7月29—30日，新发生的事件，正好为日本以“惩戒中国暴行”名义重新推行的侵略政策提供了借口。位于北京东部的通州，是一个有城墙的小城市，处于跟日本合作的殷汝耕及其中国人保安队(经日本训练)的控制下。7月29—30日，保安队发动起义，趁日本驻军主力开往京津地区，攻击了没有防御的日本人居留地。起义激发了对日本占领者不可遏制的愤怒情绪。在学生和工人的支持下，中国部队杀死了18名日本兵，9名情报机关将校和385名城里的日本人，以及包括妇女和儿童在内的223名朝鲜居民。
在日本，通州大屠杀激起了强烈的愤怒和好战情绪。日本报纸称其为“第二个尼港事件”，(1920年2—5月，日本出兵西伯利亚时，驻守黑龙江尼港的日本守备队和居民被俄国人全歼——译者注)却不提日本人对北方的侵略是从非军事区开始的，日本人和朝鲜人在那里加工海洛因和鸦片然后走私到华北各省。报纸没有准确报道中国人暴行的真相。⑩木户对报道的消息感到非常愤怒，想必大多数的政策制定者也是如此。8月2日，高松亲王与天皇讨论了通州事件，他提请天皇注意陆军中不扩大派的观点并不代表整个陆军。高松宫在日记中的以下记述，也许同样告诉了他的哥哥：“现在陆军内，这次对支那，要打得让它10年也站不起来的意见重又强硬起来，所以，有必要搞清楚这一点。”
如此看这个事件，很难说日本政府是被军部拖入了战争。准确地讲是近卫在陆军中一派的支持下，决心利用一个小事件，实现惩罚中国军队，巩固对北京—天津地区控制的大目标。在这一点上，近卫得到了裕仁积极的支持。裕仁中止度假返回皇宫，认真听取了情况报告。正如历史学家藤原彰所指出的那样：“(近卫)政府真正想进行战争的意识在先，所以派遣了军队并扩大了冲突”，而裕仁完全支持了它。
此时，蒋介石决定放弃北方，将战场移至以上海为起点的长江下游地区。这样有可能把外国势力扯进来，保卫它们在中国最大、最国际化城市里的本国居民。在上海，有日本人近22万，还有大约6000名欧洲人和近4000名美国人。他们中大部分都住在由外国控制的国际租界区。8月13日上海战役开始。第二天中国空军飞机参战，攻击了地面上的日本军队和海军的飞机，轰炸了第三舰队的旗舰“出云”号。很快，海军大臣米内领导的海军省几乎立即变成了包括占领南京的扩大战争的主唱者。由蒋介石对帝国海军的这第二阶段，将“华北事变”转变成中日战争。
在上海，总计约有11万—15万人的蒋介石最精锐部队和杂牌的“辅助部队”，与迅速增援的约12万名日本海军和陆战队对峙。8月15日，裕仁任命松井石根大将为战地司令官，5天后派出了上海远征军(主要由30岁左右、纪律性差的后备役军人组成)。大连第十旅团司令部所属的步兵第十二连队和第十一师团的一部分，进入待机状态，以备上海之需。
紧接着，以长崎为基地的20架海军飞机第一次进行了4个小时的越洋飞行，轰炸了中国首都南京。这些 “96型远程轰炸机”是在海军大将山本五十六的指导下，刚开发出不久的轰炸机，打算在未来对抗美国的空中战争中使用，山本急于测试它们的性能。17日，近卫内阁预见到胜利在即，于是正式决定放弃不扩大政策，仅仅以“惩戒”中国武装部队这一非常暧昧的名义进行战争。政府在声明中说：“帝国已经忍无可忍，以至不得已而采取坚决措施，惩罚支那军的暴行，以促使南京政府反省。”当然，在这个决议的背后，有天皇的判断和赞同，正是它们推动了部队增援和战略性轰炸——否则，它将永远不会实现。同样重要的是天皇和内阁对中国人民及其抵抗力量的傲慢和蔑视的态度。
8月18日，裕仁召集陆海军参谋总长，向他们提出了一个有针对性的建议。他说，战局“正在逐渐扩大，上海的事态变得很严峻，青岛的形势也不稳。在这种状况下，如果多方用兵，战局只能拖延下去。在关键地点，集中兵力加大打击怎么样。”他还说，“以我们公正光明的态度而实行的”和平，只能通过这种巨大胜利才能达到。“不能没有收拾时局的方策。”——在这里，天皇成了他自己幼稚表现的受害者——“不能没有让支那反省的策略。”
参见天皇3天后，统帅部递交了他们答复天皇提问的书面报告。根据这份报告，一场大规模的空战将摧毁中国的空军、军事设施、重要的工业和政治中心。但是只靠空中打击可能不足以使中国的军队和民众“丧失斗志”，日本还将占领华北的某些战略地点，与国民党军队直接交战，占领上海，对中国的海岸进行海上封锁。当时陆军和政府中有些人试图避免全面战争，而海军却强烈主张这个政策。裕仁认可了这份报告，只是对其中的向青岛派兵和占领上海附近的空军基地表示了担心。此时，裕仁再一次积极地，而不是勉强地接受了海军提督的观点，要求他的将军们果断地采取行动。
