郑自认为对中共问题素有研究。戴笠在世的时候，也常常叫毛人凤就一些关于中共的问题向郑请教。有一次郑到军统主持纪念周以后，正在休息，重庆邮电检查所长刘之盘把查扣到的一批报刊送给他看。他除拣出其中一两份外，指出一份对刘说：“这种东西粗看像是共产党的，其实是我们的同行搞出来的，不过搞得还不错，连我们的同志都信以为真，一般人就更不容易分辨出来了。”接着他便对邮检方面的工作做了一番指示，教他们如何注意研究问题，不要粗枝大叶。并说，对付共产党是多方面的，我们有些单位是专门假借共产党的名义来进行反共宣传活动的，如果把这类东西也扣下来，无形中就替共产党做了工作。
蒋介石派郑介民担任军调处执行部国民党方面的代表后，郑跑到军统局找毛人凤商量了很久，接着又把人事处、军事情报处、党政情报处的负责人找去商谈了一阵，最后又把沈醉找去，叫沈在交通运输等方面注意协助他工作。郑介民和毛人凤商谈的具体情况沈醉不了解，以后只知道郑要求军统调派人员时，要选军校出身的，担任过公开军职的，要尽量避免特务身份，同时又希望军统不断提供有关的情报给他。
郑介民派到各地担任执行小组工作的人，都是经他自己决定的。曾任陆军大学调查组组长的邹陆夫和军统军事情报处副处长的胡屏翰派给他时，开始他认为不大妥当，以后由于实在找不到合适的人，他才勉强同意调他们去。
郑去北平不久，却把军统中共科科长郭子明调到北平当了他的顾问。
他在北平工作时，对司徒雷登特别表示亲热，尤其与司徒雷登的亲信秘书傅泾波拉得很紧，经常保持着密切的联系。有一天，郑突然下一张手令，叫人事处立即委派原在重庆稽查处涪陵稽查所当少校所长的胥某担任北宁铁路警务处副处长。大家对此都感到奇怪，因为像这样一下把一个少校超升到上校，在他平日还从来没有过。后来一打听，原来肾某是傅泾波的妹夫，傅向他提出之后，他立刻给以超级重用。
毛人凤考虑问题非常用心思，别人向他请示重大问题时，他从不轻易马上做出答复。他在工作作风上处处学戴笠，而且想超过戴笠。在他担任保密局长以后一年多的时间里，比戴笠过去杀的人还要多。他对军统内部防范也很严密，生怕别人不听他指挥，特别对外勤各省站站长不放心。和戴笠一样，他把一批江山县籍的译电员派到各省站去工作，暗中监视外勤单位的负责人。
毛人凤在杀人方面，不但秉承蒋介石旨意以多杀为上，更主张斩草除根，连革命人士的孩子都要杀。在重庆进行大屠杀时别人问他，小孩怎样办，他回答：“当然一起杀。难道还留下来等他们长大来报仇不成！”实际上蒋介石指示他杀杨虎城时，并没有指出连小孩一起杀。毛人凤对革命人士如此，对保密局内部也是用杀来对付的。解放前，只要发现哪个特务有一点投向人民的表现，被抓住了，便立刻杀掉。曾任重庆稽查处外事组长的吴润荪、在长沙随程颂云先生起义的刘人爵，都是被他杀掉的。湖南和平解放后，一些大特务来不及逃出来，他就派人去进行暗杀。因此湖南警保处长兼长沙市长李肖白、长沙绥靖公署处长杨继荣、湖南站长黄康永等逃出大陆后，都不敢去台湾。云南和平解放时，沈醉随同起义，毛人凤也派郑世勋从台湾到昆明准备暗杀沈醉。国民党陆军副总司令汤尧从台湾到云南，准备指挥李弥、余程万的残部攻打昆明时，毛人凤再三叮嘱汤尧，攻破昆明后，立即将沈醉逮捕解送台湾。以后郑世勋、汤尧被俘与沈醉在一起时，都把这一情况告诉了他。
唐纵为人一向谨慎小心。抗战前他在特务处当书记的时候，因戴笠出门去了，在他主持下逮捕了几个改组派的人，汪精卫向蒋介石提出来，他因此被撤职。后来他随鄷悌去德国，在驻德大使馆里当副武官，回来后更加小心。
凡是上峰交给他办的事，他总是想方设法去完成，并能绝对服从指挥。所以戴笠把他推荐到蒋介石身边去当参谋，几年间由中校晋升到侍从室第一处第六组少将组长，主管蒋介石集团中的情报工作。他认为，只要能得到蒋介石的信任，便不愁没有出路。他不想多得罪人，所以和政学系、CC 派的人都能处得很好。
在郑、唐、毛三个人当中，唐贪污得最少，他搞钱是自己不出面，叫老婆来搞。他自奉比较俭朴，年轻时虽在南京和一个女记者打得火热，以后地位高起来，不敢再乱来，因此越来越得到蒋介石的重用。
弄清戴笠死因
在郑、唐、毛大斗法期间，毛人凤的得意之作之一，就是找到了谋害戴笠的凶手。戴笠入土后，马汉三、刘玉珠等人似乎也笃定泰山地认为万事大吉，尽可以高枕无忧，庆幸大功告成，言语行动间便不再处处小心设防，并渐次张狂起来。不想马汉三这一得意忘形，便怠慢得罪了毛人凤，从而留下无穷后患。毛人凤顺藤摸瓜，弄清戴笠之死系马汉三所为，马汉三终致杀身之祸。
