印度向法庭派出的代表法官是加尔各答最高法院的拉德哈比纳德·帕尔，60岁。帕尔曾是亲轴心国的印度民族主义者钱德拉·鲍斯(Chandra Bose)的支持者，一个为时甚久的亲日派。与大多数既谴责英国帝国主义又指责日本帝国主义并绝不接受大东亚共荣圈思想的印度精英人士不同，帕尔是彻头彻尾的日本帝国主义的辩护者。5月到达东京后，他接受了依照法庭宪章对他的任命，可是态度却很不诚实，他不认为同盟国拥有审判日本的权力，更不要说任何方式的依法裁决了。从一开始就决心要看审判失败的帕尔打定主意，无论其他法官如何裁决，他都要写出独立的反对意见。对他拒绝签署“公正执法共同宣言书”，亦不必感到惊奇。
此后，根据辩护律师欧文·坎宁安的估算，帕尔在466天的“审判日”中缺席了109天，是第二名缺席者，审判长威廉姆·韦布爵士(53个“审判日”)的两倍以上。只要帕尔出庭，他一定会向被告鞠躬，他认为这些被告是亚洲解放运动的发起者。作为法官当中政治上最独立的人，帕尔拒绝让同盟国的政治关心和意图，更不要说法庭宪章，以任何方式影响他的审判。他会做出法庭上最具情绪化充满批判色彩的政治判决。后来，许多批判东京审判的人在坚持战时的“大东亚战争”的政治宣传论点的同时，认为亚洲遭受苦难的主要原因在于西方的白种人——即帕尔所说的“胜利者”。他们会赞赏地引用帕尔的论点。那些认为“白人”对亚洲的剥削是战争的主要起因的人也同样。
在选定被告的整个过程中，检察官们保持着快节奏的工作。他们时时留意着时钟和纽伦堡的动静，担心德国对22名主要战犯的审判一旦结束，世界的关注就会消失。纽伦堡既是他们的法律模范，也是他们心理压力的来源。麦克阿瑟通过基南向检察官们施加压力，要他们尽快结束准备阶段，进入案件审理程序。他拒绝给予检察当局审问裕仁的权力。他还决定既不让裕仁作为证人在法庭上提供证词，也不要求他提供日记或其他私人文件。
日记和(巢鸭)监狱的供词，不论是正式的还是非正式的，在决定起诉时都起了决定性作用，因为大量能表明罪行的日本文件都被烧毁或依照口头传达(为了避免留下书面证据)的内阁决定被处理掉了。日本陆军的秘密记录也被藏匿起来。虽然不是全部，但大部分的证词是在4月9日完成的，即基南命令他们停止处理的1周后。所有的证人都试图保卫天皇，都把战争责任推到被选定的少数几个陆军军官身上。在幕后参与审判的亲英美的“稳健派”们，通过他们自己的证词，向导致战败的陆军领导层进行了报复。与其他在法庭上为检察方提供情报的人同样，一些重臣如海军大将米内光政和冈田启介，为海军作了辩护，在夸大陆军影响的同时，将天皇及其随从的影响最小化。
开庭审判
1946年5月3日，开庭审判。法庭设在靠近东京都中心市谷的旧陆军省建筑物内刚刚装修过的大礼堂。基南让人将这个日本军国主义的神经中枢改装成法庭，并用深色木质镶板重新整修，还为法官们制作了长长的、高高在上的桃花心木法官席。装备了一台审判长专用的麦克风。证人席设在靠近屋子中心的地方，旁边有为律师和法庭速记员准备的桌子和长凳。修缮班为首席检察官和首席辩护律师搭了高高的讲台，还为拍摄审判全过程的同盟国的摄像师和摄影师搭建了平台。另外，还为国内外的新闻社、广播电台的记者以及约30位将用两种正式审判语言工作的日语和英语翻译预备了特别席位。后部上层的楼座能容纳660名旁听者，加上第一层的座席，共有旁听席近1000个。法庭书记员拿着移动式麦克风在庭内跑来跑去，悬挂在天花板上的巨大的强弧光灯将整个场景照得雪亮。
3天后召开了第三次公审，上午9点15分，被告、法官、律师、头戴白色头盔的宪兵(MP)以及为了旁听被告的抗辩从世界各地赶来的几百名外交官和记者挤满了法庭。开庭后，首先对辩护律师进行了介绍，随后，围绕起诉书中的误译发生了一阵争论。误译问题解决后，从荒木贞夫开始按字母顺序点名，被告听到自己的名字被点到时起立。所有被告对每一项指控都主张自己无罪。最具有教育意义的公审秀——即对主要战犯的审判将从积极的方面教育人们认识战争的犯罪性，而不是像斯大林的公审秀那样教给人们谎言——即将开场。法庭上挤满了旁听者，仍处于食物危机中的日本国民也在观看。
