今幸天道好还，中国有复兴之理，人心思治，胡虏有必灭之徵。三七之妖运告终，而九五之真人已出，胡罪贯盈，皇天震怒，命我天王肃将天威，创建义旗，扫除妖孽，廓清中夏，恭行天罚。言乎远，言乎迩，孰无左袒之心；或为官，或为民，当急扬徽之志。甲胄干戈，载义声而生色，夫妇男女，挟公愤以前驱。誓屠八旗以安九有，特诏四方英俊，速拜上帝，以奖天衷。执守绪于蔡州，擒妥欢（指元帝）于应昌，兴复久沦之境土，顶起上帝之纲常。其有能擒狗鞑子咸丰来献者，或有能斩其首级来投者，或又有能擒斩一切满洲胡人头目者，奏封大官，决不食言。盖皇上帝当初六日造成天下，今既蒙皇上帝开大恩命我主天王治之，岂胡虏所得而久乱哉！公等世居中国，谁非上帝子民，倘能奉天诛妖，执蝥弧以先登，戒防风之后至，在世英雄无比，在天荣辉无疆。如或执迷不悟，保伪拒真，生为胡人，死为胡鬼，顺逆有大体，夏夷有定名，各宜顺天，脱鬼成人。公等苦满洲之祸久矣，至今而犹不知变计，同心戮力，扫荡胡尘，其何以封上帝于高天乎！予兴义兵，上为上帝报瞒天之仇，下为中国解下首之苦，务期肃清胡氛，同享太平之乐。顺天有厚赏，逆天有显戮，布告天下，咸使闻知。
道州休整五十多天，太平军得到了自蓑衣渡惨败以来的喘息机会。由于湖南、广东等地天地会会众纷纷来投，军队数量又恢复到五万余人（但根据清政府的《贼情汇纂》中记述，是连老弱妇孺共五万，能战者不满万人）。
输进新鲜血液后，太平军重鼓雄风，一路东向，连下宁远、嘉禾、蓝山等地。8月17日，攻克湘东南战略要地郴州。郴州在今天仍旧是交通枢纽，此地不仅物产丰富，土地肥饶，且北面水陆两路都可达长沙，南经宜章可下广东。
初入湖南的太平军，此时的军纪属于最严的时期，他们只杀衙门胥吏和官员，号令严肃，违犯军令抢劫、强奸者一律处死，故而士民少怨。相比之下，清朝的潮州兵勇最为淫毒，杀人强奸，无恶不作，并与湖南当地的乡军和政府军相互仇杀，无法无天。
太平军之所以在湖南恋恋不去，是因为不少广西籍军将士兵想回老家，幸亏杨秀清在危急时刻的决断：“已骑虎背，岂容复有顾恋乡土之心。今日上策，应直前冲击，循江而东，略城堡，攻要害，直杀金陵（南京），据为根本。然后遣将四出，分扰南北，即不成事，黄河以南，可为我有！”
清廷闻报十分着急，立刻抽调川、贵、赣、陕、豫、闽等地官军来援。但各地官兵行动缓慢，湖南省内的驻军兵员极其有限，省城长沙的防御兵力连两千人都不到。如此关键时刻，人在衡州（衡阳）督师的湖广总督本人手下也仅有两千多士兵。
本来，太平军可以自郴州经耒水、湘江走水路直抵衡州、长沙，但由于清朝地方政府早已防备，沿江烧毁船只，太平军没有足够多的水上运输工具。在此情况下，他们只能由陆路走耒水、湘江以南，途经安仁、永兴、攸县等地向长沙发动进攻。
依理，攻取长沙大镇这么艰巨的任务，太平军应该倾巢而出，自郴州直扑长沙。不知出于何种考虑，洪秀全、杨秀清仅仅派萧朝贵统李开芳、吉文元两将，带一千多人去完成这个任务。这一举动，显然是个失策。在道州休整后，太平军军械、粮秣精足，根本不需长驻郴州休整。笔者认为，贪图享受，意志松懈，才是洪、杨二人没有倾全力进攻长沙的最重要原因。
萧朝贵虽只率领一队偏师进攻，仍旧是锐气十足。加上后来洪、杨亲临前线，血战81天，太平军还真的差点攻克这座湖南巨镇。
8月26日，萧朝贵率千余太平军自郴州出发，一路势如破竹，安仁、攸县、茶陵、醴陵等地守官守兵早已逃得影都没有。
太平军可称兵不血刃，行军16天，已经杀至离长沙城南仅10里地的石马铺。在此地，正好赶上刚刚从陕西调来的两千多绿营军，这些清军猝不及防，就被萧朝贵“练”了手，被打得四散溃逃，总兵福诚和副将尹培立两位满汉将军皆登时被砍杀。清军刚刚在本地招募了几百名浏阳的乡勇，还未及进行训练，丢下武器哭爹喊娘全跑光。此时，在三里地之外，还驻扎有沅州副将朱瀚，他手里有大批火药军械。闻知福诚的绿营兵被太平军进攻，他不仅不前来求援，也不坚守自己在金盘岭的军营，反而率众撒丫子就跑，为太平军留下大量精好的军械。
由此，长沙城外的“防线”立时崩溃，太平军迅速占领长沙南门之外的妙高峰以及城外的坚固民房，以这些地方为依托，开始进攻长沙城。
当时的长沙城内，仅有正规军四千多人，练勇三千多，总共也就八千号人马守城。他们对于太平军的到来，起初一无所知。城外溃兵涌入，太平军大炮轰响，长沙城内的官吏将卒才知道大祸将临。
