安全影响中央情报局对付新的恐怖主义的另外一组经验，要追溯到冷战早期，当时该局非常担心（近乎妄想）前苏联克格勃的渗透。詹姆斯·耶稣·安格尔顿直到20世纪70年代早期一直在中央情报局中领导反情报工作，他一直怀疑中央情报局内安插有不止一个前苏联的“奸细”。虽然在安格尔顿被迫退休后情况有所缓和，但是好景不长。前苏联渗透的事实摆在眼前，又加重了这种忧虑。然后，在20世纪90年代早期，发生了奥尔德利·艾姆斯间谍案，这使中央情报局十分尴尬。尽管明显地不可靠，但在艾姆斯将美国特工和侦察人员名单卖给前苏联而收取报酬致使该名单上的许多人都因此而牺牲后，他还是受到同行们的保护并且得到提拔重用。
对安全的担心使信息共享极大地复杂化了。为了保护信息不被高明的精于高科技的敌手获得，信息被隔封起来。因此，对处理信息设置了很多的限制，并且对通过新兴的电子系统（诸如电子邮件）传递给美国政府的其他机构也产生了高度的怀疑。
对安全的担心也增加了招募合格反恐官员的难度。美国很少有大学开设中东语言和伊斯兰研究方面的课程。2002年在所有美国大学取得阿拉伯语学士学位的毕业生总共只有6个。许多人在美国境外漂泊了很久，其入境手续需等待很久才能得到处理。任何在外国出生的人和有许多海外亲戚的人被建议最好不要提出申请。随着冷战结束后，对美国中央情报局经费预算的减少，并不令人惊讶的是（有一些值得注意的例外），保密局新雇员的素质倾向于担任一些类似服务性的工作，也就是说，他们符合传统的招募条件或者适合利用与外国机构的联络关系，但并不要求其寻找和使用恐怖主义组织网络内部的资源。
早期的反恐怖主义努力
在20世纪70年代和80年代，恐怖主义主要是与一些地区性冲突连在一起，主要发生在中东。大部分恐怖主义集团或者是由政府支持，或者是致力于建立政府的好战分子（如巴勒斯坦解放组织）。
20世纪80年代中期，根据由副总统乔治·布什领导的特遣队作出的报告，在罗马和雅典机场恐怖袭击发生之后，中央情报局局长建立了一个反恐中心，负责统一行动理事会和情报理事会的活动。反恐中心在联邦调查局和其他情报机构中也选有代表。在正式的组织职能中，反恐中心向中央情报局局长报告工作，但是事实上，中心的大多数长官还是保密局的成员，他们经常受到行动理事会领导的指导。
反恐中心促进和协调了由中央情报局各站点作出的情报收集，并编辑情报收集的结果，然后将专门的报告传送给适当的站点、情报理事会的分析员、情报机构的其他部门或者决策者们。该中心保护自己的官僚政治地盘。中央情报局局长曾经让一个负责反恐怖主义的国家情报官员负责情报分析；该官员所在的办公室在20世纪80年代后期被撤销了，其职能被反恐中心部分接管。虽然派往该中心的分析员作出了大量的报告，但其中心任务都是支持行动。中央情报局监察长在1994年的报告中批评了该中心在提供恐怖主义袭击警告方面的能力。
后面的章节将提出这个问题，即尽管投入了大量的人才、精力和心血，情报机构是否仍不能在应对本·拉丹和“基地”的挑战中发挥充分的作用？面对这个问题，情报机构的管理官员们经常抱怨说他们工作的资源匮乏。
冷战结束后，国家安全经费的削减导致了国家海外情报计划预算从1990～1996年财政年度的削减，以及从1996～2000年财政年度的持平（除了对1999财政年度预算所谓的金里奇预算的追加，和后来两次更小量的预算追加）。这种削减预算增加了情报机构工作的难度。决策者们要求他们紧跟数字化潮流，要对付将来的计算机之间的通讯和现代通讯系统，但同时又要保持对付传统通讯系统的能力，例如，高频无线电通讯和超高频和高频（视频）系统，它像旧式的电视天线一样工作。继1991年海湾战争成功之后，塑造形象的呼声也与日俱增。这两点变化反过来又要求为计划下一代的卫星系统提供经费。这个开支对剩下的情报预算经费又产生了很大的压力。其结果，情报局只得精简人员，这样既影响了行动又影响了情报分析。
然而，至少对于中央情报局而言，处理恐怖主义问题的部分负担来自我们已经讲到的背景：这个组织能吸引干劲冲天的人员，但其体制又反对冒险，于是，其实施秘密行动的能力萎缩，制度上限制信息分配，对新型工作人员的吸收又存在难度，并且习惯于提供最近情报的描述性报道。换个说法，为了取得反恐的最大成效，中央情报局需要一次重大改革。1997年，克林顿总统任命乔治·特尼特为中央情报局局长，并且据大家说，对他而言，恐怖主义是最先考虑解决的问题。但是当调查委员会问他时，特尼特自己估计，2004年中央情报局的保密机构距离能很好地承担反恐怖主义的角色仍然还需要至少5年的时间。虽然特尼特明显是中央情报局的领导者，究竟谁应该负责整个美国情报工作，情报机构的联盟结构使这一问题未有定论。
