正13年，朝臣山科言继被正亲町天皇放逐了。表面上是说他过於好赌，其实，是由于秀吉的责问。当年在‘兵变’后，吉田兼见祝福过光秀，在山崎之战后也被秀吉责问。可是，前久作为‘朝廷干预’的嫌疑者，秀吉确并不采取任何措施。
可是‘朝廷干预说’里也有数处疑问，
1、为何光秀军没攻击本能寺前村井长门守贞胜的房地？
2、朝廷干预的话，为何光秀军没有对朝廷进行保护？
3、为何在袭击本能寺的同时，没有攻击织田信忠(信长嫡子)所在的妙觉寺？
因为这些问题，有人否定了‘朝廷干预说’，认为‘本能寺兵变是因为丹波武士团为反对检地而进行的武装起义。’
疑惑1.中国大返还
天正5年(1577年)8月8日，信长因为上杉谦信的侵入，派遣柴田胜家、羽柴秀吉前往加贺，不过，秀吉由于和胜家意见不一致而随意地领军回国了。本来这是死罪，可信长只是严厉斥责了秀吉，命其以后谨慎行事而已。秀吉并没有被处罚的原因，主要是因为信长的嫡子信忠和光秀的助言。在攻略丹波后，因为播磨方面的重要性，命令光秀前往支援，此举带有一定的惩罚性。为了进攻中国，已经向播磨派遣了秀吉，再派光秀的话，就是说光秀将是秀吉的副将。事变当日，秀吉在离京都相隔二百里的备中高松(冈山县)城与毛利军对持，并用水攻包围着高松城。京都的‘非常事件’在次日，也就是6月3日的深夜，传到了秀吉阵营，秀吉得知消息后，次日正午便与毛利进行和议。
一、高松城主清水宗治切腹自杀。
二、以山阴、伯耆的八桥河境作为界线，以山阳、备中的河边作为界线。
根据以上两个条件，秀吉与毛利方面交换了誓文，接收了毛利方的人质后，便在当天夜晚撤往京都。到达姬路后，仅在姬路休息了一日，9日早晨便从姬路出发。13日，4万多军势已经到达了山崎准备战斗。当时军团的移动能力，一般日行军二十里，然而秀吉却是以两倍的速度完成行军。对于旧陆军分析后，得出秀吉军的速度相当于强行军，根据地理情况，这应该是无法做到的。根据古文书记载，当时正是豪雨季节，恶劣的路况应该使行军速度更为缓慢。所以，秀吉的快速行军，很大可能是已经派遣了一部分军势先行出发，并在姬路待机。所以，从整个大局来看，秀吉可能就是那只幕后黑手，在指使光秀下克上后，自己再以大义名分讨伐光秀，以此可以顺利当上信长的接班人。
又或者，与光秀素有密议的朝臣们，在秘密的背后还隐藏着一层更深的秘密暗杀行动。一般来说，光秀为了支援秀吉，才调动军队出兵出云、石见的。信长也是接到来自秀吉的支援请求，而前往中国地区的。信长本人完全没有打算要与毛利和睦的意思，期盼着决战的到来。然而，秀吉却把高松城做为筹码等待着和议，这明显是违抗命令。仔细分析此状况的话，可以大胆假设，光秀被派遣到日本关西地方乃是信长的出兵计划，信长对于不经过自己的准许，而打算与毛利和议的行为，感到非常的生气，以信长的脾气，便是立即撤下总帅秀吉，派遣光秀前往代替。
很快察觉到信长动向的秀吉，随即从高松城撤回了主力部队，秘密的回到了姬路。秀吉也许打算等信长经过姬路时，伏击信长，然后在毛利的支持下，建立秀吉政权。所以，山崎之战与其说是秀吉的‘信长复仇战争’，不如说，是表示着旧幕府势力对抗秀吉、毛利联军的战争。作战期间，伊势贞兴、诹访飞弹守、御牧三左卫门等旧室町御所奉公众全部英勇战死(《莲成院记录》、《言经卿记》、《多闻院日记》)。
因此，非常有可能，秀吉已经有了袭击信长的计划，当准备周全后，本能寺兵变却发生了，机警的秀吉马上反过来利用了兵变。
疑惑2.有关人员的死