不仅兵少，城内还无将。提督鲍起豹从前没打过什么正式的仗，只得下令关闭城门，然后立刻四处发书求救。此时，萧朝贵手下仅有士兵两千多人，如果再增加一倍，很可能就会趁乱一举攻破长沙城。由于人少，太平军只能集中兵力火力攻南城。
城上架排炮，城下发火炮，双方展开激战。
西王萧朝贵作战很勇敢，身先士卒，亲率牌刀手进攻。南城之上，清军在魁星楼上发炮，轰然一声，一粒弹片正入萧朝贵胸部，这位西王一下子“口眼俱呆”，当时就“归西”了。
南王刚死，西王又去，接连报销两个“王”，太平军上下震动，暗中怀疑：上帝去哪了？
杨秀清本来恼怒近期萧朝贵在会议上多有抗言不尊的举动，所以他迟迟不发兵援长沙。听说西王在长沙城外被打死，他也心惊。悲痛之下，杨秀清立刻与洪秀全一起率大军主力来攻长沙。此时，已经距离萧朝贵出发有一月之久。
太平军主力行军路线与萧朝贵相同。10月5日，前锋军到达长沙附近。10月11日，杨秀清、洪秀全大部队抵至长沙南门，与萧朝贵死后留下的军队会师。
洪、杨二人在郴州时，清将和春部队确实在城外与太平军相持，这也是他们留在郴州的一个借口。
长沙被围，和春已经率主力自郴州赶往长沙救援，虽然依旧有近万名清军留守于郴州西南，但当时洪、杨二人大可自城东北从容向长沙进发。二人松懈，部署失当，待到听萧朝贵死讯后才集军出发，丧失了攻陷长沙的绝佳机会。
所以，当太平军主力在洪、杨二人统领下抵至长沙时，城内城外的清军力量已经大有改观：长沙发出紧急求援后，已经卸任的湖南巡抚骆秉章、前湖北巡抚罗绕典等人立刻派人与钦差大臣赛尚阿和正赶往湖南会剿太平军的两广总督徐广缙联系，又告知驻岳州的湖北提督以及各省援湘部队全部前来长沙增援。心惊肉跳的赛尚阿当然不敢怠慢，严命各部齐集长沙。
在洪、杨二人抵至长沙时，清朝官军已有三万多人。同时，还有两万多官军朝长沙方向移动。
新任湖南巡抚张亮基和新任湖南布政使潘铎都很卖力。他们冲破太平军封锁入城后，加紧城防布置，并带去了两万多斤火药和两万多弹丸入城，提高了长沙守军的防御实力。在桂林称病不出的向荣（时为广西提督，但遭免职）此时也以大局为重，于10月2日十万火急赶至长沙。赛尚阿如获至宝，忙让这位有与太平军作战经验的向爷统领川、豫、陕等来援清军。此时，长沙城内高官云集，共有一帮办事大臣、两巡抚、两提督，总兵以下数十位，如临大敌（是真的“大敌”）。
清朝援军，如江忠源部，非常有实战经验。他们到长沙后即抢据城东南的蔡公坟高地，占据了有利地形，广设营盘，深掘壕堑，使得太平军不能围城围攻，只能在南城一隅屯结。而且，被围清军在援军抵达后，逐渐反守为攻，多次主动出击，烧毁了南门外不少太平军以为屏蔽的民房，给予对方以极大杀伤。
向荣本人入城后，登上城东南最高的天心阁瞭望，然后指挥手下点放50门大炮向城下太平军轰击，轰死成百成百的头裹红巾的太平军。此炮其实一直就有，但长沙当地兵将未用过，没人敢放，一是他们不知如何使用，二是也怕巨炮炸膛。向荣手下兵将有经验，填药后连连施放，震耳欲聋之际，太平军的阵地血雾纷纷腾起……
洪、杨二人及主力军的到来，确实在短时间使长沙战局出现某些改观。士气大振之下，太平军生力军立刻攻城，首要目标直抵城外战略据点蔡公坟。清将和春、江忠源等人率军力战，受到兵锋正锐的太平军沉重打击，被杀数百人，江忠源本人被飞矛刺穿脚踝，落马几乎丧命。太平军虽小胜，但蔡公坟高地仍牢牢掌握在清军手中。
见南城不易攻入，杨秀清指挥七八千精兵绕路直扑东门。这些太平军绕道妙高峰，直扑浏阳门外校场，分三路进攻。和春、江忠源等人拦击，向荣从城内又发援兵，施枪放箭，迎面痛杀太平军。
见不能敌，太平军就由校场东首败去，清军紧追。此时，太平军其实是假败，他们有一种“伏地阵”战术，即：“但遇官军追剿，至山穷水阻之地，忽一旗偃，千旗齐偃，瞬息间万人数千人皆帖伏于地，寂不闻声。我军（清军）急追，忽见前面渺无一贼，无不诧异徘徊，疑神疑鬼。贼贴伏约半炊之顷，忽一旗立，千旗齐立。万人数千人，风涌潮奔，呼声雷吼，转面急趋以扑我兵，一疑不释，又增一疑，而益以一惊，其不转胜为败者鲜矣！”（《贼情汇纂》）但可巧的是，太平军此次“伏地阵”用错了地方，他们只知身后有追兵，不知前面还有迎面而来的清军援军。几千太平军刚刚趴下不动，正好让自外而来的清军当成不动的靶子。一阵枪炮猛轰，立时打死大片，近千人的太平军登时成为鬼魂，余众逃归大营。
