9月，蒋介石第二次率军东征，直捣陈炯明的老巢惠州，使广东全境得到了统一和巩固。
这一系列的事件使蒋介石声誉倍增。1926年1月，国民党第二次全国代表大会在广州召开。蒋介石以“东征英雄”的身份，当选为中央执行委员，成为仅次于汪精卫的国民党领袖人物。
蒋介石知道在当时的形势下，没有什么口号比“革命”更高的了。为了谋取更高的权力，蒋介石此时伪装得比谁都革命，口号喊得比谁都响。但他内心里则是彻头彻尾的反苏反共，反对革命的。因此即使在他最最革命之际，也不曾放松打击革命势力。
早在第二次东征之时，蒋介石即召集连以上军政人员联席会，要求把所有在黄埔军校以及在军队的共产党员的名字都告诉他。事后，又个别找周恩来谈话，提出：为了保证黄埔军校的统一，共产党员或退出共产党，或者退出黄埔军校与国民党。这种无理要求当即遭到了周恩来的严词拒绝。
但蒋介石并没有放弃这种想法，他在等待着机会。
3．“只有科学办实业，才能救中国”
陈立夫说：“只有科学办实业，才能救中国。我这次回来，就是要投身到实业中去，做一名矿冶工程师，以自己所学报效国家。”蒋介石急电：“现在是需要你革命的时候，还开什么矿？要开矿，可开采革命之矿。”
陈立夫起初所走的路并不同于陈果夫。当陈果夫在上海搞投机生意时，陈立夫却就读于天津北洋大学，埋头于书本之中。
这时的陈立夫，已沉迷于科学救国的美梦。他以为要使中国摆脱帝国主义列强的侵略，要使中国富强起来，只有科学，只有多读书，多掌握知识，才能对国家有所贡献。
1923年，陈立夫以优异的成绩从北洋大学毕业。6年的大学生活，对陈立夫的性格改变很大，使他逐渐成熟起来。从前那个满脸稚气、活泼、好动的顽童不见了，陈立夫变得严肃。沉默寡言，城府很深，派头很大。
从北洋大学毕业之后，陈立夫还续继幻想着科学救国，遂又奋力拼搏，考入美国匹兹堡大学学习矿冶工程。
1923年秋天，上海码头。
陈果夫、陈立夫两兄弟久久仁立着，并没有说太多的话。离别在即，两人都有许多话要说，却又不知说什么好。
陈立夫觉得自己已经24岁了，书虽然读了不少，但却不能自己养活自己。这次出国留学，自己无能为力，只能仰仗年长9岁的哥哥陈果夫四处奔波，方才解决了留学费用。真不知该怎么谢谢哥哥才好。惟有在国外努力学习才能不负哥哥一片苦心。
陈果夫也是心情颇为不平静。自己在少年、青年也曾有过上大学，出国留洋的美梦．有几次都几乎成了现实，但毕竟自己没有真正实现过。这次能帮助弟弟出国留学，多少也弥补自己的一桩撼事。
“呜--”的一声．轮船的汽笛响了，在催促旅客赶快上船。
陈果夫简单地嘱咐了陈立夫几句，挥手向陈立夫道：“船要开了，你上去吧。”
陈立夫满怀深悄地看了哥哥几眼，说了句“哥哥多多保重！”就转身上了船。
望着陈立夫单薄的背影，陈果夫忽然有点动感情了。两人虽是亲兄弟，但陈果夫比陈立夫整整大了9岁，陈立夫对这个比自己年长许多的哥哥本来就有点敬畏。更何况两人在一起的时间并不多。陈立夫尚在私塾之时，陈果夫即已离家求学。后来陈立夫虽已到上海念中学，但陈果夫那时却正忙于商业上的事，陈立夫到天津上大学，而陈果夫却仍留在上海，两人天南地北，也并没有太多的思念和牵挂。但今天陈立夫要远离祖国，远离家乡，远离亲人去那遥远的国度学习的时候，陈果夫才忽然感觉到毕竟是血浓于水，毕竟是同胞兄弟。
就这样，陈立夫远渡重洋，去了美国。
在美国，攻读硕士学位并不是件难事。凭着他在国内所学的底子，陈立夫用不到一年的时间轻松地取得了匹兹堡大学矿冶学硕士学位。学成之后，陈立夫开始并不想立刻回国工作，他留恋于美国优越的生活条件和工作环境。因此尽管陈果夫一连好几封信催促他回国，但陈立夫仍是逗留美国实习矿冶工作。
1924年，正当陈果夫在上海为黄埔军校招生，采办各种军用物资的时候，陈立夫在美国匹兹堡大学读完硕士学位，他本想留在美国实习矿冶工作，可是，在蒋介石的授意下，陈果夫再次去信催促陈立夫归国。这一次陈立夫没有推辞，立刻收拾行装，启程返乡。
仍是上海码头。但这一次不再是上回那种依依惜别的别离情。船慢慢平稳地停靠在码头，当舷梯刚刚放好之时，陈立夫迫不及待地冲了下来。当西装革履、风流潇洒的陈立夫气派十足地出现在上海码头时，早已在码头等候多时的陈果夫也立刻迎上前去，张开双臂，紧紧拥抱着离别两载的弟弟。两兄弟见面，真有说不出的亲热。
