拓跋珪的这些措施，在汉人看来极其平常，对于原本粗枝大叶的漠北鲜卑人来说，却是巨大的革新。所谓“强国之本”，并不是一时战功的显赫，而是经受了考验的制度。
五 拓跋珪功过
通过制定一系列汉化与封建化的制度，拓跋珪的北魏开始发生了质的变化，其生活方式由游牧为主逐渐转变为游牧与农耕并存。这就使他能够稳定地控制住新近从后燕手中夺取的并州、冀州、幽州等地，进而谋取天下。短短十几年间，北魏便在拓跋珪的领导下成为乱世中最夺人眼目的希望之国。他于天兴元年（公元398年）在平城即皇帝位，成为北魏的开国皇帝，也就是魏道武帝。
制度之后，便是文化。拓跋珪虽然武功盖世，却也不得不佩服中原地区有不少聪明之士，于是他问一位叫李先的博士：“天下什么东西最好，可以提高人的聪明才智呢？”（恐怕这也是很多人所关心的问题了）
李先是个读书人，当然不假思索地答道：“莫过于书籍了。”
拓跋珪又问：“那什么书最好呢？”
李先说：“那就得数经书了，这种书不仅可以教人思考问题的方法，还会讲授做人的准则。”
拓跋珪的兴趣来了，继续问道：“天下有多少书籍呢？朕若想收集，如何才能收全呢？”
李先笑道：“自从有了早期的书契（也就是指刻在器皿、龟甲、竹片等等上面的文字），每朝每代都会增加许多书籍，算到今天，也已经不计其数了。如若主公有兴趣，可以命各州郡县下去搜索，只要有心，收集起来却也不是难事。”
拓跋珪大喜，就下一道命令，让各地官员在民间大规模地搜书，并全部送往国都平城。（这次收集并不算十分成功，连年战事，即便有人有心藏书，也很难保证这些书不遭受战火的侵害。但不管怎么说，拓跋珪以统治者的身份发动全社会的力量，收集了一定数量的典籍，他对于十六国南北朝时期的文化保护与整理工作还是作出了相当的贡献的。）
“以汉制汉”，是拓跋珪统治关东地区汉人的基本指导方针，这也是他之所以能够强过以前诸多中原胡人政权的根本所在。（比如前后燕是典型的家族政权，一家兴则天下兴，一家亡则天下亡；前秦则是企图在文化尚未认同的情况下，盲目推动民族迁徙，最终导致了失败。）
然而他毕竟是第一位走入中原的漠北鲜卑领袖，对于汉人，他不可能做到十分的信任与亲近。从前面与李先的问答之中也可看出，他的学识修养极少，早年所受的文化教育也有限，对于汉人的制度与文化的理解，常常局限于肤浅的表面形式，而不会明白其优越性所在。文化背景的差异，使得文化融合的初期必然经历可怕的阵痛，这是拓跋珪当年面临的问题，也是今日多元文化冲突中现代人类所面临的难题。这些问题交织在一起，加上拓跋珪性多猜忌（多数胡人君主共同的性格缺陷），终于酿成了多起悲剧，而拓跋珪本人也因此不得善终。
北魏攻打后燕国都中山时，曾一度缺粮，老百姓都不愿意缴粮租，拓跋珪向群臣问计。汉人谋士崔逞说：“收取桑椹也可以充作粮食呀，古时候飞鸮（即猫头鹰，其叫声很难听）食椹而改音，《诗经》里是有明确记载的。”（飞鸮食椹而改音的典故，见于《诗经·鲁颂·泮水》的“翩彼飞鸮，集于泮林，食我桑椹，怀我好音。”原意是赞颂鲁侯伯禽的美德，这里当然是被崔逞曲解了。崔逞也是清河大族崔氏的一支，在中原以德才著称。对于北魏军在战争中的暴行，他是心知肚明的，但是又不可能直截了当地向拓跋珪指出，所以就采用了这种方式谏言，既帮助拓跋珪解决问题，又不伤体肤地提个醒儿。）
拓跋珪没读过《诗经》，不懂这一套，军中既然需要食粮，也只好让老百姓以桑椹作租，心中则十分痛恨崔逞用猫头鹰来侮辱进入中原的鲜卑人。崔逞担心魏军劳民动众，又说：“可以让当兵的乘着时节自己去林子里采摘桑椹，过时就落光了。”拓跋珪很怒，说：“仗还没打赢，就让士兵解甲入林，采摘桑椹，成何体统？你这是什么话嘛！”于是对崔逞怀恨在心。
几年后，姚兴攻打东晋的襄阳，东晋守将郗恢向北魏将领、拓跋珪的堂弟拓跋遵求救，信中说：“贤兄（指拓跋珪）虎步中原。”拓跋珪很不满意，认为这是东晋将领轻视他的表现，命令崔逞和另一名谋士张衮回信，指明了要在信中使用贬损东晋皇帝的称呼。信写完一看，崔逞、张衮把东晋皇帝叫做“贵主”，拓跋珪那个气呀，说：“让你们这些人在信里把晋人贬一顿，你们竟敢称呼‘贵主’，哼哼，和那个‘贤兄’还真是天生的一对啊！”新账旧账一起算，把崔逞赐死，张衮贬职。
这次事件大大毁坏了拓跋珪在汉人中间的形象，可谓遗祸无穷。后来东晋宗室司马休之等人因桓玄之乱打算投奔北魏，由于听说了崔逞被杀之事，十分害怕，最终决定改换门庭，去了后秦和南燕。拓跋珪知道真相后十分后悔，这以后才对犯错的北方士人格外宽容。
