当然，蒋介石现在还并不想除掉戴笠，他只是有所猜忌和戒备，只是先从抑制下手。戴笠也看透了蒋的心理，也开始防患于未然。对蒋介石更加忠心耿耿，极力与宋美龄、宋子文进一步密切关系；与胡宗南、顾祝同等实力派将领盟誓以为后盾，同时挟洋人以自重，向海军发展，免得被蒋介石借口只是个特务而被铲除。拉拢蒋介石周围各色人等包括唐纵的关系，使他们为自己说好话，继续巩固军统局内部，培养毛人凤，以为退路。戴笠也开始整肃内部，不给蒋介石以任何口实。
蒋介石因在抗战时期，有用戴笠之处，故一直没有大动作。
1945年10月10日，国共两党经过43天的谈判，正式签订《会谈纪要》（又称“双十协定”）。这个纪要的一个重要内容之一，就是规定国民党迅速结束所谓“训政”，召开政治协商会议，“保证人民享受一切民主国家人民在平时应享受的身体、信仰。言论、出版、集会、结社之自由，现行法令当依此原则，分别予以废止或修正”，尤其明确规定“取消特务机关，严禁司法和警察以外机关有拘捕、审讯和处罚人民之权”，并指出应“释放政治犯”。这些条款主要是共产党针对国民党特务机关军统、中统等提出来的。
作为蒋介石来说，他是靠特务起家的，何曾想到要“取消”？他决不会放弃特务统治这一宝贝。从内心来说，签订纪要只是虚伪应付，他还是从骨子里要打内战，消灭共产党。和谈只不过是缓兵之计。但是，他要做表面文章，不得不应付共产党和其它民主党派，同时他觉得正好赶上时机有了借口，就是可以抑制一下戴笠和他的军统，使其不能再继续膨胀发展。
蒋介石随即向戴笠秘密发出指示，要求他撤销军统局，化整为零，以减少中共及民主党派攻击的口实。
蒋介石的这个指示很高明：
一、撤销军统，使他有履行“双十协定”的信誉，应付了舆论。
二、抑制了戴笠，使军统再也不能构成对自己的潜在威协。
三、化整为零，并不是取消，等于加强，将来可以东山再起。
四、打着履行“双十协定”的旗号，戴笠无话可说。
五、将戴笠捏在手里，将来撤销军统局对戴笠用与不用，都在自己的手心之中。
蒋介石的这一步棋确实非常高明。
但戴笠看到蒋介石的命令，心情却极为恐慌。戴笠心里很清楚，他不可能抗拒蒋介石的命令，蒋介石终于要开始动手了。
戴笠也明白，如果真的化整为零，他就再也没有什么本钱了。戴笠考虑，先将军令部二厅、内政部警政司掌握起来，将军统控制的军事情报、稽查和国民党军队各级谍报参谋人员划归进二厅，将特工警察划归进警政司。另外加快成立交警总局，将军统掌握的忠义救国军、军统特务团、军委会别动军、交警总队。交通警备司令部所属各团及税警部队，加上接受投降的汪伪税警团和汉奸部队共7个多师，全部编成18个交警总队（相当于陆军加强团）和4个教导总队，全部美式装备，机械化程度也很高。戴笠极重视这些军统掌握的武装部队，认为是最重要的本钱。1946年3月1日，交警总局正式成立。另外，戴笠计划将军统局本部及外勤机关划拨到司法行政部之下成立调查室。
但是，尽管化整为零保住了大部分实力，但军统局一旦撤消，尽被分割，自己将无处可去。关健还是要夺得海军司令的职位，这只能依靠美国人。
于是戴笠以视察为名飞赴青岛，与美海军第七舰队司令柯克上将加紧联系，并达成他为戴笠活动的许诺。随后，戴又飞赴天津，受柯克要求，策划美海军陆战队于渤海湾登陆事宜。戴笠立即与美驻津司令、海军陆战第三师师长拉上关系，并设立机构居间联系。
这使得蒋介石有些犹豫，因为蒋极重视美国在华军事部队。蒋要打内战，一再请求美国部队登陆替国民党军抢占战略要道与铁路交通线。至1946年，美军在天津登陆就近五万人。蒋介石明白戴笠与美国人的关系的能量，所以还觉得戴笠尚有作用。
戴笠也抓紧时间，加紧在国防部二厅、全国警察总署、交通警察总局等公开部门合法安置军统特务。仅军统举办的全国各特警班毕业生就达15万人，这都让戴笠绞尽脑汁。所以，戴笠一直在南京、上海、北平、天津、青岛等地来回奔走，研讨对策。
戴笠还认为，只有寄希望于反共，军统才有出路。他也认为军统的牌子由于反共太臭名昭著，但决不会真正取消特务组织，只不过是否由他来继续执掌。
1946年1月10日至31日，在重庆召开中国政治协商会议（简称旧政协）时，各党派再次提出取消特务机关的口号。
