由于沙特阿拉伯人和其他金融家与“金链”的联系，本·拉丹最终在阿富汗取得了强大的经济地位。通过他与穆拉赫·奥马尔的关系以及这一关系给塔利班带来的资金和其他方面的利益，本·拉丹能够规避一些行动上的限制。当塔利班其他领导人对本·拉丹提出异议时，穆拉赫·奥马尔却依然支持他。在阿富汗，本·拉丹有他在苏丹时所没有的行动自由。在这个国家，“基地”组织成员可以自由地走动，可以不经办理签证或其他移民程序就进出边境，可以购买和进口交通工具和武器，还可以享用阿富汗国防部的牌照。“基地”组织还利用阿富汗国有的阿利亚纳航空公司来运送资金进入阿富汗。
塔利班似乎向所有想到阿富汗训练营的人敞开了大门。与塔利班的结盟使“基地”组织获得了训练、培养战士和恐怖分子、进口武器、发展与其他“圣战组织”和领导人的关系、策划和部署恐怖行动的避难所。本·拉丹保留着他自己的住所和营地，用来审查和训练新招募的人员。他还帮助阿富汗进行基础设施及项目建设，并从中获益为伊斯兰运动全球化网络的运作服务。据美国情报部门估计，从1996年到“9·11”袭击，在本·拉丹支持的阿富汗营地接受训练的战士的总人数应当在1万～2万之间。
除了训练战士和特别行动人员，“基地”组织还利用这一庞大的住所和营地系统来预先审查新加入的候选人。数千人到过营地，但是真正成为“基地”组织成员的不超过几百人。从建立那天起，“基地”组织就一直训练和传授辨别“有价值的”候选人的方法。
“基地”组织同时还继续与中东地区的许多小组进行密切合作，这些小组所在的国家包括埃及、阿尔及利亚、也门、黎巴嫩、摩洛哥、突尼斯、索马里和其他国家。本·拉丹还在苏丹时就已经与这些小组建立了联系。“基地”组织还加强了它与伦敦“基地”和欧洲大陆、巴尔干半岛和高加索山脉的其他办事处的联系。本·拉丹声称他与南亚和东南亚的极端主义者也有联系，这些极端主义者包括马来西亚—印度尼西亚伊斯兰祈祷团和介入克什米尔冲突的几个巴基斯坦小组。
经过一年半的努力，1998年2月的“圣战宣言”似乎已经成了重新崛起的强大“基地”组织发布的公共信息。在资金筹措系统重建以后，本·拉丹又一次成了“圣战”运动中的富人。他保持着或恢复了与世界其他地方的恐怖分子的众多联系，而“基地”组织的内部关系也进一步得到加强。
“基地”组织的内部核心仍然是一个自上而下的分成等级的小组。在这一小组中，有规定的职位、任务和薪水。核心内的多数人员向本·拉丹宣誓效忠。其他行动人员献身于本·拉丹或他的奋斗目标，接受他委派的任务，但是他们并不宣誓效忠本·拉丹，而是保持或者试图保持一些自主性。“基地”组织还有一些支持者，他们属于更为松散的圈子中的人，他们向“基地”提供资金，在营地训练，但在本质上他们是独立的。即使这样，他们仍然是“基地”组织潜在的人力资源。
在与扎瓦西里的埃及“伊斯兰圣战组织”合并以后，“基地”组织向人们承诺，它将成为国际恐怖主义的总指挥部，而不再需要伊斯兰武装咨询委员会。本·拉丹已经做好找回他在苏丹失去的一切的准备，他随时准备向“蛇头”下手。
在组织恐怖主义的行动中，“基地”组织的作用也有了改变。在转移到阿富汗以前，它着重为联盟小组成员实施的行动提供资金、训练和武器。但1998年夏天在东非发生的对美国大使馆的袭击采取了不同的形式——在本·拉丹和他的主要助手直接监控下，由“基地”组织策划、指挥和执行。
