王錱在四月初五这天，追太平军至云湖桥，杀四十二名。第二天，他又设伏于鲁家坝，杀太平军三百余名，生擒二十余名。 事后，曾国藩分别保举塔齐布、周凤山、褚汝航、杨载福、彭玉麟、江忠淑。
塔齐布是满洲正黄旗人，火器营鸟枪护军出身，当过道光的三等侍卫，分发在湖南巡抚的抚标(绿营)，官居守备，助守长沙有功，升至参将。曾国藩办团练，把他调到自己身边，算是湘军军官之中的唯一军事专家，也差不多是唯一的满洲人。在王錱挺进湖北之时，塔齐布攻下通城，曾国藩保他升充副将。现在，曾国藩保他加总兵衔。咸丰接到奏折，予以照准，并且免了湖南提督鲍起豹之职，任命塔齐布署理提督。不久实授。
咸丰命令曾国藩乘胜北进，令曾国藩啼笑皆非，一万七千人已打得只剩下四千左右，如何北进得了。但是，武昌在这一年(咸丰四年)六月初二日失守(这是太平军占领武昌的第二次；第一次是在咸丰二年十二月初四日；第三次是在咸丰五年二月十七日)。
《细说清朝》九三、夺回武昌
曾国藩无可奈何，只得鼓起勇气，带领增募的水勇、陆勇，邀约罗泽南从江西带回来的“老湘勇”与胡林翼从贵州带来的“黔勇”，江忠淑所统率的“楚勇”(湖南新宁一带的勇)，李孟群带来的一千名广西水劳，陈辉龙带来的四百名广东水勇，分三路北进。
中路以水师为主，由褚汝航统率，辅以塔齐布的陆师，在七月初一日攻下岳州。太平军韦俊、曾天养等将领，屡次反攻，均被曾军击败。曾军在闰七月初二日进克城陵矶，杀死黄天养。但曾军的褚汝航与陈辉龙，也在此时先后阵亡。
左路由胡林翼指挥，占领常德。胡林翼是湖南益阳人，翰林出身，在贵州历任安顺、镇远、黎平知府，贵东道，办团练颇有成绩，被调到湖北，又调到湖南，在肃清湖南安化后，升为四川按察使，未及到任，改湖北按察使。
右路由江忠淑指挥，无甚进展，但右路的目标崇阳仍被中路曾军攻下。中路在攻下祟阳以后，一口气进占咸宁，咸宁是武昌的南边邻县。
罗泽南向曾国藩建议，分攻武昌外围的花园与洪山：罗攻花园，塔齐布攻洪山。同时候，新任两湖总督杨霈，亦已率兵威胁汉阳(前任两湖总督吴文镕于黄州失守之时自杀)。
花园与洪山果然被罗、塔二人攻下，太平军于八月二十三日撤出武昌、汉阳二城。(这是太平军的第二次撤出武汉；第一次是在咸丰三年正月初二日，第三次是在咸丰六年十一月二十二日。)
曾国藩飞奏清廷，咸丰赏他二品顶戴，任他为署理湖北巡抚。曾国藩辞谢了一次，咸丰命令他以兵部侍郎的名义，继续督师攻取九江安庆。湖北巡抚的职务，此交陶恩培担任。
《细说清朝》九四、冲过田家镇
为了打九江，曾国藩必须冲破太平军在田家镇所设的封锁线，这封锁线是横隔长江的两道铁索，两岸均有太平军的重兵驻守。
曾国藩又定计分兵三路，以湖北提督桂明指挥北路，进攻蕲州(蕲春)、广济；以塔齐布指挥南路，进攻大冶、兴国(阳新)；他自己统率水师，作为中路。到了九月间，曾国藩下令开始进攻。南路节节胜利，塔齐布在二十一日攻下了大冶，罗泽南在同一天攻下兴国。兴国东乡的半壁山，与北岸田家镇遥遥相对，太平军守御甚坚，仍被罗洋南于十月初四日攻下。北路指挥桂明，是一个畏战的庸人，因此毫无进展，蕲州、广济仍在太平军手中。太平军而且在九月二十九日出动水师溯江而上，利用东风火攻曾国藩的水师，幸亏一面有彭玉麟、杨载福抵住，一面又有鲍超由湋源口抄到太平军水师的后路，将它包住首尾，获得小胜。小胜后，不攻陈玉成、曾凤传所守的蕲州，更不攻秦日纲所守的田家镇，而小心翼翼地占领长江北岸的沿岸、距离田家镇九里“见峰嘴”为止。
然后，杨、彭二人、将水师分成四队：第四队留守；第三队事后追击，扩宽战果；第二队作战；第一队准备好镕铁炉、钢剪，大锤、大斧、专管镕毁铁索，不管作战。十一月十三日出动。同时候，南路的陆军以六千人排成长阵助威。
太平军布置了很多民船在铁索之前，铁索不仅两端(富池口与田家镇)有重兵驻守，而且扣在若干船只之上。这些船只有如浮桥，又有不少的武装木筏作为掩护，铁索之后有几千只炮船，铁索之旁，在北岸由牛肝矶至吴王庙，又有若干座营垒与成千的炮位。
交战后，杨、彭水师的第一队很迅速地烧断了铁索，第二队击散民船，打垮炮船与武装木筏，第三队顺流而下，追击太平军三十余里，然后掉转头利用东风放火，把太平军的船烧毁了四千余号，俘获了五百余号。
田家镇被曾军占领。秦日纲在这一天(十三日)夜里四更撤走。次一天的夜里，陈玉成、曾凤传也从蕲州撤走，曾军获得全胜。
