9月19日，当指挥官们制定应急计划(contingencyplans)时，拉姆斯菲尔德向他们提供了几种思路。尽管他强调了冲突的世界性，但点名的敌人或地区只有塔利班、“基地”组织和阿富汗。谢尔顿告诉我们，像任何行事谨慎的组织或领导人所应该做的那样，政府审查了五角大楼所有的作战计划，并对支持这些计划的一些假想情况提出意见。
汤米·弗兰克斯——中央司令部的总司令回忆，他曾接到了拉姆斯菲尔德的指示，要求每个军区司令员就这些计划对其负责的地区意味着什么作出评估。他知道他不久将打击阿富汗境内的塔利班和“基地”组织。但是，他告诉我们，他现在怀疑那项袭击行动如何与索马里、也门或伊拉克相联系，以致可能需要打击这些地方。
在9月20日，布什总统会见英国首相托尼·布莱尔，两位领导人探讨了未来的全球性冲突。当布莱尔问及伊拉克时，总统回答说，伊拉克不是眼下的问题。他还解释说，政府中有人已表达了不同的观点，但是由他负责最终决定。
弗兰克斯告诉我们，在2001年夏天，他正推动在伊拉克采取一些更强硬的军事应对措施——但布什总统拒绝了他的提议，认为还不是时候（弗兰克斯说，中央司令部当时也开始研究一些拟在全面入侵伊拉克的计划）。中央司令部的司令员告诉我们，他重新请求制定进一步的军事计划，以回应伊拉克在“9·11”袭击之后不久的行动，一方面，是因为他个人感觉伊拉克和“基地”组织可能以某种形式相勾结；同时也因为他担心萨达姆可能会利用此次打击阿富汗的机会，对其在伊拉克北部或南部的国内敌人采取行动，而美国正在上述区域的禁飞区执行定期飞行任务。弗克兰斯说，布什总统再次否决了他的请求。
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在签署了指导其政府做好战争准备的指令后，于9月20日（周四），布什总统在国会联合会议上向全国致辞。他说：“今夜，我们国家被危险所警醒。”总统谴责“基地”组织制造了“9·11”袭击和1998年使馆爆炸事件，并且首次宣布“基地”组织应对“美国‘科尔’号军舰爆炸案负责”。他重申了曾在私下里发出过的最后通牒。“塔利班必须行动，并且立即行动，”他说，“他们要交出恐怖分子，否则就与恐怖分子同样下场。”总统补充道，美国的抗争并不是指向伊斯兰社会，“美国的敌人不是我们的穆斯林朋友，不是我们的阿拉伯朋友。我们的敌人是一个极端恐怖分子网络，以及支持他们的政府。”其他国家政权将面临艰难的选择，他指出，“每个地区的每个国家都需要作出决定，要么跟我们站在一起，要么与恐怖分子站在一起。”
认为布什总统说新的战争目标已超出了本·拉丹。“我们与恐怖主义的战争始于‘基地’组织，但并不终止于它，”他说，“直到全球每一个恐怖组织被找到、阻止和打败，战争才会结束。”总统向五角大楼传递一个信息，“美国行动的时刻到了，你们应使我们感到骄傲。”他还向美国之外的国家传递了一个信息，“这是文明社会之战”，他说，“我们要求每个国家都加入我们。”
在9月21日、10月2日与中央司令部弗兰克斯将军和其他顾问的会见中，布什总统同意了袭击阿富汗的军事计划。行动代号由最初的“无限正义”修改为“持久的自由”。直到现在的阿富汗行动中仍在使用，目的是避免穆斯林的敏感，因为穆斯林认为“无限正义”的权力仅仅属于上帝。
这一计划分为四个阶段：
●第一阶段，美国及其盟军将从或在其邻国，如乌兹别克斯坦和巴基斯坦，向该地区派军，并部署军事行动。该阶段是在“9·11”袭击之后的数周进行，并得到国际社会对美国的一致同情支持。
●第二阶段，以空中打击和特别行动袭击“基地”组织和塔利班的核心目标。在一种具有革新性的共同努力下，中央情报局和特别行动部队将分别与一个主要的阿富汗反塔利班势力共同工作。第二阶段的进攻和袭击于10月7日开始。经过辛勤的努力，为第一阶段计划的基础安排在当月底可得到重要保证。
●第三阶段，美国将执行“决定性军事行动”，运用国家所有的权力（包括派遣地面部队），瓦解塔利班政权和消除“基地”组织在阿富汗的庇护所。11月9日，马扎尔·萨里夫在阿富汗北部遭到阿富汗和美军的联合袭击。四天之后，塔利班从卡布尔逃走。12月上旬，所有主要据点已落入盟军手中。在12月22日，哈米德·卡尔扎伊——一个来自坎大哈的帕什图族领导人被任命为阿富汗临时政府主席。阿富汗从塔利班的统治中解放出来。
在2001年12月，阿富汗部队在美国有限的支持下，与“基地”组织成员在一个名叫托拉保拉的山洞中交战。2002年3月，在喀泽南部的萨哈伊考特山区进行了战争中最激烈的交锋，对手是“基地”组织“圣战分子”中一支强大的力量。三周的战役总体上是成功的，几乎所有“基地”组织的剩余力量都逃到了巴基斯坦的山区和缺少管理的边界省区。2004年7月，本·拉丹和扎瓦西里仍逍遥法外。
●第四阶段，民间和军事行动转化为不定期行动，即武装部队称之为“安全和稳定行动”。
在战斗开始的两个月内，数百名中央情报局特工和特别部队的士兵，在美国空中打击力量以及非常强大的情报和后勤保障支持下，与阿富汗民兵和少数其他联军士兵一起，摧毁了塔利班政权并瓦解了“基地”组织。他们打死或俘虏了敌方大约四分之一的有名的首领。穆罕默德·阿提夫——“基地”组织的军事司令、“9·11”袭击阴谋的重要人物在美军空袭中被打死。据中央情报局的一名曾经帮助策划整个战略的高级官员说，中央情报局负责提供情报、经验、资金、秘密行动人员和进入部族联盟的办法。而美国军方负责提供战斗专家、火力、后勤和通信联络。86到2002年中期，战争取得初步胜利，全球的反伊斯兰恐怖主义战斗演变成了一种不同类型的斗争。