在8月31日发布的“向华北派遣北支那方面军”的命令中，基于战争很快就结束的认识，裕仁的命令充满火药味：“摧毁敌人的斗志”，“消灭中部河北省的敌人。”但是按照他的意思，命令中删除了向青岛派遣部队的内容。之后的两个星期中，裕仁批准了为增援战斗已陷入僵局的上海地区而准备的6次部队调动。9月7日，天皇批准了部署3个师团和台湾驻军赶往上海前线，同时，出于对苏联的戒备，他命令派遣其他部队前往满洲守卫。第一作战部长石原莞尔少将强烈反对增强部队，因未能阻止而辞职，后被任命为关东军参谋副长。
在中国的战争一开始，就出现了如何定义日本战争目的的问题。1937年9月4日，陆军大臣杉山在对指挥官的训示中指出：当前的事态“与帝国曾经历过的所谓事变完全不同，已经转变为全面战争，对此，必须有深刻的认识。”同一天，裕仁在致帝国议会开会式的诏书中表示，尽管他一直全神贯注于“通过与中华民国的合作来确保亚洲的安定……然中华民国没有完全理解帝国的真意，不断引起事端，最终导致目前的事变，我对此感到遗憾。如今，我的部队正在排除万难，忠勇制敌。这只是为了促使中华民国反省，迅速确立东亚的和平。”
日本需要不宣而战。因为石油、钢铁、棉、铜都依赖从美国进口，日本领导人担心如果日本因为宣战而成了正式的交战国，美国可能会拒绝输出这些战略性物资。以“事变”而不是以战争的名义作战，可以使美国的工业界和原料出口业界回避美国1935年的中立法案和1937年5月被进一步强化的同法案。作为摆脱经济危机的手段，美国商业界急切想继续这些生意。
包括以往的3次对外战争，日本不愿清晰定义战争目的的其他原因，更多属于精神上的。毕竟，日本存在着官方神学，大量神学家，包括大学教授、禅宗和日莲宗佛教僧侣以及政府官僚等都是信者。根据它的阐释：天皇是一个活着的神，是天照大神的后代。日本是道德和正义的化身。它的战争自然也是公正的，永不会侵略。因此，它在中国建立“皇道”的努力，通过“深怀慈悲的杀害”手段——为了大多数人的生存杀掉少数有问题的人，使那里的人们处于天皇仁慈的占领下，这是被占领民众的幸事，绝不是殖民地扩张。自然，对于那些抵抗的人，必须使他们醒悟过来。但是从形式上讲，没有“战争”，只是一个“事变”。
因此，从战争初期，日本政府就反复将“支那事变”称为神圣的战斗，即“圣战”。战斗拖得越久，思想家们就越是坚持用“圣战”这个词。它表达了在天皇仁慈统治下统一世界(“八纮一宇”)，使昭和天皇和天照大神的威光普照世界的国家使命。
军事干涉
到了11月初，中国的战争使近卫首相、天皇和陆海军统帅部清楚地认识到，需要建立一个更为合理更为有效的最高指挥机构，以统制战地部队实施国家政策。10月已经建立了一个内阁计划委员会。11月27日，裕仁在近卫的建议下，下令在宫中成立“大本营”(天皇的司令部)，这是一个纯军事机构，裕仁通过它可以行使大元帅的宪法职权，使陆海军能够更加统一行动。从此，一周中有几天的上午，陆军参谋总长、海军军令部部长，陆相、海相、陆海军的作战课课长和裕仁的侍从武官长都会在宫中商议几个小时。大本营有200多人，最初更近似于一个随意的军官聚会，而非近卫原来所设想的，是一个有效的经营战争并且协调政治和战略的机构。
同时，也是在近卫的推动下，1937年11月19日，组建了一个政府内部的联络组织：大本营政府联络会议，近卫希望陆海军统帅部与政府能进行更紧密的协商。会议的目的是协助将两个军事部门的决定和要求与政府其他部门的政策和对策统一起来。这个联络会议从一开始也是一个临时的，很少召集会议交流情况。
联络会议的最终决议在有裕仁亲自参加的特别会议上进行决定和正式公布。这些“御前会议”(天皇会议)既不是依照政府规定设立的，也与宪法程序无关。然而由于是天皇召集并批准了会议的决议，当时的日本人就认为御前会议是合法的，即使实际参加会议的只有首相和财政大臣等少数国务大臣。从1938年1月11日到1941年12月1日为止，御前会议至少召集了8次。参加御前会议的人除了天皇以外，还有陆军参谋总长及次长、海军军令部部长及次长，陆相、海相、首相、藏相、外相、枢密院议长和计划院总裁。陆海军的军务部长和内阁秘书们不能参加御前会议。除了1941年的两次重要的御前会议，报纸都在会议之后立即向公众进行了报道。报道都很简练，包括会议参加者和他们的服装，同时强调决议为全员一致通过。
