二一、州、省
有一些元朝的“散府”，到了明朝，被降为“州”。元朝的州，分为上中下三等。上等州设达鲁花赤、州尹、同知、判官、知事、提控案牍。中下等州不设知事，而设“吏目”。下等州不设提控案牍。明朝的州分为两等：一等的叫做直隶州(直属于省的州)，原则上与“府”相等，但官员于知州以下仅设同知、判官、吏目。知州的官阶是“从五品”，比知府低一级半。元朝的州尹，是“从四品”。
明朝的二等州，叫做“属州”(属于府的州)，在原则上与县相等。
府以上的机构，住元朝叫做“行中书省”、“行枢密院”、“行御史台”，简称为“行省”、“行院”、“行台”。这三样机构的管辖区域并不一致。行省约略等于明朝的省，而数目较少。行院视军事的需要，因时因地而设。行台的设置，除了江南与陕西两处以外，其他无规律可言。元朝而且有所谓“中书分省”、“枢密分院”(不曾有过“御史分台”)，其临时性与“代表中央”的色彩，较之行省与行院更为浓厚。行省、行院、行台，也本是中央机构在地方上的办事处，并非地方政府。中央的丞相、平章政事、参知政事、知院等等，可以兼行省的丞相、参知政事、知院等等。中央也可以在行省另设丞相以下的雷同于中央的官，而并不派遣中央官兼任。很显然的一种后果，便是行省行院变成尾大不掉。虽则丞相在行省很少设置，而平章政事、参知政事等等，或此或彼，或多或少，是常设的。行院呢，也常有所谓知院、同知、副枢、佥院等等。行台呢，也有所谓御史大夫、御史中丞、侍御史、治书御史等等。全国又分成二十二“道”，每道设提刑按察使及其属官。在元世祖至元二十八年以后，提刑按察使改称为“肃政廉访使”。 明朝在洪武九年以前，沿袭元朝的行省制度，不曾有多大改革；到了洪武九年，便一举而创立十二个“承宣布政使司”，以代替元朝的行省。(其中的一个，叫做“北平承宣布政使司”，在明成祖永乐元年改称为“北京”[直辖区]；明英宗正统年间，把“北京”改称为“京师”，所谓北京与京师，均兼指北京城及其直辖区，老百姓为了避免混淆，称北京城为京城或京师，称它的直辖区为“北直隶”。原来的南京所直辖的“直隶”，被老百姓称为“南直隶”。)
洪武九年的十二个承宣布政使司，是①浙江、②江西、③福建、④北平、⑤广西、⑥四川、⑦山东、⑧广东、⑨河南、⑩陕西、⑾湖广、⑿山西。
洪武十五年，增设云南；永乐元年，减去北平；永乐十一年，增设贵州。于是，明朝的省定了型：直至清兵入关为止，明朝有两个直辖区(京师与南京)，也就是两个直隶，十三个省。
二二、布政使司、分守道；按察使司、分巡道
明朝的“承宣布政使”，不是中央官，而是最高的地方官。每一个承宣布政使的辖区，称为“承宣布政使司”，简称为“布政司”，而不称为‘行省”。在正式的文件中，为了避免“行省”两个字，地名下面加上“等处”。例如，江西“行省”，被称为“江西等处布政使司”。所有的布政使，不分左右，官阶概为“从二品”，不像元朝之有时以中央的正一品丞相与从一品平章政事，派到行省来，或另派“专任”的行省丞相与从一品行省平章政事。
元朝尚右，明朝尚左。元朝在行省的编制上有所谓“右左丞相”，与“右左平章政事”，等等，并不填满。明朝的每一个布政司，在编制上有左右两个布政使，与从三品的左右两个“参政”(参知政事)，以及无定额的从四品左右参议，——事实上也不填满。
元朝的行省衙门，等于是小规模的中书省(行政院)。明朝的布政司衙门，除了参政、参议而外，属官仅有经历、都事、照磨、检校、理问、副理问、提控案牍、司狱、库大使、副使、仓大使、副使，与四个局(杂造、军器、宝泉、织染)的大使、副使，共只二十个人而已。(官下面的胥吏，未计在内。)
每一个布政使司，有“督册道”若干人，“督粮道”一人，“分守道”三人至八人。“督册道”无定额，有设有不设。督粮道很重要，差不多是今日的粮食处长，不过在任务上是专管征收田赋，不管增产，分守道，无甚实权，是府省之间的一种催办公事的人。大省如“湖广”(包括今日的湖北湖南二省)，设有分守道八人，驻在武昌、郧阳、澧州等处，称为“武昌道”、“下荆南道”、“上荆南道”等等。小省如山东，仅设分守道三人，称为济南道、东兖道、海右道，都驻在省城。
这些道员，均由布政司的参政参议兼任。
