隶属于交通部的联邦航空管理局被国会赋予的任务有时是相互冲突的，既要规制美国的民用航空安全，又要促进民航工业的发展。联邦航空管理局有保护商业航空运输使用者不受恐怖主义和其他犯罪行为袭击的安全的任务。在“9·11”事件之前那些年里，联邦航空管理局认为故意破坏行为对航空的威胁胜过劫机行为的威胁。首先，在近10年里国内没有发生过重大的劫机事件。其次，一般认为，商业航空体系惧怕爆炸物胜过诸如枪支这样的武器。最后，爆炸被认为较劫机更为致命，后果会更严重。在1996年，由副总统艾尔·戈尔领导的一个关于航空安全的总统委员会加强了对飞机上的破坏活动和爆炸事件的普遍重视。戈尔委员会也号召人们注意一种新的危险，即发射地对空导弹袭击的可能性。其1997年的最终报告并未讨论自杀性劫机的可能性。
联邦航空管理局建立和加强了航空安全制度，并要求航班和机场遵照执行。该制度旨在建立一个多层次的防御体系。这意味着任何一个层次的安全机制的失败都不是致命的，因为其他层次将提供安全保障。但是在“9·11”事件之前与劫机相关的每个层次——包括情报、乘客预检、检查站屏幕监控，以及登机安全都具有缺陷。因此，“9·11”袭击事件的劫机者们在3个不同的机场顺利登上了4架不同的飞机，其任何一个都未被制止。
联邦航空管理局的政策是应用情报来查证针对民航安全的具体阴谋和一般性威胁，并以此为基础研究和部署相应的反击措施。联邦航空管理局的情报部门由40个人组成，其任务是从联邦调查局、中央情报局和其他机构接收大范围的情报数据，以供评估针对航空的威胁。但是大量的情报数据中几乎没有关于恐怖分子在美国出现和实施活动的情报。例如，联邦调查局1998年对恐怖分子飞行训练的潜在可能性的评估信息，以及2001年菲尼克斯电子警告中的关于激进的中东人加入飞行学校的信息，就没有传到联邦航空管理局的总部。几个联邦航空管理局的高级情报官员称这种国内威胁是一个严重的盲区。而且，联邦航空管理局的情报部门并没有得到该局领导的重视。局长简·加维和她的副职例行公事地回顾每天的情报，但她们看见的是经过筛选后送给她们的。她并没有从自己的情报部门了解到大量的劫机威胁信息，从而在该局战略制定过程中，情报部门也就没能深入参与。从历史上讲，决定性的安全行动只发生在灾难已经出现或者具体的阴谋已经被发现之后。
下一个航空安全层次便是乘客预检。联邦航空管理局要求各航空公司不能向对民航安全有直接威胁的个人开放。但是，关于“9·11”袭击事件，联邦航空管理局的禁飞名单中含有这12个恐怖分子的嫌疑人的姓名（包含了“9·11”袭击的策划者哈利德·谢赫·穆罕默德），尽管政府的监视人员名单表中包含了好几千个确定的和怀疑的恐怖分子的姓名。真人与姓名的错配现象令人震惊，尽管戈尔委员会已经在4年前就要求联邦调查局和中央情报局提供恐怖分子的监视名单用于提高乘客预检。联邦航空管理局的民航安全部门的长期负责人证实说，他并不知道有关证实的和怀疑的恐怖分子的国务院重点监视人员名单（在“9·11”袭击前是60，000人），直到委员会2004年1月26日的公开听证会上提及时，他才得知。联邦航空管理局已经取得了一些重点监控人员的数据，但是，很明显，这些数据不能使用。
乘客预检的第二个部分要求航空公司实行一种由联邦航空管理局批准的电脑处理系统（称为CAPPS，即计算机辅助乘客预检系统），该系统被设计或用来识别那些轮廓提示其对飞机具有一定底线的危险的乘客。虽然该处理系统包括劫机者的轮廓的数据，但在那时，只有乘客的行李包适合用计算机辅助乘客预检系统筛查，以作另外的复查。筛查只是需要检查这些行李包是否装有爆炸物，或者推迟乘客登机。主要因为担心认为潜存歧视和影响乘客通过量，所以就不再要求被筛选出来的人接受额外的手提行李的筛选，而在检查系统1997年被电脑化之前一直要求乘客手提行李接受筛选。
