崇祯上台以后，发现他的钱极不够用，主要的一笔大头，就花在了这个军备开支上。而他哥哥和他爷爷留给他的这个烂摊子，不仅仅是溃烂的人事制度，惨遭破坏的土地所有制，还有军事制度上的问题，那就是历经几朝没有解决的欠饷问题。
自万历年间后，满清皇朝的前身——后金国的兴起和掠夺性的进攻对明王朝的财政是一个巨大的考验，因为土地制度已经破坏，荒地增加，地方官吏的横征暴掠，人民的生产资源和生活资料极度缺乏；同时因为皇室巨大的开销，阁臣间的奢侈用度，地方官吏的对税收的瞒报漏报，张居正年间填得满满的国库很快就空了。与之相对应的是，明王朝还有一支庞大的军队和相当冗积的官僚队伍。此时的明王朝如同一个全身插满吸管的巨人，需要不断的补充给养，才能负重前进，与之相比，努尔哈赤领导下的后金军队则是完全轻装上阵。
在这样的紧急关头，偏偏崇祯的运气又不好，他在位的几年间不断出现天灾，这直接造成了生产资源的严重破坏，人祸加上天灾，使财政上的困难达到建朝以来最严重的地步，而崇祯不得不面对一个问题：如何在政府财政极度困难的情况下确保必要的军事开支。
对于崇祯来说，这又是个历史遗留问题，这是他的爷爷、父亲、兄长留给他的又一个不得不背负的债务。明朝从万历后期开始，军饷问题始终没有妥善解决，各级军队战斗力低下的一个主要内因，就是军饷拖扣。在中国封建王朝中，很少有像明朝这样既绝对倚赖军队，又恶意拖欠军饷的政府，拖欠期最长的竟然有十几年之久。这种情形到崇祯年间则愈演愈烈，因为如此，军队首脑为保持自给，只能暗中默许士兵在百姓身上明抢豪夺，明军所至之处，烧杀抢掠之恶行，比流寇更甚。于是政府遗留给军队的问题又被转嫁给了民众。
崇祯年间的三大社会问题彼此在一起，纠缠不清，产生了恶性的连锁反应，那就是：关外问题没有解决，导致战事不断，军备开支增加；土地流失，农民无地可种，税收无以为济，使流民人数增多；天灾不断，人心流离失所，资源破坏严重。这些也是明朝自万历以来横征暴敛，残民以逞，忽视经济的恶果。其实任何有识之士都会明白，在这个时候，发展生产，降低捐税，抑制土地流失，让农业生产恢复正常才是正路。大明一朝，是农耕社会的代表，农耕社会里以农业为重，这个道理，朱元璋明白，张居正也明白，可是，万历不明白，崇祯比他们更好不了哪去。残杀阁臣，刻薄寡恩，这是史书上对于崇祯的评价，但史书往往忽略了一点：他其实是一点建设能力也没有的庸人！对于在他一朝出现的这三个问题，特别是如何把经济搞入正轨的问题，他表现出来的弱智还真差不多可以赶上他哥哥天启了。
当农耕社会的农业被破坏殆尽时，当庞大的军费开支无以为济时，在这个节骨眼上，崇祯做了一个极其低能的决定。他使出了他爷爷的招数，动用强蛮手段：推行毫无理性的“三饷加派”的制度。而提出这一制度并大力鼓吹的人，正是崇祯后期继温体仁、周延儒以后最信任的兵部尚书杨嗣昌。
“三饷”即辽饷、剿饷和练饷。三饷是各有名目的，辽饷是针对辽东后金军的，剿饷是针对流民起事的，而练饷，名义是练兵之用，其实就是为了解决军费。这三饷从里到外，体现的目的就是为了解决眼前的经费难题，可惜的是，这种解决方法却是“加派”，加派就是在其他赋税之外强行再征收这一部分。这样把政府遗留问题直接转加给老百姓，所以一经推出即引起轩然大波，不但老百姓反对，各级官吏因为有摊派任务，也叫苦连连。对这些意见，崇祯的态度就是：不听话者撤，再严重者斩！
三饷加派对基层官吏和普通民众来说，无疑是雪上加霜，它造成的直接后果就是：军队的腐败与战斗力低下并未能解决，过度的强征暴敛还把普通民众与基层官吏推上绝路，官吏不得不贪，人民不得不反，崇祯在政府财政问题上除了强蛮手段外，似乎一筹莫展。
明朝的财政如此紧张，但崇祯是真的没钱吗？错！其实他有钱。他的私银并不比万历少。一个月后，李自成进入北京时，在他的国库里搜出了白银三千七百万两，把李闯王都吓了一跳。这个情况，当时阁臣多数也都心知肚明。所以针对欠饷问题的解决方案，从袁崇焕到杨嗣昌、孙承宗、洪承畴，历届军事首脑们都曾无数次请示过崇祯，他们中间也有很多人暗示崇祯动私银救急，但是崇祯对此并无反应，不是装聋作哑，就是断然否认。
崇祯十七年（一六四四年）正月初一，李自成大军攻下太原等地，直奔京师。这天早上，内阁群臣早早的来到了殿内，以首辅陈演、魏藻德为首的大臣请求崇祯拿出“内帑”（就是皇上的私有财产）扩充军费。新年伊始，文官集团就撕下了脸，把目标瞄准了自己的小金库，以最敏感的问题刺激皇上，令崇祯极为反感，肚里不知骂了多少句“丢他娘”，但迫于形势，他只摆出一副苦瓜脸，大吐苦水，说：“今日内帑难以告先生”。（《小腆记年附考》）即使在最后关头，皇帝也不舍得哪出这笔钱。除了用于自己观赏，崇祯从来没有拿出来做一次赏赐或是救急之用，群臣心中的滋味，自然可知。