丧败之余，洪秀全、杨秀清等人一合计，知道硬攻长沙不能成功，在挖地道坚持攻城的同时，派出石达开统两千多人渡湘水西进，以分清军兵势。
此时，太平军腹背受敌，师老城下，给养渐失，即使是想突破反包围，也要扯开一个口子。湘水两岸物产丰饶，北可至常德，南可达宝庆，自可有迂回的余地。清将也深知太平军企图，湖南巡抚张亮基与江忠源等人一直忧心忡忡，但时任统帅的赛尚阿本人在衡州，无人挑头，张亮基与向荣等人关系不睦，不能统一调动各军实现战略意图。
石达开天才干将。10月17日，他率兵渡至湘水西岸，连筑数垒，并收掠了阳湖晚稻为军粮，太平军军心稍固。同时，石达开命人在战略要地回龙潭筑堡垒，在水面多置木排、炮船，搭起浮桥，把粮食源源不断地送至长沙城下的太平军大营内。
控制了湘水西岸，其实预示着太平军从“反包围”中逃出生天。即使长沙攻不下，他们自可安然而走，终将漫然不可复制。
咸丰帝闻讯震惊，连下数道谕旨，指示当地的官将必须先严剿西岸的太平军士兵。各处大员闻讯，立刻赶来会剿，连人在湘潭已被革职的“赛中堂”赛尚阿竟然也亲自出马，带领三千当地团练来直接进攻石达开。身任钦差大臣一年多，赛中堂第一次真正临敌。由于太平军已经高筑堡垒，清军各部受挫。
清将向荣急红眼，在10月31日亲自统三千精兵，直攻湘江中间的水陆洲。这个地方如果被攻克，清军等于在太平军东西两岸打入一个楔子，使其首尾不能相顾，如此，湘水两岸的要地回龙潭等处就等于失去了战略意义。
对此，石达开早有准备。他初渡两岸时，已经留伏兵隐藏在水陆洲洲尾，藏于树木深处。向荣军队上洲后，时有零散太平军出现诱敌。清军放枪施箭，太平军就躲入林中。向荣以为是敌人散兵，不以为意。主力清军半渡之时，满树林太平军忽然树立旗帜，大声呐喊，一齐杀出，清军惊溃，被杀近两万人，向荣和清朝的河北总兵王家栋幸亏马好，逃得性命。
很值得一提的是，用奇计杀败清朝老将向荣的石达开当时年仅21岁！
长沙城上清朝守军望见己军惨败，为之气夺。由此，清军再无人真正敢渡湘水向西岸进攻。
进攻长沙的太平军仍旧大造声势攻城，但主要是进行“地道战”。由于军中有不少人是广西、湖南矿徒出身，太平军在战斗中总爱挖地道接近城根，然后装填火药炸城。十多次“地道战”中，有四次炸坍城墙，长沙城几陷。多亏清军多层防守，终于守住长沙。
为了鼓励士气，11月初，洪秀全制造“玉玺”，像模像样正式称“万岁”。他设立四人一组的史官，“主记洪秀全每日言动”，开始修《起居注》了。同时，洪、杨二人提拔了不少“干部”，李开芳、林凤祥、黄再兴、曾水源等人均在长沙攻城战中得到升迁。
11月30日，趁夜黑大雨之际（太平军多次突围均是选取这种天气和时辰），太平军主力撤围，渡湘水西走，与石达开合军。
在撤围前，太平军使出疑军计，派人假装奸细，向长沙城内清军“告密”说太平军正要掘大地道，入天心阁下炸城。城内清军官将十分紧张，注意力皆集中于城内地下挖壕埋缸防地道，根本没发现城外太平军已经全军开溜，从而失去追击的大好机会。
安全渡湘水之后，杨秀清计多，派出小股部队南行湘潭，迷惑清军，而主力则直趋宁乡、益阳、岳州方向，准备攻取武昌。
转天一大早，清军见城外太平军营垒一空，怅然之间又感庆幸：坚城终得不失。于是，大家各上奏表，夸大战功，并说已经“歼毙”了贼头“翼王石大剀”。
几十天后，见向荣奏折上又出现“石达开”之名，咸丰皇帝气急败坏，朱笔写了一个问句：“何又有石达开，是否即系石大剀？”天子这么一问，很让向荣等人下不了台阶。
长沙之战，太平军虽不胜，却锻炼了队伍，最终成功遁走；清军虽不败，其实损失不小，失去了聚歼太平军的绝好机会。
不过，有一点值得言及的是，原贵州巡抚张亮基代替骆秉章为湖南巡抚，他随员中有个道员，即日后大名鼎鼎的胡林翼。正是这位胡林翼立即向张亮基推荐了一位人才做幕僚——左宗棠。胡、左二人，日后均成为剿灭太平军的最得力之人，长沙之战也成为他们崭露头角的绝佳舞台。
更可值得注意的是，日后剪灭太平天国最大的“功臣”曾国藩，当时也在长沙城内，他是因丁忧回籍，其时还未受帝命兴办团练。倘若长沙被太平军攻破，作为清朝侍郎京官，被抓砍头于曾国藩而言肯定难免，那样一来，就不会有日后的“中兴名臣”了。
为此，时人许瑶光就在《谈浙》一书中感慨：“咸丰二年，粤逆（太平军）扑长沙不破，天留以为恢复东南之本也！”
