1941年7月，德国公共国防局局长赫尔曼·莱因纳克将军、战俘局的布罗伊尔、谍报局处长埃尔温·冯·拉豪森将军和代表德国中央保安局的盖世太保头子缨勒之间举行了会谈，根据希特勒指示的精神，这次会谈的结果是决定在东部发动战争。
1941年9月8日，这项决议上这么写道：“..布尔什维克士兵由此失去了按照日内瓦条约享受荣誉士兵待遇的任何权利。
..因此，对待有一点点反抗迹象的、特别是布尔什维克的煽动者，必须下令对他们采取无情而有力的措施。抗拒者、积极或消极的反抗者必须立即使用武器（刺刀、枪托和枪炮）予以全部消灭..
无论谁在执行下达的命令时，不使用或者不够有力地使用武器，谁就要受到惩罚。
对逃跑的战俘不必喊停即可开枪射击。对苏联战俘使用武器，通常被认为是合法的，绝对不许采用鸣枪警告的方式。”
那时在盖世太保内部成立了一个战俘特别科，又称第四队，由党卫队突击队中队长弗兰茨·柯尼希豪斯领导。 1943 年初，它同党卫队突击队大队长汉斯一赫尔穆特一沃尔夫的第四科合并。
这个科向战俘营中的盖世太保代表下达指示。实际上，在所有战俘集中营里，盖世太保和党卫队保安处的问谍大部分是用化名伪装自己的。根据缨勒的一项指示，明确地命令他们去追踪“所有政治犯和刑事犯，或由于其他任何一个原因而不受欢迎的分子。以及“所有可用来重建被占区的人士”，其目的是要消灭他们，或者对他们进行“特殊处理”。除此之外，问谍们应该在俘虏当中发现看来是“可以信任”的人，这样就能利用
从1940 年起，德国最高统帅部仿效纳粹党，采用政治方法杀人。 1940 年12月23日，卡纳里斯同三个谍报处的头日和远距离侦察处主任比尔克纳海军上将举行了会谈，并向他的伙伴们揭露了这一情况：凯特尔曾明确地命令他去干掉当时在北非的魏刚将军。凯特尔担心魏刚利用那里完整的法国军队建立一个抵抗中心。因此，慎重地命令凶手把他杀死。但是那时在谍报局内部已经形成了一个反希特勒的核心，而且卡纳里斯借口技术上的原因不能执行而回避了这项命令。
早在1941年11月22日，德国最高统帅部就作了规定，“..在任何情况下..逃跑的苏联战俘都必须交给秘密警察”。
与此同时，缨勒命令盖世太保分站在头目们把已经交给他们的囚犯安置到毛特豪森集中营里，井通知集中营的司令官，这是有关“子弹行动”的一次押送。这项命令犹似宣判死刑，它确实意味着，那些受这项“子弹”命令支配的军官和下级军官在到达毛特豪森后，一定会立即遭到颈部枪击而死去。
第二项“子弹”命令是对那些再次企图从劳动营里逃跑的民工采取同样的措施。
在这种情况下到达毛特豪森的俘虏被看作是“K 俘虏”；他们不必进行登记，也不编号。而是立即被带往集中营监狱。那里的人送他们进淋浴室，命令他们脱去衣服，借口说，要量量他们的身材，叫他们站到一架伪装的测量仪上，当滑板触及到头盖骨的一刹那，这架测量仪就会朝牺性者的颈部开
枪射击。如果“K 俘虏”一下子到达太多，则用淋浴室里的管子任意把水或毒气放进去，把他们毒杀在里面。
毛特豪森的集中营司令官也可使用自己的方法。1944 年9 月初，有四十七个英国、美国和荷兰的空军军官到达毛特豪森；他们的飞机在德国上空的一次空袭中被击落，他们是用降落伞跳下来的。十八个月以后，他们作为“K” 记号的人被押送到毛特豪林。集中营司令官没有立即处死他们，而是把他们送到毛特豪森的采石场里，许多被拘禁的人就是在那里被残酷地折磨死的。
采石场是一块巨大的盆地，有一条用八十块粗糙的岩石垒起的阶梯通往那里。这四十七个俘虏光着脚，只穿着衬衫和短裤，抱着或扛着二十五到三十公斤重的石头往上走，还时时不断地饱尝拳打脚踢的滋味，甚至被人丢石头。到了上面还没来得及放下重担，又要赶他们快点跑下去，强迫他们把更重的石头往上搬。第一天晚上，四十七个俘虏中就死了二十一个。第二天用老方法对待其余的人。第二天晚上只剩下一个人活着。
