争权
淝水之战后，东晋除了向北扩张外，内部一直没有战事和叛乱，在这样和平的环境中，桓冲、谢安、谢玄相继老病而亡，孝武帝司马曜和前几任东晋皇帝相比幸福很多，再没有权臣把持朝政，也没有了来自北方的威胁。司马曜本可以放开手脚，在政治领域上大干一番，但对经营国家并不感兴趣。他把朝政交给自己的同母弟司马道子管理，任命司马道子为司徒，领扬州刺史、录尚书事，自己每天和张贵人在一起喝酒玩乐。司马道子和他的哥哥一样也喜欢玩，于是把朝政扔到一边，每天和孝武帝一起唱歌跳舞，喝酒游戏。国政从此荒废。
司马道子还很迷信佛教，对和尚尼姑很是宠信，并给他们很大的权力。下面的人打官司、求升官、孩子入学、批块土地等等一切杂事全部请托和尚尼姑来办，结果朝廷里出出进进的都是些尼姑和尚。这让司马曜有些不高兴。司马道子又仗着自己把持朝政日久，对司马曜也不太尊重。司马曜便对这个弟弟有了成见。后来司马道子竟然煽动朝臣给自己假黄钺，加殊礼。孝武帝一听当时就骂司马道子：“假黄钺，加殊礼是当年周成王年幼的时候，靠周公辅政，所以才加给周公的礼仪。现在我正当壮年，你还要当周公么？”骂完之后，任命中书令王恭为兖、青二州刺史，镇守京口，统领北府；以黄门郎殷仲堪为荆州刺史，镇守江陵。用这两个人来压制司马道子。
晋太元二十一年（396）七月，孝武帝司马曜又在后宫大宴嫔妃，喝完酒后，由张贵人陪着回到清暑殿。司马曜还要与张贵人对饮，张贵人因为已经喝了很多了，凭司马曜怎么说她也不肯再饮。司马曜沉下脸道：“你今天如敢违抗君命，拒不陪饮，我可要定你的罪!”张贵人平时也被娇宠惯了，听了此话便顶撞说：“妾偏偏不饮，看陛下定我什么罪!”
司马曜毕竟是皇帝，被张贵人顶撞后心头火起，借着酒劲冷笑道：“你用不着嘴硬。你已经年近三十，应该废黜了。我有的是年轻貌美的佳人来代替你。”说到这里，又是一阵呕吐，左右慌忙将他扶入卧室，司马曜昏睡过去。
张贵人自从得宠以来，恃宠生骄，从来没有受过如此训斥、羞辱，她又嫉妒成性，平日最担心司马曜再宠爱别人，废弃自己。这时想到自己容貌将衰，司马曜竟然厌弃自己，又气又恨，顿起杀心。她洗脸换衣后，招来心腹宫女，命令她谋害司马曜。宫女不敢答应，她威胁道：“你已经知道了这件事，就算你不从我。难道我能饶得了你么？我必先杀掉你，再灭掉你家全族！”这个宫女只好和张贵人一齐用被子蒙住司马曜的口鼻，将司马曜闷死。司马曜堂堂一个大国皇帝，竟因为和老婆吵了几句嘴威胁要离婚，就被老婆闷死，真是死得窝囊。更窝囊的事还在后头。张贵人处理完现场，然后哭哭啼啼报说司马曜饮酒过度，梦魇而亡。大家都知道司马曜是个酒鬼，而执掌朝权的司马道子也乐得司马曜早点死掉，这个故意杀人案竟然也没有人仔细去查，就这样草草地糊涂过去。
司马曜死后，太子司马德宗继位。司马曜有两个儿子，都是陈淑媛所生。长子就是司马德宗，次子为琅琊王司马德文。司马德宗再一次把司马家族的弱势基因给显露出来，他打小就说不了话，不辨寒暑，不知饥饱，连饮食起居都不能自理，还不如当年的晋惠帝司马衷。司马衷也就是个智力低下，而司马德宗应当算作白痴。幸亏白痴皇帝有个对他很好的弟弟司马德文。司马德文性格良善，他像照顾儿子一样照顾自己的白痴哥哥司马德宗过得还算是不错。
司马道子这一回得到了假黄钺，加殊礼的礼仪，继续摄政，执掌朝权。他又安排自己的亲信王国宝为尚书左仆射，又加授后将军、丹阳尹，统领东宫禁军。安排王国宝的堂弟王绪为建威将军。这三个人贪污受贿，腐败浪费，吃喝玩乐，大搞特权，比司马曜在世时还要张狂许多倍。
兖、青二州刺史王恭打算发动政变除掉这三个人，他和王导的孙子尚书令王珣商量时，王珣说：“先帝刚刚死去不久，他们的罪行也才开始，还没有到砍脑袋的地步，现在你行动还有点早。再说你带兵去攻京城，人家都要说是你叛乱。我看不如等到人们都把三个人的罪行看得清清楚楚，人神共愤的时候，你再发兵除之。一定会得人心。”
王恭这才暂时作罢。到了这年十月，为孝武帝司马曜下葬以后，司马道子想和王恭拉拉关系，亲自为王恭送行。王恭教训他说：“你现在在居丧的期间，又是丞相，应当起到表率作用，任用忠臣，远离小人，维护国家尊严。不要每天只知道吃喝玩乐，贪图享受！”
司马道子听了很不高兴，回去跟王国宝说：“王恭这个人太可恶了。每回和我谈及国家大事，总是板起脸来教训我，我实在是受不了！不除此人，我心里不舒服。”
王国宝便和堂弟王绪带禁军去追杀王恭。王恭正往回走呢，忽听得后面人喊马嘶，尘烟四起的，知道这是有人要杀自己，急忙从小路逃走。他一回到京口，便整顿兵马，并派人去江陵邀殷仲堪一起起兵征讨王国宝。