两个月后，李自成军队继续挺进，崇祯想调吴三桂进京勤王，就此事问于吴三桂之父吴襄，吴襄言称，三桂手下有兵三万，崇祯问需军饷多少，吴襄答：一百万两。崇祯竟然不应。因为舍不得这一百万两银子，勤王之事作罢，也错过了一次保护京城的大好时机。
一方面是不断加饷，一方面是死抠着搜刮来的私房钱不放，这时的崇祯已经没有了一点中兴帝王的风范，其人品和天启、万历没什么两样了。即使到了国破家亡的最后关头，此人还如此吝啬自家的钱财。这种德行，用“朕非亡国之君”来遮掩，实在苍白无力。后人对些颇多感慨，晚明大文人杨士聪如此评价：“呜呼，三千七百万，捐其畸零碎即可代二年加派，乃今日考成，明日搜掠，使海内骚然。而扃钥如故，策安在于？先帝（朱由检）圣明，岂不真见及此，徒以来年之征解艰难，将留为罗雀掘鼠之备，而孰知其事势不相及也。吁，其亦可悲矣。”（杨士聪《甲申核真录》）
财政问题不能合理的解决，必然导致社会动荡，在这样的大动荡面前，更考验着统治者个人的承受能力、应变能力与综合素质。才智不及中人的崇祯，在一连串的失误与挫败感面前，终于导致了他人格上发生裂变，于是，接下来的事情，就变成了性格决定命运的佐证。
世间已无袁崇焕
前文说了，在用人制度，财政制度上，崇祯都变现得一筹莫展。他既没有能力阻止文官内斗，结党营私，又没有能力解决国家经济问题，无法阻止流民猖獗、军费开支困难的现状，至于军事上的部署决策与知人善任，他也是庸人一个。
这个庸人手中的明室天下其实早就该亡了，即使没有李自成，亡国也是必然的。亡国之势，在崇祯冤杀前辽东督师袁崇焕的那一天就注定了，或者说，在他的哥哥天启皇帝任阉党残杀辽东第一统帅熊廷弼的那一天起就已经注定了。在亡明的征程中，这哥俩儿象比赛一样，不遗其力的帮满清铲除一个又一个的对手，又都比赛似的为自己的江山充当了称职的掘墓人。
其实明朝从万历年到崇祯年，虽然一步步走向内忧外困的境地，可是中国历史上少见的政治与军事人才也在那个时候纷纷出现过，为明室天下能够多存在了几十年，做出了决定性的贡献。
这几个人的名字将会永远载入史册，他们是张居正、熊廷弼、孙承宗、袁崇焕。可惜的是，在这几个光彩熠熠的名字后面，还有这样几个名字，他们是朱翊钧、朱由校、朱由检，这后面的几个充满了耻辱的名字，令前面的光彩人物一生注定活得灰暗而悲惨。
前面的几个人，是为后面的几个人相继清算的，他们一生的悲剧都是后面几个人造成的。尤其是后三个，熊廷弼、孙承宗、袁崇焕作为中国军事史上不世出的奇才，同样也是道德上无懈可击的文官，清算这样的人，对于任何一位封建帝王来说，都本应是最不道德的事情，可惜的是，在这个最不道德的征程里，朱家爷们几个你追我赶，争先恐后，辽东军事败坏，后金能够占领天下，他们出的力不小。以至人们后来说起这段史事，无不悲愤，将之称为“自毁长城。”
熊廷弼、孙承宗、袁崇焕全部都是文人出身，都做过进士，既能行伍又能诗文。他们的文人身份，是明朝文人带兵的军事体制造成的，但也正因此，创造了这三人独特的儒帅性格。
他们也确实当得上儒帅这两个字。因为他们的身上都有很浓的儒家正统观念，从小受正统教育长大，忠君爱国思想浓厚，行为品行端正无私。他们又是真正意义上的军事强人，在镇守辽东期间，他们继承了前辈徐达、谭纶、戚继光等人的遗志，将明室天下固若金汤的梦想忠实地贯彻了下去。为了修建大明王朝的最后一道屏障山海关，他们也都做出过不可磨灭的贡献。作为前后几任辽东主帅，明朝也因为他们的存在，才令清军多年来始终无法取得决定性的进展，甚至曾有议和之念。他们是大明王朝真正的保障，应该说，在精神与道义上，也是最具有威信的旗帜式人物，与他们相比，万里长城，不过是一道道砖墙而已，这些忠心耿耿的军事人才对大明来说，才是真正的长城。
但是，无能无知无情的几代朱家天子，再加上积年不断的阁臣内斗，一步步地毁掉了这道本来固若金汤的长城。
第一个被清算的是熊廷弼。熊廷弼，字飞百，江夏（今湖北武昌）人，史书上说他身长七尺，善左右骑射，性刚烈。无疑，从外形上看，这是一个楚霸王式的英雄，但其实不是，熊其实是一个标准文人。他是万历二十六年进士，做了很长一段时间的文职。不过，与朝中的阁臣相比，他是常年接触军事的文臣，所以身上更多的是军人的特质。