布政使所主管的是民政。司法也管，但主管司法的是提刑按察使。因此之故，布政使的属官之中有所谓“司狱”；提刑按察使的属官之中，也有“司狱”。把司法和民政完全划分，在中国的历史上，是国民政府奠都南京以后才开始推行的事。明清两朝及其以前的中国人，没有这个司法与民政划分的观念。知县与知府均“兼管司法”。布政使因此也多少有点司法权力。但是，提刑按察使在司法范围内是一省的最高负责人(差不多等于今天的高级法院院长)，而且兼有一部分的监察权力。
明朝有十三个提刑按察使，与承宣布政使平行，而官阶略低：正三品。提刑按察使的衙门及其辖区，称为“提刑按察使司”，简称“按察司”。司里有若干正四品的副使与正五品的佥事，兼任本省的“分巡道”。分巡道的衙门称为“按察分司”。有时候“分巡道”本人，也被老百姓称为“分司”。全国共有四十一个“分巡道”，但是各布政使下而的“分守道”却有六十个之多。
二三、巡抚、总督
明朝在洪武年间没有巡抚与总督。
最初的一个巡抚，发表于永乐二年(1404年)。明成祖委派了一个职司监察的七品官“给事中”雷填，“巡抚广西”。所谓巡抚，在当时只是中央官的一种临时工作，而并非固定的官职，更没有如同清朝一样，变成了事实上的省级最高长官。明宣宗宣德年间以后，巡抚才渐渐地多起来。到了明朝末年，差不多每省均有，但是辖区有大有小，并不与布政使的辖区相吻合，而且在职务上也是偏重军事，常常在官衔上加了“提督军务”，或“赞理军务”的字样。
最初的一个总督，似乎是明景帝景泰元年(1450年)所发表的“总督湖广贵州军务”王来。王来那时候已经以“都察院副都御史”的资格，“巡抚河南等处”。总督是他的一个临时兼衔，为了便于调发节制湖广与贵州的兵讨伐造反的苗民。
第二个最早的总督，是景泰二年的“总督漕运，兼提督军务，巡抚淮扬庐凤四府、徐和滁三州”王竑。王竑正如王来一样，集巡抚与总督二衔于一身。他们两人的本职，也均是“都察院副都御史”。所不同的，漕运是一种经常的政务。因此，漕运总督便成了固定的官职，直至清朝末年。其他各地的总督，以后越来越多，大都是为了军事上需要有一个官，来节制两省或两省以上的兵员与粮饷。崇祯年间的内忧外患纷至沓来，总督因此也特别多。
明朝的巡抚与总督，均没有什么特别的官阶。他们的官阶大小，以各人的本职为定。倘若某人是“副都御史”，那末，他仍是正三品，不因兼了巡抚或总督而升高一级或半级。
到了清朝，顺治十年以后，巡抚与总督不再是出巡的或出征的中央官，而是“加”上中央官衔的“外官”了。总督所“加”的官衔，在康熙三十一年被明文规定：兵部左侍郎或右侍郎，兼都察院右副都御史。倘若本人已当了任何一部尚书，则一律称为兵部尚书。巡抚所“加”的官衔，在雍正元年也获得规定：各部侍郎出身的，加衔为“兵部右侍郎、都察院右副都御史”；不是侍郎出身而当到内阁学士的，只加“右副都御史”，不加“兵部右侍郎”。再其次，只当过四品京堂、按察使，或左佥都御史的，只能加一个“右佥都御史”。
这些规定，其后有过不少次的修改。但是，官阶相当固定。直至宣统之时，清朝的总督是“从一品”，巡抚是“从二品”。总督在咸丰以前，兼管军民两政，是巡抚事实上的上司；咸丰以后，巡抚的权力被提高，与总督形成“分省而治”，总督只能在所驻的一省握有全权，倘若这一省已裁去巡抚。
二四、都指挥使
洪武年间，各省既无巡抚，亦无总督，最高的军事负责人是“都指挥使”。都指挥使的衙门及其辖区，均称为“都指挥使司”。这都指挥使司与承宣布政使司、提刑按察使司，并称为“三司”，分别主管一省的军政、民政与监察。
都指挥使的辖区，与布政使的辖区并不吻合。例如，在洪武八年，十三个都指挥使司之中，有一个辽东都指挥使司，而当时并无“辽东省”。洪武十四年，增设贵州与云南都指挥使司与一个所谓“中都(开封)留守司”。洪武二十年，再添一个“大宁(热河平泉)都指挥使司”。加起来，一共是十七个。
在这十七个都指挥使司之中，浙江、辽东、山东，属于左军都督府；云南、贵州、四川、陕西、广西，属于右军都督府；中都、河南，属于中军都督府；湖广、福建、江西、广东，属于前军都督府；北平、山西、大宁，属于后军都督府。
此外，又有三个“行”都指挥使司，地位略低，一在福建，管建宁、延平、邵武、汀州、将乐；一在山西，管大同、蔚州、朔州；一在陕西，管今日甘肃的武威、张掖、酒泉，以及青海的西宁一带。 明成祖迁都北京，把北京都指挥使司取消，部队改为“亲军”。明成祖也把大宁都指挥使司移到保定，在事实上把热河东边的领土放弃。