在回陈果夫住宅的路上，陈果夫问陈立夫：“如今你既已归国，以后有什么打算呢？”
陈立夫没等陈果夫问完，即抢着回答说：“只有科学办实业，才能救中国。我这次回来，就是要投身到实业中去，做一名矿冶工程师，以自己所学报效国家。”
陈果夫听了，沉默不语。他以为，在目前的这种状况下，干技术工作是不能有所成就的。动乱的年代，决定了科学不能救国，实业不能救国。只有从政才能救国。他应当劝劝弟弟。但当他转头看到陈立夫那期待赞许的目光时，陈果夫不忍扫了他的兴，觉得劝陈立夫从政要慢慢来，不能急。于是连忙改口说：“你在国外是学矿冶的，搞搞实业也可以。”
很快，陈立夫便被中兴煤矿聘为工程师。陈立夫十分高兴，立即走马上任，专心致志地投入到煤矿公司的技术工作中，一心想在煤矿工程中干出一番事业来。
但是，陈立夫很快就感到失望，公司的研究条件与匹兹堡大学简直有天壤之别，在这里只能是英雄无用武之地。而陈果夫对弟弟所从事的实业工作也不感兴趣。他坚信，实业救不了中国，他希望弟弟投身政治。
正好蒋介石说南方政府急需各方面人才，要陈果夫在上海帮助物色。于是陈果夫写信告诉蒋介石弟弟已学成回国，希望蒋介石能劝说弟弟去南方工作。蒋介石接信后非常高兴，他现在正急需忠于自己的人才，以扩张个人势力。陈立夫是自己盟兄之侄，以前就已很熟悉。于是蒋介石直接给陈立夫去电，希望他速来广州供职。陈立夫接电后，实在是左右为难，一方面是因为蒋介石对自己颇为关心。自己当年也曾称他为“蒋三伯们”，当然不能一口回绝。另一方面，陈立夫对于自己所学的矿冶上程技术还是割舍不下。考虑再二，陈立夫发了一份措辞婉转的电报，谢绝了蒋介石。
但蒋介石并不死心，再次急电：
“现在是需要你革命的时候，还开什么矿？要开矿，可开采革命之矿。”
蒋介石的再次电召，使陈立夫不敢轻易回绝了。对于蒋介石对自己如此信任，很是感动，再加上在中兴煤矿工作也不能尽人意，而哥哥陈果夫也不断地来信劝其从政。陈立夫动摇了。
这年年底，陈立夫拿着陈果夫写给蒋介石的信，离开上海去广州投靠蒋介石。
此时蒋介石已身居要职。他是广东国民政府军事委员会的八名委员之一，同时又被任命为国民革命军第一军军长、黄埔陆军军官学校校长、广州市卫戍司令、长洲要塞司令等职大权在握，蒋介石日益加紧了对国民革命领导权的篡夺。他悉心培植自己的私人势力，把一切忠于他的奴才走卒都网罗在其周围，逐渐形成以他为中心的右派力量。陈立夫的到来，令蒋介石是喜出望外，他手下需要陈立夫这样出过洋的青年
在随便问了陈立夫一些国外留学的情况后，蒋介石问起了他到广州来有何打算。陈立夫回答蒋介石说：
“我没有学过军事，不能投身行伍，只是希望做点文职工作。”
蒋介石一口答应了他的请求，当即安排他为黄埔军校校长办公室机要秘书。跟随蒋介石的身边，参与机密事宜。
就这样，陈立夫也投靠了蒋介石，开采所谓“革命之矿”上了。
蒋介石在国民党人中的地位并不很高。孙中山先生对他虽是颇为器重。但也仅局限于军事而已，而在党、政方面，蒋介石却没有太多的发言权。对于这种局面，蒋介石是绝不能忍受的，他要改变这种局面。
1925年2月，蒋介石率黄埔军校学生组成的“校军”，东征陈炯明，取得了胜利。但他因与汪精卫、苏联顾问及中共矛盾不断激化而处于进退维谷之中。为了战胜对手，以窃取国民革命的最高权力，他决定重演以退为进的伎俩，想以辞职、出国相威胁，来达到自己的目的。
蒋介石同共产党的矛盾日益尖锐。如此下去，蒋介石所惨淡经营的黄埔军事力量，岂不是要真正成为工农的革命军事力量？这是蒋介石万万不能容忍的。他迫切感到应立即将共产党的力量从黄埔军校和部队中排挤出去。
蒋介石同苏联顾问发生了矛盾。苏联顾问认为要发动北伐，必须先发动群众，而蒋介石害怕的就是这一点。
蒋介石与汪精卫矛盾也日益激化。本来汪蒋二人是相互利用，但二人在达到各自的目的之后，便开始互相排斥。
蒋介石这时期和其它各军矛盾也尖锐起来。当时国民政府共有8个军，除去蒋介石的第一军和广西李宗仁新编的第七军，其余6个军长，没有一个军长买蒋介石的帐。如何争取或打击各军军长，确立自己在军界的领袖地位，使各军就范，也就成厂蒋介石的一块心病。
面对这种种矛盾，蒋介石感到进退维谷，惶惶不可终日。他殚精竭虑地思考着摆脱困境的办法。经过一番思考，蒋介石重施以退为进的惯用伎俩，欲以辞职、出洋相威胁。
