信长贯彻的‘天下布武’，很多人认为就是以武力消灭旧体制，统一天下后，树立替换室町幕府的新政权。在后期，信长在京都放逐足利义昭，完全显露出其建立新政权的意向。但是我觉得在起初，信长并没有想要推翻幕府的打算，而‘天下布武’纯粹是信长想要以武力统一全国的口号，所以在上洛之初，信长和足利义昭的意向是相同的。
1568(永禄11)年7月13日，足利义昭与细川藤孝，还有和信长派来迎接的使者村井贞胜、岛田秀满(秀顺)、不破光治一起，离开了越前，前去会见信长。同时，朝仓家的朝仓景恒作为送行的使者，护卫着义昭一行到国境。在这一行人中，并没有明智光秀的名字，在《细川家记》和《明智军记》同时记载着，在1566(永禄9)年时期，光秀已经在织田家了。但信长却是在1567年平定美浓的，所以，光秀当时应该还是在义昭身边，根据前一章有关光秀离开朝仓的缘由，可以大胆的假设，光秀已经列入朝仓家的黑名单中。
义昭由织田家的盟友浅井长政一路妥善安排，在7月22日，于岐阜城下的立政寺与信长会面。由于双方的想法一致，很快就确定了上洛的计划。此后，对于挡住了上洛去向的六角承祯，信长派出了使者，让承祯向义昭发誓效忠，并让出道路。可是，与三好三人众有来往的承祯一口拒绝。不得已信长只好返回岐阜，9月7日，信长动员了尾张、美浓的兵力，加上德川家康的援军，总共六万余军势，浩浩荡荡的离开了岐阜。次日，在近江高宫布阵。而六角承祯以本城观音寺城为首，巩固了箕作城、和田山城、日野城、水口城、长坂城，草津城的守卫，采取了绝对的守势。观音寺城附近的箕作城，是六角整个防线的关键处，信长命令佐久间信盛、丹羽长秀、木下秀吉等前往攻击。(此时，光秀与织田信时、柴田胜家一起，正在进攻和田山城。) 9月12日，箕作城陷落。次日，织田军包围了观音寺城，六角承祯、义治父子弃城而逃，跑到了伊贺，织田军大捷。在消灭了挡住通道的敌人后，义昭与信长在9月26日一起来到了京都。
过了二十几天后，10月18日，义昭担任了室町幕府第15代将军。信长在留下了5000守备兵后，于10月26日返回了岐阜。
1569(永禄12)年4月14日，光秀终于登上了历史舞台。那是一封关于贺茂庄中宛的知行的签名书，是与木下秀吉一同签名的。这封签名书，是光秀存在于日本战国时代的确凿证明，是有关光秀最古老的史据。
其实在那之前，已经有了光秀开始活跃的记载。1569(永禄12)年正月4日，因为义昭的上洛，而被赶出京都的三好三人众招集了许多浪人，进行反攻，包围了京都。在这些浪人中，有被信长逐出美浓的齐藤龙兴和龙兴的重臣长井隼人。当时，义昭所在的六条本圀寺转眼间就被包围了。光秀与细川藤贤、织田左近将监、野村越中守、赤座七郎右卫门、赤座助六、山县源内、宇野弥七等一起进行防御。
最后，此次战斗以织田军的大捷而告终。本圀寺虽说是寺院，却与城郭一样，在外层挖着护城河，所筑围墙也是非常的坚固。光秀等拼死防御，山县、宇野二人战死，至始至终未让乱军踏入寺院一步。留在京都的细川藤孝、三好义继、荒木村重等率军救援，三好势在撤了包围圈后撤退。在撤退途中，在桂川附近和藤孝的部队发生了激战，因为三好的部队多半是临时召集的乌合之众，很快的就被歼灭了(六条之站)。在交战时，信使飞马来到岐阜的信长处。知道消息后的信长，在大雪中赶入京都，不过，在他到达时，三好势早就被消灭了。
信长深怕三好势死灰复燃，再次前来袭击，就在京都筑起城池，也就是二条城。2月2日，工程开始，信长亲自担任普请总奉行，村井贞胜和岛田秀满(秀顺)二人担任大工奉行。在城池建设期间，许多其他的奉行工作都被搁置，一同从事了营造。4月，二条城建设完毕，义昭从本圀寺搬进了信长为他新建的城池。
