赫连勃勃大王
东晋义熙三年，也就是刘裕的恩人扬州刺史王谧病死，刘裕趁机掌握整个东晋权力的那一年。后秦把那个为拓跋珪求婚的倒霉使者放回北魏，并送给北魏一千匹良马。北魏则把当年魏秦之战时的秦军被俘将领狄伯支、唐小方等人放回来。前秦和北魏握手言和。
刘勃勃在后秦经过多年的经营，这时候已经很有势力了。他以北魏为自己的世仇，而与北魏言和的后秦同样也是自己的敌人为理由起兵造反。其实刘勃勃早有独立之心，现在是恩将仇报。当年后秦要是不收留刘勃勃，他可能早就流落不知所终了，哪儿能有今天的地位。
刘勃勃以打猎的名义悄悄地接近高平川，不过他这次打猎带的不是普通的侍从，而是三万名精骑兵。他带三万精骑兵突袭高平川，杀死没弈干，吞并了没弈干的部落。没弈干当年收留刘勃勃，并极力向姚兴推荐，使刘勃勃得以富贵。他甚至把自己的女儿嫁给了刘勃勃，结果却被这个中山狼给干掉了。
刘勃勃不久自称大夏天王，设置百官，史称胡夏。但刘勃勃的胡夏国没有固定疆域，没有都城，甚至连国土都没有，打到哪里算哪里，后勤补给完全靠抢掠补充。他的部下都劝刘勃勃给自己弄块根据地，这么搞大家都弄得像土匪似的，而且也不利于国家经济实力和军事实力的增长。刘勃勃说：“你们说得都很有道理。可凭咱们现在的实力根本不是姚兴的对手，你如果经营城市，姚兴必然攻克，你如果划定疆域，姚兴一定占领。那咱们经营根据地不是等于替姚兴白白地干活么？现在咱们是打得过则打，打不过则跑。敌人不想打了，咱们出其不意地攻击；敌人前来追击，咱们又迅速退走。使前秦疲于奔命，而我们则保存了实力。只需要十年的工夫，前秦必然会退出岭北、河东一带。姚兴死后，他的嗣子姚泓远不如他的父亲，是个无能之辈，那时我们再出兵攻灭后秦，必成大事。”事实证明了他这个战略是相当正确的，后来前秦虽然名义上拥有岭北、河东，但所有城池大白天也不敢开城门，所有军队都龟缩在城市中，生怕受到胡夏军队的游袭。城市以外的大片土地，实际上都算是让给了胡夏。
南凉的秃发傉檀虽然向前秦称藩，但毕竟是一个独立的割据政权，所以对前秦并没什么忠心，而是一直想谋取前秦的土地，扩大自己的实力。正好凉州别驾宗敞和傉檀是心腹旧交，他向傉檀出主意说，你打不过前秦，其实也可以得到凉州。只要你去藩称臣，姚兴必然会把凉州交给你管理。到时候，凉州可不战而得。
傉檀很高兴，立刻去年号，不称王，向姚兴称臣，又献给姚兴战马三千匹、羊三万头。姚兴很高兴，觉得这个人还是挺忠心的，遂把傉檀封为凉州刺史，让他带领旧部镇守凉州的首府姑臧，原凉州刺史王尚回长安。
凉州人都舍不得王尚调走，一致推举主簿胡威去长安向姚兴求情。胡威道：“傉檀只用三千匹战马，三万头羊就换取了凉州，这个买卖您太吃亏了。您想想，凉州有三千户居民，只要每户出一匹战马，就是三千匹；每户出十头羊，就是三万头。早上你发个命令，下午就能给你送过来。这有何难？这么富饶的地方如果给了傉檀，他的势力将更大，必成为前秦的祸患！”
姚兴于是又担心傉檀将来反叛自己，急忙派人去告诉王尚继续当他的凉州刺史，同时派车普去通知傉檀不要去姑臧了。车普和傉檀也是好朋友，他快马加鞭，日夜兼程，找到了傉檀。但他不是通知傉檀回去，而是告诉他赶紧加快速度去姑臧，姚兴已经改主意让王尚继续留下来了。
傉檀急忙把人马分成两队，一队骑兵由自己带领，轻装前进，快速向姑臧进发。傉檀到姑臧后，通知王尚的使臣还没有到。王尚便和傉檀交接完毕，然后带兵离开了姑臧。等王尚在回去的路上接到通知时，木已成舟。
姚兴只好让傉檀待在姑臧。其实通过傉檀抢占姑臧这件事姚兴也看出来，傉檀根本不是自己能够用得动的忠心臣子，其实还是一个割据的藩镇而已，只不过是换了个臣子名义。
刘勃勃的游击战虽然让前秦非常郁闷，但毕竟岭北、河东的城市还在前秦手中，刘勃勃进行战略补给和发展生产都受到很大的制约。于是他把目光转向傉檀的南凉。刘勃勃把南凉当做他的大粮仓，没粮的时候就去南凉打一仗抢几万头牛羊回来；没有马的时候再去南凉打一仗，抢几千匹马回来；没奴隶的时候，需要补充兵源的时候，再去南凉抢人……
傉檀几乎都要让刘勃勃这种强盗行为逼疯了，他几次带大兵出战，维护自己的国家，但都被打败。最惨的一次，南凉被胡夏军杀死一万多人，大将阵亡十几人，其余部卒全部逃散。秃发傉檀带着几个亲兵狂奔回到姑臧，刘勃勃的追兵在他屁股后面追着打。