以6月4日基南戏剧性的开庭陈述为开端，检察当局在近8个月的期间里分阶段对各案件进行了立证。基南指出，东京法庭即将审判的是“对文明宣战”的一些人，因此应将审判视为“为了保护整个世界免遭毁灭的文明之战”的一部分。接下来，基南对检察方面的立论概要作了说明。为了使人们理解美国和日本的外交政策的实况，随后几天中，检察官们每天在法庭上介绍一些条约、协定和其他的文件。检察方传唤了109名证人进行口头作证，另外让561名证人留下了书面证词(以书面证词、宣誓口供和询问调查书的形式进行)。对被指控人不利的证据扎实有效地积累起来。最初显现出来的情节是日本为战争所作的准备工作，通过宣传、审查制度和中央集权化的教育教化手段。然后是对侵略战争实况的叙述结构，以帝国军队在各国犯下的战争罪行为焦点。
早在开庭的第2周，美国律师本·布鲁斯·布莱克尼少佐就对苏联法官的参加提出了质疑，因为苏联政府早些时候因对芬兰发动的局部战争而被驱逐出国际联盟。辩护方则提出了同盟国在刚刚被定性的世界再分割时代(1938－1945年)的行为问题作为争辩。从而引起了彼此彼此(“你也一样”)的争论，其目的是要削弱检察方的指控，并不是实际上的反证。每一次法庭都驳回了辩护方的论辩——事实上是在告诉辩护方，什么样的暴力行为是“侵略”和战争犯罪，什么样的行为不是。
6月13日，澳大利亚的副检察官艾伦·曼斯菲尔德向法庭提交文件，证明了日本是海牙诸条约的签约国，并详细阐明了日本的政治和官僚体制。每位被告的个人经历都被当庭宣读，检察官对日本如何为战争作准备进行了概述。日本证人当中，特别是币原喜重郎和若槻礼次郎描述了陆军实质上的独立、“警察国家”体制和1930年代的政治精神状况。他们的证言加深了人们对“军国主义者”的印象，他们策划“事件”，挑战历届内阁的权威，并逐渐巩固了他们的权力。但是每当关于谁应当为军统帅部担负宪法上和道义上的责任这类问题出现时，便没人回答，因为裕仁一直被“隐藏在幛子的后面”。
在短短的夏季休庭期间，法庭安装了空调设备。法庭再次开庭后，开始听取满洲事变后开始的日本侵略中国的证言。6月27日，被暗杀的犬养义首相的儿子犬养健作为检察方证人出庭。作证时，他直接地、意想不到地提到了天皇，称他的父亲在拜谒天皇时，曾直接要求天皇命令陆军退出满洲，那时他是他父亲的秘书。犬养健没有直说天皇拒绝了他父亲的请求，只是声明总理大臣“想把军队从满洲撤出的目的没有达到”。在后来对犬养的交互讯问中，被告木户和东条的律师穗积重威问他为什么天皇没有批准总理大臣犬养的请求，下诏命令军队撤出。穗积说，无论是英文的还是日文的，证人犬养的“证词都可以被理解为天皇对满洲事变的扩大负有责任。”犬养试图更正他的证词，但是这种戏剧性且意想不到的将责任归咎于天皇的方式，已经在法官中引起了骚动。
第2天，韦布告知法庭，因为一些法官“认为关于陛下地位……有矛盾之处，所以希望证人今天对这一点作明确说明。”犬养部分地收回了他前一天的证词，只是说他和他父亲说“从满洲撤退”时，所指的是命令朝鲜部队退回朝鲜，以及铁道守备队退回铁路地区。然而，最终犬养也没能澄清他证言中的矛盾之处。7个月后，检察方写下了共同谋划的评语并结案。关于裕仁在各种事件中所起的作用问题就像一块乌云笼罩着审判过程。没有一位被告敢于谈论天皇的战争责任问题。
东条与天皇置换责任
律师团花了11个月来证明各被告无罪——其中大部分是在1947年进行的，所用时间比纽伦堡审判的整个期间还要长。除了被告外，有310名证人出庭作证，另有214人提交了书面证词。在解释日本发动对美英战争的原因时，辩护方大体上采用了日本的战时宣传，并大量使用了战后批判罗斯福外交政策的文献。当辩护方集中为日本在中国和太平洋地区的行为开释时，检察方指出辩护方存在许多事实上的严重错误，影响了辩护的表达。法庭一次次地裁定大部分的辩护材料不相关或无关紧要。被驳回的文件包括日本在亚洲为对抗苏联的共产主义所作的努力的细节和美国国会对珍珠港袭击的调查。当律师布莱克尼试图向法庭提交一份前陆军军官斯廷森关于决定向日本投掷原子弹的记述概要时，法庭也以多数意见予以驳回。1948年冬天到春天进行的是检察和辩护双方的反证和最终陈述。
从一开始，美国和日本的辩护律师们就表现得很糟糕。用主辩护律师和前众议院议员清濑一郎的话来说，他们本应努力“否定所有对被告起诉的事实”，但是最终也没能达成统一的辩护方针。清濑在他长长的开庭陈述中指出，关于战争中的残暴行为：“我国从未有过类似所谓德国迫害犹太人那样的故意违反人道的行为”，并且“我们要证明(被告被指控的行为)与德国的战争犯罪有很大区别。”随之，辩护律师高柳贤三站起来开始攻击法庭宪章的合法性。一些作为战犯嫌疑人正在接受调查的日本陆军将校，接二连三地被传唤到庭为辩护方作证。许多辩护律师声称他们的委托人是在遵照上级的命令行事，或者是为了阻止共产主义在亚洲的扩散而战斗。许多律师提到了审判期间被引入日本词汇的“赫尔照会”，从那时起，就对它进行了恶意的指控。他们坚持认为，真正的罪魁祸首是迫使日本卷入“自卫战争”的美国。辩护律师还采用了拖延战术，希望美国和苏联之间逐渐恶化的思想意识上的冲突会对为日本军国主义者的辩护产生有利影响。