裕仁主持御前会议，并批准那些不仅影响着日本命运、而且受日本政策牵连的中国及其他国家的命运的决策。御前会议通常在大本营政府联络会议之后举行，而在联络会议上，各个利益党派达成的决议中就有天皇的参与，所以昭和天皇对将要“决定”的事务内容，事先就已经掌握。从根本上讲，御前会议的目的是为裕仁天皇提供一个表演的场合，就好像他是一个真正的立宪君主，对自己的行为不承担责任，只是依从顾问的建议在批准事项。在这些会议上，文职大臣们身着晨礼服，军事官员则是正装军服。然而，这些戏剧性的要素掩盖不了会议的重要性。并不是所有的御前会议都是同样形式，天皇在所有的会议上也并不是都缄口不言。
御前会议是将“天皇意志”合法地转换为“国家意志”的工具。因为每个参与审议的人都可以声称他们是顺应、根据和在天皇独一无二的权威之下行动的，而天皇则可以声称他是依照国务大臣的建议行事的，所以，御前会议分散了承担责任的主体。从这个意义上讲，它是日本的无责任习惯的最高体现，因为它支撑了4个不同的假象：(a)内阁拥有真正的权力；(b)内阁是天皇最重要的顾问机构；(c)内阁与军统帅部之间对需要商议的事务经过妥协达成合意；(d)天皇是一个被动的君主，仅仅是批准那些提交上来的各项政策决议。但事实正好相反：一个无力的内阁，一部被阉割的宪法和一个强有力的天皇。他通过各种不同的干涉方式，间接地、但每一次都是决定性地，积极地参与了侵略的策划并引导了实施的全过程。
大本营的主要成员都向裕仁提出建议，但是能将天皇的命令传达给陆海军战地指挥官的只有统帅部长。通过大本营，裕仁对陆海军行使了最终指挥权，其中包括直接听从天皇指令的战地部队：关东军和在中国的方面军。通过联络会议，天皇和统帅部试图与文职政府在政策上协调一致。但是事实证明裕仁不可能实现战争领导上的协调和统一，因为大本营再次促发了陆海军之间的对立，而联络会议是建立在——各国务大臣分别并且是独立辅弼天皇的原则基础上的——最终这一原则并没有得到遵守。
此外，内阁(从总体上)无法控制它的军事成员，因为它的统合能力很弱，另外陆军和海军大臣在内阁的地位独特——享有单独辅弼天皇的独立权限。海军既担心陆军会控制大本营，又害怕削弱自己独立的“统帅权”，在它的竭力主张下，首相和文职官员被排除在大本营之外。裕仁批准了这种设置，但是这种设置降低了效率，在整个战争过程中，妨碍了与文职机构的情报交换和协调。
大本营的设置，使裕仁体会到作为一个积极能动的大元帅在行使权力时变得容易了，而这是他的祖父明治天皇也未做到的事情。天皇的最高命令，被称为大本营陆军令(大陆命)和大本营海军令(大海令)，在直接传达给各方面军司令官、军司令官、经常还有师团长和舰队司令官的过程中，参谋总长和军令部长起的是“传声筒”的作用。实际上，天皇不可能对大本营的所有命令都进行详细检查，但是对于这些命令的最高类型——天皇的最高统帅命令，在统帅部准备传达之前，都要受到裕仁的仔细检查。
统帅部长根据大陆命和大海令发布的较为重要的命令和指示亦是如此。首先是陆军和海军的作战课起草命令，部课长进行修改，然后沿着指挥系统传到次长和总长处，最后，在命令发布之前提交给天皇取得他的许可。就这样，裕仁不但作为一种力量推动了日本整个战争体制，而且作为可以自由行动的个人，仔细地审查和批准了实行侵略战争的政策、战略和命令，因此，天皇的责任是巨大的。
裕仁与大本营之间通过调查问题、告诫以及向统帅部和陆海军大臣认真重复他的指示和质询的方式相互作用。此外，他还学会了如何利用他的地位不断地向他们施加心理压力。平时，他行事温和，可以说更像乔治·C·马歇尔的礼貌仪态，而不像乔治·S·巴顿的风格。然而，他的“质询”相当于命令不能无视。天皇希望变更现行军事行动时，有时也会遇到反对意见，但是只要他坚持就会如愿——即便那意味着统帅部长不得不否定那些与天皇的政策相左的作战部长以及重要部局长们的主张。简言之，统帅部要对一个精力充沛、行动主义的天皇负责，他们永远无法按照自己的想法进行对中国的战争。陆海军大臣也是如此，他们也受到裕仁质询的管制，有时候要做他的出气筒。
此外，有文献史料为证，在各种关键时刻，裕仁不但参与制定战略、决定战役计划、选定时间等，而且还对进行中的现地军事行动进行干涉，以至于如果没有他的干涉某些变化根本就不可能发生，而且这样的行为不在少数，有时甚至每天如此。他还监管、甚至偶尔评论方面军司令向下属部队发布的命令，尽管不能确定他做到了什么程度。