姚兴看到傉檀在刘勃勃面前表现得如此窝囊，便也出兵想夺回姑臧。他派儿子姚弼，大将敛成、乞伏乾归等将领，率三万军队进攻南凉。傉檀躲在城内，却弄了几万头羊赶到城外。秦军只见白羊不见兵，于是高高兴兴地捕起羊来。傉檀等秦军的队伍混乱之后，带骑兵出击，大败秦军。姚弼带着败军撤回。这一仗打完后，傉檀干脆和姚兴撕破了脸，自称凉王。别说是称臣，就连称藩也免了。
北边秦军的将军齐难也吃了刘勃勃的败仗，两万精骑兵只剩下了五千。姚兴亲率数万秦军再与刘勃勃决战，刘勃勃坚持游击战争，姚兴找不到主力，驻军又受袭扰，只好退兵。姚兴退兵后，刘勃勃乘机在敕奇堡、黄石固、我罗城等地又大大地劫掠了一番。姚兴干着急生气，却想不出对策。
第二年七月，西秦的乞伏乾归趁秦国和胡夏的战争日益频繁，率众在陇西复国，以苑川为都，称西秦王，以乞伏炽磐为太子。后秦此时已经顾不上收拾西秦了。
南燕就是在这个背景下来长安向后秦求救兵，姚兴也想救南燕，可哪里抽得出来部队，只好派人去吓唬刘裕说：“我已经派了十万大军驻在洛阳。你们要是不退兵的话，我就要进攻了！”
刘裕对来使说：“你回去告诉姚兴：我本来想灭掉燕国之后，息兵三年，然后再去进攻秦国。既然姚兴想提前送上门来，就让他来吧。”
刘穆之怕刘裕激怒姚兴，对刘裕道：“如果后秦发怒，真的派兵来攻，我们可是要腹背受敌了。”
刘裕笑道：“他要真的派兵来救，早就派兵来了。何必还来通知我一声，怕我不知道呢？这必是无兵可派，虚张声势吓唬我。”
南燕慕容超见求不来救兵，十分着急，便派人向刘裕求和，愿意割地称藩。刘裕没有答应，一定要灭燕。慕容超只好再次派人去后秦求援。这次不是派普通的使臣，而是派了一个高级别的政府官员，尚书令韩范。韩范在外交上很有一套，所以这一次后秦竟然在捉襟见肘的情况下，抽出一万部队由卫将军姚强带领去救南燕。但部队快到洛阳的时候，突然有快马追到，说刘勃勃再一次大败秦军，要姚强迅速带兵回援。韩范看着姚强带军回去，不由长叹：“燕国要亡了！”
副使张纲道：“既然燕国要亡，不如咱们就去秦国吧。”
韩范道：“燕亡国后，接着就是秦国。我不可以两次受辱，不如直接投奔晋国。”
韩范投奔刘裕后，刘裕立刻任命他为散骑常侍，并邀请韩范同车，绕城巡视。一边绕城，一边命令晋兵大声呼喊：“刘勃勃大破秦军，无兵相救！”
城内的士兵一直坚守待援，现在听说秦军不来了，又见韩范和刘裕共坐一车，军心顿失。刘裕趁机让韩范到城下劝降。韩范道：“我不忍心。”刘裕并不强求，反夸他忠心，于是日夜攻城。但连攻八个多月，广固城竟然岿然不动。刘裕经过查访，有人指点他堵住五龙山的水道，使水不能入城。
刘裕遂派人把五龙山水道堵住。城中虽然可以掘井取水，却因为喝不到五龙山的水，缺少某种矿物质，城中得软脚病的人越来越多，严重的根本不能行走。士兵因此大幅减员，留下的战斗力大减。更可怕的是，疾病使城中弥漫着恐怖气氛，很多人开始想逃出城去，以避免成为残疾。
在这种情况下，刘裕终于攻破了广固城，慕容超拒不投降，道：“兴废原有天命，我宁奋剑致死，不愿衔璧求生。”慕容超战至最后一人，终于被擒。押到刘裕面前时，慕容超镇静自若，毫无惧色。因为刘牢之的儿子刘敬宣被南燕收留过，二人有旧交，所以慕容超把母亲托付给刘敬宣，自己被押到建康后斩首，在位六年，死时二十六岁。南燕遂亡。
刘裕入城后，因为围攻了将近一年才打下来这个城池，便想进行大屠杀报复。韩范苦苦为百姓求情，最后刘裕把燕室宗族三千人全部斩杀，家属一万余人发作奴婢。
就在刘裕刚刚攻破南燕广固城的时候，卢循、徐道覆正在率大军向建康杀去。朝廷已经向刘裕下了几次急诏，催他回去抵御卢循的叛军。刘裕一直坚持到城破，这才赶紧带兵南归。
刘裕北伐南燕之后，始兴相徐道覆劝他的小舅子卢循去攻袭建康，断刘裕后路，再与南燕前后夹击，以成大业。卢循认为这件事没有把握，便没有答应。徐道覆说：“我们现在是苟安于岭南，如果等刘裕攻灭南燕之后，再休兵一年，养足精神，然后下一道命令，夺你兵权征你去京，你是去还是不去？如果不去，刘裕出兵越过五岭来攻，你又能打得过他么？现在的时机，一旦错过就没有了。你要是不干也可以，我来干。”
卢循并不愿意反，也不想让徐道覆单干，将来连累自己，便找借口说：“出兵需要造舰船，造舰船需要船材。现在找船材，来不及啦。”
徐道覆笑道：“十日之内，我们便可造舰出师。”原来徐道覆早就谋划此事，已经派人去南康山、大庾岭中砍伐下许多造船木材运回始兴，然后低价出售。因为价低，居民们都争相购买，因此存下许多船材，而朝廷也没有发现。现在徐道覆又命人将船材收购回来，仅用了十多天，就打造大小船舰近千艘。卢循再无理由搪塞，遂于义熙六年（410）二月，在始兴起兵十万。卢循率西路军从湘江去攻打江陵；徐道覆率东路军从赣江杀向建康。