多年战事使拓跋珪的精神一直处于高度紧张的状态，他担心自己未老先衰，就服用一种叫做“寒食散”的药物。这是当时流行于汉族士人中的药物，主要用于排解心理上的焦虑和不安（可见是有闲阶级的喜好之物，普通老百姓连饭都吃不饱呢，哪里有工夫吃这种药）。这种药本来是东汉名医张仲景首创用来治疗伤寒的，可经过改造却成了一种古代毒品，吃了之后容易上瘾，而且容易发作。发作起来是个什么现象呢？其实就和狂躁症的症状差不多：全身发热、躁动不安、狂奔暴走，等等。拓跋珪服药一多，药性的发作自然就越来越频繁，他常常几日不醒，或者几日不食，甚至一个人无缘无故地自言自语，脾气更是暴躁不安，喜怒无常。渐渐地，他的疑心病达到了无以复加的地步，靠近他的人有时会无故被他当场刺死（这一点很像晚年的曹操，滥杀无辜，心狂意乱，作为一代君主，这些特性都逃不过后人的诟病。顺带说一句，拓跋珪与曹操在经历上也确有相似之处）。大臣们因为不经意的一句错话，就可能被他处死，就连他的亲人功臣也不例外。拓跋遵因为酒后失礼，就被拓跋珪赐死；司空庾岳由于服饰艳丽、举止傲慢，也被拓跋珪处死；拓跋珪的另一名堂弟，曾在征燕战争中立下汗马功劳的卫王拓跋仪见拓跋珪诛杀大臣，心中自疑，就带着家人想逃出国去，却被拓跋珪派人追回赐死。
北魏民心陷入动荡不安之中，国内又不断出现天灾，拓跋珪了解到这些情况，虽有认错之意，却十分消极，没有什么补救的手段，他唯一的顾虑是皇位的继承权问题。他立长子拓跋嗣为太子后，因担心将来出现母后专权的现象，决定参照汉武帝杀钩弋夫人的旧例，将拓跋嗣的亲生母亲刘贵人杀死，这就是北魏后世一直承袭的“子贵母死”的制度。应该说，这一制度客观上对于后来北魏政权的稳固起到了一定的促进作用，但在当时遇到了小小的麻烦。拓跋嗣是个十分孝顺的孩子，在宫中日夜啼哭，拓跋珪知道后十分生气，命令拓跋嗣立即进宫。拓跋嗣的手下都说：“皇上现在脾气不好，又发着火，进宫必有不测，不如先找个地方暂且躲起来，等皇上怒气消了再进宫。”拓跋嗣觉得有理，就悄悄出宫，隐匿在外。
太子失踪，拓跋珪更是受了刺激。他的另一个儿子清河王拓跋绍是个典型的游街串巷的无赖公子，其母贺氏是拓跋珪母后的妹妹，也就是拓跋珪的亲姨母。拓跋珪年轻时在贺兰氏的部落中见她长得十分漂亮，也不顾及她已是有夫之妇，便要把她娶来，贺太后反对，劝他说：“绝对不可以，她长得过于漂亮了，而且已经有了丈夫，不可以做这样的事。”拓跋珪不听，派人暗杀了姨母的丈夫，把她强行娶来，生下这个“逆子”。
拓跋绍整日里打劫行人，以此为乐。拓跋珪听说后很气愤，把他倒吊起来扔到井里，即将断气时才捞出来。为了这个儿子，拓跋珪与贺氏夫人常常吵架，吵得不可开交，终于有一天，实在不耐烦了，索性将她囚禁起来，准备处死。
贺夫人也不甘心坐以待毙，她秘密托人捎信给拓跋绍，让他来救自己。年仅十六岁的拓跋绍，于是带着自己的手下与宫人宦官组成的“杂牌军”，连夜翻墙入宫，一直冲到拓跋珪居住的天安殿。拓跋珪末年的暴躁情绪已经造成了宫中的恐怖气氛，守卫们人人自危，竟不敢阻拦，只有人大声叫道：“贼人来啦！”拓跋珪从梦中惊醒，见势不妙，到处寻找防卫的武器而不可得，这位三十九岁的开国皇帝就这样死在了亲生儿子的手中。
（拓跋珪一生，年轻时是武功，初步奠定了北魏的生存空间；中年后有一定的文治，开始积累一个朝代的文化底蕴；可惜末年还是逃不过性格的宿命，其行为某种程度上也破坏了前期的成果。不过，他所遗留下来的这个新帝国，已经足够子孙后代经营开发一段时间。拓跋氏所面临的次一课题，是如何将拓跋珪的基业发扬光大。）
六 拓跋嗣平内攘外
清河王拓跋绍残忍地杀死了父亲，但他毕竟是个十几岁的孩子，未免有些忙乱。按照鲜卑人的传统习俗，一个部落的首领是通过“兄终弟及”的方式来传承的，但是拓跋珪更中意于汉人的继位制度，这才安排了长子拓跋嗣做自己的太子（据说拓跋珪立拓跋嗣另有一个原因，那就是他十分喜爱拓跋嗣的长子、日后成为魏太武帝的拓跋焘，希望他将来能继承皇位，成就魏国统一天下的大业）。当时朝中元老重臣有多少人会支持自己，人心向背到底如何，拓跋绍的内心是毫无把握的。他与左右随从一商量，决定冒险做一次试探。
第二天，皇宫的大门直到中午还没有打开。拓跋绍假传圣旨，命文武百官在宫殿外的端门前集合，朝北而立。拓跋绍隔着宫门，忐忑地对百官问道：“我有叔父，也有兄长，各位公卿想要拥护谁呢？”
