危机四伏的信长，加强了琵琶湖沿岸的防卫。可是，还有一个问题没解决，那就是在前几年，森可成战死后，宇佐山城城主一职尚无合适人选。因此，信长任命光秀为宇佐山城城主。表明上是因为光秀在金崎撤退等战斗中建立了的军功，而实际上，信长是想把光秀配置在离京都较近的城，如此与足利义昭谈判起来比较有利，而且能随时获知朝廷的动向。对于光秀自己，在火烧比叡山中，起了主要的作用。
根据《天台座主记》的记载，对于火烧比叡山这个计划，光秀曾在信长面前冒死谏言过。不过从近几年陆陆续续出土的史料来看，光秀是很积极的参与进攻比叡山一事的。其中有一封光秀写给比叡山东麓的雄琴地区的的土豪和田秀纯的，书信大致内容是要求和田氏归顺织田，并进入宇佐山城协商将来互相支援的事项。其中还谈到了不肯归顺织田家的仰木氏，言语之中透露出要灭仰木一族的意思。 而这封信寄出的时间是总进攻的十天前，也就是说光秀为了此次的进攻，在对周围的势力进行强压下怀柔的政策。
1571(元龟2)年9月12日，光秀对周边诸势力做足了工作后，一切准备就绪的信长，终于对曾经庇护过浅井朝仓军势的比叡山延历寺发动了总攻击。
明智光秀：“殿，布阵已然完毕，任何时候都能发起进攻了。”
织田信长：“是吗？......好......是时候惩罚延历寺的恶僧了......全军准备！”
武井夕庵：“御馆!!且慢!!”
织田信长：“呃？若是要相劝，那就不必说了。”
武井夕庵：“听我一言。比叡山延历寺是从前传教大师(最澄)为了保佑国家而建立的寺院。如果就这么烧了它的话，御馆会遭到天罚的。”
织田信长：“哈哈哈......夕庵啊，毋需担心，不用怕什么天罚，只是一些木像石像而已，放心......”
佐久间信盛：“御馆，我也有话要说!!”
织田信长:“信盛......你在这里做什么？......去做好你自己的事情！”
佐久间信盛：“御馆，延历寺自桓武天皇以来，一直是皇宫的圣地。因此，自古至今，延历寺从未受到侵犯，没有人敢这么做。如果我们这样做的话，将来一定会遭到各国严厉的谴责的。”
织田信长：“......你这笨蛋......我们这是在消灭国贼！！我们为了平息天下的战乱，复兴王道，每天修身养性，努力的做好每件事。可是，前几年比叡山的恶僧，包庇我们的敌人浅井和朝仓，并忽视我们的劝导，而且，山上的恶僧平时胡作非为，鱼肉百姓，他们是披着羊皮的贼！！ 不用理会将来的评价，相信自己的信念。你别在这里碍手碍脚，回到你的岗位上去！”
“佐久间军纪”和“甫庵信长记”等都记载着织田家宿老佐久间信盛和信长的老近习武井夕庵向信长进谏的事，“名将言行录”也谈到过此事。其实，他们还不只一次的向信长谏言。这二人，所遭到的境遇对比非常鲜明。或许夕庵是信长的亲信，又或许因为他的人品魅力，他的谏言都被信长一一重用。而信盛，他也不是无能的武将，不过，却屡次遭到信长的贬斥。最后，信长以懈怠进攻石山本愿寺为理由，把信盛逐出了织田家。
信长这个人，就算是老臣或功臣，做错事一样会严厉的惩罚，丝毫不留情。在后来，光秀也遭到了同样的待遇。
信长：“来人，给我传达命令！开始攻击根本中堂、山王二十一社......还有其他建造物，只要是属于比叡山的，给我全部烧光！不准放过一人下山！”
三宅弥平次(之后的明智秀满)：“殿......这样做的话，能被世人所容许吗？......”
明智光秀：“......信长的命令，不由我们质疑。比叡山上和尚并没有管理好镇护国家的道场，日常的举止礼法和修业也十分懈怠，私藏女人积蓄金银，甚至连兽肉也都食用。况且，这里也是京都地区的战略据点......浅井、朝仓......放置不管的话会很危险.......”
三泽秀次：“殿！”
明智光秀：“少兵卫，怎么了？”
三泽秀次：“有女人和孩子逃了出来，寻求帮助。我们要怎么处理？”
明智光秀：“明白了。先把他们保护起来，我去问一下信长殿的意思。”
根据《信长公记》的记载，当时根本中堂和山王二十一社等建造物，都被织田军点燃了，佛像、经文都被烧的一干二净，男女老少都光着脚到处乱跑。
明智光秀：“殿，有女人和孩子逃到我的阵营里，寻求保护，您看怎么办？”
织田信长：“搞什么！不用理会，全部杀了，不留一个活口！”
明智光秀：“这个......请听我一言......这次的行动，是惩罚上次包庇了浅井、朝仓的和尚，那些女人和孩子都是无辜的......”