1926年2月，国民党军事委员会任命蒋介石为“国民革命军总监”，蒋介石表示拒绝。随后又呈请辞去“军事委员会委员”及“广州卫戍司令”两职，要求赴俄疗养，以此来要挟汪精卫。
然而汪精卫也是个精于此道的老政客，他十分清楚蒋介石的用心。只是例行公事式地劝蒋介石“不宜辞职”，并不’坚决挽留。这使蒋介石陷入颇为尴尬的境地。经过再三考虑，蒋介石决定暂时离开广州。
蒋介石即命秘书陈立夫购买船票，准备乘日轮“庐山丸”离开广州，经汕头奔赴上海。
对于蒋介石的处境，陈立夫是早有所闻。对于蒋介石急于摆脱困境的焦急心清，陈立夫也深深理解。作为蒋介石的机要秘书，他也竭力想为蒋介石出谋划策。但他初到广州，对于当前形势认识不是很清，再加上当上秘书没有多久，不敢多说，又没有什么好主意，因此开始时，陈立夫也只能说些宽心的活来宽慰蒋介石。
然而当蒋介石要离开广州去上海避风头时，陈立人忍不住了。
4．怂蒋动杀机
3月的一天，几辆黑色小轿车自广州百子路蒋介石的东山寓所驶出，风驰电掣地开往码头，中间的一辆车上坐着蒋介石和秘书陈立夫。
蒋介石正襟危坐在车的后座上，两眼闭着也不知人想些什么。陈立夫几次想开口劝说蒋介石，但当他看到蒋介石那沉思的模样时，便又闭口不言了。
轿车在土路上奔驰了好一阵子。陈立夫抬手看了看表，估计差不多要到码头了。陈立夫心想再不劝阻，就没有时间了。便试探地问蒋介石道：
“不去上海，没有别的办法吗？”
蒋介石的沉思被打断了，抬头睁开眼看了看陈立夫，反问道：
“哦，你有什么想法呢？”
陈立夫见蒋介石并未责怪他，便一口气说开了。
“校长，我以为离开广州去上海不妥。为什么要避开呢？国民政府的8个军中，第一军有三个师，实力最强，掌握在校长手中。其他各军虽对校长有些怨言，但谅他们也不敢轻举妄动。更何况校长兼任广州卫戍司令，守卫广州的部队还掌握在手中，为什么要放弃呢？
“汪（精卫）主席虽然也想整整校长，但他有点书生气，胆子不够大。汪主席不是想用王懋功师长来推倒校长吗？可前些日子，校长以‘图谋不轨’的罪名，撤掉其师长职务，并将他押送上海，汪主席不也是无话可说吗？还有，苏联顾问也不可怕，那个季山嘉顾问不是不同意校长的北伐策略吗？可校长向汪精卫提出免去季山嘉总顾问的职务，季山嘉不也是表示愿意辞职吗？
“共产党人虽然唱高调，颇能煽动民心。但他们那个总书记陈独秀却很好对付。只要控制他，共产党就好应付了。”
“校长，你不要太心慈手软了。我们有兵为什么不干呢？为什么要成他人俎上之鱼肉呢？”
陈立夫的一番话，句句都点在了蒋介石的心坎上。是啊，蒋介石又何尝想离开广州呢？但是不离开广州，又该怎样动手呢？蒋介石又陷入了沉思之中。
陈立夫见蒋介石并无什么话要说，心中很有点不安，看来蒋介石并没有听从自己的劝阻。难道他真的下定了决心要离开广州吗？陈立夫也在思考着。
“嘎--”的一声，车停在了码头上。蒋介石的侍卫官从外面打开了车门，请蒋介石下车。谁知蒋介石仍坐着不动，侍卫官还不知怎么回事，一路沉默的蒋介石忽然开了腔，命令司机道：
“回去！”
陈立夫一听，心中立刻明白怎么回事了，忙让司机调转车头，原路返回。
蒋介石要动手了。
蒋介石返回后，立即找到其心腹王柏龄进行策划，并多次纠集党徒召开秘密会议，陈立夫作为机要秘书也参加了会议，通过了采取反共行动的决议。
为了替自己的反革命行动找借口，蒋介石指示手下四处造谣：
“共产党要暴动，推翻国民政府，组织工农政府。”
“汪精卫、王懋功都加入了共产党，共产党准备倒蒋，正在黄埔军校查帐，说蒋介石贪污。”
“有人要把蒋介石、陈立夫等劫往苏联，为他们二人前往苏联的护照都准备好了。”
“国民政府准备宣布共产，所有私人财产都要没收。”
诸如此类的谣言使得广州市民人心惶惶。
3月17日，陈立夫陪同蒋介石由黄埔乘汽艇到广州市东提八旗会馆--广州卫戍司令部，再次放出谣言：“共产党有阴谋。”随即又将其寓所迁至有坚固工事的广州造币厂。
准备完毕之后，蒋介石决定从“中山舰”动手。
原来中山舰舰长李之龙是共产党员。他在任海军局政治部主任期间，曾查处过蒋介石的盟兄弟、虎门要塞司令陈肇英走私的活动，颇伤蒋介石的面子。更何况，李之龙后又被提拔为海军局代理局长，不论从哪一方面来看，打击李之龙都有利于蒋介石的野心。
