汉巴利
“基地”组织能够在东南亚成功地培植恐怖主义的主要原因在于其与伊斯兰祈祷团的密切关系。汉巴利是这种关系的关键协调人。汉巴利出生于印度尼西亚，并在那里上学。20世纪80年代初期，他到马来西亚找工作。据他的供述，在那儿，他成为众多牧师宣讲的伊斯兰极端主义教义的追随者，其中一个牧师即阿布杜拉·桑卡。桑卡鼓动汉巴利接受在东南亚建立极端伊斯兰政权的思想。1986年，桑卡把汉巴利送往阿富汗以加深他对“圣战”的了解。在赖苏尔·萨伊夫的萨达营地（后来，哈利德·谢赫·穆罕默德在这里受训）接受训练后，汉巴利曾与前苏联作战。在阿富汗度过18个月后，他最终返回马来西亚。1998年之前，汉巴利负责桑卡新成立的组织即伊斯兰祈祷团在马来西亚、新加坡一带的活动。
同样在1998年之前，桑卡及伊斯兰祈祷团的精神领袖阿布·贝克接受了本·拉丹有关伊斯兰祈祷团与“基地”组织结盟以发动对基督徒和犹太人的战争的提议。汉巴利在卡拉奇与哈利德·谢赫·穆罕默德会面，安排伊斯兰祈祷团成员到阿富汗的“基地”组织营地接受训练。除了与哈利德·谢赫·穆罕默德建立了密切的工作关系外，汉巴利也很快与阿提夫开始打交道。“基地”组织开始资助伊斯兰祈祷团日益野心勃勃的恐怖袭击计划，而这也正是阿提夫及哈利德·谢赫·穆罕默德竭力争取的。在伊斯兰祈祷团与“基地”组织的合作中，伊斯兰祈祷团负责必要的侦察活动，并存放制造炸弹的材料和其他物资。“基地”组织负担活动费用，提供炸弹制造专家并派遣自杀性攻击人员。
在“基地”组织与伊斯兰祈祷团的合作中，产生了许多方案，这些方案把“基地”组织的经济及技术力量与伊斯兰祈祷团获取物资及当地行动人员的能力结合起来。在此，汉巴利扮演了极为重要的协调人的角色，他将“基地”组织的资金分配给共同参与的活动。一个显著的例子是，当“基地”组织需要一名科学家负责生物武器项目时，阿提夫向汉巴利求助，汉巴利将一位在美国接受过教育的伊斯兰祈祷团成员即亚齐德·苏法特介绍给在坎大哈的阿伊曼·艾尔·扎瓦西里。2001年，苏法特用几个月的时间试图在一个实验室中为“基地”组织培育炭疽菌。这个实验室位于坎大哈机场附近，是苏法特帮助建立的。
最初，汉巴利并未将伊斯兰祈祷团的活动定位于对美国的袭击，但他与“基地”组织的联系逐渐促使他从事对美国目标的袭击。在被逮捕后的讯问中，哈利德·谢赫·穆罕默德确认了这一转变，声称其曾鼓动伊斯兰祈祷团将行动集中于破坏美国经济的袭击中。汉巴利的袭击美国的新想法表现在一系列恐怖方案中。幸运的是，这些方案均无果而终。
除与“基地”组织合作进行真正的恐怖袭击外，汉巴利和伊斯兰祈祷团还为经过吉隆坡的“基地”组织成员提供帮助。其中，在1999年12月至2000年1月间所提供的帮助是很重要的。当时，汉巴利应哈利德·谢赫·穆罕默德的请求，帮助几名刚在卡拉奇结束训练的老手。这些人包括：托菲克·宾·阿塔西（又名哈莱德），该人参与了美国军舰“科尔”号爆炸案；纳瓦夫·艾尔·哈兹米、哈利德·艾尔·米赫德哈，这两人是“9·11”事件中的劫机人员。汉巴利为这些人安排住宿，并为他们其后的旅行购买飞机票。2000年晚些时候，汉巴利和他的下属为萨卡利亚斯·穆萨维提供食宿及其他帮助（包括提供飞行学校的信息，并帮助其获得硝酸铵）。穆萨维是一名被阿提夫和哈利德·谢赫·穆罕默德派到马来西亚去的“基地”组织成员。