外头的王公大臣们一听这话，不禁愕然，半晌没人敢说一句话。南平公长孙嵩反应稍快，回答道：“我等愿意拥护王爷殿下。”
大家这才如梦初醒，明白皇上已经驾崩了，但又不明详情，一个个站在底下装哑巴。只有拓跋仪的弟弟、阴平公拓跋烈痛哭着离去。消息传出平城，太子又生死未卜，朝野上下人心惶惶、各怀异志，贺兰部的肥如侯贺护在安阳城北举起烽火，本部人马都前往集结，北魏其他各部也各自屯兵，眼看着一场内乱就要爆发。
拓跋绍听说人情不安，心中害怕，便搬出大量的布帛赏赐给王公大臣们，希望得到有力的支持。在民间隐姓埋名多时的拓跋嗣得知宫中有变，悄悄从外面赶了回来，暗中观察宫内宫外的动静。
拓跋嗣不敢轻易暴露身份，他白天隐匿在山中，晚上就住到贴身侍卫王洛儿的家里。王洛儿有个邻居，名叫李道，暗中也帮助王洛儿服侍拓跋嗣，到了早上就把他送回山中。李道是个热心人，保密的意识却很不够。过了那么一段时间，附近的老百姓听说了这件事，知道拓跋嗣没死，都高兴地奔走相告，消息不慎传到了拓跋绍耳中。拓跋绍自作乱以来，最担心的就是自己的兄长回来跟他算总账，当即派人收捕李道，并斩首；然后又在民间征募知情人，寻觅拓跋嗣下落，一旦找到，就要将他杀死。
拓跋绍掌控了朝中的大权，却不能左右人心向背，拥太子派终究占了上风。王洛儿为拓跋嗣跑腿，潜入平城，暗中向大臣们通报情况，并与安远将军安同等人联络，秘密做好了安排。一切就绪，拓跋嗣带着随从向平城进发，刚来到城西，便有快马来报：拓跋绍已被身边的卫士拿下，听候处理。拓跋嗣此人虽说温和仁厚，对付自己的政敌可是毫不含糊，何况是弑杀父皇的首恶。他下一道命令，将拓跋绍、其母贺氏以及十来名随从幕僚一并处死。
北魏天赐六年（公元409年），拓跋嗣即皇帝位，大赦天下，改元永兴，重整朝纲，任用贤能，是为魏明元帝。他是北魏前期的三位君主中承上启下的一位，父亲拓跋珪是创业，儿子拓跋焘是图霸，他本人呢，就是两者之间的守成之君，光芒或许被其他两位盖过，但其所起的作用是不可低估的。
新登基的拓跋嗣继续执行拓跋珪的政策，他在平城等地建起大量房屋，并将塞外的鲜卑人及其他胡人内迁到关东地区。这是一项强制性的官方移民政策，目的是恢复与发展久经破坏的中原地区，遇到的阻力却恰与其深远的意义成正比。当时的官员不会去体谅老百姓对于故土的依恋之情，更不懂得组织“居委会”去做思想工作，在执行政策过程中多半是采取硬性逼迫的手段，造成了一些地方民众的反感。部分流氓无赖乘机煽动情绪，许多年轻人逃亡集结在外，不少郡县都出现了有组织的土匪或强盗。
拓跋嗣面对民患十分头疼，又不想大动干戈地镇压，就与公卿们商量：“朕本来是要为民除害，可惜让那些官员坏了事儿，以至于乱事频起。如今违犯的人多了，不可能把他们都抓起来杀了。我的意思是通过大赦安抚，你们觉得怎么样呢？”
元城人侯屈说：“民众逃亡做强盗，这是大罪，如今不给他们定罪就把他们赦免，乃是‘为上者反求于下’（即本末倒置，不是执行政策的人的行为），恐怕不妥。依臣所见，不如诛杀首恶，赦免余党，此举足可安定天下。”
清河人崔宏（这位又是清河崔氏一族，后来鼎鼎有名的北魏汉臣崔浩正是他的长子）则说：“圣明的君主统领民众，目的便在于安定团结，而不是跟民众去较量胜负。赦免罪行虽不是正招，但却便于执行。侯屈的意思是先诛后赦，还不如一招赦免全部搞定为好！如果有人赦免了之后还不老实，到时再杀也不为晚。”
拓跋嗣赞同崔宏的建议，依计执行，果然许多人就不再为乱，对于继续作乱搞破坏的少数人，拓跋嗣就不再手软，派将军于栗领兵一万前去平定，很快解决了不安定的因素。
北魏一面进行内部迁徙，达到合理的资源分配，另一面打击入侵的柔然骑兵，“净化”外部环境。
柔然的部落首领社仑（柔然的首领本姓郁久闾，所以社仑的全名就是郁久闾社仑，这个词来自鲜卑语“木骨闾”，意为头秃，这可能源自北方鲜卑人不留发的习俗。北魏被南方史书称为“索虏”或“索头虏”，其本意也是指类似的习俗：拓跋部的族人往往把头发剃光，头上只留一个小辫，称为索头，“索虏”就是索头的胡虏。东胡的这种习俗一直沿用到后来的清代）本是归附拓跋珪的塞北部落缊纥提之子。拓跋珪将缊纥提的部众分配到其他各个部落中，强行迁徙，这一政策引起了缊纥提诸子的强烈不满。社仑与他的兄弟率部弃父出走，逃入大漠，几经辗转，投奔了伯父匹候跋的部落。
匹候跋与缊纥提是亲兄弟，但早就分成了两个大部落，彼此并不信任。他将社仑等人安置在部落南面边远之处，并派自己的四个儿子严加监视。社仑不甘为人下，设计杀了匹候跋与他的几个儿子，兼并了匹候跋统领的部落，然后深入漠北。