1944 年9 月，希姆莱也视察了毛特豪森集中营，暴徒用处死五十个苏联军官的“精采节目”向他作了表演这就是纳粹党人着重谈论的“士兵荣誉”。
这种大肆声张的做法引起了另外一起战俘事件：大批战俘从萨冈逃跑。
还有两项其它的任务重新由盖世太保承担。一项巨大而又不太引人注目的任务就是帮助德国战时经济不断需要的大量劳动力。从法国的一个交款数字就足以窥见纳粹警察在被占领国家中活动情况的一斑，为德国招募志愿工明显地遭到了失败。因此，只得转而采取征集工人的办法。盖世太保采取多种形式，从释放战俘转而成立强迫劳改处，这个处招募大批年轻人并送他们去德做工。甚至连征募劳动力的为首分子、行政长官蒂林根斯和“雇佣劳力的总代表”弗里茨·绍克尔也承认，五百万外国工人中只有二十万人是志愿者。多数人逃避征募，当许多男人收到应征入伍通知单时，就悄悄地投奔到游击队那一边去了。最后有八十六万五千九百五十二个法国工人被遣送到德国。如果把1942 年底在战争中所俘虏的一百零三万六千三百十九个法国人以及由于政治原因而被押送的人加在一起，那么当时就有二百多万法国人由于各种原因和各种关系成为纳粹的俘虏。
盖世太保的第二个新任务是建立一个不平常的、从事于所谓“医学试验”的组织。
拉舍尔是空军后备队司令部的医生，他是通过比他大十五岁的妻子尼尼才认识希姆菜的。1941 年初，当时已经加入普通党卫队的他奉命去参加空军行政区第七队（慕尼黑）的一个医学班。讲课时特别谈到了在高度飞行时的心理生理影响。1941 年5 月15 日，拉舍尔写信给希姆莱：
“..现在，我接到命令去慕尼黑空军行政区第七队参加医学选修班。在这次学习期间，研究飞行高度至为重要，不过十分遗憾的是，在我们这里还不能用活人进行试验，因为这种试验很危险，没有人自愿挺身而出，因此，我严肃地提出这个问题，是否有可以谨请提供两到三个惯犯进行这些试验？..显然，被试验的人员在进行试验时可能会死去，不过这些试验将在我的参加下进行。它们对研究飞行高度至关重要，但不要像以前那样，在猴子身上进行试验，因为猴子对试验的反应是与人完全不同的”。
这些披着人皮的畜牲所提出的要求，从字面上看似乎并不值得大惊小怪。战争初期所推行的、披着“科学”外衣的无痛致死术总算得到了发展，它能使医治不好的病人和精神病患者无痛苦地死去。早在1938 年10 月和11月就有一名叫扎梅斯施特兰的博士在一些人的身上，即在德国人的身上进行了首次试验，上级授权他利用萨克森豪森集中营里的德国囚犯进行那种冷冻试验如今这种试验在达豪业已恢复。
拉舍尔奉承希姆莱的“科学”狂的建议就这样被愉快地采纳了。于是希姆莱的秘书卡尔·勃兰特在1941 年5 月23 日回答拉舍尔说：
“..我可以通知你，为了研究高空飞行，希姆莱显然乐意提供囚犯。”
因此就在取之不尽的人鼠后备队的中心——达豪建立了一间负压室，拉舍尔开始了实验。实验的结果是骇人的。拉舍尔把拘禁在达豪的一位医生安东·帕霍勒格博士当作助手使用，据他说：
“我通过负压室的观察窗亲眼看到了一个俘虏忍受着真空的压力，直至他的肺部爆裂。有些试验会在头脑里引起一种压力，以致那些人为了减轻自己的的压力而出现神经错乱和头发脱落的现象。他们用手指和指甲在自己头上、脸部拼命抓，发狂地残害自己。他们用手和头去撞击墙壁，声嘶力竭地喊叫，设法减轻对鼓膜的压力。一般说来，到了完全真空的时候，被试验的人就会结束生命。完全真空的试验无疑会导致死亡。所以在多数情况下人们更多地是把负压室用作例行的枪决，而不是用它们来作试验。”
