阿富汗1979～1989年为期10年的冲突给伊斯兰极端主义者提供了一个团结核心和训练场所。1978年，一个共产党政府在阿富汗取得政权，但是统治时间不长。1979年底，前苏联政府向阿富汗派出军事小分队，以确保该国在前苏联影响之下的安全。对此的反应是阿富汗的民族抵抗运动，结果将前苏联军队打败。
世界各地年轻的穆斯林以自愿者的身份云集阿富汗，参加被认为是抵抗侵略者的“圣战”。其中最多的是来自中东国家，有些是沙特阿拉伯人，而乌萨马·本·拉丹也在其中。
1980年到达阿富汗的本·拉丹当时23岁，是沙特阿拉伯一名建筑巨头的57个孩子中的第17个。他6英尺高且瘦弱，显得有些难看，但事实上他非常敏捷，擅长马术、长跑、登山和足球。他曾经上过沙特阿拉伯的阿布杜尔·阿齐兹大学。由于某种原因，在听过巴基斯坦的一名《古兰经》信徒阿布杜拉·阿扎姆的激情布道的录音带以后，他大受启发，开始对宗教学习产生了浓厚的兴趣。但本·拉丹在自愿者中的突出并非是由于他显示出多少宗教学识，而是因为他能获得他本家族的巨额财产。虽然他参加过不止一次的实战，但他的出名主要还是因为他能够慷慨资助反苏的“圣战”。
本·拉丹比其他绝大多数自愿者更懂得，阿富汗的“圣战”能坚持多久、最后能否取得胜利，在很大程度上取决于是否具有一个规模不断扩大甚至几乎是世界性的组织。这个组织包括了一个后来被认为是“金链”的经济资助系统，资金主要来自于沙特阿拉伯和波斯湾国家的金融家们。资金还包括慈善机构和其他非政府组织的捐款。本·拉丹和“阿富汗阿拉伯人”依靠这一系统提供的资金，派出代理人奔赴世界主要市场，为“圣战斗士”购买武器装备。
在世界上的许多地方，包括美国，那里的清真寺、学校和边境房屋都被用来作为新兵招募站使用。其中有些是由伊斯兰极端主义者或者他们的经济支持者所建立。本·拉丹在这项工作中发挥了重要的作用。他和教士阿扎姆共同创建了“服务局”（迈克塔伯·艾尔·卡西德麦特），用来输送新兵到阿富汗。
此时，对于本·拉丹而言，国际环境也是十分理想的。沙特阿拉伯和美国提供了数十亿美元，秘密支持阿富汗抵抗组织反对前苏联的侵略。这种资助的渠道主要是通过巴基斯坦(巴基斯坦的军事情报局帮助训练抵抗军，分发武器)。但本·拉丹和他的同伴还有他们自己的资助和训练渠道。他们没有从美国得到帮助，即使有也非常少。
1988年，阿富汗“圣战”取得了胜利。莫斯科宣布，他们的军队将在以后的9个月内撤出阿富汗。当前苏联人开始撤退时，“圣战”领袖们开始盘算下一步该干些什么。
本·拉丹和阿扎姆一致认为，为阿富汗“圣战”而成功创建的组织不应当被解散。他们还建立了他们自己称之为“基地”的组织，作为未来“圣战”的可能的总部。尽管阿扎姆被认为是服务局的第一号人物，然而1988年8月，本·拉丹俨然已经成了“基地”组织的领导人。这个组织的机构包括：一个情报执行部门，一个军事委员会，一个财政委员会，一个政治委员会，一个主管新闻事务和宣传工作的委员会。它还设有一个由本·拉丹的圈子内的人组成的咨询委员会。