殷仲堪对这件事很犹豫。桓温的小儿子桓玄来访殷仲堪，他极力鼓动殷仲堪起兵。桓玄是个很有能力的人，他原本想在朝中混个出身，但一方面他父亲的声名不好，影响他的仕途，另一方面司马道子很看不起他，处处压制他。虽然官场上有很多人帮桓玄的忙，但桓玄最终郁郁不得志，只做一些中下级官职。后来他干脆辞去官职，回到江陵。桓家在江陵的根基还是很深的，颇得人望，因此桓玄在这个地方做地头蛇还是很吃得开。就是殷仲堪也得让他五六分。桓玄听说要反司马道子，当然很高兴，极力怂恿道：“王国宝等人和你是死对头，早就想除去你。现在你不反他，将来他把你调回朝中，你不是束手就擒，白白让人家除去你么？如果你同意和王恭东西两路齐攻京城，我愿率我的手下为你做先锋！”殷仲堪遂下决心起兵。
王恭和殷仲堪以讨伐王国宝的名义进军京城。王国宝派王绪去竹里拒敌，但很快被王恭的前锋军刘牢之的部队打败，王绪逃回京城。王恭进逼京城，司马道子非常害怕，于是把自己的两个卖命心腹王国宝和王绪都杀了，然后写了一份极为深刻的检查，派人送给王恭，请他退兵。
王恭一看这两个仇人都死掉了，司马道子也服软了，于是收兵回到京口。殷仲堪这时带兵刚刚到了巴陵，得知王恭已经把事情搞定了，也带兵回江陵。
经历过这件事以后，司马道子深深地感觉到手中掌握几千名禁军是干不成什么事的。要想大权在握，必须手握重兵。于是他听从司马尚之、司马休之兄弟的建议，又任命王国宝的异母兄王愉为江州刺史，都督江州及豫州等四郡军事。司马道子此举让豫州刺史庾楷很不高兴，他见司马道子要夺自己兵权，便派人向王恭诉苦说：“司马道子这是要削弱藩镇的权力，现在当趁着还没有对你下手，赶紧想办法对付他。”
王恭于是又约殷仲堪、桓玄出兵。刘牢之则劝王恭道：“司马道子的这个任命，虽说是有失公允，也不算大过错。而且削的是庾楷的兵权，与你并没有损害，你何必再次起兵。”
王恭没听刘牢之的，再次起兵。这次声讨对象是王愉、司马尚之、司马休之。
司马道子听说王恭和殷仲堪又带兵来了，又急又怕，嘴里不住说：“看来这回只有等死啦。”
司马道子的儿子司马元显表示愿意出战。司马元显当时只有十七岁。司马道子问他道：“北府兵天下闻名，刘牢之又是名将，你一个小孩子家家的，也敢说大话？”
司马元显道：“王恭这个人恃才傲物，而且并不重用刘牢之。以刘牢之之才，怎甘屈居其下？两人必有矛盾。父亲只要给刘牢之写一封亲笔信，向他许诺：如果阵前反戈，除去王恭，便把王恭的官职爵号全给他。我再派一个能言会道的人送这封信，不信刘牢之不反。只要刘牢之反了，王恭必败。”
司马道子觉得这个计策相当不错，于是派司马元显为征讨大都督，率军去竹里拒敌；任命司马尚之为豫州刺史，去守石头城，对付庾楷。
司马元显到竹里后，立刻派庐江太守高素拿着司马道子的亲笔信去劝降刘牢之。高素原来也是北府军旧将，和刘牢之是战友，他来到营中先不说劝降的事，却对刘牢之说：“现在朝廷虽然算不上好朝廷，但也没到周幽王、周厉王的地步吧。王恭是受过先帝大恩的，又是当今皇帝的舅舅。他两次带兵来京，这是对皇室的侮辱和轻慢。我看此人将来必有称帝之心，你要是继续跟着他混，那你将来就是附逆之臣。想将军当年赫赫有名，为天下名将。连史册都把你记在功臣传中，而今却要毁于一旦，真让我痛心啊。”
这些话正说中刘牢之的心事，他也叹气道：“我哪里是心甘情愿啊，只是我屡次劝谏王恭，他不听我的，你说怎么办？”
高素道：“你劝他，他不听，你就当讨伐他。你这叫做讨逆，是不世之功啊！”
刘牢之想了想道：“我不忍心去讨伐我的老上级，这么办吧，我离开他总行吧。”
高素听刘牢之说到这个地步，知道时机到了，把司马道子的信拿出来给他看。
刘牢之一看有点儿动心了，又说：“恐天下人说我无情无义。”
高素知道刘牢之已经同意反攻王恭，只是怕人说闲话，又道：“你和他是亲生骨肉么？你和他是君臣么？不过一起共过事罢了。既然人各有志，今天讨伐他又有何不可？”
刘牢之听罢，奋然而起道：“好！我今天就去讨逆！”
刘牢之当即率部众投降司马元显，然后以他的儿子刘敬宣为前锋，率众杀回京口。
王恭这时刚从京口城内出发，迎面刘敬宣杀来，不及防备，被刘敬宣杀得大败。王恭想回城固守，守城的却是刘牢之的女婿，东莞太守高雅之，高雅之早把城门关闭，不让王恭进城。王恭于是绕城而逃，手下部队全都叫刘敬宣杀散，最后王恭一个人逃到曲阿。在老部下殷确的帮助下乘船逃奔桓玄。但行至长塘湖的时候，被巡逻兵所擒获，押送到京师被斩，王恭的所有家族及党羽全部被处死。司马道子把王恭的所有职位和封号全封给了刘牢之，又命刘牢之进攻殷仲堪的部队。