辩护阶段最突出的部分是前内大臣木户、前外相东乡和东条大将的法庭证言。在首席检察官的交互讯问中，他们3个人都在无意间将不在场的天皇牵扯了进来。
木户站在证人席上的最初两天，即1947年10月14至16日，尽管基南指责说陈述书不过是法庭文件的复制而已，木户的辩护律师威廉姆·洛根还是毫无遗漏地宣读了长达297页、冗长的英文文本。洛根读完后，10名律师用了近5天的时间轮流向木户提问。然后基南开始了数天的交互讯问，目的是为了证实“从(木户)的政治生涯开始直到日本投降为止”，他(用基南的话说)“在天皇试图采取实际手段……完全确立治安……彻底阻止暴力行为时……一直都是反对的。”基南用原田熊雄的日记记录质问木户日记中的主张，表明了木户在中国战争期间一直与军国主义者同流合污，而不是与其对抗。尽管木户声称自己与政治无关，但在幕后却行使了巨大的政治权力。
首席检察官还指控木户经常将责任转嫁给他的朋友：原田和近卫——两个人都在适当的时候死去了——以及高龄的牧野伸显。23日，基南与木户之间进行了几个回合的紧张问答：问题集中在珍珠港袭击的前夕，裕仁在军事与外交上的权力；木户给天皇的建议咨询；其中包括他在三国同盟缔结时所起的作用；他推荐东条为首相；他对罗斯福总统写给天皇的最后的信件的处理。等木户走下证人席的时候，天皇的战争责任问题再次成为焦点问题。
1947年12月下旬，前外相东乡站到了证人席上。他宣称东条、岛田繁太郎、铃木贞一是1941年宣战的主要倡导者，引起了全国的关注。更为重要的是，12月26日，东乡还称，赫尔国务卿曾命令所有日本军队和警察力量立即并全部撤出中国和法属印度尼西亚。
不仅如此……(如果执行)赫尔照会……日本将面临着还不得不从满洲撤出的局面。这种政治形势也会自然而然地影响到朝鲜……换句话说，我可以不过分地讲，在对外形势上，日本的状况仍会同现在一样……总而言之，(赫尔照会)就是要求日本退回到日俄战争前的状况。这等于是日本作为东亚大国的自杀。如果这样做了，日本在经济上基本是无法存立。
东乡暗示了日本政府是在仔细研究了“赫尔照会”后被迫选择了开战。可是，事实上，有关这种研究的记录当时及现在一直都没有人见过。除了日本驻华盛顿外交官职业性的无能外，东乡试图隐藏的还有赫尔从未对日本继续控制满洲提出过异议一点；而他东乡，在那时本可以坚持把赫尔的照会作为协商的焦点，推迟与美国的战争，可事实上他并没有这么做。
1947年12月26日，当东条将军出庭作证时，GHQ和日本政府为了保护裕仁而进行的游说活动达到了高潮。《朝日新闻》将头版的大部分都用来登载东条的证言。当天的大标题是“天皇没有责任彻底主张‘自卫战’”。4天后，12月30日，在美国律师读完东条事先准备的供词的摘要后，东条不仅为天皇还为导致1941年12月决定开战的整个日本政治过程作了辩护。他坚持认为，日本政治没有向反动性发生任何转变，仍是从来的明治宪法体制下的政府。所有的日本战争暴行都是偶然发生的，无论是思想意识上的教化还是给陆军灌输的民族精神都与战争暴行无任何关系。主要是面对日本公众而不是法庭的听众，东条将自己描述成一个受到不公正待遇的受害者。他否认侵略战争是犯罪并宣称：
直到最后我都坚持这场战争是自卫战，是不违反现公认的国际法的战争。直到现在我都未曾想到，我国因为进行了这场战争，会作为国际犯罪受到战胜国的追诉，还有战败国的合法官吏个人会作为国际法的犯人、条约的违反者而受到追究。
东条巧妙地将他和天皇的开战责任与完全不同的战败责任进行了置换。战败是在两年前发生的，而且战争进行了一半的时候，东条就离开了政权。站在证人席上的东条显得心地高尚：“第二个问题，即关于战败的责任，是当时的总理大臣我的责任。从这个意义上讲，我不但接受这个责任，而且衷心希望承担这份责任。”
东条的表现激起了强烈的反响，借此，在那些对审判有敌意、希望看到哪怕有一个被告站出来表现得很忠臣的人们中间，东条的名誉得到了恢复。而基南的对应却没有产生什么效果。可是第2天，在木户的美国辩护律师威廉姆·洛根的质询下，东条无意间、间接地牵连了天皇，引起了法庭的轰动。