人们常说，性格决定命运。在熊廷弼的身上，这是最好的体现。这是一位具有文人清高品格与武人刚强作风的将军，明史上对他的评语是“性刚负气，好谩骂，不为人下，物情以故不甚附”。从熊廷弼开始，明朝的军人将领与阁臣间的分歧就开始出现，并一发不可收拾。
人们常用三起三落来形容一个人的宦海浮沉，在熊廷弼的身上，同样也有明显的三起三落，而每一次起落都与阁臣的内斗有关。
第一次起落在万历二十八年。文官熊廷弼受明廷委托前往巡按辽东，辽东土地广旷，熊廷弼针对此提出军队在此屯田地的建议，受到明廷的称道。于是，熊得以在辽东实施自己的军事抱负。像徐达、戚继光、熊廷弼这样的良将，他们不是靠打胜仗多杀人为资本，而是在军事上具有极高远见、在民事上关心百姓疾苦的建设性人才。熊廷弼在辽东数年，最大的贡献不是攻城夺地，而是以防守换来和平。当时军队纪律松弛，战斗力极差，且多以偷袭女真营塞为胜事，熊廷弼杜绝了这种急进短视盲目邀功的行为。他修城堡、建立防线，严整军纪，与女真族人建立关系，坚持“实内固外”、“以夷制夷”的攻略，辽东有他，局面为之一新，稳定了数年。
可惜，在一个已经习惯了纸上谈兵朋党政治的文官集团面前，实干性人才总是因为其稳健作风、特立独行的风范遭人诟病。性格刚正的熊廷弼也不例外。因为与当时的巡按御史荆养高发生矛盾，熊廷弼被其拿一个小小的“杖死诸生”事件做引子，竟然被免去了职务，回家听候处理。
对于熊廷弼来说，这是他仕途上的第一次被打压。世故圆滑的人，当从中吸取教训，以免重蹈覆辙，不过熊飞百却不是那一类人。他在家中沉寂的数年间，没有反思如何练成政治动物，而是仍然关注和研究辽东军事，充满了报效国家之情。
万历四十六年，女真族的新领袖，以十三副盔甲起兵的努尔哈赤突然起兵，攻打抚顺，辽东经略杨镐仓促应战，结果在抚顺附近的萨尔浒被打得大败，戚继光坐下名将刘显之子刘挺、武艺高强的大将杜松等人均阵亡，此战历史上称为“萨尔浒之战”。
对于明朝来讲，此战的胜负是关键性的，由此开始，女真与明廷之间的战争攻守之势逆转，明廷为之震动。几十年不上朝的万历皇帝这次也终于坐不住了，他挑选了人员去辽东。可是闻知努酋凶残，满朝竟无人敢来应征。于是，有人又想起了赋闲在家的熊廷弼。论对辽东之熟悉，谁又能比得上他？
于是，熊廷弼第二次出山，再次进驻辽东。对这位能双手开弓的文人将军来说，这是一个突然出现的转机。
熊廷弼带着文人的天真情怀与武将的英勇禀性走马上任了。他接任了因为兵败而满门被责罚的杨镐的职务。为了安抚这位受到不公正的待遇的将军，明朝廷赐予了他一个至高无上的信物——可以先斩后奏的尚方宝剑，命他经略辽东。但事后证明，这把尚方宝剑还真不是个吉物，拿他的人，难保善终。
还没有到辽东的要塞山海关，传来了消息，开原陷落，将到山海关时铁岭陷落，沈阳一带，后金兵出入如无人之地。一时间百姓被屠杀如刍狗，方圆百里炊烟断绝。
在一个大风雪的日子，熊廷弼冒着生命危险来到了山海关，关城内外，一片狼藉，将士离心向背，斗志萎缩，更有无数将军级别的人已经存有了投降之意。
文人出身的熊廷弼开始大开杀戒，斩降将刘遇节，王捷、王文鼎诸人，斩贪将陈仑，罢免、关押无所作为的总兵李如桢，造战车，制火器，修战壕，整顿军纪，短短数天，辽东军纪焕然一新。
熊廷弼坐镇山海关，经常在大风雪之日出关寻访，在当时，面对后金兵的勇武，很多将领产生畏难情绪。初到辽东的熊廷弼对此颇有体会，他命佥事韩原善去沈阳抚慰军情，韩不敢去，他又命阎鸣泰去，阎走到一半就不敢走了。最后没办法，熊廷弼出关只身前往，在风雪交集中，见到几百里没有人烟的旷野，熊廷弼曾气得放声痛哭。
就是这在这种情况下，熊廷弼提出了一个著名的策略：对付女真骑兵，以守为主。这是一个很大胆的提议，古往今来，人们印象中的功臣良将，多为进攻型人才，破关入城，势如破竹，但是如今这位辽东总指挥却提出了以防守为主的方针，怎能不让人跌破眼镜？
但在这个防守的策略下，辽东得以平静。在很多时候，以退为进未尝不是一个好办法，面对女真人凌厉的骑兵攻势，丰富的游击战经验，“守”无疑是一个以逸待劳的良策。
可惜的是，在以纸上谈兵为乐事的明朝廷里，阁臣集团因为并不直接接触军事，对保守和稳健的作风从来都是质疑的，而熊廷弼的耿直性格且对不依附权贵的行为也为他们所不喜。明泰昌元年（一六二○年），后金一举攻下抚顺西部的蒲河，明军损失七百余人。在两军争战中，这样的胜负比例原本并不为过，但嫌恶熊廷弼的人却因此找着了把柄，此时正是明天启帝即位，朝中大权，始落入太监魏忠贤之手，熊廷弼的命运，就值得堪忧了。
