应对策略
“科尔”号爆炸案立即引起了人们关于如何对付“基地”组织的思考。据克拉克讲，在“科尔”号事件后，伯杰严厉地责骂中央情报局局长特尼特——反复要求知道为什么美国必须忍受这类袭击——致使后者当场离开了部长委员会会议。
中央情报局得到另外的秘密行动授权，并根据1999年7月的“通告备忘录”内容增加了几个人，美国这样就可以在不同地方和不同环境中开展抓捕“基地”组织头目的行动。特尼特也增加了几种行动方案，如加强与北方联盟和乌兹别克斯坦的联系、放慢在黎巴嫩境内最近与“基地”组织相关的行动步调。
在外交方面，伯杰于2000年10月30日同意由国务院开辟另一条途径，与塔利班副外长阿卜杜尔·贾利尔就驱逐本·拉丹问题进行商谈。国家安全顾问要求美国向塔利班传达“严厉而带有威胁性的”警告信息。这种警告与1998年和1999年的相似。同时，美国与俄罗斯一起在寻求联合国作出一个新的对塔利班奥马尔政权的制裁决议。
克林顿总统告诉我们，在他宣布发动对阿富汗“基地”组织进一步打击之前，或者发出如果塔利班不立即驱逐本·拉丹就将受到打击的最后通牒之前，中央情报局和联邦调查局必须确信他们将“愿意公开站出来并且说，我们相信是本·拉丹干的”。他说他因为得不到足够肯定的答复，以便对“科尔”号驱逐舰的遇袭作出某种回应，因而感到十分沮丧。
同样，伯杰也回忆说，如果要发动战争，总统需要能够说他的高级情报官员和执法官员已经就谁将承担责任得出了肯定的结论。他回忆了情报部门只是非常怀疑，当我们离开办公室时，他们并没有得出结论说就是“基地”组织干的。
关于情报官员当时心里到底在想什么，我们仅有的资料就是他们在非正式会议上的汇报介绍。“科尔”号遇袭后不久，克林顿政府便要求分析人员停止散发关于谁应当对爆炸负责的书面报告。因为这个话题非常敏感，不管是驻也门大使博丁还是华盛顿的中央情报局分析家，都推测政府不想让报告在部门间流传以致公开，因为它可能阻止执法行动或者使总统处于不利地位。
白宫和其他部长却更依赖于非正式的最新消息，把它们当做证据。克拉克担心中央情报局会模棱两可地将责任推给“基地”组织，他在11月7日给伯杰的信中说道，分析家描述该案的袭击者时讽刺地说“它有脚、会飞还会叫”。11月10日，中央情报局分析家向部长小组会议汇报了他们的初步调查结果，认为袭击是由居住在也门的一个恐怖主义组织实施的，该组织与跨国回教“圣战组织”有关。根据该报告，这些人很可能得到了“基地”组织的支持。但该报告并未提及关于外部的赞助、支持和行动指示方面的信息。第二天，伯杰和克拉克告诉克林顿总统，随着调查的继续深入，“基地”组织策划并指挥了这次爆炸的结论，已经越来越明显了。
11月中旬，随着“基地”组织参与袭击的证据增多，伯杰让谢尔顿将军重新评价并制定一个迅速打击本·拉丹的军事计划。谢尔顿将军给中央司令部的新任指挥官汤米·弗兰克斯将军分配任务，让他重新审查方案。谢尔顿想表明，军队有足够的想像力并且消息灵通，能够按照不同方案部署行动。他也想展示军事行动的复杂性。他向伯杰报告了自1998年以来研制的无限解决打击方案，经过联合行动组和中央司令部夏季的调整，已形成为一个包含13种方案及其综合的行动计划。中央司令部为扩大打击范围、包括对塔利班的打击，另外创造了一个新的“分阶段行动”概念。这些打击首次旨在对阿富汗开展一个不定期的空中战役。这个军事计划的制定者没有对入侵阿富汗可能遭遇的偶发事件作出准备。这个“分阶段行动”概念于12月20日向国家安全顾问助理唐纳德·克里克和其他官员做了汇报。
11月25日，伯杰和克拉克给克林顿总统写信说，尽管联邦调查局和中央情报局的调查还没有形成正式的结论，但他们相信调查很快会证明袭击是由一个较大恐怖主义组织实施的，该组织的高级成员隶属于“基地”组织。伯杰还说，该组织的大多数成员曾在本·拉丹的阿富汗营地接受过训练。迄今为止，还无法证明本·拉丹本人与这次袭击有牵连，也没有人听命于他的直接命令，但有两条情报表明他卷入这次袭击。不过，在讨论可能的反应策略时，伯杰认为那个假设——“基地”组织应当承担责任——是一个“未经证实的推测”。
在11月25日同一个备忘录中，伯杰告诉克林顿总统一个秘密的想法：给塔利班最后一次通牒。克拉克在这个想法基础上附加了具体的要求：立即将本·拉丹及其同党引渡给一个合法政府受审、切实关闭位于阿富汗境内的恐怖主义设施、在90天内将所有恐怖分子驱逐出阿富汗。如果不服从，美国将直接针对塔利班进行打击，同时美国将努力确保塔利班永远不会打败北方联盟。但后来美国并没有发出这样的最后通牒。
差不多一个月后，在12月21日，中央情报局又一次向部长小组会议报告结果。中央情报局运用幻灯片表明了他们的“初步结论”，即有强有力的间接证据证明袭击的主要实施者与“基地”组织有联系，因此，本·拉丹的“基地”组织“支持了对‘科尔’号的袭击”。中央情报局列举了主要嫌疑犯，其中包括纳希里。此外，中央情报局详述了恐怖袭击的行动时间表，即从1999年中期的准备，到2000年1月3日袭击美国“沙利文号”驱逐舰的失败。情报来源于袭击前一天“基地”组织成员召开的一次会议。
这些幻灯资料还表明，中央情报局“对于袭击的外部指挥这个关键性问题，即由谁、怎样指挥，至今还没有肯定的回答”。中央情报局指出，也门方面声称哈拉德从阿富汗或者巴基斯坦帮助指挥了这次行动，而他很可能只是本·拉丹的中间人，但还没有看到也门方面的证据。不过，中央情报局根据两个线人提供的情报和传回来的情报，知道哈拉德与“基地”组织有联系。这些汇报得出了这样的结论：尽管一些关于“基地”组织角色的报告有价值，但它们太不明确。这些情报提供的仅仅是“基地”组织策划这次袭击的模糊信号。