3用旧日，蒋介石指使其亲信、黄埔军校驻省办事处主任欧阳格传达他的命令：
“着即通知海军局速派得力兵舰二艘，开赴黄埔，听候差遣。”
李之龙接到命令后，遂用纸笺写了两张命令，分别交宝壁舰舰长、中山舰代理舰长，命令即将舰只开赴黄埔，听候蒋校长调遣。
19日上午，宝壁舰、中山舰先后抵达黄埔。当中山舰开到黄埔之时，蒋介石既大耍无赖，矢口否认，声称“并无调遣该舰之命令”，中山舰“无故移动”，是“不法行动”，“显示共党阴谋暴动”。
这天晚上，蒋介石又召开紧急会议，商量办法。陈立夫参加了这个秘密会议，极力鼓动蒋介石不要错失良机，应立即采取行动，对共产党实行突然袭击。有人怕舆论谴责，陈立夫立即驳斥，认为不必顾忌，在陈立夫的鼓动下，蒋介石再次痛下决心，“今日若无决心，岂能挽救本党？”
20日凌晨，蒋介石派人抓走仍在睡梦之中的李之龙。随后又调动大批军队和警察，断绝广州市内交通，实行戒严，扣留中山舰及其他海军舰只，包围苏联顾问的办事处及住所，监视苏联顾问。拘捕黄埔军校及第一军第二师中的共产党员40多人。同时蒋介石还密令何应钦将驻防潮汕的第一军中的共产党员全部逮捕，并取消第一军的党代表制度，汪精卫的住宅也被蒋介石派兵“保护”起来。
由于共产国际指示的错误，由于陈独秀的右倾思想，“中山舰事件”之后，蒋介石很快达到了自己的目的：国民党中央政治会议作出查办李之龙，季山嘉等苏联顾问回国，共产党员撤出第一军的决议。汪精卫也声称病了，赴外地求医。
中山舰事件，陈立夫自始至终都参与了此事，并在其中担任了极不光彩的角色。如果不是陈立夫劝说蒋介石不要离广州，断不会有之后的中山舰事件。周恩来后来指出：“张静江、陈立夫都于1926年1月2日回到广州，同蒋介石进行勾结，挑拨国共关系。这就是3月20日中山舰事变的原因，也是3月28日事变以前的政治形势。”
在这件事上陈立夫所表现出来的对蒋介石的忠心、对共产党极端仇视的心理和顽固的反共态度以及在复杂事变中的机警沉着和诡计多端，都深深获得了蒋介石的赞赏。为此蒋介石在日记中写道：“今日方知孤臣孽子操心之危，处境之苦，若非亲历其境者决非想象所能及其万一也。”北伐开始后，陈立夫被提拔为国民革命军总司令部秘书处秘书兼机要科长。他工作认真负责，凡是蒋介石签发的文件，他总是逐字逐句地从头到尾阅读一遍，然后交监印员盖上大印。他对下属科员管束甚严，每到一地，他总要召集部下训话，要求机要科员精心保管好印章，文件等物品，以免战乱中受损大。
陈立夫的工作作风和态度，令蒋介石刮目相看。不久，蒋介石让他主管整个秘书处的工作，成为蒋介石的贴身心腹。这为陈立夫日后飞黄腾达奠定了基础。
5．鲍罗廷“不识果夫真面目”
蒋介石极力吹捧苏联顾问鲍罗廷：“孙中山是国父，鲍罗廷是亚父”。国民党中央在广州召开政治会议，决定迁都武汉。蒋介石提议迁都南昌。为说服武汉方面同意迁都南昌，蒋介石亲自到武汉，有人问：“既然蒋总司令这样革命，为什么还违抗国民党中央迁都武汉的决定？”鲍罗廷对陈果夫没有看透，一度想将他拉入革命队伍，还想争取陈果夫反蒋。
蒋介石对苏联顾问公开表示不满始于1926年3月20日“中山舰事件”。1926年3月20日中山舰舰长李之龙被捕时，蒋介石同时派兵包围了苏联顾问和汪精卫的住宅，并下令拘捕第一军中的共产党员，取消第一军的党代表制度。蒋介石之所以如此行动，是因为他确信苏联顾问、汪精卫和共产党串通一气，要将他逐出广州。
蒋介石发动政变前共产党已发现了一些蒋介石的意图，1926年1月，周恩来和两广区委书记陈延年一起找鲍罗廷商量，打算将全部共产党员撤出蒋介石的第一军，联合其他非蒋系部队，与汪精卫联合成立国共合作的军队，以孤立和打击蒋介石。蒋介石对此当然不会不知道。所以他先下手为强，发动“中山舰事件”，既整肃了他的第一军，又将他的首要政敌汪精卫驱出广州。随后，为了获得苏联顾问和中国共产党的谅解，不立即导致国共分裂，以“此事起于仓猝，其处置非常，事前未及报告，专擅之罪诚不敢辞”为由，“自请从严处分，以示惩戒而肃纪律”。蒋介石对苏联顾问不满的首要原因是苏联顾问支持中国共产党。