明宣宗添设了一个“万全都指挥使司”，管辖后来的察哈尔南部与绥远的兴和等地。
明世宗添设了一个“兴都留守司”，以承天卫(今日湖北的安陆)为中心。此外，又有两个新的“行”都指挥使司，一在四川，管今日的西昌一带；一在湖广，管今日的湖北省的西部与西北部。 都指挥使，勉强可比对日抗战期间的“军管区司令”与“保安司令”。在他的下面，有若干“卫”及若干直属的“所”。每一个卫，通常有五千六百名世袭的兵与军官。卫下面有五个千户所。每一个千户所，包含十个百户所。每一个百户所，包含两个“总旗”。每一个总旗，包含五个“小旗”。
“都指挥使”的地位，不是世袭的。但是，只有属于“指挥使”一级的世袭的“世官”，或考中武科举的人，才有资格被任命为“都指挥使”。世官共有九等：指挥使、指挥同知、指挥佥事、卫镇抚、正千户、副千户、百户、试百户、所镇抚。这些世官，依照明朝的“军民分籍”的制度，是一种没有封地而有禄田，没有人民而有部队的贵族。
二五、军民分籍、卫所
军民分籍，是把老百姓分为两种。一种是“军”：每家世世代代要有一个人当兵或军官。另一种是“民”：世世代代均免除兵役(除非是志愿投军的)。政府的户籍，因此也有两套，一套是军户，一套是民户。
这是来元璋所手创的奇特制度：综合了汉的屯田，唐的府兵，与宋的尺籍。他很以此种军民分籍自豪。他说：“朕养兵百万，不费国家一钱。”
他早就在占有和州之时，试行军士屯田：拿下了集庆(南京)及其外围以后，更是十分注意于此。他的军队，从不缺乏粮饷，因此才能做到对人民秋毫无犯，到哪里均受欢迎。
洪武元年，天下事已经大定，他考虑到如何于胜利以后，安顿庞大数量的军官与兵士。裁减，编遣，复员，都不是好办法。裁谁？不裁谁？编谁？遣谁？复员，复到哪里去？复到农村，农村吃不消；“退伍军人”无田，无牛，无农具，无种子，也复不进农村!
于是，朱元璋想出了这个军民分籍的办法，不仅安顿了兵士，酬庸了军官，而且替他自己与他的子孙保存了庞大的军事力量，也就是替大明帝国维持了长治久安的国防军。
兵士，每人赏官田五十亩。条件是：当兵到老(六十岁)；老了或死了以后，由儿子孙子一代一代地继承下去：每代只须有长子一人服役，次子以下作为“余丁”，也就是补缺的兵。这五十亩田，也要纳税(称做粮)，每亩二斗四升，不运到中央政府或地方政府，而集中储藏起来，作为军粮军饷。
军官，每人封一个“世官”：最高的是指挥使，管一个卫，其次有“千户”、“百户”，管千户所与百户所，最小的是镇抚，有资格管一个总旗或小旗。千户有正有副，百户之下有所谓“试百户”。指挥使与正千户之间，有所谓指挥同知、指挥佥事、卫镇抚。
共有九等。
大军官有功劳的，封为指挥使不够，便封公、封侯、封伯、封子、封男。这五等封爵，不属于“卫所体系”以内。
卫所的军官与兵士，分别居住于指定的地区以内，遍于全国。全国的卫所，在洪武十三年的时候，共有四百九十三个卫，卫之下各有若干千户所、百户所。独立的干户所有三百五十九个。此外，属于羁縻性质的边胞的卫所，也有四百多个。“世官”的总数，在洪武二十三年，有一万六千五百名左右。“世兵”的总数，有一百二十万名左右。全国的总人口，依照洪武二十六年的统计，是六千零五十四万五千八百一十二人。
二六、五军都督府、兵部
某一个指挥使，被升任为都指挥使或更大的官，仍旧保存他的指挥使世职，虽则“都指挥使”等等的头衔及权力，是不能传给儿子或自己终身做下去的(原则上是五年一任)。
“都指挥使”是所谓“流官”(流转的官)。流官共分八等：在都指挥使之上，有左右都督、都督同知、都督佥事；在都指挥使之下，有都指挥同知、都指挥佥事、正留守、副留守。
那时候(洪武年间)，明朝还没有所谓“总兵”，也没有专任的“提督”。提督二宁，其后见于若干人的官衔之中，当作动词用，而不当作名词用。
在中央，军政与军令两项大权，分别由兵部与大都督府执掌。大都督府在洪武十三年，于丞相胡惟庸造反的案子以后，与丞相府同时被取消。代之而起的，是所谓“五军都督府”。五军，是前后左右中五军。每军设左右都督各一人，正一品；都督同知、都督佥事若干人，同知是从一品，佥事是正二品。都驻在京师。各军都督府之下，有各省的若干都指挥使司。都指挥使的官阶，是正二品。下边的都指挥同知，从二品；都指挥佥事，正三品。