正在筹备的国民参政会四届二次会议，受国共和谈、政治协商会议影响，也准备提出取消特务机关、切实保障人民权利的议案。
戴笠的对立面和政敌陈果夫、陈立夫、陈诚、李士珍等党。政、军、警大员，也趁机兴风作浪，妄图挤垮军统，致戴笠于死地。
1946年3月，国民党召开六届全会，大会开了近20天，国民党的权力机构代表、270名“中央执行、监察委员”，正在激烈辩论国民党从抗战转入战后的有关方针政策问题。会议期间，忽然有人喊出“打倒特务”的口号，并质问为什么《双十协定》、国民参政会、政协会议关于取消特务机关的三大决议没有得到贯彻实施？这一口号的质问得到大多数人出于不同目的赞成，这在国民党历届中央全会的历史上从来没有发生过。其实，这是很多人对蒋介石特务统治的不满。因为这270名国民党中央执行和监察委员，几乎没有一个人不厌恶、恐惧、仇恨戴笠和他的军统局，有的如孔祥熙、陈诚等军政大员，尽管拥护蒋介石，但却极端仇视军统。至于其它与戴笠有刻骨仇恨的陈氏兄弟等，必欲除之而后快。而一些稍有正义感的国民党人士，更以军统特务为不耻。所以，几乎全体中执、监委们，此时分外团结，一致倒戴，其阵线之统一，前所未有。
更耐人寻味的是，特务统治的始作诵集大成和保护者蒋介石居然并不反对，甚至也持赞成态度。
其实，这不奇怪。早在抗战结束前，戴笠负责肃奸接收，想趁机扩大实力，安插军统人员抢占要害部门如各地警察局长位置，就受到蒋介石的抵制。针对他扩张权力的势头，蒋成立了一个5人小组，秘密活动，对戴笠进行监视，并研究抑制的策略。
5人小组由蒋介石领导，加上钱大钧、胡宗南、唐纵、宣铁吾共5人组成。宣铁吾是戴笠的死对头，新任上海市警察局长；唐纵早就负责监视戴的使命。钱大钧是蒋的亲信，胡宗南虽与戴为密友，但蒋正为了分化戴与胡，才让胡宗南参加，以示信任，让胡汇报戴的行动。胡衡量他与戴与蒋之关系利害，自然会投蒋取信。
5人小组的成立，是蒋介石自以为可以控制和削弱戴笠，并对他全面监视，准备彻底解决对自己的威胁。
在六届二中全会期间，蒋介石正好顺应形势，准备干脆“一锅端”。在会议中，马上亲自下手令，在原来监视戴笠的5人小组之外，又成立了一个8人小组，成员皆为特工、谍参、警界等机构的实力派人物。蒋介石交给他们的任务，就是彻底拿出对付戴笠和他所控制的军统的方案。8人小组虽然表面上有戴笠之名，但小组的另外7个人却排斥了戴笠，另外秘密提前搞成了一个“一锅端”的方案，准备在正式会议上发难。
蒋介石同意了这个方案，并亲自数次电谕在平、津一带滞留的戴笠赶回重庆，参加准备向他发难的8人小组会议。
而且，这几次会议传来的呼声，形成了巨大的舆论力量，使戴笠寝食不安。戴笠权力很大，但却没有资格参加这些会议，他不是中央委员，也不是政府官员，但是那种气势戴笠还是感到了。
1946年2月，蒋提升唐纵为内政部政务次长，为唐出任警察总署署长作了准备。唐纵不仅从职务上超过戴笠，而蒋介石的真目的是想把由军统控制的警察权分而治之。
蒋介石指定的对付戴笠的8人小组就有唐纵，其他人分别是宣铁吾、陈悼、李士珍、黄珍吾、叶秀峰、郑介民和戴笠。
这8人中宣铁吾、陈悼、黄珍吾分别是上海、北平市警察局长和首都警察厅长，李士珍是中央警官学校教育长，这四人代表了蒋介石的意图，就是特工警察化。宣。李等人均与戴笠有矛盾。叶秀峰是中统局长，中统一向与军统势如水火。郑介民、唐纵虽然属于军统，但是被蒋介石笼络，两人早已不甘屈居戴笠之下，各自去向军政界发展。
1946年3月初，蒋介石再次给戴笠发电报，命令他立即回渝参加8人小组会议。这期间，宣、黄、李等人已开始策划如何把军统彻底搞垮。毛人风等已获得这些人的捣鬼计划，在蒋介石通过军统发给戴笠的电谕纸背面注上“重庆宣（铁吾）、李（土珍）、黄（珍吾）在捣鬼，谨防端锅，请亲自呈复”的警告。
戴笠见到蒋的电谕和毛人凤的警告后，十分气愤。但戴也明白，宣、李、黄三人并不可怕，可怕的是蒋在利用他们整掉自己。戴笠遂回复了一封有愤激之词的电报，但毛人风以为用词不妥，压下未回复，来电请示修改。但戴尚未收到，已经飞机失事了。