在北伐的问题上，苏联顾问和蒋介石也产生了尖锐的分歧。广东国民政府统一两广后，蒋介石认为北伐时机已经成熟，应立即北伐。而苏联顾问认为应首先在北伐所经省份发动群众，然后北伐军再出兵北伐，北伐才有必胜的把握。而在这时，中国共产党也是反对立即北伐的，1927年6月7日，陈独秀在《向导》上发表了《论国民政府之北伐》一文，认为：“革命的北伐时期尚未成熟。……现在的实际问题，不是怎样北伐，乃是怎样防御，怎样的防御吴佩孚之南伐，防御反赤军势力之扰害广东，防御广东内部买办、土豪、官僚、右派响应反赤。”苏联顾问和中国共产党反对北伐的言论如出一辙，这更加深了蒋介石的疑虑。
在北伐进军作战计划上，苏联顾问也和蒋介石发生了分歧。苏联顾问认为，北伐军从广东、广西出发后，首先应攻取湖南、湖北；占领武汉后，向西北进军，与冯玉祥部国民军会师后，以西北为基地，进攻东南沿海。为此目的，苏联首席军事顾问加仑亲至冯玉祥部做联络指导工作。而蒋介石主张北伐军占领武汉后，沿江东下，先占领江南半壁，然后北伐。现在看来，苏联顾问的主张确实是站在苏联的立场上看问题的，苏联有用冯玉祥率制蒋介石的意图。而蒋介石主张先占江南，再行北伐也是想巩固并扩大自己的势力。
正当苏联顾问和蒋介石的矛盾已经初露端倪时，1926年2月，鲍罗廷“回国述职”，不久，加仑前往冯玉样部，在广州的季山嘉接任了苏联顾问团首席顾问的职位。
季山嘉既没有鲍罗廷那样灵活的政治手腕，也没有加仑那样高明的军事才能，因此他和蒋介石的第一次谈话，就因故弄玄虚和无端讽刺蒋介石，而把事情搞僵。季山嘉向蒋介石提出了两条建议：一是建议蒋介石由海路运兵到北方去支援冯玉祥的国民军；二是劝蒋介石到北方去帮助冯玉祥训练国民军士兵。季山嘉建议立即触怒了蒋介石，蒋介石斥之为“儿戏欺人之谈”和“根本打消北伐之毒计”。
季山嘉很快就把和蒋介石的关系搞得水火不相容，以致最后迫使蒋介石找上汪精卫“明告其如不准我辞职，就令季山嘉回俄”季山嘉只得表示愿意辞职。季山嘉的愚蠢直接导致了“中山舰事件”，蒋介石派兵包围苏顾问住所，使他和苏联顾问的矛盾公开化。
当“中山舰事件”发生时，苏共中央执行委员会委员、苏联红军总政治部主任布勒诺夫率领的“苏俄观察团”正在广州检查苏联顾问团的工作。布勒诺夫也认为季山嘉是个混蛋，苏联顾问团举止失当，他因此指示顾问团在任何情况下都不应越轨，不应承担直接领导军队的责任，不得有过火行为，而应该“通过对国民党左派的工作，直接增强国民党本身”。可以说，布勒诺夫在处理“中山舰事件”上做了重大让步。
3月22日，布勒诺夫派人问蒋介石他发动“中山舰事件”是针对个别人还是针对苏联，蒋介石声称“对人不对俄”，并表示愿意同苏联继续合作，希望鲍罗廷速回广州。3月24日，布勒诺夫率观察团回国，被蒋介石驱逐的季山嘉也跟随同行。这样，蒋介石和苏联顾问团的紧张关系便由于布勒诺夫的退让和季山嘉的被逐而暂告缓和。
在对待中共问题上，苏联顾问和蒋介石的矛盾，无论如何是难以弥合的。在鲍罗廷1926年4月29日回到广州后不久，在“整理党务”问题L鲍罗廷便和蒋介石发生了冲突。由于1926年3月15日共产国际第六次执委会闭幕，该会把国民党接纳为同情党，把蒋介石列为共产国际主席团名誉委员和布勒诺夫对“中山舰事件”的处理，鲍罗廷对蒋介石“整理党务”采取了妥协的态度。企图暂取妥协态度，逐渐使国民党向“工农政党转变”。
蒋介石也做了妥协，他向鲍罗廷保证继续实行孙中山的联俄，联共，扶助农工三大政策，声称：“俄国力量，直接间接帮助我们，故要革命成功，须联苏俄共同打倒帝国主义。”对于共产国际，他说：‘’应该和第三国际联络，而且还承认它是在指导的地位。”
对于鲍罗廷本人，蒋介石也极力加以吹捧。他说，“孙中山是国父，”“鲍罗廷是亚父。”中国的政治、军事都要听鲍罗廷的指挥。
1926年7月，加仑返回广州，重任军事总顾问，他建议立即开始北伐，先进攻湖南、湖北，再进攻江西，占领江南，然后再视形势发展，向北进攻。他的这一作战计划符合蒋介石的意图，加上大敌当前，所以在以后的一段时间里，蒋介石和苏联顾问未再发生激烈的冲突。但是，冲突的根源并没有去掉，暂时的平静是在酝酿更大的冲突。
1926年10月10日，北伐军占领武昌，吴佩孚被打垮。11月8日，占领南昌，孙传芳部主力被消灭。大敌一去，国共统一战线内的矛盾立即显露出来。苏联顾问和蒋介石的矛盾首先表现在迁都问题上。
