除了恐怖主义之外，布什政府在第一个月还面临着许多其他难题。例如，中东和平进程的崩溃，而在4月，又出现了一个危机……（此处删去16个字）。新政府仍然十分关注俄罗斯、新的导弹防御核战略、欧洲、墨西哥和波斯湾等问题。
春季，关于恐怖主义的报告急剧增加。在第八章，我们将讨论这些报告以及各机构所作的回应。这些令人日益惊慌的报告，都向总统和其他高级官员作了汇报，并成为新政府权衡其对于“基地”组织的政策方案时所考虑的重要内容。
除了少数报告反恐安全小组认为显然不可靠之外，没有一个报告明确地指出“基地”组织将在美国境内行动，尽管反恐安全小组继续关注着国内威胁问题。反恐中心呈送来许多重要的威胁情报，但它收集的全是国外的情报。这些报告也没有根据联邦调查局的报告进行补充。克拉克曾经表达过他对“基地”组织在美国境内出现的担忧。他担忧“真主党、哈马斯、‘基地’组织和其他恐怖分子组织”对白宫发动袭击。
5月，布什总统宣布，副总统切尼将亲自领导一支特遣部队负责检查准备工作，包括如何处理受到大规模杀伤性武器袭击以及对国家面临的其他问题的准备工作。接下来几个月的时间就主要花在挑选副总统的特遣部队这样的工作上，花在从第六舰队挑选一个海军将领返回华盛顿来组建这支特遣部队上。而等到副总统的特遣部队刚刚准备就绪时，“9·11”袭击就发生了。
5月29日，根据特尼特的要求，赖斯和特尼特将他们通常的周会改变成一个对“基地”组织进行广泛讨论的会议；与会者包括克拉克、反恐中心主任科弗·布莱克以及“理查德”，后者是反本·拉丹工作小组的负责人。赖斯询问了关于“开始反击”的问题和是否能有办法影响本·拉丹或者塔利班。克拉克和布莱克回答说，中央情报局正在进行的剿灭活动就是在“开始反击”了，还说威慑不可能对本·拉丹有效。接下来还就“切断本·拉丹组织后援”的问题进行了广泛的讨论。
特尼特着重强调了中央情报局2000年12月研究出来的关于秘密行动的计划。当讨论在3月份对这个计划的授权草案时，中央情报局官员指出，执行这些计划的花费，将大大超过中央情报局当前为反恐秘密行动所作的全部预算。它应当是一个多年规划，大概5年时间都需要如此开支。
中央情报局官员“理查德”告诉我们，赖斯“同意了这个方案”。他说赖斯同意了他关于下一步应做什么这个问题的结论，尽管他向我们抱怨说制定政策的程序没有尽快地跟上来。克拉克和布莱克被要求研究出一系列从最小目标到最大目标的打击本·拉丹组织的方案。
赖斯和哈德利要求克拉克及其工作人员拟订出新的总统指令。6月7日，哈德利分发了第一稿，该稿被描述为应对“基地”组织的“一个可以达到目标的”计划。总统国家安全政策指令初稿的目的是“根除‘基地’组织恐怖主义网络对美国及其友好政府的威胁”。它要求在外交、秘密行动、经济措施、执法、公共外交以及必要情况下的军事努力等多方面进行多年的努力。国务院将同其他国家的政府一起捣毁“基地”组织的所有庇护所，也将同财政部一起掐断恐怖主义经济命脉。中央情报局将扩展秘密行动计划，包括大量地增加资金、援助反塔利班的组织。草案要求“行政与财务办公室”通过美国2002～2006年的财政预算，确保该计划有足够的资金支持。
赖斯认为这个指令草案是新的全面战略的体现，它动用了国家权力的所有手段来消除“基地”组织的威胁。不过，克拉克认为这个新草案与他在2000年12月制定，并于2001年1月提交给新政府的议案基本上是相似的。在5月或是在6月，克拉克要求辞去其反恐协调员的职位而到一个新岗位负责计算机安全事务。他告诉我们他对自己所扮演的角色很不满意，他也不满意那个他认为不“太在意‘基地’组织”的政府。赖斯对我们说，即使克拉克感到不满，他也从来没有向她提及过。
