总统和副总统
9：05，安德鲁·卡德向总统耳语“又一架飞机撞上第二座塔楼，美国正在遭受袭击”时，总统正坐在一间教室里。总统告诉我们他的本能是保持镇静，不能让全体国民在危急时刻看到他激动的反应。新闻记者就站在孩子们的后面，他看到他们的电话和传呼机开始响起。总统感到他应该保持力量和镇定，直到他能更好地理解发生的事情。
总统在教室又呆了5～7分钟，同时，孩子们继续读着书。在9：15之前不久，他返回招待室，在那里听了工作人员的简报，并看了电视报道。然后他与副总统切尼、赖斯博士、纽约州长乔治·帕特基和联邦调查局局长穆勒通了电话。他决定在去机场前在学校作一个简短的声明。特勤局告诉我们，他们急着将总统转移到一个更为安全的地方，但认为他现在没有必要出门。
在9：15～9：30之间，工作人员正忙于安排返回华盛顿，总统正与他的高级顾问们商谈他的讲话。此间，出访的团体中没有人知道其他飞机被劫持或者失踪的任何消息。工作人员与白宫形势研究室联系。但是根据我们的判断，和总统在一起的人没有人与五角大楼联系，他们的注意力集中在总统对全国的声明上。这段时间作出的惟一决定就是返回华盛顿。
总统车队于9：35离开。在9：42～9：45之间到达机场。行程中，总统获悉五角大楼被袭击。他登上飞机，向特勤局询问他家人的安全，并打电话给副总统。根据电话记录，大约9：45，总统对副总统说：“看来我们正在进行一场小战争。我知道了五角大楼的情况。我们在战争中……有些人要为此付出代价。”
大约在此时，卡德、特勤局特工队长、总统军事助理和飞行员在讨论空军一号的可能降落地点。特工人员认为华盛顿现在局势动荡，总统不能回去。卡德赞同。总统强烈希望返回华盛顿并勉强同意去其他地方。空军一号起飞时，总统和副总统商议。事情还没有定下来。副总统回忆他敦促总统不要返回华盛顿。空军一号在没有固定目标的情况下在9：45离开，目标是升空——尽可能快尽可能高——然后决定飞向哪里。
9：33，里根国家机场的塔楼监视员接通特勤局的热线电话并告诉特勤局行动中心：“一架飞机正在接近你，并不和我们搭话。”这是第一个传给特勤局的对白宫的直接威胁的具体报告。在此时，没有采取让副总统撤离的任何特殊行动。正如接电话的官员所解释的那样：“我正打算按下报警按钮时，监视楼通知飞机正向南转向并向里根国家机场飞去。”
在9：34，美利坚航空公司第77次航班开始转向南离开白宫。它继续向南飞行大约1分钟，又向西转并开始回转。该消息迫使特勤局立即下令要求副总统在9：36之前撤离。特工人员将副总统推离座位并告诉他必须进入地下掩体。9：37，副总统进入通向掩体的地下通道。
进入掩体后，副总统切尼和特工人员在通道的一个地方停下，这里有一部安全电话、一只长凳和电视。副总统要求与总统通话。但费了很长时间才把电话接通。在通道内他了解到五角大楼已被撞，他从电视报道上看到浓烟从建筑物上升起的画面。
特勤局记录切尼夫人9：52到达白宫并与其丈夫在地下通道内见面。根据当时的记录，在9：55，副总统还在与总统通电话，通知总统说，3架飞机失踪，1架飞机撞上了五角大楼。我们认为这就是副总统敦促总统不要返回华盛顿的那个电话。通话结束后，切尼夫人和副总统从通道进入掩体会议室。
联合航空公司第93次航班和击落令
9月11日上午，总统和副总统的通讯联络总是被切断，不得不多次重拨，通过一系列电话而进行。总统告诉我们他对那天上午的联络不畅感到恼火。有一段时间，他联系不到包括拉姆斯菲尔德在内的主要官员。通向白宫地下掩体会议室的线路——与副总统的联系——不停地被切断。