检查站的筛选被认为是最重要和明显的安全层次。训练有素的筛选员操作着金属探测器和X光机检查并阻止违禁物品。许多政府报告指出，检查站的工作不令人满意，甚至经常不能发现联邦航空管理局明确规定的检查物品。许多致命的和危险的物品并没有从金属探测器中被检测出来，或者用X光机很难将其从正常物品中区别开来。
虽然联邦航空管理局的制度并未明确地禁止携带短于4英寸的有刃刀具，但是航班检查站的操作指南（是与联邦航空管理局合作制定的）却是明确允许携带的。联邦航空管理局对该政策的依据是：（1）该局并不认为这种物品具有威胁性，（2）许多地方法律并没有禁止个人携带这些刀具，以及（3）这些刀具难以检测到，除非大大提高金属探测器的敏感性。1993年提出的一项禁止携带所有刀具的建议被否决了，因为小的切割工具很难被检测到，并且会引起虚惊急剧增多，恶化检查站的堵塞情况。
“9·11”事件前的几年里，联邦航空管理局对筛选员的要求是，在检查站持续和随机地对携带的行李进行人工检查，后来却被取代为对爆炸品追踪探测，或者被航空公司简单地忽略掉了。因此，为了识别武器（除了炸弹）对个人及其随身携带的行李的第二次筛选就不存在了，只有那些触动了金属探测器的乘客才进行二次筛选。甚至当第二次筛选时探测出小的刀具，它们也经常被归还给乘客。据报道，“9·11”事件的劫机者们就被指教应使用机场检查站不能探测到的小物件。
在“9·11”事件之前的安全体系中，航空公司发挥着重要的作用。正如交通部的监察长告诉我们的，“航空公司有很大的压力，既要控制安全成本，又要限制安全要求对航空运输的影响，以便航空业能够集中精力运送乘客，安全飞行……这些压力反过来恰恰表明他们自己是安全中的重大弱点”。联邦航空管理局一个长期的安全官员把航空公司对待安全规则的方式描述为“谴责、否定和拖延”，并且告诉我们，虽然航空公司已经看见了安全问题对个人利益可能带来的影响，但是他们不是从安全的立场看问题。
最后一个层次是商用飞机上的安全，其设计并未用来对付自杀性劫机。联邦航空管理局批准的“通用战略”详细阐述了从20世纪60年代以来几十年里处理的许多次劫机的经验。它告诉飞行人员，对付劫机者的最好方式是满足他们的要求，使飞机安全着陆，然后让执法部门或者军队来处理这种情况。按照联邦航空管理局的说法，记录表明，劫机过程持续得越长，越有可能和平解决。这种战略行得通的基础是假设劫机者提出了可以谈判的要求（最常见的是要求庇护和释放囚犯）；而且，正如一位联邦航空管理局官员所言，劫机者的“这种赌博性计划中不存在自杀”。联邦航空管理局的培训材料中没有为飞行人员提供应对暴力发生的指导。
这种流行的通用战略主张合作和不对抗，它意味着在劫机中，即使驾驶舱非常坚固也没有什么不同。正如当2001年初有人提议在商业飞机中安装更坚固的驾驶舱门时，航空飞行员协会的安全委员会主席所评论的：“即使你在门外做个拱顶，如果他们用绳索套住了我的航班乘务员的脖子，我将准备打开这个舱门。”“9·11”袭击之前，联邦航空管理局的规章要求，坚固的驾驶舱门能在紧急情况出现时允许迅速地进出。即使这样，20世纪60年代实施的规定要求航空人员在飞行中关闭并紧锁驾驶舱门。这个要求并没有被一体遵行或有力加强。
至于执法部门，到“9·11”袭击发生时为止，只有33个配备武器的受过训练的联邦航空执法官。他们没有被安排在美国的国内航班中，只是在国内飞机起飞前往国外时为其提供飞行中的安全保障。这个政策反映了联邦航空管理局的观点，它们认为国内劫机在控制中，并且自信地认为自1986年以来，没有任何恐怖分子在全世界的任何地方劫持过美国的商业飞机。
由于近期内未发生航空安全事故，也没有具体和可信的证据证明存在针对民航的阴谋，联邦航空管理局的领导层把精力放在了其他地方，包括操作技术和有关安全的经常性问题。联邦航空管理局局长加维回忆说，2001年的每天就像感恩节的前一天，人们的注意力在于要求提高航空服务，国会也集中精力于“乘客权利法案”，目的在于提高能力、效率和乘客对航空系统的满意度。没有人注意恐怖主义。