12月3日，太平军杀进益阳城后，又劫掠了水上数千只民船，水陆并进，出洞庭，克岳州（今岳阳），再得六七艘大船。
岳州正处于湖南湖北交界处，地理位置特别重要。也甭说，清廷的湖北巡抚常大淳在太平军进攻前，还专门来当地“考察”过，拍板施行两个措施：第一，派自己的心腹满人博勒恭武（时为湖北提督）亲自带精兵驻防；第二，雇用民夫倒腾几十天，用巨石沉船，把洞庭湖的土星港堵死，以防止太平军水军进入。两项措施已毕，常巡抚施施然而去，自以为运筹被窝，可决胜千里。
殊不料，太平军很会搞人海战术。他们行至土星港后，四处拉夫抓人，弄出大于常巡抚几倍的“工程队”，竟然一天之内，把常大淳花一个月工夫派人填塞的土星港水下的沉船大石全部搬走清净，使得太平军水军直逼岳州。
而常巡抚派在岳州当地的“煞星”博勒恭武将军，骑马技术很有八旗先人的遗传，“嗷”的一声自顾自离岗逃走。所以，太平军一枪未发，占领重镇岳州。更离奇的是，这位满大人日后再无踪影，咸丰帝本人想找他算账，国内也遍寻他不得，真不知这位逃跑的满大人有何高招，说不定逃上哪只船，自卖猪仔到美洲当掌勺大师傅去了。
常大淳用大石沉船塞土星港，没有阻止住太平军，但是，水上行船运物为生的数千只民船，却一直被滞留在当地。这下可好，太平军一到，这些人、这些船全被征为军用。此时，大多数船民心中对清政府断他们生计不给补偿抱有怨恨，索性全体参军，加入太平军，致使太平军“水军”一时间声势浩大，忽喇喇遮天蔽江，蔚然壮观。
由于岳州城内还留有昔日吴三桂军存留的大量军械和火药，太平军进攻实力大增。
占取岳州仅仅十天后，12月22日，太平军乘水顺风，连克汉阳、汉口，武昌城隔江在望。
20天后，武昌文昌门在太平军的“地雷”巨响中轰然飞迸，城墙崩塌二十余丈，头裹红巾的太平军高声喊杀，抡刀持枪冲入武昌重镇。
入城之后，洪秀全一边四处搜掠美女“选妃”，享受生活，一边着意正经事，两不耽误。
太平军的下一个目标，就是中国政治、历史的标志之一：南京！
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南京！南京！新耶路撒冷！
——太平天国“都城”的困惑
太平军在武昌呆了一个月时间，即1853年1月至2月间（准确时间是1月12日至2月9日）。此时的太平军，威势赫赫，已经有50万人的规模（包括老弱妇孺），不仅军械精全，更有数千艘船只。
眼看着清朝在江苏、安徽、江西的统治呈现土崩瓦解之态。
清廷震怒之下，把时任钦差大臣署湖广总督的徐广缙逮治入狱；以湖南巡抚张亮基署理湖广总督；提升湖北提督向荣为“钦差大臣”，专责两湖军务；以两江总督陆建瀛为“钦差大臣”，率军入防江苏、安徽；以河南巡抚琦善为“钦差大臣”，驻守湖北、河南；以云贵总督罗绕典专守荆襄之地。可见，三个“钦差大臣”来防太平军，不可谓不重视。火上房的关键时刻，这些举措其实效用不大。何者？从前合力拒守尚抵抗不住，如今分兵四出，结果自不待言。
太平军占领武昌后，城内的满人、汉军旗人以及官吏、士人阖家自杀的不少。在“镇压反革命”方面，太平军毫不留情，特别是对抓到的河南、山西、安徽、四川、云南、贵州等地来援的官军，基本全部杀掉。投降的也杀。只有对在武昌迎降的守将，太平军才稍显仁慈，留下几个当“参谋”。根据“敌人拥护的我们反对，敌人反对的我们拥护”心态，太平军对于武昌城内各处监狱犯人无问情由，尽数放出。不少当地地痞流氓趁机与犯人们一起，红帕裹首，冒充太平军，日夜四出，恣意搜抢民财。他们连穷巷陋室也不放过，皆抢个空净，丝毫没有朴素的“阶级情感”。由于当地居民害怕太平军，见面就下跪呼为“王爷”，对这些老乡贼人，就背地叫他们“本地王爷”。武汉人的穷幽默，可见一斑。
文化宣传工作自不可少。太平军在武昌城大规模刻印宣传品，号召居民入拜上帝会，每25人为一馆，青壮年（包括妇女）均着短衣，持“圣兵”牌号，入城外军营参加训练。同时，严命民间向上交纳一切财物，除金银珠宝外，钱米、鸡鸭、茶叶，甚至连咸菜也要上缴，称为“进贡”。得物后，太平军发给缴纳者一张“凭证”，上书“进贡”二字，下钤一印。如果有人匿物不交，被查出后就会被按住打屁股，一般会打数十下，鲜血淋漓，以示警告。由于逼索严苛，民众逃亡不少。
纪律方面，太平军对强奸处罚最严，只要被查出有奸淫妇女行为者，会立刻遭到斩首。数天内，血淋淋人头数百悬于汉阳门外，大多为犯奸污妇女罪的兵士。