马汉三在戴笠生前，因设防戴笠的需要，极力巴结逢迎毛人凤，毛人凤也处处给予援手，交谊甚密。但是自戴笠死后，马汉三认为毛人凤已失去利用价值。军统局局长由郑介民接任，马利用郑主持北平军调处执行部的工作和长期坐镇北平的机会，用接收贪污的敌伪汉奸财产将郑“喂足”，郑成为马的大后台。马汉三外有桂系支持，内有郑介民撑腰，下有乔家才（军统北平站站长）、刘玉珠等一帮人作党羽，羽翼渐丰，便渐渐不把毛人凤放在眼里，进而冷落怠慢起来。此时的毛人凤，正一方面等候马汉三将北平捞得的汉好财产与他分肥；一方面攒足了劲与郑介民争夺军统的天下。他渐渐发现马汉三竟对自己敷衍疏远，而和郑介民打得火热，心里早恨得牙齿痒痒，只是一时不能得手，就命令华北总督察王蒲臣加紧搜集马的劣迹，以便伺机捕杀。王蒲臣是早有任务在身的，他初到北平时，尚受到马汉三的猜忌怀疑，后来王改变手法，表面上处处与马汉三小集团的人同流合污，一起花天酒地、吃喝玩乐，无所不为。马汉三此时也将王列为可以争取的“自己人”，而渐渐放松了警惕。结果却被王蒲臣将马派小集团的内幕活动打听得一清二楚，报告毛人凤记录在案。1947 年12 月，郑介民被毛人凤赶走，去当体面的国防部次长，保密局长由毛人凤递升。毛人凤遂决心给马汉三颜色看。
1948 年3 月29 日，国民党于南京召开第一届国民大会，即所谓“行宪国大”，主要议程就是选举总统、副总统。总统一职是蒋的囊中之物，自不必说，问题是副总统的入选，按蒋的腹案，早属意于孙科，岂知桂系巨头李宗仁出来力争。蒋盛怒之下，下令动员各方面的力量，全力支持孙科，并给毛人凤下令，除了所有保密局系统的国大代表必须投孙科的票以外，还要利用特工手段和力量为孙科拉票。所有当选为国大代表的军统特务和保密局各外勤机构主要负责人都接到毛人凤转达的领袖的秘密指令。马汉三当时既是北平市主持选举工作的民政局长，又是河北省“国大代表”。他表面上也复电毛人凤表示拥护“总裁”指示，暗地里却早成为李宗仁在华北地区组织竞选班子的核心成员之一。他为李宗仁出谋划策，利用孙科当年任立法院长时与女谍川岛芳子缠绵悱恻的传闻，要李宗仁以惩治汉奸做号召，以揭发孙科丑闻为策略，作为选举的制胜之道。按马汉三的初衷，一方面要帮助李宗仁战胜孙科，以增强自己的地位；一方面则在于借刀杀人，剪除川岛芳子以灭口。果然，马汉三的这一手十分厉害，川岛芳子本由戴笠生前保下，准备利用她在内蒙古地区开展反共特工活动。不料，被马汉三“旧事重提”，复于“行宪国大”开幕前4 天执行枪决；而孙科更因这一说不清的丑闻，被搞得满身臭气，却使李宗仁声势大张。由此，孙科虽有蒋介石的强有力的支持，终以143 票的微弱劣势而败北。据说，蒋在4 月29 日听到副总统竞选的结果时，气得一脚将收音机踢翻，坐上汽车，在中山陵、官邸、汤山之间发疯般来回狂驶，可见其受刺激之深。恰在斯时，王蒲臣在北平将搜集到的马汉三暗中帮助李宗仁竞选的情报密报毛人凤；毛人凤又将马汉三贪污汉奸财产、组织“建国力行社”的小集团与背叛领袖、投靠桂系的罪行，一起报蒋介石，并签请将马汉三、乔家才、刘玉珠一并逮捕，处以极刑。
蒋介石闻报当然十分震怒。但蒋是慎重的，他认为马汉三不但是北平市民政局长，而且是“国大代表”，马帮助李宗仁竞选的“罪名”本不好公开宣布，如果反以贪污汉奸财产和组织军统小集团的罪名将一个“国大代表”处决，难免致人攻击的口实，于是，只准予扣押讯办。毛人凤领旨，当即于6 月30 日亲赴北平将马汉二、乔家才、刘玉珠3 人秘密逮捕，并彻底查抄马汉三等人的住宅，搜出黄金、珍珠及其它珍贵物品不计其数，其估值的市价竟达7000 亿元，仅4 个金佛就重达数十公斤。当毛人凤从王蒲臣口中得知马汉三追诛川岛芳子的背景时，立即敏锐地意识到马的问题似乎不仅在支持桂系，而是另有重大图谋，决定对马汉三的问题进行彻查。毛人凤于7 月6 日将马汉三、乔家才、刘玉珠3 人用专机秘密解回南京，立派保密局著名的办案专家、局本部司法处长李希成到北平全面清查马汉三的问题。李希成从清理戴笠的遗产和飞机失事时的遗物入手，很快发现古剑的不同寻常之处，并从弄清古剑的价值、出处和来龙去脉着手，一路追寻下去，一步一步地将马汉三私藏宝剑、投敌叛变、暗杀戴笠的弥天大罪清理出来。鉴于此案实在重大，李希成将整个办案过程及内容严加保密，然后亲自向毛人凤及蒋介石面报详情。蒋介石闻报大惊失色，但考虑到戴笠死因已由国民党当局确认并向国内外公布，现在又披露马汉三等人暗杀戴笠的罪行，不但对蒋本人、对国民党、对军统组织的政治信誉和工作能力产生严重损害，而且在社会上极易引起混乱，并将给政敌提供攻击的口实等等。