成吉思汗突然降临花剌子模城市的时候，他指挥着一支人数约在十万到十二万五千之间的蒙古骑兵部队，并由总数在十五万到二十万之间的畏兀儿和其他突厥盟友、一群汉人医生以及工兵作为补充。相比而言，花剌子模统治者在他的整个帝国内，有大约四十万武装起来的士兵，而且他们又具有本土作战的优势。
蒙古人答应公平对待那些投降的人，但对那些抵抗的人，蒙古人则誓言要摧毁他们。如果民众通过提供食物的方式来表达愿意作为血族亲戚的话，蒙古人就会将他们当作家族成员一样对待，并给他们提供保护和某种基本的家族权利；但要是拒绝的话，他们就将会被视作敌人。成吉思汗对围城所提出的条件，既简单又使人觉得恐怖，正如他向你沙不儿的市民送去这一信息时所言：“指挥官、德高望重者以及平民都知道，上帝已赐予我从东到西的世界帝国，无论谁降服都将得到宽恕，但对敢于反抗的那些人，他们和他们的妻子、孩子以及依附者都将会遭殃。”同样的观点在那个时代的许多文献中都能表现出来，有一种亚美尼亚编年史，它最为清楚地引证过成吉思汗的话：“那是上帝的意志要我们占领世界以及维持秩序”，来强制实行蒙古人的法律，征收赋税，而对于那些拒绝其要求的人，蒙古人则有责任去“杀死他们并且摧毁他们的处所，以使其他的听闻者感到恐惧，而不再覆辙重蹈。”
有些城市不战而降，有些城市则仅需几天或几周就被攻破，而只有少数最为顽强的抵抗城市，才能拖延好几个月。成吉思汗从攻打女真城市的战役中学到很多：他不仅知道该如何完全夺取设防城市，还知道其后该如何对付他们，他尤其明白的是该如何最有效地去抢劫他们。成吉思汗不想再重蹈抢劫中都时混乱无序的覆辙。在花剌子模，他采用了一种新的而又更加有效的方法，那就是在开始抢劫之前，先清空城里的所有民众和牲畜，这样，当他们抢劫的时候，其部下的危险就可减至最低。
在抢劫开始之前，蒙古士兵会对每个敌方城里的居民采用一种相似的步骤。首先，他们要杀掉士兵。依赖骑兵的蒙古人，他们完全不使用训练有素的步兵来防守要塞城墙，而且更重要的是，他们并不想在他们和蒙古家乡之间，留下大批阻碍通道的昔日敌军。他们总是希望有一条畅通无阻的、开阔的回家之路。处决士兵之后，蒙古官员会派书记员去按职业划分平民。专门职业的人包括任何能用各种语言阅读和书写的人——书记员、医生、天文学家、法官、占卜者、工程技术人员、教师、阿訇、犹太传教士和牧师。蒙古人尤其需要商人、骆驼夫以及会说多种语言的人，还有工匠。这些为蒙古人所用的工匠，他们只要从事自己的行业，而不要参战、放牧或狩猎。日渐发展壮大的帝国几乎在一切可能的服务领域，都需要熟练的工匠，包括铁匠、陶工、木匠、家具制造者、织工、皮革工匠、染工、矿工、造纸工、吹玻璃工人、裁缝、宝石匠、乐师、理发师、歌唱者、娱乐表演者、药师以及厨师。
无业人员则被聚集起来，在下一次攻城战中帮助搬运辎重、挖掘防御工事、作为人体盾牌、当作填塞物被推入城壕，或在蒙古人的征战中献出生命。对那些并不适合这些任务的人，蒙古士兵就加以屠杀，或把他们留下。
在成吉思汗的中亚征服战中，有一群被俘者遭受了最为悲惨的命运。蒙古占领者屠杀富人和有权力的人。在十字军东侵期间，欧洲与中东实行的是武士风度的战争规则，敌对的贵族非常肤浅而又自负，他们之间彼此尊敬，然而却又随意屠杀普通士兵。他们不是在战场上处死其贵族敌人，而是更倾向于将俘获的贵族敌人，当作赎回家族成员或国土的人质。蒙古人并没有采行这个惯例。相反，他们试图尽可能快速地处死所有的贵族，以防止贵族们在以后的战争中反对他们，而且成吉思汗从未接受敌方贵族进入他的军队，并且他也很少通过任何其他的方式，来接纳贵族们为蒙古人服务。
成吉思汗并不是一直都贯彻这一政策的。在最初针对女真人、西夏人以及黑契丹人城市的征服过程中，成吉思汗常常保护富人，甚至在击败一些统治者之后，还允许他们当权。但女真人和西夏人在他的军队刚一撤退的时候，就立即背叛他。成吉思汗抵达中亚穆斯林国家的时候，他已经吸取了有关忠诚、信任以及利用富人和有权势者方面的教训。在极为关注公众态度和观点的过程中，他还认识到，普通民众很少关心庸懒富人们的事情。
通过处决贵族，蒙古人基本上斩断了敌人社会体制上的“头颅”，并将未来的反抗减到最少。有些城市在战场上损失了贵族之后，或由于它们的统治家族被灭绝，那些城市就无法充分恢复，得到重建。成吉思汗想让那些忠诚于蒙古人、并且对蒙古人感恩戴德的官员们，独占权力和威望；出于这个理由，他只认可自己所授予的头衔。即便是一位想要保留旧头衔的诸侯或国王，也必须经由蒙古当局重新授予。在罗马教皇使节普兰诺·卡尔平尼于1245年至1247年游历蒙古的报告中，他常常抱怨蒙古人对上层贵族民众缺乏尊重。最低等的蒙古人也可走在来访国王和女王的前头，并且可以粗言对待他们。