“无谋者八，欺群者三”，这是朝中大臣攻击熊廷弼的话。对于这种凭空出现的栽赃，熊廷弼的反应是过激的，他据理力争，展示自己的军事主张。时间不长，朝廷下旨，收回那柄至高无上的宝剑，要他听候发落，熊廷弼主动要求辞职，谁也没有想到的是，明廷竟然应允了他的要求，未过数日，素以干才著称的袁应泰接替了他的职务。熊廷弼第二次丢失了他所曾拥有的一切。
努尔哈赤的探子向这位女真英雄报告，熊廷弼去职了。努氏大喜，于是发兵，书生出身的袁应泰，被迫应战。
此战对于明廷来说是一个摧残性的打击。明军大败，袁应泰最后只能自杀身亡。但辽沈尽皆失陷，而其间七十余城，竟不战而下，方圆百里，逃得空无一人。
朝中大乱，这时有人又怀念起实干家熊经略。阁臣刘一景面见皇帝，言明：“若熊廷弼在，局面决不于此。”（《明史·熊廷弼传》）
于是，重新启用熊廷弼的呼声越来越高，皇帝再次听从了阁臣们的建议，那些曾经攻击过他的人尽皆被贬斥。
辽东百姓与将官们等待着熊经略的回来。他们没有白盼，距上一次离职一年多时间后，熊廷弼真的又回来了。这一次，他登临山海关城经略辽东，手中仍然拿着尚方宝剑，而且还带着二十六万军队，其中仅广宁（今辽宁北镇县）驻军就十二万，“议饷千余万”，光是拨往广宁的火药就有二十多万斤。此情此景，令辽东军民无比振奋。
所有人都以为这一次，熊经略一定可以大展抱负了。连熊廷弼自己也是这样认为的。但其实，他这第三次的复职，绝非善事，相反，更大的危险伴在他的身边。
熊廷弼走马上任辽东经略，没想到的是，这次要面对的敌人不是努尔哈赤，而是身边的同事——广宁巡抚王化贞。而扶持这个对手的人，也是他在朝中的老对手——文官集团。
明朝的党争之祸，并不仅仅是只限于天子脚下，而且一直延伸到社会生活中的各各方面，前面说过，党争导致用人制度被破坏殆尽，这个后果，自天启年开了个极坏的头，第一个深受其受害者就是熊廷弼。
王化贞，山东诸城进士出身，长期来分守广宁，史书称其“刚愎自用”、“好漫语”，因为与兵部尚书、阁臣张鹤鸣的私交不错，扶摇直上，成为广宁守将，此次提拔熊廷弼，为起节制之用，朝廷将他也升了官，给经略熊廷弼做副手。
“经抚不和”的苗头从一开始就出现了。熊廷弼根据辽东战事的经验教训总结出：在拥有一支强大的骑兵队伍之前，明军是无法与精锐的后金军在一马平川的辽河平原上野战的。因此，必须“以守为战”。也就是这个理论基础上，他提出了“三方布置策”的战略思想。
“三方布置策”精髓是：以广宁为主，重点布防，抵挡努尔哈赤的精锐部队，在天津、登州、莱州置舟师（也就是建设海军）袭扰敌军侧后；经略驻节山海关，节制三方，徐图进取。今天看来，这是一个非常正确稳妥有序的战略。但是在纸上谈兵急功近功的明廷阁臣眼中，防守从来就不是一件值得提倡的事。王化贞就对此论持相反的观点，与熊廷弼大唱反调。他坚持宣称“不战必不可守，不过（辽）河必不可战”；要以投降后金的李永芳为内应，借察哈尔林丹汗蒙古兵四十万，甚至夸下海口“愿以六万兵进战，一举荡平！”
王化贞的大唱反调似乎极为反常，照理他本是熊廷弼的下属，怎敢与上级对立？但其中的内情却是，与耿直、忠诚、不擅长曲意逢迎的熊廷弼相比，王化贞走的是另一条路线，他是内阁大学士叶向高的门生，而这位大学生的后台则是阉党首领魏忠贤。兵部尚书张鹤鸣又是熊廷弼的对头，在这个形势下，王化贞其实是直接取得了权利集团的肯定的。张鹤鸣甚至暗中授意，可以不理会熊的领导，便宜行事。
也正是因此，当与熊廷弼意见相左时，王化贞索性拥兵自立了，在兵部的授意下，他将一切军务全部交给熊廷弼，军队则自己来领。明廷在辽东拥有大军二十万，张鹤鸣全部交给了王化贞领，熊廷弼空有经略之名，能带的兵不过五千。
就在这个极端不利的局面下，又发生了一件事。当时还只是一个都司的毛文龙率二百余人突袭了镇江。王化贞乘机大力宣传自己的进攻策略，称为“奇捷”，熊廷弼却认为，此举乃纯属盲目冒进之举，打破了“三方布置策”，此乃“奇祸”！这场纷争把整个朝廷都卷了进去。天启二年正月十一日，张鹤鸣主持召开紧急会议，有八十余名大臣参加，最后提出了十几种解决方案，但最后决定的竟然是：支持王化贞的意见。