汉巴利使用本·拉丹在阿富汗的设施来训练伊斯兰祈祷团招募的人员。尽管他与阿提夫及哈利德·谢赫·穆罕默德关系密切，但他仍保持了伊斯兰祈祷团机构的独立性。汉巴利坚持认为他未曾与本·拉丹讨论过恐怖行动或发誓效忠于本·拉丹。据他供述，他曾发誓效忠于巴西尔，即伊斯兰祈祷团的领袖萨卡尔的接任者。因此，像许多捍卫自己势力范围的强权官僚一样，当“基地”组织领导层在未事先通知他的情况下试图给伊斯兰祈祷团成员指派恐怖行动时，汉巴利断然拒绝。
阿布德·阿尔·拉希姆·阿尔·纳希里
哈利德·谢赫·穆罕默德和汉巴利之所以加入“基地”组织，是因为他们实施恐怖活动的抱负需要资金及人力予以支撑，而只有像“基地”这样有实力的组织才能够提供这样的资金和人力。而阿布德·阿尔·拉希姆·阿尔·纳希里——“科尔”号爆炸案的策划人、“基地”组织在阿拉伯半岛的最高领导人，似乎早就被本·拉丹亲自招募到“基地”组织中来了。
纳希里参加过在阿富汗的圣战。1996年，他在塔吉克斯坦与一个从事“圣战”的小组在一起，该小组由大约30名伊斯兰游击队战士组成。因战事失利，该小组前往贾拉拉巴德，在这里遇到了刚从苏丹返回的本·拉丹。本·拉丹与他们进行了详谈，鼓动他们加入“基地”组织的反美“圣战”。尽管本·拉丹煽动所有人宣誓效忠于他，但包括纳希里在内的许多人对效忠的观念感到厌恶，因此拒绝宣誓。在本·拉丹连续几天对他们进行连珠炮似的新闻简报和电视纪录片灌输之后，纳希里离开阿富汗，首次返回他的祖国沙特阿拉伯并回到了在也门的家。他说，当他注意到许多美国及其他外国船只在也门西南海岸游弋时，他的第一个恐怖行动方案形成了。
大约在1997年，纳希里回到阿富汗，此行的目的主要是对在那里战斗的部署进行检查并了解塔利班的情况。他又一次遇到本·拉丹。本·拉丹仍在为即将到来的“与美国的战斗”招兵买马。纳希里参加了一场更具传统意义的军事“圣战”。他加入塔利班武装，与马苏德领导的北方联盟作战，并在前线与坎大哈之间穿梭不停。在坎大哈，他见到了本·拉丹并与其他伊斯兰游击队战士会面。在这一期间，纳希里谋划在1998年初从也门走私4架俄罗斯制造的反坦克导弹进入沙特阿拉伯，他也帮助一名参与使馆爆炸案的人员获得了也门护照。
纳希里在某个时间加入了“基地”组织。他的堂兄吉哈德·穆罕默德·阿里·艾尔·迈奇（又名阿兹姆）是内罗毕恐怖袭击的自杀性爆炸者。纳希里穿梭于也门和阿富汗之间。在1998年底，纳希里提议发动对美国船只的袭击。本·拉丹在批准该提议后，指示纳希里策划袭击并派“基地”成员到也门，以后又提供了资金。
纳希里直接向本·拉丹报告自己的行踪。据纳希里讲，只有本·拉丹知道恐怖行动的全部细节。当纳希里发现难以在也门西海岸找到作为袭击目标的美国海军船只时，据说本·拉丹就让他秘密观测位于南部海岸的亚丁港。这件事的最终结果就是2000年1月袭击美国军舰“沙利文”号未遂，但2000年10月却成功袭击了美国军舰“科尔”号。
纳希里的成功很快提升了他在“基地”组织中的地位。后来，他被认为是“基地”组织在阿拉伯半岛范围内及其周围的一号人物。在接下来的恐怖袭击方案拟定过程中，纳希里继续与本·拉丹磋商，但在攻击人员的选择及方案的设计上，他享有自主权。在“科尔”号爆炸案发生后至纳希里被捕前的两年，纳希里负责对“基地”组织的几次袭击行动进行监督。2002年10月6日，法国油轮“林堡”号在亚丁港的爆炸即是纳希里的“作品”。尽管本·拉丹敦促纳希里继续对美国在波斯湾的利益进行打击，但出于安全考虑，纳希里推迟了其中一个行动。2002年10月，纳希里在阿联酋被俘获，这说明上述顾虑并非空穴来风。同时，纳希里的恐怖分子生涯也因其被捕而终止。