洛根：你能否记起哪怕是一个事例，木户违反天皇的和平愿望，采取了什么行动？或者是提了什么建议？
东条：当然不会有这种事例。据我所知，没有。不仅如此，日本国的臣民，违反陛下的意思干这干那是不可能的。更不要说，日本的高官了。
东条的失口破坏了裕仁对开战决定不承担责任的论点，法庭审判长韦布立即向检察方指出了这一点。这是无法忽视的问题。裕仁的一个亲信侍从立即向巢鸭监狱的木户传话，让东条更正他的错误。在首席检察官基南的帮助下，东条在1948年1月6日的下一次作证时就此做了订正。尽管如此，还是带来了负面影响：检察方的证据和东条的证言再一次将没有出现在法庭上的天皇牵扯了进去。
三类罪行
在战犯审判之前、之间和之后很长时间，退位的威胁一直沉重地笼罩着裕仁。危险来自那些希望参与政治事务的身边的皇族，和所有认为应该用特别的道德标准要求国家领导人的人。
高松亲王就是几位希望裕仁退位的皇族之一。日本正式投降约1年后，1946年9月20日，他在日记中吐露，仅仅因为裕仁积累了多年为君的经验，或者因为他的退位会给麦克阿瑟带来麻烦，所以就让天皇保留皇位是不明智的。期望摄政但又不能言明，因此高松亲王支持推举秩父亲王为摄政的意见。早在1945年9月30日，他就在日记中写道，经过长期休养的秩父亲王返回首都，他“已经能见人，一旦需要的时候，也能做摄政”。高松显然认为裕仁不会永远呆在皇位上，所以一直保持着对裕仁的批判倾向。其他的皇族成员，如三笠亲王和东久迩亲王也支持早期退位。
很快，一些著名的知识分子，如自由主义哲学家田边元，就公开呼吁裕仁 “要敢于表现出更切实的责任感”。东京帝国大学校长南原繁也规劝裕仁退位。著名诗人三好达治从战场上为天皇牺牲性命的士兵的立场出发，最早对天皇的道义责任提出指责。除非天皇“在形势的允许下尽快”退位，否则“世上就没有道理了”。三好在1946年春到初夏发表的一系列获得反响的随笔中说：
陛下作为一国元首，必须作为第一责任者为这次战败承担责任……陛下允许了军阀之流横行，多年来没有施应施之策，疏忽怠慢之责甚大。在陛下的赤子的名目下，他们朴素地信赖陛下如慈父。他们相信陛下真正是陛下军队的大元帅。他们在陛下的名义下服从军规，高呼着陛下万岁倒毙在军阵上。对如此忠良的臣民，却发出“陆军真是个麻烦”的陛下……对忠良的士兵们，陛下是有背信责任的。
副侍从长木下道雄准确地认识到了这种威胁的长期性。他的日记中，有一张用宫内省的信纸写的、没有署名也没有日期，但有可能写于1946年初春的便条。木下(或和他有同样想法的某人)写道，即使美国和麦克阿瑟决定保留君主制，随着战争犯罪人审判的进行，将出现是保留现帝，还是拥立新帝的问题。
(美国和麦克阿瑟)可能预想，日本国民对废除天皇制会彻底反抗吧。他们大概没有预想过现帝退位新帝即位也会引起日本国民的彻底反抗。根据情况，他们也许会提出后者。吾人必须有所准备。
不让他们提出退位问题的策略，至关紧要的，是要让他们感到，无论是统治日本还是国际关系特别是在东洋，现帝都是引导国际关系向有利于美国发展的，最合适的、最值得信赖的人物。
到了1946年7月，就连GHQ中裕仁最热心的保卫者费勒斯准将都开始催促他，为了防止对君主制的长期危害，希望他向国民做出忏悔。与此同时，被拘禁在巢鸭监狱的木户也对裕仁的战争责任问题进行了思考，但是将劝说退位的打算推到了他自己的严酷考验和占领结束之后。
在毛泽东的共产党军队占领了沈阳，斯大林以封锁柏林的举动向“杜鲁门主义”发起挑战的前后，1948年11月4日，东京审判在经过了6个月的休庭后开始进入收尾阶段。
审判长韦布在公审法庭内朗读了多数派的判决，他首先回顾了法庭宪章的法律条款——由麦克阿瑟颁布并修订——定义的三大类罪行。第一类罪行是：“……策划、准备、开始、从事……侵略战争、或者违反国际法、条约、协定的战争……或者参与了为实现任何上述行为而进行的共同计划或谋议。”依照纽伦堡审判的先例，从事这种战争被称为“反和平罪”。审判中，它主要是指对这几个条约的违反：国际联盟盟约、关于中国的主权独立和领土完整的九国公约以及放弃作为国家政策实现手段的侵略战争的凯洛格-白里安协定。与常规的战争犯罪不同，“反和平罪”的犯罪主体是政策的制定者。检察方并非主张，侵略战争本身是非法的，而是日本被指控的侵略战争中的每种行为都违反了日本加盟的条约。为了进行这项指控，检察官们不得不对亚洲太平洋战争的起因进行调查，为此，特别是不允许辩护方在证据文件中引用与亚洲的共产主义有关的内容之后，悬而未决的历史论争的马蜂窝又被捅开了。而另一方面，纽伦堡和东京都没有仅以“反和平罪”为依据作出死刑判决。