这些可怕的试验持续到1942 年5 月。大约有两百名囚犯被利用来进行这种试验，其中八十个人死在负压室里，其余入多多少少患有严重疾病。经过这些稀薄空气的试验以后，拉舍尔开始进行一系列的有关冷冻作用的新试验。新试验的目的是要为那些经常在北海上空被击落的、担任轰炸英国任务的飞行员找到最好的飞行服。他们中间有许多入本来可以在水上进行自救，但是当他们携带游泳工具泡在水里数小时后，就给冻死了。
拉舍尔让人在达豪安装特殊浴缸和冷却器，陆军和空军颇感兴趣地注视着他的工作。拉舍尔要求配备助手、在他接受来自因斯布鲁克的雅利希、基尔的霍尔兹洛纳和辛格尔三位教授之前，要求盖世太保对这三位医生进行仔细的调查，以证实他们“在政治上也是无可指摘的”。拉舍尔想得到对他的试验给予保守秘密的绝对保证。一般说来，他对这些试验的真正性质不抱任何幻想。冷冻试验从1942 年8 月继续到1943 年5 月。在试验干冷的作用时，不幸者整个裸着身子忍受着德国的寒冬腊月，当他们的体内温度下降到二十五度时，把失去知觉的试验囚徒拉进来，进行复苏、回温的试验。希姆莱坚持使用“肉欲的热量”，为此从拉文斯堡叫来四个妇女。她们把自己一丝不挂的身体压在一个不幸者的冰冷的身体上，设法使他苏醒过来。所有这一切都是多余的，因为对冻僵的人采取迅速加温的方法早在一八八○年就由俄国医生列帕钦斯基解决了，纳粹“研究者”对他的著作也许是一无所知吧。
“对象们”光着身子或者穿着飞行服装侵在冰水进行湿冷作用的试验。里面放上一只救生圈，以免他们淹死。帕霍勒格博土对这样一种试验也作了报道：
“在两名俄国军官身上进行的试验是达豪集中营进行的所有试验中最惨的一次。这两名军官从牢房里被带出来，禁止他们说话..拉舍尔叫他们脱去衣服，光着身子躺到浴缸里。两小时以后，他们还有知觉。我们请求拉舍尔给他们打一什，但是白费劲。到了第三个小时，其中一个俄国人对另外一个俄国人说：‘同志，请你同那个军官说，开枪把我们打死吧！’这个人回答道：‘你别想从这狗那里得到什么！’”
“一个年轻的波兰人用温和的语气把这些话翻译完毕之后，拉舍尔到他
的办公室里。那个波兰青年想用氯化物毒死他们，但拉舍尔又折了回来，用手枪威吓我们说：‘你们别管，不要接近他们。’当试验把他们折磨至死，至少持续了五个小时。尸体被运到慕尼黑进行解剖检验。”
集中营里被试验的人员是用之不尽的；在囚徒身上试用新药；在奥拉宁堡进行挨饿和口渴试验；在布痕瓦尔德进行人造荷尔蒙的试验；试验血浆用来治疗坏疽；试验药膏用来治疗磷火引起的烧伤。此外，还进行血液和血清学的试验，在达豪，人为地引起了蜂窝组织炎炎、溃疡、败血症。他们试验如何使用磺胺药，如何对骨头、神经和肌肉系统进行外科手术，用注射碳酸方法进行无痛致死术的试验，注射这种碳酸针以后，不到一秒钟就会置他人于死地；他们观察有毒子弹的作用（临床的描述是骇人听闻的）；研究一种把污染毒气的水进行解毒的方法；研究生物碱和未知的毒药；让囚徒服用毒药胶囊后进行试验，纳粹头目们在最后时刻就是服用这种胶囊自杀的。此外，还进行了有关化学毒气武器的试验。
有时候，希姆莱在给集中营间谍下达的命令中指定牺牲者，例如命令中规定，在奥斯威辛使用波兰的抵抗运动战士，以便对传染的黄疸病进行试验，或者为了进行拉舍尔的冷冻试验，在达豪使用俄国军官，因为他们具有抵御寒冷的能力。
此外，为了满足纳粹解剖研究所需要的人员，盖世太保进行了必要的“选择”。甚至把集中营也当作选择人员的储藏所。他们在这里所犯的、荒唐而可怕的罪行达到了无以复加的地步，可以与一个为满足自己病态的研究欲望，而进行疯狂杀人的学者所编导的某些恐怖电影相媲美。
大脑研究所从属于柏林威廉皇家学院的研究所，它的三个分所分别设在慕尼黑、格廷根和迪伦堡。大脑研究所由哈菜福尔登博士领导。
有一天，当哈勒福尔登博士得知可以用二氧化碳杀死病人时，他马上想到，这样做对他的工作有利。他找来了一些负责人，按自己获得的情报对他们说：“听着，朋友们，如果你们杀了所有这些人，那至少要把大脑保存起来，以备不时之需！他们问他：“你能检查多少人？”“数字不限，多多益善，”他回答。