当时拓跋珪在南面忙着与后燕、后秦交战，无暇北顾。社仑乘机四面出击，声势渐盛，终于在北魏天兴五年（公元402年）统一了整个漠北地区，并自称“丘豆伐可汗”（“丘豆伐可汗”这个词，在鲜卑语里相当于“开国君主”的意思），成为柔然汗国的第一任君主。
柔然建国，对北魏的北部边疆形成了巨大的威胁，从此两国在辽阔的漠北展开了长达一个多世纪的角力。社仑借着拓跋珪被弑、北魏人心不安的机会，攻入塞内，抢掠了大量人口与牲畜。拓跋嗣稳定了局势，自然发动报复性反击。永兴二年（公元410年），他派长孙嵩率领大军北伐，大破柔然骑兵，杀得社仑远遁漠北，死在途中。社仑的儿子度拔尚幼，部族中的长辈决定拥立社仑的弟弟斛律，即柔然的第二任君主“蔼苦盖可汗”（鲜卑语“姿质美好”之意）。斛律意识到北魏新主登基以后政局已经稳定，一时半会儿不能找北魏的麻烦，便于次年派人与拓跋嗣修好。
拓跋嗣欣然接受了柔然的降书，北边暂时平定了下来，他终于可以转过头来虎视中原了。在没有统一北方之前，北魏对付柔然的军事行动，就是为解决后顾之忧而服务的。在北魏统治者眼中，柔然这样的没有固定领土的国家是很难在短时间内消灭的，只要周期性地保持进攻态势，就不会成为更大的忧患；他们考虑更多的，是如何消灭割据中原的诸小国。拓跋嗣这才发现，北魏发生内忧外患的这几年中，南方的东晋发生了不小的变化：刘裕在掌握了大权之后，很快就北上攻灭了小国南燕，尽杀慕容鲜卑一族，震惊了相互搅和了多年的北方各国。这些胡人已经有很多年没有碰到过如此让他们惧怕的强势的南方人了。
七 卢循之乱
刘裕的北伐，一共有两次，前一次伐南燕，后一次伐后秦，这是东晋灭亡前的最后两次北伐，也是十六国末期南方政权的两次比较精彩的“演出”。关于这两次北伐的详情，理论上应该属于十六国历史的部分，有兴趣的可以参读《纵横十六国》中相关段落比较详尽的介绍。
两次北伐颇有些相似之处，比如都灭亡了讨伐的目标，取胜后不久刘裕就都因为后方的问题而回师建康，没能再继续扩大战果。不同的是，南燕离东晋的统治中心较近，得到的领土比较容易守住；后秦离统治中心较远，又被充斥狄、戎之风的各小国包围，其领土很快就被北方各国重新占据。
仔细推敲起来，刘裕的北伐实际上是捡“软柿子”捏。南燕和后秦的建立者虽是叱咤十六国的慕容氏和姚氏，但到了刘裕掌权的时代早已今不如昔了。这两个国家的情况类似，都是年轻的国君刚登基不久，内部人心不定，国势日蹙，早晚是他人口中的肥肉。北魏对于关东的二燕早有吞并之意，只是一时腾不出手；至于关中，那更是群狼争食，英雄必争之地。刘裕能灭掉这两个国家，最关键的一点是时机把握得好，军事策略还在其次。刘裕在军事上的成就，与曹操大致相仿：曹操是统一了北方，消灭了除刘备和孙权以外的其他军阀；刘裕则是统一了南方，消灭了除北魏与夏国以外的其他主要割据势力。刘裕的政治能力在南北朝时期也是一流，但却比曹操略逊一筹。最明显的一点，他对于事态形势的预判性，常常显得滞后，比如在讨伐南燕的同时，没能先消灭搅局的卢循，也未曾想到此人能够乘着东晋后方空虚之机，把它的腹地捣得几乎稀巴烂。
刘裕的误判，尚情有可原，他无法料到这流窜一方的“蟊贼”身边竟有牛人，向卢循献了不少理论上切实可行、同时也被事实证明十分有效的计策。若不是卢循贻误战机，可能东晋之后的历史又会改写。
这位牛人便是卢循手下的名将，说出了“使我得为英雄驱驰，天下不足定也”这样豪言壮语的徐道覆。
东晋义熙五年（公元409年），刘裕领兵伐燕，围困南燕都城广固数月，南方兵力严重空虚。徐道覆认定有机可乘，便给卢循写信，劝他北上攻打建康，卢循不听。徐道覆心中着急呀，就从自己所驻的始兴亲自跑到番禺，面见卢循，说：“咱们呆在这鸟不拉屎的岭南（东晋时期，两广一带仍然是地广人稀，加之丘陵众多，交通不便，一向被人鄙视为蛮荒之地），哪里是个正理，只不过是刘裕那家伙实在厉害，咱们打不过呀。现在正好他在打攻坚战，一时半会儿回不来，咱们若能抓住这个机会出兵，留在南方的何无忌、刘毅等人哪里是咱们的对手，取之易如反掌。要是错失良机，在这里苟且偷安，等刘裕破了燕国，休整兵众，不出两年，肯定会来打将军您。到时候他亲自前来，即使将军英明神武，恐怕也不是他的对手啊。机不可失，时不再来，攻下晋国的都城，才是根本之计。刘裕再想回来援救，可就无能为力了。”一席话说得还做着“偏安梦”的卢循茅塞顿开，点头称是。