裕仁即位以来一直听取的内阁非正式报告(内奏)，1937年以后由于大本营的设置而得到了加强，它对裕仁的大元帅角色提供了正规的支持。从某种程度上讲，内奏属于天皇提问(御下问)上奏者回答的问答式会见。通常的参加者是统帅部和某几位特定阁僚。这种会见有时已经流于形式。在这些会见中，天皇默不作声地接受大臣或者统帅部的书面或者口头报告(上奏)。在内奏过程中，情报和意见的交换甚至会引发对政策、战略、甚至战术的讨论，然后以日本式的“意见一致”达成决议。其结果是，在内奏后再形成的内阁决议实际上是预先决定好的“成品”。它反映了裕仁的思想，因此不会再被修正。
“洗劫”南京
10月下旬，上海及周边地区的阵地战显露了临近结束的迹象。11月9日，中国陆军开始了部分撤退。上海市约5平方公里的城区和大部分的郊区被来自陆海空的轰炸所破坏。将近25万中国人被杀害，包括许多在前线战斗的妇女和儿童。日本方面的死亡人数是9115名，受伤人数为31257万名。11月中旬，中国军队的抵抗全线崩溃。当时的形势是，中岛今朝吾中将率领的上海派遣军第十六师团在长江沿岸的白茆江没遇抵抗地成功登陆，并且将与一周前在杭州湾北岸登陆的柳川平助中将率领的第十军会合，对中国军队造成威胁。丧失了斗志、组织混乱的蒋介石士兵，暴露在日本海军航空队的猛烈轰炸和机关枪扫射下，还有日本炮舰的炮轰之下，他们穿过长江沿岸的村庄和城镇慌乱地撤向约300公里之外的南京。
日本军拥有装备优势，但是休息和补给严重不足，尽管如此，日军各纵队继续向西推进，对中国军队进行紧急追击。上海派遣军当初的目的只是在上海地区从事有限度的战争并避免与英国和美国发生摩擦。然而，随着战地司令官无视东京的上级指挥权开始独断滥用职权，这些制约都被置之不顾。第一次与中国普通平民直接接触的部队(他们在整个上海战役中一直都在杀害俘虏)，现在被命令可以无视战斗人员和非战斗人员的区别。例如，11月11日的步兵第六连队第二大队的攻击令名言：“一般良民皆于城内避难，因此，所有城外者均按怀有敌意者论处予以消灭。”“烧毁房屋、准备物资便于扫荡行动。”
向南京进军的日本军各部队沿主要干道和铁路干线向内地推进时，烧毁劫掠村庄和城镇，对大批中国军队和避难的平民进行了追击。12月1日，裕仁新设立的大本营命令第十军和上海派遣军从不同方向包围南京。第二天，朝香亲王被任命为上海派遣军司令，当时健康状况不佳的松井石根大将被提升统帅中方面军，这支部队由上海派遣军和第十军组成。12月8日，朝香率领的部队开始攻打南京防御阵地。只经过了5天的抵抗，拥有大约40到50万人口、有城墙环绕的南京于12月13日陷落。
没有任何“洗劫”南京的命令。大本营也没有下令将消灭全体敌人作为南京包围战役的最终目标。不过，确实有不留俘虏的明确命令。南京一陷落，日本兵便开始集体处决俘虏和缴械投降的逃兵。他们还进行了空前的、作战计划外的纵火、掠夺、杀人和强奸等残暴行为。由此导致的大屠杀在城内和附近6个村庄持续了3个月，远远超出了前期在上海战役和沿着中国军逃往南京的路上所犯下的暴行。中岛中将的第十六师团仅在进入南京的第一天，就杀害了近323万名中国俘虏和逃兵。不过日本人的估算将这个总计降到了24万人。
当松井和朝香将军坚持要在12月17日骑马沿着宽阔的南京主要大街行进举行胜利游行时，朝香的参谋长饭沼守命令第十六和第九师团加强对被占领的南京及其周边村庄进行扫荡，以保证皇室亲王万无一失。12月16日晚到17日清晨，已取得了战斗胜利的日本军围剿了基本上已经放弃了武器、褪去了军服，在拼命逃跑的中国残余部队，单是在南京城内就杀害了超过17万名的成年男子和未成年男子。如此同时，第九师团在南京的外围行政区域加强了歼灭作战。
12月17日下午2点，在海军大将长谷川陪同下，松井将军向东方的皇宫遥拜，并在前国民党政府办公大楼前升起太阳旗，以此结束了胜利庆典。松井高呼三遍：“大元帅陛下万岁！”集结的2万多名战斗部队——相当于占领南京部队的1/3，也同声唱和。
关于南京城墙内和近郊农村的中国牺牲者总数，至今仍在激烈地争论中。日本人估算的比较适当的数字为“不少于20万人”同时他们也承认实际数字也许永远无法知道。战后东京战犯法庭接受了“20万以上”的平民和俘虏于“最初的六周内，在南京及其附近地区被杀害”的估算值。在南京举行的战犯审判接受的数值是“30万人以上，”后来中国又将牺牲者人数提高到34万人，但是这个数值未被证实。1937年12月，西方关于南京大屠杀的最初报道以有限的来自市内的消息为基础，推测在最初几天被杀害的人有1万到2万以上。谈到导致日本兵犯下如此骇人听闻罪行的特殊的战场状况，日本历史学家们最常论及的是军纪的败坏、种族沙文主义、报复心理和“心理上的极度愤怒。”