戴笠明白，与蒋对着干不是上策，开始考虑“以进为退”，始有出国避风的打算。
就在蒋、戴之间斗法的关键时刻，一场事故使戴笠突然死亡，蒋、戴之间的矛盾自然化解，云消雾散了。
戴笠的死使蒋介石省去了很多麻烦。戴笠的死实则是一个很偶然的事件。当时他在北平正在处理有关肃奸事宜。这时，蒋介石已知悉美国人建议、支持戴笠出任海军司令，但蒋介石没有答应，对海军进行改组，撤换海军领导人，任命陈诚兼海军署长。戴笠仍不死心，邀请柯克到北平，作最后努力。
偶然中，戴笠在提审日本间谍、汉奸金壁辉时，知悉军统布置处负责人马汉三曾叛变投日，还从金壁辉处搜去了一柄乾隆龙泉宝剑。当时这把剑是孙殿英赠给戴笠转交蒋介石的，戴当时交马汉三保管。马汉三叛变时，剑又为日本特务田中所得，田中将此剑又交金壁辉保管。
马汉三叛变后，因献剑免去一死，被释放。以后侥幸过关，仍在军统工作，爬到军统局布置处处长、北平民政局局长的高位。马汉三知道以戴笠的精明，早晚会东窗事发，所以一直预谋逃亡国外。
戴笠在发现马汉三匿剑、投敌之事后，又发现他还有贪污的劣迹，非常气愤。但戴当时焦头烂额，要应付蒋介石的“端锅”方案，又要赴青岛再次与柯克会晤，还要赶往上海与胡蝶办理结婚事宜，最后还要回重庆汇报肃奸情况，参加8人小组会议，实在无暇分身。因而戴笠决定，先施缓兵之机，待机再处理马汉三的问题。
戴笠采取了一些措施，稳住马汉三，先索回了宝剑，又散风要重用马汉三。但马汉三已看出戴笠在放烟幕弹，马汉三明白戴笠早晚要收拾他。按军统纪律，他自己的下场必死无疑。无奈之际，他与亲信刘玉珠密商，认为只有杀死戴笠，才可平安无事。他知道戴笠将去青岛、上海等地，于是立即派刘玉珠去青岛，密施暗杀戴笠计划--在戴笠的飞机上安放定时炸弹。
戴笠在离开北平前，已经充分预料“一锅端”方案给他将带来严重后果。所以在1946年3月10日于北平怀仁堂主持军统北平办事处记念周，在讲话时说了一番深有含意的话：“去年领袖叫我当中央委员，我坚辞不就，因为争权夺利，不配做一个革命者……最近中央开六届二中全会，十几天来所表现的情况，未出我预料之外。对调查统计局的问题，看来是毁誉参半的。有人叫要打倒我们，我不知道什么叫打倒，什么叫取消，我只怕我们的同志不进步，官僚腐化。如果这样，人家不打，自己也会倒的。作为我时刻所想的，是如何对得起先烈，如何保持光荣历史，决没有想到别人如何打倒我。我个人无政治主张，一切唯秉承委员长的旨意，埋头去做，国家才有出路，个人才有前途。”
从戴笠的这番话可以看出，他已做好应付“端锅”的准备，并也做好引退的准备。
3月12日，戴笠约见郑介民（当时在北平执行军调处负责），把军统家底和善后工作作了交待。
3月13日，戴笠赴天津处理军统特务贪污等案件。同时处理国民党第九十四军军长纳妾案件。
3月15日，戴笠返回北平，赴医院秘密看望杜聿明，商谈有关军统在东北地区工作配合问题。
3月16日，戴笠又赴天津，又于当日到达青岛。
3月17日，戴笠决定 11时起飞，赴上海与柯克会面。
此时刘玉珠已到达青岛，以军统局华北督导员身份，借口登机检查“安全”，预放一颗高爆力定时炸弹。
上午11时45分，戴笠登机起飞。起飞不久，即遇大雾，上海龙华机场也下大雨，不能降落。戴笠决定直飞南京。
下午1时零6分，飞机到达南京上空。1时13分，炸弹爆炸，飞机坠落于南京江宁板桥镇戴山。机上人员戴笠以下13人全部遇难。
3月18日，蒋介石获悉戴笠失踪，非常恐惧与紧张，马上令各有关单位寻找。
3月19日清晨，戴笠失事被证实。军统人员为戴笠等收尸。
3月21日，军统局总务处长沈醉专程去戴山勘查，找到了那把古剑，为以后查清戴笠之死找到了线索。
同时，各报刊载戴笠遇难消息，以飞机失事定调。
戴笠之死在国民党内部引起一片混乱，有人欢喜有人愁。
蒋介石刚开始如释重负，因为他再不必费尽心思抑制其人了。但是，随着时间的推移，蒋介石又逐渐产生了痛惜内疚和若有所失的感情。
蒋介石不得不承认戴笠是个特工奇才，蒋介石的江山稳固，戴笠是立下汗马功劳的。而且戴笠非常符合蒋介石的用人标准--人才加奴才。他的才干在蒋的心中比任何一个国民党内的官僚都不逊色。而且他能了解、揣摩、执行蒋介石的任何企图，防患于未然。他已成为与蒋默契之极的心腹，军统也成为蒋介石须臾不能离开的工具。