(卫的指挥使，是世官，但也有官阶：正三品。指挥使以下的各级世官，也均有依次递减的官阶。)
除了隶属于五军都督府的各卫所以外，另有直属于皇帝的“亲军”。亲军在洪武年间，共有十二个卫，其中以“锦衣卫”为最重要。明成祖把亲军扩充到二十二个卫，称为“上二十二卫”。 兵部在丞相一职未被废除以前，属于以丞相为主管的中书省。其后，与别的五个部(吏户礼刑工)直属于皇帝。
兵部设正二品的尚书一人，“掌天下武卫官军选授简练之政令”；设左右侍郎各一人，正三品，作为尚书的辅佐。这三人的官阶，均及不上五个军的都督府的左右都督(正一品)。
发兵、调兵，必须“纳符请宝”。符是金牌，只有两块，一块藏在中书省(其后改藏在兵部)，一块藏在大都督府(其后改藏在中军都督府)。皇帝下诏发兵，由中书省(兵部)与大都督府(中军都督府及有关的某军都督府)会同奏覆，会同缴进这两块金牌，“请宝”。请宝，是请求发给“走马符牌”。然后，分遣使者，佩上这“走马符牌”，到各个卫所去调兵。走马符牌，是铁的，一共有四十块，二十块铸有金字，二十块铸有银字，平时都藏在宫城里的内府。
战事完毕以后，司令官缴印，军官与卫兵各回原有的卫所。
永乐七年以后，不再用走马符牌，而改用编了号码的“调军勘合”。
二七、六 部
在明朝，洪武十三年以前，兵部只不过是中书省的一个“部”，上边还有中书省的左右丞相、平章政事、参知政事等等的官。洪武十三年，左右丞相被取消，平章参政等等也被取消，中书省的名义也被取消，兵部便和其他五个部，直接在皇帝的管辖之下。
其他五个部，是吏部、户部、礼部、刑部、工部。加上[位列第四的]兵部，统称“六部”。
六部渊源于秦汉，成形于魏晋，壮大于唐，叠床架屋于宋，大权上移于元。最先，在秦始皇的时候，有“少府”衙门的四个“尚书”(高等书记)，在“殿中”“发书”。其后，汉武帝派一个宦官(太监)范任所谓“中书谒者令”，作为这四个尚书的小长官，也无非仍旧是叫他们五人办办文书，跑跑腿而已。文书越办越多，腿越跑越远，中书谒者令和尚书们，也就日形重要，重要到武帝在晚年不得不叫自己最亲信的臣子霍光，以崇高的“大司马大将军”名义，来“录尚书事”。(霍光的异母兄霍去病，是武帝卫皇后的姨侄。)从此，直至东汉之末，谁兼了这“录尚书事”的差事，谁便是事实上的宰相，而所谓丞相或司徒，倘若在官衔上缺少这四个字尾巴的话，使成了徒拥空名。
不屑挂上这个尾巴的，仅有董卓一人。曹操在建安元年，迎汉献帝于洛阳，迁都许昌以后，也未能免俗。他是“镇东将军，领司隶校尉，录尚书事。”其后，当了“司空，行车骑将军”，又在建安十三年改任丞相，可能仍旧挂上这“录尚书事”的尾巴(但是史节上缺乏明文)。
东汉从光武帝的时候起，便设了“尚书令”。这是一个“事务官”，比不上“录尚书事”，但是在地位上高过了原来的“中书谒者令”与汉成帝所改称的“中谒者令”，也不再像起自武帝迄于元帝之时由宦官来充任。尚书令下面，有一个仆射，六个尚书，三十六个侍郎，十八个令史，简直是一个庞大的行政机关的主官了。
武帝的四个尚书，分掌四个曹(科)：常侍曹(处理关于京中大官的文书)、二千石曹(处理关于地方大官的文书)、民曹(处理关于小官与老百姓的文书)、客曹(处理关于外国人的事)。
光武帝以后的六个尚书，分掌六个曹：把常侍曹改为“吏部曹”，主管选举与祠祀；叫二千石曹主管辞讼；叫民曹主管公共工程；客曹仍旧；增设“三公曹”，主管考绩；增设“中都官曹”，主管“水火盗贼”。
曹丕篡汉以后，增加一个仆射，减六曹为五曹：吏部曹、左民曹(公共工程)、客曹、五兵曹、度支曹。司马炎篡魏以后，把左民曹与五兵曹取消，改设三公、驾部、屯田，三个曹，于是又有了六个曹。
魏晋两朝的尚书令及其属员，由附庸蔚为大国，自成一省。省字的原意是“厢房”，皇宫大殿两旁的厢房。
与尚书省比起来，其他三个省要小得多：这三个小省，是中书省、门下省、秘书省。中书省的来源，不是汉武帝的“中书谒者令”，而是由于曹操当魏王之时用了两个人当“秘书郎”。这两个人，刘放孙资，在曹丕当了皇帝以后被升官为所谓“中书监”与“中书令”，以便留在身边，“办办文书”，但毋庸“跑跑腿”。“跑跑腿”的工作，交给门下省的侍中，给事中黄门侍郎，散骑常侍，通直散骑常侍等等。至于秘书省，所作的却不是文书方面的事，而是保管宫内所秘藏的书籍!