强奸受害者的人数也处于争论之中。当时的外国观察员估计，在占领初期，当日本帝国陆军将南京与中国的其他地区完全隔离封锁起来时，每天大约有1000名各年龄层的妇女和少女遭到性攻击和强奸。这种状态一直持续到3月下旬，军队的秩序得到恢复为止。此时，“慰安所”的数量开始激增，在里面被迫充当妓女的是从日本全国各地征集来的妇女。陆军在华中新建了一个“中华民国维新政府”，与3个月前在北京建立的政府(中华民国临时政府)相对应。然而，对中国平民的大规模暴虐行为仍在继续。从1937年7月对中国战争开始到1939年末，共有420名日本士兵因强奸和杀害中国妇女受到军事法庭判决。但是，没有一名日本士兵因此被判死刑。
当时有几百名日本记者和新闻纪录片摄影者在中国做随军记者，相比之下，欧美记者为少数。然而，只有后者向世界报道了事实真相。受到审查的日本新闻界被禁止引用国外批判日本的新闻报道。没有报纸提到屠杀、战争犯罪、对平民的恐怖行为和强奸，被提及的仅仅是在南京抓到许多俘虏，大量中国人的遗体没有被掩埋。不过，2名日本军少尉比赛用军刀砍死一百名中国士兵的消息在南京被占领之前倒是在《东京日日新闻》上出现过几次，为了解日本军在中国战场上的暴行提供了线索。在日本，只有像基督教学者矢内原忠雄那样极有洞察力的日本读者和能读到外国报纸的人才知道真相，才能意识到身着军服的杀人者犯下的罪行与日本理想化的自画像差之千里。
南京暴行
皇室成员都听说了大屠杀和几近全面崩溃的军纪情况，其中包括良子皇后的叔父、50岁的朝香亲王，他在松井大将指挥进攻南京时任司令官，是大屠杀最激烈时南京城中最高将领。陆军航空本部长、49岁的东久迩亲王也是良子皇后的叔父。陆军参谋总长、71岁的闲院亲王。当然，陆军大臣杉山也掌握这一切，还有许多大本营高中层军官。众议院议员，后备役的江藤大将也知道。外务省无疑也知道，其东亚局长石射猪太郎在日记中吐露道：“上海有信来，详细报告了我陆军在南京的暴行，掠夺、强奸，触目惊心。天哪，这是皇军吗？”战后，作为外交官，老练的中国通重光葵记述了当时他是如何“为了补偿占领南京时犯下的罪行，做出极大努力促进对中国善政的。”
因此说，近卫政府知道在南京的强奸和抢掠，而经常听汇报的裕仁却不知道，这看起来不太可能。裕仁位于指挥系统的顶部，在最初阶段，即使指挥系统有缺陷，也很难使他对高层或者中层的决策不知情。他密切关注着日本军队的每一个行动，浏览外电，每天阅读报纸，并经常就他在报纸中发现的问题询问近臣。作为批准夺取和占领南京的最高司令，作为国家的精神领袖——赋予“惩戒”中国以合法性的人，无论是宪法上的责任还是最低限的道义上的责任，他都有关注军纪的义务，哪怕是非公开的。然而他似乎从未这样做过。
对他的部队在上海－南京战区的行为，各国通过外交途径发来的抗议越来越多，这也许引起了裕仁天皇的注意。可以确定的是，它们引起了最高指挥部和外务省的注意，更不要说一些议会的议员了。就日本陆军在南京抢掠美国人的财产，亵渎美国国旗，美国大使格鲁曾经两次正式向外务大臣广田提出抗议。之后，广田在1938年1月中旬的内阁会议上提出了这个问题。
外交官日高信六郎在南京陷落后不久访问了那里，他也向广田做了详细的报告。尽管是推测没有确凿的证据，但是他很有可能在1月下旬向天皇汇报了那里的暴行。日高能讲一口流利的英语，他与纳粹党员的德国人约翰·拉贝有私交。南京市中心的西方人组建了南京安全区国际委员会，为难民提供避难所，拉贝是安全区的组织者之一。第一本关于南京大屠杀的书《日本人在中国的恐怖行动》(1938年)的作者、《曼彻斯特卫报》记者哈罗德·J·廷波利也是日高的个人朋友。另外，日高还与《纽约时报》特派员哈利特·阿本德就南京事件进行过讨论。日高甚至向外务省转达过南京安全区国际委员会成员们的抗议，包括拉贝和南京大学教授刘易斯·斯迈思所写的抗议书。如果日高或者外务大臣广田向裕仁汇报过陆军的暴行的话，那么事实上他应该知道得非常清楚。