武昌居民对“贼”的印象，一是这些人皆长发，红帕包头；二是太平军所有人均“短装”，即使穿紫貂海龙外套，也中间一剪断之；三是发觉广西的客家“女贼”皆“大脚高髻”，气力非凡，不少人能背二百斤货物。她们身穿绫罗绸缎，背扛粗包兵仗，很让人印象深刻。至太平军从武昌撤走时，这些“贼妇”开始强抢当地妇女首饰，见有鲜亮衣衫，也夺之而去。武昌妇女当然打不过这些大脚“花木兰”，忍气吞声任其抢走自己身上心爱之物。
在武昌的阅马场，太平军天天派人在那里“讲道理”，场面宏大，每次均敲锣呼唤地方居民以及新入会的人员临听，宣讲“天父”的“功德”、“天王”的“勤苦”、“东王”的“操劳”，让大家一心一意跟随“天王”打江山。
据身临其事的文人陈徽言《武昌纪事》上讲，太平军在阅马厂建一高台，每日临讲的是一个“戴红毡大帽贼，年四十许，面瘦削，系玻璃眼镜，手持白蓵，俨然踞上座。另一童子，执乃传贼，挥蓵招人近台下，若相亲状。所言荒渺无稽，皆煽惑愚民之语”。这位宣讲“大师”应该不属于“广西老贼”，他能用“官话”宣讲，可能是湖广一带入拜上帝会的儒师或乡间冬烘塾师。此人也不可能是太平天国高层，因为除洪秀全、黄文金、曾天养外，大多数人都很年轻，四十岁以上的人很少。
“讲道理”大会期间，也有不和谐之音。陈徽言本人讲，他曾看见一位身材魁梧的人推开众人，高声抗辩，驳斥太平军宣传“大师”所讲的内容是摧毁儒学道统。老羞成怒之下，“大师”立派太平军士把此人四肢分绑，准备五马分尸。见对方这么没“风度”，抗辩人笑言：“我死得其所，不忘儒宗，终于于地下见祖宗！”怒极的太平军首领把“讲道理”变成“不讲道理”，命令兵士甩鞭打马。可这五匹马从来没搞过这种“专业”训练，不知分头跑，拖拉半天也没把人弄成五块。最后，宣讲“大师”亲自下台，抽刀砍死了这位挺身抗言的“封建卫道士”。
太平军并不想在武昌久留。2月9日（咸丰三年正月初二），由于向荣、张国梁兵在东部大举进攻，太平军把夺取的官银和物资捆载至船上，逼使几乎所有武昌的男性居民上船，然后自武昌直下江南。
2月9日开拔，仅仅四周时间，太平军已经兵临南京城下。武昌距南京有一千多里（589公里），可见太平军行军之神速。其间，这支水陆大军经武穴（今广济），克巢湖，下九江，破安庆，占池州（今贵池），连下铜陵、英湖、和州，神兵天将一样在3月8日出现在南京西南的善桥。
太平军自武昌蔽江而下的情景实在骇人，帆幔蔽空，衔尾数十里，炮声遥震，喊杀冲天，声势炫赫，乘风破浪而来，清兵望风遁逃。
清军之中，只有向荣一部远远蹑随，这时候再不敢追上硬拼。更可笑的是，当时清朝军事高层内部根本不知道太平军的目的地，有人猜是自上游走荆州，有的猜是分股窜长沙，并不十分明确太平军的真正目的地。
2月15日（咸丰三年正月初八），太平军在下巢湖（距鄂东咽喉要地武穴镇很近）设计，大破清朝钦差大臣陆建瀛的江防军，俘获无数枪炮弹药，杀掉清军两千多。陆建瀛本人从九江逃回南京。接着，石达开率水军自下巢湖顺流而下，2月18日就攻占了九江，一举掌握这个控扼皖、赣、鄂三省门户的重镇。待向荣尾随的清军赶至九江，已经是三天后的事情，当时太平军主力已经杀入安徽。
2月24日，安庆虽然有狼山总兵王鹏飞所统万多人的山东兵，可这帮花拳绣腿的绿营兵不战自溃，藩库饷银五十余万两及城上二十门重炮皆为太平军所得，王总兵本人“单骑奔桐城”。
2月26日至3月7日间，池州、铜陵、芜湖、太平府（今当涂）、和州皆相继为太平军攻克。
3月8日，南京城被困，太平军“自城外至江东门，一望无际，横广十余里；直望无际，皆红头人也（太平军头戴红巾）”（江士铎《乙丙日记》）。
围城后，太平军扎大营，立垒24座，开始昼夜攻城。3月19日，太平军在仪凤门外挖掘地道，往里面填塞装满火药的棺材。一声巨响，城墙崩垮数丈，太平军将士蚁登而上。可能弄错了引线，红巾兵士登城喊杀之际，二次“地雷”又震，一千多太平军兵士被崩上天空。守城的清朝官兵反败为胜，提刀猛杀，争割死人首级、耳朵掉头去府衙“报功”。
由于争功抢首级引起混乱，城防转弱。太平军主力忽然蜂拥而至，清军来堵缺口时，另外一支太平军已经从水西门（三山门）越城而入，南京失陷。