由此，蒋决定对马汉三等人谋杀戴笠案严加保密。对马汉三、刘玉珠只以贪污汉奸财产罪指示枪决。乔家才因没有直接参加谋杀戴笠的活动，而由蒋免除死罪。1948 年9 月27 日，戴死后两年半时间，马汉三、刘玉珠在保密局南京宁海路看守所内被秘密处死。行刑时，李希成问马汉三还有什么话说，马汉三早知不免一死，因而态度沉着，只希望“团体”能照顾他的家属，让她们活下去，别无它求。马汉三认为他本该两三年前就死于戴笠之手，结果反在干掉戴笠后，侥幸活到今天，实已心满意足，故死而无怨。由此，这一历史巨案被蒋出于自身的政治需要而遮掩过去，并用重重铁幕将其禁锢尘封起来。又因此案的主要当事人先后死亡，其具体细节也许成了烛影斧声的千古之谜，永不被世人所知晓。
调整组织疯狂反共
保密局成立不久，蒋介石在南京黄埔路中央军校后官邸办公室，对局处长级的大特务进行了一次训话，他强调今后的主要敌人是共产党，同共产党作斗争比过去同日本人与汉奸作斗争要困难得多。他要求每个人都必须全力以赴，稍不注意，不只危及党国，而且会死无葬身之地。他希望特务们多研究一些办法，多出一些主意，随时总结经验教训，很好地担负起这项直接和共产党作斗争的任务。
为了完成蒋介石这一指示，毛人凤对保密局的人事组织进行了一次大调整。他从军统临遭特训班毕业的学生中和一些中级干部中提升一批人，来替代过去那些不大听话的各省站站长。后来他发现这些新手由于在军统的资历浅，对各省的公开单位领导不起来，而各公开单位的负责人都是军统老干部，对这些新提的站长不买帐，站的工作推不动。毛人凤感到再这样下去不行了，又决定把一批将级大特务调出去当站长，并且在毛的亲自主持下，把这些新调任的站长和准备保留的一些老站长调集到南京训练一个月，把原有的一些资历浅的站长降为副站长。蒋介石对这项加强外勤各省站的工作很是满意。
1948 年5 月，省站站长，一个月讲习完毕后，蒋介石又接见所有调训的站长和出席“三·一七”工作会议的代表指出，各省站今后仍应和过去军统局时期一样，秘密领导公开，各省的工作重点应摆在省站。
蒋介石这次讲话的重点是要求各省站的负责人对外勤特务必须加以调整。保密局的外勤人员应当社会化，每个人都要有一个公开的职业作为掩护，以便打入各民主党派和进步团体，除多多拉拢一些民主党派中的动摇分子参加工作外，最主要的任务是要千方百计、不惜任何代价打入共产党在各地的组织，以便彻底消灭各省共产党，巩固后方。对一些不称职或身份已暴露的特务人员，应调往公开机关去安插，留下来的必须是有能力的和有工作路线的人，并要不断吸收新的人员参加。他要求各省领导人不单是负责领导工作，还要亲自去从事高一级的情报活动。他提出省站站长可以加委为国防部专员，用这一名义在当地做公开活动，站长以下则绝对保密。他还要求各省站领导人搞好地方关系，与当地驻军将领及行政负责人密切联系，发动各方面的力量搞好特务工作。他还以颇为亲切的口吻对这些为他尽心竭力充当鹰犬的大特务们说：“你们都是跟随戴局长多年的老部下，都是最革命、最忠于党国的人。保密局在各省的组织由你们去领导，我很放心。今后在各地展开和共产党作斗争的工作，有你们去领导，我相信一定能够不辜负我的期望，做出卓越的成绩。你们在工作中有什么困难，我一定负责替你们解决，使你们能一心一意去工作。”末了，他照例对中共来一番诬蔑，并对在场的人进行一番恐吓，说什么如不努力战胜敌人、必死无葬身之地。保密局成立后的两三年中，在反共活动方面，毛人凤一直认为比过去军统局时期更有成绩。他最得意的是更加受到蒋介石的奖励，主要的有：
（一）1946 年在上海破坏过中共苏北地区的一个财经贸易组织，截获到1 只小火轮和准备运往解放区的许多物资，逮捕了10 多名地下工作人员，其中有在上海江海关工作的张渊、尹兰荪等，均被杀害。
（二） 1947 年在北平破坏中共的地下电台，逮捕了地下电台的报务员李政宣和他从事译电工作的妻子张厚佩、报务员孟良玉和他的妻子译电员李毓萍；同时还清理出中共地下党的重要骨干北平市地政局代理局长（原系该局科长）董剑平、北平贝满女中教员田仲英、燕京大学学生李恭贻等多人。
