作为对大使馆被炸事件的一种回应，克林顿总统签署了一份备忘录授权中央情报局，允许他们扶持的当地部族在抓捕本·拉丹及其亲信时可以使用武力。于是，中央情报局官员告诉部族方面，原本已经停止的抓捕本·拉丹的计划得重新启动。这份备忘录也授权中央情报局以其他方式打击本·拉丹。此外，一道行政命令冻结了可能跟本·拉丹有关的资产。
中央情报局的反恐机构认为他们越来越了解本·拉丹和他的组织。在为9月2日参议院高级情报会议作简报准备时，情报部门向特尼特汇报说他们“对本·拉丹的组织的了解胜过对其他任何主要恐怖组织的了解”。
中央情报局利用他们掌握的情报摧毁了一些本·拉丹羽翼的巢穴。通过与阿尔巴尼亚当局合作，中央情报局捣毁了“基地”组织在其首都地拉那的一个伪造场所和另一个规模较小的恐怖团体。这些行动的结果可能是遏制了一次以美国驻地拉那领事馆为目标的袭击计划，并且使一批与“基地”组织有关的恐怖分子得以被引渡。在大使馆被炸事件后，在阿塞拜疆、意大利和英国都有拘捕行动。另有几名恐怖分子已潜往某阿拉伯国家。中央情报局还与联邦调查局情报人员共同阻止了一次针对美国驻乌干达领事馆的恐怖袭击，有一些嫌疑犯被捕。9月16日，本·拉丹在苏丹的一名副手阿布·哈伊尔在德国被捕，此人也是本·拉丹的计算机操作负责人和军火采购商。他是目前捕获的本·拉丹的副手中最重要的人物。克拉克曾不无满意地对伯杰这样评价：八九月份是“自我们开展行动以来在短时间内抓捕恐怖分子最多的两个月”。
在总统8月签署备忘录的过程中，中央情报局已经在着手制定通过阿富汗某些部族俘获本·拉丹的新计划了。9月到10月，一些部族声称至少4次试图伏击本·拉丹，虽然中央情报局一些高级长官怀疑这些伏击是否真的发生过，但是这些部族似乎的确能报告本·拉丹的行踪。
这些从部族传过来的信息比以往更为有用了，自从8月份实施了导弹打击之后，本·拉丹更频繁、更出其不意地更换他的宿营地，并且还增加了保镖人数。但最糟糕的是，自从《华盛顿时报》泄密事件发生之后，“基地”组织的高层立即停止了使用某种通讯工具，这让国家安全局更不容易破译他们的对话。但既然部族似乎对本·拉丹在哪里呆过和会到哪里去了如指掌，要抓到他的另一个可行方法就是先确定他的准确位置然后实施新一轮导弹袭击。
11月3日，参议院小组会议讨论了包括这些问题在内的一些议题。由于之后的11月中旬，特尼特局长要参加一次小组会议，反恐中心特别强调：“在目前局势下，我们还不能确定抓捕行动的时间，以及是否由我们的力量实施。”
美国反恐怖主义组织的官员们还担心随时有可能发生在美国本土的恐怖袭击。在来源可靠或不十分可靠的情报中都有提到华盛顿是一个可能的目标。10月26日，克拉克主管的白宫反恐怖主义安全小组召开了一次非常会议，会议的意图是“评估奥萨马·本·拉丹及其恐怖组织对美国构成的威胁”。小组成员被要求就如何防范本·拉丹在美国本土进行恐怖活动尽其所能地发挥创造力和想像力。与会者指出,尽管联邦调查局已得到开展调查的各种有利条件，他们和中央情报局在追踪美国电话号码和翻译在国外行动中缴获的资料这些重要手段上还是存在不少问题。司法部报告说司法部部长当前的批示已赋予了他们对内调查和监视的充分的法律权力。