钦差大臣陆建瀛从将军署往外跑，在一个叫十庙的地方被太平军捉住，未及求饶，就被当街砍头。前广西巡抚邹鸣鹤、署布政使巡道涂文均、粮道陈克让、上元县知县刘同缨等人，均被太平军处决。江宁将军祥厚、副都统霍隆武有血性，率少数清兵死守内城，危难时，尽驱兵士家属（多半是妇人）登陴拒守，与太平军相持两昼夜，最终众寡不敌，均被杀。有老弱未死者数百人，都被太平军中的娃娃兵驱赶到城外河中淹死。三万多满人，看似下场悲惨，不过，如果读过《扬州十日纪》的人，可能会对他们的遭遇有另外一种感受。
陆建瀛死讯传至北京，清廷认为他属于“死节”，想大加赠恤。有御史上言，直斥他在恩长之役中见死不救，并说他遁还金陵后，又与将军祥厚不和睦，致使南京如此坚城12天被陷。“其被杀于十庙地方，是已逃而终不能逃，非阵亡自尽者，不可同城亡与亡者（祥厚等）比。”清廷认为有理，只赏还其总督一衔，算是对这个庸官的恩恤。对于陆建瀛的贻误大局，当时就有人作诗讥评：“疆帅控上游，初议岂不壮。舳舻亘千里，江皖赖保障。前矛甫遇贼，一战总戎丧。翩然乃退飞，踉啮弃兵仗。匿迹归白门，吾民复何望。城中十万户，湍决各奔放。大府方闭阁，精嫌仍未忘。”老陆此人，实无大略，乃当时“巧宦”的典型，只知曲投时好，俯仰浮沉，遭逢有事之秋，肯定没有好下场。太平军靠“上帝”，陆建瀛自己信“霜神”。初迎战时，他每每对士兵大言己军上方有裸身女神在督兵，骗人骗己，谁都不信。回奔南京后，他又声称“观音大士”帮助守城，下令南京士民天天焚香礼拜，敬崇观音。最后几天，老陆实在无计可施，派兵士扛无数神道纸人上城，吓唬城下太平军说有“众神天助”，使得城下的太平军笑声一片……所以，如此一个钦差大臣，只能以八字相赠：荒诞骗民，粉饰欺君。
南京陷落，不仅北京的清政府中枢震惊，全国震惊，全世界都感震惊，时任英国使华全权代表兼香港总督的文翰，就立刻向伦敦发去报告，分析南京被太平军攻陷之事对满清政府的影响：
如南京陷落一成事实，中国政府将受到自变乱发动以来所未曾有之严重打击。所以者何？中国故都之地位，以及其在历史上之关系，在中国人心中如何重要，姑置不论；即以地势言，南京城在扬子江岸，大而且要，居帝国之中央，接近运河，实足以阻碍一切交通，切断米粮运往北京之路；今竟被强有力的大队武装叛徒所占据，此事诚未可忽视，尤不应随意加以掩饰。
福祸相倚。南京，这个中国极具政治意味的大城市一朝得手，于太平军而言，虽然号称奇胜、大胜，最终在此为“首都”，却丧失了千载一时的大好历史机会，也为太平天国日后的丧亡埋下伏笔。
想当初，洪、杨等人起事时，目光窄浅，“江南”之地，他们只嘴上说说而已，万水千山哪等闲！将近一年半时间，这些戴红头巾、拖家带口的队伍一直在广西境内兜转，桂平、武宣、象州、平南，悠悠转绕，直到1851年9月25日攻占永安（今广西蒙山县）。如此巴掌大的一块城池，对当时没见过世面的众多太平军将士来说，已经是“大城市”了。他们在此地一待就待了半年多，洪秀全本人还弄了36个美妃天天“言传身教”。小小永安城，偏于一隅，拜上帝会头头们封王建制，制作礼乐，说好听的，是志向远大，说不好听的，是过把瘾就死的心态。自永安突围后，太平军直扑桂林，猛攻32天，目的就是想拿下省城。可惜桂林城非常坚牢，不能攻下，洪、杨二人只能率众经兴安、全州入湖南，在湘桂边境打转。当其时也，不少太平军将士皆思恋老家，想由灌阳而归，仍窜回广西。幸亏杨秀清有远略，决意北攻长沙。虽然那时的太平军主力驻于郴州，仅派萧朝贵率一两千人进攻长沙，但这种决策最终打消了军将南归广西的念头。长沙未能攻下，萧朝贵又死，太平军却最终凭借石达开取得水陆洲大胜，顺利撤围。那个时候，洪秀全产生了“以河南为家”的念头，同时杨秀清想从益阳攻常德。当时太平军无船，想打到南京的领导人几乎没有。到达益阳时，太平军意外地获取船只数千艘，于是他们就弃常德陆路不走，自湘阴临资口漂入洞庭湖。下岳州后，在1853年1月12日攻陷武昌大镇。依理讲，湖北西连秦蜀，东控吴会，南达湘粤，北连中原，应该可以稳定一下政权。当时太平军内部议论纷纷，有入川之议，北进襄樊取中原之议，以及南下取金陵之议。选来选去，杨秀清本人决定以南京为目的地。
太平军内部争论可能非常激烈，杨秀清便搬出看家“法宝”，咣当一声摔倒——天父下凡！“天父”命令大伙去南京，那是“小天堂”，是“新耶路撒冷”。由此，再无人敢有异议。
也甭说，由于军中船中日益增多，顺流而下，太平军连战连捷，自武昌28天就打到南京，又用12天时间攻取了这座中国南方最具政治象征性的城市。这，不能不说是个军事史上的奇迹。