算端的母亲是帝国中最有权势的妇女，她的命运就显示出蒙古人对贵族妇女的态度。他们俘获了她，并且处死了她宫廷里的大部分成员和大约二十位家族成员。随后，他们把她押解到蒙古，让她在屈辱的奴役中度过十年的余生，她就是在那里从历史上消失了。这样一位妇女并没有因为她的出身而获得尊重和敬佩；就像是一位被俘者，她的价值只取决于她的技术、工作和服务。
蒙古人每经过一座城市，他们身后就很少留下有价值的东西。好不容易从蒙古人手中逃出的地理学家雅古特·哈马维，在一封写于刚经入侵之后的信中，他热情地描写了美丽而又奢华的宫殿，蒙古人“清除掉这些宫殿，就像是从纸上抹去一行行的笔迹那样，那些住所成为猫头鹰和大乌鸦的住处；叫枭在那些地方应答彼此的呜咽，而在那些大堂里，则是厉风呼啸。”
在穆斯林的眼中，成吉思汗成为冷酷无情的代表。这个时代的编年史家采用了成吉思汗一种极不可信的陈述：“一个人能体验的最大快乐，就是征服敌人，并且驱赶他们。骑走他们的马，夺走他们的财产。看着他们最亲的人泪流满面，并把敌人的妻子和女儿揉在怀里。”成吉思汗并不认为这种世界末日来临似的描写是种贬损，而且他似乎还鼓励这些编年史家。由于成吉思汗喜欢利用他所遇到的一切，因此他找到一种有效的办法，来利用这些高识字比率的穆斯林民众，并使这些敌人成为一种左右公众舆论的有效武器。他意识到，传播恐怖的最好方式不是通过士兵的行为，而是通过文人的笔。在报纸出现之前的那个时代，知识分子的信函在形成公众舆论方面，发挥着主要的作用，在征服中亚的过程中，他们在代表成吉思汗的利益方面扮演了重要的角色。实际上，蒙古人操纵宣传的机器，他们常常夸大战争中的死亡人数，宣传之语传到哪里，哪里就传播着恐惧。
到1221年8月，进入战争仅仅一年，蒙古官员就向高丽民众索要十万张优质纸。纸张数量显示出蒙古人保存的记录越来越多，就如同帝国规模日渐发展的速度那样快；但索要纸张的命令，也象征着蒙古人重视书写他们的历史。渐渐地，纸成为成吉思汗武器库中最有效的武器。他在记录其成就和歌颂其能力方面，毫无兴趣；相反，他允许民众自由地传播有关他或蒙古人的最坏的和最难以令人置信的传闻。
蒙古人从每个被征服的城市中派出代表团到其他城市，向未征服城市的民众讲述，成吉思汗勇士们近乎超自然的能力所造成的空前恐怖。在目击者的记述中，那些传言的力量仍能感觉得到，这些记述由编年史家所记录，例如历史学家伊本·阿昔儿，他在位于今伊拉克的摩苏尔城度过了这个征服时代，那时蒙古人的战争差一点就要打到那里。他在其著作《全史》（英文名称为《完美史》或《完全史》）里，记载了难民的叙述。起初，伊本·阿昔儿似乎不太相信这些叙述：“关于塔塔儿人的恐怖，这些传闻对于听者的我来说，几乎是难以置信的。”但他很快又对那个复述热心起来：“据说只要一个蒙古人进入一个村庄，或进入一个有很多人居住的地区，他就能持续不断一个接一个地屠杀他们，而且没人敢反抗这位蒙古骑兵。”从另一则报导中，他听到，“一位蒙古人抓到一个俘虏，但他随身没有携带处死这个俘虏的任何武器；于是他对俘虏说，‘把你的头置于地上，不许乱动，’俘虏按照命令那样做了，塔塔儿人走开，取剑回来，立刻就把那俘虏杀了。”
每一次的胜利都会纷纷释放出新的宣传，成吉思汗战无不胜的言论开始传播。虽然传闻很不可信，但那个时候他们对整个中亚有着巨大的影响。伊本·阿昔儿悲叹蒙古人的征服，是“对伊斯兰教和穆斯林致命打击的宣告。”他略带戏剧性地补充说，“哎呀，我宁愿我的母亲没生我，或者我已经死去，我宁愿这件事情被遗忘。”他同意写出这些血腥的细节，仅仅是因为“许多朋友劝我把它记录下来。”他将蒙古人的入侵称为是“自全能的上帝创造亚当以来，全人类最大和最可怕的灾难，尤其是对穆斯林来说……”相比较而言，他指出，在蒙古人对穆斯林屠杀之前的历史中，最大的屠杀是针对犹太人的，然而蒙古人对穆斯林的屠杀更为骇人，因为“仅在一个城市中被屠杀的穆斯林总数，就超过了所有的以色列人。”伊本·阿昔儿唯恐读者怀疑，他誓言对蒙古人行为的细节描写是准确的，“蒙古人的所作所为使所有听说过的人都感到恐怖，你们该请上帝来阐明全部详情，让你们懂得它们之间的真正联系。”然而，慷慨激昂的华丽文辞，似乎是在努力唤醒穆斯林同胞，而非准确地记载蒙古人的征服。