《细说清朝》九五、打不下九江
曾国藩统率全部水师、陆军顺流而下，来打九江。他打不下九江，因为太平军名将林启荣守得很好。他去打九江东边的湖口，一时也打不下。守湖口的，是太平军另一名将赖桂英。(打到次年七月二十五日，才打下来。)
曾国藩把大部分陆军屯扎在九江之南，把水师移在鄱阳湖的尖端(湖口附近)。咸丰四年十二月十二日，水师获得小胜，焚毁了太平军几十条船，乘胜紧追追进鄱阳湖，没料到这是中了石达开的诱敌之计。结果，小船进了湖，大船被太平军的船拦截，转动不灵，被阻挡在湖的外边，仍在长江。十三天以后，大船遭遇大平军袭击，连曾国藩自己的“座船”都丢了。曾国藩大败之余，逃到陆军罗泽南部的营垒，又动了自杀的念头。他骑上马，想单骑冲入敌阵，以一死报咸丰的知遇之恩。
这时候，刘蓉在他的幕中当幕友。刘蓉与罗泽南二人苦劝一番，他这才打消了自杀之意。
《细说清朝》九六、分兵回援武昌
又过了五天，是阴历除夕，太平军秦日纲、陈玉成等人在湖北袭击湖广总督杨霈。杨霈逃到了蕲水，再逃到汉口，三逃到德安，四逃去枣阳。湖北巡抚陶恩培苦守武昌。武昌在咸丰五年二月十七日易手，陶恩培战死。清延着了慌，叫曾国藩回援湖北。其实，石达开早已由安徽赶来江西，占了赣东若干城市，包括广信(上饶)、乐平、弋阳、饶州(波阳)。曾国藩正在竭力抵抗，哪能分兵或全师回援湖北呢？水师的大部分已被关进了波阳湖，又如何能够溯江而上？留在江面的大船仅有一百三十多艘，然而圣旨难以违拗，曾国藩只得忍痛在正月间叫彭玉麟率领这一百三十多艘船西援武昌，扎在金口。
分走了水师不算，陆军也要分。挨到八月间，罗泽南把弋阳、乐平、广信、饶州一一收复，曾国藩才派遣罗泽南率领五千精兵，由义宁(修水)一路指向武昌。刘蓉、李续宾、李续宜，均跟了罗泽南去。此时曾国藩的陆军，仅有一万二千人左右。去了罗泽南的五千，只剩下七千人而已，其中有三千人屯在九江城之南，其余的分布在南康(星子)及别的地力。曾国藩自从开始作战以来，所倚靠的陆军猛将仅有罗洋南与塔齐布二人。罗泽南未走以前，塔齐布已在七月十八日病死。
罗泽南进入湖北以后势如破竹，连下通城、崇阳，小败于濠头堡，大胜于蒲圻，与胡林翼会师。忽然，在咸丰十六年三月的某一天，罗泽南于雾中作战中弹，到初八日伤重不治而死。
《细说清朝》九七、苦守南昌
太平军方面，石达开亲自乘船来到武汉，一举而从清军手中夺回武昌以南的敬城，由通城翻山进入江西义宁(修水)，于咸丰五年(1855年)十月十五日加以占领；又由义宁向南发展，在下一月初十日占领瑞州(高安)；十一日占领临江(清江)。
这时候，广东的天地会领袖葛耀明已由广东转战到湖南，由湖南转战到江西，占了吉安西边的安福，安福之北的分宜，分宜西北的万载，万载东北、瑞州西南的新昌(宜丰)。
在新昌，葛耀明与石达开会师，结合在一起。葛部并入石部，成为太平军的一支劲旅。
于是，分宜之西的袁州(宜春)与袁州之西的萍乡，也迅速入于太平军之手。安福之东的吉安，被太平军围攻，围攻到次年(咸丰六年)正月二十五日城破。
太平军续由吉安向东，占领乐安；由乐安向东北，占领宜黄、崇仁、抚州(临川)。然后，由抚州向西，进攻曾国藩的主力周凤山部于樟树镇。
周凤山部在二月十八日被击溃。
曾国藩只剩李元度一支几千人，赶紧撤离湖口，移防南昌。南昌的近郊不到十里之处，如桥头陵，都有了太平军的前锋堡垒。
南昌之所以幸免，并非曾国藩有力量抵抗，而是石达开听说南京吃紧而中途改变计划，带领大部分兵力由抚州转向东北，经由东乡、万年、乐平，进入皖南，由皖南进入南京之南，会同南京城内的杨秀清，踏毁向荣的江南大营。
留在江西继续对曾国藩作战的太平军将领是黄玉昆。
曾国藩苦守南昌，全靠内湖的水师来回接应。曾国藩诚然享有新任江西巡抚文俊等的全力支持，然而这几人的力量毕竟有限。(旧任巡抚陈启迈一意掣曾国藩的肘，被曾国藩参劾掉。) 曾国藩却也有几个救星。第一个救星是彭玉麟。他只身由湖南小路冒险来到江西，与曾国藩会面，重领内湖水师，在五月间收复南昌之北的南康(星子)，抵住了九江的太平军，把南昌稳住。
曾国藩的第二个救星是弟弟曾国华，他奉了胡林翼之命，从湖北带四千名湘勇前来，在六月间复新昌(宜丰)，打通了湘、鄂、赣的交通线。
