接到情报的日本海军联合舰队司令部很快就下达了“捷－1”号作战预令。但是，只是预令而已。由于一个多月前搞了一场虚惊，现在无论是海军还是陆军的前线指挥官都变得非常谨慎了。当时达沃基地受到美军空袭，惊慌失措的日军望员把海面上的波浪误认为是美军登陆艇，便慌忙向上级做了汇报，当地日军内部也盛传“涂着迷彩颜色的美军坦克正开往达沃第二机场”，这吓得联合舰队司令部匆匆下达了“捷－1”号作战预令，第35集团军司令部下达了“铃－1”号预令。等到大家得知这只是一场惊虚时，整个棉兰老岛已经乱成一团了。这次那些战地陆、海军将领们决定谨慎一点儿，待把情况搞清楚再说。偏偏老天不作美，莱特湾附近阴云密布，视线极度不良。虽然海军侦察机在17日下午发现了一小群美国军舰，却无法得到进一步证实。
但那些远在几千公里之外的东京大本营的高参们，却猜不透美军的意图究竟是什么。浮在他们脑海里的画面竟然是：在莱特湾活动的只是哈尔西的海军舰队，麦克阿瑟的陆军部队则可能同时在棉兰老岛南部登陆！
当天午后，南方军司令官寺内寿一在第4基地航空队的建议下，给大本营拍电报，要求考虑正式启动“捷－1”号作战计划。
18日，莱特湾上空是风速达30米的暴风雨，日军所有飞机都不能起飞。防守莱特岛的日军第16师师长牧野四郎也无从知道美军来袭真相，此时他的脑子里还装满了台湾海上航空战的“赫赫战果”，根本没有往“美军发动大规模进攻”这边想。他向上级报告说：“敌舰多艘驶进莱特湾，企图不明。是进攻？是为躲避暴风雨？还是台湾海战中受损伤的部分舰艇窜进港内？待查。”发出电报后，他望着窗外的暴风雨发呆。他现在惟一可以做的，就是等着美国翻出底牌。
联合舰队根据各种情报，判断美军在莱特岛登陆的可能性较大，便制定了临时应急方案并通报了南方军总司令官。寺内寿一这时才下定决心，报告大本营陆军部，请求发动“捷－1”号作战计划。
19日零时，日本大本营终于下令启动关系到“帝国存亡，在此一战”的“捷－1”号作战计划。
但现在所下达的计划与原来的决战计划相比较，有了重大变化。
按照原来的计划，美军在攻击菲律宾中、南部，也就是棉兰老、莱特诸岛时，日军只派海军和航空兵部队与其决战，山下奉文指挥的第14方面军地面部队只有在美军登陆吕宋岛时才参加决战。当时设想的前提是，第14方面军本来就兵力有限，在美国强大的海、空军威胁下，向菲律宾中、南部各岛输送兵力将很困难。但海军陆基航空部队的“赫赫战果”，着实给大本营的高参们灌了一大碗迷魂汤，令他们以为哈尔西的第3舰队遭受到沉重打击，舰载机部队损失惨重，而驻在帛琉、莫罗泰岛上的美国陆基航空兵又距离莱特湾太远，在掩护登陆方面帮不上多大的忙，因此决定改变原来的决战方针，不仅海军和航空兵要参加莱特湾决战，地面部队也要参加决战，“举全军兵力，力求歼灭在莱特登陆之敌”。为达成这一目的，大本营准备一方面出动联合舰队主力，在陆军和陆基航空兵的配合下，在莱特岛与美军展开决战，同时派出一支航母部队当诱饵，把哈尔西第3舰队的主力吸引到北面的台湾方向去。
如果这一企图得以实现，麦克阿瑟就会失去空中掩护，上岸的陆军官兵和大批装备就会暴露在光秃秃的海滩上等着挨打，而日本舰队也会从南北两个方向突入莱特湾，用优势炮火将金凯德指挥的第7舰队运输舰、战列舰、护航航空母舰通通送进深深的海底。
山下奉文可没有大本营高参们那样乐观。他不赞成修改决战方针。理由是：无论台湾海域的空战战果是真是假，是否给美国人造成了巨大损失，但可以肯定说，美军不会轻易发动没有把握的菲律宾作战。而且向缺少充分准备的莱特岛派遣庞大的兵力，运送部队的舰船和保障作战的给养军械供应都将大成问题。一旦莱特决战失败，原计划的吕宋决战也将成为泡影。