尽管蒙古军队实行的是一种前所未有的杀戮，并几乎是将死亡当作一种政策，而且可以肯定的是，他们还将死亡当作是制造恐怖的一种思考方式，但他们却以一种影响重大而又令人吃惊的方式，脱离了那个时代的普通惯例。蒙古人并不实施严刑拷打、毁伤肢体或使人残废。在那个时代，战争通常是以一种恐怖的形态来进行的，而且同时代的其他统治者，通过公开拷打或骇人听闻的断肢毁体方式，使用原始而又野蛮的策略，向民众灌输恐怖和惊悸。在1228年与算端之子札兰丁的一次战争中，四百蒙古战俘落入敌手，他们非常清楚自己将必死无疑。得胜者将蒙古士兵带到伊斯法罕附近，把他们捆在马后，拖着他们在城里游街示众，以取悦城市居民。所有的蒙古战俘在公开的娱乐消遣中被处死，随后又被喂狗。因为这一公开的严刑折磨，蒙古人永远不会原谅那个城市的文明居民，而且，城市终将付出代价。另一个事例，蒙古军队在战争中失利，波斯胜利者用钉子钉入蒙古战俘的头颅，将他们处死，按照蒙古人的信仰，头颅是灵魂的中心。这一事件在一个世纪之后的1305年又再度重演，当时，德里算端把处死蒙古战俘当成是公众娱乐，用象来踩踏他们。随后，他又用战争中被杀或被俘蒙古人的头颅，堆成一个塔。
从中国到欧洲，文明世界的统治者和宗教领袖都依凭这些骇人听闻的手段，通过恐怖来统治自己的民众，通过惊骇来打击敌人的信心。当拜占庭教皇巴塞尔在1014年击败保加利亚人的时候，他弄瞎了一万五千名保加利亚战俘的眼睛。他在每一百人中，只给一个人留下一只眼睛，以便这个人能引导其他九十九个人回家，由此而散布恐怖。当东侵的十字军在1098年占领安提俄克、1099年夺取耶路撒冷的时候，他们不问男女老幼，大肆屠杀犹太人和穆斯林，其原因仅仅是因为他们的宗教信仰。
神圣罗马帝国皇帝弗雷德里克·巴巴罗萨，作为德国历史上最伟大的文化英雄之一，他是西方使用恐怖手段的最好代表。当他在1160年试图征服位于今意大利北部克里莫那的伦巴底城时，他拉开了一系列逐步升级的恐怖暴力行为的序幕。他的部下砍掉战俘的头颅，在城外玩弄这些头颅，将其当球来踢。克里莫那的守军随后将德国战俘带到城墙上，当着他们战友的面，把德国战俘肢解。德国人则聚集起更多的战俘，将他们全部绞死。而克里莫那城的官员，则又通过把其他德国战俘绞死在城头的方式，加以回应。两支军队不是直接交战，而是在使恐怖升级。德国人随后又聚集起被俘的小孩，把他们栓到通常用于猛击城墙和突破城门的弩炮中。伴着这些巨大围城武器的威力，德国人将活生生的小孩猛掷出去。
与同时代文明军队的恐怖行为相比较，蒙古人并不是通过凶猛而又残忍的行为来引起恐怖的，而是由于他们快速而又有效的征服，以及他们似乎完全轻视富人和有权势者的生命而引起恐怖。蒙古人向东进军的时候，释放出恐怖，但他们所发动的战争，比起其本身的血腥或残忍来说，更该重视的是，他们在战争中对强大敌军和表面上固若金汤的城市所取得的空前的军事胜利。
与传播的恐怖传闻相比较，起初向蒙古人投降的那些城市，得到了宽大而又仁慈的对待，于是那些城市居民就天真地怀疑起蒙古人的能力。投降之后，很多城市起初都忠顺地服从，而一旦蒙古人离开他们的国家，他们就马上反叛。由于蒙古人仅留下少数几位官员进行管理，而且又没有驻扎小部队留守城市，居民们误以为蒙古人的撤退是虚弱的表现，并且想当然地以为蒙古主力部队将再也不会原路返回。对于这些城市，蒙古人是毫不留情的；他们迅速返回叛乱的地方，并彻底地摧毁它们。一个被彻底毁灭的城市是无法再次叛乱的。
最大的屠杀之一是对奥马·海亚姆的故乡——你沙不儿市民的发泄。当地居民反抗蒙古人，在接下来的一场战斗中，居民从城墙上射杀了成吉思汗的女婿脱忽察儿。作为对反叛的报复和对其他城市的训诫，成吉思汗任由他那正怀孕的守寡女儿，来对这座已占领的城市实施报复。据说她判决所有的人死刑，1221年4月，士兵们执行了她的命令。根据广泛流传而又未经证实的传闻，她命令士兵们将已死市民的头颅堆进三个不同的金字塔内——分别为男人、妇女和孩童。随后，据说她又下令处死城内的猫、狗以及其他一切有生命的动物，这样，就没有有生命的动物可存活下来害她的丈夫了。
对成吉思汗个人而言，最痛苦的事情是发生在阿富汗境内美丽的八米俺山谷的一场战斗中，八米俺是佛教胜地和世界最大雕像的所在地。古代信众在山腰上雕刻了巨大的佛像，人们禁不住会想，这些巨大的佛像在蒙古人眼中究竟会意味着什么呢。在那场战斗中，成吉思汗的爱孙，年轻的木秃坚被箭射死。成吉思汗要早于孩子的父亲——察合台——收到死亡的消息。成吉思汗把儿子召来，在告诉察合台实情之前，命令他不要哭泣和哀痛。