于是，卢循在次年与徐道覆会合于始兴，然后兵分两路北上进攻建康。东路军由徐道覆指挥，顺赣水而下，攻打南康（今江西赣州）、庐陵（今江西吉水北）、豫章（今江西南昌）诸郡。西路军则由卢循指挥，攻打长沙等郡。东晋各郡的守相都不作抵抗，望风而逃。卢循的两路军进兵顺利，所向无敌。
东晋朝廷还没得到刘裕的战报，却先遭受了沉重的打击，形势危急之下只得征召刘裕回兵。这时徐道覆的军队已经开到了豫章附近，在倒桓之战中立下大功的何无忌此时正驻守寻阳，不知为何忽然急着要迎战（也许是要和刘裕抢功吧，刘裕战功显赫，朝中嫉恨他，不服他的人也不在少数），左右都劝他固守寻阳、豫章，以逸待劳，他执意不听，结果在豫章城外与徐道覆的水军相遇。
徐道覆确实是个人才，他在没有发兵之前，就在积极为打仗做准备，收集了大量造船的材料，战事一起，十几天就造出了许多大船，十分管用。何无忌与徐道覆对阵，却只有小船，完全不是大船的对手，所率的士卒很快四散溃逃，何无忌虽然勇武，但却寡不敌众，当场战死。
何无忌的死讯传来，东晋防线一泻千里，朝廷大为震惊，甚至打算放弃京城，向北投奔刘裕。幸好刘裕已经得到诏书，留下南燕降将韩范、封融等人，自己率大军南归。（久而久之，他的得力助手刘穆之还是给韩范、封融安了个谋反的罪名，把他们都给除掉了。）
刘裕回到山阳（今江苏淮安），听说了何无忌战死的消息，担心京城失守，便以精锐骑兵昼夜兼行，并带着几十个人微服来到淮上，向南来的行人打听京城的最新情况。行人说：“贼人还没到京城，假如刘裕现在回来，那就没什么可担忧的了！”（可见刘裕在当时已经很被普通老百姓信任和看重了）刘裕这才放下心来，一路南行，渡过长江，进驻京口。东晋朝廷吃了定心丸，稍稍安定了一点。
然而只过了一个月，倒桓的另一名功臣刘毅就在与卢循的对阵中打了败仗，形势再度吃紧。原来卢循、徐道覆连克数郡，刘毅一直在生重病，没能及时出兵，他的病一好，就决定南下征讨卢循。刘裕生怕刘毅轻举妄动，亲自修书一封，劝他说：“贼人新近获胜，锋芒正劲。我现在就要造好船只了，待我完工，便与你一同发兵。”刘裕并许诺克敌制胜时，将长江上游的委任大权都交给刘毅，还怕他不听，派了刘毅的从弟刘藩前往送信。刘毅呢，决然不从，怒道：“当年我不过是将功劳让给了刘裕而已，你还真以为我比不上刘裕么？”说罢，把书信扔在地上，亲自率领两万水军，从驻地姑孰溯江而上，进兵寻阳。
这时卢循的西路军已经攻下巴陵，正要攻打江陵，徐道覆的东路军则已逼近寻阳，听说刘毅来了，立即派快马通报卢循说：“刘毅兵众很多，成败之事在此一举，你我应该合力对抗。此战若捷，则天下可定，江陵更不足忧了。”卢循十分高兴，便从巴陵顺江而下，与徐道覆联兵一处，共同进军，与刘毅的军队在桑落洲（今江西九江东北）大战。卢循的两路水军有十万之多，刘毅完全不是对手，一败涂地，丢了船只，带了几百个随从步行逃走，其余部众、船只、武器都被卢循缴获。
（由何无忌与刘毅的失败也可看出，他们两人与刘裕虽然同为起兵消灭桓玄的头号功臣，但在能力上是有高低的。何无忌、刘毅在心里都不服刘裕，可战绩毕竟是摆在那里无法抵赖的，刘裕的的确确配得上晋末第一人的称号。）
卢循与徐道覆乘胜杀到江宁，前方已近建康，将士人数达到十几万，船只前后绵延数百里，声势无比浩大。建康城内能抵抗的士兵只有数千，眼看京城不保，要求朝廷过江北迁的呼声越来越高，孟昶更是认定刘裕不是卢循的对手，刘裕则认为：“朝廷一旦迁动，全局就会土崩瓦解，江北又哪里保得住？如今虽然兵士不多，但还可以打一仗。如果打赢了，则上下都安全，若是真的打不赢，我自会承担责任，以身殉国，又怎能苟求寸日存活？我计已定，你不用再说了！”孟昶仍旧无比悲观，便向朝廷上了一份表，说自己赞同刘裕北伐不对，以致现在社稷危殆，写完后便服毒自杀。
事实上，孟昶算对一半，而刘裕则算对了另一半，以赌徒的性格，有一半的把握，就至少要博他一博。最后的结果证明，刘裕的眼光准，运气好，博赢了。先说孟昶的一半，卢循身边的将才徐道覆，不但有识，而且有胆。他知道己方已处绝对优势，而刘裕的军队为伤病困扰，还在休整之中，正是毕其功于一役的时机，便向卢循请求，从新亭、白石烧船上岸，分几路进攻建康，与刘裕决战。而刘裕的那一半则押在卢循身上，卢循此人多疑少断，因为听到刘裕回师的情报，心生恐惧，裹足不前，只与刘裕对峙，延误了最佳的战机。卢循的如意算盘是退守寻阳，攻取江陵，以两州的地盘与朝廷对抗（战略家的眼光往往就从与普通人思想观点的对比中得到反衬）。徐道覆长叹一声，说出了那句哀叹与豪言：“我终为卢公所误，事必无成；使我得为英雄驱驰，天下不足定也。”