这时殷仲堪、桓玄和殷仲堪的司马、堂邑太守杨佺期率军在湓口（湓水入江之处，在江西九江县西）击败江州刺史王愉，王愉逃到临川（今江西抚州）。殷仲堪继续进军到牛渚（今安徽省马鞍山采石矶），正遇到庾楷和司马尚之大战，殷军助战，司马尚之大败，逃回石头城。
殷军和庾军联兵来到石头城下。这时传来消息，刘牢之阵前反戈，已经击败王恭军队。司马元显也带兵回到石头城，刘牢之正率北府兵驰援京师，已经进军到新亭（江苏省南京市江宁县南）。桓玄和杨佺期都有些担心。这时桓冲的儿子，左卫将军桓修向司马道子献计，请司马道子再封赏桓玄和杨佺期二人，让二人退兵。司马道子于是上表后任命桓玄为江州刺史，杨佺期为雍州刺史。两个人一下子成了封疆大吏，都很高兴，不愿意再冒风险，于是劝说殷仲堪罢兵。殷仲堪见王恭败了，桓、杨二军也要回去，他也只得带兵退回江陵。桓玄、杨佺期则分别带兵分赴武昌、襄阳上任。庾楷则被降为武昌太守。庾楷虽然心里很不服气，但现在只剩下了自己一支队伍，如果继续打下去肯定会败，也只得罢兵，听任安排。
司马元显因军功被升为中领军（掌管所有的禁卫军，算是京城卫戍部队总司令）。司马道子身体有病，又不愿意管理朝政，而且两次兵变都是由他而起，加上这个人贪污腐化，所以很不得人心。司马元显趁此机会向白痴皇上的亲弟弟司马德文请求接替父亲，并向朝臣们施加压力，最终如愿得到了父亲司马道子的职务，并担任扬州刺史，司马德文为司徒。司马道子虽然很恋权，但由于政声太坏，没有威望，权力尽失，也只好由儿子去了。
司马元显在朝廷中安插亲信，并重用会稽张法顺。张法顺向司马元显建议说：“现在荆州兵、北府兵都很厉害，人家只要来打，凭京师这点儿禁军肯定打不过人家。一旦再有王恭这样的人反叛，我们还是要吃亏。应当招募新军，扩大你手中的兵力。”司马元显于是在三吴八郡强制征兵。
在王恭第二次进军京师的时候，“五斗米道”创始人杜子恭的徒弟孙泰，以替朝廷征讨王恭为名，私下里招兵买马，储备钱粮，准备造反。司马元显后来将计就计，以征讨王恭有功要封赏孙泰的名义把孙泰诱入京中，斩首示众，并把孙泰的六个儿子全杀掉。孙泰的徒弟孙恩、卢循率一百多个死党东逃入海，藏在海岛中。等司马元显在三吴征兵的时候，孙恩和卢循趁着人心骚动，对征兵不满，上岸后招集了五斗米道的八千信徒，攻入上虞，杀死上虞令，然后声讨司马元显父子的罪行。这一号召颇得人心，一心投奔来的老百姓达到十多万。
孙恩又带兵攻打会稽。会稽内史是王凝之，他是王羲之的二儿子，这个人没什么本事，孙恩来攻的时候，他竟然作法请天兵天将。结果会稽很快被攻破，王凝之连逃都来不及，被孙恩的士兵杀死在法坛之上。很快孙恩占领了会稽、吴郡、吴兴、义兴、临海、永嘉、东阳、新安等三吴八郡，聚兵二十多万，官军望风而逃。孙恩遂于会稽自称征东将军，号义军为“长生人”。
孙恩的势力发展得这么快是因为他得到了大量士族豪强的私下支持。朝廷征“免奴为客”者（指本身或父祖是奴隶，但已放免为佃客的壮丁）当兵，这些人很不愿意应征当兵。而征这部分人，对其佃主也是损失，从而引起世家大族对政府的不满。所以一时“东土嚣然，人不堪命”。豪强士族们都想给朝廷一个狠狠的教训，所以孙恩率五斗米道众取得一两次小胜利后，便立刻在经济上和兵源上得到迅速补充。
司马元显急忙派卫将军谢琰、镇北将军刘牢之率兵镇压。刘牢之的北府兵战斗力极强，一路连胜，一直杀到钱塘。在钱塘为寻找敌军主力，刘牢之派参军刘裕率几十名骑兵去侦察敌情。刘裕在侦察完毕回来时和孙恩的三千军队遭遇。再逃已经是来不及了，刘裕干脆大喝道：“贼众我寡，逃是逃不走了，不如死战！”遂第一个举起长刀，杀入敌阵，随行骑兵一齐冲杀，大多战死。刘裕在战斗中跌到河中，孙恩的士兵下河去捉，刘裕站在河中举刀反抗，竟然又力劈数人，敌人不能走近。这时刘牢之的儿子刘敬宣带兵赶来，见刘裕一人独斗千军，不由赞叹道：“真是神将啊。”刘敬宣带兵击败敌军，将刘裕救回。刘裕把敌方的情报讲得清清楚楚，又听儿子刘敬宣叙述刘裕刚才的英勇，刘牢之不由对此人刮目相看。
