布什总统在袭击后曾立即怀疑是否萨达姆政府参与了此事。伊拉克是美国11年的敌人，并且是世界上惟一一个美国一直在进行打击的国家。作为一个前任飞行员，总统为（撞机中）明显的复杂操作和飞行技术，特别是哈居尔高速冲向五角大楼的行为所震惊。他告诉我们，他知道伊拉克也支持过巴基斯坦自杀式恐怖分子。在猜测其他可能介入（“9·11”袭击）的国家时，总统告诉我们他还想到了伊朗。
克拉克曾写到，在9月2日晚上，布什总统要求他和他的一些工作人员去查找伊拉克与“9·11”事件可能的联系。“看是不是萨达姆做的”，克拉克回忆总统这样告诉他们，“查看是否他与此有任何联系”。布什总统承认，他曾认为克拉克报告中的细节不正确，他也曾向克拉克讲过这些，并曾问过他有关伊拉克的情况。
对于总统布置的任务，克拉克办公室于9月18日向赖斯提交了一份备忘录，题目是“任何有关伊拉克参与‘9·11’袭击的情报信息调查”。赖斯的负责阿富汗事务的工作人员扎勒迈·哈里兹也同意其结论，即对于伊拉克与“基地”组织的联系仅有一些轶事性质的证据。备忘录中没有发现“令人信服的实例”说明伊拉克计划或参与了这次袭击。该备忘录与几份外国情报报告一并得到通过。这些外国情报报告包括一份捷克报告，称2001年4月阿塔和一位伊拉克情报官员曾在布拉格见面（详见第七章讨论）；一份波兰报告，称“9·11”袭击之前伊拉克巴格达的情报总部人员曾上街对群众就某个未指明的事件的反映作出评估。备忘录提出，证明伊拉克与“基地”组织有联系的事例是很勉强的，而本·拉丹对萨达姆政府的原教旨主义也是很憎恨的。最后，备忘录说，并不存在经过确认的关于萨达姆与本·拉丹在非传统武器方面存在合作的报告。
根据当时的文件记录，在9月11日下午，拉姆斯菲尔德曾指示迈尔斯将军尽快取得尽可能多的信息。文件显示，他还告诉迈尔斯他不仅仅对打击空无一人的训练地点感兴趣。他认为，美国（对袭击）的反应应考虑更广泛的方案和可能性。部长说他的直觉是——同时打击萨达姆，而不仅仅是本·拉丹。国务卿鲍威尔后来解释，在那时，他正在考虑应该是这两者之一，或者是其他的什么人应对袭击负责。
据赖斯说，对伊拉克要做些什么——如果有的话——是由戴维营决定的。有关伊拉克的简报与其他很多简报一样，只是向与会人员提供了简单的情况。赖斯告诉我们，政府担心伊拉克可能会利用“9·11”袭击。她回忆说，在总统主持的第一次戴维营会议上，拉姆斯菲尔德问过政府应对伊拉克做些什么。副部长沃尔夫威茨提议，在“这轮”对恐怖主义的战争中打击伊拉克。
在戴维营关于恐怖主义战争战略性概念的简报书中，国防部为其提供的一个文件具体指出了首次行动的三个首要目标：“基地”组织、塔利班、伊拉克。该文件认为，在这三者中，“基地”组织和伊拉克对美国有战略性的威胁。还提到伊拉克长期参与恐怖主义并研制大规模杀伤性武器。
鲍威尔回忆，并非拉姆斯菲尔德，而是沃尔夫威茨认为伊拉克是恐怖分子问题的最终根源，因而应当打击。鲍威尔说，沃尔夫威茨并不能证明其有关伊拉克在背后支持“9·11”袭击的看法。“沃尔夫威茨一直认为伊拉克是一个需要解决的问题”，鲍威尔告诉我们，“他也看出可利用此事来解决伊拉克问题是一种好办法”。鲍威尔说，布什总统并没有“很看重”沃尔夫威茨的主张。尽管在此后的一周仍然关注伊拉克问题，鲍威尔说，（但是）布什总统还是认为阿富汗才是首要的打击对象。
布什总统告诉鲍伯·伍德华德，不打击伊拉克的决定是在9月15日上午的会议中作出的。甚至9月15日下午的会议也没将伊拉克问题提到桌面上讨论，当时处理的只是阿富汗问题。69赖斯说，当总统在周日即9月16日打电话给她时说，核心问题是阿富汗，当然他仍然需要打击伊拉克的计划，以备在国家需要采取行动或政府最终断定伊拉克曾卷入“9·11”袭击时使用。
在9月17日国家安全委员会会议上，进一步讨论了打击恐怖主义战争的“第二阶段战役”。布什总统命令国防部准备打击伊拉克，包括可能占领伊拉克油田——如果巴格达有违反美国利益的行动的话。
在五角大楼内，副部长沃尔夫威茨继续强调打击伊拉克。在9月17日致拉姆斯菲尔德的一个题为“预防更多的事件”的备忘录中，他主张如果有百分之十的可能性是萨达姆幕后支持了“9·11”袭击，那么就应最优先考虑消除此种威胁。沃尔夫威茨坚信这种几率远远高于百分之一，他引证了萨达姆对袭击的赞扬和其长期参与恐怖主义的记录，以及有关拉姆兹·约瑟夫是伊拉克间谍和伊拉克是1993年袭击世贸中心的幕后主谋等说法。次日，沃尔夫威茨写信给拉姆斯菲尔德重申了其观点，表达其对约瑟夫在1995年马尼拉劫机阴谋中的一个同伙的关注——该同伙曾驾驶一架满载炸药的飞机撞向中央情报局总部；此外，还提及一个来自外国政府的情报，该情报说，伊拉克参与了一次试图劫持一架海湾航空公司飞机的阴谋。在这种背景下，他质疑为什么对自杀式劫机危险的关注如此之少，认为这是“缺乏想像”和思维模式僵化的表现，从而排斥了对其他可能性的考虑。