第二类罪行是“违反战争法规或惯例罪”(一般战争犯罪)，相对来说对这类罪行的争论较少。这种犯罪是根据关于陆地战争的海牙公约，和关于战俘待遇的日内瓦公约来界定的。这两个公约都是公认的惯例法规，体现了人道行为的最低标准，适用于卷入国际武装冲突的所有国家。试图反驳“违反战争法规和惯例罪”指控的辩护方，面对检察方汇集整理的证明日本在战争中所犯罪行的庞大证据，全部以失败告终。
“反人道罪”是第三类罪行。这个术语(因第一次世界大战中土耳其人对亚美尼亚人的暴行而产生)的定义与纽伦堡国际军事法庭所参照的四国伦敦宪章中的定义完全相同。其内涵是“战前或战时犯下杀人、灭绝、奴役、流放和其他非人道行为，或者以政治或人种为由的迫害行为……”这些主要针对平民的犯罪，只要与战争罪行有关联，“在国际法的范围内就可以惩罚。”在东京审判中，检察官根据由55件诉因构成的诉状，强调了各种类型的杀人罪，“当日本向有和平关系的国家发动攻击时，作为限定于侵略性攻击或违反条约的非法战争的结果”而被广泛接受。“杀人罪”成了一把巨大的伞，日本对珍珠港攻击和“南京暴行”都能被罩在伞下。
东条的死讯
韦布审判长还论述了法庭运营和各个案件的事实确认。尽管法庭查明日本陆军以胁迫和暗杀篡权有罪，但是免除了日本国民对陆军行为应负的责任。法庭还大幅减少了案件数量，在原来的起诉中这些案件都被认为得到了证实。韦布在概括多数派法官的观点时总结道：“……共同谋划发动了(一系列)侵略战争的行为，属于最高等级的犯罪。”
接下来，他对全部25名主要被告下达了有罪判决。东条被判死刑，与他一起被判处死刑的还有其他5位将官和一名文官：板垣征四郎、木村兵太郎、土肥原贤二、松井石根、武藤章和前外交官及总理大臣广田弘毅。在麦克阿瑟拒绝接受所有暂缓执行死刑的请愿后，7位辩护律师向美国联邦最高法院提起了上诉。他们的依据是美国宪法：东京法庭实质上是美国的法庭，但它的设立却没有经过国会的同意。它源自于杜鲁门总统的行政权，而且也一直是以此为基础运营的。在最高法院的法官们听取律师团的“上诉”前不久，恼怒的麦克阿瑟告诉英国代表阿尔瓦里·加斯科因，即使最高法院下达了人身保护权的书面命令，他也会“无视”它而“把这件事委托给远东委员会处理”。12月15日，在最高法院审理此案的前一天，远东委员会赶在前面匆忙地宣布东京法庭“是依国际权威任命的国际法庭，并依国际权威行事的国际法庭”。5天后，最高法院裁定自己没有权力或权限宣告判决无效。
辩护律师们努力强调东京审判的政治性。但他们只是在揭露东京审判的复杂性，并强调麦克阿瑟权限的双重、暧昧的特性上小有斩获。现在，最高司令官进而下令执行对7名死刑犯的绞刑判决。之后他们的尸体被火化，骨灰的大部分被撒到了海里，法庭错误地认为这样就可以阻止某一天他们被当做烈士祀奉在寺庙里。一位侍从称，听到了东条的死讯，裕仁走进他的办公室哭了起来。
包括前内大臣木户和前首相平沼在内的16名被告被判处终生监禁。前外相东乡被判处20年监禁。外交官重光葵，没有被认定为决定开战的主要负责者，但因为他担任小矶内阁的外相，并且没有尽力阻止虐待俘虏而被判处7年徒刑。
韦布在他自己单独提出的意见书中，在基本上同意多数派裁决的同时，认为在处理日本被告时，应该比处理犯有“令人发指、形式多样、涉及广泛的” 罪行的德国被告多一些考虑。韦布尖锐地批判了赋予天皇的完全豁免权。韦布明确否定了关于天皇被胁迫的辩护，指出：“没有任何统治者可以在犯下了发动侵略战争罪之后，称不这样做的话他的生命就有危险，然后正当地要求赦免他的责任。”
法国法官亨利·伯纳德写下的反对意见也提到了天皇。他在结论中说，日本的宣战“有一名主要的始作俑者，由于他逃避了所有的追诉，现在的被告怎么说也只能看做是他的帮凶而已。”
荷兰法官B·V·A·洛林则对裕仁的免责没有什么异议，因为他认为裕仁是一个十足的傀儡领袖。洛林的反对意见主要针对的是法庭宪章的不足之处，他从一开始就对宪章的合法性抱有疑问。他拒绝承认“侵略”属于国际法上的犯罪的观点，认为被告中的5个人——木户、畑、广田、重光、东乡——应该被宣告无罪。