徐道覆这路水军，从赣江顺流北上，连连攻破南康、庐陵、豫章，一直攻到浔阳。江州刺史何无忌正驻守浔阳，长史邓潜之为他出主意：“徐道覆这一次来势凶猛，他的兵源多为始兴兵，英勇善战，而且他们又居于上游。我们不如决开南塘的堤坝，使赣江水位下降。这样徐道覆的船只就不能顺利北来，我们坚守浔阳等待援军。等援军到了，我们再出击，必能大胜！”
何无忌不高兴地说：“我当年灭桓玄的时候，打过几十次仗，无不是以弱胜强。徐道覆不过是个海盗，我还用怕他么？”遂派出军队，逆流而上去迎击徐道覆。徐道覆早就在河西的小山上埋伏下弓箭手，对晋军的舰船万箭齐发。何无忌命船舰靠岸反攻，这时徐道覆又率兵顺流攻击。何无忌兵少，顾此失彼，又处下游，很快落败。邓潜之让他赶紧带兵退走，何无忌宁死不退，站在船头指挥军队，一直到身中十几箭方才倒下。徐道覆大胜，攻取了浔阳。
刘裕先领军到了下邳，然后分为两路，一路押运便用辎重走水路，一路由陆路急速赶回。到了山阳（今江苏淮安县），又传来消息，何无忌大败战死。刘裕没想到事态会这么严重，立刻带上七八十名护卫队骑快马先行，很快来到京城。这时徐道覆还没有来到京城。刘裕这才松了一口气，赶紧调动京中军队，安排城防。由于京中可用的兵力太少，刘裕放弃其他险要之处，把所有兵力聚集在石头城，而在其他地方则用插旌旗，派人擂鼓的方法造成有军队在此的假象，专等徐道覆到来。
其实徐道覆早该杀到京城，但路上被刘毅带兵挡住。徐道覆怕打不过刘毅，暂时驻兵，请卢循带兵到浔阳合兵一处。卢循从湘江北进，一路上也是连克城池。荆州刺史刘道规在长沙阻击卢循，失败后逃走。卢循继续前进，攻下巴陵，直逼江陵。路上接到徐道覆的信，要他去联兵进攻刘毅。卢循担心败走的刘道规从后面袭击他，便请占据川蜀的谯纵出兵江陵，进攻刘道规，并向谯纵许诺，如果取得晋国，就把西边的领土封给他。谯纵遂起兵去攻刘道规。
卢循则由巴陵下浔阳，与徐道覆合兵一处。徐道覆挑最小的船五十艘，派部将王得去和刘毅交战。刘毅见了先是大为惊讶，接着放声大笑。因为他来的一路上都听说徐道覆和卢循有很多很多的兵，有很大很大的船，没想到却只是几十艘树叶儿一般的小船。刘毅很快击溃王得，王得带船败走。
刘毅一直追过桑落洲，小船往两边一闪，对面突然奔来八艘大船。这八艘船有现在的七八层楼房那么高，船身蒙着铁甲，船头有长长的钢锥，并成一排直扑过来。刘毅有十多艘船来不及躲避，都被这八艘铁船撞碎。刘毅急忙退兵，徐道覆在后一路追杀，直追到桑落洲，才停下不追。刘毅刚到桑落洲，突然两岸射出无数火箭，桑落洲上尽是芦苇，船只和芦苇全部烧着，桑落洲上一片火海。刘毅最后只带了十多艘军舰逃出，刚逃出几里地，卢循手下部将林俭、刘稷又率一万水军从豫山后的水道中杀出，刘毅前进不得，赶紧弃船上岸逃跑。等他跑回建康，数万大军只剩下了十几个人。刘毅见了刘裕，恨不得找个地缝钻进去，刘裕倒是好言安慰了几句。
不久，各处败兵们陆陆续续来到建康，纷纷传言，卢循的水军有几十万，船只前后相接有数百里，船高十多丈，把建康的将士们都吓得够呛，孟昶、诸葛长民等人都建议刘裕退到长江北岸，和大部队会合之后，再与卢循决战。刘裕道：“现在敌人就要到了，人心浮动，都想逃跑。我要是带头一走，那京城就会出现大逃亡，我们的军队立刻就要崩溃。你还能逃得到江北么？就算是逃到了江北，江北的军队也早就闻风散了，还能集合起来决战么？也不过是多拖延几天罢了。现在京中的士兵虽然少，但与卢循一战那是足够了。如果胜了，君臣同庆；如果败了，以身殉国，决不能逃跑苟活。”
孟昶再三恳求刘裕撤退，刘裕就是不听。孟昶大哭：“当初你要北伐燕国，大家都不同意，只有我赞成，导致现在卢循祸害国家，这是我的罪啊。我当以一死以谢天下！”刘裕很生气，对他道：“等我打完这一仗，你再死也不迟。”但孟昶一回家就吃毒药自杀了。对孟昶这种做法，刘裕不可理解，但也只有叹气而已。
卢循听说刘裕以神速赶到建康，他一开始并不相信，后来接连从俘虏口中得到确认，他又害怕起来。他和徐道覆商量，不如转攻江陵，占据江、荆二州，割据一方，对抗东晋。徐道覆道：“我军连连大胜，士气正旺，又有十余万大军，上千艘战舰，正是乘胜追击，直取建康的有利时机，你却要后撤。如果刘裕调集优势兵力，再来攻你，到时候你能打得过他么？”卢循想了很多天，最后还是同意了徐道覆，带大军顺江而下，杀向建康。