戴笠一死，军统的接班人郑介民、唐纵、毛人凤都不能与戴笠相比，工作处处被动，不仅不能开拓发展，稳固蒋的统治，反而连维持现状都颇困难。戴笠死后共产党地下组织的发展，各大中城市频繁的学潮，民主党派的活动，都使蒋十分恼火。他认为，这是军统接班人不具备戴笠那样的政治头脑和政治手腕所致。因而每逢遇到棘手的麻烦时，蒋介石总想起戴笠，想起他处理事情干净利落、思考周全不给蒋带来政治后果、处处秉承旨意、时时体念自己苦心、双方默契协调几乎天衣无缝的种种长处。愈到后来，蒋介石愈感到戴笠的才干无人可以取代，蒋因而不时后悔把戴逼得太急，那时蒋介石还不知马汉三谋害内幕，总以为自己逼戴前来开会，才使他在恶劣气候中丧身的。
蒋介石的后悔心清转为了他对戴笠的悼念活动的态度上。
戴笠的悼念活动，在国民党的历史上几乎是空前的。其规模、声势，大的吓人。
1946年4月1日，军统在重庆隆重举行了追悼会。蒋介石亲自到会主祭，并在讲话中流下眼泪。在祭礼完成后。蒋介石开慰问军统烈士家属，大概是想起戴笠又再次含泪以泣。蒋介石很少流眼泪，这很可以反映他的心情。
随后，蒋介石下令在全国范围内为戴笠举行公祭。
从4月中旬到6月上旬，全国各省的各大城市纷纷举行公祭。北平、济南、贵州、重庆、成都、昆明、南昌、上海、合肥、无锡。兰州、广州、福州、厦门、长沙、桂林、西安、郑州、沈阳纷纷举行了数千人乃至5万人的悼念祭礼。各地主祭人均为国民党军政要员，如北平是军委会委员长北平行营主任、一级上将李宗仁，山东是省府主席何思源，贵州是省府主席杨森，四川分别由卫戍总司令王缢绪（上将）和军委员会委员长成都行营主任兼四川省府主席张群在两地主祭。江西是省府主席第七绥靖区司令王陵基（上将），安徽是省主席兼第十战区司令李品仙（上将），江苏是国民党第三方面军总司令汤恩伯（上将）……
因为蒋介石有旨意，所以这些要员心中明白蒋介石是有意把戴笠的追悼活动办得隆重些。
6月11日，国民政府发布命令，追任戴笠为陆军中将。
第二天，蒋介石亲率数百名军政大员为戴笠送葬。陪同蒋出席葬礼的有宋子文、陈诚、白崇禧、陈立夫、邵力子等。蒋介石亲送了题为“碧血千秋”的花圈，还亲笔写下了“雄才冠群英，山河澄清仗汝迹；奇祸从天降，风云变幻痛子心”，这很可窥见蒋介石失去戴笠的痛悔心情。
蒋介石着特级上将制服，亲至南京中山路357号军统办事处戴笠灵堂吊唁，又亲自护送戴笠灵枢至钟山灵谷守志公殿。送葬队伍除数百名军政要员外，还有数万人参加葬礼。送葬队伍一律素衣白马。蒋介石在葬礼上亲自致读长篇祭文，哀叹：“唯君之死不可补偿”。在朗读祭文时，蒋介石又一次流下眼泪。
两个月后，内战开始爆发。蒋介石却专门抽出时间，与宋美龄专程到灵谷寺凭吊戴笠，据说蒋介石一直面对戴笠遗像长时间凝视，也一直没有说一句话。
蒋介石在戴笠死后，曾有一次对人慨叹：戴笠“生为国家，死也为国家”。因为蒋介石在他的政治生命中每每依靠戴笠化险为夷，每当风云变幻之际，戴笠也会以自己的政治敏感，为蒋提供情报，出谋划策。蒋介石在戴笠死后，愈发感到了失去戴笠的重要性。因此蒋介石每每歉疚，也每每怀念戴笠。
凭吊之后，蒋介石决定亲自为戴笠选择风水绝佳的安葬地。毛人凤。沈醉等陪同蒋介石走向灵谷寺后山选址。但因宋美龄穿高跟鞋不适崎岖山路，蒋介石表示以后再来。
半个月之后，蒋介石在毛、沈陪同下，再到灵谷寺后山选址，走来走去，直到满头大汗。
1947年3月17日，戴笠灵枢正式安葬。蒋介石派陈布雷为代表致祭。戴笠棺木人穴后，毛人风与沈醉商定，怕人破坏，用水泥炭渣搅拌灌注，将整个墓穴与棺木凝结为一体。
1949年，毛人凤觉得戴笠生前与共产党作对，罪恶太重，怕解放后掘尸毁墓，便计划迁葬到台湾。但因水泥灌注大结实，无法可想，只好放弃。其实，戴笠墓穴在解放后并未遭破坏，一直完好，沈醉在解放后被关押11年以后特赦出狱，曾数次去探视，至今无损。