（三）由于北平地下电台的破坏，同时又在保定绥靖公署内清查出参谋处处长谢士炎、副处长丁行（两人解赴南京后，在雨花台被杀害），军法处处长王某以及绥署设计委员余心情等多人。通过这些线索，又在西安，兰州发现中共地下组织和电台。蒋介石得到报告时高兴极了，马上叫空军总部准备飞机，毛人凤派第二处处长叶翔之率领大批特务，连夜飞往西安，又在盐店街奇园茶社逮捕到梅永和、赵耀斌等，还破获了一部电台，逮捕了十几个我地下工作人员。当时连胡宗南的一个秘书和他所办的西北通讯社的一个负责人，都被牵涉进去，使得胡宗南大吃一惊。他真没有料到在他的身边也有共产党。当他听到叶翔之说兰州方面还有线索的时候，他马上叫叶翔之乘他的小飞机赶去，不料飞机在平凉上空发生故障，几乎把叶摔死。胡又请空军另派一架专机从平凉把叶送到兰州，又逮捕了尹家明等几个中共地下人员，一同由叶翔之带回南京。蒋介石除发给1 万元奖金外，还特别发给叶翔之和北平行辕电检科科长赵容德四等宝鼎勋章。这一案件还牵涉到东北行辕新闻处专员李年、沈阳防守司令部新闻处代理处长王书鼎以及巩天民等。最后还发现连长期在蒋介石身边负责机要工作的陈布雷的一个女儿，也是中共地下党员，使得蒋介石大为吃惊和震怒。他一再责令毛人凤。务必竭尽一切力量，彻底清查打入各军政部门工作的中共地下党员，宁可错抓错杀，也不能放过一个。当时连毛人凤也感到棘乎和惊异，有天中午，他在集合保密局处长级的特务们在一起下餐时，很感慨地说：“我们这样抓，这样杀，还是有这样多的人敢提着脑袋闯进来，真不知是为什么？”（四）1948 年，重庆绥靖公署二处处长徐远举与保密局重庆站长吕世琨密切合作，在重庆破坏了重庆地下党的《挺进报》之后，进而破坏了中共重庆市委组织。由于重庆市委书记刘××的叛变，使在重庆和四川其他地区的地下工作人员近百人被逮捕。毛人凤特别重视这一工作，又派叶翔之赶往重庆去主持，并把刘某带到南京，要他破坏中共组织。以后沈醉由昆明到重庆，见到这个叛徒，他还准备和沈醉一同到昆明破坏云南的中共组织。据他说，在云南工作的个别负责人，他还能认识，可以协助云南站进行这方面的活动。
后来由于沈醉去上海，回来后又去西北、成都，这个叛徒才没有和沈醉一同去昆明。
毛人凤自从这件案子办完后，对徐远举加倍称赞，除给他请勋章、发奖金外，还决定成立保密局西南特区，派徐为区长，负责领导西南四省的工作，以便集中力量从事破坏中共地下党组织的活动。在这同时，毛人凤还把另一个中共叛徒王某派到西南特区当专员，协助徐远举。王某原为东北军区参谋处的科氏，在四平街战役中被俘后叛变，曾在保密局特种政治问题研究组工作过一段时期。当时毛人凤希望王某对在四川方面捕获的中共人员进行说服，使之叛变，但无结果。早先刘某叛变后，受他领导过的许多人被他出卖，但无一人和他一样叛变组织、出卖灵魂向敌人屈服。以后这些忠贞不屈的优秀党员全部于解放前被屠杀在渣滓洞看守所内。
刺杀杨杰
解放前夕，民革在西南地区的武装革命活动，声势相当浩大。蒋介石对于民革在后方从事武装起义的活动，感到非常不安，也防不胜防。他除了一面责成各地驻军随时“进剿”外，并命令保密局尽力设法破坏和防止。西南特区从四川华蓥山区先后查获的民革武装组织的文件内，发现从事这些活动的主要人员中，有前国民党陆军大学校长杨杰，便准备把材料搜集起来，庄重庆将杨逮捕进行审讯。因为杨杰在国民党部队内的人事关系很多，不少国民党将领是他的学生，蒋介石认为如不除掉这人，对国民党十分不利。
特务们除对杨严密监视外，还收买他的秘书，威胁一个准备嫁给杨的女护士为他们工作。以后杨杰发觉了，便秘密逃往昆明，托庇于卢汉。但是蒋介石并不因杨杰离开重庆而放过他，便叫毛人凤再三命令沈醉（当时任保密局云南站长）在昆明将杨暗杀，以除心腹之患。由于种种关系，沈迟迟没有执行。1949 年9 月，杨杰由昆明逃往香港。毛人凤发现杨在香港的线索后，便派叶翔之率领特务韩世昌等6人由台湾出发，将杨刺杀于香港。但是西南地区的民革武装并未因此而停止活动，相反，却越来越活跃。毛人凤为此挨过蒋介石好几次臭骂。
徒劳无功的策反活动
毛人凤在搞策反活动方面，也曾费过不少心思。保密局第二处专门设有策反科，幻想对解放军及起义的部队进行策反活动，除了在开封、郑州、青岛等处设立有策反站外，第二处还派副处长黄逸公随同保密局设计委员会主任张严佛到武汉“和平爱国团”去挑选人员，秘密进行训练后派往接近解放的地区去从事阴谋活动。“和平爱国团”的成员，都是被俘的解放军军官和文职人员，保密局从中挑选人事关系较多的人带回南京，施以训练再派出去活动。但是，这些人被派出去后，从来没有把解放军部队策反到国民党这边来。
在策反工作中，毛人凤极力在蒋介石面前争功的是策反郝鹏举的事件。