成吉思汗一生中或至少在被激怒的时候，曾当众哭过许多次。他曾因为恐惧、愤怒或悲伤而哭过，然而，面对他最喜爱之人的死去，成吉思汗并不允许自己和儿子们，以眼泪或哀悼来露出悲痛或哀伤。无论何时，面对巨大的困难或个人痛苦，成吉思汗都会把它集中到战斗中去。去杀戮，而非哀悼。他将痛苦的悲伤转化为一种狂怒，把所有的愤怒倾泄到山谷民众们的头上。没有人——富贵或贫穷、美丽或丑陋、好或坏——能幸免于难。这个山谷最终由哈扎拉人所重建，哈扎拉人这个名字在波斯语中意为“一万”，他们自称是成吉思汗一个军团的后裔。
然而，很多城市是被完全摧毁的，过去历史学家给出的数字不仅是夸大的或想象的——而且它们还十分荒谬。波斯编年史叙述，在你沙不儿战役中，蒙古人屠杀的准确数字是一百七十四万七千人。这一数字超过了也里城被杀的一百六十万。术兹札尼，一位可敬却又激烈地反对蒙古人的历史学家，则更为不合情理地声称，也里城的死亡总数达到两百四十万。后来，更多谨慎的学者们估计，成吉思汗入侵中亚的五年中，死亡人数大约为一千五百万。然而，即便是这个比较适中的总数，也要求每个蒙古人要杀死一百多人；其他城市夸大的记录，则要求每位蒙古士兵要屠杀三百五十人。要是那个时代有如此多的人生活在中亚城市，他们就能够轻易地击败蒙古人的入侵。
尽管一代代人都接受这个事实并且不断地加以复述，但这个数字还是缺乏现实依据。从体力上来说，即便屠杀那么多会顺从地等待、挨个被杀的牲畜，这也是难以想象的。据推测，大致说来那些被屠杀的人，在数量上超过了蒙古人，他们之间的比例大约为五十比一。这些人能够潜逃，而蒙古人根本无力阻止他们。对蒙古人所征服城市的毁灭情况进行校验之后显示，很少有超过十分之一的人口伤亡。在这些地区干燥的荒漠土中，保存了数百年甚至数千年的尸骨，然而，并没有发现据说被蒙古人所屠杀的数百万人的任何痕迹。
成吉思汗更准确地是被描述成一位城市的毁灭者，而非屠杀者，因为除基于报复或引起恐怖外，他还常常出于战略上的考虑，将整个城市夷为平地。在巨大而又极为成功的努力中，成吉思汗重新打开了横跨欧亚的、川流不息的贸易新局面，他摧毁了不太重要的或难以接近的路线上的城市，而更多地将商业贸易集中到其军队更易于监管和控制的路线上来。为阻止一个地区的贸易，他会将城市彻底毁坏，直至拔除其地基。
除有组织地摧毁一些城市之外，他还费力地通过摧毁灌溉系统的方式，来缩减富裕地区的人口。要没是有了灌溉，村民和农民就会离去，田地就回复为牧场。这就使得大片地区留给了伴随军队的牧民，并为将来的战争保留储备。就如他在翻起农田并从华北返回到蒙古时那样，成吉思汗总希望有一块便于撤退或前进的空旷地带，在那里，他的军队就可获得马匹和其他牲畜所需的充足牧草，这些马匹和牲畜可是他们获胜的保障。
在中亚地区的四年征战之后，成吉思汗已六十多岁了。他正处于权力顶峰，既没有来自部落内部的挑战，也没有来自外部的任何威胁。然而，相较于前线战场上势如破竹的胜利来说，他的家族内部却正弄得一团糟，即便在他临死之前也是那样。成吉思汗离开蒙古故地时，叫他最幼的弟弟帖木格·斡赤斤留守蒙古，他带着四个儿子一起征战中亚，他希望儿子们在那里不仅要学会做优秀的勇士，还希望他们学会怎样生存以及如何并肩作战。不像其他征服者那样逐渐认为自己是上帝，成吉思汗清楚地知道他只是个凡人，他试图为帝国作过渡的准备。在草原传统中，游牧家族中的每个儿子，都可得到家族所拥有的部分各类牲畜，也可使用部分牧场。同样地，成吉思汗打算给每个儿子以一个小型的帝国，以反映其实际的地位，分掌整个帝国。每个儿子都将是草原上众多民众和牧民们的可汗，也将是大部分领土的拥有者，包括定居地区中的城市、工场以及农田。然而，位于其他三位儿子之上，有一位儿子将成为大汗，他要管理中央政府，提供终极的上诉法院，并向其他的兄弟提供建议，负责外交事务，尤其是在发动战争方面。这一体制取决于在大汗的领导下，兄弟们并肩作战和齐心协力的能力与自愿。
甚至在他出征花剌子模之前，这一继位计划就遇到了阻力，尽管当时忌讳讨论死亡或准备后事，但他还是召集家族忽里台，以明确地处理那个问题。这次会议化解了过去所有的敌对矛盾，同时也给其帝国终将分崩离析投下了阴影，成为蒙古历史上的关键事件之一。