京都的政务本来是由柴田胜家、佐久间信盛、蜂屋赖隆、森可成、坂井政尚五人共同执行的。4月1日，进行了大幅度的人事变更，任命丹羽长秀、明智光秀、木下秀吉、中川重政四人来管理京都的政务。原先的安排，是因为三好三人众在畿内依然保有势力，所以在上洛初，由擅长军事的柴田胜家、佐久间信盛等执行管理。当六条之战获胜以及二条城的建设完工后，局势稳定，所以把重任交给了木下秀吉和丹羽长秀，而光秀的上任，是考虑到了他的教养、人际关系和外交手腕。为了能与公家众以及将军义昭的交涉顺利，舍光秀其谁？
同时，这时的光秀，虽是织田家的属下，但也是足利义昭的近臣。简单来说，信长和义昭都是光秀的主人。在与朝廷和幕府都能进行交涉的光秀，对于信长来说，正是不可多得的人才。4月16日，光秀与木下秀吉、丹羽长秀、中川重政四人一起签署了一封给朝廷立入宗继的书信。书信内容是报告信长裁决了反乱的丹波国人宇津赖重。
金崎撤退
上洛初，信长和义昭有着共同的志向，不过两人逐渐产生了不和。义昭想借助信长之手，恢复幕府的威望，自己也能完全掌握政权。可是，信长并不是那么想的，信长之所以推戴室町将军，只是想利用旧体制，来达到天下布武的目标。也就是说，也只是把义昭作为傀儡将军。在这时期，信长还与上杉谦信系结着同盟，为了不与这种旧思想的保守大名产生直接的冲突，以义昭为首的旧体制目前还是不可缺少的。
1570(元龟元)年1月23日，信长为了限制义昭的行动，给其发布了一封‘五箇条书’。从这时开始，双方可以说是完全决裂了。之后，义昭积极接近日本的反信长势力，形成‘信长包围网’。
1570(元龟元)年，看到「五箇条书」的义昭，决心和信长进行彻底的对抗，首先往越前的朝仓义景派遣了使者，拉拢朝仓家加入打倒信长的联合阵线。因为义昭之前投靠过朝仓义景，所以在各大名中，义昭和义景的关系最佳。
1月23日，信长以义昭的名义，向畿内各国大名发出了号召，可是朝仓义景拒绝了。有了这个名分后，在4月20日，信长终于组织了讨伐朝仓义景的军队。光秀自然也在讨伐军中。织田军北上后，进攻琵琶湖西岸的越前敦贺郡，25日，逼近了朝仓的手筒山城。当天，手筒山城陷落。翌26日，攻破朝仓景恒固守的敦贺郡重要据点金崎城，并持续势如破竹的进攻。全军集结在木芽峠，准备一举进攻福井平野，这时，急报传来。
前田利家：“殿，在下听到一些传言。”
织田信长：“是什么传言？说吧。”
前田利家：“是。在下听到浅井家与朝仓家秘密勾结。长政正准备出兵协助朝仓。”
织田信长：“......又左卫门......这一定不是真的，长政是我的义弟，而且支配着江北一带，应该不会有什么不满的。”
信长起初听到这个传闻时，并没有深信。不过，情势逐渐变的明僚了。在浅井家中，对于和织田家的同盟，本来就分成两派。与市结亲、与信长亲密往来的长政(亲织田派)，和一直念念不忘之前与朝仓家渊源的长政父亲久政(亲朝仓派)一直持有相反的意见。当初在与信长结盟时，织田家也赞同不攻击朝仓家，如此才说服了久政，缔结了织田浅井同盟。可是，信长轻易的违反了这个约定，久政强烈要求长政救援朝仓家，长政自己也对信长此举感到疑惑，觉得信长并不是个可以信任的人，终于，下定了决心救援朝仓。
木下秀吉：“殿，小谷的市样派来了一个慰问军队的使者。”
织田信长：“现在可不是时候啊。”
木下秀吉：“您瞧一下这个，这是市样给您的。”
织田信长：“这是......那样的话......不妙......全军撤退!!马上做撤退的准备！”
明智光秀：“袋中之鼠吗？”
当时，信长的妹妹市，使人送来一袋小豆，袋子的两头都用绳子绑住，这是市在给阵地之中的信长报讯，两端的绳子代表着浅井、朝仓军，中间的小豆代表织田军，这意味着织田军被敌人前后包抄，局势很紧急。
织田信长：“全家退往京都。秀吉、胜正为殿军，还有光秀。拜托你们了。”
木下秀吉：“殿！秀吉以性命保证，一定让殿安全撤走。”
织田信长：“靠你们了!!义景......还有长政......这个屈辱我信长定当双倍奉还!!”