卢循的舰队开到建康以后，先是直奔新亭，在城头观望的刘裕不由大惊，接着卢循的舰队又转向西岸，停在蔡洲，刘裕又是一喜。旁边人不理解，问他为什么先忧后喜。刘裕道：“如果贼兵从新亭直接杀进来，那我们根本挡不住他们，只能回避，胜难料；现在贼兵却回去停泊在西岸，那他们必将成为我的俘虏！”
其实徐道覆本来是命令舰队杀进新亭的，但卢循却吓得大惊失色，急忙派人调徐道覆的舰队回来。徐道覆对卢循道：“我们可以从新亭、白石垒一线登陆，然后烧掉所有舰船，破釜沉舟，激励战士，数路并进，刘裕必成为我们的俘虏！”卢循则担心道：“我们的大军还没有到建康，不要急着决战，等后面所有的部队上来再说吧。”徐道覆一再请求，这次卢循却坚决起来，就是不让进兵。徐道覆没有办法，走出来后自语道：“这家伙干不成事，我终将为他所误。如果我能为英雄卖命，就算是平定整个天下都算不了什么！”
因为卢循的军队在路上先等徐道覆来援耽搁了一些日子，与刘毅打仗又被阻挡了一些日子，听说刘裕在建康再犹豫了十多天，来到建康后又停在蔡洲不肯前进，又是十来天。这样刘裕便得到了充足的时间来调集军队，首先北伐的军队赶了回来，接着各地勤王的军队也赶来了。卢循在蔡洲待了十多天以后，整个京城防线已经被晋军防守得如铁桶般严密。这时卢循再想进攻，根本就没有机会了。他亲率大舰去攻石头城，哪里能攻得下来。
徐道覆见强攻不成，便想了个办法。他派老弱残兵扮成精锐部队乘大船向北，进攻白石垒，以吸引刘裕主力。因为白石垒也是江滨要害，刘裕留参军沈林子与徐赤特守石头城，自己带着刘毅、诸葛长民率兵守白石垒。刘裕临走时怕卢循乘虚攻石头城，嘱咐二将只可守城，不可出战。
卢循见刘裕果然带重兵去防白石垒，急令徐道覆去攻石头城。徐道覆率军先攻破石头城前的查浦垒，查浦守将刘钟退回石头城。徐道覆焚毁查浦上的工事，乘胜进军至张侯桥，并在张侯桥安营。他料到晚上晋军必要偷袭，派秦用、范崇民、林俭、刘稷四将埋伏在外，留少数士兵守在营中。
石头城的守将徐赤特当晚就要偷袭徐道覆的营寨。沈林子说主力都让刘裕带出去了，不可轻易冒险，况且刘裕也说过，只可守城，不可出战，极力劝阻。徐赤特不听，执意带两千士兵出战。结果中了徐道覆的埋伏，全军覆没，只有他一个人逃回石头城。徐道覆趁势攻城，沈林子赶紧点火向刘裕报信求救。刘裕在白石垒望见信号，命令参军朱龄石率军回援。徐道覆一时强攻不下，又见晋军援军到来，便带兵撤退了。
刘裕回到石头城后，问明情况，立斩徐赤特，并号令三军：“三军只需坚守，不许出战！有违令者，以徐赤特为例！”
于是，晋军坚守建康，从不出战。卢循围城两个多月，没有任何进展，不久军粮出现问题。他派兵去建康周围的丹阳、京口等城去劫粮，这些城池难以攻下，而城外的粮草都早就割光，收入城中。卢循没了粮草，只好退兵，临走时对徐道覆道：“我们去夺取荆州，仍能据有东晋三分之二的领土，还有实力和刘裕争一争。”徐道覆见事已至此，攻不能攻，守又无粮，只好派大将范崇民领精兵一万守住南陵，以防刘裕从后掩袭，和卢循带大军退回浔阳。
晋将听说卢循退兵，都向刘裕请兵追击。刘裕道：“卢循并非战败，而且战舰比我们的优良，水军也比我们强，不可追击。如果去追必中埋伏。”
刘裕遂在建康招募新兵，修建水寨，建造巨舰，训练水军，排演水战，以增强自己在水军方面的实力，以达到能和卢循水军匹敌的程度，准备下一次的大战。
刘裕专权
西蜀的谯纵出兵江陵，助战卢循，在出兵之前谯纵还向后秦请兵。已经投降后秦的桓谦一听要打东晋，很是兴奋，极力劝说姚兴出兵。他对姚兴说：“我们桓氏在江陵很有势力，也很得民心，如果我领兵南征，最起码荆州的百姓会响应我，取荆州会很容易。”
姚兴也知道桓家在荆州的势力，于是一面派桓谦回荆州笼络旧部，招兵买马，一面派前将军苟林率一万五千士兵南下。桓谦悄悄地潜回荆州后，竟然很快组织起二万多人马来，进兵至枝江，苟林则进军到江津。谯纵则派他的弟弟谯道福率三万水军进入荆州。
三路军马杀向江陵，老百姓都很害怕，担心刘道规守不住城，纷纷要逃。刘道规干脆把所有城门打开，贴出告示说，谁愿意走我不拦着，但我保证江陵城一定能保得住。大家伙儿一看刘道规这么镇定，逃出城的人也就少了。