经抚不和，必然导致最后的失败。熊廷弼很不幸，他是第一个处在这漩涡中的将领。明朝军队的策略之争一直延续了几十年，争论的焦点就是在面对辽东的形势，“守”与“和”是否可行的问题，多年来，面对满清，“守”与“和”这个非常正确的作战策略一直被不懂兵法的所谓阁臣“主战派”打压，也直接影响到皇帝的判断。这年的十月，辽河冰冻，广宁人以为后金军队一定会渡河袭击，纷纷逃窜，兵部尚书张鹤鸣认为辽东形势不稳，要熊廷弼强攻，熊不从。但王化贞却坚持执行这个错误战略，经抚之争，最后以熊廷弼的妥协告终，王化贞几次进攻，无功而返。反而被努尔哈赤知悉了其实力，熊廷弼不得已将指挥部由山海关移至右屯。
决战的日子终于到了，天启二年正月十八日，知悉经抚不和内幕的努尔哈赤率大军进逼广宁，在西平堡（今辽宁台安县南）发动总攻，王化贞听从宠将孙得功之言，调所有兵力由其指挥集中狙击努尔哈赤。但没想到这位深受信任的孙得功竟然叛变了，而王化贞的大军也因他错误地撤换广宁、闾阳两地守军，导致军力分散，在努尔哈赤大军的强大集中攻势下，明军一败涂地，孙得功趁乱散布流言，说敌军已经临近广宁，城中大乱，王化贞只带了两个仆人逃出。在大凌河上遇见了前来救援的熊廷弼，熊廷弼悲愤的问他：“你不是说六万军队，可以一举荡平努尔哈赤，现在怎么样？”（六万众，一举荡平竟如何？）王化贞惭愧无语。（《明史·熊廷弼传》）
后金军队攻下广宁，辽东大片土地失守，熊廷弼将军队交给王化贞。自己带着难民入关。
山海关城池中，一片悲哭之声，这一次兵败，完全是王化贞之失误，当然，在不明真相的情况下放弃了广宁沈阳辽阳大部分土地，熊廷弼亦有责任，后人也经常为此而认为熊廷弼在这个关键时刻没有清晰的目光。不过，今人看来，熊廷弼此举更像是有很多意气用事的成分，他内心非常不满王化贞的独断专行不服将令。与王化贞相比，熊廷弼要负的责任不足一提。但是万万没想到的是，此次撤回到山海关后，熊廷弼竟与王化贞同罪处理，不久，明廷下令，两人全部处以死刑。
当时正是魏忠贤把持朝政，熊廷弼在入狱后，因为魏忠贤索贿未果，就加紧了对他的迫害。此时，正赶上与熊交好的东林党六君子也都入狱，于是，在阉党徐大化、崔呈秀的授意下，两案株连到一起，阉党诬蔑六君子之首杨涟收受熊之贿赂，“追赃”的审讯开始，熊家倾尽荡产，家破人亡，熊的大儿子也在“追赃”的压力下，自杀身亡。
熊廷弼入狱掀起了对东林党的清算活动，也掀起了天启一朝党争之乱的高潮，这是他根本就没有意料到的，事实上，如果把他也划入“阁党”中，他还是东林党的对头楚党的派系。但是，因为东林党的杨涟等人突破门户之见，为他说了好话，结果反而被魏阉利用，成了党争的工具。熊廷弼最后死在了王化贞的前面。他的死与东林六君子的死前后相差不到一年。斩首后首级还传首九边，他的头被传来传去，让所有活着的人无不胆破心寒。而真正的罪人王化贞因为与阉党就有勾结，反而没有被处死，直到五年后才执行了死刑。追赃活动持续了很多年，熊家的人在这次持续时间极长的勒索活动中很少有人善终，直到崇祯上台，勒索活动才告停止。
熊廷弼是明朝继于谦后，用极端手段冤杀的又一个军事天才，也是明末党争之祸的牺牲品。此后，辽东的大片土地被占领，无人可守。而这时临危受命的则是名动天下的孙承宗。
孙承宗是万历三十二年中进士，授给编修，此后，充当日讲官，为天启皇帝朱由校当过讲师，深为天启所重，呼之为“吾师”。他在朝野上下，名望极高。同样的，他的军事战略眼光之高似乎尤在熊廷弼之上，这一点，从他一接掌兵部就能看到。他一到任，马上精简京师的军队，抽调兵力，修筑蓟镇长城，巩固山海关老龙头边防，处罚办事不力的大臣、将领，推荐兵部左侍郎王在晋接任熊廷弼为辽东经略，雷厉风行而有条不紊。而这其中他做的最重要的一件事，是推荐当时名不见经传的作战参谋袁崇焕为山东按察使佥事，这个伯乐之举，为明王朝最后一个军事天才袁崇焕的脱颖而出创造了绝好的机会。
上任不久，孙承宗发现他举荐的辽东新任经略王在晋是个平庸之辈，毅然将他换下，以兵部尚书亲自督军山海关，这一点，在当时一个绝对了不起的行为。为表彰他，朝廷下职，命他对总督山海关及蓟镇、辽东、天津、登、莱诸处军务，并享受特权，可以便宜行事，不受朝廷节制，批给八十万军费供其使用。其风头之劲，一时无人能及，即使当年的戚继光，也未免要甘拜下风。
辽东军备，这时焕然一新。但就此时，在军事上无所不能、深受将领与边关军民爱戴的孙承宗，却没想到，因为在无意间得罪了一个人，竟然在转眼间令自己如日中天的功名事业一下子跌进了谷底。
孙承宗得罪的这个人，就是天启皇帝身边的红人，大太监魏忠贤。