除他的儿子之外，成吉思汗还有几位极受信任的人物，也成为参与讨论的成员，因为他们的同意和支持，对于保证他死后继承问题的解决也是必不可少的。会议刚开始，两个大儿子术赤和察合台就似乎僵持不下，如捕兽铗一样准备猛咬住对方。要是成吉思汗的第三个儿子窝阔台露出本性的话，他可能已经喝了点酒，并已微有些醉意了，但要在其父亲面前喝得烂醉似乎是不可能的。最小的儿子拖雷则保持缄默，好像消失进了帐篷的褶皱中一样，当时他的哥哥们在舞台中央是占据支配地位的。
成吉思汗召开家族忽里台，对挑选继承者的事情进行了解释。他引谚语为证，“要是我所有的儿子都想成为可汗或统治者，拒绝服从彼此，这不就正如独头蛇和多头蛇的寓言么？”在传统寓言中，冬天来临的时候，多头蛇的头儿们之间互相争吵，在寻找哪个洞更适宜它们躲避寒冷风雪的问题上，互相争执不下。一个头喜欢一个洞，就往那个方向拖，而其他头也在往不同的方向拖。另一条蛇——有很多尾巴，但仅有一个头——立即就进入到一个洞内，并且呆在温暖的洞内，度过了整个寒冬。而多头蛇却被冻死了。
在说明了这个严肃而又重要的问题之后，成吉思汗首先要他的长子术赤谈谈继承的问题。就坐、步行、讲话、喝酒以及就餐的次序，在蒙古人中间都具有重要的象征意义，甚至直至今天仍是如此。通过规定这一讲话次序，可汗是在当众强调术赤处于长子地位，而且这是在把术赤树立为可能的继承者。要是小儿子们接受这种讲话的次序，这将无异于是在承认术赤具有高于他们的合法性和优先性。
二儿子察合台拒绝接受这一未经阐明而又未加检验的假设性安排。察合台抢在术赤回答父亲之前，大声疾呼。他粗暴地对父亲说：“你叫术赤先讲，是不是要让他继承？”随后，他脱口反诘了一个事实，那就是有关术赤生父可疑的问题，无论成吉思汗如何反对这个问题，术赤四十年前已出生，但那是在孛儿帖从篾儿乞惕绑架者手中被营救出来后的很短时间内出生的。察合台向父亲和兄弟们问到：“我们怎能让自己被这个篾儿乞惕人的杂种统治呢？”
术赤对自己被弟弟称为杂种的说法进行了严厉的申斥。他愤怒地厉声叫喊，并揪住察合台的衣领。两人开始互殴起来。或许是成吉思汗本人痛苦地用充满情感的话，提醒察合台说，他的父亲是多么地爱他并且尊重他。但为尽力保存可汗的尊严，《秘史》认为这是一位谏言者所说的话。父亲用明显痛苦的语调，恳求儿子们理解过去岁月的艰难，在孩子们出生前，那时草原上恐怖盛行，互相攻劫，人不安生。她被掳走时发生的什么事情，不是她的过错：“她无法从家里逃走……她并没有爱上别的男人。她是被前来杀我们的人所掠走的。”
成吉思汗近乎温顺地恳求儿子们铭记，尽管他们的出生环境不同，但他们全都来自“一个温暖的母腹，”“要是你侮辱了给予你生命的母亲，要是你使得她对你的爱变得冷漠起来，即便过后向她道歉，但伤害已经造成。”那位谏言者提醒孩子们记住，父母辛苦地创立了他们的崭新国家，并列举了父母为给儿子们建立一个更好的世界而做出的种种牺牲。
在经过漫长而又充满情感的争吵之后，成吉思汗明白，他无力将一种选择强加到他们头上，等到他一死，强加的选择就会被抛诸脑后。他必须商议一项让所有儿子都愿意接受的折中协议。他行使有限的父权，再次强调他本人认可术赤的长子地位，命令其他儿子接受这一事实，并且下令不得再次怀疑术赤的生父问题。
察合台服从父亲的这一命令，但他清楚地表示，即便他遵守命令，但事实却无法否认。察合台咧嘴而笑地说“咬死的猎物不能用马驮，被言语说死的猎物不能剥皮。”表面上，只要父亲在世，儿子们都承认术赤的正统地位；但在内心深处，他们是绝不承认的。不过，承认术赤作为长子的正统地位，并非承诺术赤是可汗职位的继承人，因为如此重要的职位，必须要基于个人能力以及他人的支持，而非基于年龄。
察合台惹得父亲如此动怒，他知道父亲是不会同意由他继承汗位的，但他仍想阻止术赤获得汗位。于是，察合台向家族提出了一项折中方案，这一种方案可能是自然而然地设想出来的，也或许是已得到两位弟弟的同意。他说自己与术赤都不该做可汗；因此，继承权应该赋予第三个儿子，即老成持重、性情温，却又嗜酒如命的窝阔台。
由于除了战争已没有其他选择，术赤同意了这个妥协方案，并且认可窝阔台作为继承人。成吉思汗随即把个人的土地和牧群分配给诸子，按照父母通常对失和的孩子们所做的那样：他把术赤和察合台分开。“天下地面尽阔，江湖河流众多，把你们的营地分开，每人各守封国。我会留意你们的分离的。”接着，他警告儿子们不要举止失当，致使人们嘲笑或辱骂他们。