虽然没有明确表明具体会发生什么事情，有些情报报告确实提到了化学武器，指的就是阿富汗南部一个叫德伦塔的训练营在制造化学武器。1998年11月4日，纽约南区的检察署递交了对本·拉丹的起诉书，罪名是策划对美国的防务设施进行攻击。这项起诉还控告“基地”组织与苏丹、伊朗和希兹巴拉（黎巴嫩真主党）勾结。起诉书原本提出的罪名还有“基地”组织与伊拉克政府达成默契，保证不会与伊政府作对，并且在某些项目，尤其是武器研发项目上与该政府形成协作关系。克拉克多年来不断得到关于伊拉克与苏丹在化学武器上进行合作的情报，指控书的这些内容使他对伯杰提出自己的推测：在苏丹首都喀土穆的化学生产场所大批出现的伊拉克人可能是伊拉克与“基地”组织协议的直接结果。克拉克补充说，在希法制药厂附近发现的VX神经毒剂的前期配剂的残迹“完全是伊拉克的配方”。然而，后来取而代之正式备案的是1998年11月的指控书。因此，这些关于“基地”组织与伊拉克之间的“默契”的言词最终被放弃使用。
1998年12月4日，星期五，中央情报局备存了《总统每日简报》中来自某友好政府的一份情报，其中描述了将在美国实施的劫机行动。在我们的要求下，这篇文章被披露。
同一天，克拉克召集的白宫反恐怖主义安全小组开会讨论对可能发生的劫机和针对飞机的导弹威胁的关注。为了对可能发生的劫机发出警告，小组决定从那周周末开始将纽约各机场的警惕度提到最高。他们也同意将东海岸各机场的警惕度提高。中央情报局也决定将此报告的不同版本经由联邦调查局和联邦航空管理局分发到纽约警察署和各个航空公司。12月8日，联邦航空管理局对纽约地区的3个机场都发放了安全指示，特别要求加强对旅客的扫描检查以及严格对检查程序的监督。
以下内容是克林顿总统在1998年12月4日接到的《总统每日简报》中的摘录。节略内容以括号表示。
主题：本·拉丹准备劫持美国飞机及其他袭击
1．报告称本·拉丹及其盟友正在准备在美国的袭击行动，包括劫持飞机要求释放阿尔·拉合曼、拉米兹·尤塞夫，以及穆罕默德·沙迪克·阿乌达等人。有消息援引伊斯兰集团高级成员的话说在10月下旬，该集团将代表本·拉丹完成此项在美国实施的行动计划，但是行动暂缓执行。本·拉丹的一名沙特阿拉伯高级部下即将同在美国的伊斯兰集团(IG)的同级人物会面讨论行动目标——也许包括劫机。
据其他消息称，伊斯兰集团领导伊斯兰布里曾在9月晚些时候计划“在接下来的几周里”劫持一架美国班机使阿尔·拉合曼和其他一些被关押者重获自由。
同一消息来源在上月晚些时候说本·拉丹也许会在拉马丹（伊斯兰教斋月）开始之前的12月20日实施劫机计划，而且，有两个活动分队的两个成员已经在纽约某机场的实验性行动中成功躲过安全检查。
2.另有不同消息报告，本·拉丹组织中的某些成员已经接受了劫机训练，但是本·拉丹的“基地”组织直接领导的任何小组都从未实施过劫机行动。本·拉丹也许还在考虑针对美国飞机的其他行动方式。据称，IG在10月份得到了SA-7型导弹并试图把它们从也门运送到沙特阿拉伯去击落埃及的一架飞机，或者，如果失败了的话，就用来击落一架美国军用或民航飞机。
一位在10月向我们透露，也门的一些身份不明的“极端分子”手中有一些SA-7导弹。
3．指出，本·拉丹组织或其盟友正逐步着手开展反美袭击，其地点不明，但是我们尚不能肯定这些袭击跟劫机有关。上个月，本·拉丹的一个在苏丹的盟友告知其在坎大哈的同伙说有一批集装箱已被运往阿富汗。本·拉丹的其他盟友也提到在东非爆炸事件之前有一批集装箱被运往阿富汗。
上个月，本·拉丹在其他的盟友讨论到在马来西亚收到的一个包裹。有一个人对其他人说“他们”已经“（怀胎）9个月了”。
也门的一个支持本·拉丹的嫌疑者上月晚些时候对其母亲提起他正在计划与国外势力“交易”,而很快就会结成的“婚姻”将会是轰动性的。“交易”和“婚姻”经常是恐怖袭击的暗号。