然而，我们假设裕仁没有得到当局任何人就他的士兵在师团、连队、甚至是参谋的命令下，违反国际法而进行的大规模屠杀的实际情况的正式报告。即使如此，他还有来自非指挥系统的关于陆军军纪败坏的间接情报，比如国内外的报道，或者还可能从他的弟弟们那里听到传闻，从而了解被占领的南京发生的事情。因为他确实拥有这些间接情报，他应该下令秘密进行调查，但是没有关于天皇下令调查南京事件的文件性纪录。相反，却有裕仁对于皇军的犯罪行为保持沉默的事实记录。从皇军占领南京的那一刻起，他就一直密切地注视着军队的行动。还有一件同样无法否认的事实是，在事件初期，或是杀戮强奸的整个时期，裕仁没有任何公开表达他的不快、愤怒或者是遗憾的举动，而是积极地鼓励他的将领们在促使中国人“反省”的国策下取得更大的胜利。
南京陷落的3个多星期前，即新大本营设立的11月20日，裕仁向中国地区的舰队司令官长谷川清发出诏书，赞许舰队官兵与陆军合作，控制了中国的沿海，并阻断了其海上运输线。同时他告诫说：“前途尚远，希望你们更加努力奋斗，取得完全胜利。”
4天后，在参加第一次大本营的御前会议时，裕仁对中国中部方面军司令松井大将的进攻并占领中国首都这一重大决定予以事后认可。会议期间，陆军参谋本部的下村第一作战部长对部队的作战计划作了说明，他说因为赴中国华中的运输部队及炮兵部队距最前线尚远，所以“方面军的航空队要与海军的航空兵协力，轰炸南京及其战略要地。”因此说裕仁对轰炸和用机关枪扫射南京及其周边地区的计划是相当清楚的，他是在此基础上批准了作战计划的。他(事后)认可了撤销对陆军在作战范围上所有的限制，陆军和海军在没有东京事先授权的情况下对南京发动猛烈攻击期间，他没有任何表示制止他们的举动。12月1日，在对南京的轰炸以及海上、陆地的攻击开始几天后，裕仁向松井大将发布了正式的攻击命令：“中支那方面军司令要与海军协同行动，夺下敌国首都南京。”(大陆命第8号)
当时，与其他大多数高级将领一样，裕仁支持强有力的打击将会使蒋介石跪地求饶并使战争结束的观点，因此，他一直急切地想在“敌人的首都”进行一场决定性战役。结果，天皇不顾松井和朝香的行为所带来的外交上的危害，公开褒奖了他们。12月14日，南京陷落的第二天，他又向统帅部传下御旨，表达了他对攻陷并占领南京的报告的满意。1938年2月，当松井大将暂时离任返回东京时，裕仁赐其诏书一份，表彰他伟大的军事成就。而朝香亲王一直到1940年4月才领受了对他的嘉奖——金鵄勋章。裕仁就是如此间接地行使他的权力赦免了军队的犯罪。尽管他可能私下里对南京发生的一切感到沮丧，但他没有公开提及过，对日本的俘虏政策也没有表示任何关注，或是为改变日本的俘虏政策做任何事情以示补偿。
日本陆海军官兵都在南京实施了暴行，陆军还炮轰了中国难民船和英国炮艇“瓢虫” 和“蜜蜂” 号。与此同时，两架日本海军飞机蓄意轰炸了美国军舰“帕奈号”，此舰停泊在距离南京约40公里的长江上游，船上载有外交官和欧美的新闻记者及摄影师。伤害之余又添侮辱，当“帕奈号”的船员和乘客放弃燃烧的舰船逃生时，乘摩托艇的日本兵登上舰船，向最后一艘奋力划向岸边的救生艇射击。这次事件中3名美国人死亡、另外3名重伤。关于这一事件，就在英国和美国新闻界开始报道震惊世界的南京大屠杀时，传到了西方。这两个事件给美国的公众舆论留下了日本军队侵略成性、残忍、任意妄为的印象。他们攻击了2个对日本在中国的行径批判最猛烈的强国的军舰。而且，这些事件还形成了对日本的新认识，即日本直接威胁了美国的安全。
“帕奈号”事件
近卫和帝国海军马上道歉并支付了220万美元，作为对他们称之为“误炸”击沉的“帕奈号”的赔偿。而裕仁对这次造成的损害，又一次没有采取任何个人行动，尽管向罗斯福总统和乔治六世国王致电，表达一下他的遗憾之意并不是一件难事。很明显，天皇和近卫内阁都没有掌握日本刚刚在军事和外交上这一失误的整体情况。
无论是中国还是美国，都没有忘记、也不会原谅大屠杀和击沉“帕奈号”事件。“洗劫”南京的消息被广泛传播，对许多中国人来说，它已经成为一个象征性的事件：通过这个多棱镜，中国人看到了此后很长时间里与日本的全面战争。 在饱受萧条折磨的美国，关于大屠杀和击沉“帕奈号”的报道很少有被安排在头版。有关亚洲的报道瞬间提升了国际局势的紧张度，进一步刺激了一直都存在的反对日本、支持中国的情绪。自从19世纪后期，美国就倾向于不仅将中国看做一个待开拓的市场，还将其视做实现他们的理想主义和良好的对外关系的合适场所。罗斯福总统因拒绝批准制裁脆弱的日本经济，受到联合抵制销售进口日货的新运动的批判。此外，美国主张海军扩张的呼声也越来越高。当时处于第二届任期却仍然无法支配外交政策的罗斯福，派海军作战局长罗亚尔·E·英格索尔到伦敦参加海军磋商，讨论为抵抗日本在亚洲和太平洋的侵略，与英国合作共同对抗的可能性。