南北朝时代的南朝与北朝的中央官制，就尚书省及其他三省而论和魏晋在大体上出入很少。
隋唐也是如此。唐把尚书省的六曹扩大为六部，称为吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部。又在左右仆射之下，新设左右丞各一人，每一丞管辖三个部，左右丞的下面，又有左右司郎中各一人，左右司员外郎各一人。尚书令的一职，因为唐太宗在未为皇帝之时，于唐高祖之朝担任过，所以唐高宗在龙朔二年把它废了。虽则唐玄宗恢复了它，却直至唐朝结束为止，始终是阙而不补。
唐朝的六部，比以前的六曹，充实得多。每部除了一个尚书，两个侍郎以外，有若干名郎中，员外郎，主事，令史，书令史，“掌故”与或设或不设的“亭长”，计史。郎中之中，有四名各主管一个司。六部一共有廿四个司：
吏部一吏部司、司封司、司勋司、考功司。
户部一户部司、度支司、金部司、仓部司。
礼部—礼部司、祠部司、膳部司、主客司。
兵部一兵部司、职方司、驾部司、库部司。
刑部一刑部司、都官司、比部司、司门司。
工部—工部司、屯田司、虞部司、水部司。
宋朝开国于晚唐藩镇及五代纷扰以后，而太祖赵匡胤，太宗赵匡义及他们的辅佐赵普之流，又无甚学识，以致规模庞杂，名实颠倒，于六部以外有了不少的骈枝机关，事实上使得六部有如虚设。最高的官，文的叫做“平章政事”，武的叫做枢密使。“平章政事”四个字，渊源于唐朝的“尚书仆射同中书门下平章事”。在唐朝，这是“真宰相”，集尚书、中书、门下三个省的大权于一身。在宋朝，“同平章事”的不一定是尚书省的尚书令或仆射，中等官如开封尹，也可以挂上这个尾巴而变成了“真宰相”，然而并无实权。枢密使和其下的副使，参知枢密院事，也都可以挂上这个尾巴，也照样毫无实权。
单就六部而论，宋朝的尚书侍郎管不了各人本部的事。管事的常是加了“判某部事”四个字头衔的或大或小的部外的官，实际上，这些“判某部事”也判不了多少事。因为，各部的职权早已被其他的机关分割了去。例如，吏部的考选官吏与黜陟官吏之权，旁落于“审官院”，也上移于中书省(政事堂)及枢密院。户部的收支之权，旁落于所谓“三司使”(盐铁使、度支使、户部使)。兵部，由于有了枢密院，成为赘瘤。其他三部，礼部刑部工部，也没有一个是完整的。
雄峙于宋朝之北的辽朝金朝，在政治组织上比宋朝简单。金朝尤其好，做到了“职有定位，员有常数”。金主亮把沿袭自唐辽的三省，废掉中书门下二省，只留下一个尚书省，也把左右仆射的名称改为左右丞相，在丞相下面设专任的“平章政事”(不再用“同中书门下平章事”一个长尾巴作为所谓真宰相的标记)，在平章政事下面设左丞右丞，作为事实上的“执政”，再下面设六部尚书侍郎各一人。六部各干各事，没有骈枝机关加以牵制。 元世祖改称尚书省为中书省，以“中书令”为只有太子才能兼领的“加官”，改左右丞相为右左丞相，左右丞为右左丞(不尚左面尚右)。其余，丞上面的平章政事，丞下面的参知政事(简称“参政”)一律仍旧。
但是，他把六部的尚书侍郎增加了。至元二十三年，规定每部有两个尚书，两个侍郎。至元二十八年，又规定每部尚书由二人增加为三人。这样，每一部的里面均形成多头政治，大大地减
低了办事的效率。元朝六部的附属机关也特别多。部内部外的冗官冗吏，数不胜数。比起金朝来，元朝在种种方面都差得远。 朱元璋在“吴元年”(洪武元年的前一年)以“吴王”的资格建立吴国的中央政府，在大体上沿袭元朝的规模，有相当庞大的中书省。中书省虽不设中书令，却有左右相国(尚左)、平章政事、左右丞、参知政事、左右司郎中、员外郎、都事、检校、照磨、管勾、参议、参军、断事官、考功郎等等。洪武元年称帝，改国号为大明，改左右相国为左右丞相，在中书省设立吏户礼兵刑工六部，每部设尚书侍郎各一人，属官若干人。
朱元璋在洪武六年，感觉六部的工作很繁，在每部添设尚书侍郎各一。两年以后，又在户部的五个科，刑工两部每部的四个科，各设尚书一人，侍郎一人。于是，户部有了七个尚书七个侍郎；刑工两部也各有六个尚书，六个侍郎。加上其他四部的尚书侍郎，中书省一共有了二十七个尚书，二十七个侍郎，未免太多。 洪武十三年，朱元璋因左丞相胡惟庸谋反，一怒而永久废除丞相制度。他取消中书省，裁掉省内的所有官员，只留下十名“中书舍人”(中书舍人是洪武七年设置的，原称“直省舍人”)。六部被保留，也不得不保留。朱元璋藉此机会，把六部的机构简化，把六部的地位提高。
每一部，从此只设一个尚书，两个侍郎，称为左右侍郎。原有的各科尚书，一律降为郎中。各部尚书的官阶，由正三品升为正二品；侍郎也由正四品升为正三品。原则上，六个尚书均直接秉承皇帝，办理各人本部的职务。于是，朱元璋成为中国历史上空前的最有权力的君主。
