华佗之死，史上多少都有交代，但曹操是怎么死的，确切死因史上却不见说法。《三国演义》中想象曹操死前“目不见物”，即眼睛看不见了，但意识很清楚，还把曹洪、陈群、贾诩、司马懿等大臣召到病床前嘱托后事。“嘱毕，长叹一声，泪如雨下。须臾，气绝而死。”
曹操死时，儿子曹丕、曹植等都在邺城。可能是父子心灵感应吧，曹操在洛阳宫咽气那一刻，曹丕正住在邺城铜雀台殿宇里，梦见两块瓦片落地，化为一对鸳鸯。后来人们便把铜雀台上的对瓦称为“鸳鸯瓦”。
曹操生活的时代，还是很讲究死后尸体防腐的。如果是出土了未腐尸体，或者较为完整的遗骨，人类学家、病理学家就可能从中检查出死者生前的健康状态，从而进一步推断出死因。
曹操墓在发掘过程中，出土了人头骨、肢骨等部分遗骨，大致可以看出当初是三具尸骨。其中一具被推断为男骨，估计死前年龄约60岁，身高在1.7米左右，牙齿不好，后脑骨骼也不好。因与曹操死亡年龄接近，被推测是曹操的遗骨。此遗骨出土时位于前室门道处，这个位置显然已不是原位，被扰动了。推测原位应该在后室，很可能是被盗墓贼用脚从后室中踢出来的。
这块头骨，仅剩有头盖骨和带两枚牙齿的一块颧颌骨。下半部分保存得非常不好，面骨包括鼻子、脸部分都变形损毁了，这给医学研究带来很多的遗憾。从头盖骨中，仅能判断出他当年的营养状态还是不错的，其他就比较困难了。
有专家通过男骨的后脑骨骼保存不好，推测可能与头枕石枕有关，因为墓中出土了“石枕”样物件，继而推测曹操生前真的患有头风病。这是毫无道理的“外行话”。因为它们之间没有必然的因果关系，后脑骨骼不好怎么就知道是石枕，或是生前垫枕头所致？
可以说，目前的考古手段恐怕永远搞不清曹操的真正死因，生前有过哪些病。