刘裕，字德舆，小名叫做寄奴。他是汉高祖刘邦的弟弟楚王刘交的第二十一世孙。刘交被刘邦封为楚王后，以彭城为都，因此刘交的子孙后裔都在彭城及周围繁衍生息。到刘裕曾祖刘混的时候，因为西晋永嘉之乱（即永嘉五年，公元311年，汉国匈奴兵攻陷西晋京师洛阳，俘虏晋怀帝，烧洛阳城，杀王公士民三万余人），刘混带全家人南迁至丹徒京口里。刘裕的祖父刘靖曾做过东安太守，他的父亲刘翘只做到郡功曹（就是郡守手下的办事人员）。刘裕出生的时候母亲难产而死，刘翘认为此儿不祥，又因为家里穷得叮当响，便想把刘裕给扔了，但刘裕的姨母断了儿子刘怀敬的奶，收养了刘裕，刘裕才活下来。刘翘后来娶兰陵萧氏为继室，又生了两个儿子分别是刘道规与刘道怜。不久，刘翘病死，家里更穷，三兄弟全部由萧氏拉扯大。刘裕长大后不喜欢读书，随便认识几个字，却十分喜欢武艺，骑马射箭使刀都玩得很好，力气也很大，但这些都不能当饭吃，他平时便以种地为生，农闲时则卖鞋。
刘裕十分孝顺，对继母也毕恭毕敬，但因为家里实在是太穷了，快四十了也没有找到媳妇。刘裕又很喜欢赌钱，欠下赌债不能还时，曾被尚书令刁协的孙子刁逵绑在马桩上示众。正好王导的孙子王谧路过，见刘裕有成大器的面相，便替他还了赌债，并且时常资助他。王谧还经常对别人说：“从刘寄奴的面相和骨骼上来看，他一定会成为一代英雄，你们不要慢待他。”别人听了都把这当成是笑话。
孙恩造反的时候，镇北将军刘牢之招兵平叛，刘裕便去投军。刘牢之见了刘裕，也很喜欢他。让他练几下看看，果然武艺不错；又和他谈了谈打仗行兵的事，刘裕也说得头头是道。于是刘牢之破格提拔刘裕为参军。
刘牢之通过刘裕的情报，在钱塘江的西面寻找到孙恩的主力军，很快击败孙恩，孙恩撤到钱塘江东岸继续据守。这时高素领一支兵马从孙恩背后袭击。高素就是劝说刘牢之起义反王恭的那个人。孙恩急忙回击，刘牢之趁势攻过河去，与高素合击孙恩。孙恩大败，逃回到会稽固守。
这时谢琰的另一支军队已经收复了义兴、吴兴诸郡，分出一支兵马由司马高素带来帮助刘牢之。刘牢之于是命令高素率本部开往余姚，断孙恩后路。自己率其余军队全力进攻会稽。孙恩和卢循知道孤城难守，便弃城逃回海岛。三吴叛乱遂平定。
桓玄称帝
刘牢之回军京口，谢琰则被任命为会稽太守，戍守沿海，以防备孙恩再次上岸。司马元显被封为中军将军、录尚书事，一时成为朝中权臣。司马元显也是个贪财之人，利用权力四处经营，很快成为豪富之户；他又掌握着百官的升迁贬降，百官都对他十分恭敬，甚至公卿以下的官员见到司马元显都要行叩拜大礼。司马元显既奢侈贪利，又骄横跋扈，东晋朝政并没有比他父亲掌权时好多少。
谢琰镇守会稽，武备松弛，对孙恩并不加防范，有人建议他好好整练队伍，加强工事，巩固海防。谢琰笑道：“孙恩不过是个海盗，败逃入海，如果他再敢上岸，那是自寻死路。”
不久，孙恩又率众登陆，由浃口（在浙江镇海，甬江入鄞县境经招宝山脚入海为大浃江，入海处曰大浃口）攻入余姚，又攻破上虞，乘胜进军会稽。众将请出兵设伏，伏击孙恩。谢琰道：“和这些乌合之众打仗，还用费脑子想这多机谋么？”于是只让将士留城中等待，一直等到孙恩兵临城下后，谢琰才带兵出击孙恩的军队，孙恩大败而逃。谢琰带兵一路掩杀，孙恩军队许多人来不及登船都被杀死在岸边。孙恩带另一支军队从一条塘路逃跑，谢琰沿塘路追击。孙恩事先没有调查过地形，并不知道这条塘路是越走越窄。结果前面的军队挤成一团，后面的军队又收不住脚，前推后挤，拥作一团，甚至时有官兵落水。孙恩的一些已经上了船的军队本来正准备逃跑，见了这情况后便把船开回来，直开到塘路两侧，向官军射箭，被挤在中间的官军无路可逃，大多中箭而亡。谢琰带残兵撤退。逃跑的孙恩又转回头来追，谢琰一直逃到千秋亭，被孙恩的部将张猛赶上，谢琰不敌，于乱军中被杀，他的两个儿子谢肇和谢峻也都战死，手下部队全部被打散。孙恩再一次占据会稽。
司马元显急派冠军将军桓不才、辅国将军孙无终、宁朔将军高雅之三路去攻会稽。三路军马很快被孙恩打败。司马元显只好再一次派刘牢之率北府兵进攻会稽。孙恩一听刘牢之来了，不敢迎战，放弃会稽，乘船退回海中。
刘牢之得知孙恩弃守，冷笑道：“孙恩一定不会罢休，他肯定是去进攻海盐，海盐空虚，必须尽快去救！”当下拨给刘裕骑兵一千，日夜兼程赶到海盐。
刘牢之不愧为东晋名将，事实正如他预料的一样，海盐令鲍陋刚把援军刘裕迎进城来，孙恩已经带兵来到城下。刘裕命令所有军队藏匿在城中，城门大开，派一些士兵化装成百姓，向孙恩的军队说鲍陋知道城不能守，已经弃城逃了。孙恩认为鲍陋这支弱旅逃跑并不奇怪，但他没有想到北府军会来，于是毫无戒心地带兵入城。他刚入城中便被刘裕的军队乱箭狂射了一通，又被骑兵来回冲杀。孙恩被打得晕头转向，赶紧退出城去，这时士兵已经损了十之二三。刘裕带兵追出来继续冲杀，孙恩的军队根本就没想到北府军来得这么快，已无战心，落荒而逃，再次退入海中。刘裕知道自己的兵少，刚才是杀了孙恩军队一个措手不及，所以才打了胜仗，于是并不追赶，而是赶紧回城加固城防。