戴笠的老母一直不知道戴笠已死，由毛人凤一直模仿戴笠口气逢年过节发电报祝贺，以造成戴笠留在人间的假像。戴母在五十年代初期死于大陆，她一直以为戴笠无恙。戴笠之子戴藏宜因与戴笠之弟戴春榜杀害中共地下党员华春荣等罪行，解放后被政府镇压。戴笠儿媳郑锡英及三个孙子、一个孙女，回衢州娘家，不久隐居上海。孙女在回衢州之前送人。
1953年初，一直不能忘怀于戴笠的蒋介石，在台湾站稳脚跟后，开始寻找戴笠遗属，命令毛人凤不惜代价将戴笠遗属和后裔从大陆接到台湾。
毛人凤奉蒋的指示，派保密局特工从台湾潜至上海，与潜伏在上海市公安局的特务接上关系，找到了郑锡英一家，并为四人办好了去香港的出境证。1954年初，因前来接应的特工必须带领她们出境赴台，郑锡英只好将次子送给别人，让特工顶替次子之名，带她和另外二个儿子。同至香港，再至台湾定居。
蒋、戴之间的恩怨至此结束。
1948年，马汉三、刘玉珠等谋杀戴笠内幕被发现，蒋介石怕公布有损于军统和国民党声誉，便只以贪污罪等将马、刘等三人处决。
6．树倒猢狲散
戴笠死后，军统局撤消，改组为国防部保密局。
1946年国防部各厅局正式于7月1日成立，但军统局直到10月1日才宣告撤销结束，正式改称国防部保密局，蒋介石手今国防部第二厅厅长郑介民兼局长，原军统局主任秘书毛人风任副局长。
蒋介石离不开特工组织，所以他准备对戴笠“一锅端”也并不是取消特务组织，只不过对戴猜忌，嫌他权力过重、势力过大而已。所以呼吁取消特务机关日渐高涨之时，蒋也并不是真心要取消，只是表面应付而已。
本来，中统、陈诚等派系均想打倒军统，进而瓜分。但由于宋子文、胡宗南等实力人物的保护，加上蒋介石觉得，打内战和维护自己的统治，军统还是有作用的，因而主张保留下来。但是，他考虑军统的招牌已经臭了，所以很有必要改头换面，换个招牌，以遮人耳目。
当时，国防部成立时，各厅局名称、组织机构、人员编制、经费等都已决定，唯独军统划归国防部起什么名称，大费脑筋。经过反复研究，蒋介石才批准使用保密局这一名称。
蒋介石最为关心、最费神的问题，是军统局的接班人能不能象戴笠那样，把经营了十多年的这一特工机构很好的领导起来，继续运转起来，以便继续为他效力。他一直认为郑介民、唐纵。毛人凤三人比不上戴笠，也不能使他完全放心，他也只能挫子里拔将军了。
另一个使他头疼的问题是军统开支问题，战时可以由他开特别费，再一个是戴笠很有办法，靠自筹维持。但战后不能再随便开特别费，毛人风也没有戴笠那样的神通。蒋介石多次找毛人风研究，最后决定军统接收的日伪敌产和现金不上交国库。自己开办企业，将盈利作为经费。但蒋介石煞费苦心研究出的这条计策，却由于军统经营不善，利润越来越少。所以只好实行“汰弱留强”的缩编方针，大量裁员，仅军统送往各地军官总队的特务就达两万多人。机构也有的合并，有的裁撤，军统再也没有戴笠时期的鼎盛辉煌了。
蒋介石在保密局成立不久，便招集全局高级干部训话，除大力赞扬戴笠并强调要向他学习外，更着重强调保密局以后的工作任务。
蒋介石认为以后主要的敌人是共产党，他强调同共产党的斗争比过去同日寇和汉奸作斗争要困难的多，每个人必须全力以赴，如果稍为松懈，不只危及党国，而且会死无葬身之地。他反复要求保密局多研究一些办法，多出一些主意，随时总结经验和教训，更好地担负起这项直接与共产党作斗争的任务。
这是蒋介石为保密局工作任务定的基调。
但是，军统局在戴笠生前，由戴笠一手握生杀予夺大权，他的权威无人敢与之匹称。故尔他的号令一下，雷厉风行，效率很快。但戴死后，群龙无首，军统内马上分三派开始争权夺利，以郑介民为首的广东派，以毛人风为首的浙江派和以唐纵为首的湖南派斗争颇为激烈。最后由毛人凤派获得胜利，独掌保密局大权。
但毛人凤的资历比戴笠还要低，原先只不过是县政府的小职员，被戴笠吸收进军统。由于他是戴笠的小学同学，后来逐渐加以培养，做看家工作。他也没有戴笠与国民党内部广泛的社会关系，与蒋介石也不亲密，也不具备戴笠那种才干。因而他只能守成基业，而没有什么大的作为和发展。这也是蒋介石不满意的地方。
但毛人凤在屠杀共产党人方面，比戴笠有过之而无不极，这也受到蒋介石的欣赏。