即使在南京初破之际，洪秀全仍旧持有入河南问鼎中原之意，但最终为杨秀清说服，移驾入南京，改为“天京”，以之为首都。催使杨秀清下这一终极决定的，乃是一年老湖南水手，他“大声扬言，亲禀东王（杨秀清），不可往河南。（他）云河南河水小而无粮，敌困不能救解。今得江南，有长江天险，又有船只万千，又何必往河南！”（《李自成自述》）所以，日后洪、杨仅派林凤祥、李开芳率一支偏师北伐。
为了稳定军心、人心，为了替自己主张定都南京大造舆论，在杨秀清授意下，太平天国出版了一本小册子《建天京于金陵论》，共有41名高级领导人表态，语气近乎一致，盛赞南京“虎踞龙盘”，“形险地胜”，从地理、经济等角度大称南京之好，集体为杨秀清抬轿子。一直颇具前瞻性和有进取心的杨秀清此时忽然变保守，没有果断地指挥军民直接北伐扑向帝国的心脏北京，实为铸成千古大错。形随势起，势随形生。以当时太平军昂扬的斗志和生猛的战斗力，直落而下攻取北京，并非是不切实际的想法，完全有成功的可能。而且，偏师北伐在初期取得的连连胜利事实也表明，当时什么水土不服、官军众多的顾虑完全是多余，假设太平军全军尽力在攻落南京后立刻扫北，胜算极大。
机不可失，时不再来。太平军主力至其灭亡也没能真正踏上北中国大地，只能借豫王（胡以晃）、燕王（秦日纲）两个王号，来意淫一下中原土地了。
太平军自上而下最没想到的是，他们自己入了南京这个“小天堂”后，腐化堕落得异常之快，很快就沉湎于温柔乡中。日后的内讧残杀，更使得“天京”本身成为孤城一座。
当然，杨秀清决意定都南京，也有其可称之处。当时，太平军号称“百万”，那是算上家属和沿路裹胁的民众，真正有战斗力的士兵仅十万左右。而太平军一路“攻下”的城市，其实多为清军自己弃守，诸如长沙、桂林等战略要地一直就没能拿下。江南大块地方虽然被占，清政府并没有到达崩溃地步，一直能组织起有效的军事力量抵抗。太平军入城仅十天，向荣就在城外孝陵卫扎立“江南大营”；未几，琦善在扬州建“江北大营”。如果当时太平军不顾疲劳即刻北伐，拖家带口近百多万的大军腹背有敌，确实也是一个大问题。
建都南京，最起码经济上有保障，假如领导层军事调动有方，立刻平定南方九省，集中兵力占领苏南和浙江，即使不打垮清朝，占领南中国应该没有问题。但是，保守的思想和贪图安逸的作为，最终让杨秀清等人定都南京后不思大的进取。
胜利之鼓轰天作响之际，其实隐约已经传来了丧钟之声。
将领之中，时任“殿左一指挥”的罗大纲最明确反对建都南京和分军北伐，他抗言说：“欲图北必先定河南，大驾（洪秀全）驻河南，军乃渡河。否则，先定南九省，无内顾忧，然后三路出师，一出汉中，疾趋咸阳；一出湘楚，以至皖豫；一出徐扬，席卷山左。咸阳既定，再出山右，会猎燕都（北京），虽诸葛（亮）不能御也。”为太平天国效过力的英国人呤唎也有类似看法：
南京的占领至是已经成为太平军成功的致命伤。任何一种成功的起义，都决不能放弃进攻的军事行动；起义一采取守势，它的威力就会受到挫折，除非它具有某种奇异的组织。革命成功的要素乃是迅速行动，一旦抛弃这点，旧制度的集中统一的力量就会十分便利地被运用来攻击革命。
天王以安身于南京和着手于保护他的地位而犯下了一个致命的错误，他因这一错误而丧失了这个帝国。如果不这样做，不供给他的敌人以时间来重振旗鼓，从他们极其混乱的惊惶狼狈中复元，并集中他们的军队的话，那么他就已经指向了北京这一个终点。毫无疑问，就是他的声势赫赫的凯旋进军便会为他已经带来了一个几乎是不可抵抗的占领首都的大胜利，因此而引起的满洲王朝的灭亡就会已经给与了他这个帝国。多年以后，尽管遇到不利的反动，但太平军仍然不仅能抵抗清军，并且还能全部粉碎他们——如果不是英国干涉的话——即此一事实便足以证明，他们要是乘势追求他们最初的胜利是何等容易。
对太平军说来有两条道路是无阻碍的，根据他们的经历来判断，两条道路中的一条便能导致满洲压迫统治的消灭。第一条道路是，毫不踌躇地继续向北京进军，放弃每一个他们夺取的城市，并在以战利品和财物来丰富他们自己，以他们所经过的任何地区的不满群众来加强他们的军队的同时，决不允许以分遣单独驻军来造成他们人数的丝毫减少。
第二条道路当为放弃南京，并集中他们所有的军队到南方各省——广东、广西、贵州、福建——中国的这一部分比起任何其他各地来都更剧烈地反对满洲人，更加重要的是太平军主要领导者们的本省。在这种情况下，扬子江以南的整个地区就能在一个短时期内从满洲人手里全部夺取过来，然后他们即使不能取得全部帝国，至少当能在充分完整的意义下建立一个南方的王国——这条行动道路比起他们所实行的那条不适合的道路来会是好到怎样一个地步呢！