第三个救星是弟弟曾国荃，他奉了骆秉章之命，从湖南带二千名湘勇来，在十一月间收复萍乡，又会同周凤山收复万载。 太平军方面，石达开是个忙人，在毁了向荣的江南大营以后，又匆匆西上武汉对胡林翼作战。胡林翼已在武昌筑了一个长围，这是石达开所十分耽心的。
石达开一面把黄玉昆从江西调到湖北去，一面叫韦昌辉由安徽进入江西，指挥太平军在江西的军事。
韦昌辉在咸丰六年(1856年)五六月之交进入江西，于六月初五攻占饶州(鄱阳)，留下少数部队，率领主力转往瑞州(高安)。
在瑞州，韦昌辉被曾国华带来的刘腾鸿打败。这刘腾鸿也是湘乡人，号不中秀才，改做单帮生意，遇到溃兵行劫；他把溃兵骗进湘潭，交给县知事严办，冈此就获得巡抚骆秉章的赏识，给他五百名乡勇，叫他守岳州。其时，他当了罗泽南的部属，又作了罗洋南的学生。胡林翼也很喜欢他，派他跟随曾国华来江西。他一到江西，就拿下新昌(宜丰)、上高。
韦昌辉身经百战，竟然不是刘腾鸿的对手；打了十天，在七月初三丢掉了瑞州的南城，只剩下一个北城(瑞州有南、北二城)。
曾国藩叫刘腾鸿留在南城，负这一方而的专责。刘腾鸿筑了一道长濠，把北城围住，围到咸丰七年七月十四，终于把北城攻下。刘腾鸿在前一天中弹，这一天因伤重不治而死。
《细说清朝》九八、丁忧回籍
这时候，曾国藩已经不在江西，而回了湖南湘乡原籍。
他的父亲曾麟书在咸丰七年二月初四病故，他在十一日接到消息，当天启程奔丧，同时奏请咸丰皇帝准他丁忧开缺，所遗职务请以杨载福、彭玉麟二人继续办理。咸丰接到他的奏，谕令杨载福“就近统带”曾国藩的“水师兵勇”，彭玉麟“协同调度”；开缺一节免议，给假三个月治丧，“并赏银四百两，由湖南藩库给发，俾经理丧事，俟假满后再赴江西督办军务”。
闰五月，在假期将满之时，曾国藩再度奏请开缺守制。咸丰回答他：“著仍遵前旨，假满后即赴江西督办军务，并署理兵部侍郎，以资统率。俟九江克复、江面肃清，朕必赏假，令其回籍营葬，俾得忠孝两全，毫无余憾。”
六月初六，曾国藩又上一奏，坚请开缺守制。藉此机会，他向咸丰大发牢骚，诉说几年来所受的委屈，归纳起来共有三点：(一)部队官兵皆是“募勇”，虽能奏保官阶而不能挑补正规军的实缺，以致本人在名义上是兵部侍郎，而实权不如一个提督或总兵。(二)筹饷很困难，所有的地丁漕折，劝捐抽厘，各种项目，概须经由地方官之手，而地方官只晓得秉承他们自已的上司总督、巡抚，“臣职在军旅，与督、抚势分主客，难以呼应灵通”。(三)本人的关防，更换了几次，先是“钦命帮办团防查匪事务前任礼部右侍郎关防”，其后是“钦命办理军务前任礼部侍郎关防”，再其后是“钦差兵部侍郎衔前礼部侍郎关防”，最后是“钦差兵部右侍郎之关防”。“臣前后所奉寄谕，援鄂援皖，筹备船炮，肃清江面，外间皆未明奉谕旨，时有讥议。关防更换既多，往往疑为伪造。”
咸丰明瞭他的处境，为了安慰他，便批准“先开兵部侍郎之缺，暂行在籍守制”；同时命令他“江西如有缓急，即行前赴军营，以资统率”，“此外各路军营，如有需才之处，经朕特旨派出，该侍郎不得再行凟请，致辜委任。”
《细说清朝》九九、转败为胜
曾国藩在家守制，守到咸丰八年(1858年)六月初六。
在他守制期间，从咸丰七年二月到咸丰八年六月，江西战局发生了很大变化。
他离开江西之时，刘腾鸿尚在攻瑞州的北城，杨载福与李续宾尚在攻九江及其对岸的小池口。换句话说，瑞州北城、九江、小池口都仍在太平军之手。此外，抚州(临川)、临江(清江)、吉安、建昌(南城)四个府也均在太平军之手。
在他走后，各路湘军颇能各自为战，十分卖力。不仅刘腾鸿一军在七年七月攻下瑞州北城，被湖南巡抚骆秉章檄调出来的王錱，也率领“老湘营”三千人连胜太平军于吉安、宁都、新城、广昌、乐安。王錱在八月初四日病故，老湘营于王开化及张运兰指挥之下继续作战，在咸丰八年打下乐安、宜黄、崇仁、南丰等四个县，与建昌府。
建昌府是在咸丰八年四月二十四日打下来的。
以刘长佑为首领、以新宁人为主干的“楚勇”，屯集在临江府城西南三十里的太平墟(太平市)，于咸丰七年八月击败太平军石达开部二十万人。四个月以后，十二月初八拿下临江府城。 再过四个月，咸丰八年四月二十日，在萧启江及刘坤一的指挥之下，楚勇又拿下抚州府城。(刘长佑生病，已经回了新宁。)
