于无可奈何之中，张宗禹只得实施一次“盘旋”的战略，由直隶退回豫北(张曜挡他不住)，由豫北进入鲁北(李鸿章挡他不住)，又由鲁北进入直隶东南，在(同治七年)四月间攻下南皮，穿过沧州、静海，直捣天津。
左宗棠取得李鸿章的合作，由李鸿章率部固守运河，把张宗禹限制在运河以东，自己率部对张宗禹追击。张宗禹到沧州以南，左、李开坝放水，把张宗禹逼到徒骇河与黄河之间，在六月底将他击溃于荏平县境内，张宗禹自杀。于是，所谓“西捻”也全部消灭。
《细说清朝》一○六、杜文秀
在清朝的官方文书上，杜文秀是所谓“云南回匪”的首领，其实此人是反清的志士。
他写了一副联语，挂在自己的门口：“天生英雄，扭转中原世界。地出豪杰，夺回胡儿乾坤。”
另有一副对联，挂在他的三和殿的殿廷：“按三尺剑以开基，重见汉高事业。着一戎衣而戡乱，依然周武功勋。”可见他的抱负，是要追步周武王与汉高祖的后尘，革清朝的命，为中国的历史另开新页。
他在咸丰五年(1855年)七月起事，于二十六日攻占云南省的大理府。起事以前，他曾经于道光末年林则徐担任云贵总督期间，帮助林则徐平定保山县的汉、回纠纷。林则徐为人公正，以“只问良莠，不问汉、回”为原则，惩办了若干肇事的回人，也惩办了若干肇事的汉人。
在林则徐以后担任云贵总督的，从道光二十九年七月到咸丰五年七月，先后有程矞采、吴文铬、罗绕典、恒春。这几人均无应变之才，以致永昌府各县的汉、回纠纷平而复起，日益恶化。不但永昌府如此，东川府也是如此。
杜文秀起事以后，自称“总统兵马大元帅”。他并未与太平天国取得联络。在他所设的官职之中，有所谓“大司衡”、“大经略”、“大冢宰”，均与太平天国的官制不相符合。
拥护他的人，以伊斯兰教徒为多数，但汉人也不少。他颇有军事才干，占领了大理府不久，便把云南省的西部都掌握了。云南省的东部与南部也有很多的地方，被若干回教徒首领占据，虽则这些首领不完全是他的部下。
云贵总督恒春，感觉得连省城昆明也难幸免，便在咸丰七年七月自杀。另一总督吴振棫，向围攻昆明的回众求和，请他们撤到外县去，同时杀了几个仇回的汉人绅士，表示诚意，然后奏报清廷，说“回民就抚，省城解严”。这样，他混到咸丰八年十一月，藉病辞职。
总督的职务，由巡抚张亮基署理。张亮基保荐按察使徐之铭升任巡抚。这徐之铭却在咸丰十年十月把张亮基挤走。清廷任刘源灏为总督，刘不敢来云南到任。清廷另外派了一位满洲人福济，福济也不敢到任。其后，派潘铎；这潘铎被人据昆明城内五华书院的回民所杀(同治二年二月)。徐之铭让回教的“掌教”马德新搬进总督衙门，发号施令，被清廷知道，下旨拘捕他押解来京，但不曾有人能够执行此项圣旨，虽则新任的总督劳崇光已经大着胆子来到了昆明。
徐之铭与劳崇光先后病死，清廷在同治六年二月发表张凯嵩与刘岳昭二人分任总督、巡抚。
新任的总督张凯嵩，正如以往的刘源灏与福济一样，也是不敢到任。清廷升任巡抚刘岳昭为总督。
刘岳昭是湖南湘乡人，名将萧启江的旧部，身经百战，在江西、湖北、四川、贵州及滇黔交界处均立过不少战功。
到了云南不久，他保荐岑毓英当云南巡抚。岑毓英是广西西林人，出生于土司家庭，在故乡办过团练，勇悍善战。从咸丰六年开始，他已被调到云南对杜文秀作战，积功由“县丞”历任知县、同知、知府、布政使。
岑毓英打下不少城池，在同治元年招安了一个伊斯兰教徒领袖马如龙。马如龙献出所占的八县(新兴、昆阳、晋宁、呈贡、嵩明、罗次、易门、富民)。清廷发表马如龙为一名总兵；次年，升他为署理云南提督。
有了总督刘岳昭在上统率，岑毓英、马如龙二人对杜文秀的厮斗，就慢慢地占了优势。
岑毓英最初由广西来云南，只带了一千名粤勇。他认为必须编练滇勇，才能解决杜文秀。编练到同治七年，有了六万名左右。他向清廷报告，云南原有的绿营，照规定应有三万七千多人，事实上“所存不及十一”，而且“将不知兵，兵不知战”。他准备尽量抽选滇勇，补足绿营的兵额。剩下的，成立纯滇勇的部队四十营(约两万多人)，分作两班随同绿营作战。
经费方面，他估计单单军米一项每年就需要二十万石以上。绿营的官兵薪饷，每年在六十五万至七十万两之间。滇勇的薪饷，不在此数之内。他建议就全省的田赋，按亩酌加百分之一二十，称为“厘谷”，与雷以诚、曾国藩所创行的“厘金”精神相同，虽则厘金的对象是商货，不是田赋。此外，他希望别省照旧拨给云南“协饷”，能增加到每月六万两更好。浙江、广东、江西三省的协饷，不妨改由距离较近的四川、湖南等省代拨，于这两省应解京城的“京饷”中扣除。这些建议，均被清廷采纳。岑毓英又认为，对杜文秀作战的战略，应该有所确定，先肃清迤东及迤南，然后再全力对付大理府所在的迤西。这战略，总督刘岳昭也很赞成。