在六个部之中，吏部最重要。它主管全国文官的升迁调转，甚至有力量保荐其他各部的尚书。
就人员而论，户部最大。一开始，它就有五个科，洪武十三年，五个科改为四个“属部”。洪武二十三年，四个属部分为十二个属部。洪武二十九年，属部改称为“清吏司”。明成祖在永乐十八年，减掉一个司，增加三个司。明宣宗在宣德十年再减掉一个司。于是，直至明朝末年为止，户部共有十三个清吏司，每一个司主管中央对某省的收支，以及某省对中央的报销。军队的俸禄粮饷，也归这些司主管。各省的承宣布政使，虽则是任免属于吏部，在业务上则与户部的关系最密切，等于是户部的属员。 礼部，自古以来，都是冷衙门，然而它主管国家的吉凶大典，主管教育与考试，主管招待外宾，宴劳功臣文士，也不能算不重要。
兵部，在上节已经有了交代。
刑部，主管“天下刑名”，也有十三个清吏司，“如户部之制”，“各掌其分省及兼领所分京府直隶之刑名”。它们和各省的提刑按察使有经常的接触。主要的业务是覆勘、录囚、决因。
工部，主管公共工程，包括宫殿、陵寝、城郭、祠庙、仓库、车船、钱币、兵器、颜料、窑器等等，兼管水利。工部业务虽繁。地位却是六部之中最末的一个。
二八、都察院、十三道
明朝在洪武十三年以前，沿袭元朝的监察制度，设御史台，有左右御史大夫各一人，官阶是从一品。御史大夫之下，有御史中丞、侍御史、治书侍御史、殿中侍御史、“察院”监察御史等等。 察院是宋朝的遗留。宋朝把监察权分由三个机构执掌，有所谓台院，负责人称为“权御史中丞”；有所谓殿院与察院，分别由侍御史负责，名义是“殿中御史里行”与“监察御史里行”。三院的总负责人在名义上是御史大夫。比起秦汉隋唐之以御史大夫(或司空)真正总管监察，自然是差远了。
朱元璋在洪武十三年(1360年)所实施的大改革，兼及于军政、民政、监察。在军政上，取消大都督府，设五个“军都督府”；在民政上，取消中书省，以六部直属皇帝：这两项均是“化整为零”，“分而治之”的手法。在监察上，取消了从品的御史大夫，改以正二品的左右御史中丞为负责人：这是用降低负责人身份的手法来加强他个人的统治。跟着．他也废除了御史台与监院的名称，连带地也取消了御史中丞及其属官。
两年以后，他感觉到仍有设一个监察衙门的必要，于是便成立“都察院”，放八个“都御史”在里面，官阶一律是正七品，下面设“监察御史”荇干人，分巡全国各省，称为“十二道”监察御史，每道在大体上包括当时的一省，有监察御史三人至五人，但并不驻在各道，而驻在京师，有事带印出巡，事毕回京缴印。
次年，洪武十六年，朱元璋把八个都御史之中的两个，称为左都御史与右都御史，官阶升为正三品。把其他六个，以两个为左右副都御史，正四品；四个为左右佥都御史，正五品。
这八人的官阶，在洪武十七年又升一阶(二级)。左右都御史升为正二品，左右副都御史升为正三品，左右佥都御史升为正四品。下面的十二道监察御史，也一律确定为正七品(原本全是正七品)。
朱元璋死，后建文帝一度改左右都御史二人为一人，称为都御史，其后又改称为御史大夫，把都察院三个字也改称为御史府。明成祖即位以后，恢复洪武十七年的制度。到了永乐十九年，减掉北京一道，增设贵州云南交阯三道，共为十四个道。明宣宗在宣德十年废去交阯一道。于是，直至明朝末年为止，监察御史分为十三道，人数各道多少不一，一共有一百一十一人。 明清两朝的监察官，除了都察院的十三道以外，又有直属皇帝的“六科给事中”。因此，“科道”两字常常在公文之中同列并举。
二九、六科
明朝开始只设了“给事中”。到了洪武二十四年，才设“都给事中”六人，分吏户礼兵刑工六科，每科一人；下设“左右给事中”，每科各一人；再下设“给事中”，各科多少不等，共为四十人。“都给事中”正八品，“左右给事中”从八品．“给事中”正九品。建文帝把“都给事中”升为正七品，“给事中”升为从七品，省去“左右给事中”增加“拾遗”，“补阙”。明成祖恢复左右给事中，取消拾遗补阙，都给事中仍为正七品，左右给事中与[普通的]给事中一律为从七品。
这“六科”之官，品级虽低，权力却大。他们侍从皇帝。每天每科有一人值日，站在殿里“珥笔记旨”。皇帝交给各衙门办理的事件，由六科每五天“注销”一次。倘若有拖延不办或是办得慢的，六科便向皇帝报告。每逢百官“自陈”，六科也会同六部，纠举其中的不实之处。“自陈”，是京内四品以上的官，每逢巳年亥年，自己把功过写出来，自说该留该去，请皇帝决定。
所有京内京外的官，因有功而被“引见”候选的，一概由吏部尚书及有关一科的都给事中，陪着去见皇帝。