在山崎之战的12天后，织田家重臣开始商谈战后处理。因为安土城被烧毁，柴田胜家、丹羽长秀、池田恒兴、羽柴秀吉四人在尾张的清洲城里进行了会议。这就是世间所说的清洲会议。
清洲会议中，主要是协商信长的继任者，秀吉推举信忠嫡子三法师丸(2岁)为接班人，秀吉自己担当保护人。在此次会议的出席者中，那些作为秀吉的竞争对手，或是与兵变有关系的人，在以后数年间，不是被秀吉杀死就是惨遭横死。
原织田家第一号人物柴田胜家，在天正11年4月24日，当北之庄城被秀吉攻下时，与妻子(信长的妹妹?市)一同自刎。
第二号人物丹羽长秀，他在清洲会议上是支持秀吉的。因为如此，天正13年4月16日，秀吉赐给了他越前一国以及加贺的能美、江沼的二郡，长秀转眼成为领有一百二十三万石的大名了。不过，喜悦也只是一刹那的事，因患疾病，不能忍受痛苦便切腹了。也有人说，他是被旧臣长束正家毒死的(长束正家因为这个功劳，被秀吉厚用)。继承长秀家业的长重，根据《当代记》和《宽政谱》的记载，从一百二十万石减少为加贺松任城四万石。
池田恒兴，与长子元助一起，成为岐阜和大垣城主，天正12年4月9日，被秀吉命令进攻冈崎时，不知被什么人用枪打死了。《太阁记》记载，恒兴领军突入，很快被讨死。好象被敌军德川方‘捡到首级’，所以并不是战死。
猛将齐藤利三
天正10年，信长在进行着对毛利的中国平定战和对上杉的北国平定战之外，重新组织了对长宗我部的四国平定战。这一年的2月，信长任命三子信孝作为四国征讨军的总大将，信长答应在平定四国后，将赞岐一国封给信孝。信孝出兵四国的日子也就是本能寺兵变发生当日，6月2日。据说，四国征讨军的兵力超过了进攻本能寺的光秀军。可是，尽管得知了兵变的消息，信孝不仅没有聚集军队去讨伐光秀，其1万4千余的部队还无端的陷入混乱，兵卒在极为恐慌之下，纷纷逃走，四国征讨军事实上已经消失。信孝之后与秀吉军合流，在山崎之战中呈观望状，那时兵力仅剩4千。
由此，可以猜测为何光秀要在6月2日进攻本能寺了。在兵变后，四国征讨就立即中止，以这样的结果来看，光秀的动机很有可能是为了相助长宗我部元亲，使其脱离险境。其实光秀和光秀的重臣齐藤利三与四国土佐国长宗我部元亲有着很密切的关系，此处在前文中已提过。
利三是齐藤伊豆守利贤孩子，出生于天文7年(1538)(一说天文3年)，开始在美浓齐藤义龙帐下，接着侍奉稻叶一铁，最后在元龟元年(1570)侍奉光秀。光秀在平定了丹波后，给予了利三一万石的领地。一说，利三父亲的妹妹嫁于光秀的叔父，光秀的妹妹是利光的母亲。还有人说光秀是福(春日局:利三的女儿)的叔父。所以，齐藤利三表面是光秀的家臣，实际上，他是以明智、齐藤‘一族众’的身份，协助光秀的。
利三在本能寺兵变及山崎之战中非常活跃，《言经卿记》和《天正十年夏记》都有记载。‘日向守属下齐藤藏助是此次计谋叛乱第一人也’(《言经卿记》)。 《天正十年夏记》：‘六月十七日，晴。清晨，齐藤藏助者，明智的属下，武者也，率军攻打信长之主犯也。被压京中申候’。 许多人认为，齐藤利三才是本能寺兵变的主谋。事实上，利三是个优秀的武将，他留有很多逸话。他开始侍奉着稻叶一铁，不过，因故转为侍奉光秀。过后，一铁向信长呼吁此事，想要讨回利三，信长应允后，并吩咐光秀送回利三。光秀说，‘有此优良的部下不是因为我，而是因为大人。’意思是信长事先说好了的，理屈的信长十分生气，重重责备了光秀，甚至还打伤了光秀的额头。此后，利三对光秀十分感激，发誓效忠。