在种种方面，岑毓英均很像是一个小规模的曾国藩。杜文秀的能力与品格比洪秀全高，所苦的是局促于多山的迤西，又未能取得全省回民有始有终的合作，更不曾争取得多数汉民的拥护。他没有把反清与仇汉的两个目标划分清楚。倘若完全反清，而断然割舍若干纯以仇汉为目的的徒众，则他的成就可能在洪秀全之上。
他割据一方有十八年之久；于丧失迤东、迤西以后，在同治十一年(1872年)十二月守不住大理，服毒自杀。他的三个儿子均死于清军之手。一个女儿其后流落在上海，遭遇极苦。他的余部，死守迤西的其他城塞，守到同治十二年的年底，全被消灭。
《细说清朝》一○七、东干
陕西、甘肃两省的回教同胞，俗称“东干”，与新疆的所谓“缠回”颇有分别。“缠回”二字，是清朝人惯用的名词，到民国初年还有人用。它含义笼统，兼带轻蔑，反映清朝官吏对边胞情形的无知与自大。
“东干”一词的来源，尚待考定。陕甘两省的回胞，在种族上并非维吾尔人或阿拉伯人，虽则带有些微的维、阿两族的成份。其中的极大多数，本是“随教”的汉人或其子孙。因此，在语言上也没有不同于其他汉人的地方。所不同的，只是在宗教方面以及与宗教有关的饮食、服装而已。
在唐朝的文件与书籍上，维吾尔人被称为“回纥”或“回鹘”，其后衍为“回回”。回纥人初来内地之时，所信的并非回教；他们的老家也并非今日的新疆，而是外蒙古的色楞格河流域。
到了唐朝末年(公元九世纪中叶)，回纥帝国瓦解，一部分回纥人迁徙到新疆吐鲁番，另一部分人迁徙到甘肃的河西走廊。迁徙到吐鲁番一带的称为“高昌回纥”，因为那里有过一个高昌国；迁徙到河西走廊的称为“沙州回纥”，因为那里有过一个“沙州”。
高昌回纥在宋朝的时候，接受由波斯、阿富汗传进来的伊斯兰教，一转面传授给沙州回纥，再转而传授到甘肃、陕西、以及宁夏，与沿着大驿道直至内地各省的不少汉人。
阿拉伯人以传教士与商人的身份而来的也有，虽则不多。(在唐、宋两朝来华的阿拉伯人，多数由海路而来，定居于泉州、广州。)
清朝时候的满族，忘记不了自己是征服者，对汉族始终未能掩藏其优越感，对回族以及信仰回教的东干，更免不了有许多引起反感的态度与措施。更不幸的是，与东干杂居而不愿“随教”的若干汉人，也常常有意无意地作出令东干憎恨的事情来。尤其不幸的是，东干本身一方面有坚强的宗教组织，一方面在这坚强组织的内部发生了所谓“新教”与“旧教”之争。
清廷的一贯政策是维持旧教，摧抑新教。在乾隆年间如此，在咸丰、同治之时也是如此。于是新教徒只有一条路可走：反清。
反清，本不一定要仇汉。事实上，东干在顺治年间曾经于志士丁国栋及米喇印的领导之下，支持过明朝的延长王朱识瑏。在同治元年，太平天国扶王陈得才率兵进入陕南之时，也曾经获得某些东干的援助。
但是，这一年四月，在陕中的渭南县却突发了任五的事变。 任五到过云南，参加了杜文秀的反清革命。这时候回到陕西，利用几百名曾经随同河南巡抚严树声在河南作战而被遣散的“回勇”，占领渭南县城，屠杀汉人。然后，渡过渭河，围攻同州(大荔)。
七月间，凤翔的回民也集了起来，围攻府城。
次年二月，甘肃的固原、平凉、宁夏、灵州，均入于新教教主马化龙之手。
较此稍前，西宁一带的回民，于马桂源的鼓动之下，已经把知府与总兵赶走。河州的马彦龙、马占鳌则不但占了州城，而且吞并了狄道(临潭)。甘肃东部的重镇庆阳与平凉，也成了回众进攻的目标。
陕甘总督乐斌，对清廷一味蒙蔽，受到查办，遣戍新疆。经手查办他的军机大臣沈兆霖，被任命为署理陕甘总督，在西宁打了几次小胜仗，于同治元年七月在平番县二道沟被大水淹死。继任的熙麟。畏葸不前。清廷派多隆阿以“钦差大臣督办军务”的资格去，于同治三年四月死在盩厔城下(对蓝朝桂作战之时)。 一个月以后，熙麟免职，由杨岳斌(载福)继任。杨是水师名将，自知陆战非其所长，请求开缺，清廷不准，于是回湖南募集新兵十营(五千人左右)，在同治四年六月到任。
这时候，陕、甘两省原有的绿营军队，已无一人可用。各省的所谓援军，一人未来。多隆阿带去两支湘军：“帮办军务”雷正绾的一支，打下平凉与固原以后，于同治四年七月在金积堡被马化龙击败，哗变；甘肃提督陶茂林的一支，解了凤翔之围，打下汧【qian】阳陇州，却也在同治四年五月间一溃于会宁，九月间再溃于安定(定西)。
