在下午的战斗中，负责指挥的米彻尔将军看到他的航空母舰编队距离敌人太近，为了安全起见，下令两个航空母舰特混大队脱离战场，只派杜博斯指挥的巡洋舰和驱逐舰继续追击敌人，扫荡那些受伤掉队的日舰。
杜博斯击沉了早已被日本人放弃的最后一艘航空母舰“千代田”号，其他日舰乘机逃之夭夭。天黑以后，开足马力的杜博斯又追上了3艘落在后面的日本驱逐舰“五十铃”号、“若月”号和“初月”号，经过炮战和鱼雷攻击，将“初月”号驱逐舰击沉，其余两艘日舰开足马力逃之夭夭。
在菲律宾东北海域，一直埋伏在那里的美国潜艇也取得不俗的战绩。25日23时，一艘名叫“哲劳”号的美国潜艇在夜色中发现了正以6节速度向北行驶的日本军舰。在双方相距3000米时，“哲劳”号用艇首发射管发射了3枚鱼雷，其中一枚直接击中目标。艇长听到爆炸声后，把潜望镜从水中升起，竟惊奇地发现那艘军舰正朝着潜艇冲来。“哲劳”号急忙转向，用艇尾发射管在500多米的近距离上进行了攻击，发射的3枚鱼雷全部钻进日舰的肚子。后来美国人才知道，这艘日舰就是当天上午被美机炸伤单独返航的日本轻巡洋舰“多摩”号。“多摩”号舰身断为两截，旋即沉没。
这场被西方战争史学家称之为“恩加诺角海战”的战斗至此落下了帷幕。小泽舰队失去了全部航空母舰，只剩下遍体鳞伤的2艘战列舰、2艘轻巡洋舰和6艘驱逐舰。
和平之神和军国主义的日本开了一个不大不小的玩笑。她让小泽白白损失了手中所有的航空母舰和大部分巡洋舰、驱逐舰，却没让小泽把诱使哈尔西航母舰队主力离开莱特湾成功的电文发出去。致使联合舰队司令部和栗田都不知道美国航空母舰舰队已经北上，不知道莱特湾内已经十分空虚，仍以为哈尔西的主力舰队还在莱特湾附近海域。
小泽在遭受哈尔西航空母舰舰队空袭期间，只向外发出了两个措辞含混不清的电报。第一份电报于25日7时13分发出，其电文是：“机动部队本队开始与敌舰载机接触。”三个小时以后发出第二份电报，其电文是：“移乘‘大淀’号，继续作战。”本来，另有两个能清楚地说明诱敌主力舰队北上成功的电报，因故未能发出。一个是8时13分拟就的，另一个是8时30分拟就的，前一个电文是：“敌舰载机80架来袭，我与敌在交战中。”另一个电文是：“战斗速报：‘瑞鹤’命中一枚鱼雷，转人力操舵；‘瑞凤’被一颗炸弹击中；‘千岁’倾斜，速度14节；其他勉强以20节航行。”可惜的是，这两个通报清晰战况的电报因旗舰“瑞鹤”号和作为中继发信的“瑞凤”号航空母舰相继被攻被毁而未能发出。
日本海军当局为了让栗田健男率领的战列舰舰队闯入莱特湾，真可谓“机关算尽”，“不惜血本”，到头来却在一个似乎很简单的通信问题上翻了船。
几乎就在水面舰艇大闹菲律宾海域的同时，日暮途穷的日本军国主义祭起了新的“制胜法宝”——令人毛骨悚然的“神风”特攻队。
所谓“神风”特攻，又叫“肉弹攻击”，就是指飞行员驾驶着携带重磅炸弹的飞机硬往敌舰船上冲撞，以这种人、机共毁的小损失换取敌人的巨大伤亡和损失。这是日军在太平洋战争后期途穷末路之时使出的“玩命”战术，军国主义分子美其名曰“必死必杀战法”。这种战场上的极端现象早在日军偷袭珍珠港时就出现过了。当时有一个名叫饭田房太郎的中尉曾驾机撞击美军机场机库，以后一些狂热的军国主义分子也偶尔效仿他，采取自杀性的攻击行动。但想到把飞行员的个别极端行为发展成为一种有组织的战术手段并组织专门的“特攻队”运用这种战术的始作俑者还要首推大西泷治郎、黑岛龟人和城英一郎等军国主义分子。
1943年6、7月间，日本皇室侍从武官城英一郎上校曾两次拜访当时任日本海军航空本部总务部部长的大西泷治郎中将，劝他“认真考虑有组织的航空特别攻击”，“依靠飞机的肉弹攻击摧毁敌舰船”。一个月后，联合舰队首席参谋黑岛龟人上校就任军令部第二部（负责军备）部长后，在大本营海军战备考察部的会议上明确地提出了“活用必死必杀战法,确立不败之战备”的主张。但这两个人的主张能否实行，关键还在于握有实权的大西泷治郎。大西是个傲气十足，出语轻狂的家伙，满脑子新奇想法，当年日本海军采用航空攻击的方式偷袭珍珠港，就与他有关。开始时对于组织“特攻队”和采用同归于尽的“肉弹战术”，他一时还拿不定主意，因为这种作法毕竟太过残忍，太没有人性，何况日军当时还处在顺境之时，还有强大的海上攻击力量，不需要日本以“玉碎”的方式换取作战上的胜利。可随着战局的不断恶化，日军的海上作战力量连续受到致命打击，一些狂热的军国主义分子纷纷要求把这种个人性质的“肉弹攻击”变为有组织的“特攻”行动。第341海军航空队司令冈村基春上校就于1944年6月19日向第2航空舰队司令福留繁中将正式荐言“实施有组织的肉弹攻击”。1944年9月13日，日本海军省决定新设海军特攻部，15日开始准备编成“樱花特攻队”。在这次菲律宾作战中，第3航空战队司令官大林少将、“千代田”航空母舰舰长城上校都曾经向日本海军机动舰队小泽司令官献策，要求把年轻的飞行员编成特攻部队投入到作战中去。大概是为了向上司显示自杀性攻击的效果，在10月14日台湾近海上空的激战中，菲律宾航空队司令官有马正文少将指挥座机冲向美军舰群，炸伤了一艘美国战舰，自己也完成了“玉碎壮举”。