这咸丰八年四月，是湘军与太平军之间胜负的转捩点。因为，不仅抚州与建昌两府易手，九江府的府城也被杨载福与李续宾打了下来。日期是四月初七。
杨、李二人是曾国藩的老部下。另一位老部下彭玉麟早就在咸丰七年九月冲出波阳湖，与杨载福的“外江水师”相会合。还有一位，平江人李元度，带着他的“平勇”扼守江西东部的贵溪，也守得不错。
剩下的，只有吉安一个府城。这吉安于曾国藩东山再起之时，被曾国荃“收复”。
《细说清朝》一○○、东山再起
曾国藩在湘乡荷塘都、大界里的家中守制，守到咸丰八年六月初三，接到骆秉章转来一道咸丰的谕旨：“著骆秉章即传旨，令该侍郎迅速赴江西，督率萧启江等星夜驰赴浙境，与周天受等各军力图扫荡。”原来，大部太平军因为在江西立不住脚，已经退人浙江，使得咸丰着了慌。
四天以后，六月初七，曾国藩由太界里启程，初九经过湘乡县城，十二日到达长沙，与骆秉章、左宗棠二人会谈，刻了一个新的关防：“钦命办理浙江军务前任兵部侍郎关防”。
他在长沙住了五天，于十七日乘船北上，二十四日到达武昌与胡林翼会谈，一共谈了十天十晚。
七月初三，他离开武昌；十一日，到达九江，与杨载福会谈；次日，到达湖口，与彭玉麟会谈；二十一日，到达南昌，与江西巡抚耆龄会谈；二十四日，离开南昌；八月初八，到达铅山县的河口镇。
中途，他又接到咸丰的谕旨，叫他“著即以援浙之师，由江西铅山直捣(福建)崇安，迅将闽省各匪一律扫除，毋少延误”。 十四天以后，八月二十二日，他在河口镇写信给曾国茎说：
“景德镇现尚有贼，我军为所牵制，目下尚难入闽。看来弟归(湘)不可久住，当速来帮我也。”
这时候，曾国荃刚刚攻下吉安，在准备撤兵回长沙。曾国茎在咸丰七年秋天便已接受江西巡抚耆龄的奏调，提前结束守制，到吉安外围，继周凤山之后，主持吉安的攻城战。他在当年的冬天，阻住了石达开的援兵于吉水县的三曲滩，将吉安城合围。围到八年八月，达到目的。
所谓“景德镇现尚有贼”，所指的不是别人，是杨辅清。杨辅清在咸丰七年被王錱击败，经由浙江退到福建邵武去。现在，咸丰八年八月，又由邵武回军，一口气经由泸溪(资溪)、金溪、安仁(余江)、万年、饶州(波阳)，到达景德镇，屯踞下来。
曾国藩派“老湘营”张运兰去打，打到咸丰九年五月，曾国荃由湖南家乡久住了一顿出来。到江西来帮哥哥的忙，带五千兵去加强张运兰的攻势，才在六月十五日赶走杨辅清。杨辅清向北走，经由祁门，退至徽州、宁国二府。
当杨辅清由邵武回师江西东北部之时，石达开也由福建南部的长汀回师江西的东南部，攻下瑞金；其后，占领了瑞金至南安(大庾)一带广大的赣南地区。曾国藩派萧启江率领楚勇去打，打到咸丰九年正月获胜，石达开去了湖南，在五月间开始围攻宝庆，七月间放弃宝庆，进入广西，驻扎在柳州西北的庆远(宜山)，准备由贵州进四川。
咸丰于九年五月二十一日宝庆刚被石达开围攻之时，便下了一道谕旨，叫曾国藩“即日统带”“江西、湖北、湖南、四川等兵”“由楚江前赴四川夔州扼守”。“至(于)江西景德镇之贼尚未剿平，......著曾国藩斟酌情形，咨商耆龄妥为布置，俾得迅扫贼氛，不致顾此失彼”。
曾国藩在六月初五日接到这谕旨，啼笑皆非。景德镇尚在太平军之手，如何能抽兵远去四川？曾国藩俟攻下景德镇以后遵旨西上，把大部分军队调回湖南，解宝庆之围，自己先到武昌。他向咸丰请求，不驻在夔州，而改驻宜昌。
他是在八月二十二日到达武昌的。在到达武昌之时，不但宝庆之围已解，而且四川已有骆秉章前往布置，这时并无危险。倒是安徽方面变得十分吃紧。自从英王陈玉成在咸丰八年十月大胜湘军李续宾部于庐州三河镇以来，对湖北与江西所旋的压力极大。湖广总督官文因此便上了一个奏章给咸丰，建议把曾国藩再调到东边去，赋以解决陈玉成的全权。咸丰觉得官文的意见颇有道理，于是又急急忙忙地叫曾国藩不必去宜昌，回师东向。
官文的意见本是曾国藩的意见。官文这时候对曾国藩与胡林翼二人业已言听计从，虽则在以前他根本不把这两人放在眼上。胡林翼确有一套化敌为友的功夫，而曾国藩至诚感人，关系也很大。
曾国藩在接到咸丰叫他回师东向的谕旨以后，在九月二十日写了一封详细的折子给咸丰，陈明进军方略。他说：“详考入皖形势，进兵须分四路，南则循江而下，一由宿松石牌以规安庆，一由太湖潛山以取桐城；北则循山而进，一由英山、霍山以取舒城，一由商城、六安以规庐州。南军驻石牌，则可与杨载福黄石矶之师联为一气；北军至六安州，则可与翁同书寿州之师联为一气。”