当时很多方面都在进行这一活动。薛岳说是他一手搞成的；毛人凤却硬说是由于他通过吴化文的关系起了决定性的作用。等到吴化文起义后，毛人凤满以为有把握再把吴策反过来，结果空夸了一顿口，给蒋介石骂了一顿。保密局在进行策反工作中，还弄过许多次赔本生意。如对河南军区牛子龙的策反，便把派去的人和电台一起送掉了。牛子龙曾在军统中工作过，因发现他有同情中共的言行便把他扣押在军统西安西北看守所中。牛在看守所内联络了几个心腹人员，趁看守人员不防备时劫夺警卫枪支，击毙几个看守，逃出监狱，投入解放军。毛人凤以为凭过去的关系，只要不追究他越狱的罪行，应许给以官位金钱，便可把他策反过来。结果等到把人和电台派去后，便一去不复返了。这类的事虽然有过好几次，但毛人凤并不死心。他总认为只要成功一次，便能一本万利。直到1948 年冬，他还在积极搞这些活动。到1949 年后，他再也不愿在这方面花气力了，他知道大势已去，谁也不会再弃明而投暗。
特务武装的覆灭
到保密局时期，派特务武装进攻解放区，有了新的发展。这时由于蒋介石发动了全面内战，郑介民和毛人凤便一批又一批地把所掌握的交通警察总队调往各个战场，直接参加反人民战争。最初毛人凤担心这些部队不能作战，在阻止解放军解放大同和包头的两次战役中，他发现特务武装发挥了一点作用，便越来越胆大起来。可是等到张国梁、熊剑东等几个总队被解放军全部歼灭以后，毛人凤既感到非常心疼，又有些恐慌，但是蒋介石为了垂死挣扎，还是不断地把这些部队投入战场。在上海外围战斗中，第2 、第5 、第11、第12、第15、第18 以及水上总队都投了进去，结果除两三个下完整的总队由他的亲信周文新带往台湾以外，其余几乎全部被歼，最后剩下的残余部队，也在代指挥李铁大率领下放下武器。投向人民。
在1949 年初任交通警察总局长的周伟龙，个人野心一向很大，他用尽一切方法，特别是通过和毛人凤老婆向影心的勾结而抢到这个职务后，不愿再听毛人风的指挥而独树一帜。他最反对把交警总队投入前线作战，而希望多保留一点实力。那时唐生明在湖南暗中策反国民党武装部队，和周取得联系之后，周便设法把交警总队慢慢抽调到湖南去集结，先后调去了王春辉等6 个总队。当他还想抽调派驻在奉化担任蒋介石警卫的部队时，被毛人凤发觉，立刻向蒋介石报告，将周伟龙在上海国防饭店内逮捕。在搜查出的信件中，发现他与唐生明有往来。毛人凤原来准备马上逮捕唐生明，后来因为湖南正在酝酿和平运动，便改派特务孙坤、焦玉印等前去长沙暗杀唐。特务们曾在唐的寓所附近向他放过一枪而未击中。等到程潜率部在长沙起义后，原来在湖南工作的张严佛、刘人奎、刘人爵等都参加了起义。毛人凤怕其他特务效尤，便令焦玉印等把参加湖南起义后临时担任长沙警察局局长的刘人爵暗杀于长沙浏阳门正街22 号家中。凶手逃出后，改派到云南工作，他们曾向沈醉谈到过这一经过。
侦探毛泽东下落落空
在解放战争期间，为了镇压各地民主爱国运动，保密局特别举办了两次司法人员训练班。这个训练班之所以设立，主要是研究国民党的宪法颁布以后，保密局怎样表面上不违背宪法，又能随心所欲地贯彻军统的意图，逮捕革命人士，阻止人民的活动。因此这个班成立后，司法人员莫不背地里叫它“违法训练班”。到1948年初，蒋介石颁布了《特种刑事法庭组织办法》，一脚把宪法规定的保障人身自由等假东西踢得干干净净，这时候特务们额手称庆，才再不研究耍“宪法”幌子的手段，而依旧毫不掩饰地按照原来的一套进行逮捕、搜查、审讯等危害人民的勾当了。保密局在解放战争期间，除了直接干出许许多多破坏中共组织、屠杀中共党员、镇压民主爱国运动、大批逮捕囚禁革命人士以及在各大城市进行大破坏大屠杀等罪恶活动外，对解放地区的情报工作一直无法开展。毛人风为此经常遭到蒋介石的责备，他每次被训过一顿后，便照例对外勤各单位也来一次指示和训令，要求各单位务必切实设法加强这方面的工作。
毛人凤认为这项工作做得比较出色的，是天主教神父雷震远领导的华北工作督导团。他们利用天主教的关系，指使在解放地区或接近解放区的教徒从事这方面的活动，搜集到不少东西，往往比许多接近解放地区的省站所得到的情报还要多几倍。