哗变与溃败的最大原因是欠饷。甘肃早已“库空如洗”，全靠四川与陕西送来些微的协饷。到了次年春天，当杨岳斌去外县视师之时，兰州城的督标(总督所辖的绿营)也闹了起来，包围总督衙门，杀害官长，强迫布政使林望向清廷上奏，控诉杨岳斌(厚待)湘军、歧视绿营。
清廷下旨，将杨岳斌革职留任。杨岳斌藉此称病辞职，清廷发表左宗棠继任，于左氏到任以前，暂由穆图善署理；不久，又加给左宗棠“以钦差大臣，督办军务”的名义。
左宗棠首先与各省当局商妥协饷，然后在六年六月到达潼关，调来刘松山的老湘营、郭宝昌的淮军及其本人的老部下刘典等人的军队，与亲兵三千多人、水师一千人、黑龙江马队一千多人，共有一百个营(五万人左右)。
然而，左宗棠一时无法以全力消灭反清回民；反之，必须以大部分的力量应付张宗禹的“西捻”。
一个年头以后，西捻完全消灭，左宗棠再度来陕，才展开对反清回民的猛烈攻势，同时解决聚众反清的汉人武装，如董福祥。董福祥以花马池(盐池)为根据地，占了陕北十几个州县聚集了十几万人，声势浩大，正在进攻绥德与榆林。
左宗棠派刘松山去，于十一月间在绥德之西的大小理河与董福祥决战，大胜；追到靖边县东北的镇靖堡，董福祥投降。左宗棠把董的精锐改编的福字营，归刘松山指挥。
左宗棠的次一目标，是甘肃东北部的庆阳与庆阳西南的董志原。那里有十八个小首领，都是很厉害的。左宗棠调动雷正绾、黄鼎等人，在同治八年四月轻轻一击，将他们击溃。
左宗棠的第三目标，是灵州(灵武)附近的郭家桥。这是残余的反清陕西回民所聚集的所在。担负这一方面作战任务的是刘松山。刘松山旗开得胜，在同治八年八九月间打下了郭家桥，追击这些陕西回民至吴忠堡。
住在金积堡的马化龙，于一度反清以后，本已接受署理陕甘总督穆图善的招抚，见刘松山大军压境，便始则出面调解，继则再度反清，把吴忠堡的陕西回民引进灵州城固守。于是，刘松山又攻灵州；在攻下灵州以后，转军进攻金积堡。
攻到同治九年正月，金积堡外围的寨子已被刘松山攻下很多，剩下一个叫马五寨的寨子却很难攻。守寨的人，叫做马五。刘松山胸部中了一弹．当天气绝身死。死时，寨子被他的部队攻下。
刘松山在湘军将领之中，是佼佼者。曾国藩于打下南京以后，裁了大部分湘军，只留下他的九千多人未裁。曾国藩认为一般的湘军“暮气已深”，惟有他的这一支纪律严明，仍堪作战。
他于咸丰三年二十岁的时候，在家乡(湖南湘乡)参加王錱的老湘营，追随王錱平定湖南南部；在咸丰七年打下湖北的崇阳通山，自领一营(三百多人)；其后，随王錱在江西作战，打下广昌、乐安。王錱死后，他跟随张运兰，打下建昌(南城)、安仁(余江)。
咸丰九年，他守住祁门，又“克复”了景德镇；咸丰十一年，曾国藩攻徽州，惨败，全靠他稳住军心，才不致成为俘虏。从此，曾国藩对他以“国士”相待，优礼有加。
不久，他收了徽州，攻下休宁。同治元年，他收了旌德。张运兰因病辞职，他和易开俊分领其众。同治二年，他在泾县与宁国府一带作战，获得若干次的小胜。同治三年，他“肃清”皖南。 曾国藩北上攻捻，别人不愿意同去，他“投袂而起”，“立率所部渡江”。这真是“待我以国士者，我亦以国士报之”了。、
同治五年，在对捻作战于江苏、河南两省以后，“当诸将观望”之时，他“毅然自任，率师西行”，进陕西，追张宗禹。同治六年，解同州、朝邑、西安之围，又续追张宗禹，直至直隶。同治七年，他比张宗禹抢先一步，到达保定；与张宗禹大小数十战，直到张宗禹在荏平投水自杀为止。
此后，便是与反清回民作战的一段事业了。他在军十余年，聘有未婚妻而不肯请假回乡。女家等候到同治七年，把未婚妻送到洛阳来，才完成喜事。婚后十天，他又去了前线。战死时，年纪仅有三十七岁。
左宗棠把刘松山的部队交给他的侄儿刘锦棠接管。刘锦棠矢志复仇，继续攻打金积堡，终于打下，活捉马五。
捉了马五以后，包围金积堡，打马化龙。河州的回众首领马占鳌为了援救马化龙，派人袭击甘肃的中部。刘锦棠将他们打退；然后，又以全力攻金积堡，攻到冬天十一月，马化龙缴械投降。
左宗棠杀掉马化龙及其几十名高级部将。这是“杀降”，极不应该。刘锦棠也乘此机会，把当初在马五寨开枪打中刘松山的马八，捆来放在刘松山的灵堂中活祭。(这是很野蛮的行为；双方既然作战，开枪打中敌人，或是被敌人打中，是常有的事，刘锦棠怎可以当作私仇来报呢？)
河州的马占鳌，在马化龙失败以后无心恋战，于是也缴械请降。左宗棠对他却特别宽大，不仅不杀，仍让他保存原有的势力。
