国务院
调查委员会在2004年问副国务卿理查德·阿米蒂奇：为什么国务院花了这么长时间作一些看来无用，结果也证明无用的努力来劝阿富汗境内的塔利班政权驱逐本·拉丹？阿米蒂奇回答说，“我们做国务院做的事情，我们不出去投炸弹，我们不做那种事情……在这些事情上我们做了我们应该做的事。”
早在50年前，处在阿米蒂奇的位置上的人不会说国务院有如此局限的作用。直到20世纪50年代后期，国务院主导着为总统和国会提供关于美国与世界上其他国家的关系的建议程序。国家安全委员会成立于1947年，其成立主要是由于五角大楼游说应建立一个论坛，在这里，如果军队认为国务院设定的目标，美国没有必要的资金来实现时，那么他们将提出反对意见。
国务院一直保持着首要地位。直到20世纪60年代，当时肯尼迪和约翰逊政府被罗伯特·迈克纳麦拉的国防部取而代之，在国防部内建立了一个小型政府负责分析对外政策问题。而后，尼克松总统将政策的计划和政策的协调职能集中于强大的国家安全委员会中，由亨利·基辛格负责监督。
后来，国务卿成为了重要的人物，但是国务院的职能继续受到削弱。到了20世纪90年代，政府的财力被其他部门超过了，并且国会和总统的管理和预算办公室对其财政预算也几乎不予支持。
正如联邦调查局和中央情报局的行动理事会，国务院也有强调实地工作胜过华盛顿的工作的传统。但是，甚至是大使们也经常发现所在国政府不但通过它们自己在华盛顿的使馆与美国政府联系，而且通过中央情报局的站点或者一个国防随员开展工作。大使馆已经逐渐地被强大的军区司令员替代，不再向五角大楼报告工作。
反恐怖主义
20世纪60年代到70年代，国务院制定反恐政策。它通过官方渠道与推测的恐怖主义背后的政府进行沟通。而且，因为这段时期的恐怖主义事件经常以谈判的方式结束，因此，大使或者其他使馆官员成为合乎逻辑的代表美国利益的人。
保持美国打击恐怖主义的外交成果的连贯性是一个连续的挑战。1976年，在国会的指导下，国务院将负责打击恐怖主义的协调者提升到了与助理国务卿同等的职位。作为一名“全权的大使”，该官员试图增加政府内反恐事务的透明度，并且帮助在政府机构中统一美国政策的执行。1979～1981年的长期危机中，53名美国人在德黑兰的美国使馆被劫持作为人质，该危机结束了国务院在反恐事务中的领导地位。从卡特总统的武断的国家安全顾问兹比格涅夫·布热津斯基主持工作后，协调员这一职能就在白宫被保留下来。
里根总统的第二任国务卿乔治·舒尔茨，提倡美国实施积极的打击恐怖主义政策，他经常建议动用军事力量。国防部长卡斯帕·温伯格反对舒尔茨，但后者对温伯格并没有表示反对，即使是在他自己的国务院内。虽然舒尔茨通过相继任命保罗·布莱默和罗伯特·奥克莉为协调员来提高反恐协调工作的地位和透明度，但是两个在国务院外事局中拥有高等职位的高级职业大使继续被区域局所主导，对区域局而言，恐怖主义不是第一关心的问题。
舒尔茨之后的国务卿在这个问题上表现出较少的个人兴趣。只有克林顿总统的第一个国务卿沃伦·克里斯托弗计划将恐怖主义事务合并入一个新成立的、也负责处理麻醉品和犯罪的机构，但遭到国会的阻止。马德琳·奥尔布赖特时的协调员告诉调查委员会，他的工作在国务院里被认为是微不足道的。虽然他的地位受到争议，并且国务卿奥尔布赖特强烈支持1998年8月对本·拉丹的打击，在“9·11”事件之前，国务院在反恐事务中发挥的作用经常是属于警戒性的。这现实地反映了反恐的首要任务只是美国政府更宽泛的对外政策目标中的一环。
不应该忘记的是，国务院在世界各地的领事官员们都不断地受到恐怖主义问题的挑战，因为他们负责处理去美国的旅行签证。当发现奥马尔·阿布戴尔·拉赫曼，即盲人谢克来去自由之后，国务院对其监视人员名单和签证办理程序政策进行了重大的改革。1993年，国会通过立法允许国务院保留签证手续费，用于边界安全建设；后来国务院使用这些费用来将恐怖分子的监视人员名单全部自动化。在20世纪90年代后期，国务院还建立了一个世界范围的、实时的关于签证、执法和监视表信息以及“9·11”事件之后的边界筛选系统的重心的电子数据库。但是，正如后边所见，该系统仍然有许多漏洞。
国防部
在联邦机构中，国防部规模庞大。国防部是一个帝国，它每年的预算超过俄罗斯的国内生产总值。国防部是半民用、半军事化的。国防部负责民用部分的部长在总统的领导下有最终的控制权。在统一的军用部分中，最高级别的官员是参谋长联席会议主席，他得到了联合参谋部的支持。联合参谋部又可分为——J—2（负责情报）、J—3（负责行动）等部分。
因为各个部门的使命不同，需要和要求其集中精力做的工作也就不同，又因为各个部门有着自己漫长而骄傲的历史传统，陆军、海军、空军、海军陆战队经常对自己在战斗中的作用和任务、对经费预算和领导职位存在激烈的争斗。但是两方面的进展减弱了这种竞争。
第一方面的进展是1986年国会通过，其中规定晋升到高一级的军职要求有一定期限的不同部门经历或者联合指挥部任职（如复合服务）。该法案起到了立竿见影的作用，减弱了高级军官对其各自服务部门的忠诚，并促使他们对各个军事部门作为一个整体来通盘考虑。但是，这也削弱了提供给总统的军事建议和军事行动的多样性。金水——尼古法案被一些人作为在联邦机构的其他部门中，尤其是在执法机构和情报部门中作为减弱竞争、增强合作的范例而得到应用。
第二方面相关的进展是，计划和指挥责任从情报部门的长官和工作人员向华盛顿以外的联合指挥部发生重大转移，尤其是那些战略部队和在以下4个地区的部队指挥部：欧洲、太平洋、中部和南部。这些指挥部的职位成了雄心勃勃的军官们的荣誉任职，以上5个指挥部司令员的意见与那些情报部门领导的意见具有同样的影响力。