面对三路强兵，刘道规认为坐着等他们在江陵城下合军一处，然后决战，那是坐以待毙的挨打战术，他决定以时间换空间，发挥运动战的长处，在三路兵马未汇合之前，带兵转战三处，将他们各个击破。以他现在的兵力，只能全军出战方有胜算，但全军出战，就没有兵力守城了。刘道规正在烦恼的时候，雍州刺史鲁宗之率五千士兵从襄阳赶来援助。虽然兵力不多，足够守城，这支兵力可真是救命啊。刘道规立刻请鲁宗之替他守城，自己率两万军队去攻桓谦。
当时苟林距离江陵最近，其次为桓谦，再次为谯道福。从战斗力来说，以桓谦最强。刘道规舍近求远，去攻桓谦，这在军事上是有说法的。苟林是弱军，而且此人既胆小又没什么军事判断力。如果去攻苟林，桓谦来救，必成一对二的形势。反过来，刘道规舍近求远去打桓谦，苟林则不敢当机立断地迅速回军援救。一旦攻破桓谦，苟林又会因为失去援助而迅速退兵。所以，与桓谦的决战，是胜败的关键。
刘道规在枝江与桓谦进行了一次惨烈的决战，很快分出胜负。桓谦全军覆没，失败被杀。刘道规打败桓谦后迅速回师，那苟林果然没有回援桓谦，而是去攻江陵。江陵有鲁宗之死守，苟林一直不能攻下，又听说刘道规击败桓谦回师，他急忙撤军，但已经晚了。刘道规很快迎面拦住苟林的军队。面对刘道规的军队，苟林不堪一击，也战败身亡，所有部众全部投降。
不久，徐道覆也率一支军队从浔阳向江陵急速进军，很快就要兵临江陵城下了。这时鲁宗之已经带兵回到襄阳，再派人去请他回援助守，时间已经不够。徐道覆虽然只带了三万人马，但他的军队战斗力比桓谦要强得多，而徐道覆本人也能谋善战。刘道规这次采取的是四面开花的战术。他紧急招募了三四千民兵，简单训练后配以两千名正规军来守城。然后把约两万军队分成三路全部埋伏在城外。徐道覆的军队来攻打时，刘道规带着数千民兵硬是艰难地守了七八个小时，一直坚持到天黑的时候。反攻的时间到了。先是刘遵率一支军队冲击徐道覆的后路。这时，徐道覆还算冷静，他分出一支部队去阻击刘遵的进攻。但很快又先后有两支军队杀来，深夜之中徐道覆不知有多少军队杀来，赶紧撤退，刘道规趁势带兵出城。四路军队在后一阵掩杀，徐道覆大败，顺水路逃回浔阳，损失近万人。谯道福本来已经攻破巴东（今四川奉节），杀死晋的守将时延祖，正在向江陵进军，听说两支友军皆败，后来的徐道覆也被杀败，不敢再进军，退回了蜀国。
刘裕本来一直担心江陵形势，一连得到刘道规的两份捷报后才长吁一口气说道：“有刘道规在江陵，我可以放心了。”几个月后，刘裕的船只建造完毕，水军也训练得差不多了。刘裕遂带大军全面清剿卢循和徐道覆。
刘裕在进军之前，先派建威将军孙处、振武将军沈田子率五千水军，断卢循后路，防备卢循失败后重新逃到海岛据守，又因为他知道刘毅已经和自己是貌合神离，遂让刘毅留守建康。安排完毕之后，以王仲德和刘钟为先锋军，向南而进。王仲德和刘钟到达卢循手下部将范崇民的防区南陵，正巧这一天是大雾天气，雾气浓重，对面也只能看到影影绰绰的人影，再远一些就什么也看不到了。王仲德和刘钟的船只误入范崇民的水寨，引起双方的混乱。王仲德和刘钟干脆带兵一顿猛杀，而范崇民则以为对方是有备而来，专门趁雾劫营，大雾中又辨不清对方来了多少人，急忙带着手下人一顿乱杀，弃了南陵逃回浔阳。
刘裕军立刻进逼到浔阳，用火攻的方法击败卢循，卢循又退守豫章，刘裕再攻下豫章，卢循和徐道覆分两路南逃。卢循逃到番禺，徐道覆逃到始兴。卢循来到番禺时，孙处已经从海路行军占领了此城。卢循仗着手里还有一万多军队，便攻打番禺。孙处坚守城池不出，与卢循相持了十多天。徐道覆的军队在始兴被击败，徐道覆被杀，始兴被占。刘裕派刘籓和孟怀玉率轻骑一万，飞速去援孙处。卢循被城内守军和城外的援兵夹击，战败后率残部逃往交州。
交州刺史杜慧度带兵在龙编津击败卢循残部，卢循无处可逃，将自己所有妻妾杀死后，投水自杀。这一年是东晋义熙七年（411）四月庚子日。自隆安三年（399）十一月，孙恩在浙东起义，到卢循在交州龙编津被消灭，这次起义长达十一年零五个月。
卢循被灭的第二年，荆州刺史刘道规病卒，刘毅被任命为卫大将军、荆州刺史。前文说过，刘毅认为当年反桓玄，打江山，自己一点儿不比刘裕的功劳小，可是刘裕越混越好，成为一朝之主；而自己却只是一个高级将领而已，心里很是不平衡。两个人在朝廷中也互相有小动作，刘毅暗地里给刘裕使绊，刘裕则利用权力压制刘毅，不让他抬头。这一次刘毅到了荆州，立刻就开始准备起兵与刘裕抗衡。刘毅还有个堂弟刘籓远在兖州当刺史，手下也有数万兵马。为了稳妥起见，刘毅托病向刘裕申请把自己的堂弟刘籓调到荆州当副手。