有一个陕西领袖白彦虎，左宗棠不肯放松。白彦虎在陕西失败，率领部下投奔马化龙，马化龙失败以后，转移到西宁附近的大通。左宗棠在同治十一年，派刘锦棠统带八十营兵士去打，才打垮这白彦虎。
白彦虎本人又逃往肃州(酒泉)。左宗棠亲自出马，赶到肃州来打。打到九月间，肃州的回民首领马四缴械投降。于是，左宗棠“拔出”若干汉民，又演一次杀降的惨剧，杀得比金积堡之役更多。然而，白彦虎又已于事前逃走，逃去了新疆的乌鲁木齐。
《细说清朝》一○八、新疆
新疆那时候尚未建省。清廷在惠远城设有“伊犁总统将军”一人，节制天山南北。
将军之下，设有参赞大臣四人，分别驻在惠远、塔尔巴哈台(塔城)、乌鲁木齐、喀什噶尔(疏附)。
乌鲁木齐于乾隆三十八年改称迪化州，参赞大臣改称都统。这迪化州及其所辖的阜康县、孚远县、奇台县、昌吉县、绥来县，被划入甘肃省。(阜康等地改县，是在乾隆四十一年。)
与迪化州同样被划入甘肃省的，有镇西、吐鲁番(及其所辖的鄯善县)、哈密、库尔喀喇乌苏、精河等六个直隶厅。
这一州六厅，是当时的所谓“甘肃新疆”(甘肃的新疆)，简称“新疆”。
伊犁在行政上自成一个特殊单位，不属于甘肃省，因此也就不在所谓“新疆”以内。
伊犁共有九城：惠远以外，另有绥定、惠宁、广仁、瞻德、拱宸(霍尔果斯)、熙春、塔勒奇、宁远(伊宁)。九城以外，塔尔巴哈台直隶厅也归伊犁管辖。
哈密与吐鲁番均在天山山脉以南，却不在所谓“南疆”以内。南疆在当时称为“回疆”。重要的城市有八：东边的四个(东四城)，是喀喇沙尔(焉耆)、库车、阿克苏、乌什。西边的四个(西四城)，是喀什噶尔(疏附)、英吉沙、叶尔羌(莎车)、和阗。八城的重要性，颇有出入，因此也分别设有参赞大臣、办事大臣、领队大臣不等，统归驻在喀什噶尔的参赞大臣统辖。
专管行政的官，在迪化州及镇西等六个厅，以及迪化所辖的各县，有知州、同知、知县等等。专管军事的官，在迪化州有提督，在伊犁与喀什噶尔有总兵，在其他各厅、各县、各城，有副将、参将、都司、守备、游击不等。
在白彦虎逃来新疆以前，东干便已有人在此举起反清仇汉的旗帜。
同治三年五月，金相印在喀什噶尔勾引浩罕国安集延部酋长阿古柏，进入中国国境，进攻喀什噶尔城，拥立张格尔的儿子、大和卓博罗尼都的曾孙布士尔克为王。
六月，在库车的东干人响应，杀了清廷的办事大臣满洲人文艺及维吾尔人爱默特。
七月，吐鲁番地区也有东干人起事，占了托克逊城。
八月，清廷的乌鲁木齐参将索焕章叛变，杀害他的上司提督业布冲额，拥立一个来自西宁的阿訇妥明。妥明僭号“清真王”。 九月，阿古柏攻下叶尔羌，清廷的参赞大臣奎栋被杀。喀什噶尔与英吉沙尔的清廷驻军投降阿古柏，这两城也入了阿古柏之手。
十月，清真王妥明攻下乌鲁木齐的满城，打走清廷的都统平瑞。平瑞逃到绥来，被杀。
十一月，阿古柏攻占阿克苏与乌什；妥明攻占了库尔喀喇乌苏。
十二月，妥明的军队向西，进攻伊犁；向东，进攻济木萨(孚远)。两地的清军均吃败仗。
同治四年正月，妥明攻下济木萨；事先，攻下济木萨之东的古城子。四月，攻下奇台，杀了清廷的领队大臣惠庆。六月，肃州的东干分兵攻下哈密，杀了清廷的办事大臣札克当阿。
这时候，崛起了一位汉人领袖徐学功。他是乌鲁木齐的农家之子，练得一身武艺，看见汉人到处被屠杀，便号召一些汉人对东干人作战。他的部队逐渐发展，竟有五千之多，人人有马。 清廷的奇台知县恒颐与他合作。于是，他便在九月间一举而收复了奇台与济木萨。哈密办事大臣文麟，也在其后不久收复哈密。
同治五年五月，妥明攻占塔尔巴哈台(塔城)与伊犁，杀了参赞大臣武隆额与将军明绪。十二月，肃州的东干再度攻占哈密。 同治六年四月，清军夺回哈密。(布士尔克在这一年被废，阿古柏自践王位，称毕调勒特汗。)
这样，双方相持到同治九年，北疆的形势发生变化。妥明与阿古柏失和，派兵到南疆库车对阿古柏作战，失利。阿古柏收买妥明的大将马仲，对妥明夹攻，妥明向阿古柏投降。于是，北疆的大部分也成了阿古柏的领土。
阿古柏让妥明保存清真王名义，召马仲担任“阿奇木”。
马仲打徐学功，被徐学功打败，斩杀。马仲的儿子马人得继任“阿奇木”。妥明又与这马人得失和。马人得请求阿古拍出兵，讨伐妥明。阿古柏便约徐学功共同行动，迅速打下吐鲁番与乌鲁木齐二城。妥明退到绥来，被杀。
事后，阿古柏把乌鲁木齐交给马人得，引起徐学功的不满。
徐学功一时打不下乌鲁木齐，也无力顾及乌鲁木齐以西的各城。
阿古柏派兵接收妥明所遗下的伊犁九城，不受本地居民的欢迎。
