在前面的第五章我们已经介绍了，与哈利德·谢赫·穆罕默德一起的另外两个人即哈拉德和纳希里成为“基地”组织的行动协调员。如前文所述，这两个人都与1998年和1999年准备用一船炸药袭击也门口岸的船只事件有关。他们最初准备袭击一个商用船只，尤其是油船，但本·拉丹要求他们袭击美国军舰。2000年1月，他们试图袭击亚丁港的美国军舰，但由于其用于自杀袭击的小船沉没而失败。9个多月后的2000年10月12日，“基地”组织成员用一艘装满炸药的小船袭击了美国海军“科尔”号驱逐舰，将军舰的舱面炸开了一个大洞，导致17个船员死亡，并使至少40人受伤。
我们现在知道，这次阴谋完全是“基地”组织策划并由本·拉丹直接指挥的。他选择了攻击目标和地点，挑选自杀“基地”组织成员，并提供了购买炸药和设备的资金。纳希里是具体指挥者并在也门亲自指挥。哈拉德直到被捕前一直在也门相助，我们前面已经提到，本·拉丹也在提供帮助。“基地”组织在当地的协调员包括贾马尔·阿尔·巴达维和法哈德·阿尔·库索，据猜测，后者在附近对袭击过程拍摄了录像。被挑选进行自杀袭击的两个人是哈桑·阿尔·卡姆利和埃布拉希姆·阿尔·撒沃，后者也就是尼布拉斯。尼布拉斯和库索在哈拉德2000年1月到吉隆坡和曼谷时曾给哈拉德寄钱到曼谷。
2000年9月，据说本·拉丹告诉纳希里他想替换卡姆利和尼布拉斯。纳希里很生气，不同意换人，他告诉其他人，他要去阿富汗向本·拉丹解释新的“基地”成员已经完成训练并准备好实施袭击行动。在离开前，纳希里指示尼布拉斯和卡姆利，对进入亚丁港的美国军舰实施袭击。
纳希里还在阿富汗时，尼布拉斯和卡姆利看到了机会。他们驾着装满炸药的小船跟随“科尔”号驱逐舰，向舰上工作人员作出友好的姿势，然后引爆了炸弹。库索没有及时赶到拍摄袭击过程。
在阿富汗后方，本·拉丹估计美国军队要实施报复。他命令疏散“基地”组织坎大哈机场的营地人员。起初逃到喀布尔附近的沙漠地带，然后到考斯特和贾拉拉巴，最后又返回坎大哈。在坎大哈，他轮流替换地居住在五六个住处里，每个地方只呆一晚。此外，他还将他的高级顾问穆罕默德·阿提夫派到坎大哈的另一个地方，并将其副手阿依曼·阿尔·扎瓦希里派到喀布尔，这样他们三人就不会在一次袭击中丧生。
美国方面并没有进行打击。2001年2月，有消息说，有一个大人物（很可能是指本·拉丹）经常抱怨美国还没有实施打击。根据该消息，本·拉丹盼望美国来打击，如果美国不这样做，他将发起更大的袭击。
对美国“科尔”号军舰的袭击导致“基地”组织开始大量招募人员。袭击发生后，本·拉丹指示新闻部门，在哈里德·希克·穆罕默德带领下录制了一盘宣传带，里面除了再次实施袭击的内容之外，还包括“基地”组织训练营和训练方法的画面；它还特别强调巴勒斯坦、克什米尔、印度尼西亚和车臣穆斯林受到的苦难。“基地”组织的形象对本·拉丹非常重要，录像带广泛散发。其中一部分被空邮到卡塔尔半岛电视台、美国有线新闻网和其他电视台。还有一部分被传到沙特阿拉伯和也门的年轻人手中，引来很多极端分子到阿富汗接受训练和参加“圣战”。“基地”组织成员认为这个录像带是他们在其他伊斯兰教和“圣战者”运动中积极参与战斗的一个有力的工具。
调查袭击事件
由联邦调查局、海军犯罪侦查处和中央情报局组成的调查组立即被派往也门调查这次袭击事件。美国驻也门大使巴巴拉·博丁好不容易才艰难地试图说服也门政府接受这个调查组并允许他们携带武器，因为也门人不愿意看到美国人在公众场合携带长枪（也包括步枪、短枪和自动武器）。同时，博丁和联邦调查局工作组的领导约翰·奥尼尔不断发生冲突。奥尼尔离开也门后又想回去，但博丁拒绝了他的要求。虽然在最初关系有点紧张，也门与美国的调查活动开展了起来，并在几周之内，就查出了事件的梗概。
在“科尔”号驱逐舰遇袭的当天，有一批嫌疑人员聚集在也门，其中有隶属于“基地”组织的埃及伊斯兰“圣战者”。美国反恐官员告诉我们，他们立即断定“基地”组织应当对此事件负责。但正如中央情报局副局长麦克劳克林向我们解释的那样，仅是从表面上看袭击的各方面像是“基地”组织所为还不够，要证明它是“基地”组织实施的，中央情报局需要的不仅仅是猜测，而是要找到袭击与“基地”组织某个人的联系。
袭击后的头几周里，也门方面发现并逮捕了巴达维和库索，但没有让联邦调查局的人参与讯问。中央情报局认为也门方面在“科尔”号事件发生后最初所给予的支持是“缓慢而不够的”。克林顿总统、国务卿奥尔布赖特和中央情报局局长特尼特都介入此案并提供帮助。由于信息都是二手的，美国调查组不能作出可靠的评估。
11月11日，也门方面给联邦调查局提供了通过审问巴达维和库索得来的新信息，其中包括对给予这两个被捕者行动指示的那些人的描述。其中一个人是哈拉德，他们说这个人断了一条腿。巴达维和库索说哈拉德在阿富汗或者巴基斯坦帮助指挥了这次行动。也门警方（正确地）判断出这个哈拉德就是陶菲克·本·阿塔什。
一个联邦调查局特警将这个叫哈拉德的人与他从另外一个重要的“基地”组织线人那里获得的情报联系了起来，这个线人曾经定期与中央情报局和联邦调查局官员见面。该线人曾将哈拉德叫做本·拉丹的“狗腿子”，并说几年前他在训练营的一次爆炸事故中被炸断了一条腿。为了确定此人的身份，联邦调查局特工要求也门提供哈拉德的照片。11月22日，也门将哈拉德的照片交给美方，并重申了他们的观点，认为哈拉德就是“科尔”号事件策划者与本·拉丹的中间人（几个星期后的12月16日，在与美国官员会见时，这个线人从也门提供的照片中确认了哈拉德）。
美国情报部门已经将哈拉德与“基地”组织恐怖行动联系了起来，包括1998年使馆爆炸案。而此时也门方面也确定了纳希里的身份，他与“基地”组织和1998年使馆爆炸案的联系就更加清楚了。
换句话说，也门方面在11月后半月提供了强有力的证据，证明“科尔”号爆炸案与“基地”组织有关，并确定了其参与者是美国已经知道的“基地”组织成员。在12月，美国进一步证实了这一证据。但在2002年和2003年逮捕纳希里和哈拉德之前，美国方面一直都没有关于本·拉丹本人卷入此次袭击的证据。