刘裕一见到刘毅这个要求，便叹了一口气道：“刘毅要反啦。”不过刘裕接着又说道：“他这是自寻死路。”刘裕不动声色地同意了刘毅的申请，等刘籓按惯例来朝中谢恩时，刘裕将刘籓杀死。接着以迅雷不及掩耳之势，迅速出兵，一路攻城夺地，很快攻下江陵城二十里地以外的豫章，进兵到江陵城下。刘毅根本没时间调集兵力，加固城防，仓促应战，很快城破逃跑，逃到牛牧佛寺的时候，僧人闭门不纳。刘毅问为什么。寺僧道：“前几年桓玄事败时，我的先师就是因为收留桓氏逃难者被一个叫刘毅的将军给杀了。后来我们再不敢收留不明来路的陌生人。”刘毅听罢，叹口气道：“为法自弊，一至于此！”说完就在寺庙外上吊自杀了。他的尸体不久被刘裕手下谋士王镇恶所带的部队发现，将其尸体斩首，并搜杀刘毅的子侄。刘毅死后，会稽内史司马休之升任为平西将军、荆州刺史。
这时，当年起兵反桓玄的第三路领导人诸葛长民暗中写信给冀州刺史刘敬宣，找他一起造反。刘敬宣委婉拒绝，并将此事向刘裕报告。刘裕正打算趁势进兵收复西蜀，知道后方诸葛长民可能会有叛乱后，便把所有军队都给西阳太守朱龄石带领，让他进攻西蜀。由于军队中很多人比朱龄石资格老、功劳大、经验多，论级别和官职也比朱龄石高，绝大多数老将对刘裕任命年轻人朱龄石为帅感到很不理解。刘裕说：“古有陆逊，今有谢玄，都是没有经过大战的年轻人，后来都以少胜多，一战成名。朱龄石有大才，我当然要不拘一格，委任不疑。”刘裕力挺朱龄石，手下这些将领们也就没说的了。
刘裕送朱龄石出兵后，只带了身边的侍卫长丁旿，两个人日夜兼程，很快乘船回到建康。回去后什么也不提，只说是好久不见，要请诸葛长民喝酒。诸葛长民自恃已经备下两千精兵，而刘裕只带丁旿一人，于是欣然赴宴。刘裕与诸葛长民在酒席上东拉西扯，谈天说地，一叙旧情，说到最后，刘裕突然问道：“咱们兄弟两个这么有感情，你为什么还要害我呢？”
诸葛长民一愣，这时身高体壮的丁旿走了出来，用一根绳子把诸葛长民给勒死了。诸葛长民一死，他手下的军队全部散去。廷尉命人搜捕诸葛长民的兄弟。诸葛长民的大弟弟诸葛黎民拒捕被杀，小弟弟诸葛幼民逃跑后很快被捕获，当即斩首。诸葛全家男子全部被杀。
朱龄石被任命为益州刺史，带三万水军来到白帝城。白帝城有内、中、外三条水道都可通往成都。上次刘敬宣攻打川蜀走的是内道，结果大败而归。朱龄石料定这回蜀军一定会加强外水的防御，以防晋军从外水进攻。但内水险峻，实在是不适合进攻；外水又有重兵，进攻也会很吃力。
朱龄石经过策划后是这样部署的：他把最好的上百艘高大船只配给战斗力最不强的五千士兵，一路虚张声势，如大军行进般从内水进发；他把主力调到外水，偃旗息鼓，悄悄前进；同时又派臧熹率三千精兵，从中水向广汉进攻，吸引敌方的注意力，并分散敌人兵力。
谯纵那边是这样想的：晋军上次在内水失败，了解到内水的险峻，按道理这次应当从外水进攻，自己要加强外水的防御。但对方肯定也知道自己加强外水防御的想法。这样，对方就可能以重兵来攻内水，以避免与自己的主力相遇。当时的情报又表明，内水有一些晋军高大的船只在行进，而外水暂时没有动静，于是谯纵调重兵防守内水的关口涪城。
但后来又有确切情报表明，外水有大量晋军在迅速行进。谯纵这才恍然大悟，知道自己中了朱龄石的计策，又急调内水的兵力，和成都的兵力驰援外水的关口平模。
但这时候的军事调动已经是来不及了，朱龄石与刘钟进军到平模后立刻发动攻击，用了两天的工夫，把平模攻下，然后迅速逼近成都。谯纵胆子很小，当年造反也是硬被反将绑在车上被迫成为主帅的，见晋军势如破竹，便扔下成都带兵逃走。半路上正碰到来援平模的谯道福，他见了哥哥这个样子，气得大骂：“你为什么不守城呢？你弃城而逃，你就安全了么？你真是太胆怯了。”大怒之下，把剑一扔，正刺到谯纵的马鞍上，把谯纵吓得够呛。谯纵本来还想投奔弟弟，被谯道福这么一吓，连活下去的勇气都没有了，离开军营，找了个地方自杀了。后来他的首级被人割下，送给朱龄石求赏。
谯纵的军事才能虽然不行，但他的为政还是比较开明的，也颇得人心，而谯道福在这方面远不如他的哥哥。所以谯纵死后，谯道福虽然想聚众决一死战，可手下的人却不肯为他卖命，一哄而散，都逃命去了。谯道福成了光杆司令，也只好逃跑，在路上被擒获，送给朱龄石。朱龄石将他斩首，又把谯纵的同姓宗族全部杀死。谯纵在西蜀建国割据七年之后，被东晋平定。
刘裕上表皇帝，封朱龄石为监梁、秦州六郡诸军事，赐爵丰城县侯，也就是把川蜀之地全交给他管理。这时刘裕腾出手来，又开始收拾荆州刺史司马休之。
