联邦调查局的组织和首要任务
1993年，克林顿总统选择了路易斯·J·弗里作为调查局局长，其任期直到2001年6月，弗里认为联邦调查局的工作应该主要由实地办公室来完成。为了强调这个观念，他削减总部职员，分散开展工作。专门负责的人员具有权力、影响和独立性。
路易斯·J·弗里认为恐怖主义是主要的威胁。他增加了法定的国外使馆工作人员的数量，尤其是集中在中东。他也要求工作人员不能等待恐怖主义行为发生后才采取行动。在1993年世贸中心爆炸事件之后，他给国会的第一份预算要求中写道：“只解决这种类型的犯罪是不够的；联邦调查局在恐怖主义行为发生之前就挫败它同样是非常重要的。”在总部内，他设立了一个反恐处协助美国中央情报局的反恐中心工作，并安排高级反恐官员在美国联邦调查局和美国中央情报局之间交流。他强调了法定使馆人员同中央情报局的国外站点之间应有更多的联系。
但是，路易斯·J·弗里的努力并没有给反恐怖主义争取到可观的资源。联邦调查局、司法部和管理与预算办公室的官员认为，联邦调查局的领导层并不愿意将资金从诸如暴力犯罪和取缔毒品等其他领域转移到反恐行动中；其他的联邦调查局官员谴责国会和管理与预算办公室缺乏政治意识，不理解联邦调查局的反恐资金需求。除此之外，路易斯·J·弗里并没有强加这个观点给实地办公室。只有个别特别的例外，实地办公室通常并不会将重要的资源用于反恐行动，并且经常因为其他重要任务而重新规划资金。
1998年，美国联邦调查局签署了一个由其副局长罗伯特·“贝尔”·布赖恩特领导的5年战略计划。联邦调查局首次将国家的和经济的安全，包括反恐怖主义，确定为它的首要工作。戴尔·沃森后来成为新成立的反恐处的领导，他认为，在东非爆炸后，情况表明，联邦调查局内部情况不得不发生改变。该计划要求更强有力的情报收集措施，要求全世界的自动系统为情报的收集、分析和传播提供方便。它预期建立一支有经验的且受过训练的由间谍和分析员组成的专业情报骨干队伍。如果该计划被成功地执行，这将是系统反恐的重要一步，远胜过处理一些无关紧要的单个事件的方式，但该计划并没有成功。
第一，该计划并没取得必要的人力资源。尽管在1998年曾指出“国家的和经济的安全”是首要工作，但是，联邦调查局并没有相应地配置人力。虽然在20世纪90年代中期联邦调查局的反恐预算增加了3倍，但是联邦调查局在反恐行动上的支出在1998年和2001年之间保持不变。2000年，从事禁毒工作的人数仍是从事反恐工作的人数的2倍。
第二，为加强联邦调查局的战略分析能力而新成立的部门畏缩不前。得不到充分的资金以及面对来自美国联邦调查局的行动部门的高级管理人员的阻碍，这个新部门本应该认清恐怖主义活动的发展趋势，决定联邦调查局并未掌握的内容，最后督促情报收集工作。但是，联邦调查局对于分析的作用没有足够的重视。分析员被继续用于战术性的方式中，即为已经存在的案件提供协助。使问题更为复杂的是，联邦调查局的传统是从内部雇佣分析员，而不是招募具有相关的教育背景和专业技术的人员。而且，分析员很难从联邦调查局和情报部门得到他们想分析的情报信息。联邦调查局的信息系统的这种拙劣状况意味着，得到这些情报主要是依靠分析员与保存信息的管理单位或行动部门的人员的私人关系。因为所有的这些原因，“9·11”事件之前很少有有关反恐怖主义的战略性分析报告出台。实际上，联邦调查局从没对美国本土的恐怖主义威胁作出过全面评估。
第三，联邦调查局并未有效地开展情报收集工作。由人力资源收集的情报具有局限性，并且其工作人员训练不够。16周的培训课程中只有3天是关于反情报和反恐怖主义的，并且大部分后来的训练是在工作中进行的。联邦调查局并没有确认消息报告效力的适当机制，也没有适当跟踪和共享消息报告的系统，不论是国内的还是国外的。联邦调查局并未投入充分的资源用于反恐官员的监视和翻译的需要。缺乏足够的精通阿拉伯语和其他关键语言的翻译人员，导致了大量的未翻译的截听情报的积压。
第四，联邦调查局的信息体制不适当，令人遗憾。联邦调查局缺乏了解它知道的内容的能力，没有捕获和共享它的机构消息的有效机制。联邦调查局的官员的确作了会见和其他调查的记录，但是没有报告人员将这些信息压缩为可以追溯和传播的有价值的情报。
1999年，联邦调查局建立了一个独立的反恐与反情报部门。戴尔·沃森是该新的反恐部门的首任负责人，他认识到急切需要增强联邦调查局的反恐能力。他在2000年出台了一个叫做MAXCAP05的计划，确立了联邦调查局2005年之前在反恐事务上发挥最大能力的目标。实地执行人员告诉沃森他们没有分析员、语言学家或者受过专业训练的专家来执行该政策。在2001年9月提交给局长罗伯特·米勒的一份报告中，也就是在沃森将其计划交给各实地执行人员后1年，几乎每个联邦调查局的实地办公室的评估结果都是没有发挥“最大能力”。该报告上说，“达到‘阻止恐怖主义’的目标”要求一项重大转变，从强调反应能力转变为不但要提供领导和运作上的支持，而且还要提供明确的战略分析和指导。