他又说：“臣所部不及万人......若将援湘之萧启江(楚勇)调回，则臣处可分为两支；若并将张运兰(老湘营)调回，则臣处可分为三支。一支之力，仅能会剿皖北；三支之力，则可专任皖南。”
咸丰回答他：张运兰及其老湘营已经追击石达开到了广西；只可以先把萧启江及其楚勇调回。而且，商城、六安的一路，最好依照袁甲三的建议，改由光州固始，绕到颍州(阜阳)，从后方包抄，以免对方因南边湘军大举，而大量北上，使得翁同书抵挡不住。
十月十七日，曾国藩再上一折，强调“围攻安庆”的重要。得了安庆，才可以屯驻滁县、和州，切断陈玉成与李秀成的联络，困死洪秀全。
《细说清朝》一○一、围攻安庆
他说，萧启江既不能来，张运兰及其官兵也需要三个月的休息。但是胡林翼与李续宜二人愿来帮忙，四路进兵的计划可以不变。
第一路，曾国藩自己负责，由九江斜对岸的宿松县，经石牌镇直捣安庆。第二路，多隆阿与鲍超负责，由太湖县，经潜山攻取桐城。第三路，胡林翼负责，由湖北的英山，经霍山，攻取舒城。第四路，李续宜负责，由河南商城，经固始攻取庐州(合肥)。 这计划开始实行之时，因石达开围攻宝庆，李续宜不得不率部回湖南。其他三路，曾国藩进驻宿松，胡林翼进驻英山，一时均无若何发展。多隆阿兴鲍超打太湖县，陈玉成率领大军来救，鲍超被围困在太湖东北的小池驿，多隆阿驻军新店不肯去救，说是怕牵动大局，其实是与鲍超闹意见，希望鲍超死。
胡林翼一面力劝多隆阿化除意见，一面调唐训方去小池驿救鲍超。同时，分了自己的兵八千，交给金国琛与余际昌，绕到潜山的天堂镇陈玉成军之后。
到了咸丰十年正月二十五日，多隆阿终于出动，攻击陈玉成在罗山冲的堡垒，鲍超也从小池驿突围，对陈玉成军夹击，金国琛与余际昌从后面分道并进。结果，杀了陈玉成军两万人，连克太湖、潜山二县。
不久，在三月初，李续宜于解了宝庆之围以后，率部前来宿松。曾国藩叫他驻扎在青草塥，帮多隆阿攻桐城。
三月底，曾国荃在家乡募了一万名新兵，开到宿松。曾国藩叫他负责进攻安庆外围的集贤关。
左宗棠一向在长沙，作骆秉章的上宾。骆秉章保驾他，作了“兵部郎中”(国防部的司长)，他在赴京的途中，绕道来见曾国藩，曾把他留下，留了二十天，天天与他“纵淡东南大局，谋所以补救之法。”
在曾国藩的鼓励之下，左宗棠打消赴京上任的念头，回湘阴去招募乡勇，自成一军加以训练，带到安徽宿松曾国藩的大营来。
曾国藩把留左宗棠的经过报告咸丰，力称左之为人“刚明耐苦，晓畅军机”。咸丰于是在发表曾国藩为“署理两江总督”之时，也任命左宗棠“襄办曾国藩军务”，把左宗棠的官职由兵部郎中升为四品京堂。
李鸿章此时已在曾国藩的幕中，虽则“劲气内敛，才堪大用”，却仍在受磨炼的阶段，未到“大用”之时。
另一位能干人李元度，以“江勇”(湖南平江的乡勇)起家，在江西身经百战，胜败参半，被曾国藩留在身边，担任营务处的职务(类似参谋长)。江勇五营，改由饶廷选带领。
曾国藩于咸丰十年五月初三宣布，就任两江总督。就任以后，派李元度回平江，再募江勇三千人来。同时，他决定留下曾国茎负责攻安庆。自己率领九千人，移驻长江以南的祁门县。 祁门属于徽州府．西南沿着昌江与景德镇为邻，东边有山路通黟县、休宁、歙县(徽州首县)，南、北两面均是大山，南为怀王山山脉，北为黄山山脉。
祁门就形势而论，骤看是十分安全，细看却是兵家所谓“绝地”。曾国藩以为把大营驻扎在祁门，进可以东出徽州(歙县)、宁国(宣城)，攻取芜湖，威胁南京，退亦可以立于不败之地，策应安庆外围的曾国荃。他不曾料到太平军会在东面堵住他的出路，在西南面切断他的粮道。
太平军李世贤部果然就在(咸丰十年)八月间由东面攻来，一连攻下了宣城、歙县、休宁，堵住东面的出路；李秀成部又在十月中旬一度由北面穿山，占了黟县县城一天，转向休宁。又有一股来自南赣的“边钱会”武装队伍，于十月二十五日攻占德兴，十一月初一日攻占婺源。
而且，在十一月初，黄文金部由某处来攻祁门东北的东流县，章下东流、建德(至德)，溯江而上进入江西，占领彭泽、都昌、浮梁、波阳。
当时的浮梁县城，位于景德镇之北。浮梁既失，祁门的粮道全被切断。