孙恩见海盐也有北府军防守，不敢再进攻这里，可是又不甘心就此回到海岛，于是继续北上进攻沪渎。这一次他攻下了沪渎，并把镇守沪渎的吴国内史袁崧杀死。孙恩以沪渎为根据地，招募士兵，打造兵器，很快就拥有了十多万大军，以及一千多艘船只。然后由沪渎逆江而上，杀奔建康。
刘牢之因为离得太远，追之不及，便下令北部的刘裕带着他的一千骑兵飞速去援京城。
孙恩的先锋军队在丹徒上岸，刚刚攻下丹徒，刘裕的军队赶到了。两军在丹徒决战，孙恩大败。孙恩十分纳闷，北府军怎么会跑得如此之快呢？他赶紧撤军，回攻郁洲（在江苏灌云县东北。原来在海中为岛，今天已经与大陆相连）。这时刘裕已经补充了兵力，率一万精骑驰救郁洲。孙恩在郁洲又被刘裕打败。孙恩沿着东南海岸一路南逃。刘裕则在陆地上跟着追，在沪渎、海盐接连大败孙恩。孙恩非常苦恼：“刘寄奴这厮难道会腾云驾雾么？究竟是人是妖？”被刘裕是人是妖的问题所困扰的孙恩最后放弃了进军东晋的想法，又回到海岛。刘裕又奏请朝廷禁止百姓出海，孙恩因此得不到大陆的供给，再没有能力进攻。
桓玄成为江州刺史之后，以始安太守济阴卞范之为心腹谋臣，发展势力。杨佺期知道桓玄有野心，于是决定先灭掉桓玄。他扬言要去北伐后秦，开始集结兵力，并且向儿女亲家殷仲堪请求联兵攻灭桓玄。
殷仲堪担心桓玄一旦被灭后，杨佺期趁机发展势力，成为自己的劲敌，认为还是保持现状为好。所以他一方面劝说杨佺期不要出兵，一方面派堂弟殷遹率兵来到荆州北部边境，向杨佺期示威。杨佺期一看殷仲堪这个样子，只好罢兵。
桓玄见杨佺期集结大量军队，扬言要北伐，又突然解散了；同时殷遹也非常奇怪地屯兵在荆州北境。他问卞范之这是怎么回事。
卞范之说：“这肯定是杨佺期以北伐为借口，实际是要与殷仲堪联兵袭击你。殷仲堪是个多疑之人，他为了保持三方平衡，所以不但不从，还派兵阻止杨佺期进攻你。”
桓玄于是决定先下手为强。卞范之向他献计说：“你也可以扬言要北伐后秦，也给殷仲堪写一封信，请他帮助你进攻杨佺期。殷仲堪肯定故技重施，派重兵反过来援杨佺期。你等殷仲堪把主力派出后，由江口入长江，乘虚取江陵，占荆州。殷仲堪被你赶走后，杨佺期也终将被你所擒。”桓玄大喜，立刻按卞范之的计策，一面聚齐兵马扬言北伐，一面请殷仲堪共同讨伐杨佺期。
殷仲堪果然中计，立刻告诉杨佺期防范桓玄，同时命令殷遹再率主力军，驻扎在荆州北境。桓玄留卞范之、庾楷守武昌，自己带着郭铨、苻宏二将逆江西上，先攻取巴陵，夺得荆州储备粮草。殷仲堪这才明白过来，急忙让殷遹带兵回来。殷遹在回来的路上遭到桓玄的伏击，大败而逃。桓玄乘胜又攻占零口，这时离江陵只有二十多里地了。殷仲堪急忙请杨佺期来救援。杨佺期道：“江陵没有粮食，我派援军助你守城也守不了多长时间，不如你带兵来我这里，咱们共守襄阳吧。”
殷仲堪实在是舍不得放弃自己的地盘，于是骗杨佺期说江陵已经有了许多粮草。杨佺期于是亲率八千骑兵，驰救江陵。等他到了江陵，才知道江陵即将断粮。杨佺期气得大骂殷仲堪。因为无粮不能守城，只好出战，以求速战速决。桓玄带兵撤退，不给杨佺期决战的机会。杨佺期带兵追击，又中了桓玄的埋伏。杨佺期和儿子杨广拼命杀出重围逃出，在逃往襄阳的路上，正碰上桓玄部将冯该的军队，父子被擒。桓玄命将杨氏父子二人斩首。殷仲堪遂弃守江陵北逃，欲投后秦，在冠军城又被冯该追上擒获，被逼自杀而亡。
桓玄得了荆、雍二州，遂派人入朝，请求得到荆、江二州。朝廷孱弱，只得下诏以桓玄为都督荆、江、司、雍、秦、梁、益、宁八州及扬、豫八郡诸军事，领荆、江二州刺史，又以其兄桓伟为雍州刺史，其侄桓振———乃桓石虔之子———为淮南太守。到这个时候，东晋三分天下，桓玄已得其二。这时桓玄又有了进军京城，把持朝政的想法。这个时候，孙恩一路向京师杀来，桓玄便要求带兵去讨孙恩。
司马元显担心桓玄趁机入京把持朝政，不敢答应。但桓玄已经开始集结士兵来京了。司马元显正在着急的时候，刘牢之、司马尚之击败了孙恩，孙恩退回海岛。司马元显赶紧以孙恩已败的理由制止了桓玄进兵。
桓玄因为没能进军京城，恼恨司马元显作梗，便把长江漕运给断了，于是上游的物资不能进入京城。京城附近刚刚遭到孙恩之乱，方圆数百里都残破无收，京城得不到补给，人们吃的都是麸皮和橡果。桓玄把司马元显逼到这分上还不罢休，还写信给司马元显，出言讥讽他是昏聩之徒。