帕尔法官在8月上旬就写好了他的反对意见，并要求韦布根据印度惯例在法庭上全文朗读。而多数法官投票表决的结果是，只要宣布这份反对意见书的存在即可，韦布在11月12日宣判的当天执行了这个表决意见。
对所有被告的所有指控均宣布无罪的帕尔裁决是独一无二的，不能代表印度或任何其他亚洲政府的立场。从法律理论的观点出发，他否认(洛林的观点与帕尔相近)作为国家主权发动和进行战争是犯罪行为。他认为，不能发展或扩展19世纪就存在的国际法秩序，“侵略”的概念在法律上仍没有定义。纽伦堡和东京法庭超越了第一次世界大战前就存在的国际法框架，是非法的。因此，被告们没有违犯法律。
严重的事实认证错误破坏了帕尔对日本行为的历史分析——这是他的反对意见的第二要素。例如，他断言张作霖不是被日本军人暗杀的，主张“赫尔照会”是美国的最后通牒。他写道：“即使是当代的历史学家也可以想到。‘关于这次战争，如果收到了美国国务院在珍珠港袭击前夜送给日本政府的这种通牒，就连摩纳哥王国和卢森堡大公国这样的国家都有可能拿起武器与美国作战。’”帕尔批判了审判的政治目的，和占领的主要教育目标之一：即，让日本人民了解战争的犯罪性。毫不顾及自己宣誓的意义，帕尔在结尾时主张日本无罪，坚决支持了日本关于战时历史的官方观点。
尽管CIE(民间情报教育局——译者注)的“战争有罪计划”禁止全文刊登东京审判中的个别反对意见，韦布审判长仍在法庭上提到接近半数的法官对法庭提出了个别意见。外国法官的独立性和少数判决意见的存在给日本公众留下了深刻的印象，并对审判结果的被接受作出了贡献。
最终判决
东京审判，尽管有程序上的不完善和复杂的政治性问题，仍对日本国民和他们对战败的看法产生了多方面的影响。一些右派对审判持高度批判的态度、充满愤恨和恼怒，决不肯对日本的侵略进行反省。岸信介在巢鸭监狱写下的日记中，将战犯审判描述成“闹剧”，并将他此后的政治生命都倾注到了清除审判的影响中。其他的右派分子对日本在世界面前被剥得精光感到非常耻辱，努力无视审判的存在，忘记这场审判，拒绝接受任何正面的政治和文化上的教训。前保守派总理大臣芦田均预言审判不会在国内激起巨大的反响。
共产党实际上是惟一积极要求追究战争责任并严惩被判定有罪的罪犯的。但是在学术界，信奉马克思主义的知识分子则倾向于不接受东京审判，因为它失去了一次加深日本民主化的机会，缺乏历史意义。他们指出，为了让国家首脑逃脱责任，法庭宪章都被修改，麦克阿瑟全面豁免了天皇和国家实业界、财界的领袖，破坏了司法程序。另外一些马克思主义历史学家也正确地指出，因为审判使导致战争的过程变成了“以极端军国主义者与稳健的政治指导者的对抗为中心的过程”，因此说东京审判助长了精英政治史观。然而，在学界之外，根据1948年8月的一份美国军事情报报告，大多数日本国民对被指控的国家领导人持“消极”态度，但还是认为他们在这种情况下受到了公正的审判。判决下达后，民众对审判的肯定反应，表现在对重建、改进和将日本变成一个真正的“和平国家”所投入的持续努力中。
关于这一点也许有人会说：如果这些被告因违抗天皇的“和平精神”在日本法庭受审的话，很让人怀疑他们能够受到同样公正的对待。这是通过在牧野伸显的文书中发现的、被认为可能是币原内阁时期的一份没有标明日期的文件——为审判和宣判死刑而制定的紧急敕令草案——推断出来的。
更为重要的是，东京审判绝不是一个简单的对抗性诉讼，使胜者直接与败者对立。帕尔的“胜者的审判”的激烈批判极端简单化，而且现在仍然存在这个问题，阻碍了人们理解东京审判的实况。实际上，东京审判是一个美日合作的政治审判。在审判的准备阶段，裕仁与身边的人就在幕后进行了参与，帮助选定将受到战争犯罪指控的人选，并对他们施加了影响。天皇的亲信寺崎和松平充当了草拟被告名单的IPS执行委员会成员的情报提供人。试图保护天皇和重臣的其他随从也是如此。宫廷高官和外务省官员指示巢鸭监狱的A级战犯嫌疑人该如何发言，同时，他们还培养了与基南及许多法律家的关系，其中既包括辩护方也包括检察方。
皇室成员，特别是高松亲王和宫廷内侍松平等人邀请美国律师参加鸡尾酒会、招待会和皇室的“猎鸭”活动，目的是为了赢得他们的欢心，培养合作者和获取情报。裕仁个人也为这种娱乐批准了增加宫廷开支。他的官员们积极配合审问，宣誓作证，因为他们希望将侵略责任推到一小撮军阀身上——同时给人留下天皇和国民完全是被欺骗了的印象。投降后不久就重新组织起来并得到扩展的宫廷集团，在美国关于第二次世界大战终结的官方见解中，成功地插入了虚伪的说明，遮掩了裕仁在延迟投降中所起的作用。这些被基南称作“和平的爱好者”的保守派精英，从某种程度上影响了起诉的过程、法庭程序甚至于最终判决。