俄皇亚力山大第二见有机可乘，便在同治十年五月偷占伊犁，向清廷说：“一等到中国政府在伊犁行使权力，即行归还”。 三年以后，左宗棠打下肃州，清廷派他“督办西征粮台转运事宜”，不叫他负责新疆的军事。，
清廷所看重的，却是一位满洲人景廉。景廉是翰林出身，当过内阁学士、工部侍郎，也当过伊犁、叶尔羌的参赞大臣、哈密的“帮办大臣”。做官的经验他有，新疆的事情也不能说不熟悉，然而并无“将略”。
这景廉当了九个月“钦差大臣，督办新疆军务”，一筹奠展。他把责任推到左宗棠身上，说左宗棠粮运办得不好，不该由北路用骆驼运粮。
左宗棠上疏抗辩，说用骆驼运粮，由包头穿过乌里雅苏台与科布多的地界，到巴里坤(镇西)，虽则是“骆负粮少”，而饲养所耗亦少。倘若依照景福的主张，用车骡运粮，由肃州经安西、哈密，翻天山，到巴里坤，虽则是“车骡负粮多，而饲养所耗亦多”。两种方法比较起来。“车行三十日而所负之粮尽，驼行三十日而所负之粮尚可稍余。”
清廷认为左宗棠说得有理，景廉也的确无能，于是在光绪元年三月任命左宗棠为“钦差大臣，督办新疆军务”。景廉被召回，改任“左都御史”。
左亲棠向清廷要求，先筹足粮饷然后进兵。清廷准他借“洋债”五百万两，又垫拨了各省协饷三百万两，洋税(关税)二百万两，一共是一千万两。
曾国藩一生从未受到过如此的宠遇，他对太平军苦斗了十几年，只花了两千多万两银子，而其中的极大部分，是自己想办法筹来的(募捐、抽厘)。
左宗棠准备好饷，买足了粮，把粮食一批一批地先行由南路运往肃州与古城子之间的各站，又经由北路运了不少，囤积在巴里坤。他而且向俄国买了几百万斤粮食，运到古城子。
为了不让兵士在穿过哈密戈壁之时缺乏水喝，他派匠人先行出发，尽量疏濬沿途的水源。
这样，他足足准备了一年。光绪二年二月底，他的军队从兰州分批出发，以肃州为集合地。他本人也进驻肃州，在肃州扎下大营(称为肃州大营)。
又过了两个月，粮食与兵士分批一一到达前线。巴里坤存了六百多万斤粮，古城子存九百多万斤粮，另有一千万斤左右在安西、哈密等地等候续运古城子。有三员大将在他的麾下：“帮办军务”满洲人金顺、“前敌总理营务处”刘锦棠、广东提督张曜。 左宗棠命令金顺驻扎在济木萨，刘锦棠驻扎在古城子，张曜驻扎在哈密。
对方的阵容是：马人得在乌鲁木齐，白彦虎在红庙子，马明在古牧地。
左宗棠在六月间亲临前线，到济木萨视察金顺的军队。他命令金顺进驻阜康。
敌人白彦虎也移师古牧地，与马明合力准备死守。
六月二十三日，刘锦棠奉命进攻古牧地，将古牧地包围，又击败了阿古柏来援的兵。五天以后，他打下古牧地，斩杀白彦虎与马明二人的部队六千余人。
第二天，刘锦棠进攻乌鲁木齐，不费一兵一卒占领该城。白彦虎、马明、马人得一齐逃走。
残余的东干部队，退守马纳斯。左宗棠命令金顺去攻，攻到八月，攻不下。左宗棠再派刘锦棠前往续攻，攻到十一月，破城。 白彦虎与马人得退到托克逊，阿古柏叫他们去守吐鲁番，自己进驻喀喇沙尔(焉耆)，另派一人叫做“大通哈”的，守达坂城；又派儿子海克拉守住托克逊。
左宗棠一面分兵收复北疆的昌吉、呼图壁、景化，一面准备将阿古柏彻底解决。
准备到次年(光绪三年)三月，一切就绪，左宗棠下令进攻。刘锦棠在三月初五日到达坂城，恶战一场，在第二天将达坂城占领，俘虏了大通哈及其大小头目，与来自南八城的军队以及几千名被裹胁的土尔扈特人。
刘锦棠把这些人释放，并且送他们衣服，送他们粮食。这些人回去以后，立即瓦解了阿古柏的军心。
八天以后(三月十四日)，刘锦棠攻吐鲁番，马人得率领一万多部众请降，白彦虎溜走。
与吐鲁番及达坂城相犄角的托克逊，原由阿古柏的儿子海克拉守着。海克拉听说马人得不战而降，自己也就不战而逃，留下了三万多人，归刘锦棠接收。
阿古柏在喀喇沙尔急得天天痛哭，哭到四月间，服毒自杀。
他另一个儿子伯克胡里守住库车。
左宗棠于是又停顿一下，准备次一战役。这时候，清廷驻英公使郭嵩焘发出一种议论：“如不能速胜，可乘机议抚。”
原来，郭嵩焘是受了英国政府人士，尤其是一度曾任驻华公使的威妥玛的影响。英国人认为，中国不妨把南疆的八城放弃，交给伯克胡里，建立一个新的安集延王国，既可以作为印度的屏障，又可以阻碍俄罗斯的发展。
清廷把郭嵩焘的奏折抄发给左宗棠，征求左宗棠的意见。左宗棠回奏说：“安集延非无立足处，何待别为立国?抑别为立国，则割英地与之，或即割印度与之，可也；何为索我腴地以市恩?……彼为印度增一屏障，公然商我于回疆撤一屏障，此何可许?"
