至9月14日，副总统切尼建议，至少作为第一步，成立一个新的白宫部门来协调所有相关机构，而不必面对将所有机构组合成一个新部门所带来的挑战。这个新的白宫部门与国家安全委员会的体系相平行，即国土安全顾问和国土安全委员会。副总统切尼与布什总统和其他顾问审查了此项提议。9月20日，布什总统在国会联合会议的讲话中宣布了这个新职位及它的首任负责人——宾夕法尼亚州州长汤姆·里奇。
自9月11日以来，为了追查联邦调查局“9·11”袭击调查的主要线索，移民归化局的官员一直与联邦调查局合作，开始逮捕他们遇到的违反移民法规定的个人。最终，768名外国人作为“特别兴趣”居留者被逮捕。一些人（例如，萨卡利亚斯·穆萨维）事实上已在“9·11”事件之前已被移民归化局拘押；大多数人是在那以后被逮捕的。司法部部长约翰·阿斯克罗夫特告诉我们，他的工作是指导这项工作，使之“风险最小化”，既要找出谁是袭击实施者，也要防止随后的袭击。阿斯克罗夫特命令所有“特别兴趣”人员的听证会不对公众、家属、新闻界开放，指示政府律师在这些人员被联邦调查局及其他机构“查清”与恐怖分子无瓜葛之前，不得申请保释，并命令对被拘押人的身份保密。负责起诉违反移民规定的移民归化局律师则很难获取被拘禁人以及任何与恐怖分子相关的信息；在袭击后的混乱之中，也很难找到执法官员——他们在追踪其他主要线索。经司法部批准的清查过程相当耗时，持续约80天。
我们曾经评估了拘押有“特别兴趣”的外国人的工作。被拘禁人因移民指控而被合法地留滞。记录显示，531人被驱逐出境，162人被保释，24人获得了移民资格，12人终止了其诉讼，8人——其中之一是穆萨维——被送到美国马歇尔监狱羁押。司法部监察主任发现，在对待因“9·11”事件而被拘禁的人员的方式上存在着一些重要问题。司法部在回应一项有关“9·11”拘禁计划对反恐裨益的询问时，提及了“特别兴趣”者名单中的6人，其中两人（包括穆萨维）与一个恐怖组织有直接联系，并称获得了新的有利于“9·11”恐怖袭击调查的线索。一名被拘押的“基地”组织的高级官员表示，美国政府在“9·11”袭击后在监控美国本土上所付出的努力，包括审查穆斯林移民档案和驱逐非永久居民的做法，使“基地”组织在美国的行动自由受到了很大限制。
美国政府在国内收集情报的能力，以及在情报和执法部门间分享信息的问题，在“9·11”事件之前并不是一个首要问题。在2001年8月，由司法部副部长拉里·汤普森签发的该问题指南中只扼要重述了先前的方法。但是，“9·11”袭击改变了一切。“9·11”事件之后不到一周，便出台了一个“爱国者法案”的较早版本（正式称谓是《美利坚合众国爱国者法案》）。提案的核心条款是推翻竖在情报和执法部门之间的信息分享之“障碍墙”（见第三章讨论）。阿斯克罗夫特告诉我们，他决定采取宪法范围内一切可行的行动，查处潜在的恐怖分子并预防其他袭击发生。政府提出了一项提案，该提案最终在参、众两院获绝大多数通过，并于10月26日经签署后成为法律。
沙特阿拉伯国民飞离美国
关于沙特阿拉伯国民于“9·11”事件后不久随即从美国离开的事件存在3个问题：
（1）在国家领空于2001年9月13日重新开放之前，是否有任何沙特阿拉伯国民的航班飞出境？（2）是否有任何便利沙特阿拉伯国民离开的政治干预？（3）在沙特阿拉伯国民离开前，联邦调查局是否对其彻底地监视了？
第一，我们没有发现任何证据表明，在2001年9月13日上午美国领空重新开放之前有任何沙特阿拉伯国民的航班——无论是国内的还是国际的航班起飞。相反，我们识别出来的每次航班均是在国家领空重新开放之后出现的。
第二，我们没有发现任何证据显示有政治干预。我们没有证据显示，任何在理查德·克拉克级别之上的白宫人员参与决定了沙特阿拉伯国民的离开事宜。这个问题是在由克拉克主持的许多跨部门电视电话会议中的一次会议上提出来的。克拉克说，当问题在他这个级别的部门间讨论中提出来时，他同意了联邦调查局处理事情的方式。克拉克告诉我们，“我让联邦调查局，戴尔·华森……去处理，去核实事情是否都一切正常，看看他们（联邦调查局——译者注）是否需要接触其中的任何人，然后回到我这儿。如果他们不反对，对我来说则最好”。克拉克补充道，“我不记得向白宫中任何人请示过”。
尽管白宫参谋长安德鲁·卡德记得有人告诉了他“9·11”事件之后不久沙特阿拉伯提出的要求，他说他没有与沙特阿拉伯人谈过，也没有让任何人就此做什么事。总统和副总统告诉我们，直到很晚的时候被媒体披露后，他们才知道这件事。我们访谈过的官员中，没人回忆起在这件事上有来自政府人员的任何干预或指示。
第三，我们相信联邦调查局对包机离开美国的沙特阿拉伯国民的审查工作令人满意。沙特阿拉伯政府被建议，并且同意了联邦调查局的要求，即所有的旅客在飞机起飞离开前须通过多种数据库识别和检查。在联邦调查局行动中心工作的联邦航空管理局的代表确信，联邦调查局知道沙特阿拉伯国民乘坐的航班，并且能够在这些旅客获允离开前审查他们。
联邦调查局对所有的“特别兴趣”人员在离开之前进行了访谈，他们的结论是，这些旅客中没有人与“9·11”袭击有关，并且此后也未发现任何足以改变其结论的证据。我们对相关的沙特阿拉伯国民进行的独立调查确认，没有任何与恐怖主义有着联系的人乘那些航班离开。