这一次，曾国藩的救星是左宗棠。左宗棠在湖南家多招足了兵，于九月十五开抵江西乐平，曾国藩叫他于必要时移驻景德镇。他见到事态严重，就大展雄才，于德兴失守以后的第六天克复德兴，婺源失守以后的第三天克复婺源。然后，回师扼守景德镇，挡住了由东流、建德南下直抵浮梁的太平军，而且克复浮梁。 差不多同时，彭玉麟拼死守住湖口，克复都昌。杨载福用水师在太平军的后面追击，也把东流、彭泽、鄱阳一一克复。
极惊险的场面，仗着有左宗棠、彭玉麟、杨载福，竟然化险为夷。
到了十一年正月二十六日，建德(至德)也被鲍超克复。鲍超是在浮梁之战以后。被曾国藩由祁门抽调出来，去景德镇增援左宗棠的。
曾国藩于是采取攻势，在二月十一日攻克休宁(实际负责作战的是张运兰)。三月初二，他集中了九千兵在休宁；初四，大举进攻徽州(歙县)，不利。初十，再从休宁出发，十二日大败，损失了四营以上。
曾国藩于集中大军在休宁之时，在次日(三月初三)便已接获景德镇失守的噩耗。他本应放弃进攻歙县的计划，抽兵南下，帮助左宗棠夺回景德镇。
景德镇是在二月三日丢的。守将是皖南镇总兵陈大富，兵力有四千人，原驻建德(至德)。因为太平军李世贤部于二月中旬攻占婺源，左宗棠不得不在“甲路”、“涌山”等地对李世贤作战；景德镇需人接防，才把这陈大富从建德调了来。
陈大富于二月二十日开到，左宗棠拔营向鄱阳进发，连胜太平军于袁家湾、太园、范家村等地。太平军却在二月三十日乘虚由柳家湾冲进了景德镇，陈大富全军覆没。左宗棠被阻在金鱼桥，三面皆敌，无法援救，只能朝着乐平县的方向走。沿途，与太平军的追兵打了几仗。
左宗棠在三月十一日到达乐平，吩咐当地的团练守城，自己扎营在城外。太平军在第二天赶到。统率太平军的，是侍王李世贤本人。
第三天，三月十三日，李世贤向左宗棠进攻：“层层布阵，宽广十余里，(营队)可数者约四十余处，旗帜林立，掩映山谷”。 左宗棠命令全军，“凭壕植立，寂静无哗”，候敌人逼近，才“排枪轰击”，于是李军一浪一浪地冲来，“屡却屡前”，左军一排一排地轰去，“再接再厉”。从正午打到深夜，从深夜打到天明。 天明以后，左军采取攻势。结果是，“李军大败，李世贤改装潜遁。”
事后，据被俘的李军士兵说，李世贤在拿下景德镇之时，本已准备北取祁门，中途改变计划，移军南向，对左宗棠追击。
曾国藩总算又逃了一关。他不敢再贪恋祁门的“安全”，于三月二十六日拨营，移驻东流，在四月韧一日到达。
这是一个明智的决策。东流在安庆的正南七八十里，在长江的东边。对岸是望江县。望江与芜湖之间的石牌，此时已在清军手中。曾国藩驻扎在东流，不仅可以与江上的水师相呼应，而且由于不必再置重兵在祁门，可以抽出鲍超的霆字营，作为流动性的游击队伍，支援各方。
原来，负责围攻安庆的曾国茎，已经被太平军英王陈玉成“反围”。曾国荃只得于所筑(围安庆的)“长濠”的后面，加筑一道“外濠”，以保护自己的营垒。
陈玉成的总部，设在集贤关。曾国藩派鲍超会同胡林翼部下的副将成大吉，向集贤关进逼。陈玉成在四月初十放弃集贤关，退守桐城，留下四千人在集贤关外的赤冈岭。这四千人分屯在四个营垒。鲍超与成大吉打了二十几天，把这四个营垒的四千太平军官兵完全消灭。
鲍超奉调去江西，帮助左宗棠对李秀成作战。李秀成之所以进人江西，也无非是为了解救安庆之围。
李秀成在咸丰十年(1860年)，为了解救南京之围，曾经由皖南突击杭州，再回皖南突袭江南大营，获得全胜，进占常州、苏州，几乎囊括了上海。
其后他为了解救安庆之围，又进行了一次大迂回。十年十月十九日，他由栈岭隘口，穿过黄山山脉，突袭黟县，吓坏了刚驻祁门不久的曾国藩。由黟县，他移师东向，到徽州(歙县)与李世贤会面。十一月十九，他到了婺源；二十八，他到玉山。由玉山，他进入浙江，连破常山，江山；然后在咸丰十一年一月间再入江西，攻玉山，广信(上饶)，庆丰，建昌(南城)，抚州(临川)。在三四两月，他占领了祟仁、樟树镇、吉水、峡江、瑞州(高安)，分兵攻奉新、靖安、义宁(修水)。
到了五月间，他留下重兵守樟树镇与瑞州，自己进入湖北，指向武昌，打下了兴国(阳新)、大冶，分兵进攻通山、崇阳。
湖北巡抚胡林翼原已率兵出境，帮曾国藩打安庆，这时候只得带了精锐的成大吉一军回来湖北。
李秀成于是又突然掉转方向，再到江西，沿途招引了“新兄弟”二三十万人之多，也接应了由广西转回江西的石达开旧部汪海洋、朱衣点等的部队一二十万，声势十分浩大。