1926年11月26日，国民党中央在广州召开政治会议，决定迁都武汉。随后，在广州的国民党中央委员和国民政府委员分两批北迁。12月2日，首批北迁的陈友仁、吴玉章、徐谦。宋庆龄、王法勤和苏联顾问鲍罗廷等人抵南昌。12月7日在庐山举行中央会议，在会上，蒋介石提议迁都南昌。他的建议未被接受，其他人继续前往武汉，并于12月13日组成“中国国民党中央执行委员会及国民政府委员会临时联席会议”。主要组成人员有宋庆龄、徐谦、陈友仁、孙科、宋子文、邓演达、吴玉章、唐生智、于树德、詹大悲、王法勤、张发奎、柏文蔚、蒋作宾等。
武汉政府政治上的灵魂人物是鲍罗廷，主要组成人员像邓演达、陈友仁、徐谦等都属国民党左派，掌握军权的唐生智。张发奎也非蒋介石所能控制，尤其张发奎部，在国民革命军各军中共产党员最多，张发奎在政治上当时支持汪精卫。蒋介石的支持者当时主要在江西，要他离开江西，前往新都武汉，这意味着脱离自己的势力所在，受别人的控制。所以从1926年12月初开始，他便以种种名义，要求迁都南昌。1926年12月底，从广州出发的第二批国民党中央委员和国府委员到达南昌，蒋介石将这批人留在了南昌，并召开了一个国民党中央政治会议第三次临时会议，决定“中央党部与国府暂驻南昌”。第二批到达南昌的国民党中央委员和国府委员在国民党大员中资格大多比较老，职位也比较高，如张静江是中央政治会议浙江政治分会主席、谭延铠是国民政府代主席。
迁都之争马上引起了在武汉的国民党中央执行委员和蒋介石间的争吵。1927年1月1日，武汉方面宣布国民党中央及国民政府已迁都武昌，并于3日举行迁都和北伐胜利庆祝大会。同一天，蒋介石致电武昌，声称根据南昌国民党中央政治会议决定，以及北伐政治军事需要，国民政府暂设南昌。武汉方面复电表示反对。
为说服武汉方面同意迁都南昌，1927年1月9日，蒋介石亲赴武汉说服。因为蒋介石是攻占武汉后第一次来武昌，武汉各界举行了有30万人参加的盛大的欢迎会，蒋介石在会上发表了演说。当蒋介石演说正在兴头上的时候，有人当场站起责问蒋介石：
“既然蒋总司令这样革命，为什么还违抗国民党中央迁都武汉的决定？为什么无理扣留国民党中央委员？”
这样让蒋介石下不来台，蒋介石当然得理解为有人指使。何况苏联顾问鲍罗廷接着讲话，声称革命要依靠人民，发扬民主，反对个人独裁，要求提高党权，简直是不给蒋介石面子了。
蒋介石刚到武汉时，鲍罗廷当面对他说：
“蒋介石同志，我们三年以来，共事在患难之中，所做的事情，你应该晓得，如果有压迫农工，反对C·P的这种事情，我们无论如何要想法子打倒他的。”
蒋介石回到南昌以后，虽然表面上承认武汉为迁都之地，拥护迁都武汉，但他和鲍罗廷的矛盾却急剧恶化。他又拿出对付季山嘉的手段，在回到南昌以后，于1月19日给武汉联席会议主席徐谦打电报，声称鲍罗廷当众侮辱了他，要求撤去鲍罗廷的总顾问职务。为了进一步为最后和苏联摊牌做准备，蒋介石开始攻击苏联，他在南昌总部第13次总理纪念周上说：
“无论哪一国，如其放弃帝国主义政策，能以平等待我中国的时候，那么我们对他们，如同对苏俄一个样子。……着苏俄一旦不以平等待我，像别的帝国主义一样压迫我们的时候，我们也像反对帝国主义一样反对他们。”
1927年“四·一二”反革命政变后，宁粤尖锐对立。在和武汉的对骂中，蒋介石把鲍罗廷看为罪魁祸首。他说：
“现在汉口有一班叛党的党员，勾结共产党，情愿受鲍罗廷的支配，假冒我们国民党的招牌，来骗一般的民众，来破坏国民革命，想把我们国民党的党权政权统统落在他们的手里。”
1927年4月18日，南京国民党政府成立，由胡汉民出任主席。第二天，胡汉民下令通缉共产党和跨党分子，共197人，第一人赫然是苏联顾问鲍罗廷，第二是中共总书记陈独秀。