蒋介石尽管仍然保留了军统，但吸取戴笠生前功高震主、尾大不掉、势力膨胀的弊端，使保密局缩编后，在体制和权力方面都受到了限制。另外，蒋介石采取分而治之的办法，将原来由军统控制和掌握的公开机关都予以撤消，如货运局水陆交通统一检查处、经济检查队等。军统所控制的两个最大机关--警察系统和军队谍报系统，也由蒋介石划出去，由警察总署和军令部二厅管辖（后期厅长由与军统毫无关系的侯腾任厅长）。
加上军统内部三派的斗争，一直争执不休，使军统实力大为消耗，从此一蹶不振。
解放前夕，军统面临崩溃，不少军统老人感于蒋家王朝即将溃灭，纷纷自谋出路，脱离军统。有一部分人与中共早就联系，一旦解放马上弃暗投明。一部分人参加起义投诚。也有军统老人如交警总局局长周伟龙企图调部队擒获蒋介石，投向人民，被毛人民发现密捕枪杀。另外一大批军统高级干部被解放军俘虏。
毛人凤在解放前夕制造了多起屠杀事件后，率一部浙江派军统骨干逃往台湾。
毛人凤在临逃往台湾前，奉蒋介石命令，在大陆布置了不少潜伏组织和特务武装，建立所谓“反共基地”，但终被扫清。
解放后，保密局又多次组织特务骚扰大陆，都未获成功。
由蒋介石所授意、戴笠一手创建的在中国大陆纵横了十八年的庞大特务王国，终于随着蒋介石在大陆的彻底垮台，被彻底赶出了中国大陆。
军统的后期领导人毛人凤、唐纵、郑介民到台湾去以后，逐渐被蒋介石排挤，由蒋经国主持特务工作。不过台湾后来的特工单位，很多骨干仍然是军统分子，证明这一特务组织确实是蒋家王朝最得力的保卫者，在蒋介石的统治过程中，确实发挥了其它手段所不能发挥的作用。
所以，蒋介石到台湾后，仍然强化特务统治，只不过他将所有特工单位都由他的儿子蒋经国来主管，以防止危及他的统治。
蒋介石在撤离大陆前，曾布置了一系列暗杀活动，交毛人凤执行。毛人凤秉承了蒋的旨意，策划过暗杀李宗仁、傅作义阴谋，还暗杀了陆大校长杨杰、北平市长何思源和参加起义的军统老人、湖南警察局长刘人爵等活动。
他遵照蒋介石的指示，更加疯狂的破坏共产党组织，1947年夏，他指挥保密局特工破坏了中共北平地下党组织的电台，致使保定、沈阳、西安、兰州等地党组织被破坏，一百多名地下党员被逮捕杀害，只有极个别党员如陈布雷的女儿陈琏等被保释。地下电台的最高领导已潜人国民党保定绥靖公署的第一处处长谢士炎等人，也同被破获被捕，同时已打人沈阳城防司令部和东北行辕大本营的地下党员也均被逮捕。
在上海，毛人凤共指挥逮捕了各类进步人士包括中共党员3万多人，有1万3千多人被害。
在云南昆明，制造过数次血案，镇压学潮，屠杀共产党员。
在重庆军统监狱进行血腥屠杀，并杀害了杨虎城等知名人士。毛人风嗜杀成性，竟连关在监狱里犯了错误的军统特务们也一并杀掉，可见毛人凤的狠毒。在白公馆监狱杀死一百多人，而杀人的特务才只有2块银元的奖金！渣滓洞监狱进行了两次屠杀，共杀害300多人，新世界看守所活埋了200多人，这里的犯人都是不久前逮捕的，大部分是嫌疑犯。但清理时不分是否是共产党，一律杀害。总的来说，这三处被害的大部分是共产党员。
这种血腥屠杀连军统的较高级干部也看不下去。当时执行屠杀任务的负责人之一，保密局二处行动总队副总队长钟铸人事后感慨不已说：“在战场上和敌人打仗，因为怕被敌人打死，开机关枪时越打越起劲；在渣滓洞用机枪扫射人犯，看到他们手无寸铁，乱窜惨叫，心里实在有些难过。但是上面的命令，只好昧着良心指挥他们扫射，这个玩意儿真不好干啊！我们这样杀人，如果共产党捉了我们，对我们还会饶恕吗？”
但是，毛人凤的疯狂却一再受到蒋介石的嘉奖。蒋介石一再指示要大开杀戒。他多次指示：我们那样有势力的时候，共产党都不投降，现在更不行了，只能大杀。
但是，再杀也挽救不了失败的命运。蒋介石最终逃往了海岛一隅。
早在大陆解放前夕，毛人凤就随蒋介石去过台湾，去寻找退路。蒋介石带毛人风同去的目的，还决定在台湾全面推行特务工作。当时，蒋介石在高雄召开秘密会议，成立“政治行动委员会”，其基本任务是：“统一所有情报工作，并使之充实强化”。这次核心会议的主要目的，就是按照蒋介石的旨意，把蒋经国安插在特务系，以加强控制，为将来蒋经国的接班打好基础。
蒋经国早年留学苏联去莫斯科中山大学学习（同去的还有后来成为复兴社和军统头子的康泽、郑介民等），在上学期间由董必武的通讯员李绍鹏介绍加入中共。“四·一二”政变时，蒋经国曾公开谴责蒋介石，宣布断绝关系。后来回国，逐渐受蒋介石的影响，开始做接班的准备。