六科衙门的最大权力，是对于皇帝的制敕能够“封还执奏”。换句话说，它可以不赞成皇帝的意旨，而提出反对的理由。这原是唐朝所留下来的优良传统，倘若运用得当，的确足以减少君主专制的弊病。在唐朝，有执掌“出纳帝命”的门下省，为此而设。门下省的长官侍中，号称“左相”，而中书省的中书令号称“右相”。左右相之上的“真宰相”，通常是尚书省的左仆射或别的官，加上一个‘同中书门下三品平章事”的衔头(会同中书门下两省三品以上的官，平核文件与事务)。
明朝不设门下省，便把这门下省的主要任务交给了“六科”。当年在唐朝，门下省原本也有四个给事中，官阶是正五品，地位仅次于侍中及门下侍郎。
明朝六科的各级给事中，虽则官阶只是正七品与从七品，却可以弹劾任何一个大官。都给事中有权出席“廷议”、“廷推”、“廷鞫”。“廷议”是皇帝御前的大会议。“廷推”是在皇帝面前公推朝廷大官的候选人，请皇帝选定。“廷鞫”是在皇帝面前公审有罪的大官。
明朝在各省有提刑按察使与分巡道，在中央又有都察院及其十三道监察御史，加上这六科的都给事中、左右给事中，与给事中；监察的制度可谓十分严密。而且，遇必要时，皇帝又特派这几种机构以外的大官，到地方上去查办不法的官吏。(倒如，明英宗派南京兵部侍郎徐琦与工部侍郎郑辰“考察南畿”，南畿是南直隶。)
三○、五寺
五寺不是五个寺庙，而是五个衙门。哪五寺呢？大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺。
在这五寺之中，大理寺最重要。它是清末民初“大理院”，亦即我们今日“最高法院”的前身，但在实际上甚不相同，也不相同于唐宋两代的大理寺。唐宋两代的大理寺管“覆判”，而并不自行提犯问案。清末民初的大理院与我们今日的最高法院，所管的是最后一次上诉，也并不提讯原告被告，只是审阅案卷，加以裁决而已。
明朝的大理寺，与刑部及都察院合称为“三法司”(三个执法的衙门)。刑部在理论上是全国最高的上诉机关，同时也管辖京师与直隶的中级上诉及重要的刑事案件。(那时候，上诉的被告连同原告，均好比是已经判了罪的囚徒一样，必须对簿公堂，而且有受“刑求”的可能。)然而刊部与都察院对于所审理的一切案件，皆不能独作判决，必须把案卷和“囚徒”移送到大理寺去“详谳”。大理寺有权“照驳”，“参驳”，并且可以调别的衙门的官来换审(“番异”)，甚至在交给“九卿会讯”(“圆审”)以后，仍可“追驳”。就这一方面而论，大理寺确能制衡刑部与都察院。它对于五军都督府内的断事官(军法官)，也有同样的制衡权。
大理寺的首长，称为大理寺卿，官阶是正三品，他是所谓‘九卿”之一，也的确是秦汉的九卿之中“廷尉”的后继者。
其余四个寺的卿(太常寺卿、太仆寺卿、光禄寺卿、鸿胪寺卿)，官阶分别为正三品、从兰品、正四品，都没有大理寺重要。太常寺卿管祭祀，太仆寺卿管马，光禄寺卿管宴享，鸿胪寺卿管外宾。其中太常寺卿与光禄寺卿，均须在礼部的指挥之下办理本身应办的事。太仆寺卿在事实上等于是兵部的属官。鸿胪寺卿堪比于今天的外交部礼宾司司长。
五个寺的卿以外，有管理玉玺的使用的尚宝司的长官，也称做卿，官阶是正五品。加起来一共只有六卿，并没有“九卿”。宗人府的左右宗正，地位崇高，官阶是正一品，列于太师太博太保之上(这“三公”也都是正一品，但非专任，而是加衔)。秦汉时代的宗正，是九卿之一，位列第四。其他的八个卿，是①奉常(太常)、②郎中令(光禄勋)、③卫尉、④太仆、⑤廷尉、⑥典客(大鸿胪)、⑦治粟内史(大司农)、⑧少府。
在明朝，卫尉被京卫指挥使与五城兵马指挥等官所代替。治粟内史与少府的职权也移到了户部等衙门。
三一、三公、三孤；詹事府、翰林院
三公，是太师、太傅、太保，官阶正一品。三孤，是少师、少傅、少保，官阶从一品。其次，太子太师、太子太傅、太子太保，官阶为从一品，此外又有：正二品的太子少师、太子少傅、太子少保，与正三品的太子宾客。这些都是“加官”，虚衔。
真正负责辅导太子的，是詹事府。府里有正三品詹事一人，正四品少詹事二人，正六品府丞二人。
府下面的单位，是两坊(左春坊与右春坊)，一局(司经局)，一厅(主簿厅)。左右春坊各有正五品大学士一人，正五品庶子一人，从五品谕德一人，正六品中允二人，从六品赞善二人，司直郎二人，从八品清纪郎一人，从九品司谏二人。司经局有从五品太子洗马一人，正九品校书二人，从九品正字二人。主簿厅有从七品主簿一人，正九品录事二人，通事舍人二人。
院，除了都察院以外，有太医院与翰林院。太医院有正五品的“院使”一人，正六品的“院判”二人，正八品的御医四人。从九品的“吏目”若干人。附属的机构有“生药库”与“惠民药局”，各设“大使”一人，“副使”一人。