清方的江西巡抚是毓科。此人的前任是耆龄，耆龄的前任是文俊，文俊的前任是那位被曾国藩参掉的陈启迈。毓科不会打仗，也没有什么好兵，除了左宗棠的七千人以外。
所好，曾国藩已在四月间被任命为两江总督，保卫江西可说也是曾国藩“义不容辞”的事。曾国藩虽一心想先把安庆攻下，却不得不先后忍痛，让胡林翼带了成大吉回援湖北，让鲍超率领名震全国的霆字营去救江西。(结果，减轻了对安庆太平军的压力。)
这鲍超并非湖南人。他籍隶四川奉节，最初是向荣麾下的一名兵士，跟随向荣到广西打仗，败了以后来湖南，流落在长沙。其后，他入了湖南的协标(协台的标兵)，被曾国藩赏识，调在新设的水师充任“哨长”。从此，无役不从，积功升至“守备”。咸丰五年，随胡林翼“收复”武昌，升为“参将”。胡林翼派他去长沙招三千名乡勇，自成一军，称为“霆字营”(因为他的号叫做春霆)。 咸丰七年以后，他转战湖北、江西、安徽，参加了小池口、黄腊山、麻城、黄安、太湖等若干次的战役，升到绥靖镇“总兵”，加“提督衔”。他和多隆阿有意见，告假回家。曾国藩安慰他，叫他增募新勇，扩充霆字营至一万人。他果然就用了这一万人，于咸丰十年十月赶到祁门，救了曾国藩。
其后，曾国藩移驻东流，“抽出”霆字营为“游击之军”，颇得其力。十一年六月，江西受李秀成攻得紧，所以曾国藩就派他去江西。
他在七月初三日到达九江，李秀成“闻风”退出瑞州、奉新、靖安、安义。十六日，他由瑞州开向丰城；二十四日，与李秀成的主力对阵，大胜，杀了七八千人。
七月十六日，咸丰皇帝死于热河承德的行宫。
二十四日，鲍超战胜李秀成于江西丰城。八月初一日，曾国荃打下安庆。
《细说清朝》三、他们搬了家
这时候，斡朵里部业已由于“七姓野人”的侵逼，搬了家，搬到朝鲜境内图们江右岸的镜城。猛哥帖木儿在明宣宗宣德八年于升封为右都督以后不久，对“七姓野人”作战，阵亡。他的残部由弟弟凡察及儿子董山率领，再迁于镜城西南的东良(茂山)，三迁于鸭绿江之北、佟家江之西一带。明英宗准许他们迁来，并且把建州左卫分成两个单位(增设一个建州右卫)，以凡察为右卫的都督同知，董山为左卫的都督同知。
董山于天顺八年被明英宗升封为右都督。他瞒了英宗，接受朝鲜国王李裪的“中枢密使”的封号，并且在明宪宗成化三年纠合了那已经迁到佟家江的建州卫都督佥事李满住(阿哈出的孙子)，闯进(今日本溪县之南的)连山关，在抚顺开原间肆行劫掠。结果，他被明宪宗的官吏逮捕，正法。两年以后，他的儿子脱罗(妥罗)受明朝招抚，受封为建州左卫都指挥同知；又过了几年，升封为都督佥事。脱罗在明武宗正德元年病故，袭职的是脱罗的儿子脱原保(妥义谟)。脱原保以后，在明世宗嘉靖年间，左卫的都督佥事叫做章成古鲁哥。这章成古鲁哥是否为脱原保之子，待考。
脱罗的一个弟弟，叫做石豹奇，在清朝的官方历史上写作锡宝齐篇古。篇古二字可能是“百户”的译音。石豹奇的儿子叫做福满。福满有六个儿子，六个城寨，每一个儿子住在一个城寨，作为城主(贝勒)。其中以第四个儿子觉昌安为最能干。他住在中央的一城赫图阿喇(今天新宾县城之西的三十里)。他的五个弟兄的城，分布在赫图阿喇周围，最近的有四五里远，最远的有二十里远。
《细说清朝》一○二、节制四省
三天以后，鲍超再胜李秀成于抚州，解了抚州之围。李秀成无心恋战，向浙江的方面撤军。鲍超追他，追到贵溪之东的双港，又胜；最后，在二十三日，追到上饶西南铅山，大胜。
清廷在九月间发生政变。辅政的大臣载垣、端华、肃顺先后被捕；慈安太后钮祜禄氏与慈禧太后叶赫那拉氏“两宫垂帘听政”；咸丰的同母弟恭亲王奕訢被封为“议政王，在军机处行走”。 于恭亲王的大力支持之下，曾国藩在十月间被“两宫皇太后”授权“统辖江苏、安徽、江西三省并浙江全省军务，节制提督巡抚以下各官”。同时，左宗棠也被授权“赴浙江剿贼，调遣提镇以下官”。
浙扛这时候，大部分已为太平军所占。侍王李世贤在江西被左宗棠击败后入浙，于十一年四月攻下常山，江山，开始围攻衢州；五月攻下寿昌、金华、龙游、汤溪、严州(建德)、武义；六月攻下遂昌，松阳、永康。到了九月，李秀成在江西被鲍超击败入浙，又把浙东浙西许多县份一一占领，只剩下衢州、温州，湖州、杭州。杭州终于在十一月二十九日被攻破，巡抚王有龄自杀。 清廷在十二月二十目任命左宗棠为浙江巡抚；十天以后，加授曾国藩为“协办大学士”。