在天正3年，怀有支配全四国野心的元亲，通过光秀与信长进行交涉，并向信长发誓效忠。当初，信长对元亲并没有什么坏印象，所以与元亲缔结盟约。然而，双方关系在天正9年发生破裂。当时，元亲正在进攻阿波、赞岐，信长传达了‘阿波的支配委托给了三好’的单方面命令。结果，元亲没有服从。信长随即就有了讨伐四国的意思，并开始着手准备。同时，作为信长和元亲中介的光秀也被撤去了在四国所担当的职务。《长宗我部元亲记》有象下面一样的记述：‘齐藤内藏助担心四国的安危，鼓动明智殿计谋叛乱’。
在配合有关介绍利三的记述，以及兵变的一连串的流动中，利三在这其中所起的作用大小是显而易见的了。
本能寺之变爆发 六月二日黎明
明智光秀袭击京都本能寺，逼迫主君信长和世子信忠自尽的事件发生在天正十年（1582）六月二日黎明时分。信长享年49岁。
当时，信长的部将们都在远离京都的各条战线上奋战，明智光秀就是利用了信长部下军团分散，自身警备又薄弱的状况突然发难，一举成功的。
羽柴秀吉正在中国（日本中国地区，本州西部）前线同毛利打得难解难分。秀吉包围了毛利方大将清水宗治把守的备中高松城，并发动水攻。在接到信长父子遇难而亡的急报后，秀吉立刻同毛利方议和，开始撤退。而后马不停蹄地由中国战场赶到京都郊外的山崎。在这里秀吉一举击败了明智光秀，取得了辉煌的胜利。秀吉是信长部将中第一个打出“为故主报仇”的旗号，又获得了成功，从此踏出了成为天下人的第一步。
秀吉接到信长死讯（六月三日以降）
六月三日
深夜，正在对高松进行水攻的秀吉阵地闯来了一位不速之客，那就是明智光秀派去向毛利通报信长死讯的秘使。这位倒楣而不称职的秘使竟然因为迷失道路来到了他不该来的地方。秀吉的士兵抓住了他，送到秀吉那里。本来只是把他当作寻常间谍看待的秀吉很快意识到他不是一个普通的间谍。倒不是因为他回答问题像竹筒倒豆一样干脆，也不是因为他有什么特殊的才能，而是因为从他口中听到了一个惊人的消息：信长在本能寺受袭身死了！吃惊之余，秀吉为防止走漏消息，马上处斩了这个秘使。然后叫来传令兵，将“为了表示和谈诚意，我们主动作出让步，不要割让土地，只要清水宗治自杀”的口信传达给毛利方。
在毛利这边自然对信长的横死一无所知。他们只知道信长正组织大军前往备中。不赶快撤退的话就有把毛利家的一家一当败个精精光光的危险。如果说有什么因素阻止他们赶快开溜的话，那就是守卫高松城的清水宗治和他手下数千的士兵了。好歹是来救援他们的，不能扔下他们就跑，至少有个台阶。於是毛利很早就开始和秀吉为了这个台阶开始讨价还价。因为秀吉坚持毛利割让大片土地，一直没有谈成。这时接到秀吉如此丰厚的条件自然喜出望外，完全没有考虑原因，马上回复说接受这样的条件。於是不管清水宗治这位不屈的毛利将领是否愿意，他都难逃一死了。
六月四日
清水宗治在高松城下，秀吉制造的人工湖上当着两方众多将士的面引刃自裁了。同时秀吉与毛利交换了誓书和人质，和议达成。直到此时毛利还被蒙在鼓里，对信长的死一无所知。
在毛利这边收拾行装准备班师的同时，秀吉也没有闲着。首先秀吉就给同明智过从甚密的中川清秀送去了“信长父子安然无恙平安脱险，现在正在回归安土的路上”的假消息。难辨真伪的中川清秀决定不急着把宝押出去，先观察观察。最后明智光秀当然是没有得到他的帮助。
六月五日
秀吉从自己的本阵向毛利方眺望，观察动静。秀吉最想知道的是自己一旦开始撤退毛利会不会追上来。虽然最后秀吉也没有看出个所以然来，但是秀吉已经顾不上这些了，后面还有很多事情需要紧锣密鼓地准备。
