应急反应部门的准备措施
在“9·11”那天，最先作出反应的主要是以下4个部门：纽约市消防局、纽约市警察局、港务局警察署、市长紧急事务管理办公室。
港务局警察署2001年9月11日，纽约和新泽西港务局警察署由1，331名警官组成，他们中的大部分都接受过灭火方法以及执行法律的训练。港务局警察署由一名署长领导。港务局的9处设施包括世贸中心，都分别设有一个独立的警察署指挥部。
港务局大部分警察署指挥部使用一种超高频的无线电。尽管所有的无线电都能使用不止一个频道，但是港务局警察署的大部分警察只使用一个当地频道。这个地方频道覆盖范围较小，只能在该指挥部的附近地区工作。港务局警察署也有一个覆盖其全部管辖区域的频道，但是并不是所有的指挥部都能使用它。
9月11日前，港务局没有一套标准的操作程序，来规制不同指挥部的警察在世贸中心的大型突发事件中如何作出反应并进而采取适当措施。具体来说，在“9·11”这样的突发事件中，并没有一套关于不同的指挥部应当怎样通过无线电系统相互交流的标准操作程序。
纽约市警察局拥有4万名警察的纽约市警察局由一名警察局长领导，该局长的主要职责并不是负责具体的行动，但是他拥有指挥具体行动的权力。纽约市警察局的大部分具体行动都由该局的警长负责。遇到重大紧急事件时，特别行动部门将扮演关键角色。这个部门包括航空队，其主要提供直升飞机用于搜查和搜救；紧急事件服务队，其主要执行需要专业技能的搜救任务。纽约市警察局拥有具体而详细的标准操作程序，根据紧急事件的规模调遣警察进行处理。
纽约市警察局辖区分成35个不同的无线电区，每个无线电区都分配有一个中心无线电发送器。而且，该局还有几个用于全市行动的无线电频道。警官们人手一个能收到20个或者更多频道的手提无线电通讯工具，因而能在其辖区以外对事件作出反应。紧急事件服务队的成员也有这样的通讯工具，但是他们在执行任务时将使用独立的定点对讲机频道，这种频道不受中心无线电服务器的指挥。
纽约市警察局还管理着本市的911报警电话系统。该系统的大约1200名话务员、无线电派送员和管理人员，他们都是纽约市警察局的平民百姓雇员。都接受过处理紧急事件的基本知识的训练。当收到关于大火的911报警时，他们则将其传送给纽约市消防局调度处。
纽约市消防局拥有11,000名成员的纽约市消防局由一名局长领导，该局长不像警察局长，他没有采取具体行动的权力。具体行动由该局惟一的一名五星级消防队长负责。
纽约市消防局根据地理区域划分为9个独立的分队，每个分队又进一步分为4到7个支队，每个支队包含3到4个灭火班和2到4个云梯班。纽约市消防局总共有205个灭火班和133个云梯班。执行任务的云梯班有一个班长或副班长和5名消防队员组成；执行任务的灭火班有一个班长或副班长和正常情况下4名消防队员组成。云梯班的主要任务是执行救援任务，灭火班则集中精力灭火。
纽约市消防局的特别行动指挥部由有限的几个部分组成，这几个部分对恐怖袭击或其他重大事件采取反应措施至关重要。该局的5个搜救班和7个巡逻班执行非常专业和高度危险的救援任务。
执行消防任务时的后勤保障工作是由消防行动调度处负责的，它在纽约市的5个行政区都设有一个中心。所有关于大火的911报警电话都被转到纽约市消防局调度处。
9月11日前，纽约市消防局负责救火的班组和消防官兵使用的是6个频道的模拟定点无线通讯系统。特别是，各个消防班组使用同一个短波频道，现场指挥官操纵并使用这一短波频道与消防队员交流。因为这些定点无线通讯系统信号较弱，消防队员之间的交流局限在很近的范围内才能听到，指挥官们在指挥救火时还使用一个独立的指挥频道。另外，纽约市消防局在五个行政区都设立了一个调度指挥频道，这些频道不是定点频道因而能够覆盖整个纽约市。
纽约市消防局的无线电通讯系统在1993年世贸中心爆炸案中表现不佳，这主要有以下两个原因：第一，无线电信号常常不能成功穿透数层的钢筋混凝土楼板，使得各班组联系不上；第二，这么多的消防班组试图使用同一个定点频道导致通讯系统失灵。
为了大大提高纽约市消防局在双塔的高空环境里的无线通讯能力，港务局于1994年自费安装了一套扩音器系统。港务局建议让这套扩音系统全天24小时工作，而纽约市消防局却要求仅仅在确实需要时才打开扩音器，因为（扩音器系统运行时）会干扰消防局在曼哈顿南区的其他行动。这套扩音器系统安装在位于世贸中心5号楼的港务局警察办公室里，当纽约市消防局对世贸中心建筑群采取行动要求启用扩音器系统时，由港务局警察将之投入使用。然而，2000年春天，纽约市消防局要求把扩音器的启动控制仪表盘放在每个塔楼门厅的消防安全办公室里，以便消防人员完全控制该启动系统。港务局同意了。
从1998~2000年期间，纽约市火灾死亡人数少于自1946年开始精确统计以来的任何一个3年期。消防队员死亡人数（在20世纪90年代共计22人）与该局历史上最平静时期相比也是较少的。
紧急事务管理办公室和跨机构的准备措施1996年，鲁道夫·朱利安尼市长创设了市长紧急事务管理办公室，该办公室有3个基本职能：第一，其警备指挥部负责管理本市的重要的通讯频道——包括纽约市消防局调度处和纽约市警察局以及其他单位的无线电频率和其他数据库；第二，是通过计划和实施包括城市多部门，尤其是消防局和警察局的演习和训练，提高本市对于重大事件包括恐怖袭击的反应能力；第三，在处理对于重大事件的整体紧急反应中，紧急事务管理办公室发挥着关键作用。紧急事务管理办公室的应急反应中心被启动之后，相关部门指定的联络人和市长及其高级助手都将集中在这里。另外，一位该办公室的现场指挥官将会被派到现场以确保作出的反应相互协调。
世贸中心无线电扩音系统，由马尔寇·克鲁皮绘制紧急事务管理办公室的总部位于世贸中心7号楼。有人对此提出质疑，这位置不仅距离恐怖分子先前袭击的目标太近，而且位于大楼的23层（一旦电梯坏了很难爬上去），该办公室没有一个备用的地方。
2001年7月，朱利安尼市长修订了一份命令《关于纽约市紧急事件的指导和控制》,目的是“消除相关机构之间由于专业技能和责任的部分重叠而潜在的冲突”。这份命令针对不同类型的紧急事件指定一个合适的机构作为“紧急事件指挥官”，以寻求完成这个目标。该指挥官将“负责管理纽约市对于紧急事件的所有应对措施”。而市长紧急事务管理办公室则“被指定为现场跨机构协调者”。
不管怎么说，纽约市消防局和纽约市警察局都认为自己是自发采取行动的。在9月11日前，他们并没有准备针对重大突发事件进行全面的合作。市长紧急事务管理办公室也没有解决这个问题。