鲍罗廷对蒋介石的反共反苏的真面目认识是比较早的，所以对他采取了孤立和斗争的政策。陈果夫由于经常不动声色，鲍罗廷对他的认识就比较少了，以至于一度还想将他拉人革命队伍，据陈果夫回忆说，1926年11月国民党中央委员及各省市海外党部代表联席会议闭幕后，“鲍罗廷第二天下午就约我到他那里去谈话。他问我是否英士先生之侄，他说俄国人对英土先生很尊敬，他个人尤其敬佩。接着要我说一点有关英士先生的革命历史。我很明白他想笼络我，才说了这些假话，但我不去管他，把英士先生的事略说了一遍，特别指出英士先生怎样的扶助弱小民族，怎样的爱护同志，怎样的化敌为友。因为鲍罗廷曾在政治会议上讽刺我国真正革命党人太少，藉此拿英士先生的伟大人格和事业作一答复。又说了些英士先生幼年的故事，他的牺牲和服务精神，自幼就能充分表现出来。也见得中国人美德之一斑。最后，鲍罗廷问我英士先生的事略有无出版品，我说有的，他问是谁所作，我说是邵元冲。他说邵元冲的东西可靠吗？我说可靠，书中材料大半是由我供给的。谈话之间，他的神气渐不自然。我自己也觉得有语病。第二天开会，我带了一本邵元冲编的《陈英士先生革命小史》送给鲍罗廷，鲍罗廷没有看，临走也没有带回去。隔了几天，共党开始攻击我，加我以‘新右派’的名义。而组织部也被认为是共党的敌体。再过几天，广州工人代表大会已贴出去打倒陈果夫的标语。”
鲍罗廷要争取陈果夫，显然是不知道陈果夫的历史渊源。以陈果夫和蒋介石的关系，想争取陈果夫反蒋，是不大可能的。在上述陈果夫的回亿中，他对鲍罗廷说的“俄国人对英士先生很尊敬，他个人尤其敬佩”表示不信，认为鲍罗廷是在撒谎。
6．尴尬人遭遇武汉
在迁都南昌还是迁都武汉问题上，陈果夫是坚决站在蒋介石一边的。陈果夫受到武汉方面的激烈攻击，被迫于1927年2月10日辞去国民党中央组织部长职务，改任中央政治设计局筹备员。3月10日下午，国民党中央二届三中全会在汉口开幕，陈果夫自称身体有病，拒绝参加。
1926年7月4日，国民党中央执行委员会发表《为国民革命军出师宣言》，宣布“帝国主义者及卖国军阀实为和平统一障碍，为革命势力之仇敌”，准备北伐。
7月9日，民国革命军在广州市东校场举行了盛大的北伐誓师大会。
北伐正式开始了。
在共产党、苏联的帮助下，在广州人民的支持下，国民革命军势如破竹，用不到半年的时间陆续攻占了长沙、武汉、南昌、南京，革命势力席卷大半个中国。
北伐开始后，陈果夫留在广州继续从事党务工作。他对下属科员要求严格、管束严厉，监印员姜辅成因受不了军事约束，便以女儿要出嫁为由，向陈立夫提出辞职，陈立夫不予同意，并慷慨陈词，要姜辅成献身革命大事，合其家庭小事，还许愿说：“我们不久就可以打下南京，到时你请假回去，不耽误你女儿的喜期”。以后，姜辅成再不敢提辞职的事了。
陈立夫的工作态度和作风，令蒋介石刮目相看。不久，蒋介石就让他代替前任秘书长邵力子，主管整个秘书处的工作，整日不离蒋介石的左右。
北伐的胜利使得身为国民革命军总司令的蒋介石如日中天。但军事方面的胜利却掩盖不了蒋介石在党内事务上的失利。
1926年10月15日，国民党中央执监委员会暨各省和海外党部联席会在广州召开。在这次大会之前，国民党左派、中国共产党、国民党右派为了各自的利益都加紧了活动。在苏联代表鲍罗廷和国民党左派的支持下，出席会议的各省代表中，共产党员占了多数。海外方面，共产党利用掌握海外部的优势，进行了大量的宣传，也取得了积极的成果。而以蒋介石为首的国民党新右派却没有捞到预料的名额。这使得陈果夫对此非常不满。以致以后他还愤愤不平地指责：
“有些地方本来推定在国内的同志为代表，海外部故意把电报译错了几个字，或把电报搁置不发表，使之无法出席。例如，加拿大推曾养南为代表，海外部的共党分子就故意译错了字，幸而审查资格时给我们发觉了。”
在这次大会上，有人提议迎接汪精卫复职和修改国民革命军总司令部组织法，以防止总司令权力过大。
蒋介石远在广州之外主持北伐，无暇关照广州。遂一面发电给大会，摆出谦顺的姿态，说他远在前方，不能出席大会“躬领教诲”，但此次大会：“为本党根本大计之所在，尚祈请诸同志戮力共济，肩兹重任”，另一方面，他又催促张静江。陈果夫加紧在会上活动。
10月18日，大会严厉批评国民党的右派人物张静江，张静江既是蒋介石的盟兄弟，又在辛亥革命之后与陈果夫有来往，在陈果夫主持国民党中央组织部以后，张静江也一直是陈果夫的后台老板。张静江被指责，陈果夫非常不满。张静江由于腿部患有重疾，行走不便，不能上台自辩，于是陈果夫便替他上台说明。