织田信长：“不用多说！住在比叡山上的人都是敌人。和本愿寺的门徒一样，放了他们的话，他们以后一定会反对我信长的。”
明智光秀：“可是，那些人并没有做错什么啊，还请您放过他们。”
织田信长：“光秀!!连你都这样吗？......这是命令！不遵从命令的人立即裁决!!! ”
明智光秀：“是......明白了......”
根据《信长公记》记载，总攻开始后，织田军呐喊着从四面八方攻了上去，追赶着四处乱窜的僧侣、女人、孩子，那些僧侣，不论有无学问，捉住后全部砍掉，首级一一向信长报告。同时，被抓住的美女和幼儿，有些分给了信长的部下，大都也被无情的斩的头。
明智光秀：“......少兵卫!!弥平次!!这是命令!!全部杀掉!!不留一个活口，全部杀掉!! ”
三泽秀次、三宅弥平次：“是！”
明智光秀“......”
关于火烧比叡山一事，不管光秀是否曾经死谏过，光秀事前事后都忠实的实行着信长的命令，使信长的计划圆满完成。不过，信长的本性完全显露，光秀在自我罪恶感剧增的同时，对于信长的看法也大为改观。要知道，在日本战国时代，不光是大名在挑选家臣，家臣也有选择主人的权力，所谓良鸟择木而栖，光秀对主公信长的信心已经开始动摇了。
太田牛一在《信长公记》里的一句话令人印象非常深刻，“数千具尸体散落在荒野，四处哀声四起，这都是因为信长公要消除心中的郁愤......”
信长包围网
光秀在建筑坂本城，管理志贺郡时，织田家的状况却极为不利。先是将军足利义昭组织了信长包围网，其后，武田信玄也开始上洛了。
1572(元龟3)年10月3日，信玄从本城踯躅崎馆出发，开始进攻远江。此时占领远江的，是与信长结盟的德川家康。武田军势之凶猛，令德川军顿时陷入苦战。而且，大和的松永久秀与信玄上洛相呼应，在同一年里，树起了反旗。其他的势力也都呈观望状态，浅井朝仓两家依然健在，并持续激战。终于，光秀离开了义昭左近，作为织田家的主力，转战各地。
光秀虽然接管了志贺一郡，不过，在志贺郡中，还是存在着反信长势力。安装当时的惯例，光秀先得平定自己领土内的反抗势力。1572(元龟3)年3月11日，信长亲自来到志贺郡前线，攻击反信长势力(具体名称不详)，攻破木户城和田中城，光秀和丹羽长秀、中川重政作为守备队，修筑城寨。
接下来，我先要讲的是光秀那鲜为人知的水军。当时，加入光秀侧的水军将领有林员清、山冈景犹、猪饲野升贞、马场孙次郎、居初又二郎等。其中最为活跃的三人分别是猪饲野升贞、马场孙次郎和居初又二郎，他们被称为坚田众。所谓坚田众，简单来说，就是盘踞在近江国坚田的当地武士，他们在中世纪掌握着琵琶湖上的权力(经济力、军事力、湖上水运)，拥有着自己的水军，也有着与界和博多相同的自治都市。受到光秀的诱劝后，坚田众加入光秀帐下，替光秀组织了水军，作战所用的船只，也是他们提供的。
光秀利用这支水军，烧光了海津浦、盐津浦、余吴以及琵琶湖沿岸的浅井家据点。同时，侵攻了竹生岛，光秀的水军除了使用火箭以外，还利用铁炮大筒向岸上轰击。因为光秀这支水军的活跃，浅井家煽动的一揆势力很快的被消灭了。加上陆地上木下秀吉和丹羽长秀的奋战，织田军势直逼浅井家心脏地区。
因为光秀和秀吉的奋战，对于浅井家，信长持有绝对的优势，战线一直在往前推进。但是，1572(元龟3)年10月3日，武田信玄开始行动后，织田家陷入了空前的危机。信玄进军东海道时，德川家康率军迎击，不过在12月22日的三方原之战中大败，武田军对于织田家领土的侵占已不远矣。并且，因为信玄的上洛，在1573(天正元)年2月，将军足利义昭在二条城举兵，正式对抗信长。
当初，光秀是同时侍奉义昭和信长二人，义昭和信长都是光秀的主人，现在，光秀必须得选定一名主公了。光秀最后当然是站在信长一侧的，那么光秀是什么时候放弃义昭的呢？ 其实，光秀一早就已经放弃这位足利将军了，而全心全意的为信长工作。在前章讲过，信长给了义昭一封五箇条书，光秀与朝山日乘一起作为证人而签名。从此事就可以看出，光秀的心早已经不在义昭那边了。