东京审判成功地揭露了战争领袖们的谎言，和他们不愿意为在职期间的行为承担刑事责任的事实。它第一次在日本国内公开了暗杀张作霖，和关东军的阴谋导致了满洲事变的事实。审判还为在亚洲和太平洋许多地区发生的虐待杀害盟军俘虏及平民的事实提供了资料证明，其中包括“巴丹死亡行军”和横跨桂河的缅泰铁路等最著名的事件。有关南京大规模暴行的证据得到了承认，在审判松井石根大将时，正值新闻报道了南京战犯审判，其中谷寿夫和矶谷廉介陆军中将因1937－1938年在大屠杀中所扮演的角色而被判处死刑，这些都强化了日本国民对证据的认识。日本人在马尼拉对平民的杀戮也得到了详细的介绍，美国在那里的无差别炮轰也导致了大量死亡。另外，对女性囚犯和占领地区女性强奸的证据的提出，以及在国际战犯法庭对强奸罪的起诉，都为后来建立了积极的先例。
东京审判长期影响了日本的政治态度。许多日本人从被当做国策的战争中汲取教训，下定决心要日本永不再战，将自己投入到使民主主义理想和国际规范运作起来的工作当中。由于东京审判加强了公众对军国主义与战争的憎恨，因此也促进了人们对新宪法的接受。日本的和平运动引用东京审判的证据批判了日本帝国旧的价值体系。在CIE的要求下，日本的媒体连日报道了审判的进行情况，尽管受到占领军审查机关的监督，但是在关于日本走向战争的过程上，所报道的内容还是比一般日本人被引导相信的内容要精确得多。此外，检察方和辩护方所收集的大量的文件材料被保留，直至今天仍作为非常宝贵的历史资料被人们所利用着。
尽管如此，在当时和之后的某些日本及外国批判者眼中，东京审判存在着无法挽回的缺陷。法庭没有充分地保护国际刑事法规定的被告的权利。在起诉过程中，检察方把重点放在了共谋罪上——以欧洲的自然法传统和盎格鲁－萨克逊的习惯法为依据的这个法律概念，让大陆法的专家来说，这是一个不明确的、不熟悉的，从历史角度来看已经落后时代的法律概念。基南和麦克阿瑟遵从杜鲁门的政策，故意遗漏了一个在整个17年的所谓共谋期间(1928年1月1日到1945年9月2日)掌握着权力的人物，从而使日本的决策过程变得让人困惑不解。那个人就是天皇：只有他一个人能使共谋的意愿结合起来、发生效力，去发动一场非法的“侵略战争，一场违反国际法、条约、协定和誓约的战争”。
销毁证据和歪曲历史
此外，同盟国也犯下了战争罪行，但是却拒绝将纽伦堡原则应用到自身行为上去。在审判进行的31个月里，美苏之间的冷战逐步恶化也影响了审判的进行。在亚洲，西方的殖民主义仍然健在，这意味着东京审判使帝国主义和国际法之间难以解决的关系凸现出来，而这是纽伦堡审判没有涉及到的领域。没有来自于“荷属东印度”或前殖民地朝鲜的法官，这个事实就说明了问题。更有力的证明是法国和荷兰的动向，这两个国家试图恢复他们在东南亚的殖民统治。还有美国的动向也能说明问题，它在亚洲和太平洋地区的每个角落都有影响力。杜鲁门政权向正在与越南作战的法国提供经济援助。在中国，它认可了投降的日本军为蒋介石方面战斗，并为蒋的军队提供装备和军事顾问，在重新开始的与共产党的内战中援助蒋介石。在亚洲和太平洋不发达地区，美国领导人似乎在追随日本的先例，要给各个国家安排一个合适的位置，使其“各得其所”。
最终起诉书，与详细记述了被告所有被指控罪状的5份“附录”一起，于1946年4月29日，正式提交给法庭。起诉书明确指出了日本的毒品生产和销售问题，附录D的第九节指控日本在中国的毒气战违犯了国际法。检察方对毒品问题进行了追究，但是中止了对毒气使用的指控。
由基南指派负责调查“1937－1945年对中国的军事侵略”的法务官托马斯·H·莫罗上校，1946年3月来到中国，对毒气问题进行了调查。他4月16日给基南的报告引来了美国化学战部队(CWS)的秘密反击。CWS列出一大堆法律理论，主张日本在实施化学战时没有不法行为。CWS开发了世界上最先进的毒气兵工厂，而且在第二次世界大战中没有获得使用其新武器机会，因此它希望法庭不要对使用毒气作出有罪认定，特别是在他们相信与苏联的战争即将来临之际。直到今天也不清楚，是不是麦克阿瑟或某个美国陆军指挥系统身居高位的人下达决定，实际上中止了追究日本陆军使用化学武器的指控。不过，在开庭之后的两个月之内，这个问题就被搁置了下来。缺乏想像力的杜鲁门总统没有意识到问题的关键，罗斯福曾经谴责毒气为非法、残忍的战争手段，杜鲁门事实上认可了对罗斯福这一战时政策的推翻。染指化学战的日本军官们和不希望国际法束缚手脚的美国陆军领导人是最大的受益者。而同时，世界却失去了阻止化学武器扩散的机会。1946年8月12日，也许是因为这个问题，失望的莫罗上校辞职返回了美国。