司马元显被桓玄逼得没有办法，问张法顺怎么办？
张法顺说：“桓玄刚得到荆州，人心未附。不如趁这个时候以刘牢之为前锋，你亲带大军进攻他，这样胜算会很大。不然等桓玄羽翼丰满了，那时就难胜他了。”司马元显恨透了桓玄，便请下诏书，宣布了桓玄的罪行，讨伐桓玄。司马元显被任命为骠骑大将军、征讨大都督、都督十八州诸军事，以刘牢之为前锋都督，以司马尚之为后军统领。
大军出发的时候，张法顺对司马元显道：“刘牢之性格反复无常，如果他万一阵前倒戈，我们将全军大败。现在京城中有很多桓氏的子弟，请您命令刘牢之把他们都杀了。这样刘牢之就不可能投奔桓玄了。如果刘牢之不愿意，说明他还想给自己留反叛的后路，那你就先把刘牢之杀了，再另派别人为先锋将军。”司马元显既舍不得刘牢之，又不愿意让刘牢之去杀桓族子弟，其实还是怕刘牢之不杀桓族子弟，自己下不来台，最后没有听从张法顺的话。
桓玄见司马元显带大军来攻，便打算退守江陵。卞范之说：“司马元显不过是一个乳臭未干的小儿，刘牢之也不过是一个无威无信的战将，如果我们兵至京城，可以打击敌人的信心，握八分胜算。哪儿有请敌入境，自取穷困的道理？”
桓玄于是决定转守为攻。他留桓伟守江陵，抢先发兵，在姑孰驻军，派郭铨、苻宏、冯该等人去攻历阳。苻宏就是那个投奔东晋的苻坚的太子，现在已成桓玄手下一员猛将。襄城太守司马休之固守城池。桓玄的军队切断洞浦道路，焚烧豫州舟舰，收降武都太守杨秋，大败并生擒司马尚之，继而再败司马休之，司马休之弃城逃回京城。桓玄又破豫州，逼近溧洲。
司马元显急令刘牢之出战。刘牢之遂率北府兵进驻溧洲，刚到溧洲不久，就和前来攻城的桓玄前锋军打了一仗。刘裕先带兵出战，击败杨秋军队，杀死杨秋。接着北府军的何无忌，刘毅，冲入桓军队中厮杀，桓玄军当即败退。
刘牢之本当乘胜追击，但却收兵回营。刘裕、何无忌、刘毅都向刘牢之请兵去追，刘牢之没有同意。在这关键的时候，刘牢之放了桓玄一马，这说明刘牢之已经有了私心。
桓玄一直退兵到姑孰才敢驻军，因为畏惧北府兵，不敢进兵。正在进退两难间的时候，军中从事何穆道：“刘牢之是我的外甥，昨日他打败了你却不追击，其中必有缘故。我愿去他军中，说服他来投降。”桓玄遂派何穆去见刘牢之。
何穆见了刘牢之说道：“我前日见你阵前大胜，不但不为你庆贺，却为你担忧。所以我冒死前来，和你说说我的肺腑之言。”刘牢之问：“我有什么可担心的？”何穆道：“自古乱世之中，君臣能够和谐相处的只有燕昭王和乐毅、刘玄德和孔明，然而那也是他们大业未成而早逝，如果一统天下之后，难保乐毅和孔明不遭杀身之祸。古语道：‘鸟尽弓藏，兔死狗烹。’凡是功高震主，立下不赏之功的勋臣，没有一个能够保全自己的。越国的文种，秦国的白起，汉国的韩信，他们所追随的都是明君，可是下场都很惨。何况你现在的主公却一个是凶残的司马元显，一个是愚笨的司马德宗呢？像你现在的形势，如果战胜，元显会猜忌你，恐怕全家都逃不了死罪；如果战败了，桓玄也不会饶恕你，根本没有全身而退的道理。不如换个主公，倒可以长保富贵。”
刘牢之对桓玄和司马元显两个人都不感冒，他有自己的小九九。他听了何穆的一番话后，却有了另一番想法：他想先借桓玄的力量除去元显父子，然后再伺机除去桓玄，最终自己把持朝政。其实这个小九九，在他战败桓玄时就已经开始在盘算了。
刘牢之按照自己盘算好的想法，把自己的将军寨移到岸上，经桓玄让出水路。刘牢之的儿子刘敬宣劝说父亲道：“现在国家衰弱，危在旦夕，您要让桓玄入京的话，那桓玄就会成为当年的董卓。国家的命运，就掌握在你和桓玄的这次较量当中啊。”
刘牢之道：“我今日取桓玄易如反掌，但平定桓玄之后，我却不能奈何元显。”这是刘牢之的心里话，但他并没有掂量掂量自己的威德和地位。刘牢之打仗很在行，但政治上的事情并不是光靠打仗打得好就能解决得了。不管如何，刘牢之已经认定桓玄入京对自己只有好处没有坏处，于是派何穆回去告诉桓玄放心进军，他不会管这件事了。
卞范之听了对桓玄道：“此是刘牢之欲借你的力量除掉司马元显。但事成之后，恐怕他会反过头来对付你。”桓玄听了，便有了除掉刘牢之的想法。当然，他表面上并不露出来，第二日桓玄大军安全通过溧洲，并向刘牢之表示了感谢，然后直到新亭。
