机构管理
除了联络国内外机构和根据情报筹划这些日复一日的任务之外，挑战还包括与政府最高领导人怎样设定重点工作和怎样分配与资源有关的更广范围的管理问题。通过对中央情报局的审查来阐明存在的问题，还是很有用的。因为，在“9·11”事件之前，此机构在政府的反恐行动中发挥着如此重要的作用。
1998年12月4日，中央情报局局长特尼特向中央情报局的几个官员们和情报部门代表签发了一项指示,称:“我们在进行一场战争，我并不希望中央情报局的资源或人力在此战争中被闲置。”备忘录对动员中央情报局或情报部门几乎没有产生整体上的影响。
备忘录仅仅是写给中央情报局的官员们和情报管理部门代表琼·戴姆普塞的。她取消秘密行动方案后，将备忘录传真给主要的情报机构领导们。只那么一小部分人收到了这份备忘录。国家安全部当时的局长肯尼思·米尼汉将军认为，备忘录只适用于中央情报局而不适用于国家安全部，因为没有人告诉他国家安全部有任何缺点。从他们那一方说，中央情报局的官员们认为备忘录是写给其他情报部门的，因为他们自己已经尽力而为了，并相信其他情报部门需要尽职。
这件事情显示出中央情报局局长的职权在对情报部门的指挥和对重点工作的安排上的一些局限，特别在对国防部内的情报部门上。中央情报局局长只能指导而不能控制各情报机构。他没有收到情报机构活动的拨款款项，因此，没有掌握他们的财源。他几乎不了解他们是怎样花费资金的。国会试图增强中央情报局局长的权力，在1996年新设了一个负责情报部门管理的中央情报局副局长职位，并增设一些中央情报局局长助手职位进行情报的收集、分析、生成和管理。但是，这些职位的权力是有限的，也还没有达成明确的管理中心的共识。
在“9·11”事件之前，中央情报局局长没有为对伊斯兰恐怖主义开战而制定一个管理战略。这样的管理战略将确定情报部门为一场这样的战争，在语言训练、收集系统和分析人员各方面必须具备怎样的能力。这样的管理战略必然会越过反恐中心扩展到显然与反恐这一目标相联系的、专门人员的培养和行动支持等方面，还会细化所计划的、要具备和实现这些能力所必需的开支和组织上的变革。
中央情报局局长特尼特和他的行动副局长告诉我们，他们确实有开展反恐战争的管理战略。该战略将重建中央情报局。他们说，中央情报局整体上由于先前的预算限制而极大地受损，亟须修复包括全体成员在内的工作能力。另外，这一方法将把外界的对打击恐怖主义的巨大支持，引导为对全面增加反恐经费的支持。确实，尽管其他许多部门的开支都被削减了，反恐中心的预算却没有被削减。通过恢复对中央情报局整体的财政支持，情况会全面改观。他们还强调了反恐中心或海外工作基地在反恐战争中增强的能力与改进中央情报局各个部门的协同作用。
正如一些官员们向我们指出的那样，这种管理方法存在着折衷。为了即刻进行重塑，最需要优先处理的事情可能得不到其所需要的最大支持。此外，这种方法试图把外界对打击恐怖主义的强大支持引向对全面增加经费的支持。反恐议程的拥护者们对这种方法的反应可能是更不愿给予经费支持，不如提供给反恐议程的拥护者们一份具有说服力的反恐预算方案，他们反倒可能愿意这样做。同样，中央情报局局长的管理方法也主要集中在中央情报局方面。
因为缺少反恐战争的管理战略和了解各部门经费使用的方法，中央情报局局长特尼特和他的助手们很难为反恐战争制定一份总的情报部门预算。
收集国内恐怖主义情报的职责只属于联邦调查局。但是在几乎整个克林顿政府时期，联邦调查局局长和总统之间几乎不存在联系。联邦调查局局长并不与总统直接沟通。他的主要职员们同国家安全委员会和其他国家安全部门也几乎没有什么信息上的共享。结果，在反恐努力中一个至关重要的工作关系被切断了。