麦克阿瑟和同盟国以国家利益为由对许多人免于了起诉，其中就有应对中国的细菌战承担责任的石井四郎军医中将和731部队的官兵。据估计，有3000到1万人在石井的生物试验所被杀害，多数为中国人俘虏，而这个事实却被东京审判所忽视。美国联合参谋总部和麦克阿瑟认为得到与杀人有关的实验数据比审判更重要。
许多日本人中挥之不去的“圣战”意识和旧价值观的延续，无疑缩短了战争犯罪被揭露后的反省时间。多数日本人认为，战争是一种自然现象，国家之间即使没有过错也可能发生，这种认识妨碍了他们对在中国发生的战争暴行的反省。在某些日本作家看来，个人主体性差、过度依赖他人观点的民族性也是造成这种倾向的原因之一。但是日本战争犯罪被如此之快地遗忘的主要原因与裕仁本人有关。除非裕仁为他在战争中所起的作用，特别是他没能而且也不想要求日本军队遵守比忠诚和功勋更重要的道德行为标准，而受到法庭审判，或被质询，否则，侵略战争的合法性——日本入侵亚洲太平洋各国是为了解放他们的信念——就不会彻底失去市场。毕竟，许多日本人在参加战争时都与天皇有着共犯的关系，全体国民都认为，既然天皇对战争不负有责任，他们也不应该承担什么责任。
日本国民开始极为认真地面对战争的负罪感，可是麦克阿瑟和杜鲁门不公正地分摊责任的早期决定，让木户和东条做了天皇的替罪羊，缩短了这种反省认识的时间。杜鲁门1947－1948年戏剧性的政策转变更是加速了这个过程。在被分割的德国也发生了同样的情况，由美国高级专员约翰·麦克洛伊执行的杜鲁门政策，通过重新定义非纳粹化计划的范围，使适用对象仅限于少数几个德国犯罪者，从而限制了计划的影响力。东京审判与并行的剥夺公职运动，没有解决日本关于战争责任的多方面的问题。从某种程度上，反而使问题变得更加棘手。
保护天皇和重塑天皇形象是复杂的政治任务，只有通过大肆夸张日本社会巨变造成的威胁、操纵证言、销毁证据和歪曲历史方能达成。不知裕仁是否因这种对正义的歪曲而感到过不快，是否将这些情况在他向皇祖皇宗的神灵禀告时提到过。我们可以确定的是，直到处决东条为止的整个审判期间，裕仁从没有忘记过自己更大的目标，那就是摆脱国内外要求他退位的压力，保留君主制并因此在日本人的政治生活中维持稳定的领域和正统性的原理。
再造神秘性
命天皇停止参拜靖国神社
冲绳口信
暗杀天皇的谣传
巡幸活动
和平运动
挺进到鸭绿江
学生举行和平集会
命天皇停止参拜靖国神社
占领进入第5个月，迎来了1946年新年，此时的日本国民似乎被扯成了两半。一方面，复员军人和失业平民源源不断地从亚洲大陆被遣返回来。数百万人无家可归，与之相伴的是，食物配给失控，各地黑市兴起。农民为谋求村镇政府的民主化，展开了政治斗争。土地改革尚未开始，但佃农和小自耕农已在表达对地主阶级——明治以来，战前天皇制的社会支柱——的不满。另一方面，早已明显存在的混乱和士气消沉开始为精神上的骚动和亢奋所替代。不只是左翼，就是许多平民也认为，战败和占领将很快带来根本的、彻底的改革。大规模制度变革似乎已经近在眼前。
1月13日，学习院教员、GHQ民间情报教育局非正式顾问的雷金纳得·布莱思写信给裕仁的侍从长藤田尚德。他认为食物配给制度很快就会崩溃，建议天皇对这个严重问题采取措施：
只有天皇有能力……为粮食不流入黑市得到适当的分配，提供一种感召力。天皇应该巡回日本，访问煤矿和农村，倾听人们的诉说，与他们谈话，向他们了解情况。归来后，他应当针对如食品囤积、现在正是需要与战时同样的牺牲精神等问题，发表一份声明。他应该以情动人，呼吁日本民众互相分享存粮。①裕仁为改善岌岌可危的现状开始了他的“巡幸”，这一举动得到了麦克阿瑟和GHQ公共关系顾问的积极支持，他们希望他表现出“真正关心国民”的姿态来。②最初与民众见面时，裕仁一方是窘迫至极，民众一方则是震惊和半信半疑。
3月26日，记者马克·盖恩在群马县高崎市一家治疗战争负伤者的医院见到了巡幸中的天皇。时值裕仁刚刚走下神坛，并希望推动这个过程的初始阶段，盖恩留下了这样一段令人印象深刻的描述：
