千年警报过后，美国政府各部门回顾总结其处理危机的工作。中央情报局的领导人被告知，尽管恐怖分子的一系列阴谋被挫败，但新千年可能只是一定时期系列袭击的一个“代号”。克拉克于2000年1月11日给伯杰写信，说中央情报局、联邦调查局、司法部和国家安全委员会得出两条结论。首先，美国在瓦解恐怖组织方面付出的努力还远远没有给本·拉丹的恐怖主义网络“造成足够的破坏”。如果美国希望“降低”其危险，瓦解行动必须以“显著不同的节奏”进行。其次，“尚未行动的恐怖主义组织”和“大量恐怖分子团体”已经在美国本土出现。正如克拉克的一位工作人员所说，仅仅是美国海关的一个“偶然发现”就足以阻止一次可能发生的袭击。伯杰同意国家安全委员会成员开展一次“事后审查”，希望提出一个新的财政预算请求。他同时要求中央情报局局长特尼特审查中央情报局反恐战略，并为“下一步行动”提出一个方案。
国家安全委员会成员向伯杰提出建议，说美国只是触及本·拉丹恐怖主义网络的“冰山一角”，更多的恐怖袭击不是一个“如果”的问题而是“何时”、“何地”的问题。部长委员会于2000年3月10日开会，审查可能提出的新举措。他们最后同意美国政府应当采取3个主要步骤。首先，给中央情报局更多资金支持以加快其“严重消耗”本·拉丹“基地”组织的步伐。其次，取缔美国国内的外国恐怖分子组织。最后，加强移民法的执行，移民归化局应加强对加拿大边境的控制（包括加强美加两国的合作）。部长们签署了一些方案，其中有的方案被提交，如增加“联合反恐力量”的人数；而有些议案，比如建立一个中央翻译机构来翻译所截获的阿拉伯或者其他语言情报，则没有被提交。
向巴基斯坦施压
当这些行动进行之时，也一直进行着持续的外交努力。向塔利班直接施压没有成功。正如国家安全委员会一位官员所讲：“在塔利班的控制下，与其说阿富汗是一个支持恐怖主义的国家，不如说它是一个受到恐怖主义支持的国家。”612000年初，美国高层开始努力劝说巴基斯坦利用其对塔利班的影响向本·拉丹施加压力。
2000年1月，助理国务卿卡尔·英德弗斯和国务院反恐协调专员迈克尔·希恩在伊斯兰堡与穆沙拉夫将军会面，希望以美国总统3月份可能的访问作为换取巴基斯坦合作的条件。这种访问是穆沙拉夫将军所盼望的，这部分由于他想得到美国政府对他所领导政府合法性的承认。于是他告诉两位特使，他将与奥马尔会面并让奥马尔向本·拉丹施压。两位特使离开后向华盛顿方面报告说，“鉴于由塔利班控制阿富汗对其更有好处”，巴基斯坦事实上不大可能做任何事情。
克林顿总统计划出访印度。国务院认为如果不同时访问巴基斯坦，就不要访问印度。特勤局和中央情报局则用强烈的措辞警告说，出访巴基斯坦可能危及总统的人身安全。反恐官员也认为巴基斯坦方面所作努力还不足以让总统访问。但克林顿总统坚持将巴基斯坦包括进其出访南亚的路线中。他于2000年3月25日在巴基斯坦作了一天的访问，这是美国自1969年以来对巴基斯坦的首位总统出访。在与穆沙拉夫及其他人的会晤中，克林顿总统主要关注了印巴紧张关系和核扩散的危险，也讨论了本·拉丹问题。克林顿总统告诉我们，当他将穆沙拉夫将军拉到一边做简短的一对一会谈时，他要求穆沙拉夫将军帮助解决本·拉丹问题。“当我去见他时，我答应如果他帮助我们捉到本·拉丹，或者帮助处理其他事情，美国将与巴基斯坦建立更好的关系。”
