2月12日，日军残部收缩到南滨海区码头一带，隐蔽在医院、政府大厦、陆海军俱乐部、拉萨尔大学、马尼拉饭店及圣地亚哥堡要塞之中，企图依靠事先储备好的大量武器、弹药、食物和水，进行最后的顽抗。
21日，美军夺取马尼拉饭店的战斗打响了。这个饭店是麦克阿瑟几年前在菲律宾的住处，由于当时走的匆忙，他的许多东西，例如茶具、烛灯架、银器和图书，都没来得及带走，麦克阿瑟也急于回去看看，家里到底怎么样了？可是当他第二天在冲锋枪手的簇拥下来到饭店时，发现饭店的西墙已完全坍塌，他居住过的顶楼住宅除了灰烬外，一切都荡然无存。
26日，眼看突围无望，日军指挥官岩渊三次海军少将自杀。
27日，马尼拉的3周激烈战斗宣告结束。1.7万名日军被击毙，美军伤亡6575人，其中死亡1010人。但损失最大的还是手无寸铁的平民百姓，死亡人数多达10万人，整座城市只有4栋公共建筑侥幸保存下来，不过已被浓烟熏得发黑了。
在马尼拉的枪炮声尚未停息下来的时候，麦克阿瑟已经把注意力转向巴丹半岛和科雷希多岛。巴丹半岛上修筑有坚固的防御阵地，美军估计那里大约有6000~8000人防守。科雷希多岛控制着马尼拉海湾，不夺取它就无法使用马尼拉湾锚地及甲米地和马尼拉的港口。况且，这两个地方也是几年前美军在菲律宾最后坚守的阵地，直到美国国旗插上巴丹半岛和科雷希多岛上之前，吕宋岛的战斗就远远谈不上结束，麦克阿瑟心中的死结就永远打不开。
1月29日，收复巴丹半岛的战斗打响了。艾克尔伯格麾下的第38师配属第34团战斗群在吕宋岛西海岸登陆。这支部队从巴丹半岛的根部切断了它与吕宋本岛的联系，另一个团级战斗群，则在巴丹半岛西南海岸登陆，合击位于半岛中心的日军。
后来的事实证明，美军的情报官对巴丹半岛守敌的实力估计过高了，那里并没有爆发大规模的战斗。
相反，美军指挥官们以为科雷希多岛上只有900多人，因此尝试用空降部队和两栖部队联合作战，一举占领这个战略要点。等到战斗打起来以后，才发觉完全不是那么回事儿。
自从1942年日军夺取科雷希多以来，这个封锁着马尼拉湾入口的要塞长时间没有启用。1944年9月，随着菲律宾防务形势的日益紧张，日本海军匆忙编成了以板垣昂海军上校为司令官的马尼拉湾口部队，其兵力约为5400人。在美军登陆吕宋岛前夕，大本营寄予重望的自杀性水面进攻利器——“震洋队”的40余艘特攻艇，也被编入这支部队。1945年1月下旬，为了配合对马尼拉的进攻，美国航空兵开始对科雷希多实施轰炸。十多天后，美国第7舰队也加入到攻击该岛的行动中，用大口径舰炮向岛上倾泻了上千发炮弹。板垣昂用以回击的手段就是对美军舰艇发动“海上特攻”，阻止美国人使用马尼拉港。
2月28日，随着最后一只特攻艇在猛烈的爆炸声中化为灰烬，结束了“震洋队”的垂死挣扎。
几天后，美军运输船队顺利停靠码头，开始全面启用马尼拉港口。
鉴于科雷希多要塞是卡在马尼拉湾咽喉的一根大刺，麦克阿瑟决心不惜代价拿下该岛。其具体的计划是：派第503伞兵团在岛上实施空降，另外派两栖部队在海岸登陆。由于科雷希多岛海滩狭长，上岸后就面临高耸的悬崖，对登陆部队极为不利，美军决定把空降部队作为一支奇兵。但岛上缺少合适的空降场，只有该岛东端还有一块稍为平坦的地面，另一个地方就是托普锡德阅兵场附近的一个双洞高尔夫球场，不过它周围都是悬崖硝壁。指挥科雷希多战斗的克鲁格将军做出了一个大胆的决定：在高尔夫球场空降。这样做的惟一理由是日本人做梦都不会想到那里会有伞兵从天而降。
2月16日，2000名伞兵在高尔夫球场绿茵茵的草地上降落，同时1000多名步兵从悬崖底部的狭长海滩上了岸。
这次进攻完全出乎日本人的意料。