副总统回忆在进入掩体会议室以后就打电话给总统。关于副总统进入掩体会议室的时间存在不同的证据。我们认为，根据可得证据，副总统是在10：00前不久，可能是9：58进入会议室的。副总统回忆，就在他进入会议室以后被告知，空军正在华盛顿上空试图建立空中战斗巡逻队。
副总统说，他打电话给总统讨论空中战斗巡逻队的攻击规则。他回忆，当时觉得飞行员无法就飞机转向时，他们是否有权攻击它得到指令，否则建立空中战斗巡逻队是没有意义的。他说总统同意这种看法。总统说，他记得这次通话，并且这使他回忆起自己曾经是一个拦截飞行员。总统向我们强调他曾授权击落被劫持的飞机。
副总统军事助理告诉我们，他相信副总统在进入会议室以后就与总统通话。但是他没有听到他们在说什么。赖斯在副总统进入会议室后不久进入会议室并在他的旁边坐下。她记得听到他告诉总统说，“先生，空中战斗巡逻队已在上空。先生，他们想知道怎么做。”然后她回忆听他说，“是，先生。”她认为这次通话是他们进入会议室之后几分钟，可能是5分钟时开始的。
我们认为，这次通话是在10：10～10：15之前进行的。在反映那天上午其他重要事件的资料中，没有这次通话的书面证据。相关的证据并不全面。其他附近做记录的人，如副总参谋长斯库特·利比，坐在副总统和切尼夫人的旁边，并没有记下副总统在进入会议室后立即与总统联系的这次通话。
10：02，掩体的通讯员开始接收特勤局的报告，说一架飞行着的飞机——可能被劫持——正飞向华盛顿。那架飞机正是联合航空公司第93次航班。特勤局直接从联邦航空管理局得到了该信息。联邦航空管理局跟随联合航空公司第93次航班的行踪，不是通过联合航空公司第93次航班实际的雷达回波，而是通过建立的图示显示其投影路线是飞向华盛顿。因此，特勤局也是依据了该投影，他们并不知道飞机已经在宾夕法尼亚州坠毁。
在10：10～10：15之间的某个时点，一名军事助理告诉副总统及其他人说，飞机在80英里以外，请求副总统切尼授权攻击飞机。他的反应被斯库特·比利描述为迅速而果断，副总统“以一个击球手决定击球的时间”授权战斗机攻击飞来的飞机。他告诉我们，他的这个命令基于其与总统早先的通话。军事助理于几分钟后，大概是10：12～10：18之间返回，并说飞机在60英里以外。他再次请求授权，副总统又一次肯定答复。
白宫副参谋长乔舒亚·博尔顿坐在会议室的桌旁。博尔顿注意到这些谈话，他说，“安静一会”后，他建议副总统与总统联系并确认攻击命令。博尔顿告诉我们，他想搞清楚总统是否已经知道副总统在执行该命令。关于该问题，他说之前他没有听说与总统有任何商量。
记录显示，副总统在10：18与总统进行了2分钟的通话，并得到总统的关于该授权的证实。在空军一号上，总统新闻秘书正在做记录；根据阿里·弗莱舍记录，在10：20总统告诉他，已经下令必要时击落飞机。
几分钟过去了，消息传来说一架飞机坠毁在宾夕法尼亚州，掩体中的人们怀疑飞机是否是根据命令被击落的。
大约10：30，掩体开始接收另一架飞机被劫持的报告，这次只在5～10英里以外。认为他们只有1～2分钟时间作决定，副总统再次通令“攻击”或者“歼灭”那架飞机。10：33，哈德利告诉空中威胁电话会议∶“我需要告诉迪克·迈尔斯，我们的报告是有一架飞机从5英里以外飞过来。副总统的指示是，我们必须歼灭他们。”
又一次，没有这架飞机命运的即时消息，根据一名目击者的恰当描述，“它向雷达屏幕下方坠落，还好像一直盘旋在你的想像中，你不知道它在哪里或者它出了什么事。”最后，掩体接到消息称，5英里外的疑似劫持飞机是一架救伤直升机。