本·拉丹对“基地”领导方式的设计显示出他日益增长的自信和野心。他很快便公开表示，要在世界上的任何地方准备“圣战斗士”进行战斗，实现他无可挑战的控制权。相反，阿扎姆却宁愿继续在阿富汗作战，直至那里出现真正的伊斯兰的政府。作为一名巴勒斯坦人，他将以色列当做下一步行动的头号敌人。
无论这两个人的争议是与权力、个性差别还是与战略战术有关，这种争议在1989年11月24日画上了句号，因为一次遥控的汽车爆炸事件致使阿扎姆和他的两个儿子丧生。据说凶手是与阿扎姆竞争的埃及人。这种结局使本·拉丹成为他和阿扎姆共建的服务局以及“基地”组织的不容置疑的领导人。
在沙特阿拉伯的教育体制中，库特伯这样的作家和埃及籍伊斯兰教师的出现，使伊斯兰教对本·拉丹和他的“基地”组织同伙产生了强烈的文化影响。到20世纪80年代后期，在刺杀总统萨达特以后，埃及伊斯兰运动在政府镇压下严重受挫，这集中体现在两个主要组织——“伊斯兰小组”和埃及“伊斯兰圣战小组”的活动中。盲人谢克（即奥马尔·阿布戴尔·拉赫曼）是这两个组织，但更主要的是“伊斯兰小组”的精神领袖。他的布道启发了暗杀总统萨达特的行动。20世纪80年代，阿布戴尔·拉赫曼蹲过埃及监狱，此后便在美国寻求庇护。他曾从其总部所在的泽西市发出过谋杀异教徒的信号。
在本·拉丹的圈子中，最重要的埃及人要数一名叫艾曼·艾尔·扎瓦西里的外科医生了。他领导着一支强有力的埃及伊斯兰“圣战组织”。他的许多追随者在新组织中成为重要成员，而他与本·拉丹的亲密关系使许多人以为他是“基地”组织的二号领导人。若干年以后，他们的组织合并。他确实成为本·拉丹的副手。
本·拉丹来到苏丹
到1989年秋，本·拉丹在伊斯兰极端主义者当中的影响如此之大，以致苏丹的一位叫做哈桑·艾尔·特拉比的政界领导极力主张他将整个组织转移到苏丹。特拉比领导着国家伊斯兰前线，该组织是近来在喀土穆夺取政权的联盟的组成部分。本·拉丹同意在打击苏丹南部非洲基督教分裂主义者的持续斗争中帮助特拉比，并还同意进行道路建设。作为回报，特拉比则允许本·拉丹将苏丹作为其世界范围的商业活动和准备“圣战”的基地。当本·拉丹的代理人开始在苏丹购置产业的时候，他自己从阿富汗回到了沙特阿拉伯。
1990年8月，伊拉克入侵科威特。由于在阿富汗的努力，本·拉丹已经赢得了声誉和尊重，此时他向沙特阿拉伯国王建议，由他召集“圣战斗士”们进行一场“圣战”，收复科威特。可是他的建议被断然拒绝，沙特阿拉伯人加入了美国领导的盟军。沙特阿拉伯人还允许美国军队驻扎在沙特阿拉伯王国，对此，本·拉丹和许多伊斯兰教士予以公开谴责。沙特阿拉伯政府驱逐了这些教士，并采取了包括没收本·拉丹的护照在内的其他措施来使其保持沉默。在皇室家族的一名持不同政见者的帮助下，他以参加1991年4月巴基斯坦的一次伊斯兰集会为借口，逃出了沙特阿拉伯。到1994年，沙特阿拉伯政府冻结了他的资产，取消了他的公民身份。至此，本·拉丹已经没有一个他可以称之为祖国的国家。
