与此同时，东北防空区任务组指挥官正在处理兰利战斗机到达华盛顿哥伦比亚特区的事宜并澄清他们有关潜在目标的命令内容。10：10之后不久，既不知联合航空公司第93次航班是飞往华盛顿，也不知飞机已经坠毁，他明确指示兰利战斗机“不需——不需命令便可射击”在国家首都上空的飞机。
联合航空公司第93次航班舱内有炸弹的消息在东北防空区迅速传开。防空员们收集联合航空公司第93次航班初级雷达回波并且尽力确定其他战斗机的方位以紧急起飞。东北防空区给华盛顿中心打电话报告：
东北防空区：华盛顿，我还要向你发一则警示。
联邦航空管理局（DC）：说吧。
东北防空区：你是否得到联合航空公司第93次航班的消息。
联邦航空管理局：是的。它下来了。
东北防空区：它下来了？
联邦航空管理局：是的。
东北防空区：什么时候着陆的？因为我们刚接到证实。
美利坚航空公司第11次航班
（由波士顿至洛杉矶）
联合航空公司第175次航班
（由波士顿至洛杉矶）
７：５９起飞
８：１４最后常规无线电联络；可能被劫
８：１９航机乘务员向美利坚航空公司报告被劫持
８：２１异频雷达被关闭
８：２３美利坚航空公司试图与飞机驾驶舱联系
８：２５波士顿中心意识到劫机事件
８：３８波士顿中心通知东北防空区飞机被劫持
８：４６东北防空区紧急起飞奥蒂斯战斗机搜寻美利坚航空公司第１１次航班
８：４６：４０美利坚航空公司第１１次航班撞击世贸中心（北塔楼）
８：５３奥蒂斯战斗机起飞
９：１６美利坚航空公司总部获悉第１１次航班撞击了世贸中心
９：２１波士顿中心通知东北防空区美利坚航空公司第１１次班机正飞向华盛顿
９：２４东北防空区紧急起飞兰利战斗机搜寻美利坚航空公司第１１次班机8：14起飞
8：42最后一次无线电联络
8：42～8：46大致被劫持
8：47异频雷达信号改变
8：52乘务人员通知联合航空公司班机被劫持
8：54联合航空公司试图与飞机驾驶舱取得联系
8：55纽约中心怀疑飞机被劫持
9：03：11第175次航班撞击世贸中心大楼（南塔楼）
9：15纽约中心通知东北防空区联合航空公司第175次是第二架撞击世贸中心的飞机
9：20联合航空公司总部获悉第175次航班已经撞击世贸中心
美利坚航空公司第77次航班
（由华盛顿哥伦比亚特区至洛杉矶）
联合航空公司第93次航班
（由纽瓦克至旧金山）
8：20起飞
8：51最后一次常规无线电联络
8：51～8：54可能被劫
8：54第77次航班未经指示向南转向
8：56异频雷达收发机关闭
9：05美利坚航空公司总部意识到第77次航班被劫持
9：25赫恩顿指挥中心命令全国飞机停飞
9：32杜勒斯观测塔观测到快速移动的飞机雷达（后确认为美利坚航空公司第77次航班）
9：34联邦航空管理局通知东北防空区美利坚航空公司第77次航班失踪
9：37：46美利坚航空公司第77次航班撞击五角大楼
10：30美利坚航空公司总部确认第77次航班撞击五角大楼8：42起飞
9：24第93次航班接到联合航空公司发出的可能发生侵入驾驶舱的警示
9：27最后一次常规无线电联络
9：28可能被劫持
9：34赫恩顿指挥中心通知联邦航空管理局总部联合航空公司第93次航班被劫持
9：36乘务人员通知联合航空公司飞机被劫持；联合航空公司试图与驾驶舱取得联系
9：41雷达收发机关闭
9：57乘客开始反抗
10：03：11第93次航班在宾夕法尼亚州山克斯维尔坠毁于地面
10：07克利夫兰中心通知东北防空区联合航空公司第93次航班被劫持
10：15联合航空公司总部获悉第93次航班在宾夕法尼亚州坠毁；华盛顿中心通知东北防空区第93次航班在宾夕法尼亚州坠毁联邦航空管理局：它没有着陆。