曾国藩定下战略：先取安徽中部，次取浙江。安徽中部的战事，分作江北，江南两路。江北由曾国荃负责，以无为州、运漕镇、巢县、含山、和州为进兵路线。江南由鲍超负责，以池州(贵池)、铜陵、荻港、鲁港、芜湖、太平府(当涂)、采石矶，为进兵路线。
江北一路的北边，有太平军的重镇庐州及其守将陈玉成。江南一路的南边，有太平军的重镇宁国府(宣城)及其守将杨辅清。这两人均不是容易对付的。两人以外，守池州的刘官方，守青阳的古隆贤，守广德的童容海，都很够瞧。
关于浙江，尽管清廷再三对他催促，曾国藩倒并不十分着急。曾国藩认为，必须鲍超先把皖南肃清，然后才能够分兵由皖南的广德与徽州，两路入浙，帮助左宗棠的由上饶玉山入浙的一路。而且，左宗棠的兵太少，必须等候蒋益澧的一支湘军由广西调来，才有采取攻势的可能。
清廷同时也催他派兵加强镇江的防务，催他派兵去救上海，打苏常二州，又要他派兵由扬州之东的所谓“里下河”一带(泰兴、靖江、如皋、南通)，“拊江南之背”，渡过长江，袭取常熟、无锡，等地。
曾国藩指挥若定，颇有“将在外，君命有所不受”的气魄，不慌不忙，按照自己的计划，一步一步地去做。
曾国藩原已于打下安庆以后，派杨载福率领水师，会同两营陆军，取得长江南岸的池州与铜陵；又派了曾国荃指挥长江以北的陆军六千人于九月间攻克长江以北的无为州、运漕镇、东关。 曾国荃到达东关以后，奉命停止前进，分兵驻守所克城邑；其后，被派回湖南，增募乡勇。
这一年的冬天，捻党首领李昭寿在滁州受钦差大臣胜保招安，改名李世忠。李世忠于冬夏之交，替清朝攻下天长、六合、浦口、江浦，与驻防扬州的都兴阿、驻防镇江的冯子材连成一气。
清廷希望曾国藩直捣南京，曾国藩却并无动作，静候(一)鲍超一军在长江南岸的进展；(二)曾国荃把新募的乡勇训练好，带来安徽。
同治元年(1862年)三月，鲍超大胜古隆贤于池州之正东，及铜陵之东南的青阳，杀了一万三千多人，占领青阳。
曾贞干(国葆)于五天以后占领铜陵东北的繁昌，十五天以后占领繁昌东南的南陵。水师在三月二十七日占领繁昌东北的鲁港。
四月十五日，陈玉成的庐州被多隆阿攻破。陈玉成去寿州，投奔苗沛霖，被苗沛霖出卖，捆送胜保的军营，其后于押解赴京的途中被凌迟处死。
庐州之破，给曾国藩增加不少勇气。恰好，曾国荃及其新募之勇已于二月中旬来到，换出驻守各地的旧勇，大举东进。在三月二十日占领巢县、含山，二十二日占领和州。
其后，配合了黄翼升的若干水师，曾国荃越过芜湖，于四月二十日占领太平府(当涂)，五月一日占领南京正南的秣陵关。 曾贞干于是也在四月二十二进占芜湖，二十八日占领南京西南的板桥。
鲍超在六月十五日战胜杨辅清于宁国(宣城)，加以占领；二十一日至二十八日，连克石埭、太平县、泾县。在此期间，他又接受童容海的投降，不战而获广德。童容海是石达开旧部，本不姓童，姓洪。这时候恢复原姓。他的部队有六万人之多。曾国藩只准他留下三千，其余一律遣散。(结果，在八月底闹了一个乱子，有两万人出走，投奔杨辅清；余下的四万人内讧，洪容海丢掉广德，带一万多人去宁国，投奔鲍超。鲍超仍旧依照曾国藩的前令，只准他留三千人，编为五营，其余一律遣散。)
李秀成从苏州赶回南京，把曾国荃的大营包围了起来。从闰八月二十日开始，一共围了四十六天。
曾国荃守得很好，李秀成撤围而去，却派了洪春元去安徽，夺回含山、东关、巢县。
曾国藩写信给曾国荃，说他孤军深入，本极冒险，切不可屯兵坚城之下，蹈向荣与和春的覆辙，不妨藉着追击洪春元为名，派少数人去追，带多数人撤退到芜湖附近的金柱关，与水师保持联络。然后，转兵东向，由高淳、溧阳、以攻宜兴，叫鲍超从宁国(宣城)出发，由建平(郎溪)、广德，以攻长兴，同时分拨若干水师，驶入内河、小湖，三路并进，打到太湖边为止。
曾国荃不肯听从大哥的话。这一位“九弟”个性甚强，从不服输。他认为既已扎在南京近郊的雨花台，固守了四十六天未破，决无撤退之理。
鲍超那一边，确也并无力量对太平军采取攻势，怎能够由宁国府府城(宣城)而建平，而广德，而长兴？而且，宁国府府城之南的宁国县，巳于九月初六日失守。
来攻的太平军首领是古隆贤。此人的任务是进入江西。他在十月十九日打旌德，失败。转而向西，打太平县，于十一月初三加以占领。再转而南，穿过黟县所属的西埭镇，于初七占领祁门。三天以后，左宗棠所派的援兵开到，将他逐走。