1991年，本·拉丹来到苏丹，建立起一个规模庞大、内部机构复杂的恐怖实业组织，最后，吸纳了大量的公司、一个全球性的银行账户系统以及非政府组织机构。在与特拉比做了一番讨价还价后，本·拉丹决定利用他的建筑公司建造一条从喀土穆到苏丹红海岸港口的新的高速公路。同时，“基地”组织财务官员和高级行动人员利用他们在本·拉丹的企业里的职位获得了武器、炸药和服务于恐怖主义目的的技术装备。“基地”组织奠基人之一，阿布·黑耶尔·伊拉奇则利用他作为本·拉丹投资公司负责人的地位，拉开了他从西欧到远东的采办之旅。另外还有两个人，即维蒂·艾尔·海奇和穆巴拉克·多瑞，他们在阿利桑那州的图森小有名气。在20世纪80年代后期，他们的足迹遍布中国、马来西亚、菲律宾、前苏联的乌克兰和白俄罗斯。
本·拉丹的工作机构的布局给人们留下了深刻的印象。这些机构暗中给恐怖活动提供了资金和其他方面的帮助。他的网络包括位于塞浦路斯的一家大型商业企业、位于萨格勒布的一家“服务处”分支机构、位于萨拉热窝的国际慈善基金会的办事处（该办事处在波斯尼亚穆斯林与塞尔维亚和克罗地亚的冲突中，曾帮助过前者）以及位于阿塞拜疆巴库的一个非政府组织（该组织也被埃及伊斯兰“圣战组织”雇佣，作为其资金源头和输送渠道，它同时还是支持车臣穆斯林反抗活动的中心）。本·拉丹还利用了已经建立起来的第三世界救济机构，该机构总部设在维也纳，其分支机构所在地包括萨格勒布和布达佩斯。（本·拉丹后来在内罗毕建立了一个非政府组织，以掩护那里的行动人员。）
如今，本·拉丹将自己看做是国际“圣战联合体”的领袖。在苏丹，他建立起“伊斯兰武装咨询委员会”作为恐怖小组合作的协调机构（他正在将这些小组锻造为联盟）。这一机构由他自己的“基地”咨询委员会和其他一些依然保持独立的恐怖组织的领导人组成。在建立这支伊斯兰武装时，他征募了来自沙特阿拉伯、埃及、约旦、黎巴嫩、伊拉克、阿曼、阿尔吉利亚、利比亚、突尼斯、摩洛哥、索马里和厄立特里亚等国家和地区的小组。“基地”组织还同这些国家的其他极端主义小组建立了非正式的合作关系，并同非洲国家如乍得、马里、尼日尔、尼日利亚和乌干达，南亚国家如缅甸、泰国、马来西亚和印度尼西亚等有合作关系。本·拉丹还插手波斯尼亚冲突。一个真正全球意义上的恐怖网络已经打下了基础。
本·拉丹还给菲律宾的摩洛伊斯兰解放阵线以及一个新建的自称为阿布·萨耶夫旅的组织提供装备和训练上的帮助。伊斯兰祈祷团是一个由印度尼西亚伊斯兰教徒领导的新兴组织，“基地”组织帮助它在马来西亚、新加坡、印度尼西亚和菲律宾建立了分支。“基地”组织还帮助参与克什米尔暴动袭击的巴基斯坦组织。1991年中，本·拉丹甚至在前苏联的中亚部分成为独立国家之前就向阿富汗北部边境派遣了一个支持者小分队，以帮助处在不断升级的种族冲突中的塔吉克伊斯兰。
通过建立联盟进行扩张的模式也在美国得以实行。一个叫艾尔·卡西发的穆斯林组织有大量的分支机构，其中最大的就位于布鲁克林的法拉奇清真寺。在20世纪80年代中期，该清真寺成为阿扎姆和本·拉丹的要员迈克塔伯·艾尔·卡西德麦特的首批前哨阵地之一。其他设有艾尔·卡西发组织的分支的城市有：亚特兰大、波士顿、芝加哥、匹兹堡和图森。艾尔·卡西发组织招募美国的穆斯林奔赴阿富汗作战；其中有些人参加了20世纪90年代早期在美国的恐怖行动和“基地”组织在其他地方的活动，包括1998年在东非袭击美国大使馆。