司马休之作为皇室宗亲，他和刘裕本就不是一路人。这时在东晋手握实权的主要有两类人：
一类是和刘裕一起靠反桓玄起家的，如：刘敬宣、刘穆之、毛修之、冯迁、孟怀玉（孟昶的堂弟）、刘怀敬（刘裕的表兄，当年刘怀敬的母亲断了他的奶，转而哺育刘裕，使刘裕得以活下来）、刘怀肃（刘怀敬的亲弟弟，刘裕的表弟）、辛扈兴、童厚之、刘道规和刘道怜兄弟（此二人为刘裕的亲弟弟）、王元德和王仲德兄弟、朱龄石和朱超石兄弟、沈渊子和沈田子及沈林子三兄弟、魏咏之和魏欣之及魏顺之三兄弟、檀凭之和檀范之兄弟，以及檀氏兄弟的三个侄子檀韶、檀祗和檀道济等一大帮子人。
还有一类是刘裕一手提拔起来的，如胡籓（当初曾是桓玄的人）、臧熹、谢晦、刘钟、韩范（南燕尚书令，向后秦求救不成投奔刘裕）、孙处、王镇恶、赵伦之和丁旿等人。
这些人对刘裕都是唯命是从，跟着刘裕混社会，把刘裕当做他们的老大，皇帝对他们来说只是个摆设而已。而司马家族中在东晋中掌实权握兵权的只有司马休之一个人。司马休之在荆州的政治相当清明，在发展经济生产、保证社会安定方面也卓有成效，所以很得人心。而且司马休之没有野心。他的哥哥谯王司马尚之因为没有儿子，就从司马休之这里过继了一个儿子叫做司马文思。司马文思性格暴躁，有很多次因为一时小怨就动手打死人。他在养父司马尚之死后继承了谯王的职位，便打算和亲生父亲一起去进攻刘裕，为司马家族夺回朝廷大权。
司马休之认为自己没有这个实力，所以没同意。司马文思就联合两个弟弟在京城准备起事，结果被刘裕捉住。刘裕把司马文思送给司马休之让他处理，又把司马休之的另两个儿子司马文宝和司马文祖羁押在京中。司马休之上表请废掉司马文思，并写了一封长长的道歉信，请刘裕原谅。刘裕一直想找理由除掉司马休之，所以他把司马休之的两个亲生儿子当成了激怒司马休之的工具。等灭了卢循和徐道覆，又把西蜀平定之后，刘裕便利用闲暇时间把司马休之的两个亲生儿子给处死了。
司马休之听说儿子被刘裕处死了，这个好脾气人气得都快疯了。加上刘裕故意放回去的那个暴躁性子的司马文思的撺掇，司马休之立刻上表称刘裕是奸臣，把持国政，专权擅断，整起兵马讨伐刘裕。
刘裕要的就是这个结果，他当即带军去灭司马休之。但不防雍州刺史鲁宗之也带着儿子鲁轧起兵帮助司马休之。这支军队从襄阳绕到刘裕的后路，袭击了刘裕部队储备物资的地方。刘裕手下大将刘虔之被杀，粮草辎重被烧。刘裕的部将徐逵之所率领的另一支军队恰好路过，急忙前来救援。但鲁宗之很快撤走，徐逵之赶来的时候粮草辎重都被烧成灰烬。徐逵之率军追击鲁军，又被鲁宗之设伏击败，徐逵之、王允之、沈渊子等大将连同数千士兵被杀。只有蒯恩率后军逃出。鲁宗之遂和司马休之合兵一处，由鲁轧和司马文思负责长江北岸防务。
刘裕吃了一个败仗很不甘心，遂率大军强行渡江，但鲁轧和司马文思在北岸修筑了工事，加上江岸天然陡峭高耸，易守难攻。刘裕的每次进攻都被对方击退，死伤无数，就是不能踏上北岸一步。刘裕打红了眼，把盔甲穿上，拿起刀来就要往外冲，主簿谢晦抱住刘裕的大腿死也不放，刘裕说：“你再不放手我杀了你。”谢晦也道：“天下可以没有谢晦，但不能没有你。”刘裕当然不能杀谢晦。这时胡藩带一支生力军前来，向刘裕报到。一进帐见谢晦和刘裕两个人扭作一团，惊道：“这是怎么回事？”谢晦急忙把刚才的事一说。胡藩道：“这个强攻的事交给我吧。”
刘裕很信任胡藩，于是便派胡藩去强攻。胡藩带着人不要命地向北岸冲，以极大的伤亡代价终于把司马文思的防线冲开一道口子。刘裕的后军紧跟着冲上，鲁轧、司马文思抵挡不住，只得退守江陵。
刘裕追到城下，集中兵力再攻江陵。司马休之和鲁宗之守了十几天后，便守不住了，弃城向北逃到襄阳。但襄阳守将李应之已经投降了刘裕，闭起城门来不让他们进城。他们只好带着败兵向后秦撤退。这时王镇恶率一支部队急速赶来，眼看就要被追上，后秦派司马国璠率军接应。王镇恶遂退兵不追。
刘裕赶走司马休之后，上表皇帝封亲弟弟刘道怜为骠骑大将军、荆州刺史，以亲信赵伦之为雍州刺史。而刘裕则获得“剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名”的资格。这三个资格是什么意思呢？