由于孙承宗曾经是帝师现在又是帝国军队最高首长的身份，魏忠贤对他最初采取的是拉拢的姿态。但是孙承宗从不买账，甚至连与他普通的交往都不屑于敷衍，令魏阉怀恨在心。后来孙承宗坐镇辽东时，魏忠贤又派太监刘应坤借犒劳之际表示了拉拢之意。孙仍不理睬，魏忠贤更是大为嫉恨。
天启二年，因为边关失守之事，魏忠贤借机将熊廷弼的过失与东林六君子拉到一起，实施栽赃陷害，并大杀东林党人。因为与上述这几位都交好的缘故，孙承宗非常不齿于魏忠贤的行为。但他也知道，用上奏折的方式根本无法起到什么作用，于是，借给明熹宗上寿之际，他想面陈天启皇帝，希望可以让他诛除魏忠贤。孙承宗刚一上路，此举就为魏阉党羽魏广微所知，报知魏忠贤，于是魏忠贤哭求天启帝，终于令天启帝下了圣谕，以边关重将不得离开驻防之地的要求阻止孙承宗入京，已经到达通州的孙承宗，只得留在原地，而这一次不能觐见天启，对他来讲，所起的负面作用是巨大的。
孙承宗的这一行为，等于是在公开向魏阉宣战。由此开始，魏党诋毁弹劾他的奏折越来越多。终于，孙承宗手上大将马世龙因为一次冒进行动战败，折杀许多将士，这次失败成了阉党攻击孙承宗无能的借口，奏折屡上，而自己当年的学生，现今的皇帝又不能朝见，孙承宗知道，自己下台的时间不会太长了。
天启五年，一直将孙先生称之为“吾师”而不直呼其名的天启皇帝终于下谕了，免去孙承宗的职务，由高弟——魏忠贤的党羽接任。帝王的老师，帝国的栋梁孙承宗倒了。在这期间，天启暴毙，崇祯继位。奇怪的是，被孙承宗贬斥的王在晋居然又东山再起，成为兵部尚书。作为孙承宗的宿敌，他当然力阻孙承宗的复出。这位王在晋打仗不行，但玩起党争的一套却颇有手段，不知他用了什么方式，令得崇祯也不买孙承宗的账。尽管百官多次上奏，但与孙承宗无师生之情的崇祯，不予理睬。于是孙承宗始终不得重用。直至后来袁崇焕身死后，他才再度临危受命。
孙承宗在山海关四年间，堪称是辽东的再造之功臣。他起用了袁崇焕、祖大寿、赵率教、满桂等一批卓越将领，修建关城，抚恤难民，整顿军纪，以一筑城、二驻防、三屯田的计略，使关外防务大为起色，并建立起宁远至锦州一条钢铁般的防线。史称：“自承宗出镇、关门息警、中朝宴然，不复以边事为虑也。”（《明史·孙承宗传》）孙承宗后又率袁崇焕、满桂等大将，进据锦州松山等地带，收复了大批被后金军占据的土地。至天启五年，由山海关、宁远自锦州的宁锦防线正式形成，明朝可以倚靠这条防线继续与满清对抗。在宁远，利用引进的红衣大炮，由袁崇焕、祖大寿指挥的“宁锦大捷”，重创努尔哈赤、皇太极，迎来了明军的第一次大胜利。终清太宗皇太极之死，满清也未能突破这道防线而入关。明廷也正是凭借孙承宗造就的这些成果得以与清军继续周旋达十七年之久！
孙承宗被清算之后，他的亲传弟子袁崇焕却开始发挥了巨大的作用，辽东正式进入了袁崇焕时代。
袁崇焕是万历四十七年进士，对辽东局势，他很早就亲身参与。在他作战参谋级别的官员的时候，就曾亲自来到山海关，“单骑出关”，掌握了第一手的材料，这份勇气与胆色，在当时与一听努尔哈赤的名字就全身发抖的明朝大小官员相比，形成鲜明对照。也因了这份胆色、勇气和智谋，他的才能得到了孙承宗的赏识。与孙承宗的几年交往中，袁崇焕既是下级，也是学生，更是知已，后来，他效仿孙承宗，培养的袁家军个个全是人才，从祖大寿，到满桂，赵率教，朱梅，这些人成为明王朝不可多得的军事团队。
因为袁崇焕崇高的威望，瞩目的战绩，崇祯刚开始对袁崇焕也是寄予厚望的，他对袁崇焕的尊宠程度，在当时无人能及，但是袁崇焕无意中的一句错话，却让这位偏执狂皇帝动了疑心。
明史载，“崇焕入都，先奏陈兵事，帝召见平台，慰劳甚至，咨以方略。对曰：‘方略已具疏中。臣受陛下特眷，愿假以便宜，计五年，全辽可复。’帝曰：‘复辽，朕不吝封侯赏。卿努力解天下倒悬，卿子孙亦受其福。’崇焕顿首谢。”袁崇焕说了句不该说的大话，五年平辽根本是不可能的事，不过崇祯信以为真了，崇祯本人虽然经常说了不算，出尔反尔，但对臣子说到不能做到的行为却极为反感，此人有明君之志，但无明君之德，更无贤君之能，于是，一句错话就此种下了祸根。而后袁崇焕经人提醒，意识到话中有误，再作弥补，声称五年之举，要多方配合才行，崇祯表面应承，但是心中不信，由是两人开始离心离德。（《明史·袁崇焕传》）
其实崇祯对人从一开始就没有以诚相待之心，这是性格使然。对文官集团的厌恶及对军人集团的防备猜疑，伴随了他的一生。袁崇焕比较不幸，身为文官，却又是军人集团首脑。其实只要想一想崇祯上位后不用孙承宗就可以知道，他对军人集团的魁首是有其戒心的。在巨大的尊宠背后，是极高的期望值，而当这个期望值不能实现时，本就有疑心的崇祯一定会迁怒于人，这是必然之事。