美国仍在努力。5月初，克林顿总统督促穆沙拉夫实现其出访阿富汗并促使奥马尔驱逐本·拉丹的诺言。5月底，副国务卿托马斯·皮克林又出访了巴基斯坦。6月，中央情报局局长特尼特带着同样的信息访问了巴基斯坦。到9月份，美国开始公开批评巴基斯坦，说巴方支持塔利班旨在完成其征服整个阿富汗的武装进攻。
12月，根据几个月前国务院提出的建议，美国发动寻求新的联合国制裁行动，并通过了联合国安理会第1333号决议，再次呼吁驱逐本·拉丹并禁止任何国家向塔利班提供武器或者军事援助。但是，这个决议效果甚微。塔利班并没有驱逐本·拉丹，巴基斯坦的武器继续通过边境流向阿富汗。
国务卿奥尔布赖特告诉我们：“我们并没有给巴基斯坦很大的帮助。由于美国法律的禁止，我们没有多少东西可以吸引巴方。”由于巴基斯坦核武器试验和穆沙拉夫的政变，美国国会禁止绝大多数对巴基斯坦的经济援助和军事援助。希恩批评穆沙拉夫，说巴基斯坦领导人“错过了重整巴基斯坦的良机”。
中央情报局：重塑反恐能力
事后审查确定了中央情报局在剿灭“基地”组织方面的主导地位；部长们于3月10日开会，赞同加强中央情报局这方面作用的能力。对反恐中心而言，这意味着开始执行其半年前就提出的“计划”：雇佣和训练更多的专案官员，增强其与外国安全部门合作并获取相关情报的能力。有时候，这类情报交流在打击“基地”组织方面起着直接作用，如1999年12月与约旦的合作。
在反恐中心及更高层，中央情报局领导人认为他们急切需要资金以继续其当前的反恐行动，因为他们以为，处理千年危机已经用完了该中心整个财政年度的资金，而反本·拉丹问题工作小组则花费了其经费的140%。特尼特说他与伯杰在部长委员会会议后的两天后又会面讨论反恐资金问题。
尽管克拉克也强烈要求给予中央情报局更多资金用于反恐，但他在关于资金来源问题上与中央情报局领导人的观点完全相左。后者坚持认为中央情报局自冷战结束后即被压缩资金。他们认为其执行任务包括反恐任务的能力，依赖于对现有联络的维持和对自20世纪90年代以来所丧失的联络的恢复，并在此基础上，进行跨境侦察人员的招募和训练，重新开设其已经关闭的驻地。为了向反恐行动提供资金，特尼特自1998年使馆爆炸案以后就开始游说国会领导人，并劝说他们给予中央情报局特别追加拨款。现在，在千年危机后，特尼特希望增加中央情报局资金的总量，同时为反恐追加专项拨款。
对克拉克来说，这似乎表明中央情报局的领导人没有给予直接打击本·拉丹及其“基地”组织足够的重视。他告诉我们，中央情报局的行动理事会负责人詹姆斯·帕威特说：“如果要在追捕本·拉丹问题上花钱，则应当把钱交给我……我的看法是在这个问题上他已经花了大量的钱和大量的时间，我不想为抓个坏人花更多的钱。”中央情报局则持完全不同的立场。帕威特讲，尽管中央情报局反本·拉丹工作小组做了“出色的和值得称道的工作”，其伦敦驻地的负责人像反本·拉丹工作小组的任何一位官员一样，都是与“基地”组织作斗争的一个组成部分。
争论还涉及管理问题。克拉克在管理与预算办公室找到了同盟。该办公室曾经从它的基本资金中给他提供了一大笔资金，他声称用于中央情报局反恐开支，这样从预算上看几乎没有增加。
伯杰4月份两次会见特尼特，试图解决这个分歧。次长委员会在4月末开会审查了2000年财政年度预算和2001年财政优先预算和给中央情报局及其他机构的财政补偿。最后，特尼特得到了一批用于反恐的追加拨款，而无须重新分配基本资金。但中央情报局仍然认为，即使这样，反恐资金仍然不足。