左宗棠不管英国人作何建议，仍旧准备他的次一战役。清廷中却又有人认为西征耗费过多。他们说：“乌城(乌鲁木齐)吐鲁番既得，(已经)有屯兵之处，(其余的地域)当众建(新国)以为藩篱，藉省兵力”。还有一些人，以为“海防”比“陆防”重要，不如省下一些钱，建立海军，修筑沿海炮台。
左宗棠的回答是：倘若放弃南疆，仍要在北疆设防；放弃北疆，也要在甘肃设防。钱那里省得下来？他留下了几句不朽的名言：“重新疆，所以保蒙古；保蒙古，所以卫京师。新疆不固，则蒙部不安；匪特陕、甘、山西各边防不胜防，即直北关山亦将无晏眠之日。况今俄人拓境日广，由西而东万余里，与我北境相连，仅中段有蒙部遮阂。徙薪宜远，曲突宜先，不可不预为绸缪者，此也......则设行省，改郡县，事不容已。”
到了这一年(光绪三年)八月初一，左宗棠收复南疆八城的准备已经完成。刘锦棠军渡过开都河，长驱直入，于九月初一占领喀喇沙尔；初三，占领库尔勒；十一，占领库车。伯克胡里仅有一千多武装部队，于略事抵抗以后撤走。十几万被裹胁而去的维吾尔族难民，被刘锦棠救出。
伯克胡里与白彦虎逃到拜城，拜城的老百姓闭了城门挡驾，他只得继续西奔。刘锦棠军于九月十五日到达拜城，拜城的老百姓开门投降；三天以后，阿克苏也入于刘锦棠军之手。
再过两天，乌什又步了拜城与阿克苏的后尘。所谓东四城(喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什)，于是完全克复。
十月间，张曜的一军由喀喇沙尔开抵库车，作为刘锦棠的后劲。
和阗城的维吾尔族领袖呢牙斯宣布反正，进兵叶尔羌，围攻叶尔羌城内的安集延头目。伯克胡里从喀什噶尔赶来击败呢牙斯，解了叶尔羌之围，乘胜追到和阗，加以占领。呢牙斯率部向北，穿过塔克拉马康大戈壁，投奔张曜。
喀什噶尔原有满、汉官兵若干人，于事变初起之时投降了阿古柏，这时候在守备何登云与章京英韶的率领之下宣布反正，占领了汉城(疏勒)。
回城的守将阿里达什抵敌他们不过；伯克胡里从和田赶来，帮阿里达什死守。
不久，刘锦棠从阿克苏率部到达，会同何登云、英韶的反正部队，于十一月十四将回城攻破。
伯克胡里、阿里达什、白彦虎，都逃去了俄国。叛军不再有人指挥。其后，叶尔羌、英吉沙尔、和阗，均入于刘锦棠的掌握。 天山南北，除了伊犁九城以外，完全克复。
清廷晋封左宗棠为二等侯，封刘锦棠为一等男。张曜在光绪六年被任命为喀什噶尔参赞大臣，其后官至山东巡抚。金顺在光绪二年被任命为伊犁将军，于俄国交还伊犁以后到任。 剩下的问题，是如何从俄国人的手中收回伊犁。依照左宗棠、金顺、刘锦棠的意见，这问题不难用武力解决。俄军在伊犁的人数、配备，均远不足以与左军的相比。
左军的补给线诚然很长，俄军的补给线更长。俄国当时并无西伯利亚大铁路．第一条越过乌拉岭的奥布.伏尔加铁路，到了光绪十年才开始兴筑。论国力，俄国在当时也不比中国充实。它的经济十分落后；教育比中国幼稚；政治比中国更腐化。
然而，李鸿章等人的主和论，占了上风。于是清廷在光绪四年派一个极糊涂的崇厚，去莫斯科办交涉。崇厚答应俄国：(一)割让塔城之北、阿尔泰城之西、额尔齐斯河上游的地域，包括这河的汇集之处斋桑泊。(二)割让伊犁之南，伊犁河的支流特克斯河两岸。(三)割让陬尔毕斯河以西。(四)赔偿军费五百万卢布。(五)俄国商人在天山贸易，概免纳税。(六)俄国商人可以从张家口到通州，由通州到天津，由天津到其他任何港口，与内地的西安、汉中、汉口等城市，来回买卖货物。(七)俄国除了已经在库伦、塔城、伊犁、喀什噶尔四个城市设置领事馆以外，增设领事馆于嘉峪关(肃州)、乌里雅苏台、吐鲁番、科布多、哈密、乌鲁木齐、古城子。(八)中国“粗茶”出口，一律免税。(九)这条约签定批准以后，五年以内不许修改。
崇厚如此丧权辱国，虽主和派的人也无法替他解说。结果，清廷将他定了死罪，关在牢里；所签的“l879年(光绪五年)中俄条约”不予批准。