袁崇焕一生精明，当他被委以重任前往宁远任辽东大帅时，他也考虑到了这个问题，此时他也肯定想到了前两任熊廷弼与孙承宗的下场，于是对崇祯说：“我制辽没问题，但怕身后有谗言，此次出关，万一背后有暗箭谗言伤人，足以坏事。”崇祯表示这个问题不会发生，袁崇焕不能完全相信，于是，崇祯采纳大学士刘鸿训的建议，给了袁崇焕尚方宝剑。
精明一生的袁崇焕，却不知道，这一次他拿不是尚方宝剑，而是烫手炸药，古往今来，君臣之间最大的矛盾就是权力的重心走向，一般来说，臣子如果权力过大，难以控制，君主就会起忌惮之心，袁崇焕的老师孙承宗官至极品，也不敢轻易的接这把剑，何况是他？由此一事，可看出，袁只是军事天才，但还没有练成政治动物。
拿了尚方宝剑的袁崇焕，果然没辜负这把威力无穷的利器，他上任的第一件事，就是杀了不服管的毛文龙。
“崇焕始受事，即欲诛毛文龙。”（《明史·袁崇焕传》）这是直接导致崇祯对袁崇焕产生最大的信任危机的导火索，也造成了令崇祯牵怒的事由。
毛文龙是辽东大将，当年臣服于王化贞，与熊廷弼交恶。辽东失守后，他从海上逃回，杀死满清在镇江的守将，盘踞在皮岛（今天的海洋岛），在王化贞的宣传鼓动下，当时明廷认为是奇功一件。皮岛东北临朝鲜，北临满清国界，地理位置极为重要，天启以来，明廷对其颇为倚重，毛文龙因此也就水涨船高，“累加至左都督，挂将军印，赐尚方剑，设军镇皮岛如内地。”而且从战略上考虑，毛文龙以海岛为基地，以游击战术出击，确实起到了牵制清兵的作用。
因为山高皇帝远，毛文龙开始不受管制，贪功，冒饷，还经常做走私生意。袁崇焕对他早有不满，到任后开始统一建制，设监司机构，以挟制毛文龙，毛文龙知道这一切都是为了削减自己势力而制定的政策，也同样深为不满，甚至有抗拒行为。袁崇焕要他解甲归田，交还军政大权，毛不从，于是，袁崇焕就做了一个非常过激的行为，他以邀请毛文龙到幄山上看将士射箭为名，诱捕了毛文龙，用崇祯给的尚方宝剑，杀了他。
袁崇焕杀掉毛文龙，个人情绪似乎占了很大比重，其实是有些过激与不必要的。毛文龙雄踞海上多年，其实颇有建树，而他一死，苦心经营的局面为之惨淡，辽之东南战场从鸭绿江到旅顺的主要城镇、海港、海岛以及属国朝鲜，都先后被后金占领，明几乎全部退出上述地区。毛文龙部下尚可喜，耿精忠也先后作乱，而后降清，成为满清对抗明廷重要的军事力量。但这个还不是最坏的，最坏的是，毛文龙的死，震惊了皇帝，“帝骤闻，意殊骇，念既死，且方倚崇焕，乃优旨褒答。俄传谕暴文龙罪，以安崇焕心”。（《明史稿》）在这几句话中我们可以看出，崇祯迫于形势，虽未有不满表态，甚至还给了奖励，但内心，对袁崇焕已经极为不满，甚至惊恐了。
这是因为毛文龙也不是等闲人物，他功劳极大，名声亦佳，更重要的，他也是手持尚方宝剑的主，现在袁崇焕杀他，没经过皇帝，而且还在杀他之后一个月才报告的，当时朝中对此颇有非议。
就是在这个心理基础上，其后出现的一件事，更让崇祯完全丧失了信心。
这个事就是“议和”。
有明一朝，这两个字对任何臣子君主来说，都是烫手山芋，“议和”代表着大汉天下的妥协，代表着绥靖政策，代表着明朝天子的让步，所以尽管议和在当时是一个最可行之路，但是，却无人敢公开以此事作为解决问题的渠道。这个禁忌，一直持续到崇祯死，仍没打破。
所以，尽管明屡战屡败，但基于天子的威严与帝国的尊严，“诸将罔敢议战守。”但在这个形势下，袁崇焕却主动接过了这个烫手山芋，“议战守，自崇焕始。”（《明史·袁崇焕传》）而最难得的，此事皇太极也很支持。这是因为当时努尔哈赤刚死，后金内部的权利之争如火如荼，皇太极地位不稳，所以对议和之事表现出了很大的兴趣，甚至同意了袁崇焕提出的要求，先除帝号，恢复称汗，并愿意由明朝皇帝正式任命。他甚至还给明朝边关守将和皇帝本人写信，以示诚意。
此事若成，绝对有利于边关形势，亦有利于民生民计，不过，“议和”一事一经提出，立刻遭到士大夫体系的攻击，袁崇焕迫于压力，也不敢多言。他对崇祯曾经小心地建议：“恢复之计，不外臣昔年以辽人守辽土，以辽土养辽人，守为正着，战为奇着，和为旁着之说。”崇祯表面上赞同，但是对于袁竟然与皇太极有私下往来，心中十分猜疑。
与熊廷弼、孙承宗等人相比，袁崇焕更是不太走运，他精明防护，不想让自己陷入党争之中，但却无意间得罪了一个人，那就是皇帝。