对天王说来，在实行上述两条道路中的任何一条以前就建立首都，并开创新王朝，那不仅是一个巨大的错误，并且也是完全不合理的。（这个上世纪初期的译文很别扭，姑且用之）
有关太平天国入南京后一段时间的见闻，以江宁李圭所著《金陵兵事汇略》以及无名氏所著《金陵纪事》较为详实。二位作者都身经太平军攻占南京后的实际生活，虽然处处以“贼”称呼太平军，其笔下所记大都属实，皆为耳闻目睹，亲身经历。
笔者现从这两个读书人当时的记述中摘取数段“亲历”，一一释义证明之，由此可以大概勾勒出洪、杨在南京初期的政治、经济措施，也可以帮助读者了解某些有关太平军圣库、官制、称呼、战法、军制、习惯以及拜上帝会仪式等方面的细节。
先举《金陵兵事汇略》：
贼既入城，诡言不杀人，（南京）有以土物入献者，给以贡单，无相扰。人多信之，争馈银、米、牲畜、菜蔬，取伪贡单榜于门。讵贼见单益搜索，以其不为备，私藏必多也。初犹未排户入搜，惧有官兵伏匿，唯遇人于路必镣。至十二日，见人则逼使舁尸弃诸河，不从杀之，如是者数日。忽出伪示逼民如常贸易，其时店铺百货掠几空，无有应者。忽又以查人为名，比室搜括，令壮男子听驱使，胸背以黄布写贼衔，谓之“招衣”。携幼童使为小仪，俾持旗伴随其行。男子毋许归家，归则谓与妇女私，干天条，罪应诛。于是立“男馆”，搜其家有私藏金银者，立置重典。驱妇女出于外，不使家居，襁幼稚，负行李，仓皇道路，惨不可言。（这些妇女）或得间自投江河，或投子女于河。贼既驱而之东，又复驱而之西，有啼哭者目为“妖”，鞭棰交下，夜则露宿檐下。越日乃立“女馆”。是时夫妇虽觌面而不敢交言，否则谓不遵天令。
（评曰：上世纪“极左”文人谬赞太平天国入南京受到“人民群众”热烈欢迎，完全是乌有之事。献银献物，当属居民惊吓后的无奈之举。南京人本来生活正常，忽然夫妻家人分离，男入“男馆”，女入“女馆”，形同劳改，夫妻不得聚，父母子女不能见，何谈生人之乐！）
城北幽僻之地尚有民众潜居者，贼以搜屋至，男子尽惊逸，贼怒其避己，因驱妇女赴旱西门（即石城门），悉付洪流焉（赶入江中淹死）。
贼将分股窜镇江、扬州，逼壮者数万登舟，欲使为前锋，城中知之鼎沸，或自尽，或窃逃。贼惧一时不能制，有伪丞相钟芳礼、伪巡查周才太者，性稍平和，乃请逆酋设机匠馆、牌尾馆。机匠馆处工役织纫人，牌尾馆处残废老弱人，二者皆不调战阵。
（评曰：驱平民为前锋，太平军多为此事，当时之人多有记载，实为大不人道。）
入馆之家，凡遇贼搜括，告伪丞相辄杖责追还，残废者得安食室中，老病者使扫街道，于是入馆伏处者几四万人。旋又设杂行菜圃，杂行亦工匠之流，菜圃者，贼使人于隙地种植蔬菜，两处亦不下二万数千人。
（评曰：这些举措，稍安众心，使老弱残废免死于沟壑战垒之中。）
无何，贼传伪命，凡读书识字者，悉赴伪诏书馆，否则斩，匿不报者同罪，因得数百人使为伪造文檄示。合贼式者，分入各酋馆为伪书吏。又捏造天主书教人，不能背读者杖之。
（评曰：强迫人民改信“拜上帝教”，背诵不了经文就打板子，此种粗暴的“灌输”非为怀柔之术。）
出伪示，谓人死为升天，不许哭，不用棺木，不设香火，违则为妖邪。黄烟之禁与洋烟同严，有犯辄斩。各巨酋伪府多毁民居拓益之，封土木匠为伪将军、伪总制，俾率队课上。以督衙署为伪天王府，用锣鼓数百人，前导后护，迎洪秀全入居之。王娘数十人，悉以黄绢蒙头，跣足乘马入，自是遂不复出矣。
（评曰：大兴伪教，强制性“移风易俗”，高官们毁民宅修奢侈私宅，一点不像“人民队伍”。）
六月，计贼中裹胁人数：男馆，广西约千五百人，广东约二千五百人，湖南约万人，湖北约三万人，安徽约三千人，各省总约二千人，金陵约五万人，镇江扬州约五千人；女馆，广东西约一千人，湖南约四百人，湖北约二万五千人，安徽约三千人，镇扬约万人，金陵约十万人。贼逐一设门牌，凡男子十六岁至五十岁谓之牌面，余为牌尾，立馆长分统之。
（评曰：说“裹胁”，并非完全都是，确有一些“自愿”加入者。）
女馆则有“元女”、“妖女”之别，“元女”即处女，“妖女”谓妇人及被污之女子，统以伪女军帅等官，禁贼众不得犯。伪令甚严，唯洪逆及东、西、南、北、翼五贼，得不时选逼元女充媵妾。