清廷一面改派曾纪泽为出使俄国大臣，一面命令左宗棠布置军事，准备于再度交涉破裂之时，用武力收复伊犁。
左宗棠在光绪六年二月，由肃州进驻哈密，命令金顺扼守精河，作正面的守势，刘锦棠与张曜两军作为两翼，对伊犁作钳形攻势。半年以后，清廷忽然又软下来，召左宗棠回京，纯靠曾纪泽在莫斯科凭一口一舌向俄国人争回土地主权。大概是因为俄国派了军舰，在中国之东的公海上示威。清廷深恐沿海城市“防不胜防”。另一个原因是，李鸿章把戈登从外国请了来，向清廷恫吓，说：“如果想与俄国开战，必须准备打个十年不停，而且必须准备把政权交给汉人。”
曾纪泽从光绪六年六月开始，和俄国的外交部长格尔斯、驻华大使布绰夫等人谈判，谈了五十一次，谈到光绪七年正月下旬，才把条约谈妥，写成二十条。其中主要的部分是：(一)特克斯河两岸免予割让。(二)加赔四百万卢布，共为九百万卢布。(三)领事馆暂增肃州与吐鲁番两处，其他五处等以后商务兴旺时再议。(四)俄商在伊犁、塔城、喀什噶尔、乌鲁木齐及“天山南北两路”贸易，“暂”不纳税，等以后商务兴旺，“由两国议定税则，即将免税之例废弃”。(五)粗茶出口税先行酌减，将来进口、出口均接百分之五抽取关税。
曾纪泽的这一次交涉，可谓差强人意。很多人说，它是中国外交史上的一大胜利，其实这更是俄国外交史上的一大胜利。曾纪泽没有兵权，更不是清廷的决策者，在无可如何之中略为争回了一点颜面，确也不能不算是难得的了。
该杀的崇厚，却微幸于曾纪泽对俄开谈以前被释放出狱。 左宗棠于光绪四年南疆平定以后，便已上疏清廷，力主把南疆与北疆合并起来，建立行省。北疆的东半部，本已有了迪化、镇西等府、州、县、厅。加上南疆东北角的吐鲁番等地，隶属于甘肃，称为“镇迪道”，但伊犁、塔城、阿尔泰等单位，正如南疆的多数地区，虽有将军、参赞大臣、办事大臣、领队大臣等，而事事必须假手于“回民头目”。以致“民之畏官，不如畏其所管头目，…...民知怨官，不知怨所管头目也。”
在未设州、县的地区，抽税的方法又极不合理。清朝各省自从康熙五十一年以来，是“地丁合一”，按照田亩抽税。“故无无赋之地，亦无无地之赋。新疆则按丁征赋，富户丁少，赋役或轻；贫户丁多，则赋役反重。事理失平，莫甚于此。”左宗棠建议设省，也是为了革除这项弊病。
为了避免因“言语不通，文字不晓”而生的种种误会，左宗棠主张以后所发的税捐收据，必须于汉字之旁兼注回文。同时，他计划“广置义塾，先教以汉文，俾其略识字义。”
左宗棠脚踏实地，在南疆设了很多“善后局”，以代行有如镇、迪、厅、州、县所行之事，解除人民疾苦。他安辑南疆、北疆因战祸而流离失所的难民，不分回、汉、东干，一律给以荒地、种子、耕牛；又替他们开了许多渠，凿了许多井，造了许多路。
主要的两条大路是：北边由肃州经迪化直至伊犁之东的精河。南边由某地(七角井?)分支经托克逊，直达喀什噶尔。
他又改修或新建了许多城池，包括乌鲁木齐、玛纳斯、精河、喀什噶尔的回城(疏附)与汉城(疏勒)、叶尔羌、英吉沙尔、和田、喀喇沙尔、库车、玛喇尔巴什。
在军事方面，他替新疆设置了边防军，把关内的湘勇暂时留下，称为“防营”，然后逐渐裁汰，招练本地的“土勇”。员额规定为两万一千名，其中三成是马队，七成是步兵。
同时，他以陕甘总督的身份奏准清廷，将甘肃的“制兵”(绿营)由五万六千名减为一万七千余名；将陕西的制兵，由四万二千余名减为二万四千余名。省下来的饷，划给新疆的“防营”。
在财政方面，左宗棠也给建省的工作铺好了路。他实施招垦政策，使得田赋的收入大为增加。仅仅南疆八城(东四城与西四城)，便已由十三万石增加到近二十四万石。厘金的收入，刚刚开办成绩就好过甘肃。办了不到二年，数字已超过六十万两。
曾纪泽在莫斯科办好交涉之时，左宗棠已调任两江总督。他仍不忘怀新疆建省的重要，再上一本奏章，请清廷早定大计。恭亲王等人都支持他的主张，于是慈禧太后终于在光绪九年加以接受。次年，任命刘锦棠为“甘肃新疆巡抚”。这“甘肃新疆省”以迪化为省会，下设若干府、州、县、厅，把南疆、北疆溶成一片。