在去台湾前，蒋介石已有意让他进行锻炼，并开始接触特务工作。
这次核心会议蒋经国也参加了。8月，“政治行动委员会”正式在台北圆山成立，蒋经国被蒋介石指定为委员会的总负责人，并立即听取毛人凤的保密局前期在大陆的“潜伏计划”、“应变措施”及台湾的“保安防谍”工作。
蒋介石是靠特工起家的，所以他有意让蒋经国也从特工方面起家，以此为基础，全面接班。
之后，蒋介石又飞重庆，妄图最后一搏。12月底，在彻底绝望之后，又飞回台湾。
1950年3月1日，蒋介石在台北发表“复职文告”，恢复“总统”职权，并开始对党政军各部门整肃，同时命令蒋经国全面控制特务机关，树立权威。
以后，蒋介石又公开成立“台湾情报工作委员会”，负责协调指挥国民党政、军、警、宪、特各个机构，但蒋同时又不放心，又将原来的“政治行动委员会”改名为‘“总统府资料室”，原空军司令周至柔任主任，但周只不过挂名而已，实际由蒋经国负全责。周至柔也很清楚蒋的用意，除了一年一度工作检讨会上，象征露面而外，其余事情概不过问，统由蒋经国大权独揽。
不久，蒋介石正式任命蒋经国为“总统府资料室”主任。不久，又在蒋介石的帮助下，接管“台湾情报工作委员会”，掌握由军统班底组成的“国防部保密局”、由原中统班底组成的“内务部”调查局，以及“国防部特种军事情报室”、宪兵司令部、警备、警察等情报机构的权力。这样，在蒋介石的帮助下，“总统府资料室“成了台湾所有国民党特工情报机构的总领导机构，蒋经国已成了所有特工情报机构的总负责人，蒋经国等于控制了台湾的各个特务情报机关。
起初，为加强控制，蒋经国规定所有机构搜集到的情报一率送“资料室”处理。为便于指挥，蒋经国又将这些机构的工作范围大致划分：保密局以大陆情报收集和建立情报网为主，“内政部调查局”以岛内社会调查、防止经济犯罪、贪污、漏税为主；其它机构以岛内“防共”与“防暴”为主。
蒋经国因受蒋介石影响，也非常重视特工的特殊力量。对于特务机构稳定和巩固统治的作用看的十分清楚。但过去他基本没有领导、指挥过特务机构，原来的系统各自为政，也不便于领导。因此他主持情报工作以后，为了更好的发挥特务机构的重要作用，便打乱以前特务机构的固定系统，建立以他为核心的新的特工系统。
蒋介石在负责全面整肃党、政、军机构的同时，命令蒋经国负责整顿清理特工情报机构。
不久，蒋经国便初见成效，建立了特工系统的新格局，基本恢复了特工系统在国民党溃败后失去的一些功能。蒋经国初步成立了以“国防部保密局”、“内务部调查局”、保安司令部、宪警、台湾警务处、“国防部政治部”、“国防部二厅”等七大特工系统。
这其中，保密局很受蒋介石的重视。这与毛人凤与蒋经国私交很好有关。因此，对大陆的特工活动，主要依靠保密局去行动。
在保密局撤到台湾以后，毛人凤继续参预破坏“中共台湾省工委”的活动，逮捕了“国防部”中将参谋次长吴石等人并予以枪决，受到蒋氏父子的赞许。对新生的新中国，毛人凤也奉蒋氏父子之命，多次搞破坏活动。
1950年，保密局特务在香港炸毁“泽生”号商船。
1949年12月，又密谋炸毁毛泽东率中共代表团前往苏联为斯大林祝寿的专列，但因在北京的潜伏特务被我破获而未得逞。负责炸毁专列的“保密局东北技术纵队”也悉被逮捕。
保密局还密谋过“萤火虫”行动，主要行动是暗杀中共华东局和上海市委党政军领导人和社会名流陈毅、朱学范、荣毅仁、张承宗等人。在华南密谋暗杀叶剑英等广州市领导，但其杀手都被我捕获，无一成功。
1955年，保密局又密谋暗杀周恩来，炸毁“克什米尔公主号”专机，因周恩来临时改道幸免于难。
同年，保密局利用周恩来出席亚非国家首脑会议之机，训练警犬，妄图利用狗携带炸弹暗杀周恩来。因中国和印尼两国有关方面严加防范，终未得逞。这条狗熟悉周恩来的气味，保密局在毛人凤死后仍保留这条狗。
1955年3月1日，“国防部保密局”改为“国防部情报局”，专门负责对大陆的破坏活动。由于毛人凤向蒋氏父子建议，原中统对中共搞破坏的特工组织，包括原设港、澳和大陆从事特务活动的人和组织，全部移交给“国防部情报局”。