在多数研究所里，医生的数目寥寥无几。因此，他们让男女看守来挑选该杀的病人，因为他们要么忙得昏头转向，要么压根儿不感兴趣。谁要是总感到疲倦，或者看守者认为，这是一种‘病例’，他就会被写到名单上，接着，被送迸死亡中心所。最糟的事情莫过于受人虐待。看守人员挑选使自己感到讨厌的人，然后把他们写到名单上去。
当时，这个研究所拥有的大脑超过其它研究所研究的数量，也许哈勒福尔登此刻在想，多亏纳粹主义才保证了他科学的前途。
第二种情况发生在1941 年，它表明了纳粹主义的教条也许在研究的领域上合乎逻辑。此时，他们不再像哈勒福尔登那样，满足于利用死者的尸体进行研究，而是完全为了把尸体用作研究材料才杀人的。并吞埃尔萨斯以后，纳粹党人占领了施特拉斯堡大学，并在医学院里安插了他的一位心腹、突击队大队长希尔特博士，他遵循纳粹准则在那里执教，当然他的固执的念头是种族问题，希尔特制定计划要在施特拉斯堡创立一间犹太人骷髅和头骨的收藏室，这间收藏室由于收藏丰富多采，因而是独一无二的。他写信给希姆莱，向他提出了下述这些要求：
“几乎所有种族和民族的头颅都已收集得完备无缺。不过提供给科学使用的犹太人的头颅则少得可怜，那是因为不太容易对它们进行加工。现在，东线的战争却给我们提供了消除这种缺陷的机会。犹太一布尔什维克的政委表现出一种令人厌恶的、但典型的低等人的性格，我们可以设法弄到他们的头颅，以获得一份具体的科学文献。”
这样双方达成协议，凡是犹太苏联政委今后都应活着交给军事警察，受他们监督，直到有一个特使到达时为止。然后由这个特使给他们拍照，对他们进行人体的测量，以及汇编有关他们职业和出身的所有资料，以便把他们杀掉并把他们的头颅保存起来送往施特拉斯堡。
“在根据档案材料处死犹太人之后，应把他们的头颅保护好，然后叫一个年轻医生或者医科大学生把头颅从躯干上肢解下来，用防腐剂把它放在特制的密封金属容器里送往指定地点。”
这项指示忠诚地被执行。施特拉斯堡大学从那时起就可以获得稀罕的“货物”。
诚然，这些头颅再也满足不了希尔特，他要求的是完整的骨架，是“犹太一布尔什维克政委”的骨架。奥斯威辛集中营得到命令，向希尔特提供一百五十副骨架。由于奥斯威辛集中营不能把骨架制成标本，而希尔特也不想对这些躯体进行测量，所以最简单的解决办法就是把活着的“对象”送到施特拉斯堡附近的纳茨魏勒集中营。 1943 年6 月由盖世太保在奥斯威辛集中营里挑选出来的一百五十个囚犯到达纳茨魏勒。8 月份又到达八十个。党卫队大队长雅衙布，克拉默尔过去在大多数的集中营里工作过，当上贝尔根一贝尔森的司令官之后得到了“贝尔森刽子手”的绰号。这次他接受杀死这些殉难者的任务。他用氰来毒死他们，这种方法无损于尸体，而且希尔特还可以把温暖的尸体放到解剖台上。对此他感到十分满意。
当美国和法国部队逼近施特拉斯堡时，希尔特收藏的解剖体已包罗万象了，纳粹党人心里感到有点害怕，因为施特拉斯堡大学地窖的冰箱里还藏着八十具尸体，弄不好会泄露秘密。希尔特请求给予指示。难道要他保存所有的收藏品吗？把它们部分销毁？还是全部销毁？此事看来只能从尸体身上割下肉来，以便使人认不出尸体的真面目并可以随便解说一下，这是法国人留下的尸体。密切注视着事态发展的遗传研究所主任西韦斯最后于10月26日向大家保证，收藏品已经分散了。可是这份报告是假的；希尔特的助手们并不能很快地解剖尸体，因而当盟军部队占领施特拉斯堡时，这些尸体还放在希尔特的“储藏室”里。法国第二装甲师的部队发现了它。希尔特本人早已溜之大吉，直到今天还是无影无踪。没有人知道他的命运究竟如何。他属于逃避调查，并在纽伦堡“医生案件”中除了他们同事之外，不受审判的纳粹党的少数实验者。