其后，省的名称简化为“新疆”，去掉甘肃二字，表明它不再是甘肃省的延长，而是全中国的新领土。
其实，新疆二字并不适宜。南疆的西域三十六国在西汉之时，便已自动归属中国；北疆曾经是匈奴的领域，在匈奴降汉以后，也成了中国的领土。唐朝时候，不仅南疆、北疆是中国州郡，连葱岭之西、里海之东．所谓俄属中央亚细亚全是。
新疆二字作为省名，既不适宜；只成立一个省，也嫌不够。左宗棠已经看出，新疆有五个中心。他建议总督驻在迪化，巡抚驻在阿克苏，伊犁仍设将军，喀什噶尔设一提督，塔城设一都统。
清廷在光绪九年建省之时，不设总督，而只设巡抚与布政使；也不专设一个按察使，而以“分巡镇迪道”兼理。
分巡镇迪道之下，有一府四厅；迪化府，镇西、哈密、吐鲁番、库尔喀喇乌苏四厅。
北疆除了分巡镇迪道以外，另有一个“分巡伊塔道”，所辖有伊犁一府、精河与塔尔巴哈台二厅。
南疆也有两个道：其中一个是分巡道，一个是兵备道。分巡道设在阿克苏，所辖有温宿直隶州(阿克苏)与喀喇沙尔、库车、乌什、英吉沙尔四厅。兵备道设在喀什噶尔，所辖有疏勒、莎车、和阗三个直隶州，与玛尔巴什(巴楚)、英吉沙尔二厅。(英吉沙尔有两个，一属分巡阿克苏道，一属喀什噶尔兵备道。)
府与直隶州之下，有原来的奇台等县与新设的拜城等县。于是新疆具备了相同于内地各省的规模。
其后，在光绪二十四年，喀喇沙尔升格为府，改名焉耆(汉朝的古名)。到了光绪二十八年，疏勒、库车、温宿三个直隶州，也都升格为府；库车厅升格的直隶州，玛喇尔巴什厅升为隶属于库车府的厅，改名“巴楚”。
合起来，新疆有了六个府、八个直隶厅、两个直隶州、一个(普通)厅，一个(普通)州，二十一个县。
依照宣统三年的官方报告，新疆的户口是：
户——453，477；
口——2，069，165。
刘锦棠担任巡抚至光绪十五年为止。在他以后，担任巡抚的是魏光焘、陶模、饶应祺、潘效苏、联魁、何彦升、袁大化。
《细说清朝》一○九、补叙咸丰外患
咸丰一朝的政府，处在内忧外患之中。内忧是太平军、捻、会、苗、教、东干，等等。外患是是英国人占广州，英法联军占京城，俄国人占伊犁，抢阿穆尔(黑龙江以北，外兴安岭以南)，勒索沿海洲(乌苏里江以东)。
先说英国怎样强占广州。广州的老百姓，在鸦片战争前后对英国人无好感。自从道光二十二年的《南京条约》规定广州为通商的五口之一，外国人在其他四口都能进城居住、贸易；在广州却由于老百姓的抵抗，进不了城，只能在城外的商馆旧址居住、贸易。
咸丰二年，徐广缙任任两湖，广东巡抚叶名琛升为两广总督，兼为主办夷务的“钦差大臣”。咸丰四年，英国的香港总督兼(对华)全权公使，商务监督包令爵士，忽然邀约美国的“专使”麦克赖因与法国的代表布儿布隆，写信给叶名琛，要求见面会谈“修改条约”。
他们毫无理由，却说得振振有辞。中、英之间的《南京条约》标得明明白白是“万年和约”，并未规定在若干年之内有效，或若干年之后修改。中、美之间的《望厦条约》，与中、法之间的《黄埔条约》，虽则有“十二年以后修订”的条款，但均未到期(要再等两年)。
包令曲解中、英之间《虎门条约》(商约)的“最惠国条款”，说：既然美、法两国可以在十二年到期之时修改条约，那末，英国也应该有权要求在《南京条约》满了十二年之时修改。(恰好，此时咸丰四年距《南京条约》签订之时已有十二年。)
美、法两国的说法更妙：英国既能在此时要求修改《南京条约》，我们两国根据最惠国条款，也有权在此时(亦即条约尚未满期之时)分别修改《望厦条约》与《黄埔条约》。
叶名琛回答：见面会谈一时无暇，本人权力有限只能对条约作小更动，而现有条约亦无必须大作更动之处。
包令、麦克赖因、布儿布隆三人，在阳历9月间去上海，想和两江总督怡良谈判。结果，他们与江苏巡抚吉尔杭阿会了面。吉尔杭阿对他们很客气，但根本没有权力和他们谈判。他们表示，准备进一步北上，找中央政府的负责人交涉。吉尔杭阿劝他们不必如此。