对峙期间，刘裕在京城一带招募了不少新兵，壮大自己的兵力，聚集大军专守石头城。刘裕又采纳部下虞丘进（注意这个人是复姓虞丘，单名进，而不是姓虞）的计策，在城外围好防御的栅栏，修筑查浦、药园、廷尉三左堡垒，派兵防守。
工事完成，卢循再来打时，就不再有好运了，连续两月不能打下栅栏，船只还碰上了夏季的暴风，翻船淹死了不少人。卢循摇头对徐道覆道：“哎，军队疲乏了，难振作咯，咱们还是据守寻阳，西取荆州，再整天下吧。”只好下令退守寻阳。（估计徐道覆这个时候恨得牙痒痒，心里想：“活该啊，早知今日，何必当初，可怜我徐道覆到头来要陪着你倒霉！”）
然而胜败之势逆转，便再也难以恢复，刘裕得到了最重要的财富——时间，便开始造大船，训练水军，组建起一支强大的军队。同时他派孙处与沈田子率领三千士兵从海路偷袭卢循的后方老巢番禺。卢循的军队北上，几乎是倾巢出动，番禺的防守早被忽略，孙处等人来到番禺，碰上大雾天，便猛攻人数极少的守军，一举成功。
北面的卢循各部全线陷入被动：徐道覆攻江陵不下，卢循本人又在雷池战败，想要逃往豫章，在左里一带（今江西都昌西北）筑起栅栏，却挡不住刘裕新建水军的强大攻势，死伤惨重，卢循只坐了一条小艇逃跑。
卢循与徐道覆退到广州境内，还想负隅顽抗。义熙七年（公元411年）初，徐道覆的始兴城被晋军攻破，徐道覆战死。卢循攻不下孙处固守的番禺，继续退入交州，最终被逼到龙编（今越南北部）的一条河边，投河自尽。东晋末年最后一场大内乱——孙恩卢循之乱至此画上了句号。
八 二刘相争
三年之内，刘裕扫平南燕、剿灭卢循，前一项是计划之中，后一项是意料之外。无论如何，功劳都是跑不掉的了，他被东晋朝廷封为太尉、中书监，刘穆之则做了他的太尉司马。刘穆之不仅把太尉府上上下下的事情料理得井井有条，还向刘裕举荐了孟昶手下的参军谢晦。谢晦是谢安的哥哥谢据的曾孙，此人处事断狱很有一套，又仪表堂堂，雅量高志，博学多闻，刘裕对他十分欣赏，任命他做自己的参军。
刘裕大权在手，颁布了一系列的规章制度，经历了桓玄、孙恩、卢循等人的蹂躏后，人民流离失所的江南地区逐渐恢复了面貌，权门兼并的现象也有所收敛。
当年一同起兵倒桓的三人组中，何无忌已死，只剩下了刘裕和刘毅两人。换而言之，对于刘裕的权力构成最大威胁的，仅有刘毅一人而已。刘毅的确对权倾朝野的刘裕相当不满，他与刘裕不同，虽说当年同是赌徒出身，但好歹读过不少书，文才也不错，归附他的清望之士不在少数。因此他性情刚愎，一向不认为刘裕比他强多少。桑落洲一战惨败于卢循、徐道覆联军，他几乎输掉了全部家当，刘裕虽然一直反对他单独进兵，却也并不加罪于他，让他官复原职。刘毅觉得自己打了败仗，难以服众，主动要求降职为卫将军，不过依旧保留了豫州刺史之职。
义熙八年（公元412年），刘裕的弟弟、荆州刺史刘道规称病还乡，这给了刘裕一次重新洗牌、对付刘毅的契机。他以朝廷的名义，任命刘毅为卫将军，都督荆、宁、秦、雍四州诸军事，并转为荆州刺史，而把豫州刺史的头衔给了自己。刘裕的这一招，看起来是给刘毅升了官，并把长江中上游的兵权在名义上交给了他，实际上呢，却不是一般的精明。刘裕了解刘毅赌博的习惯，他下赌注的数额从来都是超乎想象，这样敢于冒险、出奇的人，其野心是不会小的，其胃口也是不容易满足的；刘裕也知道刘毅十分骄纵，他曾经说过：“可恨我没能赶上刘邦、项羽的年代，无法与他们争夺中原！”对于这样的人，无论把他放在什么位置上，他都不会甘于人下，而会暗暗用劲，积蓄夺权的力量。他在豫州，离京城太近，反而会出于安全性的考虑，不充分施展手脚，而注重行动的隐蔽性。既然如此，不如“欲擒故纵”，先把他放到西边去，给他扩充实力的空间，任他原形毕露，到时再乘隙讨伐他，就可以师出有名了。
果不其然，刘毅还没去荆州呢，就想进一步拉拢刘牢之之子、左卫将军刘敬宣（刘敬宣在刘牢之死后逃往南燕避祸；桓玄被刘裕等人打败后，他又和司马休之等人从南燕回到了建康）。刘毅对他说：“我到荆州就职，打算对阁下委以重任，不知阁下是否有辅佐之意？”刘敬宣听闻此言，冷汗直冒——刘毅这语气，分明是想造反呀！他只好支支吾吾应承了一下，回头跑到刘裕那里，把刘毅的话一五一十地告诉了刘裕，没想到刘裕竟然笑着答道：“老兄只管放宽心，不用多虑嘛。”（刘裕这话不知是否传到刘毅耳中，想必是属于私人谈话了，以刘毅对刘裕的了解，如果听到刘裕这么说，估计晚上也不可能睡安稳觉了。“卧榻之侧，岂容他人鼾睡”，刘裕、刘毅这样级别的政治人物都是明白得很的，只有傻子才会以为刘裕毫无防备，敢说这样的话，可见他成竹在胸。若说消灭桓玄时的刘裕还只是枭雄的话，那么此时的刘裕就已经开始走奸雄的路线了。）