司马元显听说刘牢之叛变，桓玄已率大军到了新亭，他急忙驻守国子学。桓军到南桁后，司马元显又退守内城。桓玄军追到后，齐声大喊：“放下武器！”司马元显的军队都很听话，全部扔下武器逃了。司马元显急忙跑回家，这时只有张法顺一个人跟随他，其他人全部跑光。司马道子正喝醉了睡觉，听说兵变了，只会坐在床上哭泣，什么办法也没有。很快桓军闯入，将三人拿下，押到新亭。桓玄命令把三个人绑在船头，便要入京杀死皇帝自立。
卞范之阻止他说：“现在京城周围带兵的藩镇将领还是比较强的，刘牢之也在统兵一方等着寻找咱们的不是。民心尚没有厌弃晋朝，如果太快了会出危险。晋文公接纳周襄王，结果使诸侯听从他的命令；魏武帝挟持汉献帝，天下群臣都得归附。您不如学习他们两个，也挟天子以令诸侯，不是很好么？”
桓玄遂穿着朝服入朝。安帝虽是个白痴，但也惊讶地说道：“我没有下诏，你怎么来了？”桓玄道：“你左右都是獐头鼠目之人，前后都是狼心狗肺之徒。既伤害朝纲，又暴虐百姓，我是来起兵为你诛杀佞臣的。不是害你的，你不要担心！”
安帝又问：“谁是佞臣？你要如何处置？”
桓玄说司马元显父子、司马尚之兄弟、张法顺等人是佞臣。遂把司马元显、司马尚之、张法顺等人都杀了。司马道子早已经成为不能视事的酒鬼，这次征伐桓玄并没有司马道子什么事。桓玄表面上饶了他，但在把司马道子送往安成郡的途中，还是派人把他毒死了。
在桓玄的安排下，安帝以桓玄为丞相、总掌百揆、都督中外诸军事、录尚书事、扬州牧，假黄钺，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名。桓玄又以桓伟为荆州刺史，桓修为徐、兖二州刺史，其兄桓谦为尚书左仆射，卞范之为丹阳尹，而以刘牢之为会稽内史。从此，桓玄独掌朝廷。但有沾亲带故，和桓玄七扭八拐能扯上关系的都来投奔他。比如新安太守殷仲文，他是殷仲堪的堂弟，得知桓玄掌握朝纲之后，便来投奔，桓玄遂给他一个咨议参军的官做。就连当年骂过桓玄的刘迈，竟然也凭着这个关系前来投奔。桓玄觉得好笑，对他道：“你来做什么？你不是找死么？”
刘迈不慌不忙道：“射钩斩祛，并迈为三。”射钩是一个故事，春秋时齐国公子纠与小白争做国君。管仲辅佐公子纠，所以用箭射小白，结果没有射死小白，只射中小白的带钩。后来小白成为国君（即齐桓公），不计前仇，任管仲为相，遂为霸主；斩祛又是一个小故事，晋公子重耳（后来的晋文公）出逃到翟国，晋献公派出寺人披追杀他，也没杀死重耳，只是在重耳翻墙的时候斩下了重耳的衣袖。重耳后来也不计前仇，赦免了寺人披。重耳后来也成为霸主。刘迈的意思是你桓玄就是将来成霸业的人，我则是历史上第三个被霸主原谅的人。这是一种很高级的拍马屁方式。桓玄听了非常高兴，当即也给了刘迈一个参军的官做。
刘牢之被桓玄任命为会稽内史。刘牢之一听这个任命非常吃惊：“这不是要夺我兵权么？看来大祸将至！”于是召开紧急军情会议，商讨征伐桓玄。参军刘袭道：“人世间最不应当做的事那就是反。将军先反了王兖州，后又反了司马郎君，今天又要反桓公。像你这么反来反去的人，根本没有自立的根本！”说完话就走了。刘牢之手下的绝大部分将佐也纷纷离开了他。
刘牢之的军队就这样垮掉了。他只好带刘裕去投奔广陵的高雅之。刘裕劝他说：“你去了广陵也逃不出桓玄的手心啊。我呢，也要脱下戎装，换上常服，回京口做老百姓了。”也告辞走了。何无忌问刘裕：“你们都走了，我该怎么办？”刘裕说：“我估摸刘镇北一定不免一死，你可随我一起回京口。”何无忌本是刘牢之的外甥，他犹豫了半天，最终还是告辞了刘牢之，也走了。
刘牢之这才开始害怕起来，带着没有将校只有士兵的军队向北撤退，等撤到新洲的时候，他的士兵也跑得精光。刘牢之觉得自己太丢人了，太窝囊了，太愚蠢了，前途也很黯淡，未来没有希望，就解下腰带找了棵树上吊死了。刘牢之无德无信无威，竟然也想争天下做皇帝，结果下场很惨。
刘牢之的儿子刘敬宣不久赶来，他把父亲的尸体装殓后，送回丹徒老家。桓玄派军队赶到，刘敬宣来不及掩埋他的父亲，匆匆渡江，北逃到广陵，与高雅之、司马休之一起投奔了南燕。桓玄命令劈开刘牢之的棺材，砍下首级，把尸体扔到野外曝尸。又到处悬赏捉拿刘牢之的党羽，杀戮北府军将领。辅国将军袁虔之等北府将领逃往长安，投奔后秦。姚兴任命袁虔之为大司农，并问他：“桓玄才略和他的父亲比起来怎么样？他能不能成功？”袁虔之道：“桓玄名为晋臣，实为晋贼。此人好猜忌，赏罚不公。我看比他的父亲差远了。桓玄既然已经执掌朝政，将来肯定篡逆。但他没有命世之才，断无成功道理，迟早要完蛋。”