比太医院重要得多的，是翰林院。然而翰林院的首长，翰林学士，也不过是官居正五品而巳。下边的侍读学士二人，侍讲学士二人，是从五品；侍读二人与侍讲二人是正六品；世袭的五经博士九人，是正八品。此外，有典籍、侍书、待诏，均是八品以下的官。号称为修史之官的“修撰”，只是“从六品”，“编修”是正七品，“检讨”是“从七品”。“修撰”，照例是中了“状元”，才够资格充任的。
正如其后清朝的一样。明朝的秀才每三年有机会参加一次“乡试”(在本省省会的考试)，被录取的成为举人。举人也是每三年有机会参加一次“会试”(在京师的礼部衙门)。被录取的俗称为“进士”，其实只是进士的候选人而已，要再参加一次“殿试”，考中了才是真正的进士。进士分为三榜。第一榜称为一甲．只取三名，第一名俗称状元，第二名俗称榜眼，第三名俗称探花，这三人的正式功名，是“赐进士及第”，而状元进翰林院当修撰，榜眼探花进翰林院当编修，无庸再考。第二榜称为二甲，功名是“赐进士出身”。第三榜称为三甲，功名是“赐同进士出身”。这二甲三甲的进士，必须再经过一次考选，幸运的被送进翰林院当学生，称为“翰林院庶吉士”，三年毕业叫做“散馆”，留院任职或分发到都察院或六科当御史或给事中。那些未被选送为庶吉士的二三甲之人，仍旧只是进士而已，不能称为翰林。
三二、内阁
明清两朝的内阁，是翰林院的延长。
朱元璋在洪武十三年正月废除丞相制度，直接处理六部及其他大小衙门所递上来的公文，忙了九个月，终于吃不消。于是，从各省找来了六个老儒生(王本、杜佑、龚[左学右支]、杜[左学右支]、赵民望、吴源)。创设所谓“四辅”：春官、夏官、秋官、冬官。王杜龚三人当了春官，杜赵吴三人当了夏官，秋官冬官也由他们兼代。职务是与皇帝坐而论道，“协赞政事，均调四时”。这六人都是毫无政治经验的老学究，不曾能够帮得了朱元璋多少忙。不久，朱元璋腻了，换了几个人，依然不行，这四辅制度便在洪武十五年七月宣告结束。
但是，朱元璋仍旧需要几个有学问的人在身边，以便遇到问题好商量商量，于是便在洪武十五年十一月以翰林院检讨吴伯宗为武英殿大学士，翰林学士宋讷为文渊阁大学士，翰林院典籍吴沉为东阁大学士，官阶一律为正五品。(检讨是从七品，翰林学士是正五品，典籍是从八品)。吴伯宗是明朝开国以来的最早一个状元(在洪武四年考中的，当时还不曾有状元实授修撰的成例，而且修撰一职是在洪武十四年才设的)，由从七品的检讨一跃而为正五品的武英殿大学士，可谓殊荣。宋讷在元顺帝时便已中了进士，被朱元璋任为从八品的国子监助教，是到了洪武十五年才刚刚被破格升为正五品的翰林学士，不久，调任为文渊阁大学士，官阶虽则一样，却也加了一个“大”字。吴沉的父亲在元朝当国子监博士，本人对经学尚有研究，在朱元璋的翰林院中先充从五品的“待制”(这官职于洪武十四年被取消)。其后一降为正七品的编修，再降为从八品的典籍，却突然又被破格升为正五品的东阁大学士。
除了吴伯宗、宋讷、吴沉三个人以外，朱元璋也叫正二品的礼部尚书邵职，兼上一个正五品的华盖殿大学士的头衔。这一年不多久以后，他又任命年逾八十的崇德人鲍恂，年逾七十的吉安人余诠，高邮人张长年，作文华殿大学士。这三人是被征召而来的宿儒，都不肯作官，朱元璋只得放他们回家，到了次年，才有一个从上海来的全思诚，肯就文华殿大学士之任，但也只是当了一年左右，便告老回家了。
严格说来，这些洪武十五年十六年的几位大学士，并未形成内阁。他们没有属员，没有专责，只是皇帝的顾问而已。当时帮助朱元璋看看公文，签注签注意见的，是翰林院与詹事府左右春坊的若干官吏。
明朝内阁制度的形成，是在明仁宗的时候。
朱元璋死后，建文帝把各殿各阁的“大学士”，改为“学士”，增加一个正心殿学士。正心殿的原名是谨身殿。
明成祖即位。把自己所信任的解缙等七个人，放在文渊阁，不称做文渊阁大学士，而分别以各人原职，“入直文渊阁”。直，是“值班”。这就好比是清朝的皇帝叫某些人在军机处“行走”。解缙与黄淮在“洪武三十五年”(即建文四年)八月，分别以翰林院侍读与编修的资格，奉敕入直之旨。次月，侍讲胡广，修撰杨荣，编修杨士奇，检讨金幼孜与胡俨，也奉到入直之旨。十一月，解缙升为侍读学士，黄淮、胡广升为侍读，杨荣、杨士奇、金幼孜、胡俨，都升为侍讲。到了永乐二年四月，解缙又再升为文渊阁学士兼詹事府右春坊大学士，黄淮升为左庶子，胡广升为右庶子，胡俨升为左谕德，杨荣升为右谕德，杨士奇升为左中允，金幼孜不曾升。九月间，胡俨调任国子监祭酒，退出文渊阁，没有补上别人。从此，直到永乐之末，文渊阁的人数有减无增。