崇祯三年十月，皇太祖率精骑十万，避开袁崇焕把守的锦远防线，突然绕道袭击察哈尔入长城，攻占遵化。袁崇焕急忙调遣军队，赶在后金之前到达通州。后金军改道西犯京师，崇祯十分恐惧，急召袁崇焕勤王，袁崇焕来的也真快，迅速赶到北京广渠门外扎营，军马已经十分疲劳，袁崇焕要军队入城休息，崇焕没有答应。
此时的形势，和十四年后吴三桂的勤王极为接近，只不过，十四年后的勤王军队迟迟不到，而这一次，则是袁崇焕及时赶到，死守京师。双方交战，互有伤亡，在祖大寿等名将的指挥下，清军讨不到便宜，但袁家军队因为来得匆忙，人数不多，袁崇焕的打法是以守为主，小股部队作战，等各地勤王大军到来，一举包围攻之。皇太极冒险行进，已经陷入孤军奋战的兵法大忌中，如此围打，胜算极大。
但崇祯对袁崇焕此时已经有了忌惮之心，不让大军入城，其实是心中有了惧意。而城内，倒袁之声突起，京都百姓和一些无知官员见袁崇焕对清军只作阵地战，不作大规模出击，颇有怨言，有人还指出，袁崇焕戍边，竟导致敌大军压境，自然是袁守疆有过，于是怨声载道，皆指袁崇焕的不是。“都人骤遭兵，怨谤纷起，谓崇焕纵敌拥兵。”（《明史·袁崇焕传》）那些提意见的人，不知在当年熊廷弼被冤杀的时候扮演的是什么角色，估计和那些“主战派”阁臣也是一个嫡系里的人，否则论调怎么能如此接近？而就在这个时候，皇太极充分利用了这个形势，派兵士在京郊大举烧杀，北京城中有很多官员在外面有房产，于是，这些人跑到崇祯那里，袁崇焕最恐惧的事情终于出现了，在他的背后谗言四起，皇帝的耳朵越来越软，可惜，他在城外苦战，对此竟一无所知。
用兵高手皇太极同时有一个特别厉害的情报机关，这个机关的头子范文程了解到北京形势，设下了一个著名的“反间计”。这个反间计的整个过程就是创造一个两军和谈的机会，让随行的监军太监以“蒋干盗书”的形势无意间听到袁崇焕与皇太极暗中勾结的“内幕”，《明史》对此有载：“会我大清设间，谓崇焕密有成约，令所获宦官知之，阴纵使去。其人奔告于帝，帝信之不疑。”这个计策来自于中国小说《三国演义》，出此主意的是汉人范文程，应该说瞎子都看得出其中的问题，但是对于眼不瞎心瞎的朱由检来说，已经足够了。
太监监军是明朝治军最大的弊端，历史证明，只有有太监参与，军队鲜有不出现问题的，可惜，因为杀太监出名的崇祯也玩了这一阴招。于是，这几个太监果然不负众望，他们听到了这个惊天大阴谋之后，第一个反应是震惊，第二个反应是兴奋，因为发现了一个可以立大功的阴谋事件！原来袁崇焕是间谍，回到京师这个消息马上密报给崇祯。
反间计成功了，崇祯竟然信了！与其说是崇祯信了，还不如说崇祯正想找个借口清算袁崇焕，这次终于来了，于是事实真伪，他甚至懒得再查，何况袁崇焕有与敌和议的事实，有书信，有证据，有舆论支持，有民意呼应，于是，一个中国历史上最大冤案就这样具备了足够的条件产生。就在袁崇焕还在京城外面为大明江山拼死抵抗时，一直好谋无断的崇祯这时很迅速地下定了决心，他急召回了袁崇焕，不等袁崇焕明白出了什么事，马上将其缉拿入狱。一六三○年九月二十二日未时，崇祯帝在平台召见内阁、六部、九卿、科道、大理寺、都察院、锦衣卫等各衙门官员，以议和斩帅、纵敌长驱、顿兵不前、坚请入城等罪名对袁崇焕处以极刑，磔立决，籍没家产，妻孥流徙两千里，而这一切，由捉捕到定罪，由国家功臣，帝国元勋到成为千古罪人，最后处斩，不过九个月时间。
崇祯的心，这时似乎比野兽更狠，他把自己因挫败感而带来的恐惧心理全部发泄在当年的这位帝国功臣上了。居然判了凌迟罪。凌迟，又称千刀万剐，这是最残酷的刑罚，几个月前，他要剐的人这个人为了他险些丢掉性命，几个月后，他如此回报。
崇祯对袁崇焕的恨其实是在期望值过高时，发现无法实现目标后的一种畸形心理反应，但这只是外因。在内里，崇祯其实对文官集团是非常厌恶的，因为他虽然经常用暴力手段对付这些人，但依然根本无法控制住局面，他总是一而再而三的有种被他们欺骗的感觉，却只能倚仗他们来行事。而在这些人中，袁崇焕崇高的地位与威信，还有那种淡定从容的姿态和把握全局的能力，肯定是深深刺激了他灵魂深处非常阴暗的地方。崇祯用袁崇焕是因为爱其才，但他杀他时，是否也是因为恨其能？这个不得而知，但有一件事是毋庸置疑，在一个明显的莫须有的罪名面前，以如此极其极端的手段对付一个曾经有功于国家的人，崇祯的行事，比当年残杀岳飞的宋高宗过分得更多。这说明他的心态已经处于一种需要看心理医生的非常不正常的状态下了。