“帕奈号”事件一时间也引起了美国人对裕仁的注意。12月14日，《芝加哥每日新闻》以通栏标题《考虑与日本断交》，警告除非“日本天皇”迅速答复“罗斯福总统对道歉、赔偿和保证不再发生类似攻击事件的要求。”在“美国要求天皇承担责任”的标题下是一幅画，画中身材矮小、戴着眼镜，身穿军服的裕仁骑在高大的白马上。这家报纸暗示裕仁是一个拥有政治实权的天皇，因此应该对击沉美国战舰承担责任。然而，像这样现实主义的报道是极为少见的。
1938年，日本开展全民总动员以支援在中国的战争，此时，裕仁面临着需要协调国家统治阶层内部意见分歧的局面。照片为裕仁在东京代代木练兵场陆军阅兵的情景。《纽约时报》和《华盛顿邮报》的报道倾向或是将日本看做磐石一块的政治实体，或是将矛头都对准“日本军阀”、“军国主义者”和“极端军事主义者”。12月14日，《洛杉矶时报》就罗斯福关于“帕奈号事件”给天皇的照会发表了社论：
希望读者们注意日本的武装部队处于天皇单独控制之下这一事实，而不是……一定要服从于内阁代表的日本政府……当然，至于日本的高级指挥部实际上是服从于天皇，还是支配天皇，这是另外的问题。但是日本的机构中存在着一种双重性，使得与日本政府的交涉很困难。
然而，《洛杉矶时报》对天皇的实际权力的问题未有定论。
根据这些大城市报纸的判断，裕仁基本上不参与日本的政策决定过程。毫无例外地，他在美国人的头脑中主要是作为一个没有实权的“傀儡”而存在(如果他存在的话)。1937年以后，美国与日本关系逐渐恶化，但也没有破坏这一固定的天皇形象。直到珍珠港事件为止，美国人对日本天皇的主要印象一直是一个不进行统治，只是君临的君主——不参与政治决策；被政治决定所支撑；不影响顾问们的意见，总是并且无论如何都听从他们的建议。这些假定既是错误的，同时也很顽固。受早期美国人对明治天皇固有的错误印象的强化，这些观念在珍珠港事件后很长时期仍然存留着。在这个固定的“傀儡”形象的影响下，美国人对于裕仁，以及导致了太平洋战争的日本决策过程的认识一直偏离于现实基础。
八年抗战
未经宣战的对中国战争将持续8年，为共产党在中国的胜利搭建了舞台，也为日本卷入第二次世界大战埋下了种子，并导致了日本最终的失败。在这些年中，昭和天皇有多次机会可以考虑停火或者促使和平提早到来。第一个机会也是最好的机会是攻打南京，当时蒋介石的国民党军队完全乱了阵营。蒋希望通过呼吁与中国签有国际条约的友好国家的干涉来结束战斗。但是，由于战争危机笼罩着欧洲，那些主要大国无意向中国提供积极的援助，而在美国，孤立主义则开始抬头。
1937年11月，在英美提案下，“九国条约”签署国在布鲁塞尔召开会议，日本拒绝参加。会上，国民党政府代表甚至没能说服与会者将日本定为侵略国。布鲁塞尔会议没有形成制裁日本的决议。会议一结束，近卫内阁和大本营立即扩大了战斗区域，根本无视进攻南京将会给其他签约国造成生命和财产危害的后果。11月下旬，武力已无法保卫南京，蒋介石曾希望通过外交手段减缓日本的进攻，如今绝望的蒋介石不得不接受了此前德国的调停提案。东京的参谋本部也希望如此。之后德国驻中国大使奥斯卡· 特劳特曼试图恢复日中和平谈判，但是没有成功。
南京陷落的第2天，12月14日，近卫在新闻发布会上示意，政府对和平谈判的态度有所变化：
接到南京陷落的捷报，在我们为这必然的胜利欢欣鼓舞之前，站在同文同种的5亿民众的立场，我们不能不为他们不可救药的迷妄而悲哀。国民党政府无论是外交上还是实际行动上都走到了反日的极限。而他们却没有对其后果承担责任。放弃首都，政府分裂。很显然，就在其正沦落为一地方军阀的今天，仍丝毫无反省迹象。因此，我们不得不重新考虑我们的方针。
近卫和他的内阁现在提出了严苛的条件。中国必须正式承认“满洲国”，与日满携手抗击共产党，允许日本部队无限期驻扎，向日本支付战争赔款。参谋本部中的不扩大派仍希望早日结束在中国的消耗战，因此希望11月开始的特劳特曼的和平调停能继续下去。他们现实地指出，日本拒绝承认国民党政权将会“驱使(蒋)集中所有力量反抗日本……这必然与苏联、英国和美国的策动相呼应……为了这场持久的战争，帝国在长久的未来将不得不耗费巨大的国力。”