就这样，信长从若狭迂回经过朽木谷，捡了条命逃回京都了。据说最后跟随其左右的人，就只剩十人而已。
众所周知，此次撤退战，是由秀吉担任的殿军，促使信长安全退却，之后被称呼为‘藤吉郎的金崎撤退’。但其实，此时光秀也加入了殿军，但是却不为人所知。
金崎城至今还流有木藤、明十、池筑等传闻，‘木藤’当然是指木下藤吉郎秀吉，‘池筑’是指池田筑後守胜正，‘明十’就是明智十兵卫光秀了。可以想象，带领着擅长的铁炮队，为了让信长撤退，放出阵阵弹雨，使敌军难以靠近，光秀勇敢作战的英姿，却被后来的小濑甫庵和《太阁记》给完全涂改了，战功也全都成了秀吉一个人的了。
4月30日，信长返回京都后，立即准备讨伐浅井和朝仓。首先，为了去除后顾之忧，命令京都附近的诸势力交出人质。这时，光秀与丹羽长秀一起，前往若狭，以武田家臣武藤友益作为人质对象，带回了他的母亲为人质。5月6日，二人返回了京都。
在同一时间，近江守山城爆发了一揆。这个时候守备守山城的是西美浓三人众之一的稻叶伊予守良通(之后的稻叶一铁)和其子贞通，一揆阵营几次攻打城池，都被稻叶军击退。当时与良通、贞通父子一起镇压一揆的，就是稻叶家臣齐藤包藏助利三。齐藤利三之后成为光秀的重臣，是本能寺兵变的核心人物。利三从稻叶家改仕明智家一事，成为光秀和信长之间的矛盾之一。有关此事，在后面关于本能寺兵变的章节中会详细叙述。
织田军与浅井朝仓联军的战斗逐渐呈白热化。信长在京都周边的据点配置了柴田胜家、森可成、佐久间信盛、中川重政等巩固防守，自己返回到美浓，整顿军备。之后的六个月中，整个近江地区都展开了激战。特别是在9月～12月，在南近江志贺郡展开了整整三个月的会战，这次战斗被称为‘志贺之阵’。光秀由于这次的‘志贺之阵’中的奋战和翌年的军事行动获得军功，不久被提拔为坂本城主，支配整个志贺郡。
6月28日，信长得到德川家康的支援，在近江姊川与浅井朝仓联军决战。织田军为确保东近江和美浓的交通线，先进攻了横山城，这次战斗也很激烈，虽然并没有对浅井军带来很大的伤害，但是对战局却有着很大的影响。光秀也参战了这次的战斗，不过并没有立多少战功。同时期，信长在京都的咽喉之地南近江比叡山附近建了好几个城砦，光秀也亲自建了一个穴太砦。
之后，浅井朝仓联军整顿好军备，从琵琶湖西岸往南近江侵占。9月18日，浅井朝仓总共3万大军，开始攻击宇佐山城。织田军在宇佐山城的守将是森可成，手下只有1000人的兵力，不过，以可成为首，织田家将士拼死奋战，当天成功的击退了敌军。第二天再次受到攻击时，织田方寡不敌众，宇佐山陷落，森可成战死。还有信长的弟弟织田信治、蒲生贤秀的弟弟青地茂纲、尾藤源内、尾藤又八、道家清十郎、道家助十郎等多数将领战死。随后，联军跨过宇佐山，21日越过逢坂的关隘，在京都近郊的醍醐、山科的周边地区放起了大火。正当战况呈白热化时，大坂的石山本愿寺也对织田家发动了攻击，织田军顿时陷入困局。
在柴田胜家的努力下，信长在摄津聚集军队开始进行反攻，9月25日，与浅井朝仓联军对峙。联军驻守在比叡山延历寺。比叡山延历寺一直处于中立状态，信长向延历寺派出使者，要求其停止庇护浅井朝仓阵营，但延历寺拒绝了织田方的要求，摆出了对立的姿势。翌年，信长包围了比叡山，呼吁联军进行决战。不过，联军并没有与织田交战，他们通过将军足利义昭，使天皇发出敕命，迫使双方议和。在这段时期，光秀在比叡山西麓筑起了胜军城，并担任京都方面的防卫。