中统由“内政部”调查局改为“司法行政部”调查局，只专门从事台湾岛内“保安防谍”；“国防部保密局”的秘密保防组织也移交给“司法行政部”调查局。从此职责划清，蒋经国领导特工活动也加快了效率。
但蒋介石此时仍不放心，怕老特务们妨碍蒋经国对特工机构的领导，据说郑介民后来受蒋猜忌，因吃了蒋介石送的一块西瓜而一命呜呼。唐纵一直小心谨慎，后来又调任国民党中央党部代理书记长，一直相安无事。1955年，毛人凤患肝癌住院，宋美龄受蒋介石委托探望，后送美国治疗，医治无效回到台湾死去。毛人凤生前推荐张炎元接任情报局长，张炎元也是军统早期骨干，经蒋介石同意，继毛人凤为“国防部”情报局局长。
1960年，张炎元调任国民党中央委员会第二组主任，由叶‘翔之接任情报局长，叶翔之也是军统老人，在戴笠手下曾任行动部门负责人。叶翔之的一件大杰作就是暗杀江南，当时曾鼓动世界。
中统特工系统在大陆未解放以前，已不受用于蒋介石。蒋介石一直认为中统不得力，主要领导人不务正业。所以一怒之下撤去徐恩曾“本兼各职，永不录用”，继任者叶秀峰还不如徐恩曾。
蒋介石后曾与陈立夫发生矛盾，因选票问题导致蒋的大怒。
蒋介石到台湾后，为蒋经国出山，开始排挤元老派人物。对陈氏兄弟的态度也发生变化。而国民党内三青团派系（为蒋经国掌握）、陈诚派系和毛人凤军统局派等对陈立夫群起攻之。就连“C·C”系派内部，也对陈立夫表示不满。
1949年5月20日，国民党中央政治学校举行校庆，有人当着陈立夫的面指责：“由于C·C集团上层顽固腐败，把国事党务弄得一败涂地，臭名昭彰，遭到人民的唾弃”。弄得陈立夫下不了台。蒋介石赴台后，暗示失败由陈氏兄弟承担责任，陈立夫被迫赴美闲居。临行前，宋美龄送他一本《圣经》说：“你在政治上负这么大责任，现在一下子冷落下来，会感到很难适应。这里送你一本《圣经》，你带到美国念念，会在心灵上得到不少慰藉”。陈感到无限凄凉，望着墙上的蒋介石像回答说：“夫人，那活着的上帝都不信任我，我还想得到耶稣的信任吗！？”
1950年6月朝鲜战争爆发后，蒋介石于7月26日宣布改造国民党，成立“中央改造委员会”。原来的中执会、中监会被撤销，改以25人组成的中央评议会所替代。原来在国民党中常委和党务上握有大权的陈氏兄弟被彻底抛弃，评议委员、中央改造委员均无陈立夫。虽然有陈果夫，但陈果夫实已卧床不起，所以只是虚名而已。
蒋经国的三青团派系和陈诚的派系双面夹攻，也在彻底扫清C·C势力。蒋介石的意图很明显了：就是要赶陈立夫下台，为“太子”上台扫清阻力。
蒋经国对于陈立夫原领导的中统特工机构，也一再加以改造。大陆解放后，中统在香港、澳门、台湾和大陆都潜伏组织，尤其港、澳、台地区更为强大。蒋介石、蒋经国觉得应限制中统活动。中统在抗战结束后改为“内政部”调查局，后又改为“司法行政部”调查局。蒋介石以划清界限、提高效率为名，主张限制中统的权限。毛人凤也多次建议对中统实行削权。
蒋经国便采纳毛人风的建议，并按蒋介石的指示，命令中统原来所有反共业务、组织、人员一律移交军统的“国防部”情报局。而中统的“司法行政部”调查局负责台湾地区的“保安防谍”业务，专门对内。
这一方面体现了多年来中统与军统的斗争划上了个句号，以毛人凤为代表的军统局派系取得胜利，并大大加强实力。另一方面，也体现了蒋介石、蒋经国对陈立夫派系包括属于他领导过的中统组织的排挤。
中统原来专以镇压、破坏共产党为业务专长，这项业务全部移交给军统系，表明中统也从此彻底走向了末路，彻底结束它作为一个特工组织的从发达走向衰亡的过程。
中统、军统均是蒋介石赖以发家的重要支柱。但为了使“太子”从容登基，蒋介石也不惜另起炉灶，大加改造、排斥，这一点证明蒋介石对特工机构的控制简直到了得心应手、左右逢源的地步。
总的来看，军统、中统的历史到此成了一曲“海岛余音”。蒋氏父子所领导的特工活动，对外在屡次受到中国共产党挫败之后，“配合反攻大陆”的高调越来越弱，基本上偏安一隅，再也成不了什么气候。
“天下没有不散的筵席”。蒋介石一手培植的特务王国从聚到散，随着蒋氏父子的相继死去，终于成为历史上翻过去的一页。