服务于蒙古宫廷的穆斯林学者证实了这个令人痛苦的窘境，因为对他们来说，一个男人的尊严依赖于他对周围妇女性事方面的掌控。像成吉思汗这样一位强有力的人物，都可能有一个儿子非其亲生，以至这样的事情遭到自己儿子的非难，这几乎是令人难以置信的。不同于蒙古人所写的《秘史》，也不同于第一位波斯编年史家对家族争斗的全面记述，志费尼对于这个冲突完全失载，将家族忽里台描绘成一次毫无风波而又全体一致的会议。在他对这一事件记载的版本里，成吉思汗发表了完美的演说，盛赞窝阔台的才能，而且所有的儿子都一致同意。儿子们忠顺地“下跪表示忠诚和服从，并以服从的口吻回答说，‘谁敢丢弃权力来反对成吉思汗的话呢？而谁又有能力拒绝呢？’……窝阔台的所有兄弟都听从他的命令，并以书面形式作了申明。”
与该事件稍微有点时间间隔，拉施特·哀丁提供了一份些微真实的记述，但他的原稿在关键的地方留有空白，那些关键之处有损于成吉思汗和他妻子的尊严。他写到“由于＿＿，他们俩人之间的统一道路受到了损害，”而忠心的家族成员“是决不会说出辱骂的话，而将他的＿＿信以为真。”无论由拉施特·哀丁往空白处加入真实的事迹，还是由后来的抄录人员复写上去，它们都显示出，数代以来，有关术赤生父问题的象征性和政治性的重要意义。
在成吉思汗与儿子们之间遭遇到家族情感紧张的末尾，值得怀疑的是，并非所有人都将会明白这次会议所具的深远影响。在这次家族忽里台中，胜利者通过某种方式瓜分了世界，这种瓜分世界的方式，是拿破仑战争之后的维也纳会议、第一次世界大战之后的凡尔赛和约以及二战同盟国在雅尔塔和波茨坦召开的会议的预兆。
尽管在家族会议上被多次提及，而且她大概当时仍然在世，但孛儿帖并没有露面。不清楚她是否听到儿子们之间发生的事情，也没有关于她的可靠信息。在这段时间中，口头传说认为，她仍然生活在客鲁涟河边曲雕阿兰的美丽草原上，距离她与丈夫初婚时最早生活过的地方仅几天的骑马行程。她很可能是在那里去世的，或者就在附近，时间大约在1219年至1224年之间。
令人不快的事件给成吉思汗的余生投下了阴影，尤其是在中亚征战的那些日子。儿子们之间的争斗使他敏锐地意识到，他需要做多少工作才能在他去世之后仍可保存他的帝国。他的儿子们无法跟上帝国发展的要求。当他不断努力寻求统一草原部落以及消除周遭威胁的时候，他从未留心过该怎样对待孩子们，而今他们都已人到中年，却又尚未经历考验。自青少年时期以来，他就不信任自己的家人，他终身信赖的是他的同伴与朋友，他没有在儿子们中间建立起一种并肩作战的关系，也没有把他们培养成接班人。
在他人生的最后阶段，成吉思汗试图指派术赤和察合台联合进攻玉龙杰赤城（咸海南部算端原来的都城），以修补他们之间的关系，但并没有成功。在围城期间，两兄弟间剑弩拔张的紧张关系，几乎要爆发成一场自相残杀。两兄弟都知道这座城市将作为术赤封地的一部分，因此，他们在攻城策略上无法达成一致。由于玉龙杰赤城将归术赤，他怀疑弟弟会设法完全摧毁这座城市。反过来，察合台怀疑术赤的贪婪，使得他想保护城市建筑物，而甘愿冒着牺牲更多蒙古士兵的危险。
大多数城市只用几天或几周时间就可攻陷，然而蒙古人征服玉龙杰赤却需要前所未有的六个月时间。城市守军猛烈地还击。甚至在蒙古人攻破城墙之后，守军仍继续进行巷战。蒙古人无法适应在几乎毁坏的、封闭的城市范围内作战，他们就放火焚毁城市。然而，守军仍在烧焦的废墟上继续作战。最后，蒙古人筑起大坝，引河水灌城，由是消灭了残军，并且近乎完全地摧毁了城里的一切。玉龙杰赤没有再度崛起，尽管分配给了术赤，但没有给他和他的子孙后代留下任何东西。
成吉思汗对两个儿子间的争吵极为愤怒，他把他们召来却又拒之于宫廷之外，暂时不理睬他们，但最终还是接见了他们，他一边对他们严厉申斥、责骂，一边又向他们极力恳求。成吉思汗在这个阶段的谈话和引用语，保存下来的是最多的，它们不仅显示出一种对管理家族的渐渐关切之情，而且还显示出他逐渐减轻了对家族的控制权。在长期忽视对他们的教育之后，他立即设法从各方面来教导他们，在这样做的时候，他尽力清楚地说明白自己曾吸取的教训，以及他所具有的却又无法用语言清楚表达出来的想法。他习惯于下达命令，而非进行解说。
他教导儿子们，首要的领导能力是自我控制力，尤其是对骄傲自满的控制，他解释说，这要比驯服一头野狮子还更不容易；还有就是对发怒的控制，这要比击败最伟大的摔跤手还更困难。成吉思汗提醒他们，“要是你们不能抑制骄傲自满，你们就不能领导他人。”他告诫儿子们不要自视本人最为强大和最为聪明。他提醒说，即便是最高的山也有动物踩踏。动物攀上山颠的时候，它们就比山还高。