1938年1月9日，新设立的大本营政府联络会议决定了对中国战争政策。为了取得内阁形式上的承认，题为“支那事变处理根本方针”的文件被送交内阁之后，近卫向裕仁做了汇报。第2天，近卫要求天皇召集一次御前会议但不要发言，“希望陛下只是亲临便可，不必表态。”裕仁和近卫考虑的不光是要牵制参谋本部中不扩大派的意见，还希望阻止德国对日本事务的过度影响。1月11日，御前会议终于在皇宫举行，会议开始前30分钟，为回答枢密院议长平沼骐一郎对“支那事变处理根本方针”的提问，出席者们先开了一个特别会议。
阁僚们对平沼的顾虑给予了圆满的解答后，会议于下午2点在天皇“郑重出席”下召开，听取了外务大臣广田的见解。广田认为特劳特曼调停没有成功的希望，因此“我们必须强化战争，以此来达到结束与支那战争的目的。”代表参谋本部讲话的闲院亲王说：“将国民党政府视为完全失败的政权，并依此制定政策，希望慎之又慎。现在我还有一点保留。”尽管如此，他还是服从了会议的一致意见。然后，御前会议正式通过了一份文件，明确说明如果国民党政府完全拒绝接受日本提出的和平条件，日本将不承认国民党政府，将向其他比较顺从的政权提出和平方案。自25年前，大正天皇批准日本参加第一次世界大战以来，这是第一次御前会议，身着军制服的裕仁主持会议并批准了会议决定。近70分钟的会议上，裕仁一言没发。通过这种方式，他看起来好像对事态保持了天皇的中立立场。事实上，较之参谋本部的提案，他强烈支持的是对中国强硬的军事方针。
1938年1月：随着军部在政治决策中发言权的不断增强，裕仁的政治权力也在增大。首次出席大本营政府联络会议时，他一言未发，支持对中国采取比陆军参谋总部提议的更为强硬的军事政策，对继续推动战争的主张予以赞同。当中国没有按时答应东京苛刻的条件时，近卫内阁突然中止了协商。1938年1月16日，近卫发表了预先准备的声明，称日本从此不再“以国民党政府为对手。”两天后，他又发表一个补充声明，明确表示撤销承认国民党政府的真正目的是为了“抹杀”蒋介石政权。这个目标尤其得到了海军大臣米内的强烈支持。最重要的是，此后无论是大本营政府联络会议还是御前会议上，就继续和平谈判这个重要问题，昭和天皇没有支持过参谋本部。相反，他倾向于支持更为强硬的海军路线。
反对在中国进行全面“歼灭战争”的陆军中的反对者们仍试图使他们的观点受到关注。就在近卫发表著名的“今后，不以国民政府为对手”声明的前夜，闲院亲王试图在近卫首相上奏之前直接向天皇上奏一次但没有成功。1月15日晚9∶30，当裕仁终于听取闲院的汇报时，他已经打定主意继续战争而不是进行谈判。“南方还残存一股中国的抗日军队，日本军对此有什么考虑吗？”他询问亲王。裕仁的其他问题是“尽量不出面，以顾问的形式”间接地支持华北的傀儡政权是否更明智，陆军对付“游击战”有什么计划，对“中国的回答”有什么准备等等。裕仁的质询主要都是涉及作战行动方面，但他最后的问题可以理解为是对参谋本部不扩大派的间接而又冷淡的批评，因为他们把已经在大本营政府联络会议上决定的事情又作为问题重新提了出来。由此，不扩大派再一次受到抑制。在对中国战争的问题上，裕仁与近卫和海军省中强硬的扩大派的观点相同，推动了以武力促使事变早日解决。
进攻武汉
1938年3月，在第一届近卫内阁的领导下，日本对中国的战争陷入了长期的消耗战阶段。中间是近卫首相，左侧是海军大臣米内光政，右侧为陆军大臣衫山元。最后一排左侧是近卫的朋友木户幸一。如今，近卫内阁开始了对中国战争的第二个激烈阶段，本阶段持续到1938年12月。从卢沟桥战役开始到这第二阶段为止，日本官兵的伤亡情况：战死62007万人，负伤159712万人；在中国和“满洲国”死于疾病者总数为12605万人。在随后的2年中，日本战争伤亡人数大幅减少，但仍保持着很高的数字。1939年，战死30081万人，负伤55979万人，到1940年，死亡人数下降了几乎一半，战死15827万人，负伤72653万人。死于疾病的人数仍然相对稳定，平均每年超过115万人。重要的是，无论是军事上或是政治上，日本都丧失了能够控制中国战争的希望。
1938年间，中国华北、华中及华南的主要城市和铁路都被日本陆军占领，辽阔的内陆村庄和山区则成为中国游击队的根据地。在对中国战争将他们视为“土匪”，实际上几乎所有的主力攻击都指向了蒋介石的“国民党”部队。陆军的航空部队也是同样，在此期间他们向中国华北和华中的内陆地区发动了5次长距离轰炸作战。而对共产党根据地延安的军事设施，只是在1939年10月进行过2次轰炸。主要的空袭目标一直都是重庆。直到1941年，陆军才开始大规模轰炸延安。同时，随着1938年10月对武汉和广东的占领，日本军的地面进攻达到了顶点，之后转入了战略防御状态。