在胡宗南攻占延安后，保密局为获取情报，立刻在延安成立了小组，派崔毓斌担任延安的稽查处处长。蒋介石这时急于要知道毛泽东、中共中央与八路军总部的所在地，他指示毛人凤，要不惜花费最大的人力和物力，不管付出什么代价，都要设法把中共领导人的下落弄清楚。那几天蒋介石天天问毛人凤有什么情报没有。可是稽查处除了在延安附近抓到几个没有法子走动的老病残废外，再也没有找到一点旁的线索。毛人凤也急得不得了，认为这是活捉中共领导人的大好机会，他一再严厉要求陕西站务必加强延安组的工作，无论如何要满足蒋介石的这一要求。这时胡宗南也打电报给毛人凤，要他特别加强这方面的活动。毛人凤被弄得寝食不安，天天在会餐时谈这个问题，不断地用特急电报指示陕西站。他非常生气地说：“我们的工作没有法子配合军事上的胜利，辜负领袖对我们的期望。这种千载一时的好机会都放过了，实在太说不过去。”直到1949 年10 月间，毛人凤在和沈醉谈到这项工作时，他也不得不承认，在和中共做地下斗争中保密局是失败了。
大破坏活动
毛人凤从保密局成立开始，便想走戴笠的老路，希望得到美帝的直接支持，与美帝特务们再来一次合流。戴笠死后不久，原中美所副主任、美特头子梅乐斯特地从美国到南京吊唁他这位朋友时，毛人凤便有过这种表示。梅乐斯当时曾答应在对付共产党问题上再尽一点力。后来美国为表彰协助中美所工作的军统特务，特别发给郑介民、唐纵、毛人凤、潘其武、李崇诗、陶一珊等6 人每人自由勋章一枚，郑介民和毛人凤都在欢宴美国授勋的专使宴会上，再次表达了他们希望美国支持的愿望。但是中美特务合作的事，以后不知道什么原因，一直迟迟未曾实现。直到大陆全部解放，保密局逃往台湾，美帝特务才姗姗而来，成立了一个中美办公室，由曾任中美所总翻译的刘镇芳担任主任。美帝方面派了过去在中美所工作过的20 多名美特来到台湾。
1948 年秋天，蒋介石特准保密局增加2880 人的编制和预算。这两千多人，大部分配备在新成立的技术总队里，由杜长城任总队长。专门从事各大城市临解放时的破坏活动。技术总队成立前，曾在苏州办过一个爆破人员训练班，专门训练了3 个多月。这个总队除了参加为阻止解放军渡江而在江里布置水雷和在江岸布置地雷等活动外，还参加了南京、上海撤退前的大破坏。
对于破坏上海公用建设的工作，则因汤恩伯还准备在上海与解放军进行巷战，没有进行，解放后才派飞机去轰炸杨树浦等发电厂。
最使毛人凤不满意并感到遗憾的，是他推动勒索的计划没有实现。1949年10月间，他在昆明和沈醉以及徐远举等谈到这件事的时候，还在大骂上海稽查处长黄加持太不中用，没有听他的命令。原来在上海被包围时，他就要警备司令部稽查处做好抢劫的准备。他认为东西不抢走，反正会落到共产党手中。在他的计划中，至少可抢到几万两黄金和大量美钞，足够保密局一两年的经费。由于黄加持的准备工作事先做得不周密，不但有钱的资本家都躲起来找不到，他们的钱放在什么地方也弄不清楚。结果除了特务们各显伸通自己趁机抢了一些外，有计划的大规模抢劫却没有能实现。
在重庆解放前夕，保密局在重庆成立了一个“破坏指挥部”，也叫“破厂办事处”，下设参谋、技术、运输3 个组，专门破坏重庆的兵工厂、发电厂、仓库等。抗战期间，国民党先后在重庆及附近各县建立过10 来个兵工厂，蒋介石怕这些工厂落入解放军手中，便决定叫毛人凤派人进行彻底破坏。这个指挥部由兵工署稽查处长廖宗泽及保密局西南特区区长徐远举等负责主持，由杜长城率领技术总队特务们担任技术方面的工作，于1949 年11 月，先后将大渡口钢铁厂与长寿龙溪河水力发电厂及南岸鹅公岩等兵工厂的重要设备一一予以破坏，当时有不少工人在护厂工作中壮烈牺牲。当解放军越过贵州而直向重庆挺进时，毛人凤还叫杜长城派人去破坏綦江大桥。当装满炸药的两部卡车和大批特务赶到綦江时，大桥已为解放军先头部队所占领，击毙了两个特务，其余的特务们弃车狼狈逃回。最后他们决定破坏重庆大溪沟发电厂，但全厂工人一致起而保护，进行了顽强的斗争，特务无法把炸药运进厂去，重庆发电厂才得以完整地保留下来。广州解放前，毛人凤又派这个总队的人员去广州把珠江大桥炸毁。他们还在香港把即将开往新上海的轮船泽生号炸沉。陈诚看到这个总队在破坏方面很能起些作用，便叫毛人凤把它全部划归他指挥，改为东南长官公署技术总队，并特别准许这个总队的特务2000 多人全部去台湾。
筹备“行动总队”
1948 年冬天，保密局还准备成立一个和技术总队一样庞大的行动总队，以加强对后方各大中城市风起云涌的民主爱国运动的镇压，专任逮捕与屠杀爱国人士的工作。蒋介石批准了毛人凤这一计划，同意再增加2000 人的编制和预算。毛人凤便于11 月初调沈醉到南京接替叶翔之，在准备布置暗杀李宗仁的同时，还要沈醉筹备成立这个总队。沈从人事处提供的几百人当中，挑选出不到50 人，因大多数不适宜于担任或不愿担任这项工作。