第一个“剑履上殿”的意思是上殿的时候可以穿鞋和带剑。带剑上殿好理解，可穿鞋上殿又算是什么特权？其实在秦汉时期，鞋被认为是不洁之物，是不能带入屋子的，进屋要脱鞋，进大殿同样要脱鞋。也就是说，大臣们上朝和皇上谈事，都要在进殿时脱掉鞋子，光着脚丫子走进去。《礼记?曲礼》中还提到，和长者在堂上坐的时候，必须将鞋子脱在台阶下。而且解系鞋带的时候，不可以正对着台阶。将要走进屋子的时候，一定要低头看看。如果看到室外有两双鞋，就证明堂上有二或三人在交谈，所以后来者要大声询问一下，告知堂上的人知道又有人来了，在得到堂上之人的回答后，才可入内。另外，带剑上殿也是有讲究的。虽然带剑上殿是给予大臣一种特殊的尊贵身份，但因为带剑之人在无形之中会对皇帝的安全构成威胁。为了消除皇帝的猜忌，同时又显示自己的特权，大臣所带之剑，是没有开刃的剑，后来甚至出现只有剑把和剑鞘而没有剑身的纯粹装饰剑。
第二个“入朝不趋”的意思是上朝的时候不用快步走。大臣见到君王要小步快速前行，神情严肃紧张，以表示尊崇。获得“入朝不趋”权力的大臣，上朝时就可以用自然的步子走。
第三个“赞拜不名”。按照古代礼仪，臣下在皇帝面前自称必须用其名；在皇帝面前提到其他大臣，也须称其名；皇帝对大臣们，当然也要直呼其名。特别是大臣朝见皇帝的时候，旁边要有赞礼官在皇帝面前把他的官衔和他的名字都喊出来。比如说刘裕以前见到皇帝，赞礼官要喊“豫章郡公、相国、侍中、都督八州军事刘裕，参见皇上”。大臣有了“赞拜不名”的权利后，除了自称大臣还是要称自己的名字外，赞礼官只称爵位和官职，而不呼其名；其他大臣们在朝中也是只称呼其官职；甚至皇帝也以官职来称呼他。这样的地位是相当高的。
这时刘裕不但掌握了东晋朝政，而且在威信和人心所向等方面也占据了优势地位。宗室大臣司马国璠、司马叔璠、司马叔道兄弟都感觉到东晋可能保不住了，纷纷逃奔后秦。姚兴问他们道：“刘裕从贫贱的地位起家，因为诛桓玄，灭卢循而成为权臣，按道理他做的这些事都是为了晋室江山，而且在他的管理下晋国也发展得不错，你们为什么要投奔我呢？”这些司马宗室都含泪道：“我们晋室宗族中但有一点能力和权力的，刘裕都要想办法除去。他就是晋国最大的祸患，比桓玄要厉害许多倍啊！”
战长安
南凉秃发傉檀自从骗得姑臧，击败后秦后，便想统一凉州，向北他不断侵略北凉，向南又和西秦冲突不断。公元410年2月，秃发傉檀举全国兵力约五万骑兵在穷泉与沮渠蒙逊决战。秃发傉檀几乎全军覆灭，最后带着一千多人逃回姑臧。沮渠蒙逊乘胜追击，进攻姑臧。秃发傉檀因为兵力一共只剩三千多人，无法守城，只得放弃姑臧，迁都到乐都。沮渠蒙逊取得姑臧，继续进攻南凉。傉檀只得向北凉送王室人质和大量财物求和，北凉当时打算先灭西凉，遂退兵。西秦也与南凉屡屡发生小规模的边境战争，这些使得南凉长期征用大量劳动力当兵，而从事生产的劳动力则大量减少，农牧产品自然也就大量减少，南凉人民生活在困饿之中。秃发傉檀只好派兵去抢掠远在青海中部游牧的乙弗鲜卑。
这时西秦王乞伏乾归刚刚去世，太子乞伏炽磐继位。乞伏炽磐得到秃发傉檀带重兵远走的情报，便亲率三万骑兵去攻打南凉。负责守城的太子秃发虎台因为担心城中的汉人趁机闹事，便把汉人中有威望的有本事的都软禁起来。这激起了汉人的极大愤慨，反而加剧了城中的混乱。在这样的混乱形势下，乞伏炽磐很快攻破城池，擒获秃发虎台，把乐都的所有人都迁徙到枹罕。
秃发傉檀在乙弗鲜卑那里狠狠地抢了一把，得马牛羊四十多万。他带着军队往回赶的时候，有南凉逃出来的士兵报来消息，乐都已经被攻占，南凉国危在旦夕。秃发傉檀不敢直接与西秦交锋，却打算带人再去在柴达木盆地中东部地区活动的契汗鲜卑部那里再大抢一把，然后用抢来的东西赎回妻子儿女和城池。但他手下的将士都恋家不愿意西去，走了七八天军队就跑光了一半，连他手下最得意的大将镇北将军段苟也以追逃兵的名义逃走了；又走了七八天，军队跑得只剩下几十名亲兵和他的三个侄子，还有一个叫做阴利鹿的散骑侍郎没有走。傉檀感觉大势已去，遂决定投降。因为还有一万多户秃发鲜卑族生活在北凉境内，所以傉檀让剩下的人都去投奔北凉的蒙逊。只有阴利鹿尽忠不走。二人抱头大哭一阵后，傉檀带着阴利鹿向西秦投降。
这时南凉除了浩宜城外，所有其他城池不是被攻占，就是投降。浩宜城在守将尉贤政的坚守下，一直拒绝投降。秃发虎台亲自招降尉贤政，尉贤政也不献城，反而大骂秃发虎台是“弃父忘君”。西秦只好一直围城，直到尉贤政得到秃发傉檀投降西秦的确切消息后，尉贤政才献城投降。
乞伏炽磐对秃发傉檀还不错，封他为骠骑大将军，赐爵左南公。南凉的文武官员，也经过选拔录用，但有能力者都继续当官。南凉遂亡，时为东晋义熙十年（414）七月。