与简洁明了的蒙古传统相一致，成吉思汗告诫儿子们不要话多，当言则言。一位领导人应该通过他的行动来展示他的思想和观点，而非通过他的言语：“只有民众安居乐业，他才会快乐。”成吉思汗向儿子们强调远见、目标以及计划的重要性。他提醒儿子们说：“要是目标缺乏远见，人就无法支配自己的生活，更不要说支配他人的生活。”
有些想法似乎同他人的想法是相矛盾的。成吉思汗同样强调了夺取领导权力衣钵的重要性，表面上，他试图传授谨慎的保守主义，因为“远见不该远离长辈的教导。”正如他解释的那样，“旧的束腰外衣或迪尔，更合身而且总是觉着更舒服；衬套中留存了生活的艰辛，而新的或未磨损的迪尔则会很快被撕破。”与他本人朴素的生活习惯和简单的生活方式相一致，成吉思汗告诫他们不要追逐物质享受和奢侈愉悦的“多彩”生活。他解释说，“一旦你拥有锦衣玉食、千里良驹和漂亮女人，就很容易忘记你的梦想和目标。”如果那样的话，“你就几乎等于是个奴隶，并且你必将失去所有。”
成吉思汗告诫儿子们，他最重要的一条教训就是，战胜一支军队不同于征服一个国家。你可使用优势的战术策略和兵力来战胜一支军队，但你仅能通过赢得民心的方式来征服一个国家。听起来像理想主义一样，他采用更加切实可行的建议，即使蒙古帝国应该成为一体，但民众却不该被整齐划一：“不同湖边所征服的民众，应该在不同的湖边来加以统治。”与他的很多教诲一样，成吉思汗的这条教训也被他的儿子们以及他们的继承者们所忽视。
1222年夏，马儿年，蒙古人征服的脚步停留在木尔坦城（今巴基斯坦中东部城市）。一年前从阿富汗山脉顺势而下来到印度河平原之后，成吉思汗曾考虑占领整个印度北部，包围喜马拉雅山脉南部，再向北进发，跨越中国境内的南宋领地。这样一项计划正好符合蒙古人的情感，即一个人不该准确地按照与来时一样的路线，返回故乡。然而，地理环境与气候阻止了他。蒙古人一离开干燥而又寒冷的山脉地区，就会出现人马俱疲、不适水土的状况。更令人担忧的是，非常适应于草原家乡酷寒和燥热的蒙古弓箭，在潮湿的气候中变弱，并且似乎失去了强大的命中精度，使得蒙古士兵就如一位死气沉沉的射手一样。面对这些障碍，成吉思汗在二月份返回山区，而且，尽管清理积雪通道的战俘的损失巨大，他还是带领部队回到了更加舒适而又更为寒冷的地带。成吉思汗留下两个万户，大约二万人，继续在印度征战，但由于夏季疾疫和酷热耗尽了如此多的兵员，残余的部队蹒跚地撤回到阿富汗气候温和而又舒适的环境中。
尽管入侵印度中途夭折，但此次征战还是实现了征服花剌子模帝国的主要目标，并将中亚与中东的大部分地区置于蒙古人的统治之下。在离开新近的征服地之前，成吉思汗进行了以狩猎为重要特征的庆祝活动，这可能是历史上最大的狩猎活动。在1222年至1223年冬季之交的几个月的准备期间，他的士兵们封锁住一片巨大的区域，在地面上竖起标杆，并在标杆之间扎上一段段长长的马鬃线。他们在马鬃线上悬挂一条条毛毡，毛毡随风飘摇，野兽受到惊吓，就会离开边缘地带，向中心地带跑去。在约定的时间，不同的狩猎部队就开始从不同的方向朝那个区域汇聚。有好几万士兵参与这种接踵进行的狩猎活动，它要持续数月之久。他们猎获了从野兔、鸟类到大群的瞪羚、羚羊以及野驴等各种各样的动物。
狩猎是庆祝的一部分，但成吉思汗也似乎是利用狩猎和娱乐的愉悦，来努力融洽儿子们之间的关系，缓和战场上鲁莽冲动的怒气，并且消除征战中合作的芥蒂。由于弟弟们给他造成的伤害深深地刺痛了他，而且明显也是受到父亲的疏远，成吉思汗最深爱的儿子术赤，就在得到成吉思汗直接命令召唤的时候，称病拒绝参加。当成吉思汗听到假装生病的术赤，已在自己的部众中，组织了不相上下的狩猎庆祝活动的时候，父子之间的关系几乎就要酿成一场军事冲突。
成吉思汗与术赤再也没有见面。术赤没有返回蒙古，而是呆在新近征服的领地上。他不久就在那里去世，他的去世与他的出生一样，留下了许多的迷团。他去世了，然而他的父亲却仍然活着，这种时间上的安排引起了谣言，认为成吉思汗为了确保儿子们之间的政治和平，以及为了整个蒙古帝国，他可能害死了术赤；但作为蒙古历史的众多组成部分，反正也只有传闻存留，没有令人信服的证据。
尽管成吉思汗家族内部关系紧张，但对大多数蒙古人来说，军队的胜利返回就标志着一种高水平生活的到来。群猎的狂欢情绪持续贯穿于返回蒙古的漫长跋涉中，蒙古人一路凯旋高歌，自豪与胜利的情绪转化到庆祝或“那达慕”中来。被俘获的长长商队行进在成吉思汗主力部队的前面。近五年的时间里，稳定而又川流不息的骆驼商队，运送着一包包掠夺而来的货物，缓慢地走出穆斯林地带，去往蒙古，那里的民众在急切地等待着每一车外国的奢侈品。曾在挤羊奶或挤牛奶中度日的蒙古姑娘们，在部队出征不久，她们就可穿金戴银，而新近获得的奴仆则代替她们来挤牲畜奶。孩童时期很少见过金属制品的老人们，则用大马士革钢铁铸成的餐刀来切肉，餐刀上的把手是由雕刻的象牙制成的，他们还用银制的碗来喝马奶，而乐师们则为他们表演。