当时一些大特务因为对战事发展的前途感到悲观失望，不少人发生动摇。早在1948 年春天，便发生了情报处处长何芝园请长假去台湾想改行当商人的事。毛人凤虽大骂何芝园为“胆小鬼”，也没有法子把他留下来。接着上海市警察局副局长张师也请求辞职去台湾，想去办农场。消息传开以后，有钱的大特务为自己打算的就更多了。他们想早点离开大陆，纵然不能去海外做寓公，也希望先到台湾去。
毛人凤感到最吃惊的，是上海救济总署汽车总管理处处长余乐醒（又名余增生），竟和中共地下党发生了联系，在他住的愚园路家里竟掩护了地下党一部无线电台。毛人凤非常害怕军统特务弃暗投明，决心要捕杀余乐醒，以收杀一儆百之效。当他命令上海稽查处的特务去逮捕余的时候，该处科股长一级的特务大都是余的学生，便暗中打电话通知他逃走了。毛人凤大发脾气，把稽查处长黄加持痛骂了一顿。
上述情况不断发生，对一些中下级的特务也有很大影响。所以，有些认为是很适宜干行动工作的人，这时也都在推三推四不肯再担任这项工作。后来人事处告诉沈醉，上海和苏州还有一批没有工作的人，叫沈去挑选一下。
沈到了上海找他们谈话，又大多希望去西南等后方地区工作。沈看到这情形，苏州也不想去了，便回南京，专门布置暗杀李宗仁的事，成立行动总队的事便被搁了下来。
在准备撤走南京之前，毛人凤还布置过一次大逮捕。毛人凤得到蒋介石的指示，南京临解放还不走的军政大员，一定是想在解放后投向共产党，除了先劝他们早点离开外，到时不走的便一律逮捕起来。当时南京卫戍总部稽查处和首都警察厅刑警总队都接到这一命令。可是等到保密局逃离南京而分别在上海、福州成立办事处，并准备向台湾迁移时，南京方面留下的大特务都纷纷做自己逃跑的准备了。他们一则怕解放时逃不掉；一则怕李宗仁上台后桂系特务要逮捕他们。所以等到蒋介石宣布退休后，大特务们便抢着向上海逃跑，毛人凤想制止也制止不住，他的搜捕计划，也没有实现。
沈醉从南京带着搞行动工作的特务和一大批武器到上海后，问毛人凤这批武器怎么处理？他告诉沈，除了沈醉愿带去昆明的一部分外，其余的要他设法储存在上海，准备在上海解放后拿出来使用。沈根据他的指示，买了大小棺材各一口，运到保密局在上海的一个临时看守所内，叫人把大棺材后面的木板取出，改装成比较容易开启的小门，把10 挺汤姆生机枪装进去，每挺机枪配足两梭子子弹，装好后用大钉将棺盖钉好，雇一辆卡车将这口大棺材装上，送往停盾灵枢的四明公所内，付了两年的停厝费用，然后拿出一块写有“汤吉祥老大人灵位”字样的木牌钉在棺材前面，意为汤姆生机关枪。这种专门停放死人棺木的地方，白天很少有人去，夜晚更没有什么人去，所以取存武器是比较理想的。在小棺村里面，装了20 支毛瑟枪和勃郎宁手枪，于第二天另雇一辆小车，送往虹桥飞机场附近一个乱坟山埋好，立一块石碑，上镌“小女毛玲之墓”，意即毛瑟、勃郎宁。一切安置妥当后，把附近的地形、方位、道路等拍成照片。剩下的10 支驳壳枪则装在一个大木箱内，辗转托人用“德记”五金店名义存寄在十六铺的一个仓库内。当时沈醉把这些储藏的地方告诉了毛人凤，并把照片、收据等交给了他。解放后，沈醉向有关方面交代出上述情况后，不久他们告诉沈，只有存放在仓库中的那些枪弹取出来了，停放大棺材的地方已改成工厂厂房，没有人认领的棺材都埋掉了；埋小棺材的坟地已改成菜园，找不到“毛玲之墓”了。
布置大屠杀
南京、上海解放前后，保密局秉承蒋介石的命令，对革命人士和无辜人民的杀戮，发展到更加骇人听闻的程度。这时蒋介石对毛人凤的指示是：“过去由于我们杀人太少，对一些反对我们的人没有杀掉，所以使得越来越多的人不再怕我们。今后只有多杀掉一些，才可以挽回这种不利于我们的局面。”毛人凤忠实地执行蒋介石的这一指示，向保密局的大特务们再三说明这种办法是最英明的，要求特务们都要重视，所以越到后来便越杀得多越杀得残酷。
上海警察局长毛森执行毛人凤的屠杀政策，先后杀害的革命人士，据起义人员沈醉日后回忆的计有：解放军京沪特派员刘钧成、参谋黄培中、联络员陈玉山、情报组组长张伟、谍报员杨剑民，另外还有第九分区参谋汤新民等5 人。毛森杀害的爱国民主人士有：民革南京分会主任委员孟士衡、宣传委员吴士文；此外，一个原来是国民党的宪兵，担任了民革交通联络员的肖俭魁也一起被杀害了。还有一些其他民主党派的人士，如陈惕卢、张达生、方志农、朱大同、王文宗等几十人。中共地下党员被捕杀的有近百人。后来在宋公园等处还公开杀害了很多人。