沉不住气的人首先露出气门，刘毅上表说荆州在桓玄之乱后户口数量急剧下降，兵器也少，要想组建军队不太容易，要求再都督交、广两州，刘裕同意。刘毅继而要求任命亲信郗僧施为南蛮校尉、后军司马，毛修之为南郡太守，刘裕照旧同意。
刘裕身边的宁远将军胡藩就没那么有政治头脑，自以为是地提醒刘裕说：“刘公以为刘毅是个愿意一直听您话的人么？”
刘裕默然不语，半天才反问道：“你觉得呢？”（心里肯定在笑：“胡藩你还真是傻啊，你都能看出来的问题，你以为我看不出来么，把话都说明白了，就没意思了！”）
胡藩说：“能以百万之众，攻城拔寨，每战必克，这一点刘毅当然是不得不服您的。然而刘毅涉猎传记，谈文咏诗，自以为是个英雄人物，所以有那么多名流士人去投靠他。恐怕他终究是个不愿为人下的人，不如乘会见他的时候把他抓起来。”
刘裕继续露奸脸，摆摆手说：“不行不行，我和刘毅都有灭桓复国的功劳，他又没什么明显的过错，不可以自相残杀的。”
刘毅抵达江陵，重新调整当地的官员，换上自己的亲信，并收编了一批江州兵，大约一万多人，故意留在手中不遣返。他又以自己染病为由，向朝廷上书，要求把从弟刘藩从广陵调来作副手，刘裕又一次假意答应，暗中开始行动。刘藩进京受职，刘裕便以诏书的名义，指责刘毅图谋不轨，反叛之心日久，刘藩、尚书左仆射谢混等人便是同党，不可宽恕。刘藩和谢混半个“反”字还没说呢，就被刘裕先下手赐死。
刘裕的动作极为迅速，他亲自率军从建康出发，溯江而上，讨伐刘毅。参军王镇恶提出自领一百艘快船为先锋。刘裕采纳了他的建议，在大军到达姑孰后，以王镇恶为振武将军，与龙骧将军蒯恩指挥一百艘快船先行。临行前，刘裕对王镇恶面授机宜：“如若敌人知道我要来，不妨等大军到，也不过数日而已。若要对战，应该下船上岸。你到了那边，必须仔细考察形势，如果打得过，就进攻，不然的话，就把船舰烧了，在水边留些快艇，等我大军开到。还有，一定要多方慰劳百姓，宣传诏书的旨意：罪责只是针对刘毅一人的，其余人等一概赦免不问罪。假若敌人不知道我方进军的消息，不作防备，也可以考虑突袭。一路上行军，就说是兖州刺史刘藩的船只。”
先锋船队以刘藩的名义昼夜兼程，西上荆州。刘毅及其部下都信以为真，没有作任何抵抗。不到一个月，王镇恶等人就抵达了豫章口（今湖北江陵东南），距离江陵城仅二十里。王镇恶见刘毅毫无防备，便弃船步行进军，蒯恩的军队在前，王镇恶的军队紧随其后。每条快船都留一两个人，并在船上俺边竖旗安鼓，吩咐驻留的人等到先锋军队快要到江陵城时，便击鼓呐喊，显出后有大军的模样；又派一支小分队，暗中烧毁刘毅停在江津（今湖北沙市东南）的船舰，断其退路。
仍然没有路人对这支先锋部队有所怀疑，都以为是刘藩来赴任呢。离城不到五六里了，迎面来了十来个骑兵，数十个步兵，为首之人是刘毅的大将朱显之。朱显之是奉刘毅的命令，要去江津执行任务，他见蒯恩、王镇恶的装束颇为奇怪，便问道：“来者何人？”王镇恶照例答道：“刘兖州来了！”朱显之又问：“那刘兖州本人在哪里呢？”答道：“在后面还没上来。”朱显之心中生疑，放眼远眺，忽见江津方向火光冲天，鼓声大作，这才明白来的不是刘藩，赶忙转回城去，向刘毅报告：“大事不好了，外面有大军，似乎是从下游上来的，几乎就要进城了，江津的船都被火烧了。”
刘毅闻讯大惊，紧急下令关闭各城门，可惜晚了一步，蒯恩、王镇恶率领部下从外城东门突入，立即分兵攻打内城的东门和西门，王镇恶又分出兵力攻打南门，两军混战，从早上打到下午，城里的几千守兵基本上走的走，降的降。王镇恶杀入内城，因风放火，烧了外城的东、南二门。
王镇恶派人把诏书和赦文送给刘毅，刘毅看也没看，给烧了，继续与司马毛修之指挥士兵全力一战。双方在内城中展开肉搏战，这些士兵中有不少都是当初北府旧将，相互间熟悉得很，王镇恶让部下一边打一边做宣传，告诉刘毅的士兵，刘裕本人就在后头。这一着果然奏效，王镇恶的军队很快占了上风。此时已近半夜，王镇恶担心深夜里士兵自相残杀，便率军包围内城，而打开南门，引诱刘毅出逃。刘毅害怕南门有埋伏，带了剩下三百多个人向北杀出一条血路，最后从外城的东门逃了出来。他逃到离城二十里的一座佛寺中，寺里的和尚却不敢收容他，穷途末路、万般无奈之下，他自缢而死。