原来中山大学有一姓沈的学生组织了一个专门反共的组织，叫做“司的派”。但不久，沈某的这一组织便被发现了，案件由张静江负责处理。张静江本也反共，自然大事化小，小事化了，包庇沈某过了关。而沈某过了关之后，反共活动更为猖狂。因而在广州的共产党人便指责张静江处理沈某“司的派”反对共产党一案过于宽大，严为失当。而张静江则认为沈某以国民党同志地位去反对共产党，案件并不严重。在这一次大会上，共产党再次提出这个问题，要求张静江给予明确答复，陈果夫于是上台替张静江代为说明。但陈果夫说完之后，共产党方面仍不满意。在共产党的一再责问下，陈果夫临时想到共产党引以为证据的种种事情，都是在张静江主持的监委会处分沈某以后才发生的，就用轻松的口气答复说：“监察委员不是神仙，所以对于沈某以警告处分时，又谁能预料未来之事必将发生呢？”暗示沈某的主要行动是发生在张静江处理沈某之后，不能将处理后发生的事和处理前发生的事混为一谈。陈果夫的答复使共产党人意识到自己在逻辑上犯的错误，对张静江也不再指责，最后由大会决议，开除沈某党籍，作为此案的结束。
这件事，也算陈果夫为国民党右派挽回了一个面子。然而毕竟是大败中的小胜，蒋介石自然不满意。经过深思熟虑，蒋介石决定利用军事上的胜利来挽回党务上的颓势。
当北伐军攻克武昌、南昌，占领长江流域的广大地区以后，国民政府和国民党中央从中国南端迁到内地中心地区已成为形势发展的必要。1926年11月19日，蒋介石致电代理国民党中执委主席的张静江、国民政府代主席谭延铠：
“中央如不速迁武昌，非特政治党务不能发展，即新得革命根据地，亦必难巩固。”
11月26日，国民党中央召开政治会议，决定迁都武汉。
一些党政要员纷纷北上。陈果夫此时肺病又发，咯血不止，便请假去上海治病。但到了12月，蒋介石却忽然改变了迁都武汉的主张，提议迁都南昌，理由是为“政治与军事发展便利起见”。蒋介石强调政治应与军事配合，党政中央应与北伐军总司令部在一起。实际上是蒋介石感到两湖地区工农运动日益高涨，如果国民政府迁都武汉，政权被国民党左派和共产党人掌握，他要搞反革命阴谋就比较困难了。
11日，谭延阎率领国民党中央党部北上自广州向韶关出发。12月31日，蒋介石把张静江、谭延rN接到了南昌，同时他又扣留了途经南昌准备去武汉的几位国民党中央委员和国民政府委员。而在这之前，陈果夫也抱病赶到了南昌。
这年除夕，蒋介石设宴款待张静江、谭延阎及各委员。宴会上，蒋介石得意忘形地说道：“今天各位从广东来到南昌，我们心里的快活，几乎是不能形容的。”
1927年1月3日，蒋介石以迅雷不及掩耳的手法，在南昌召开了中央政治会议第六次临时会议，非法决定：“中央党部与国民政府暂驻南昌。”
这样蒋介石通过北伐掌握了国民革命军的大多数，又假借中央的名义在南昌成立了政府，造成他在南昌发号施令压制武汉中央政府的局面，实行他以军治政，以军治党的军事独裁政治。
在迁都南昌还是迁都武汉的问题上，陈果夫是坚决站在蒋介石的这一方的。但陈果夫虽然站在蒋介石这一方，主张却和蒋介石有所不同，他认为南昌地理位置虽然较为中心，但经济并不发达，政治上也难以号召国人，将来要发动政变应选在经济发达的上海，为将来在上海发动政变做准备。
陈果夫在南昌的日子，主要就忙于这件事。他密电上海，要陈布雷、潘公展、虞治卿一起秘密到南昌会见蒋介石，会商北伐军占领上海后的有关党政和涉外事宜的部署，计议策划反共清党。随后潘公展、陈布雷又被陈果夫派往上海，为反共制造舆论。这一切陈果夫都是在极为秘密的情况下进行的，很少有局外人知道这些事。
尽管陈果夫度过了和共产党斗争的难关，但由于国民党内部斗争的激烈，把他也逐渐卷了进去。1927年8月，桂系李宗仁、白崇禧联合蒋介石的嫡系何应钦，逼迫蒋介石下台，蒋介石被迫下野。而在此之前，陈果夫受到武汉方面激烈攻击，被迫于1927年2月10日辞去国民党中央组织部长，改任有名无实的中央政治设计局筹备员、政治会议上海分会委员。组织部长由汪精卫派的干将之一陈公博担任。
当陈果夫辞去国民党中央组织部长时，正值宁汉争斗激烈的时刻。武汉方面，一再要求蒋介石和北伐已经到南昌的国民党各大员前往武汉，将武汉定为新都。而在南昌的蒋介石认为，武汉是唐生智的势力范围，自己亲往武汉，不啻自投罗网，甘受唐生智的控制。而定都武汉又是国民党中央执行委员会在1926年底做出的决议，蒋介石不便公开反对。于是，他想出种种理由，加以拖延搪塞。这时正值春节，蒋介石便以过年为名，和到达南昌的国民党元老张静江、谭延阎、戴季陶等人上庐山过年，以避风头。
武汉方面，除了派邓演达和一班国民党元老前往南昌促驾外，采取了一切可能的政治措施，迫使蒋介石就范。