尽管成吉思汗再次回到他所深爱的土地上，但在出发准备另一场征战之前，他几乎不可能停顿下来休息。或许是他知道自己来日无多，并没有时间停顿下来休息；也或许是他意识到，他的帝国得依赖于持续不断的征服。要是他暂时停歇下来的话，自己家族内的派系倾轧就会威胁到帝国的分崩。或许更迫切的是，他的部众已逐渐地仰赖于稳定的源源不断的商品货物。他们不愿再使用孩童时期就已熟知的那些简单的商品货物。为满足这一贪婪的欲望，他必须继续新的征服。
在漫长的人生中，成吉思汗所发动的最后一次战役是针对西夏，西夏是他在创建蒙古帝国的次年，即1207年所侵略的第一批外部敌人。尽管他们首先投降，但成吉思汗一直怨恨西夏国王，因为他拒绝派兵协助征伐花剌子模。西夏国王傲慢地说，要是成吉思汗不能独自击败花剌子模，他就不该发动战争。尽管成吉思汗被激怒，但他在那个时候正集中精力征战花剌子模；而一旦完成这一征战，他就回过头来对付西夏。当他再度挥兵南下的时候，几乎确定无疑的是，他已在计划另一场更主要的战役，西夏战役仅仅是前进中的一个开端而已。他大概打算在西夏王国境内取得一个可靠的基地，然后向南挺进，兵锋直指最后一个目标——南宋王朝。当成吉思汗征伐花剌子模的时候，他留下了一支军队在华北地区作战。
1226年至1227年之交的冬季，在跨越戈壁向西夏进兵的途中，成吉思汗中止猎杀野马。因为在狩猎野马的时候，他所骑着的一匹棕灰色马受到野马冲击的惊吓，受惊的马将大汗翻坠于地。尽管受到内伤，又突发高烧，并且也考虑到妻子也遂的建议，但他还是拒绝返家，相反，决心继续征战西夏。尽管坠马后他的健康尚未恢复，但他仍然继续讨伐西夏国王。出奇巧合的是，西夏国王的名字叫“不儿罕”，其意为“上帝”，与圣山不儿罕·合勒敦的名字一样。对成吉思汗而言，这个名字是如此的神圣，一旦攻下西夏，他就下令西夏国王在被处死前改名。
六个月之后，也就是在对西夏取得最后胜利的仅仅几天时间之前，成吉思汗去世了。《秘史》明确地叙述他死于那年夏末，虽然原文极为详尽地描述了他所骑过的每一匹马，但有关他去世的详情却猝然沉默。其他史料认为，在临终的时候，成吉思汗的塔塔儿妻子也遂，按照成吉思汗生前所习惯的简单方式来准备安葬他。侍者们给他弄干净身体，并且用普通的白色长袍、毡制的靴子和帽子为他殓衣。接着用塞满檀香（檀香是一种贵重而又芳香的木材，它可驱除昆虫）的白色毡毯把他包裹起来；并用一种适宜的香水来浸渍他的遗体。他们用三条金带来绑缚毡制的棺材。
在他去世后的第三天，一支队伍用一辆简朴的大车，装载着大汗的遗体向蒙古进发。成吉思汗的精神之旗引领着送葬者，其后跟着一位萨蛮女巫，而女巫身后则跟着一匹缰绳松弛而又没有加装成吉思汗鞍座的骏马。
很难想象成吉思汗会认为自己将给世界留下何种形象。关于他如何看待自己的问题，仅有一条微不足道的线索，可在米哈伊·阿老丁·术兹札尼的编年史中找到，他称成吉思汗是被诅咒的，并称成吉思汗死后将入地狱。然而，术兹扎尼记录了一位伊斯兰阿訇所声称的，曾与这位著名征服者之间的一段对话。这位阿訇曾服务于成吉思汗宫廷，而根据他的自我吹嘘看来，他至少还是一位蒙古可汗特别宠信的人物。在某日的一次谈话中，成吉思汗大致说道：“在我死后，一个强有力的名字将在这个世界上继续流传。”
犹豫片刻之后，这位阿訇对成吉思汗说到，他屠杀了如此多的民众，任何躲过劫难的人都不可能会记住他的名字。成吉思汗对他的回答不以为然，并且提醒他，“很明显，你并没有完全理解，而且你理解的只是很小的部分。这个世界有许多的国王，”他对这位博学的阿訇解释道。关于他将来的声名，成吉思汗补充说，在世界其它地方，还有更多的民众、更多的君主以及更多的国家。成吉思汗自信地宣称，“他们将会讲述我的故事。”
我们得到一种不同寻常的而又更具信息价值的模糊感觉，可触及到成吉思汗临终前的心境以及他对自我的想象，这一信息保存在成吉思汗写给一位中原道士的信件中，这位老道士的部分弟子抄录了该信件。与主要记录事件和口头言论的《秘史》不同，这封信记录了成吉思汗对自己的剖析。尽管我们所利用的信件是由一位书记官用古汉语的形式写就的，但几乎可以确定的是，这位书记官是一位服务于蒙古朝廷的契丹人，在此信件中，成吉思汗自己的情感与观念非常清晰地展现了出来。