江陵一战出奇出巧，可算得上是个典型的攻城战例。此战消灭了刘毅的势力，也奠定了王镇恶的刘裕手下第一大将的地位。事实上，王镇恶等人的先锋部队夺下江陵后二十天，刘裕的大部队才到达，王镇恶的作用是，以最快最便捷的方式打赢了这场战争。王镇恶不是别人，正是前秦名相王猛之孙，其带兵指挥的才能，丝毫不逊色于当年他祖父在灭燕之战中的表现。
九 翦除异己
刘毅及其党羽被迅速消灭后，与刘裕起兵反对桓玄的异己就只有诸葛长民了。诸葛长民在卢循之乱中守卫京城，立下大功，这个时候就任督豫州扬州六郡诸军事，镇守在京城附近。
诸葛长民虽说也是老资格的重臣，但在很多方面却显得目光短浅，又不懂得明确站队，跟刘裕并不是一条心。卢循进攻建康的时候，诸葛长民的主张与前面所说的孟昶是一致的，要求护驾北迁。刘裕坚决不同意北迁，诸葛长民比孟昶聪明那么一点点，服从了刘裕的调遣，与刘毅等人守备在北陵。卢循之乱平息，诸葛长民升了官，就没了记性，反倒得意起来。
二刘相争，刘裕为了安抚诸葛长民，让他留守太尉府管事，并且可以带五十名全副武装的卫士进宫，以防不测。建康这边没了刘裕的强势压力，诸葛长民还真以为自己了不起了，他也不理政事，只让手下四处聚敛珍宝美女，并给自己营造宅院府第，引起了老百姓的不满。
这好事并没维持多久。刘毅的势力被扑灭，迅猛程度远远超过包括刘裕本人在内几乎所有人的预想。诸葛长民这才有些大梦初醒，对自己的亲信说：“俗话说：‘昔年醢彭越，前年杀韩信’，当年刘邦诛杀功臣，就是一个个下手的，我怕是要大祸临头了！”
他暗中对刘裕的副手刘穆之试探道：“民间很多人都说太尉（刘裕）与我不和，是啥原因呢？”
刘穆之应道：“太尉西征，把府上大大小小的事情都托付给了足下，岂能说与你不和？”
诸葛长民这才稍稍放心，但依然惧怕刘裕，暗中图谋不轨。他的弟弟诸葛黎民以“唇亡齿寒”的道理劝他早作打算，乘刘裕还没回京之际发动政变。“当断不断，反受其乱”，诸葛长民腐败起来“一丝不苟”，性命攸关的时刻却又变得犹豫不决，感慨道：“哎，贫贱的时候想要富贵，富贵了呢，又害怕危机降临，如今我只想在丹徒做个小小的布衣，怎么就这么难呢！”
他终究对自己的实力没信心，不敢动手，却又不甘心，画蛇添足地给刘敬宣写信，要与他联手造反。这真是所托非人，刘敬宣虽然手握重兵，却是个没啥政治野心的“好孩子”，对刘裕忠心耿耿，刘毅想作乱的时候就曾被他告过一次密，比刘毅更弱的诸葛长民哪有希望让他倒戈？“告密专家”刘敬宣专程派人把密信送到西征的刘裕手中，刘裕夸赞刘敬宣忠诚之余，并不十分担心，只派了辅国将军王诞先去京城，协助刘穆之等人防备。
刘裕率领一半军队从江陵顺江东回，开始时带着辎重一起走，速度很慢。诸葛长民带着朝中大臣，每天白天在新亭等候，却迟迟不见大军踪影。快到京城了，刘裕忽然驾着轻舟，带领很少的军队突进，连夜进入太尉府的东府。
天一亮，诸葛长民就听说刘裕已经回府，大惊失色，情急之下，只得亲自去拜见刘裕。刘裕也不大张旗鼓，悄悄地在幕后埋伏了一名叫做丁旿的勇士，然后在门厅内接见诸葛长民。刘裕拉着诸葛长民的手，家长里短地谈得可开心了。反应迟钝的诸葛长民乐呵呵地陪笑，背后已经跳出了手持利刃的丁旿，刘裕脸色立变，丁旿上前拽住诸葛长民，手起刀落，毫不含糊地将他斩杀。刘裕又下令收捕诸葛长民的几个弟弟，诸葛黎民虽骁勇过人，却挡不住捕头人多势重，力战而死。诸葛长民的小弟弟诸葛幼民逃到山里，最终被揪出来杀掉，诸葛氏一家继刘毅之后，也做了政治斗争的牺牲品。
回头说说刘裕的另一半军队。刘裕在攻下江陵后，就有意再接再厉，进攻谯纵据守的蜀地。前文提过，谯纵的割据势力是桓玄称帝所造成的“副产品”，到这时已有八个年头，期间刘敬宣曾经在义熙三年（公元407年）试图进攻过一次，却无功而返。众将都觉得蜀地艰险，如果刘裕不亲征，恐怕还是难以成功，但蜀地离建康太远，刘裕若是真去了，东面又可能会出问题（这时诸葛长民还没倒台）。伐蜀大军的元帅人选成了个大难题。
刘裕不仅识战，而且识人。刘毅的部下毛修之在刘毅失败后，投降了刘裕。毛修之是原先的益州刺史毛璩的侄子，蜀中兵变，毛璩与毛修之的父亲毛瑾一家都被谯纵所杀，毛修之恰好在江陵任职，逃过一劫，从此他便立誓报仇雪恨。他几次向刘裕请缨，要求带兵西征。刘裕担心他到蜀地会公报私仇，大杀当地军人；蜀地的士兵害怕毛修之，也会以死固守，那样既不利于“安定团结”，也不利于攻城拔寨。