1948 年冬，蒋介石叫毛人凤派人去北平暗杀奔走和平的何思源。毛人凤找了主持这项业务的第二处处长叶翔之，还有技术研究组主任刘绍复和沈醉，4 人前后研究过两次。原来准备等何出门时，在他住宅附近用手枪暗杀他。但是考虑到那样做，凶手逃走不容易，以后才决定用定时炸弹放在他住宅内，炸弹爆炸后凶手可以从容逃走，毛人风为了慎重起见，特别叫叶翔之亲自率领4 名特务乘飞机赶往北平，事先并通知当时还留在北平的特务协助进行这一工作。后来没有炸死何思源先生而误毙其女儿后，蒋介石非常生气，指责了毛人风一顿。毛人凤便埋怨叶翔之没有照他的意思在路上狙击，因考虑凶手的安全而误了大事。毛人凤说，牺牲个把人换一个何思源总是值得的。
1949 年，张治中、邵力子、刘斐、屈武等到北平不愿再回去时，蒋介石更是恨到了极点，叫毛人凤一定要设法杀掉一两个。可是在这时候，毛人凤也感到无能为力了，但是他又不便拒绝接受蒋的命令。直到1949 年9 月间，他去昆明时还和沈醉研究怎样有把握地去进行这一工作。当时还有两个在保密局专干暗杀工作的人，由沈醉从南京带去昆明。毛人凤还问过他们，在北平有什么社会关系。他们也认为去北平无把握，才没有叫他们去。毛人凤在谈到这个问题时还一再说：“老头子对于没有杀掉这几个人很不高兴，每次问到我时，我总是说还在准备，现在越看越没有办法了。”说到这里时，他叹口气说：“现在我们的工作也越来越不行了！”尽管如此，这年秋天，蒋介石还是命令毛人风制造了惨绝人寰的大屠杀。
蒋介石首先叫毛人凤在重庆杀掉囚禁多年的杨虎城将军，全家一个不留。1949年10 月底，军统在重庆市大坪杀害了中共四川省委蒲华辅、中共重庆市委王朴，以及徐孝义、刘国志、成善谋、邓兴邦等10 人。接着又秘密在中美所范围内岚坯电台旧址杀害了30 多人，其中有江竹筠（江姐）。在11 月27 日大屠杀中被害的烈士有：许晓轩、陈然、何雪松、李青林、何敬平、沈迪群、张现华、杨翱、黄显声、李承林、韩子重、黎又霖、周均时、王白与、周从化、阎继民、张醒民等，加上原囚禁在新世界饭店的王亚细、艾仲煌、单本善、钟奇等，共达300 多人。此外，他们还在成都十二桥杀害了许寿贞、杨伯凯、于渊、姜乾良、彭代梯、刘仲宣等30 多人，造成了惨绝人寰震惊世界的大屠杀。
在重庆临解放前，毛人凤叫保密局把囚禁在中美所内白公馆和渣滓洞两个看守所以及重庆卫戍总部保防处小梁子新世界饭店看守所的3 批人士一起杀掉，总共约有300 多人，即“一一·二七”（11 月27 日）重庆大屠杀案。
在执行这次大屠杀之前，蒋介石指示毛人凤：抓到的中共党员、民主人士和嫌疑犯都要杀掉，连原来保释出去的共产党员都要一起杀掉。当时重庆市长兼卫戍总司令杨森的侄女共产党员杨汉秀，本来已由杨森保出去，也由警察局刑警处长张明选，亲自带领特务将她杀死在歌乐山一个碉堡内。囚禁在白公馆内的30 多人，系由军统局息烽监狱移送去的，大都关了七八或10来年。如张学良将军旧部副军长黄显声，便关了10 多年；还有4 个中学生，是抗战期间误入中美所范围，被指为中共嫌疑犯，关了10 多年，也全部被杀掉。不仅如此，毛人凤叫保密局法官徐钟奇清理白公馆人犯时，连临时囚禁在里面的军统老特务、警察局刑警处督导长陈为城（因违犯军统纪律，平日关几个月就可无事），这次也一样签请枪决，蒋介石照样予以批准。
大屠杀是从11 月25 日开始的，先杀白公馆的人犯。为了避免引起附近渣滓洞看守所内人犯的警觉，决定使用刀和手枪。当天上午第一个把黄显声将军叫出来，骗至离白公馆半里路左右的步云桥附近的山坳中，趁黄在走着的时候，由凶手从后脑射入一弹毙命。其余的人也是一个个骗出来，到步云桥附近山沟内用刀砍死。女共产党员黎剑霜在狱中生有一个小孩，当时还不满周岁。她被骗出时，进入刑场看到那么多尸体躺在血泊中，自知难免，便请求保留孩子，结果被凶手将孩子夺去摔在地上。黎扑向凶手拼命，被旁边另一凶手拦腰一刀，砍倒在地，但她还挣扎着爬到小孩身边抚摸摔得半死的孩子。当天， 30 多人被这样一个个骗出去杀掉后，连看守所所长陆景清也感到害怕起来，马上找毛人凤吵着要立刻飞往台湾，他说：“我们这样杀人，将来被共产党抓到后，还能活着出来？”囚禁在新世界饭店看守所的近百人，都是在1949 年间被捕的，其中大多是嫌疑犯，据说被判处死刑的30余人中，只有少数如王亚细（女）为共产党员。这时根本不管谁是不是共产党，由毛人凤通知杨森全部杀掉。这批人于26 日解到中美所内执行了。当时特务骗他们是换一个地方囚禁，这些人都带着行李，但一到缫丝厂刑场，看到新掘好的大坑，也都明白自己已无生路，不少人便在临刑前高呼“共产党万岁！”在一阵乱枪中，他们结束了生命。