光秀想要离开义昭的意愿，尚有亲笔信留存。那是1571(元龟2)年，光秀写给义昭的近臣曾我助乘的，信中写着‘我等进退の仪、御暇申し上げ候’，意思就是委婉的推拒自己在义昭帐下所拥有的职位。对此，义昭当时并没有回答，所以光秀与义昭断绝关系而完全侍奉信长的日期，并不能推断出。可以得知的是在1573(天正元)年，光秀攻打了足利义昭的据点石山城和今坚田城，那时，光秀才真正成为了织田家臣。
2月20日，光秀与柴田胜家、丹羽长秀、蜂屋赖隆等，一起攻打了义昭家臣光净院暹庆所固守的石山城，26日攻陷石山城，3日后，攻击了千秋辉季固守的今坚田城，当时，光秀率其水军，从水路进攻，丹羽长秀和蜂屋赖隆从陆地攻击。战斗从清晨开始，到了中午左右，光秀突破了敌军的防线，攻陷了今坚田城。
由于正亲町天皇的干涉，信长与义昭停战了，信长没有立即放逐将军。在和义昭的战斗过程中，武田信玄在信浓驹场病死。好运的信长，避开了这个危机。
可是，并没有因此而死心的义昭，在同年7月，再次举兵想要打倒信长，这次以京都之南的巨椋池为据点，凭借着天然要塞槙岛城试图抵抗信长。信长这次绝不打算宽恕义昭了。使用近期建造的大型军船，令各军势自琵琶湖乘船上洛，途中在坂本城投宿，光秀的水军也顺道加入了讨伐军。此次讨伐义昭，信长几乎动员了织田军全部军势，总共七万大军。7月9日上洛，先攻下了二条城，接着开始对槙岛城发动攻击，无计可施的义昭，在织田家总攻击开始之前，开门投降了。最后，义昭在京都被信长放逐了。
随后，信长开始攻占西近江。义昭的旧臣渡边宫内少辅、矶贝久次在比叡山山脚的一乘寺、山本对马守在静原山上各自修建城寨，带领军势坚守。此三人，之前都曾从属于光秀。信长亲自率军讨伐一乘寺的军势，光秀则牵制京都静原山的山本对马守，同时，往高岛郡调动军势，攻陷木户、田中两城，当西近江各反抗势力在失去了凝聚力后，被逐个歼灭。这样，大体上已经平定了近江。
8月10日，在浅井家居城小谷城下摆好阵势的信长，命令诸将严守周边地区。朝仓义景为了救援小谷城，从越前出发，在余吴、木之本布阵。8月12日，信长借着雨天的优势，夺取了附近的据点大岳砦，优柔寡断的义景，因为大岳砦被占据而开始退却。信长抓住机会，开始追击朝仓军，一口气追到府中平野，给予朝仓军毁灭性的打击。此后义景逃出了居城一乘谷城，跑往越前大野郡，在途中，同族朝仓景镜叛变，刺杀了义景。陷入了孤立无援的小谷城，不久后遭到织田军的总攻击，浅井久政、长政父子自裁。如此，与浅井朝仓两家的战斗终于结束了。
在这一连串的浅井朝仓扫荡战中，光秀并没有出场。那么光秀那时候正在做什么呢？其时，足利义昭的旧臣山本对马守依然盘踞在静原山，持续着根深蒂固的反抗，光秀则被他牵在了静原山下，虽说最终山本对马守还是被光秀施展了计谋而自杀了，可光秀也因此错过了参加总攻浅井朝仓的机会，失去了受封北近江的领地，功劳都被木下秀吉夺了去。
讨伐朝仓家后，光秀参与了对越前国的战后处理。8月28日，与滝川一益、改名后的羽柴秀吉一起，发给了剑神社一封社领安堵状。在9月，光秀也发了多封类似的安堵状。根据《武家时纪》和《朝仓始末记》记载，光秀与与朝仓旧臣、越前的守护代桂田长俊(前波吉继)一起执行越前的政务。但同时，也有其他资料写着光秀在攻击了静原山的山本对马守后，随即出征河内，所以在越前的不可能是光秀本人。根据一些文件，可以确认的是光秀的心腹三泽秀次当时肯定是在越前的。所以，可以推测，秀次是作为光秀的替身，而留在越前的，因为光秀之前曾侍奉过朝仓家，所以，以光秀之名签署的安堵状，更有效果。
织田家继续着天下布武，光秀也继续他的战斗。近江、京都总算是平定了，下一章且休息一下，闲话一下光秀身边的事。