孙恩被困在海岛，得不到大陆补给，过得很是辛苦，几次带兵进攻东晋，但每回都被打了回去。孙恩感觉前途无望，投水而死。一些家属和信徒也跟着投水自杀。但事后仍然有很多人迷信他，不相信他会这么容易就死去，称这些投水的人为“水仙”。孙恩死后，还留有七八千教徒，于是大家又推孙恩的妹夫卢循为首领。卢循遂向桓玄请降，桓玄刚刚执掌朝政，也不愿意国家有事，所以就接受了卢循的投降，任命他为永嘉太守。卢循接受任命后，依然保存实力，并在这年五月，再次举兵起义。桓玄派去镇压的军队连连失败，桓玄很为这事心烦。桓修建议起用刘裕。桓玄说：“刘裕是刘牢之的老部下，我担心他执掌兵权后对我不利。”桓修说：“当年刘牢之要带兵攻打你，刘裕没有跟随他，而是解甲归田，可见这个人和刘牢之也没什么太深的交情。后来我一直用他做我的中兵参军，我们相处时间也很长，我看他对你并无异心。”
桓玄于是命刘裕为建武将军，令他出讨卢循。在家赋闲的刘裕再一次得到了出山发展的机会。他带着何无忌领兵出征，用一年多的时间将卢循彻底赶出三吴。卢循逃往晋安（今福建省南安市丰州镇），刘裕又追来把卢循赶出福建。卢循只好渡海向南海逃走。刘裕回师京城，桓玄论功行赏，将刘裕升为彭城内史，从此日益受到朝廷的重视和重用。
东晋复国
晋元兴二年（403）九月，桓玄逼安帝封他为楚王，见事情办得很顺利，朝野内外也没有反对的声音，于是他胆子更大起来，准备当皇帝。他问桓谦如果他当皇帝，会不会有实权人物反对。桓谦说：“其他人都不敢反对，只有刘裕这个人我不敢说。”
桓玄让桓谦去试探刘裕，刘裕对桓谦说他双手赞成桓玄当皇帝。桓谦很高兴，赶回来告诉桓玄。于是桓玄立刻行动，经过一番安排之后，带着文武百官入内宫，让安帝禅让。安帝本是个白痴，自然无话，于是由卞范之拟禅让诏，安帝签了个字，司徒王谧奉上玉玺。桓玄登基成为皇帝，国号为楚。桓玄当皇帝后，把他的亲信都任命到实权职位，桓修的弟弟桓弘为青州刺史，刁逵为豫州刺史，郭昶之为江州刺史，刘裕也因为对桓玄表示过拥戴，被封为中军将军。桓玄还认为刘裕是个难得的军事将领，以后国家少不了要用刘裕的地方，于是经常厚赏刘裕，并经常召见刘裕一起喝酒游玩，拉拢感情。
刘裕早就派何无忌拉拢了一大批中下级军官和地方官，打算起兵反楚复晋，但被桓玄留在京中，一直不能脱身。刘裕以母亲身体有病需要照顾为名向桓玄请假。桓玄批准刘裕走后不久，他又后悔了，急忙派人去追刘裕，哪知道刘裕挑了一匹快马，一路玩命地南奔，桓玄的人根本就追不上。这哪是回家探母，分明是逃命。桓玄听说刘裕跑得这么快，心里隐隐感觉不安，但还心存侥幸，没想到几天后他的担心成为现实。刘裕在京口起兵了！
刘裕一路狂奔，回到京口，这时京口的何无忌已经联络了一大批北府兵旧将和其他反楚的中下级官吏，刘裕被推为起义首领。刘裕安排下三路人马，分别进攻青州刺史桓弘，徐、兖二州刺史桓修和豫州刺史刁逵。
京口这一路，刘裕和何无忌化装成钦差大臣带着一百多人来到桓修府中，等恒修出来迎接时，一刀将桓修劈死，因为京口士兵大多为北府旧部，是刘裕和何无忌的老部下，所以都投降了刘裕。司马刁弘率自己的军队来战，刘裕很快将刁弘击败，收降其部下，占了徐、兖二州。
广陵这一路，刘毅在桓弘手下做参军，刘道规为参军，孟昶为主簿，三个人一起邀请桓弘出去打猎。桓弘未加防备，一口答应。在打猎的那天早上。三个人带上打猎的刀枪剑戟直接走到桓弘的客厅，桓弘正在吃早饭，看见三个人拿着兵器还纳闷他们怎么这么着急。哪知道三个人一齐围上来用这些打猎的武器把桓弘给杀了，也收降了青州的士兵。刘道规据守广陵，刘毅和孟昶带兵去京口和刘裕会合。刘裕让孟昶守京口，然后挑出一万多精兵，攻向京师。
历阳这一路，诸葛长民却被刁逵先发制人，反被擒获。刁逵把诸葛长民等人装入囚车中送往京城。
桓玄听说刘裕等人造反，不由大惊道：“刘裕是当世英雄，刘毅为人杰，何无忌的军事才能不亚于他的舅舅刘牢之。这三个又一起联合起来反对我，我就要败啦！”这时桓谦大哭闯入，一定要请桓玄出兵击杀刘裕，为二弟桓弘报仇。
桓玄道：“刘裕虽然兵少，但这个人打仗很厉害，手中又握有善战的北府兵，如果出兵对决，一旦战败，大势去矣！不如把所有的军队都收缩到覆舟山一带防守。刘裕行军数百里不见一兵一卒，忽在覆舟山见我数倍于他的大军，军心必惧。我们坚守不出，刘裕的军队久攻不下，军心会更加动摇。到时，刘裕自然会退兵。”但桓谦一定要桓玄出击，为二弟报仇。桓玄被他缠得没有办法，就派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷先后北上去攻刘裕。
