紧急反应者所应对的挑战
紧急事件指挥部面临的挑战。正像上文所述，2001年7月，朱利安尼市长修改了一个被命名为“纽约市紧急事件指导和控制”的命令。该命令针对紧急事件的不同性质指定一个相应机构担任“紧急事件总指挥”，它将“负责城市如何对紧急事件作出反应的管理”。该命令还规定“如果紧急事件涉及如此多机构以至于没有一家机构立即站出来担任紧急事件总指挥，市长紧急事务管理办公室将根据形势需要指派一家机构充当紧急事件总指挥”。
在某种程度上，市长关于紧急事件指挥的命令在9月11日被遵照执行了。很明显，应该对此作出紧急反应的机构主要是纽约市消防局，由其他相关的地方、联邦、跨州和州的机构给消防局提供支持。有一个心照不宣的做法是纽约市消防局工作人员主要负责疏散那些双塔一层以上的平民百姓（协助他们下楼），而警察局和港务局警察署的工作人员主要负责疏散那些已经到达一层的平民百姓，引导他们离开世贸中心建筑群。警察局通过封锁通往世贸中心的紧急通道（仅供救援单位的车辆通行），大大地帮助了消防局有关的救援单位。
而且，指挥系统的高级负责人也相互配合。例如，市长和警察局长在大约9：20与消防局长进行了协商。在具体实施救援工作的各单位之间也有合作的例子，信息也做到了随时共享。例如，一个警察局的紧急搜救队把他们撤退命令的消息告诉了北塔楼的消防队员。
但是，很明显，救援行动缺乏命令中所规定的统一的指挥和通讯系统。这些问题在各救援单位内部和他们之间都存在。
紧急反应机构内部的指挥和控制对于一个统一的紧急事件管理系统来说，每一个参加者都必须指挥和控制好自己的下属单位，并且在内部进行充分的沟通。但是在9月11日，世贸中心的情况并非如此。
在处理世贸中心被袭击这样大规模的紧急事件中，缺乏经验是可以理解的，纽约市消防局作为一个机构没有能力协调这么多被派往16英亩大的建筑群的不同地点的救援单位。结果是大量的救援单位在9：30以前聚集在尚未受损的万豪大酒店和位于西大街的总指挥部，而南塔楼的救援负责人却缺乏救援单位来支援。如果当时知道有那么多救援单位可以利用，纽约市消防局就不会在9：37向南塔楼增加救援队伍。
由于无线电在世贸中心的高空环境里通讯能力有限以及不知道哪个人使用了哪个频道所造成的内部交流障碍，分清和协调各救援单位的任务即使不是不可能的，也是很困难的。而且，当南塔楼倒塌，消防局总指挥部停止工作时，消防局了解形势的能力也大大降低；消防局海上救援队通过无线电迅速报告消防局调度处南塔楼已经全部倒塌，这一消息却没有传达到现场指挥官。由于消防局没有能力负责和协调在这么大的突发事件中所使用的不同的无线电频道，结果导致了南塔楼在早些时候缺乏救援队伍，其大厅里的指挥人员开始时联系不上楼外的任何人。
9月11日9：50，尽管几乎没有任何人考虑过这两座塔楼会迅速彻底倒塌，但是许多紧急反应人员和平民百姓正在思考整个纽约市马上再次遭受恐怖袭击的可能性。由于在世贸中心集中了大多数的消防队员，特别是其中的精锐部分，假如针对纽约的袭击再次发生，纽约市消防局的紧急反应能力将被严重削弱。
由于在世贸中心的紧急事件中缺乏能使多个指挥部协调行动的标准操作规则和通讯系统，港务局警察署的紧急反应能力受到很大削弱。很多来自于隧道和机场指挥部的警察收听不到通过世贸中心指挥频道播发的指示。而且，由于港务局高级警官直接参与了前线救援行动，指挥和控制变得更加复杂。
纽约市警察局的内部指挥控制和通讯问题较少。因为警察局有动员上千名警察参加重大行动的经验，它的无线电通讯系统的能力和重大事件的处理程序更容易适应“9·11”袭击那么大规模的重大突发事件。而且，那天它的救援行动大部分都在室外进行。尽管有一些紧急搜救队员和个别警察爬上了塔楼，但是警察局的绝大多数警察都在外边执勤，协助疏散群众，保护城市其他地方的安全。警察局紧急搜救队对自己的队员有很强的指挥和控制能力，部分原因是他们人员较少（与消防局各个班组的人员相对而言），而且他们都向同一个紧急搜救队指挥部报告。但是，不清楚非警察局紧急救援队的警察——他们在世贸中心地面一层执行任务，有时在较高楼层执行任务——是否也协调良好。
纽约市消防局指挥和控制能力方面的重大缺陷在9月11日那天充分暴露出来了。值得称赞的是，在过去的3年里该局尽了巨大的努力来集中精力解决这个问题。港务局警察署在指挥和控制方面的重大缺陷在9月11日也暴露出来了，但是港务局是否已经采用新的演习方案和重大紧急事件反应规则来克服这些缺点尚不清楚。
首批应急反应机构之间缺乏协调在9月11日任何试图建立一个统一的指挥系统的努力都将由于缺乏有关机构之间的联络和协调而受到阻碍。当然，消防局并不“负责管理对城市的紧急事件作出反应”，这是符合市长命令的要求的。本来应该作为信息分享中心的紧急事务管理办公室指挥部，却在保证信息在各有关机构之间分享方面没有起到应有的作用。爬到楼上的警察局、港务局、消防局的工作人员缺乏全面的协调。
对作出决定至关重要的信息没有被有关机构分享。那天早上起领导作用的消防局负责人告诉我们说，他们的决策能力受到了限制，因为缺乏警察局飞行队的信息。上午9：51，一名直升飞机驾驶员警告说，南塔楼上的大块大块的东西就快要掉下来了，可能危及到楼下行人和其他东西的安全。南塔楼倒塌的一瞬间，一名直升飞机驾驶员通过无线电播发了这个消息。10：08、10：15~10：22该消息又连续播了几次，终于引起了对北塔楼安全状况的担忧。假如消防局负责人能和直升飞机上的人员相互沟通，他们会受益匪浅。
